3O99A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd13
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o99A00
5P0XA 5P18A 3VF3A 4GYEA 2V11C 2WECA 4I0FA 4YOAA 1TZSA 2QI5A 4APRE 3R0YA 3O9BA 4R8YA 5P2CA 5KR0A 2RMPA 4DPIA 4CPRA 3BUFA 1EPQE 3K5GA 3KMYA 5P3YA 5DR7A 1BILA 3OHFA 3UDJA 3KDBA 5P5AA 3L5FA 5P4BA 3BXSA 5P4HA 3G6ZA 4HVPA 5DGWA 2AOHA 3DUYA 4I8WA 5P46A 5P19A 4X7IA 1PPME 3ZKSA 5P56A 2UPJA 2NXLA 5P7DA 1AM5A 5P3PA 4J0VA 2Z54A 5P7JA 2O4LA 5P52A 4Y54A 5OZSA 1D4YA 4Y4BA 4Y3QA 3S43A 4EXHA 1MT9A 5OYZA 4RYCA 3SKGA 4GJ6A 3KT5A 3O9DA 5P49A 3EL1A 2P3DA 3HVGA 3KT2A 2BPZA 3VEUA 3GGUA 1FFFC 2AVVA 4L7JA 5P6RA 2G1OA 3EMYA 3GGXA 3S8IA 5P2UA 1QBSA 2PK5A 3PVKA 5P2WA 2G22A 4DJXA 5P6DA 4Y3PA 1FGCC 5P3VA 5P8UA 3HZCA 1G0VA 3S7MA 3GGVA 5P8AA 3FX5A 3EM4A 4ZSQA 5OYQA 5DR0A 5P15A 2HS1A 4I8ZA 2G1SA 3AUPA 4Q5MA 2XFKA 4RYGA 3OQAA 5P6MA 1WKRA 1GVTA 1CMSA 3KA2A 2I4WA 1TQFA 4Y3LA 1IZDA 3B7VA 4DQEA 3SQFA 4U8WA 5P2XA 4I0ZA 2QK5A 3SLZA 5HTZA 5P1HA 1K6CA 4FLGA 5OYSA 2QHCA 4E43A 5I3WA 1META 3NU5A 4ZPEA 5P3CA 3PBDA 1YX9A 3F9QA 2ZJNA 1HIVA 3PI0A 3EXOA 1LZQA 5P0PA 4OBKA 2PK6A 3OAGA 1MSMA 3EM3A 4HA5A 4AZYA 1HPOA 4NJUA 4Y4GA 1FF0C 4QLHA 5P45A 3DV1A 2PH6A 5AHBA 5P8RA 2R3WA 3FSMA 4LBTA 5P7XA 2QMPA 4RCFA 3KFSA 5HU0A 4YD5A 4H3FA 4UPJA 4DQCA 4CKUA 2QNQA 5P7QA 3I6OA 3VYEA 5P20A 4FRSA 1HXBA 3I2LA 3IAWA 1WBKA 5EZZA 1D4HA 4FSLA 1HBVA 5P0VA 3NU6A 1XE6A 2PWRA 1YM4A 4Y3MA 4A4QA 2A4FA 2ZE1A 2V16C 4Y41A 1SBGA 4D89A 2WHHA 2Q3KA 3BVAA 1DIFA 1HVSA 3QROA 4TVHA 1BVGA 5P8OA 5P2TA 3TOFA 2FNSA 5OYVA 5ISKA 5P89A 4TRYA 3TPLA 2Q5KA 2ER6E 1EBYA 2OHQA 3SA5A 2ZJMA 5P1RA 2QZLA 4K4QA 4R5NA 5OZLA 4EJKA 3BRAA 2IKOA 1M4HA 5AH9A 3CKRA 4J54A 3CICA 3UDKA 5P6EA 3L58A 1LYBB 3TNEA 3ZKQA 5P04A 3QPJA 2WF4A 2VKMA 1K2BA 3I7EA 3NWXA 3H0BA 2BPVA 3BGBA 5OZIA 2V00A 4NKKA 2VJ6A 3PWMA 5HE5A 1W6IA 4FM8A 5ENKA 1QBTA 3UQPA 3L3AA 5P1MA 3DCKA 4DJYA 1XN3A 1B11A 5P5HA 3RTNA 1W50A 4YCTA 3OGQA 5OZPA 2VA7A 2H6TA 3SA4A 1GVWA 2QMGA 1FG6C 5P85A 3DV5A 4YD6A 4FS4A 5P1OA 4QJ7A 3UF3A 4CPWA 5P2LA 1KZKA 3HAUA 1C6YA 4CPTA 3SACA 5DQ4A 3O9GA 5P3DA 2FDPA 5P7RA 5OZTA 1A8KA 5DR4A 1HVCA 3PSUA 3DM6A 1QS8A 2O4NA 1NPAA 2V0ZC 5OZAA 1FEJC 1MTBA 1SGUA 5OYYA 3DCRA 4Z50A 4I10A 2IL2A 2CENA 2QI0A 1ODXA 3QI1A 2BKSA 2F3KA 2VNMA 2V10C 2G94A 3A2OA 2A1EA 2OHKA 3CMSA 4HLAA 5ER2E 4Y5PA 2BPYA 2I4QA 5OZGA 4R92A 5P22A 3K1WA 3S85A 4RCEA 3I8WA 3FNUA 1HPSA 1HVLA 5P8FA 3T7PA 4XKXA 3LPJA 5OZRA 2ZHSA 3INHA 5SXNA 5P2QA 5P23A 5P38A 4OBHA 3NU3A 3LZVA 4JPCA 2BB9A 1EPNE 2QI7A 1BDRA 2HC0A 4GJCA 4Z2ZA 2ZHTA 2VA5A 2F3EA 5P35A 5HD0A 3OOZA 4OD9A 1FQ4A 5P0JA 1Z1HA 4Y5CA 5AH6A 5P3TA 5P5DA 2JXRA 3UDRA 3OQFA 5P2OA 5P8DA 3L5BA 2IRZA 4MC2A 5HDUA 1ZPAA 4Y44A 3GI5A 4DJVA 2FGUA 1YTHA 1PPLE 5P2DA 5P05A 5KOQA 5SZ9A 2AZ8A 5P43A 3INEA 5P3NA 1NPVA 4YDGA 1UH7A 5P8MA 5P5EA 3Q70A 4Y3XA 5P86A 4OBDA 5IE1A 1DW6C 3OU1B 4KB9A 5P1XA 3FNTA 2VIEA 1HTRB 1B5FA 4FRIA 4KE1A 3K5CA 3QS1A 4DJQA 1HVIA 3N3IA 1RL8A 3OQDA 1APUE 5P83A 2AVSA 4Y37A 3LIVA 1HTFA 1G35A 1HVHA 3N4LA 4D8CA 1YTIA 2FXEA 4Y43A 4BFDA 4FRKA 4MC9A 3IXOA 2QD8A 3HVPA 3Q6YA 2WF2A 4Y3FA 1RV7A 2HB2A 3OUDB 4EP2A 2RENA 2G20A 3GI4A 4OBZA 1DPJA 1HXWA 3SFCA 3WZ8A 2BKTA 4LXKA 5P3GA 3TTPA 2QMDA 5HE4A 5P7TA 5OZWA 4Y4AA 3O99A 4HE9A 4DJOA 3PHVA 5P5GA 5P4UA 1SH9A 5P29A 5T4SA 3EL5A 5P4VA 5P2KA 5P63A 3PCZA 4Y3RA 5P4PA 3UCBA 2ZJJA 2NPHA 1NPWA 4AUCA 2JYSA 1E80E 3TOGA 1CPIA 4RRSA 2P3AA 3TPPA 5HVPA 5P14A 4Q1XA 1C6ZA 4J5JA 5P27A 3BUGA 5P4RA 5P6AA 1HTGA 1HVJA 5P66A 4B1EA 3LHGA 4OBGA 2AQUA 5P44A 1A94A 5P09A 2PYNA 3O9IA 5OZQA 5P0KA 4AA9A 3S54A 6UPJA 4Y4WA 2J9JA 3VUCA 3MSLA 3OHHA 4XX3A 1ZSRA 1D4SA 2AOIA 4XXSA 5P51A 4B1DA 2QI6A 1J71A 2QP8A 2UY0A 5P5SA 4I0EA 3TPRA 5P3FA 5FIVA 2UXZA 5OZHA 3Q3TA 5P17A 5KQFA 5P6HA 1EAGA 1SIPA 5P7MA 3ZLQA 5P0MA 4Y3NA 1FMBA 1GKTA 5P02A 5BS4A 3UFNA 5KR8A 1KJ7A 5P4OA 1EPRE 5P0BA 3EL9A 4J0PA 2ASIA 5DPZA 2V12C 5P6FA 5P5NA 5ER1E 3CKTA 5DR8A 1BV7A 5P6YA 2AODA 5P7CA 5IVRA 2AIDA 4YOBA 3JVWA 5P87A 5P40A 3KFRA 1ENTE 1K6PA 4J55A 3INFA 5ENMA 3HW1A 3NU4A 5OZDA 5P0LA 4FIVA 5IS4A 5OYRA 4GZFA 2ZHRA 4Y3TA 1WBMA 5P6PA 1EPOE 2QU3A 5P3AA 5P0RA 1IVPA 4LL3A 5P8EA 3OK9A 2ER0E 1GVVA 4Y5KA 3TH9A 1BV9A 3HAWA 2QCIA 5P0TA 4NPUA 5F00A 3KYRA 4IVTA 2G1YA 3GI6A 5P26A 5HDZA 2P3BA 4Y45A 5P71A 4A6BA 4MC1A 3OADA 1FQ7A 4YE3A 2OHMA 2BPXA 5P5LA 2Q11A 3PI5A 5OZ2A 1LYWB 4OC6A 4Y38A 1D4IA 1MT8A 3UQUA 2ER7E 5P68A 2RKGA 1LYAA 3OU4B 3VFBA 4K4RA 4JPEA 2J9KA 5P3RA 1HEGE 2BPWA 5P7HA 4Y3JA 5P13A 4GB2A 1HEFE 4LP9A 2P3CA 1HIIA 1U8GA 4QJ9A 5P57A 4BEKA 3VSWA 3T7XA 2ANLA 2JE4A 2Q15A 2QD6A 3VV8A 5P0FA 3ZKMA 1F7AA 4CPQA 4J1EA 1APWE 3CYXA 2G1RA 1HIHA 2G26A 5P2RA 2R3TA 5P39A 5P7NA 5CLMA 3UDYA 1G2KA 5P7IA 5APRE 4Z4XA 5OZOA 3BUHA 1NH0A 3FIVA 5P0CA 5P8VA 4L1AB 5KAOA 3ZKXA 3O9LB 4I0JA 1PPKE 4AMTA 1RQ9A 5JFPA 4N00A 3PB5A 1JLDA 1T6GA 5P3WA 4HDBA 5I70A 3D1XA 3QRMA 2CEMA 4L7GA 3APRE 4Y3HA 2AOGA 4YD3A 5P8CA 1TSQA 5P0IA 1KJ4A 3EBZA 1DP5A 1XL2A 4Y3EA 3IN4A 5P6GA 4Y3YA 2HB3A 1Z8CA 7UPJA 3EKQA 4Z22A 4JECA 5P3BA 3AIDA 2I0AA 4GJAA 5DR3A 5P8LA 3OUAA 5P62A 5OZJA 3RTMA 3RVIA 3ZKIA 3GGAA 2ZJLA 3OQ7A 2V13A 5P1CA 4FGXA 3WZ7A 3TKWA 5IVTA 1FQXA 5P6OA 4Y58A 2QI4A 4Y4EA 4H3GA 4J0TA 3D91A 4K4PA 5OZ3A 1EPPE 5OZ6A 4GJ9A 5OZCA 5IVQA 3IVHA 3ZKNA 5OYWA 1LF2A 2I4XA 5P6JA 2AOJA 4Y57A 4M8XA 1MIQA 1BDLA 4QJAA 5P54A 1DMPA 4EP3A 3QVIA 1FMUA 1ME6A 1IBQA 2QU2A 1HSHA 5OZZA 4Y3ZA 2RKFA 4M8YA 4RVXA 2QZXA 4Y48A 4AA8A 1SMRA 4F74A 1E5OE 4EPJA 4EJ8A 1BWBA 5KQYA 2AVOA 3CYWA 3ER3E 1BAIA 1UH8A 1YM2A 1ODYA 2QNNA 5P07A 2FMBA 3T11A 2IQGA 2IEOA 3CKPA 4RZ1A 3TOHA 5P0NA 3Q4BA 4Y3WA 5P55A 5BWYA 4Y5BA 4DV9A 5P1UA 3MXDA 1HTEA 1FG8C 5P06A 3QN8A 4ER1E 3TPJA 4LXMA 1XL5A 3ER5E 5P4AA 1MVPA 5P2NA 1M43A 5OZBA 5P7WA 2XFIA 5P2BA 1VIJA 4OBFA 2PWCA 2PC0A 2QHZA 1Q9PA 2G21A 4EYRA 2G24A 3PLDA 3R2FA 4TRZA 4JOOA 5JFUA 3VYFA 2Q64A 3VLBA 5TOLA 3PEPA 4X2LA 4ACUA 1BIMA 5P2JA 2NR6A 1IDAA 2IGXA 3PMUA 4TVGA 4DJPA 5P2FA 2ZHUA 1AAQA 2I0DA 1OD1A 2PSUA 2CEJA 5P3SA 5P48A 2AOEA 3OU3A 3SAAA 2O40A 4Y51A 1C6XA 1W5XA 1MT7A 5KR1A 2FIVA 3BHEA 1G6LA 2ZJHA 5P7OA 6FIVA 5OZKA 3LZSA 4I0IA 3APPA 5KQXA 5P2SA 1HOSA 3EKVA 1IZHA 5P2YA 4OBJA 3S7LA 1EBZA 2H6SA 5P1LA 5P5MA 3S2OA 3NR6A 1IVQA 5P1BA 4J0ZA 1B6JA 3OTYA 3OAGB 4ACXA 1GNMA 4Y6MA 3O9AA 2Z4OA 4EJLA 1QRPE 5P60A 2BQVA 5P7AA 3OTSA 2WL0A 5P58A 5I3YA 3PM4A 4I0GA 4D83A 3RSXA 1KJFA 3VYDA 2XYEA 4B72A 3KMXA 5P10A 4LC7A 5P3QA 4ER4E 1AZ5A 3IGBA 3PBZA 4J1HA 5P0DA 1ZPKA 1CZIE 5P1PA 5P7PA 1TCWA 3IXJA 4D85A 4DFGA 4PPHA 1QDMA 1YTJA 5CONA 2I4VA 1FFIC 5P2AA 1B6KA 5P3KA 5P7GA 4RVIA 3UDNA 2PH8A 1AVFA 2R9BA 1MPPA 4K8SA 2Q55A 3SPKA 4Y9WA 1NSOA 3GI0A 3NDXA 3SO9A 2QD7A 5P41A 3UQRA 2HIZA 3OXXA 5P34A 4S1GA 2F3FA 1N49A 3T7QA 3D3TA 4GJ8A 3L59A 3URLA 3OWNA 1D4JA 4KUPA 3O9CA 5P3UA 4TRWA 4DJRA 5OZFA 2IS0A 5P7SA 5P4FA 2AZBA 2R5PA 3D1YA 5COKA 4YBFA 2OHUA 5C9DA 1FKNA 1YT9A 4WY6A 1KJGA 2B8VA 2FNTA 2B7ZA 5P5JA 3K4VA 4Y3DA 3T6IA 3LIYA 1FQ6A 2QNPA 5P0GA 3T3CA 5ISJA 3TLHA 4HEGA 2IENA 4RLDA 5OZEA 5P5XA 1ODWA 3KM4A 1T3RA 3BGCA 1EC0A 1SDTA 4FAEA 1EPME 1ZLFA 4PYVA 2B60A 5P5RA 2AOCA 5P8GA 3O9HA 3C9XA 5P7EA 4GIDA 5P2VA 3QBFA 3LIQA 5P1YA 5E5KA 5OZ9A 4RRNA 2R38A 1XS7D 3DOXA 1LV1A 5P5WA 5P6CA 5P84A 5P7LA 3VCMA 2WEDA 4DJUA 3UPJA 5P5BA 1LS5A 2WKZA 5P5IA 1PSAA 3SM1A 3OU4A 5P3OA 5P32A 5P1KA 1D4LA 2P83A 5OYXA 2VS2A 5P0QA 4H3JA 2QMFA 5DR1A 5P3LA 1APVE 5P5CA 5P7KA 2B7FA 4BFBA 1K1UA 5P7VA 5EZXA 4BELA 4FSEA 1K6VA 3MXEA 5OYUA 5P1NA 4J17A 3VFAA 4YHQA 5P88A 5P4EA 3NYGA 5P0AA 3FNSA 5P1WA 4U7QA 5P50A 5P5YA 1HPVA 4RGHA 4Y5GA 4PHVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0X A;  5P18 A;  3VF3 A;  4GYE A;  2V11 C;  2WEC A;  4I0F A;  4YOA A;  1TZS A;  2QI5 A;  4APR E;  3R0Y A;  3O9B A;  4R8Y A;  5P2C A;  5KR0 A;  2RMP A;  4DPI A;  4CPR A;  3BUF A;  1EPQ E;  3K5G A;  3KMY A;  5P3Y A;  5DR7 A;  1BIL A;  3OHF A;  3UDJ A;  3KDB A;  5P5A A;  3L5F A;  5P4B A;  3BXS A;  5P4H A;  3G6Z A;  4HVP A;  5DGW A;  2AOH A;  3DUY A;  4I8W A;  5P46 A;  5P19 A;  4X7I A;  1PPM E;  3ZKS A;  5P56 A;  2UPJ A;  2NXL A;  5P7D A;  1AM5 A;  5P3P A;  4J0V A;  2Z54 A;  5P7J A;  2O4L A;  5P52 A;  4Y54 A;  5OZS A;  1D4Y A;  4Y4B A;  4Y3Q A;  3S43 A;  4EXH A;  1MT9 A;  5OYZ A;  4RYC A;  3SKG A;  4GJ6 A;  3KT5 A;  3O9D A;  5P49 A;  3EL1 A;  2P3D A;  3HVG A;  3KT2 A;  2BPZ A;  3VEU A;  3GGU A;  1FFF C;  2AVV A;  4L7J A;  5P6R A;  2G1O A;  3EMY A;  3GGX A;  3S8I A;  5P2U A;  1QBS A;  2PK5 A;  3PVK A;  5P2W A;  2G22 A;  4DJX A;  5P6D A;  4Y3P A;  1FGC C;  5P3V A;  5P8U A;  3HZC A;  1G0V A;  3S7M A;  3GGV A;  5P8A A;  3FX5 A;  3EM4 A;  4ZSQ A;  5OYQ A;  5DR0 A;  5P15 A;  2HS1 A;  4I8Z A;  2G1S A;  3AUP A;  4Q5M A;  2XFK A;  4RYG A;  3OQA A;  5P6M A;  1WKR A;  1GVT A;  1CMS A;  3KA2 A;  2I4W A;  1TQF A;  4Y3L A;  1IZD A;  3B7V A;  4DQE A;  3SQF A;  4U8W A;  5P2X A;  4I0Z A;  2QK5 A;  3SLZ A;  5HTZ A;  5P1H A;  1K6C A;  4FLG A;  5OYS A;  2QHC A;  4E43 A;  5I3W A;  1MET A;  3NU5 A;  4ZPE A;  5P3C A;  3PBD A;  1YX9 A;  3F9Q A;  2ZJN A;  1HIV A;  3PI0 A;  3EXO A;  1LZQ A;  5P0P A;  4OBK A;  2PK6 A;  3OAG A;  1MSM A;  3EM3 A;  4HA5 A;  4AZY A;  1HPO A;  4NJU A;  4Y4G A;  1FF0 C;  4QLH A;  5P45 A;  3DV1 A;  2PH6 A;  5AHB A;  5P8R A;  2R3W A;  3FSM A;  4LBT A;  5P7X A;  2QMP A;  4RCF A;  3KFS A;  5HU0 A;  4YD5 A;  4H3F A;  4UPJ A;  4DQC A;  4CKU A;  2QNQ A;  5P7Q A;  3I6O A;  3VYE A;  5P20 A;  4FRS A;  1HXB A;  3I2L A;  3IAW A;  1WBK A;  5EZZ A;  1D4H A;  4FSL A;  1HBV A;  5P0V A;  3NU6 A;  1XE6 A;  2PWR A;  1YM4 A;  4Y3M A;  4A4Q A;  2A4F A;  2ZE1 A;  2V16 C;  4Y41 A;  1SBG A;  4D89 A;  2WHH A;  2Q3K A;  3BVA A;  1DIF A;  1HVS A;  3QRO A;  4TVH A;  1BVG A;  5P8O A;  5P2T A;  3TOF A;  2FNS A; 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 2AVS A;  4Y37 A;  3LIV A;  1HTF A;  1G35 A;  1HVH A;  3N4L A;  4D8C A;  1YTI A;  2FXE A;  4Y43 A;  4BFD A;  4FRK A;  4MC9 A;  3IXO A;  2QD8 A;  3HVP A;  3Q6Y A;  2WF2 A;  4Y3F A;  1RV7 A;  2HB2 A;  3OUD B;  4EP2 A;  2REN A;  2G20 A;  3GI4 A;  4OBZ A;  1DPJ A;  1HXW A;  3SFC A;  3WZ8 A;  2BKT A;  4LXK A;  5P3G A;  3TTP A;  2QMD A;  5HE4 A;  5P7T A;  5OZW A;  4Y4A A;  3O99 A;  4HE9 A;  4DJO A;  3PHV A;  5P5G A;  5P4U A;  1SH9 A;  5P29 A;  5T4S A;  3EL5 A;  5P4V A;  5P2K A;  5P63 A;  3PCZ A;  4Y3R A;  5P4P A;  3UCB A;  2ZJJ A;  2NPH A;  1NPW A;  4AUC A;  2JYS A;  1E80 E;  3TOG A;  1CPI A;  4RRS A;  2P3A A;  3TPP A;  5HVP A;  5P14 A;  4Q1X A;  1C6Z A;  4J5J A;  5P27 A;  3BUG A;  5P4R A;  5P6A A;  1HTG A;  1HVJ A;  5P66 A;  4B1E A;  3LHG A;  4OBG A;  2AQU A;  5P44 A;  1A94 A;  5P09 A;  2PYN A;  3O9I A;  5OZQ A;  5P0K A;  4AA9 A;  3S54 A;  6UPJ A;  4Y4W A;  2J9J A;  3VUC A;  3MSL A;  3OHH A;  4XX3 A;  1ZSR A;  1D4S A;  2AOI A;  4XXS A;  5P51 A;  4B1D A;  2QI6 A;  1J71 A;  2QP8 A;  2UY0 A;  5P5S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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