3NWQA

X-ray structure of ester chemical analogue [o-ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with mvt-101
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (53-65)TVIII1 (80-83)EMPTYS6 (70-77)O2 (78-80)S3 (32-33)S4 (43-48)AH1 (87-90)TIV6 (65-69)3H1 (91-93)TI1 (25-28)TIV3 (48-52)S7 (84-85)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
total genus 16
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nwqA00
2ZJLA 1CMSA 1AJXA 5AHCA 3SO9A 4Q1NA 4FSLA 5OZWA 1W5VA 5P0WA 5P2TA 5P58A 4Q1WA 1C70A 1FG6C 4WY1A 1QBTA 3OUCA 5P1UA 5P6CA 4LC7A 5P41A 3S43B 3S45A 5P5EA 3F9QA 5P32A 2FXEA 2XFKA 3UDJA 5P36A 5P5LA 4Y57A 1HTFA 5P1TA 1KJ4A 5SY2A 4IVSA 4Y47A 5P3UA 5SZ9A 3BRAA 3KDCA 5OZ6A 1XL5A 2NMYA 3DCRA 3Q5HA 5P1BA 5KR8A 1BILA 4RGHA 5DR3A 1FMUA 3VV8A 1Z1HA 4FRSA 1FMXA 2PSVA 1TSQA 1ME6A 1FQ6A 4YBFA 1TSUA 1EC2A 4ZPEA 5P5BA 1D4JA 4RCFA 5P0BA 2PWRA 3HBOA 3URLA 5I3VA 1LYAB 2CEMA 3R0WA 3H5BA 2IQGA 2F3FA 2Q15A 3KFPA 5P06A 2JYSA 4PPHA 3ZOVA 4Y48A 2ZJKA 5OZAA 5HU0A 4J1IA 4DJXA 3S2OA 4GYEA 3QRSA 4GJ7A 2BPYA 4QJ9A 5P3OA 2RKGA 5P6KA 3HDKA 4OC6A 3I8WA 3SA3A 1W6HA 2QU2A 3ZKNA 5P8EA 5P2ZA 5P71A 4WTUA 5OZUA 3OADA 1FEJC 3UF3A 2QZXA 4GB2A 3HAWA 2Q55A 5P30A 2B8LA 2FS4A 1T7JA 3D1ZA 3UFNA 1MEUA 5P2FA 2ER6E 5P4NA 5P39A 4AMTA 2FNTA 5P2NA 1QBRA 3D91A 4Y3XA 3ZKXA 4FCOA 4Y3GA 4DPFA 2NXMA 3OUBA 5P5VA 4LBTA 2AOEA 4YDFA 3JVWA 4OBGA 1FFFC 3OAGA 5P5XA 5P53A 3UHLA 5C9FA 1APUE 5BWYA 1HVHA 4FAFA 5DR0A 5OZMA 1AAQA 5P5FA 4LP9A 5P1AA 2PSGA 5OYUA 2VA7A 1YTHA 5P28A 2AVQA 1IBQA 5P62A 1AM5A 2AVSA 3RSXA 2OHSA 3PCWA 5P38A 5P7IA 3VF7A 4L6BA 4DFGA 5P3FA 2P3DA 1XDHA 3CIBA 3ZKIA 3BUHA 4Y3HA 1ZPKA 5CLMA 5P5KA 5P49A 3OXXA 2G21A 1MESA 4Y4BA 4F76A 4QJ6A 4KUPA 5P1IA 1D4YA 3TLHA 5J25A 2B42A 5P4ZA 4TRYA 1LF4A 1WKRA 3BC4A 1HVKA 2G94A 4Y3NA 5P43A 1XN2A 4J0TA 5AGZA 1DW6C 2OHKA 3R2FA 2AOGA 1HOSA 3FIVA 4Y3YA 5P5NA 4BELA 4PHVA 2V12C 5IE1A 2PK5A 2P3CA 5OZEA 5P2HA 3FX5A 2ER9E 2WEBA 3ZKQA 2IKOA 3UPJA 3WB4A 1MTBA 3SA7A 3NR6A 3IVIA 5KR0A 4OC6B 5OZSA 4I0HA 4CPTA 5P1GA 5P4HA 5IVQA 1FMBA 1HVJA 5P50A 5AH9A 3OHFA 1UH9A 4Y5PA 7UPJA 4R93A 3OADB 4Q1YA 5P27A 1EC3A 5OYTA 5P23A 3INEA 5OYXA 3OXVA 3UDRA 4YD5A 3TH9A 1HSGA 5P6NA 2IDWA 3QVIA 3T7PA 4FRIA 5P4FA 5P8LA 4DV9A 5P6HA 3QP0A 5HCTA 3R1GB 5P76A 4FM6A 2Q64A 1EBZA 1HSHA 5P3RA 4Z4XA 3KA2A 5P8CA 4HVPA 3PBDA 3ZPUA 2HC0A 1SDVA 1BDLA 1KZKA 3UDQA 1ZBGA 3L5BA 4J17A 4J1EA 2BKSA 5P2AA 3LPJA 4F75A 1WBMA 3CKPA 1ODXA 3WZ6A 3OAGB 1HEGE 5ISKA 4J1HA 2ZJHA 4AUCA 1SDTA 2ZE1A 1HXWA 4Y6MA 5KR2A 4B72A 3LIVA 1UH8A 4DQFA 2QD7A 4DQBA 5P81A 2WF0A 4RCEA 2PYNA 3L5FA 2FGVA 5P3YA 4K4QA 4Y3JA 5P0VA 5P4JA 5EZXA 5P8IA 4FL8A 2QNQA 4J0YA 3DJKA 2IENA 4A4QA 5JFPA 1XN3A 5P7JA 2VA5A 3OQKA 4DPIA 1XE6A 4I8WA 5P6WA 1PPME 5ENKA 1HSIA 3QVCA 5P0CA 5P6LA 3KM4A 3KF0A 5OYYA 2R43A 2PWCA 3ST5A 5P7UA 4NPTA 4PZXA 1MT8A 3QS1A 1SMEA 2G27A 1NH0A 3VYDA 1B6MA 5HU1A 4Y3QA 5P7RA 1MT9A 5P6BA 4EPJA 4B0QA 5P5ZA 3WZ7A 1YM4A 4EP2A 2R38A 5P6TA 4Y39A 5P6VA 1NPVA 3HVPA 5P46A 5P65A 5ENMA 3EKTA 3ZMGA 3OXWA 3O9LA 3ZL7A 5P6JA 3NDTA 2QI5A 3LZSA 1HVSA 1DAZC 1HVIA 1AVFA 4MC6A 3EL9A 5OYSA 4Q1XA 5OYZA 1ZTZA 2QMDA 2FMBA 1MRXA 5P0KA 5KOSA 1ZSRA 4I0ZA 5OZPA 3VV7A 3ECGA 3PSYA 3PLLA 4Y35A 3OTSA 5P6SA 1MSNA 5OZIA 4RZ1A 2QHCA 5P59A 2ZHUA 2OHUA 2QNPA 4R92A 3UQXA 5P0GA 3T7QA 1NSOA 3EL4A 2ANLA 5P4WA 1FFIC 3O9FA 2XYEA 4CPWA 1B5FB 3L5EA 3PGIA 5OZXA 3KDBA 1HVCA 4TVGA 5P3CA 3QROA 5P8VA 1T7KA 4FIVA 3OWNA 3PWRA 4YD7A 5P6UA 1YM2A 5P0AA 2QMGA 2I4QA 3BGBA 4Y54A 5P3DA 1K2BA 4EJDA 2UPJA 4J0PA 2JXRA 4M8YA 5KOQA 2ZHTA 5P22A 5HE5A 5P17A 3K4VC 5OZ8A 4S1GA 4QJAA 5P19A 1HIHA 4I10A 5P2EA 1K2CA 4Y4TA 5P5DA 1YTJA 5P5JA 4ZIPA 2A4FA 3NXEA 5OZGA 5P2MA 2AVMA 4DH6A 2QI0A 4DJPA 3OK9A 3HZCA 4TRZA 3OOZA 4FGXA 4Y3WA 5P25A 3OUDB 3EL1A 1IVPA 3EKQA 5P34A 2VJ7A 3K5CA 5P4TA 4B77A 4FM7A 2ZHVA 5P2SA 3NU6A 4GJ9A 3QBHA 4JPEA 3SA4A 4Y38A 1IDBA 4RYGA 3APRE 4PYVA 5P79A 1T7IA 2AZBA 3OU1A 4I8ZA 9HVPA 5AHAA 5OZ4A 3KYRA 4Y4WA 1EPRE 1MERA 2VNNA 4OBHA 5F00A 3NUJA 2PH8A 4FAEA 3UQPA 1EPME 1QDMA 3Q3TA 3MXDA 3PVKA 3U71A 5P7WA 3N3IA 4L1AA 4I11A 1C6XA 4JP9A 3QAAA 4YCYA 5P6EA 5P4XA 2WEAA 3FSMA 2NXLA 3OU3A 4KE1A 3OTYA 5P5SA 2ASIA 5P08A 5P75A 3G72A 4CP7A 2WF3A 3NDWA 5I70A 1HWRA 5P0HA 3UQUA 4FRJA 2JJIA 5E5KA 4HDFA 1K6PA 3PMUA 2RENA 5P2IA 1Z1RA 4Y3FA 3VYEA 2FLEA 4LHHA 4OBZB 3DOXA 2OHMA 3UCBA 5P7BA 5BS4A 1ZPAA 2G20A 3ZLQA 2JJJA 5P00A 5P6OA 3HAUA 5KR1A 5P64A 2AVOA 3DM6A 4X2LA 3QRVA 1VIJA 6FIVA 5IVSA 2R5PA 3O9EA 2BQVA 5DPZA 3S7MA 3SLZA 2G69A 4Y4UA 5ER2E 5COKA 2VKMA 4YE3A 1BXOA 5P6DA 3NU5A 3TPRA 4DI2A 1C6ZA 1RPIA 4I0IA 2FXDA 3IVHA 4J1FA 1DP5A 1EPPE 4ER4E 4FSEA 5P74A 2WF4A 1N49A 2P3AA 5P0QA 1EBKC 2QCIA 1BWAA 2NNKA 4XX4A 1WBKA 1APWE 1TQFA 2H6TA 4R95A 3QN8A 5P3BA 1B6PA 5P2GA 2FDDA 1U8GA 1APTE 3RTHA 3RTMA 3DV5A 5SXNA 3BUGA 2QMFA 3OQAA 4Z2ZA 5OZ5A 3RU1A 3HVGA 3T11A 5JODA 3PM4A 3KT2A 1FQ8A 5P55A 4APEA 3GI4A 3KN0A 4Z22A 3R0YA 1CZIE 1FQXA 1GVXA 2VIYA 2IGXA 3OU1B 3VF5A 3IAWA 4B00A 4H1EA 5P66A 1SMRA 4QGIA 2QI7A 2Q63A 5P69A 1G2KA 3SM2A 3QRMA 3EM3A 4H3GA 4ZSQA 2F3KA 2QU3A 3PHVA 3K5FA 5I3WA 3VG1A 2I4DA 5OZKA 3NU3A 5P07A 3NYGA 4AZYA 1QBSA 5DQCA 2V00A 3VFBA 1SH9A 3L3AA 4PZWA 3D1XA 4J5JA 3HW1A 1APVE 4IVTA 1IZDA 3L38A 4Y56A 2I1AA 3EMYA 4Y43A 4R5NA 2PMAA 3PLDA 1W5YA 5P1FA 5P33A 4Y41A 1OEWA 2HB4A 4Y51A 1G35A 5P2JA 1LS5A 3URJA 2RMPA 1B11A 3LZUA 1PPKE 5P78A 5P5WA 5P2UA 3PBZA 5P2DA 5OYWA 3QBFA 4Y5BA 1D4SA 5OZRA 1HBVA 2AOHA 1HTEA 1EPLE 2AZ9A 2R9BA 4ZSMA 5I3YA 2R3WA 4HEGA 2HAHA 3INHA 2WEDA 5COOA 1HPVA 2IKUA 3L58A 3MSLA 3CICA 3CYXA 1FF0C 4OD9A 3G6ZA 1TCWA 4ZSRA 5P6ZA 5P1OA 5B18A 3KFNA 5P0RA 5DQ4A 3TOHA 5P5IA 5P14A 2IEOA 3EKPA 3PCZA 3EC0A 5P6YA 3PRSA 5P1JA 5OZ0A 5HE7A 4Y3DA 1XL2A 5HE4A 5P4OA 4Y9WA 4J1KA 5IVTA 3T6IA 2QP8A 1OHRA 1SDUA 4Y3SA 1BV7A 5P4SA 1J71A 3OHHA 2QZKA 4RRSA 2BPVA 5P1PA 4YOBA 3SA8A 2ER0E 3HD8A 4RLDA 4JECA 2AOJA 5P2OA 1XS7D 5P3LA 3K5GA 5P5CA 5SY3A 4HDBA 1W6IA 1F34A 3VV6A 5P72A 1META 3PB5A 4TVHA 1GVVA 5P8NA 2V13A 5P7FA 1JLDA 5KQFA 1HRNA 5KAOA 2VIEA 2WEZA 2NMZA 3U6AA 5P4MA 5AHBA 4B70A 3SABA 4HLAA 4CPXA 1BDQA 4I1CA 4ACUA 5DQ2A 1IZEA 3D20A 3EKVA 5KQZA 1B6LA 5APRE 1G6LA 5P1XA 3DV1A 2G1SA 1TCXA 1UH7A 5P67A 3KDDA 5P2QA 4QJ8A 5OZ1A 2OHLA 2R5QA 1MPPA 5P3KA 5P2VA 4NPUA 5P16A 3DUYA 1FKNA 5P1RA 3ER3E 3I2LA 1W5XA 5P40A 5KQXA 3FKTA 2A1EA 2RSPA 2VJ9A 5CONA 5P35A 3KT5A 3BXSA 3OUAA 5P1YA 4E43A 3OGQA 3IXOA 5P3IA 5P5HA 1GVUA 2HB2A 3GGUA 4LXMA 3WB5A 4K8SA 5P6XA 2AOIA 4F74A 4K4RA 4YCKA 5P3TA 5OZ9A 4RROA 5P03A 1IZHA 1ZJ7A 5P4RA 5P2WA 3ZPTA 3INFA 4LXKA 3VFAA 3OXCA 5P18A 1EPQE 3T7XA 1T3RA 5DR1A 4OD9B 4B1EA 5P8UA 5P5OA 3QPJA 1FQ7A 3O9IA 3VLBA 5P6RA 4Y4ZA 5P7VA 1KJHA 5P3VA 3TNEA 1FQ4A 2VJ6A 1RL8A 3BVAA 2QK5A 2O4SA 2OHQA 5P20A 2WF1A 3TL9A 3UDYA 3JW2A 4B1CA 4Y45A 1C6YA 1QRPE 4Y3EA 1GNMA 2G26A 3AUPA 5P47A 5KQYA 3WSJA 1D4LA 3CKTA 3K4VA 5P4IA 3FNTA 5P70A 4ZLSA 4OBJA 2SAMA 3S54A 5AH8A 8HVPA 1Q9PA 2JE4A 2XYFA 5OZNA 5DQ1A 3HLOA 5P2BA 5P1ZA 5P83A 2J9JA 1PROA 4NJTA 5JFUA 1DPJA 4NJUA 3LHGA 4ZPGA 1LZQA 2ZJNA 4Y4XA 1E81E 1QBUA 3OGPA 5P3SA 2Z4OA 3KFRA 1EC1A 1W50A 3EL5A 2B7FA 3VEUA 3OU4A 2ZYEA 2QI6A 4DJRA 4MC2A 5P0OA 2BPZA 4DQEA 1MVPA 2FNSA 3I7EA 5DR8A 2PQZA 5P4GA 2O4NA 2I0DA 5ER1E 3EKYA 5P8OA 1A8GA 3UDKA 2QD8A 2QI4A 2O4PA 4YD6A 5P63A 1LF3A 1PPLE 1MUIA 4JOOA 1EPOE 1HHPA 2BPXA 1LV1A 4NJVA 4I12A 2VA6A 2NNPA 5P7QA 4ZE6A 2NR6A 3EM4A 2ZJMA 4FM8A 3O9HA 3FNUA 5P5AA 5P8KA 3SM1A 2H6SA 2G24A 4ZPFA 5P1SA 1FG8C 5P6QA 5P12A 4Y5MA 1PSOE 5OZJA 3ZKGA 4CPUA 2PYMA 4Y4GA 5P45A 3U7SA 5P8DA 1GVWA 5P0TA 2G1YA 4ER1E 4CMSA 3UDHA 3UQRA 5P7YA 5P3ZA 3SA5A 4GIDA 5P56A 2HPFA 4HA5A 4Y3RA 5P51A 3L59A 5P5RA 3VSXA 1IZIA 2FIVA 4DJQA 5P5UA 5P01A 4XKXA 3O9CA 1LYAA 3URIA 2I4UA 2OHRA 4KB9A 4GZFA 3OOTA 5P1MA 4A6CA 1HTRB 5P3MA 4J54A 4D89A 2OHTA 4DQCA 3NU4A 4JPCA 5TOLA 3IGBA 3O9BA 5P1VA 4GJ6A 1F7AA 2B7ZA 1ODWA 1BIMA 1AZ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJL A;  1CMS A;  1AJX A;  5AHC A;  3SO9 A;  4Q1N A;  4FSL A;  5OZW A;  1W5V A;  5P0W A;  5P2T A;  5P58 A;  4Q1W A;  1C70 A;  1FG6 C;  4WY1 A;  1QBT A;  3OUC A;  5P1U A;  5P6C A;  4LC7 A;  5P41 A;  3S43 B;  3S45 A;  5P5E A;  3F9Q A;  5P32 A;  2FXE A;  2XFK A;  3UDJ A;  5P36 A;  5P5L A;  4Y57 A;  1HTF A;  5P1T A;  1KJ4 A;  5SY2 A;  4IVS A;  4Y47 A;  5P3U A;  5SZ9 A;  3BRA A;  3KDC A;  5OZ6 A;  1XL5 A;  2NMY A;  3DCR A;  3Q5H A;  5P1B A;  5KR8 A;  1BIL A;  4RGH A;  5DR3 A;  1FMU A;  3VV8 A;  1Z1H A;  4FRS A;  1FMX A;  2PSV A;  1TSQ A;  1ME6 A;  1FQ6 A;  4YBF A;  1TSU A;  1EC2 A;  4ZPE A;  5P5B A;  1D4J A;  4RCF A;  5P0B A;  2PWR A;  3HBO A;  3URL A;  5I3V A;  1LYA B;  2CEM A;  3R0W A;  3H5B A;  2IQG A;  2F3F A;  2Q15 A;  3KFP A;  5P06 A;  2JYS A;  4PPH A;  3ZOV A;  4Y48 A;  2ZJK A;  5OZA A;  5HU0 A;  4J1I A;  4DJX A;  3S2O A;  4GYE A;  3QRS A;  4GJ7 A;  2BPY A;  4QJ9 A;  5P3O A;  2RKG A;  5P6K A;  3HDK A;  4OC6 A;  3I8W A;  3SA3 A;  1W6H A;  2QU2 A;  3ZKN A;  5P8E A;  5P2Z A;  5P71 A;  4WTU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HDV A;  4OBK A;  5P2K A;  3CYW A;  3SKF A;  1B6J A;  3LZY A;  2HS1 A;  3UFL A;  3VYF A;  4Y3M A;  5P05 A;  4KE0 A;  2CEJ A;  1KJG A;  1QS8 A;  1LEE A;  5HD0 A;  3IXK A;  4PEP A;  3GI6 A;  1YTG A;  2PC0 A;  4Y3A A;  5P60 A;  3B80 A;  4I0E A;  3TOG A;  3PEP A;  3Q70 A;  4APR E;  4RCD A;  4K4P A;  3TOF A;  5P88 A;  2HB3 A;  4UPJ A;  3NWX A;  3DK1 A;  5OZ3 A;  5P13 A;  1BWB A;  5P6I A;  5DGU A;  4EJL A;  3SA9 A;  4HDP A;  2Q5K A;  2UY0 A;  2I4V A;  3UDM A;  2FGU A;  4M8X A;  4AA9 A;  4EQJ A;  3GGX A;  1K6V A;  5P10 A;  2IGY A;  4DVF A;  2PH6 A;  3S53 A;  5P1K A;  3JVY A;  5P87 A;  5AH6 A;  5P0F A;  4FRK A;  1BBS A;  1HXB A;  3BVB A;  1EC0 A;  5OZ2 A;  5P68 A;  1BXQ A;  2FDP A;  3CMS A;  3FV3 A;  2AZ8 A;  4Y37 A;  2AVV A;  5P5M A;  5OZT A;  3B7V A;  3RVI A;  3TKW A;  5HDU A;  4YD3 A;  6UPJ A;  1NPW A;  3NXN A;  4MC1 A;  5F01 A;  3EL0 A;  3PWW A;  2HIZ A;  4ER2 E;  1A9M A;  3GI5 A;  5P7X A;  1K6C A;  4WY6 A;  5T4S A;  1FLH A;  3BXR A;  3NWQ A;  4GJD A;  4I0J A;  3UDP A;  4Y36 A;  4L1A B;  4OBF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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