3O99A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd13
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o99A00
4NJSA 3PRSA 1HTGA 5P8FA 5OYXA 5P2AA 4H3GA 2PWRA 4FM8A 2BPZA 2I4XA 5P65A 4HLAA 3QAAA 4YDFA 4PYVA 4DH6A 3ZPSA 1DP5A 3CIBA 1MT7A 5P68A 5P43A 5P3UA 4DJVA 1RQ9A 2WKZA 5P35A 5OZWA 2VA6A 2ASIA 1ZSRA 4Y51A 1APUE 2OHLA 3SABA 4Y5EA 5OZKA 2AVMA 3OAGA 5P03A 1SIPA 1T6EX 4GB2A 4GJAA 1ZTZA 3TOHA 4Y4AA 1MUIA 4NPUA 2P8HA 4Z2ZA 3NU3A 3S7MA 1FEJC 4ZE6A 2HIZA 5JODA 4YDGA 4TVHA 1E82E 5P75A 5P0QA 4YBIA 5P3RA 3OXXA 4Y4WA 4OBGA 3T7PA 5APRE 2AZ9A 5P5MA 3L5DA 4Y3DA 2PSVA 3KDBA 5P2MA 4FCOA 4I11A 4D89A 5P1GA 2NXDA 1KJHA 5P1OA 5P3KA 2OHKA 5P2FA 1FF0C 4R8YA 3O9LA 3LHGA 4NPTA 3ZKSA 4FSLA 2OAHA 3NR6A 3UQXA 2RENA 5P64A 3S85A 5AGZA 5I3VA 3GW5A 1OD1A 5I3WA 4I10A 5P7DA 4D85A 5P41A 5P6DA 5P48A 3PWWA 2J9KA 1MRWA 1W51A 2G69A 5P62A 4YOBA 4HDBA 1C70A 2G1RA 4B1DA 2PQZA 2QZXA 1MEUA 3I6OA 4DV9A 2AZCA 5OZ4A 1VIJA 4K8SA 1YTJA 2QU2A 5P1IA 5P4BA 1XDHA 5HD0A 4DQBA 3H5BA 4ZPEA 5DR0A 5OZAA 1PPLE 4J55A 3GI4A 3OADB 5P2UA 3MSLA 5P0TA 4WY6A 1MESA 5P45A 5P61A 3ZKMA 1BDRA 3HD8A 3PMUA 1FLHA 4E43A 1YG9A 5OYYA 5ISKA 3UDYA 5P70A 1HVLA 3TPLA 1QBTA 1HVJA 3GGVA 4DQGA 4L7HA 3I25A 1D4IA 2UPJA 3O9DA 5OZXA 3AIDA 4LBTA 5P0MA 3NYGA 5P3FA 5P2XA 4QJ7A 5AHBA 1FMXA 2ER7E 3BC4A 4Y45A 3ST5A 5P46A 1HVIA 3O9IA 2ZE1A 3PLDA 5P4VA 3EKTA 5P0CA 5P7YA 5EZZA 3O9FA 2HS1A 4Y3QA 1G2KA 4FIVA 3LZYA 3KFSA 4JP9A 5P40A 5P2CA 5COOA 5P3GA 4GJ7A 3OWNA 1HTFA 5AH8A 4A4QA 1PSNA 1MVPA 3OAGB 3RTNA 3OXCA 3KN0A 1TCXA 1EPRE 4B78A 3GI5A 5P5GA 5P1TA 3PJ6A 1BDLA 5P1FA 3VV8A 3KDCA 1K1TA 3L38A 4Y5GA 5P05A 3LPIA 3JVWA 5P8KA 4Y3XA 5P0ZA 2PSUA 3F9QA 4BELA 1IBQA 1OHRA 4EQ0A 1RNEA 3OUAA 2BPXA 1FIVA 1HWRA 3TPJA 5SY2A 3O9GA 1D4JA 1FFIC 2G20A 1BXOA 3VYEA 4AMTA 4B1CA 2F80A 4YHQA 4AA9A 5P36A 2BJUA 4Y3SA 5HE7A 4BFBA 5P6BA 3QBFA 1TSUA 2V00A 5P72A 2VNNA 4MC6A 1QDMA 5P4GA 4Y43A 4YBFA 5P7ZA 3O9LB 4D88A 1EPQE 5IE1A 3QP0A 2FGUA 3NU5A 4EXHA 3AUPA 5T4SA 1YTIA 3ZKNA 4YOAA 4RZ1A 4FAEA 2G1SA 5OZCA 3S7LA 1AZ5A 3OHFA 3PB5A 4NKKA 1K6CA 1HPSA 4RYCA 3ZOVA 1LV1A 5DQ2A 5P5ZA 3G70A 1IZHA 4EP3A 2G22A 3WZ7A 1BWAA 4PHVA 3KM4A 5P1WA 1MIQA 4DQFA 5P0SA 1N49A 3RSXA 3CIDA 2PYMA 5P1JA 5P7NA 2BB9A 3EL9A 2FMBA 3PMYA 4HA5A 5DQCA 3VV7A 2Q63A 5DR4A 5P01A 4KB9A 3EL1A 3INHA 4DJOA 2HPEA 2ZJNA 3L5FA 5P5OA 3SM1A 1SDUA 4OC6A 4Y5NA 2P3AA 2I4VA 3OUDA 5OZNA 5P3DA 2A1EA 4Y3HA 1T7IA 2Z54A 4J1FA 5KR0A 5P16A 1SBGA 4DJQA 1AIDA 3OQAA 5P4PA 2QMDA 3KF0A 2WHHA 4FRSA 4KE0A 2WECA 3UQRA 5P60A 2RKFA 4R93A 2HB2A 3OQFA 4I0JA 4Y3EA 2WEAA 1C6XA 4QJAA 5P2JA 5P3TA 3EM6A 2AIDA 2OHNA 1FG8C 4H3FA 3OK9A 5P54A 1EBYA 1XE6A 3LIZA 5P8EA 2A4FA 2PH8A 5P2KA 4K4QA 3OY4A 3CMSA 1CZIE 5C9BA 3B7VA 4J54A 5SZ9A 2HC0A 4F76A 3EKVA 5P0IA 5HU1A 5P5YA 3HVGA 5P5RA 1EBWA 3OQDA 1ZJ7A 5P5UA 5P18A 5P6GA 1UH7A 1BVGA 5P8HA 3VYDA 3HLOA 4NJVA 5P4ZA 4GYEA 4LXAA 1HSHA 3N4LA 1W6HA 2QMGA 5P0DA 4CMSA 1HPOA 3TTPA 3OU1A 3PWRA 1FKNA 2WEDA 1GVWA 3HW1A 4Y56A 3CKTA 5AH7A 2RMPA 3KFNA 5P5BA 2Q3KA 3RU1A 1HIIA 1C6YA 2PK6A 2Q64A 3UQUA 3DUYA 5OZDA 5P7HA 5P5QA 1D4SA 5P11A 1AAQA 1BBSA 3VEUA 5P1BA 2G1NA 1PPME 3PWMA 3VFAA 3NXNA 1FFFC 5P0BA 4EJDA 4HEGA 5P0OA 4R91A 5P7MA 3ZL7A 2FXDA 3UDMA 4OBHA 4OBDA 3K1WA 1GVUA 4Z50A 1DAZC 3ZKGA 5P2RA 1A8GA 2VIJA 3TLHA 3D1XA 1EPOE 3TH9A 1EEDP 1LYWA 5P1SA 4DPFA 5P1VA 5P74A 1NPAA 2OHTA 5P4FA 4Y9WA 4RVIA 5P8CA 4ZSQA 5SXNA 3RTMA 5P8LA 5P4WA 3LZVA 5DR1A 2ZJLA 3ZKXA 3T7XA 3U6AA 4EJ8A 4TRWA 5P67A 2PK5A 3UCBA 1W50A 2ZGAA 3PEPA 2NXLA 4OC6B 4QGIA 5P5WA 3LIQA 1K6VA 1BVEA 1AM5A 3H0BA 3OUDB 1BIMA 1FQXA 3LZSA 5P1CA 2OHUA 3BRAA 3PBDA 3PSUA 1DMPA 5E5KA 1C6ZA 2IGXA 2QD8A 5HTZA 3RSVA 3A2OA 1SDTA 5OZ2A 1A94A 2FDEA 2P83A 3GGAA 2AODA 4RROA 4Y36A 1G35A 1EPLE 2HPFA 2NXMA 4UPJA 4Y50A 5ENKA 3UPJA 1K6PA 2F3KA 2P3BA 4F75A 1KJFA 5P38A 2VIYA 5P1RA 1FMBA 4MC1A 4LXMA 2B42A 2UY0A 3PI0A 2QI4A 3R4BA 3L59A 6FIVA 3EMYA 2NNKA 5F00A 4IVSA 3ZKIA 4LP9A 4Q1NA 1TQFA 4RGHA 3D3TA 4RRSA 4XKXA 3VYFA 3D1ZA 4B70A 1QBRA 1BWBA 1HVKA 3IN3A 1F7AA 2Q5KA 5P44A 2BPYA 3SA8A 4Y35A 4XXSA 5P4SA 5P6QA 5P79A 1ME6A 4Q1YA 4F73A 4CP7A 2G26A 5P7IA 5P73A 2QNQA 3BHEA 4GJ6A 4QJ2A 5P31A 4OBKA 4GMIA 5OZ9A 4HDPA 2QNNA 4CPSA 2V13A 1NPWA 2QMPA 1SDVA 4RVJA 3QRSA 1EC3A 3OQKA 4YCKA 3OOZA 3OU1B 3VSWA 1MTBA 5OZ1A 5KOSA 3DV5A 3NLSA 1LF3A 3NSHA 4FGXA 4Z22A 5DQ4A 3OU3A 1MT8A 1IZIA 2VIEA 5AHAA 3I8WA 3BXRA 4J0YA 5P6ZA 5P8JA 4Y39A 4GZFA 5P6WA 5OYZA 1W5YA 5P3CA 4PPHA 5IS4A 1SIVA 4I0DA 5ER1E 3JVYA 4COEA 5P89A 4M8YA 1SMEA 5P5TA 5P32A 5P76A 2V11C 4JECA 2NNPA 5P8IA 3ZMGA 4YCTA 3TNEA 1WBMA 5P0KA 3TKWA 3LIXA 1HIVA 2IQGA 2P3DA 2PWCA 3NDXA 3O9CA 5P1QA 4Y37A 5P4NA 3EM3A 5P0LA 2R9BA 1ZSFA 5HDUA 3L5BA 5P7OA 5P3NA 1MTRA 4X2LA 5OZ8A 4FRKA 2Q55A 1LYWB 4Y4ZA 4Z4XA 1META 5P82A 2B8VA 5P7CA 5P8VA 3ZLQA 3TL9A 4Y3MA 4ZSRA 5P2QA 1A8KA 5P2TA 4B0QA 5P2OA 4JPEA 3QPJA 4I0FA 3ECGA 5P2WA 1EPNE 4Y3JA 3VLAA 3PCZA 4ZEAA 5P1EA 2NPHA 3UQPA 4L7JA 1CMSA 1M0BA 5P7FA 4Y4EA 3IN4A 1TSQA 2CEJA 2NMYA 4K4RA 1GVTA 4L1AA 2R38A 3SA9A 3SA5A 3EKYA 5KAOA 5P3YA 5P3VA 5P81A 1BV7A 5P6AA 1W5XA 5P1NA 4Y58A 5P7SA 1K6TA 2O40A 5OZEA 3VLBA 3B80A 3APRE 1ODYA 2G27A 2I0AA 4ZLSA 2H6SA 4OBFA 2VA7A 3L3AA 1K2CA 1UH9A 2P3BB 5P0HA 3FIVA 2IEOA 5P5PA 5P1DA 1AVFA 3HAUA 3VV6A 4EHCA 4DJUA 3UF3A 3VF7A 3Q4BA 2P4JA 5P6KA 4HE9A 5P2EA 3WZ6A 5OZMA 3TOGA 5P2IA 1QS8A 7HVPA 3WSJA 5P6IA 1B6KA 2QI7A 1KZKA 2HAHA 4HVPA 3VFBA 5KR8A 5HVPA 5HU0A 3UDHA 2QI3A 1ENTE 4R5NA 2QHCA 5P4AA 1FQ6A 4GJCA 2I4DA 5P6MA 5P63A 5DGUA 2JJJA 2ZYEA 3S53A 1ZAPA 3O9AA 5OZJA 4M8XA 4CPRA 3OUBA 5C9DA 3KDDA 3EXOA 5HCOA 5P77A 5P4XA 1HVSA 2ZHTA 3SPKA 4CKUA 1FG6C 2FNSA 4B00A 5OZGA 5P13A 2RSPA 7UPJA 5P5NA 1B6JA 5P7WA 1F34A 4RCDA 1EBZA 3UDRA 3SLZA 4Y3YA 5KOQA 2QHYA 2QD6A 2VJ7A 5P4MA 5P5CA 4HDFA 5OZOA 1K1UA 4I8ZA 3SA3A 5P26A 2V12C 2BKSA 3K5GA 3VSXA 5OZ0A 1BV9A 2B8LA 4TVGA 3NUOA 5P4RA 4Y4XA 5P07A 5P51A 5OZSA 4YA8A 5HE4A 4RCFA 4DFGA 4ZSPA 3BUFA 2QI0A 4PZXA 5OYQA 5P78A 2R3WA 1XL5A 5P53A 3FKTA 1PSOE 3LINA 1TZSA 2NR6A 4LAPA 4B1EA 4J5JA 4I0IA 2F3EA 1EC0A 2F8GA 3G6ZA 3GI6A 2IL2A 5P3ZA 4QJ8A 4Y4BA 3CKPA 1B6PA 3SA7A 1MERA 5KQXA 2O4SA 2QK5A 5P7PA 5P47A 4Y38A 4FL8A 4Y5BA 5OYSA 4RVXA 3SM2A 3MXEA 3DK1A 5UPJA 3INEA 4Y3TA 4Y5LA 3Q6YA 2I1AA 2AVVA 2ZDZA 1LF2A 1T3RA 2ZJHA 2HM1A 3C9XA 4X7IA 1YM2A 4HZTA 4L1AB 5P6SA 5P1LA 1HOSA 5P1ZA 5P4UA 1HSIA 3TPRA 5JFPA 2BPVA 5P7AA 2WF1A 3BXSA 3G72A 4Y3NA 4Y3FA 3IXJA 4IVTA 3SKFA 4B72A 4DJYA 1YT9A 2AOHA 3BGCA 5P09A 1ZPKA 4JPCA 4I1CA 2QCIA 5COKA 1HXWA 1HPXA 5P7JA 5P5VA 4FRIA 3PGIA 2FLEA 5P6FA 5P8RA 5DQ1A 1HPVA 3O99A 4J0TA 3ER3E 1TW7A 2UXZA 2ZJMA 4R92A 5P8MA 2V16C 3ZPTA 3IXOA 1D4HA 5OZUA 5P0AA 4B05A 3NDWA 4N00A 3R0WA 5DR3A 5OZLA 3D1YA 5P0YA 3FNTA 5P3SA 1D4YA 2IS0A 4I0HA 5P5JA 1NPVA 3SA6A 5P0NA 1FQ4A 1IVPA 4YD3A 5ER2E 3VUCA 2QZLA 3KYRA 4DQHA 5SY3A 5P0FA 1HTRB 1LEEA 3WB4A 2WF0A 2QU3A 4H3JA 3NDUA 2QI6A 4FSEA 5P3QA 2B60A 2PH6A 1EPME 1YX9A 3CYXA 3ZKQA 5P30A 2R5QA 1JLDA 4KUPA 3QRVA 4MC9A 5P4IA 5P3XA 1HEFE 5P3JA 4JOOA 3FX5A 2VKMA 4DUSA 1HVHA 2QZKA 4WY1A 1HHPA 5P7VA 4YD7A 1ER8E 4Y3WA 2B7FA 5P4EA 4J17A 3INDA 4FLGA 3SAAA 5P2ZA 2XFKA 4PEPA 1DW6C 1SH9A 4NJTA 2VNMA 3EM4A 5P69A 2ZJKA 2AOGA 3WZ8A 3KMXA 4NJUA 3SFCA 5P57A 5P59A 3SQFA 1ZBGA 1BXQA 2AOCA 2QZWA 3KFRA 4AZYA 5P8SA 3UDQA 1ODWA 5P39A 2IGYA 1HIHA 3NWXA 4J1IA 1NSOA 2CENA 4OBJA 5P5SA 2G94A 1BAIA 4LHHA 4Q5MA 1HSGA 3OTYA 5P87A 4ER1E 5OZ5A 4PZWA 4YD6A 4EQJA 4FAFA 1Z8CA 3KT5A 4YD4A 5C9FA 2FNTA 4F74A 5P8AA 5P3PA 4MC2A 1IIQA 3KFPA 5CONA 1PFZA 5DGWA 5P7UA 4K4PA 5BS4A 1HXBA 1PSAA 5P2GA 5OYTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJS A;  3PRS A;  1HTG A;  5P8F A;  5OYX A;  5P2A A;  4H3G A;  2PWR A;  4FM8 A;  2BPZ A;  2I4X A;  5P65 A;  4HLA A;  3QAA A;  4YDF A;  4PYV A;  4DH6 A;  3ZPS A;  1DP5 A;  3CIB A;  1MT7 A;  5P68 A;  5P43 A;  5P3U A;  4DJV A;  1RQ9 A;  2WKZ A;  5P35 A;  5OZW A;  2VA6 A;  2ASI A;  1ZSR A;  4Y51 A;  1APU E;  2OHL A;  3SAB A;  4Y5E A;  5OZK A;  2AVM A;  3OAG A;  5P03 A;  1SIP A;  1T6E X;  4GB2 A;  4GJA A;  1ZTZ A;  3TOH A;  4Y4A A;  1MUI A;  4NPU A;  2P8H A;  4Z2Z A;  3NU3 A;  3S7M A;  1FEJ C;  4ZE6 A;  2HIZ A;  5JOD A;  4YDG A;  4TVH A;  1E82 E;  5P75 A;  5P0Q A;  4YBI A;  5P3R A;  3OXX A;  4Y4W A;  4OBG A;  3T7P A;  5APR E;  2AZ9 A;  5P5M A;  3L5D A;  4Y3D A;  2PSV A;  3KDB A;  5P2M A;  4FCO A;  4I11 A;  4D89 A;  5P1G A;  2NXD A;  1KJH A;  5P1O A;  5P3K A;  2OHK A;  5P2F A;  1FF0 C;  4R8Y A;  3O9L A;  3LHG A;  4NPT A;  3ZKS A;  4FSL A;  2OAH A;  3NR6 A;  3UQX A;  2REN A;  5P64 A;  3S85 A;  5AGZ A;  5I3V A;  3GW5 A;  1OD1 A;  5I3W A;  4I10 A;  5P7D A;  4D85 A;  5P41 A;  5P6D A;  5P48 A;  3PWW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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