3NXEA

X-ray structure of ester chemical analogue 'covalent dimer' [ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with mvt-101 inhibitor
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease covalent dimer
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 42
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2010-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nxeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nxeA02
3NUOA 5P0QA 3VLBA 5DR0A 4HZTA 4J1IA 4I8WA 4Y5GA 1G0VA 5P3TA 5P73A 1GVUA 4EQJA 5P6IA 2ZHRA 3UPJA 5P5TA 5P47A 5P0PA 1YM4A 4XX4A 5P8KA 3SLZA 3CYWA 2H6SA 3PMUA 2WEAA 3QPJA 2ER6E 3VG1A 5KQZA 4KUPA 3EM3A 5P8FA 3DJKA 1U8GA 3D3TA 5P3OA 1LS5A 3NU6A 5P86A 4J0YA 1KJ7A 4OBFA 2ZJMA 5P25A 4ZE6A 1JLDA 4LC7A 1HVHA 5P30A 4OBJA 4FM8A 3URIA 3O9LB 2EWYA 4Y3XA 3ER5E 5P08A 5P4PA 3DCKA 1RV7A 2ZJLA 4HLAA 4GJ8A 2QMDA 3QVIA 4ER1E 4R91A 3IXJA 5KR2A 4QJ8A 3WSJA 2RKGA 2ZYEA 2FNSA 5IVSA 1FF0C 2B7ZA 3JVWA 1IZDA 5P12A 1K6VA 1K6PA 2HS2A 2G1RA 5HE4A 5P63A 3S43B 4AA8A 2R38A 1G6LA 1YTHA 2PMAA 4APRE 3IVIA 2P3BB 1NH0A 5P7FA 4Y4GA 5P6CA 3Q70A 2BJUA 5OZXA 2AOJA 3EC0A 5P82A 3WZ8A 5P2RA 5P6XA 1BAIA 5OZPA 4J55A 3TKGA 1M0BA 2RKFA 4B00A 4Z2ZA 2J9JB 2VJ9A 2R43A 1PFZA 4J0TA 5P3UA 1K2CA 3HZCA 1BWBA 4RVXA 5P4WA 1K6TA 2WECA 5AHAA 3EKVA 4Q1YA 1LF2A 5P64A 2BPWA 5P0TA 3DV1A 4CPTA 3FKTA 3EXOA 1LV1A 3FNTA 3HVGA 5SY2A 4YA8A 3WZ6A 3AIDA 2FNTA 3S43A 5P6GA 5P46A 1FQ5A 2VA6A 5COPA 5HVPA 3O9IA 5P6KA 1CPIA 2QI5A 5FIVA 2P3BA 5P8UA 4YD7A 5P1MA 3CKRA 4GJ5A 2I4QA 4I0GA 5P83A 5IE1A 5P70A 2P3DA 4X2LA 5OZRA 5P2AA 3SA6A 1ENTE 5OZJA 3D20A 3QBHA 4RVIA 5OZQA 3UCBA 3VLAA 1EEDP 5P6VA 4CPXA 2PSVA 4CPUA 5P7WA 5P7LA 4EPJA 1TZSA 1EBYA 4HDPA 4CKUA 1LYBB 3MWSA 4DJOA 5OZIA 2NMYA 1XS7D 3PVKA 4LHHA 5P8TA 4GB2A 5KOQA 2V16C 3G70A 1IDBA 1ZTZA 3OUDB 1BV7A 2PK5A 4L7JA 3U6AA 2IKOA 5DQ1A 1DP5A 5ENMA 5P2IA 5P2CA 3BUGA 1LYWB 4DJPA 5P00A 3BGCA 4U8WA 1EPQE 5P2ZA 5P7AA 3KM4A 4AA9A 4FAFA 1BDRA 5HD0A 1LYBA 2BQVA 5P29A 5P60A 1EC3A 4EP3A 2IRZA 3OAGB 3BUFA 3PWMA 3ZKNA 3NDWA 2FXEA 3K5CA 4H1EA 2AVVA 3WB4A 2HPFA 5P26A 3ZKXA 4LXAA 3Q5HA 4OBZA 4RCDA 5P2XA 5P5NA 3INDA 3UDPA 3PLDA 3UQUA 5P36A 2A1EA 1Z1RA 5P2TA 4NJVA 1GVTA 1PSNA 3PB5A 5P1YA 4ACUA 3KDCA 3URLA 2FGVA 3OTSA 3QS1A 5OYZA 4N00A 2B42A 4ZSQA 1SBGA 3S56A 1K6CA 5P0XA 2ZJHA 5P6WA 2BBBA 5P42A 2O4SA 5ENKA 1B6MA 5P2FA 1HRNA 2G69A 4B77A 1Z1HA 5P1TA 5P5ZA 4Y45A 5P24A 3UDYA 5P51A 5P2EA 5P0SA 2OHUA 4Y3WA 1B6LA 4QJAA 5P4SA 4QJ6A 2QNPA 4D89A 1ODYA 4ZPGA 1SDTA 1W5YA 5HE7A 5P6PA 3EL5A 2OHNA 5AH9A 3SABA 5OZ2A 2PH6A 5KR1A 3K5GA 3R2FA 4J5JA 4ZSPA 2JE4A 5HDVA 2OHSA 3TPRA 4GJAA 5P2WA 4FRIA 4Y5MA 2AOFA 1NSOA 4WY1A 3LPIA 5P7TA 2VJ7A 5P3PA 2FIVA 4HEGA 1EBWA 2R5PA 5P6EA 4FIVA 2P4JA 5P0KA 5P0LA 4QLHA 1VIKA 2NXDA 1MIQA 3OU4B 3TL9A 5CONA 4CPRA 2J9KA 5ISJA 3EKTA 3UDNA 1BVGA 5P1OA 2ZJIA 5JFUA 2WKZA 4EHCA 5P1UA 2G1NA 5P7CA 4A4QA 4E43A 1APWE 4RVJA 2PK6A 5P1IA 5P62A 5P7NA 3T3CA 2QI4A 3I7EA 5P6FA 3IN3A 3NDXA 2OHRA 4Y4ZA 4UPJA 6APRE 2Q15A 1NPVA 4YD4A 2B60A 1HXWA 5KAOA 3LIQA 2QZXA 3PMYA 1D4HA 3GGAA 5P04A 4RLDA 4LP9A 3D1YA 4B1DA 1FG6C 4L6BA 5P7KA 4RYGA 2F81A 3LIXA 4IVSA 2F3KA 5JG1A 4Q1NA 3OQ7A 3LIZA 3RTMA 3CIBA 3GI5A 3SA8A 4RYCA 2G22A 3NU3A 5P8LA 1QBTA 3BXRA 2QZLA 4XKXA 5BRYA 4L7GA 5P3YA 3O9AA 5P4OA 1OEXA 2ZDZA 5P0ZA 3OADB 3QP0A 3I25A 3ZOVA 5P2DA 3D1XA 3OU3A 3LZYA 1A94A 4GJCA 5OZ6A 3INFA 1MVPA 5HE5A 5P81A 3PWRA 5OZ1A 3BUHA 5P22A 2NXLA 1HIIA 3ZKGA 4F75A 3K4VA 2ZHTA 2VIEA 5T4SA 2HB3A 2O4KA 3MSLA 3VFBA 1LYAB 2F80A 5P0UA 1HTRB 5P4ZA 4DJXA 4FL8A 2AOHA 3FSMA 1QBUA 5P54A 4GJ9A 5P3QA 4GIDA 5P1CA 1XN2A 1VIJA 2SAMA 2WF1A 1PPKE 3N4LA 1EPPE 4FRKA 3TOHA 1ZLFA 4FCOA 1HEGE 4J54A 5P7OA 4RRNA 1IBQA 2QP8A 1PROA 3TLHA 3S8IA 3A2OA 4HVPA 3TNEA 1HPSA 4Y3RA 1BBSA 2ZE1A 5KR8A 5P49A 2R8NA 4FLGA 3UDRA 4J0PA 3C9XA 3BGBA 3L5CA 4Y4DA 5P1PA 4R8YA 2ANLA 4J1CA 2F8GA 2QHZA 3QRMA 5P0CA 1UH7A 1YT9A 5P8QA 3OQFA 3BVBA 1FQ7A 5HU1A 1FMBA 1LYAA 3B80A 1HHPA 4EJKA 2VIJA 4OBKA 3UFLA 1ZBGA 4APEA 1TQFA 2R3WA 3FV3A 3TPJA 1XL5A 3NDTA 1G2KA 4RCEA 1SP5A 4YCKA 2FGUA 5DR7A 5P28A 3OUCA 4I12A 5P3VA 5IVTA 1UH8A 4Q1WA 4J1FA 5OZDA 4TRYA 5P1VA 4DFGA 4YE3A 4Y39A 2AZ9A 1HTGA 3RSVA 4Z4XA 3KT5A 5HDZA 2HS1A 5P0IA 5P07A 5P27A 5EZZA 3SAAA 4B05A 3KN0A 1MT9A 2VS2A 4Y4WA 5P1EA 5P5WA 1XE6A 2HIZA 5P35A 5P7VA 3SKGA 4U7VA 4K4PA 2FDPA 4Y3QA 3UQPA 5P6RA 1TSUA 3T7PA 5DQ5A 2QAKA 5I70A 2NMZA 5P5YA 3LINA 3CYXA 5P3CA 1B5FA 2B8LA 1C70A 4CPQA 5P6HA 5P4BA 2JJIA 1EBZA 5DPZA 2Q5KA 3OWNA 5AHBA 2QI1A 4EWOA 1EC0A 5OZUA 4Y3HA 3SA9A 3O9DA 1GNMA 2WHHA 3L38A 3LIYA 5P0NA 5P1NA 5P39A 1MTBA 5P0VA 2IL2A 5P1QA 3T7QA 5P37A 5P4YA 5P0DA 5P02A 2QZKA 3ZPUA 1SDVA 4CMSA 3OGQA 3T7XA 4WTUA 4EJDA 1HIVA 3ZKQA 5P4MA 1SIVA 4Y56A 3VV6A 1DMPA 4Y3LA 4GJBA 2CEMA 1RNEA 2PC0A 1HEFE 3QRSA 2WF4A 5P6UA 2WEZA 3N3IA 5J25A 2UXZA 5PEPA 3VYDA 1APVE 4ER2E 4JP9A 6UPJA 5P0BA 1FMUA 3AUPA 4I0HA 3VV8A 5KOSA 1LF3A 2ZJNA 1E5OE 3K4VC 4Y3EA 4J1EA 1W50A 2FXDA 3LITA 1K2BA 3LNKA 1T6GA 4B78A 5P88A 2CENA 3PM4A 4K8SA 4QJ7A 3IAWA 5P7SA 4FSEA 4I11A 5P8AA 1BXQA 1ZP8A 1W6IA 5B18A 2O4NA 4RCFA 1KJFA 2VJ6A 5P0GA 5P8BA 2V11C 5P89A 3UDJA 1G35A 3RVIA 3KFNA 5E5KA 4Y5PA 4YCTA 3GI6A 5P2MA 3H0BA 2I1AA 3PBDA 4LL3A 5P6JA 3EKWA 1RL8A 2G27A 5ER2E 3D91A 3O9FA 3PSUA 3VEUA 5P7BA 2V13A 5P4CA 5P2UA 5P0EA 5P0WA 3OTYA 2JYSA 1IZEA 1WKRA 2F3EA 3DK1A 5P6TA 3U71A 1EAGA 5P7QA 2IDWA 3TOFA 3GW5A 5HDXA 1FG8C 3EM4A 5ER1E 2QHCA 3EBZA 5OYYA 5COKA 1HTFA 3HLOA 4I0IA 1C6ZA 4FSLA 1A9MA 1K1TA 1MRXA 5P33A 3Q6YA 5OYXA 3EL4A 5P8RA 5AHCA 1MSNA 2IGXA 3KMYA 4K4RA 1YTGA 5P0OA 5KQYA 5P5VA 3URJA 2NR6A 1XL2A 2NXMA 1TW7A 3H5BA 5P8CA 5P8NA 5P45A 1HPVA 3RTNA 5P79A 3K5DA 5P3DA 4DPFA 3Q3TA 2HAHA 4AMTA 3Q4BA 4JOOA 5C9FA 5P5XA 3SM2A 1HTEA 4Y5EA 3VUCA 3R4BA 4I0FA 3LZUA 3L58A 3SA4A 3D1ZA 3UDMA 4Y4JA 5P8EA 2Q63A 2HB2A 3VYEA 1XDHA 5P80A 5KQXA 5P32A 1HVCA 3NXEA 5P50A 4DQEA 4OBZB 4XX3A 3HDKA 2OHTA 2H6TA 5P5EA 1EC1A 2IKUA 4OBDA 1APUE 2NPHA 3EL1A 4DJQA 4PZWA 3CKPA 2I4DA 1GNNA 1IVQA 5P75A 1E82E 1K1UA 1RQ9A 4Y36A 5P10A 5P4GA 4GJDA 4Y3JA 3UQRA 5HCTA 5P77A 1KZKA 5OZSA 1YM2A 3PLLA 1BVEA 2QI7A 5P6NA 2AVOA 4FRSA 5CLMA 5DQ4A 4FS4A 5UPJA 4Y50A 4ACXA 5IVRA 1N49A 3I2LA 5P3FA 5P1WA 4I10A 4MC2A 2G1OA 3OQDA 3UDQA 2I4XA 3IXKA 1EPLE 2VIYA 4HA5A 4Y44A 2G20A 2P3AA 2OAHA 4F73A 2PYMA 4EQ0A 5OYRA 2QU2A 4DJRA 4ZEAA 2IENA 5P5KA 3ZKSA 3ZKMA 2FDDA 4YCYA 1OEWA 3KFRA 4DQGA 3LPJA 5P8DA 7HVPA 1W5WA 3VYFA 5HTZA 4DQHA 1IVPA 5P84A 3K1WA 5P1JA 5OZWA 5P4UA 3ZLQA 1HOSA 5P4IA 4CP7A 2HB4A 3HAUA 3U7SA 1AJXA 4K4QA 1BV9A 4H3IA 2V12C 4H3GA 5P8VA 4Y4BA 4NJUA 5P6QA 2MIPA 4LBTA 2G94A 3OOTA 3S7LA 5P01A 1ZAPA 1T7JA 5P7YA 3SM1A 3IGBA 5P8GA 3L5EA 2QD6A 4R95A 4D83A 3R0YA 2QCIA 1IIQA 5P1HA 2OHMA 4RRSA 2G1YA 3SA7A 3PSGA 3KMXA 1D4SA 2B8VA 5IVQA 4NPUA 1FIVA 3L59A 4YD6A 5P0RA 2QI3A 4JPCA 4YD3A 5P2YA 4Y4EA 2Q3KA 3M9FA 1B6PA 5OZVA 3TPLA 3NU5A 4R93A 3PSYA 3UHLA 5P55A 3O9BA 5OZ0A 4F74A 1BDQA 1IZIA 4L1AA 5P38A 4DQFA 4TRZA 4RGHA 3RTHA 2QMFA 1LZQA 3DOXA 1IZHA 2BPZA 3LZSA 1A8GA 2NNKA 4NJTA 4Q5MA 3GI0A 5P7IA 4A6BA 5P11A 2IEOA 2NNPA 5OZMA 1YX9A 5P5GA 4ZLSA 5P3WA 1FFIC 2OHLA 4Y3SA 4LAPA 1MSMA 4Y43A 1C6XA 2ZHUA 5OZBA 2ZJKA 3IVHA 3KT2A 5P8PA 4CPWA 4Y5NA 4B72A 2AIDA 3RSXA 3RU1A 1FFFC 4Y4XA 4FE6A 4Y47A 4Y3AA 4FGXA 4Y4TA 4DPIA 4BELA 4Y3ZA 3HW1A 1EPME 2AZCA 4DJUA 1BILA 2UY0A 1HVRA 5P4EA 5P6DA 2BKSA 4DVFA 2AODA 5P2QA 5EZXA 4AUCA 2AOEA 1J71A 2VNMA 4Y4AA 5HDUA 2F3FA 2FMBA 3MXDA 1T7KA 5BWYA 2Q11A 4X7IA 2WF0A 4Y5AA 5P8JA 5P0YA 5P18A 1SIPA 4YDFA 2AVSA 5P5CA 3OUBA 2QD8A 5P4NA 3BC4A 2BPXA 1AIDA 4MC1A 4Y3DA 3NWXA 2PWRA 3EMYA 2I0AA 4Y5KA 3KFPA 4Y3GA 4PHVA 3O9EA 5OZEA 3O9HA 5OZFA 1AAQA 3OU1A 5P6BA 5SZ9A 5P7PA 4QGIA 5P5SA 1E81E 3NDUA 3TH9A 3SA3A 5P5AA 2G1SA 5P6OA 3GGVA 1EPRE 3CIDA 3R1GB 3CKTA 4OD9A 1D4LA 3FNSA 5P76A 2QZWA 1MT8A 5P57A 5P7EA 5P6LA 4KB9A 5P68A 1HVIA 3GI4A 4Y6MA 1TSQA 5P3BA 1EPNE 3SA5A 2WL0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NUO A;  5P0Q A;  3VLB A;  5DR0 A;  4HZT A;  4J1I A;  4I8W A;  4Y5G A;  1G0V A;  5P3T A;  5P73 A;  1GVU A;  4EQJ A;  5P6I A;  2ZHR A;  3UPJ A;  5P5T A;  5P47 A;  5P0P A;  1YM4 A;  4XX4 A;  5P8K A;  3SLZ A;  3CYW A;  2H6S A;  3PMU A;  2WEA A;  3QPJ A;  2ER6 E;  3VG1 A;  5KQZ A;  4KUP A;  3EM3 A;  5P8F A;  3DJK A;  1U8G A;  3D3T A;  5P3O A;  1LS5 A;  3NU6 A;  5P86 A;  4J0Y A;  1KJ7 A;  4OBF A;  2ZJM A;  5P25 A;  4ZE6 A;  1JLD A;  4LC7 A;  1HVH A;  5P30 A;  4OBJ A;  4FM8 A;  3URI A;  3O9L B;  2EWY A;  4Y3X A;  3ER5 E;  5P08 A;  5P4P A;  3DCK A;  1RV7 A;  2ZJL A;  4HLA A;  4GJ8 A;  2QMD A;  3QVI A;  4ER1 E;  4R91 A;  3IXJ A;  5KR2 A;  4QJ8 A;  3WSJ A;  2RKG A;  2ZYE A;  2FNS A;  5IVS A;  1FF0 C;  2B7Z A;  3JVW A;  1IZD A;  5P12 A;  1K6V A;  1K6P A;  2HS2 A;  2G1R A;  5HE4 A;  5P63 A;  3S43 B;  4AA8 A;  2R38 A;  1G6L A;  1YTH A;  2PMA A;  4APR E;  3IVI A;  2P3B B;  1NH0 A;  5P7F A;  4Y4G A;  5P6C A;  3Q70 A;  2BJU A;  5OZX A;  2AOJ A;  3EC0 A;  5P82 A;  3WZ8 A;  5P2R A;  5P6X A;  1BAI A;  5OZP A;  4J55 A;  3TKG A;  1M0B A;  2RKF A;  4B00 A;  4Z2Z A;  2J9J B;  2VJ9 A;  2R43 A;  1PFZ A;  4J0T A;  5P3U A;  1K2C A;  3HZC A;  1BWB A;  4RVX A;  5P4W A;  1K6T A;  2WEC A;  5AHA A;  3EKV A;  4Q1Y A;  1LF2 A;  5P64 A;  2BPW A;  5P0T A;  3DV1 A;  4CPT A;  3FKT A;  3EXO A;  1LV1 A;  3FNT A;  3HVG A;  5SY2 A;  4YA8 A;  3WZ6 A;  3AID A;  2FNT A;  3S43 A;  5P6G A;  5P46 A;  1FQ5 A;  2VA6 A;  5COP A;  5HVP A;  3O9I A;  5P6K A;  1CPI A;  2QI5 A;  5FIV A;  2P3B A;  5P8U A;  4YD7 A;  5P1M A;  3CKR A;  4GJ5 A;  2I4Q A;  4I0G A;  5P83 A;  5IE1 A;  5P70 A;  2P3D A;  4X2L A;  5OZR A;  5P2A A;  3SA6 A;  1ENT E;  5OZJ A;  3D20 A;  3QBH A;  4RVI A;  5OZQ A;  3UCB A;  3VLA A;  1EED P;  5P6V A;  4CPX A;  2PSV A;  4CPU A;  5P7W A;  5P7L A;  4EPJ A;  1TZS A;  1EBY A;  4HDP A;  4CKU A;  1LYB B;  3MWS A;  4DJO A;  5OZI A;  2NMY A;  1XS7 D;  3PVK A;  4LHH A;  5P8T A;  4GB2 A;  5KOQ A;  2V16 C;  3G70 A;  1IDB A;  1ZTZ A;  3OUD B;  1BV7 A;  2PK5 A;  4L7J A;  3U6A A;  2IKO A;  5DQ1 A;  1DP5 A;  5ENM A;  5P2I A;  5P2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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