3NWQA

X-ray structure of ester chemical analogue [o-ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with mvt-101
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 16
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nwqA00
5P4PA 5P88A 1RNEA 2QHZA 4QJ7A 3SM1A 3FNSA 3FIVA 5P7NA 3O9EA 3U7SA 3RVIA 5P01A 3O9IA 5OZZA 2Z4OA 3K5GA 1FQ8A 4J0PA 2IGYA 1B11A 5OZIA 4CPRA 4RVJA 5SY2A 2IRZA 3WSJA 5P6FA 4GMIA 4LP9A 3SA8A 5KR0A 3OADB 3PI0A 5P5LA 3TOGA 5P39A 4CPUA 3KA2A 5P04A 1BXOA 3EC0A 4Y4AA 1APWE 1PPKE 2XYEA 5OYXA 5P1TA 1RPIA 4YD7A 3LIYA 5P2AA 4HDPA 3H0BA 5DQ1A 4CPXA 3HLOA 4ZE6A 4F73A 3URIA 2QMDA 4Y56A 3OQDA 1B5FA 1W51A 5P0BA 1FG6C 4LHHA 2Z54A 3QIHA 1J71A 2PSUA 3PSUA 2P3BA 2OHUA 3NXNA 5P1CA 3TPLA 4Y3HA 3WB4A 5OZUA 4J0VA 1VIJA 5P56A 1BDQA 2ZJIA 1ZTZA 1BIMA 3FNUA 4DJXA 3OUDB 5IVRA 5P2SA 1A94A 5P7VA 4DJOA 2FS4A 1EPME 2WECA 4Z22A 5B18A 5DR1A 5P74A 4FRKA 2AOGA 4QJAA 1EPRE 5P5OA 2F3FA 3UPJA 4HEGA 3JVWA 4RRNA 5OZLA 3K5FA 4NJSA 3VV6A 4YOBA 4NJTA 3QPJA 2O4NA 1MIQA 5AHAA 4ACXA 4DPIA 3EKPA 4HVPA 5P2MA 2HB2A 4Y3NA 2UPJA 4Y5GA 5J25A 5P3EA 3N3IA 4L7GA 5P53A 4XKXA 1AJVA 1EC3A 4TVGA 4LBTA 2CEMA 3IN3A 5P46A 2Q64A 4LL3A 2QMPA 5JFUA 4UPJA 1W5XA 2QAKA 5I3VA 2PWRA 5P6DA 5P2WA 3KMYA 4AZYA 4APRE 4BFBA 5IE1A 5P0HA 3TH9A 2ZE1A 1IVQA 4Y43A 4DQFA 1HRNA 2H6TA 5OZRA 2I4WA 4OD9A 3ZPUA 5OZVA 3HW1A 4Y3YA 1PROA 1CZIE 4RYGA 4Z4XA 1Z1RA 2PWCA 5P5SA 3NUJA 5P1EA 3INFA 5P5HA 5P13A 1HPXA 3TPRA 5HE5A 4R5NA 4YBIA 5P5AA 5P0GA 2AVOA 3DJKA 5P5NA 4ER4E 5P6XA 2ZHSA 3NDTA 1ME6A 1GNNA 4R92A 1DP5A 5OZTA 4APEA 5C9BA 4Q1WA 4B72A 3LZSA 3VF7A 5P69A 5P59A 5IVQA 3ZKNA 5P5GA 5P8VA 3B80A 4DJPA 1BWBA 2B7FA 5P2DA 5P5ZA 3CIBA 1FQ7A 5AHBA 3GI0A 4OD9B 4QJ6A 4DFGA 5HD0A 5P4QA 2PK6A 2FDPA 2QU3A 5P29A 5P23A 5BRYA 2PQZA 4Y3LA 1HVSA 4OBDA 8HVPA 3OQFA 1HHPA 1K6TA 5OZ9A 2ER6E 5P5BA 5P1BA 3GGVA 1PSNA 4H1EA 3UTLA 3DV5A 5P7UA 2JJIA 3N4LA 3O9LA 5P5FA 4ZSQA 4HE9A 4R95A 5P02A 3D1ZA 4B00A 1TSQA 2FGVA 3VFAA 2VA6A 3K4VC 1EC2A 1PPME 3OUCA 3L38A 5P22A 1YX9A 4Y4WA 4TVHA 2PYNA 1W5VA 5P19A 5P6ZA 2Q54A 4WTUA 4FCOA 4DJVA 4PEPA 2VA7A 3HD8A 3D20A 1UH8A 5OZHA 5P7DA 2R3TA 2V00A 3CYWA 2B60A 2NPHA 4FM7A 5P16A 5SXNA 1LS5A 1MEUA 2NXDA 1ZPAA 3OGPA 5ENKA 2WL0A 2RENA 1PSOE 5E5JA 1HVIA 1XDHA 5P06A 5KQFA 3JVYA 4A4QA 1FB7A 3OHFA 5DR0A 5P25A 2IS0A 4CPQA 1BVGA 5P0YA 4TRZA 3SA3A 1W6IA 3LITA 3BHEA 5OZAA 2HB3A 1KJFA 5P1LA 5PEPA 2AVMA 4Y53A 5P86A 5P3SA 3SA9A 2VKMA 5P0VA 5P07A 3I7EA 5OZGA 4DQHA 3NWQA 1MRWA 4RRSA 3PHVA 4DUSA 4EHCA 1HXWA 5P00A 5OZJA 2FDEA 5DR7A 3UQXA 5P8KA 5P6KA 5P4BA 3INEA 5P5KA 3CMSA 3UDHA 1HVRA 2QMGA 3KFNA 3WZ7A 5P83A 1Z8CA 2BPXA 4YD6A 5P42A 5P1WA 4EP2A 4YHQA 4DH6A 2Q3KA 5OZ5A 3K5DA 4ER2E 4QJ9A 1GNOA 5P0XA 5P7KA 3INHA 1RV7A 3HVPA 2RKGA 5P11A 5P2EA 2QHCA 4XX4A 3NSHA 5P6NA 2G1YA 1SGZA 3H5BA 3GI5A 2UY0A 5HU1A 2QZWA 3LIVA 1HVKA 3QRSA 2UXZA 4Y5NA 3IAWA 4MC9A 3LIQA 2ZHVA 4GJ7A 2OHSA 1ODYA 3APPA 3NU9A 5P8AA 4DJQA 1PPLE 1K1TA 3QN8A 3Q3TA 2XYFA 1MVPA 2AIDA 3OUAA 4FM8A 2ER9E 4Y37A 3VV8A 1FLHA 5T4SA 5P7PA 4I8WA 5P8IA 3TKWA 1FKNA 4Y38A 5P7FA 4YD5A 4L7JA 3OU1B 5P2UA 5P8HA 2R3WA 3NU4A 2ASIA 3VYFA 1QBRA 2NNPA 3RSVA 5P6GA 5P7XA 3BC4A 5P5RA 4LXKA 1ZP8A 1IDAA 4BELA 3UQPA 2I4DA 3OOTA 4B1CA 3D1XA 5P0CA 5HVPA 4PPHA 5P2KA 3IGBA 3SFCA 5I3WA 5P7BA 5P5TA 4RLDA 2IQGA 3S85A 3K1WA 5P4WA 3KMXA 2B8VA 5KAOA 1AJXA 1HSIA 5P1YA 3S45A 2MIPA 5EZZA 5P8FA 5OZEA 5DGWA 1A8GA 3R2FA 1HVCA 2JXRA 5P4CA 3PMYA 5P7WA 1QBSA 5P6HA 1IBQA 3R0WA 5P7ZA 1LYAA 4Y41A 5UPJA 3O9CA 4GJAA 2ZHTA 1FQ5A 5P15A 4YCYA 5P73A 4Y5PA 3EM3A 2QZLA 5P3NA 2NMZA 3BUHA 3KN0A 3QRVA 4FAEA 3T7PA 1HOSA 3DCKA 5P4NA 4Y5CA 2CEJA 4J0TA 3DV1A 4I10A 4HZTA 4Y3RA 4YCKA 2R8NA 3LNKA 3TLHA 1LYAB 2FNTA 1APUE 1LF4A 1HPSA 2V16C 5P4MA 4Y3DA 1HBVA 5P1MA 2WEBA 4Y3MA 5P7SA 2FNSA 5OZFA 4D8CA 2AVSA 4I0FA 3EKVA 4J1IA 5P63A 5P76A 5P1QA 2PSVA 3PSYA 1HXBA 3ER3E 2QZXA 3LPJA 1TCXA 4GJDA 3UDQA 5OZMA 2IEOA 4EXGA 1BAIA 5P35A 5OZBA 4I0GA 2QCIA 1OEWA 4AA9A 2AODA 5P6CA 4KE0A 1G0VA 1BDRA 2ZHRA 1T6GA 3IVIA 3ER5E 3EKYA 4FRJA 1ZPKA 5P6LA 6APRE 2PK5A 1XS7D 1T3RA 4ZPEA 5AH6A 2QD6A 5P1AA 3T3CA 4ZSMA 1CMSA 2F3EA 1NPVA 1WBKA 4I1CA 3QBFA 5P4GA 3I8WA 4NPUA 5C9DA 5IVTA 1C6YA 2F80A 3SABA 3PCWA 5P1JA 5P8TA 4NKKA 5P36A 5P3PA 3T7QA 3M9FA 1MTBA 3QAAA 5P2TA 3K5CA 5P4LA 5P4DA 2J9JB 3O9HA 5P5XA 5P2LA 1G6LA 5P1SA 4ACUA 2FXEA 4DJRA 5KOQA 3KFRA 4MC1A 3L58A 5P4SA 4DQBA 3UDYA 4GIDA 3UQWA 1UPJA 4QGIA 5P7IA 4CMSA 3C9XA 3OAGA 3DOXA 5P62A 5AH9A 3S54A 2O4KA 5P7MA 2B42A 4BFDA 3TTPA 2AOHA 5DPZA 3BXRA 5P8PA 4R91A 2O4LA 3NDUA 3PLDA 5P1HA 5P0ZA 2O4PA 1A9MA 2PMAA 1HPVA 3UDMA 4Y36A 3I6OA 6FIVA 3EM6A 2BB9A 2FIVA 4RCDA 3I2LA 3RU1A 3D1YA 4Y39A 1BDLA 5P54A 5P58A 5P8SA 1K2CA 5APRE 1HEGE 5DQ2A 1GNMA 4YD3A 7HVPA 3QS1A 3QRMA 3PBDA 1IZHA 4B78A 5P2HA 5OZYA 5DR8A 5P1ZA 5P3GA 1D4IA 4OBGA 5P82A 1B5FB 4JP9A 4NJVA 5OZQA 5EZXA 5P34A 2F81A 1W5WA 4CP7A 2BQVA 4Q1XA 1FQXA 4KUPA 1LF2A 5HDXA 5OYSA 5P3TA 4Y5BA 2QK5A 2P3BB 1G35A 4Y57A 2IGXA 1MT8A 3D91A 4QJ8A 1HTFA 4DQGA 2FMBA 2ZHUA 5P2YA 4IVTA 4B0QA 5P6BA 1G2KA 5P0DA 5P2IA 1HSGA 3WZ6A 2I0AA 5P37A 3T7XA 5P4VA 3TOFA 4D88A 4B1DA 3S7LA 2ZJJA 1CPIA 4EP3A 3L5BA 1MTRA 1RQ9A 5P0NA 3AIDA 1QRPE 1WBMA 5P6MA 5P5QA 5P3AA 5DR3A 4IVSA 3WZ8A 5OZWA 5P0OA 2Q11A 3NDXA 1HVHA 5P4TA 5P3KA 5ER2E 4EQJA 2G22A 1MRXA 3I25A 5P0MA 4YCTA 1YT9A 4HA5A 2R38A 1W6HA 3VYDA 5OZNA 3LIXA 5P6JA 3PWWA 1AXAA 3LPKA 4LAPA 5P10A 5P79A 4DV9A 3EBZA 1Z1HA 3BVAA 5P5DA 5P8RA 2QD8A 3NXEA 2AOCA 3SA7A 2RKFA 1TZSA 4B77A 4WY1A 3QBHA 5OZ2A 1ZLFA 4GB2A 3OTSA 3MSKA 1B6LA 5P51A 2A1EA 3VLBA 2XFJA 2JJJA 1ODXA 1EEDP 5P4IA 2V12C 3EL5A 2OAHA 4GJCA 3LZYA 5OZDA 2WF4A 5P4UA 5P20A 5P2CA 1D4LA 1DMPA 3EXOA 4F76A 3PLLA 4YDGA 5FIVA 5P6OA 4LXMA 3OGQA 1HIIA 5I3XA 4PYVA 5JODA 5P5PA 5CONA 5P3CA 3NR6A 5P84A 1HVJA 4Y4DA 4YE3A 5F00A 2IKOA 4COEA 5P0FA 2G69A 3VFBA 2ZDZA 3OY4A 4A6BA 4B1EA 5P0KA 3TPJA 5P8JA 3LZVA 3GGUA 2H6SA 3NU5A 2QI5A 5COOA 5HE4A 4Y3QA 4DI2A 3CKPA 4Y47A 5P0UA 5P47A 2BPVA 5AGZA 1LZQA 4HDFA 4DJYA 5KQXA 3PWRA 4FS4A 5P6UA 1APVE 5AH7A 3HVGA 5OYYA 3NWXA 3O9LB 2VNMA 2ZJKA 5OZXA 5P7RA 3HZCA 3ZMGA 5COPA 2OHTA 5P80A 2OHNA 5P7YA 5P3RA 2G21A 4I8ZA 4K4RA 2V11C 1HPOA 4Y4TA 5P5IA 5P26A 3QP0A 1SGUA 1D4KA 5P1NA 2AOJA 4K4QA 3PI5A 4Y5EA 1VIKA 4Q1YA 2A4FA 4JECA 4FLGA 4R8YA 3OQKA 3SQFA 5OYQA 4FGXA 2QI0A 1FIVA 3EKWA 4I0DA 4RYCA 5P81A 4J1HA 5P70A 5P33A 4BEKA 5P32A 1JLDA 4ZSRA 5P6AA 2R5PA 1T7JA 5OZSA 5P78A 2QI6A 5OYVA 2WEAA 5AH8A 1NPWA 2AOIA 4YD4A 3ZPTA 4RVXA 4I0EA 9HVPA 5SY3A 3B7VA 5P2RA 1YTIA 1NSOA 4J55A 3KDCA 1ZSRA 5P75A 1D4HA 5HDUA 2VJ9A 3L5CA 2ZJHA 3INDA 4I0HA 3DUYA 3DM6A 5P6PA 2I4VA 5P5EA 3Q5HA 2P4JA 2HPEA 5ENMA 3RTHA 3EL0A 4DPFA 4Y3AA 2FDDA 5HE7A 1XE6A 4H3GA 5P6WA 5P45A 3NDWA 2QP8A 1B6KA 4WY6A 3SAAA 1OHRA 4Q1NA 2QHYA 2Q5KA 1TW7A 4R93A 5P1XA 2PC0A 3LPIA 4I0JA 4ZLSA 4EXHA 2Q15A 5P52A 3ZKGA 1ENTE 1RL8A 2RSPA 3S56A 4Y5AA 5P1UA 5OZ1A 1FGCC 2WHHA 3WB5A 2AVQA 4J1EA 1ZBGA 3NLSA 1MSMA 2WF3A 3FX5A 1MT7A 1BBSA 5BS4A 1HIHA 1T7KA 1TSUA 2R9BA 2OHMA 4GJBA 3PCZA 2B8LA 5P3IA 3UHLA 4PZWA 1AM5A 3TKGA 4CPSA 3PSGA 5P2JA 3VV7A 1QDMA 2FGUA 3BVBA 3TNEA 5P8MA 2IDWA 4X7IA 2G20A 5HDVA 1EC0A 1GKTA 4LXAA 2F8GA 3UDNA 3PM4A 2XFKA 3UQRA 1W5YA 4F74A 1B6PA 3L3AA 2QI1A 1EBKC 5KOSA 1SMRA 2QU2A 1FFFC 2V0ZC 5P4ZA 2VJ6A 5DGUA 1EBWA 1PSAA 4Y3ZA 5OZPA 5BWYA 1GVWA 4Y4BA 1FEJC 3D3TA 2BBBA 3NU6A 4AA8A 3O9BA 1TCWA 3KDBA 1FMBA 7UPJA 3F9QA 3T11A 1GVTA 5P0PA 2AZCA 3GI4A 4AMTA 3URLA 5P6RA 3QVIA 1M43A 3S53A 1IDBA 2QI7A 5P6EA 1MESA 5KR2A 1IZIA 2G1SA 5P8NA 4Y3TA 2ZJMA 1AIDA 3LINA 1PFZA 4J1KA 1LYBA 5ISJA 5P4AA 5P4EA 3VUCA 3OU3A 4GJ5A 3ST5A 2I4QA 1BILA 1FFIC 2WF0A 2WJOA 2CENA 2ANLA 4Y3JA 2HB4A 5AHCA 5P3HA 3KT2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4P A;  5P88 A;  1RNE A;  2QHZ A;  4QJ7 A;  3SM1 A;  3FNS A;  3FIV A;  5P7N A;  3O9E A;  3U7S A;  3RVI A;  5P01 A;  3O9I A;  5OZZ A;  2Z4O A;  3K5G A;  1FQ8 A;  4J0P A;  2IGY A;  1B11 A;  5OZI A;  4CPR A;  4RVJ A;  5SY2 A;  2IRZ A;  3WSJ A;  5P6F A;  4GMI A;  4LP9 A;  3SA8 A;  5KR0 A;  3OAD B;  3PI0 A;  5P5L A;  3TOG A;  5P39 A;  4CPU A;  3KA2 A;  5P04 A;  1BXO A;  3EC0 A;  4Y4A A;  1APW E;  1PPK E;  2XYE A;  5OYX A;  5P1T A;  1RPI A;  4YD7 A;  3LIY A;  5P2A A;  4HDP A;  3H0B A;  5DQ1 A;  4CPX A;  3HLO A;  4ZE6 A;  4F73 A;  3URI A;  2QMD A;  4Y56 A;  3OQD A;  1B5F A;  1W51 A;  5P0B A;  1FG6 C;  4LHH A;  2Z54 A;  3QIH A;  1J71 A;  2PSU A;  3PSU A;  2P3B A;  2OHU A;  3NXN A;  5P1C A;  3TPL A;  4Y3H A;  3WB4 A;  5OZU A;  4J0V A;  1VIJ A;  5P56 A;  1BDQ A;  2ZJI A;  1ZTZ A;  1BIM A;  3FNU A;  4DJX A;  3OUD B;  5IVR A;  5P2S A;  1A94 A;  5P7V A;  4DJO A;  2FS4 A;  1EPM E;  2WEC A;  4Z22 A;  5B18 A;  5DR1 A;  5P74 A;  4FRK A;  2AOG A;  4QJA A;  1EPR E;  5P5O A;  2F3F A;  3UPJ A;  4HEG A;  3JVW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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