3O9CA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd20
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9cA00
5P4VA 4I12A 2WEDA 4F74A 4HDPA 5P2ZA 5P1QA 4Y3DA 5P7ZA 4L7HA 4ZSMA 4J1EA 4NPTA 4DJYA 3HVGA 2APRA 2G22A 5P6SA 5P2KA 2BPYA 3H5BA 4PYVA 4Y3JA 3BXRA 5P2UA 1EPOE 5AHAA 4FGXA 4Y37A 1SIVA 1G6LA 1IDBA 3NXNA 2IGXA 2PWRA 3PMYA 4XKXA 1ZTZA 5P3MA 5P4YA 1HTGA 5P3EA 1SDVA 2VJ6A 1APVE 5P64A 1BV9A 3NU4A 4KE1A 5P12A 2EWYA 5P1VA 5DR0A 5P22A 4HLAA 1LF3A 1YG9A 5P6CA 2PSVA 3BUGA 2BKTA 1GVVA 3LZSA 5P2JA 1LYAB 5P4EA 5P5DA 4QGIA 2G20A 4DVFA 1FGCC 4DJQA 1LYAA 2AZ9A 1UH7A 3OTSA 3UQUA 2FIVA 4H3IA 1DW6C 1U8GA 5P2RA 1BAIA 1XN2A 5P02A 1LYWB 4DQBA 1HSIA 3ZPTA 5P7TA 2NNPA 3GW5A 1YTHA 3D1YA 3KDBA 1LYWA 5OYYA 1MPPA 5P18A 3SQFA 3SM2A 1LV1A 3S43B 3ZKXA 5P89A 1EPLE 5OZUA 1JLDA 3PI5A 4JP9A 3VF3A 3UQXA 3EC0A 4Y54A 5P7EA 2G1RA 4Y4ZA 5P65A 4B05A 1EPQE 2I0AA 4YD6A 5OZ0A 5P5BA 1YT9A 3BGBA 4I0FA 4CPTA 1ZSRA 5HU1A 4B70A 5P1WA 3NWQA 1M0BA 4Y3SA 5P44A 2IKOA 3MSKA 3VF7A 4NKKA 3PVKA 5P2GA 5P24A 5IVRA 5P4OA 5KOQA 5P1AA 1DPJA 2ZE1A 4MC6A 4DJXA 2F80A 2SAMA 3IXKA 4I11A 3LIZA 2OHKA 5IVSA 2ZHUA 4ZPGA 2R3WA 1C6YA 5CONA 4YCKA 5P61A 4OBGA 3SO9A 3QROA 1PSNA 3GGVA 3S53A 3PBZA 3VG1A 3SA4A 3OXCA 5P27A 5P2NA 5P6NA 3S85A 2F3KA 4Y36A 5OZSA 4HVPA 4JPEA 4R95A 5P5AA 5P2YA 1G2KA 2OHQA 1EC3A 5P2WA 2CENA 2ZJIA 5HDZA 2BKSA 3GI4A 5I3YA 1YTJA 3OOTA 1EPME 5C9DA 2VIEA 1D4YA 2AZBA 1HVRA 2F8GA 5P5YA 3CYXA 5OZRA 3IN4A 3NDUA 2IEOA 2VIZA 1F7AA 3R4BA 5P52A 2WF4A 5P36A 4RROA 3VFAA 5P14A 4Y3LA 5P67A 5KQYA 1HEFE 3ER5E 3PSYA 5P5ZA 2ZHSA 5P0GA 2BQVA 2PH8A 5P4KA 4BELA 1B6MA 1K1UA 4NJTA 4KB9A 3QIHA 5HDVA 3D1ZA 1CMSA 2AVQA 1W51A 5P42A 2V12C 1CPIA 1PPKE 1FMXA 4HDFA 4OBDA 4DQGA 4F75A 1DMPA 4K9HA 4Y53A 3VV8A 5P7BA 5OZMA 5P6HA 2AOHA 5P0CA 4FM6A 3EKWA 1GNOA 4EQ0A 1B6PA 5PEPA 5P3OA 1DP5A 1K2BA 2FNSA 1EBKC 1A8GA 5KQFA 3OQKA 1PSAA 5P01A 4A6BA 2G26A 5P6PA 3OQDA 1D4JA 1MIQA 5P4TA 2AOJA 1MUIA 1QBRA 2QMPA 1XN3A 4YE3A 3O9DA 2I4VA 2P3BB 3APPA 4DH6A 3TOFA 2JJJA 5P4AA 4CPUA 1W6HA 1M43A 2A4FA 3HDKA 4QJ6A 3DCKA 1IVPA 4F76A 1E5OE 4S1GA 3T7XA 5ENMA 5P4BA 5OZNA 5P0FA 4NJSA 2BPXA 4Y38A 4J0YA 4D85A 3QS1A 5OZHA 5P6WA 4J1HA 2HB3A 3UCBA 4Y4EA 5P1ZA 5OYVA 4Y5LA 4B77A 3PJ6A 3OHFA 3GGAA 5P4LA 2VA7A 5B18A 1A30A 5P39A 2IL2A 1A8KA 4B0QA 3UQPA 3D1XA 5P5GA 2QI6A 3LIVA 5P2EA 2FDPA 1N49A 2AODA 4I0DA 4EYRA 3LIYA 1FB7A 3OU1B 5AH9A 3K4VC 1NPWA 5DQ4A 2ZJJA 3OK9A 2HIZA 4OD9B 4Y5AA 5P43A 5P66A 1BWBA 3I2LA 5P0LA 5EZXA 5P1PA 2WL0A 4K4QA 1K1TA 5P25A 1IZHA 1CZIE 5P7RA 5P6RA 5OZ1A 2HM1A 4LXKA 5P3IA 5P8UA 5OYQA 5P6TA 4YOBA 4Q5MA 5P4QA 2WKZA 3IXOA 5P1YA 3URLA 1MSMA 2QI0A 3OTYA 5P69A 4Y5KA 2UXZA 2WF1A 5P4NA 5P1FA 4B1CA 3LHGA 4EWOA 1HPVA 3KT5A 1LS5A 4DJVA 3TPJA 3EL4A 2Z4OA 4OC6B 3KYRA 4HA5A 2FDEA 1ODXA 3SA9A 5P79A 4MC2A 2JE4A 3FNSA 5OZCA 3OU4B 4OC6A 4D89A 2VKMA 5P87A 5EZZA 1WBMA 2WF0A 2NXDA 3OU4A 2VJ7A 3RTMA 3R0YA 3EKYA 2P3CA 2RENA 4K4RA 5P1EA 4OBKA 2ZHVA 2B7FA 3SLZA 5HTZA 3S54A 1AJXA 5P73A 2QZXA 4FIVA 2HPFA 4GJ9A 2R5QA 5DR4A 4CPRA 4Y3PA 3L59A 5P0RA 5P41A 4Y3RA 3A2OA 5P48A 5P5SA 5F00A 4OBJA 2PMAA 1HVIA 3ZLQA 5OZOA 3QRSA 3EKXA 5HCTA 1FQXA 4Y4JA 2QU2A 5P6OA 5P3TA 1BV7A 5P76A 2PK6A 5AHCA 2VJ9A 4I0HA 1KJ7A 4H3FA 5KAOA 4B00A 1WBKA 5P3GA 4U7VA 3RSVA 4FRJA 3TOHA 2WEBA 2I4QA 2O4LA 2RSPA 5P0QA 5P82A 1BDQA 3LPIA 5P7MA 1BVGA 3L3AA 3D20A 5OZ7A 1DAZC 5P7JA 5OYTA 3O9BA 2Q63A 5P2XA 4CKUA 2IRZA 3L58A 2HS1A 5P6JA 3RTHA 5P19A 2P4JA 2QP8A 3LITA 4UPJA 1BILA 4KUPA 4R8YA 4A6CA 3S7MA 1OEWA 5P7KA 5P5XA 3D3TA 4Y41A 5OZ5A 2QD7A 1HPOA 3LZUA 3EBZA 1T6GA 3SAAA 1HIHA 3EL9A 1FF0C 3U6AA 2B8LA 5P3AA 4D83A 5P0MA 2WHHA 4RCDA 3PRSA 5P7IA 1ZJ7A 5P5OA 5P63A 1IBQA 1A94A 1ZPKA 3ZPUA 3CKPA 4ZLSA 3O9IA 5P77A 5JFPA 1A9MA 2Z54A 3OHHA 1SMEA 1UPJA 1HVKA 1EC2A 2QK5A 3U7SA 5P31A 1FIVA 4X2LA 4Q1NA 5P6FA 1KJHA 5OZJA 4Y3YA 3EL0A 3IGBA 2HB4A 5P6YA 4PZWA 5P6DA 5P5CA 2ZJHA 3UDHA 4RYCA 4RVIA 3ZOVA 3FNTA 5P1GA 1YM2A 1SBGA 4Y58A 3FIVA 2IQGA 4GIDA 4QJ9A 2VA5A 5P56A 5P3FA 2OHUA 5P1RA 4I8ZA 2PWCA 3OGPA 4DUSA 5P5LA 4M8XA 2RKFA 3CICA 5P5UA 1T7KA 3PCWA 1ER8E 2V10C 3WB5A 3KFRA 2G69A 5P7DA 3IN3A 1IZIA 5COOA 3MSLA 5KQXA 5P0NA 5KR8A 5P5FA 2J9JA 3NUJA 3UDKA 2OF0A 3BVBA 5P5WA 1BWAA 3DM6A 2VIJA 3PB5A 3UDMA 5P6AA 5P1SA 4Y3XA 1XS7D 3H0BA 3KFNA 4ZSRA 5OZ4A 4Y3QA 2XFIA 5ER1E 1D4HA 3IXJA 2FNTA 2I0DA 4X7IA 5SZ9A 3OUCA 5P6EA 5P55A 3WZ8A 9HVPA 3VLBA 3O9EA 4Y57A 4Y45A 2AOIA 5P4ZA 3S45A 4TRWA 4WY6A 5P3UA 3VSWA 2RMPA 3PLLA 5P7WA 4DV9A 6APRE 5OZGA 4DPFA 2AVVA 4I0IA 5P81A 3NDXA 4Y3WA 2PQZA 1J71A 1EEDP 4BFBA 5OZ3A 7UPJA 5P68A 1ZP8A 5P2QA 3U71A 5P1MA 5P4JA 4ACXA 1MRXA 7HVPA 4OBZB 2JJIA 4MC1A 2AOEA 4ZPFA 2IDWA 3GI0A 2PYMA 3MXEA 2QNNA 3L5DA 5P37A 4OBZA 5KR1A 4J1KA 1NPAA 5P7GA 3O9HA 4Y3HA 4Y5NA 5P59A 3LZVA 4FAFA 2AVMA 2I1AA 5P8BA 3I25A 5CLMA 1LYBB 4K8SA 2NR6A 1TZSA 4Y3GA 3UPJA 3EMYA 1BBSA 3ZL7A 4J1FA 4LAPA 1LYBA 4TVHA 4FM8A 4YBFA 4GB2A 5P3YA 5P08A 4PEPA 2FS4A 3PI0A 3ZKQA 3BC4A 3ZKMA 5P6IA 3HBOA 2R38A 5P2VA 4EJLA 1EAGA 4RCFA 3TNEA 1SGUA 1E82E 1KZKA 1YX9A 4DJOA 1T7JA 3C9XA 4I0JA 3GI5A 4Y3MA 4Y4XA 3O9FA 4LL3A 3UFLA 4DJRA 5E5JA 1KJ4A 2XFKA 2QU3A 5UPJA 2P3DA 4NJVA 2QMGA 5P6VA 1TQFA 2QHZA 4ER2E 5P2TA 2J9KA 2WF2A 3KFPA 1B6JA 4B1EA 2IKUA 1VIJA 1W5VA 2Q55A 5OZWA 5HU0A 5P3CA 3WZ6A 3QPJA 5P3BA 3EM4A 1EBWA 2HS2A 3QVCA 1ME6A 5P0WA 4ER1E 2BPVA 2OHSA 3HZCA 5T4SA 4YD7A 3KDCA 2O4SA 5P0UA 3OUAA 2RKGA 3NU5A 2QAKA 5P32A 5P8RA 2ZGAA 1TCWA 2PSUA 3WB4A 1MT8A 5P54A 1FQ4A 3K5FA 1XL2A 4ZEAA 3UDYA 5HE7A 1OEXA 3GGXA 3SM1A 1QRPE 3MWSA 5P8KA 3ZPSA 4DQHA 5P2LA 3LINA 1XDHA 2NXLA 3HLOA 5P6QA 1KJGA 2ZHRA 4EPJA 4E43A 2XYEA 5P0ZA 3OXWA 5P1HA 3EKVA 3FV3A 2B8VA 5AH6A 4Y5CA 4DQFA 2G1NA 1HEGE 5OYWA 5KR0A 5OZFA 1HTRB 2QI7A 4FRKA 5OZIA 1F34A 5P71A 4U8WA 4R5NA 1FFFC 1MRWA 1GVWA 3DV5A 4Y4WA 4HE9A 2G94A 5P5NA 5P8PA 5P6GA 3ZKNA 3B7VA 4RLDA 2HPEA 5TOLA 5P6ZA 3BVAA 4DFGA 4Y3EA 3SACA 1HVLA 1M4HA 5P2CA 3T3CA 3DCRA 5P0PA 3EL5A 5P1DA 2R3TA 1RL8A 5HDXA 1KJFA 5OYZA 1MTRA 4RRSA 3EXOA 3QBHA 3PWRA 5KR2A 3PM4A 4L7JA 5OZ2A 1LF4A 5P7CA 4COEA 2JYSA 4Y4DA 3M9FA 5P7PA 3OAGB 5P86A 5P7UA 4RVXA 5OZAA 1W5XA 4B78A 3DUYA 4QJ7A 3OAGA 2R43A 2IENA 4NPUA 1GNNA 1ENTE 3INFA 4IVTA 3S8IA 4J1IA 1EBZA 1FKNA 5COKA 2PH6A 4Y35A 4FS4A 3CYWA 4Y56A 5P7LA 4PPHA 2O40A 5P3QA 4K4PA 5P0OA 2BBBA 3OUDA 2Q5KA 5P38A 5OZBA 3SKFA 2FXDA 1QS8A 5OZLA 4GJDA 3FSMA 5P7FA 2OAHA 5P0JA 5P1NA 4RZ1A 4Y9WA 2R8NA 2NTRA 3SA5A 5P5HA 1EC1A 2PSGA 3O9CA 5P2SA 4ZE6A 2ER9E 2AOGA 1PPLE 4FM7A 5P5TA 5P8AA 4YOAA 2NNKA 5P8MA 5P8IA 1Z8CA 3O99A 4LBTA 5AH8A 3QRMA 5P30A 1W5YA 1B5FB 4I8WA 5I70A 4RVJA 1Q9PA 3VFBA 5P4UA 3OADB 5P5IA 1B5FA 3QRVA 1IDAA 3OADA 5P2OA 3QVIA 2PYNA 4J0PA 4CPQA 5OZPA 3LNKA 4GJ7A 5DPZA 4ZSPA 4F73A 5KOSA 1AJVA 3CIBA 5P88A 3KM4A 4J54A 3SKGA 3L5CA 3DJKA 5OZ9A 2NMYA 4FL8A 1W6IA 5P7NA 2ER0E 5P4IA 3TH9A 2CEJA 1HTFA 5DR8A 3INHA 5BRYA 1W50A 2F3EA 1T6EX 4LC7A 4Y3TA 6FIVA 1BXQA 1MESA 2OHLA 5P84A 4OBFA 5P4FA 3OXVA 5P70A 3VYEA 4XX3A 5J25A 4FAEA 5P0VA 4HZTA 2QI1A 3OQ7A 2NPHA 3S2OA 2OHTA 3CKTA 3NXEA 2NMZA 4L6BA 4Y4AA 2HB2A 4GYEA 5P47A 4D88A 2B42A 5OZZA 5P2MA 1HXBA 4PHVA 5P0IA 1OD1A 1TSUA 5DQ5A 1AXAA 3SA6A 4RGHA 1BDRA 5P8JA 1HRNA 5P11A 2HC0A 1HTEA 5JG1A 5OYUA 5P3JA 2AZCA 2XFJA 3LZYA 2QI5A 2R5PA 5P35A 3JVWA 3N4LA 4Z4XA 5SY3A 3PBDA 4I1CA 3KMXA 1NPVA 5IS4A 5OZXA 3OU3A 3OQAA 2ER6E 5P8CA 3MSJA 5P0YA 4FCOA 1FQ7A 4GJ5A 5APRE 4AUCA 4H3JA 2QHYA 5P1UA 1BXOA 2OHMA 2P83A 3O9AA 4B1DA 5P3XA 1META 4XXSA 5DR1A 1HPSA 1RV7A 5HE5A 5BS4A 5DGUA 2PC0A 5P0KA 4GZFA 3URJA 4YCTA 1TW7A 4DPIA 2Q54A 5AHBA 1QDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4V A;  4I12 A;  2WED A;  4F74 A;  4HDP A;  5P2Z A;  5P1Q A;  4Y3D A;  5P7Z A;  4L7H A;  4ZSM A;  4J1E A;  4NPT A;  4DJY A;  3HVG A;  2APR A;  2G22 A;  5P6S A;  5P2K A;  2BPY A;  3H5B A;  4PYV A;  4Y3J A;  3BXR A;  5P2U A;  1EPO E;  5AHA A;  4FGX A;  4Y37 A;  1SIV A;  1G6L A;  1IDB A;  3NXN A;  2IGX A;  2PWR A;  3PMY A;  4XKX A;  1ZTZ A;  5P3M A;  5P4Y A;  1HTG A;  5P3E A;  1SDV A;  2VJ6 A;  1APV E;  5P64 A;  1BV9 A;  3NU4 A;  4KE1 A;  5P12 A;  2EWY A;  5P1V A;  5DR0 A;  5P22 A;  4HLA A;  1LF3 A;  1YG9 A;  5P6C A;  2PSV A;  3BUG A;  2BKT A;  1GVV A;  3LZS A;  5P2J A;  1LYA B;  5P4E A;  5P5D A;  4QGI A;  2G20 A;  4DVF A;  1FGC C;  4DJQ A;  1LYA A;  2AZ9 A;  1UH7 A;  3OTS A;  3UQU A;  2FIV A;  4H3I A;  1DW6 C;  1U8G A;  5P2R A;  1BAI A;  1XN2 A;  5P02 A;  1LYW B;  4DQB A;  1HSI A;  3ZPT A;  5P7T A;  2NNP A;  3GW5 A;  1YTH A;  3D1Y A;  3KDB A;  1LYW A;  5OYY A;  1MPP A;  5P18 A;  3SQF A;  3SM2 A;  1LV1 A;  3S43 B;  3ZKX A;  5P89 A;  1EPL E;  5OZU A;  1JLD A;  3PI5 A;  4JP9 A;  3VF3 A;  3UQX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QD6 A;  5P23 A;  1TCX A;  1AZ5 A;  3OUD B;  5P6X A;  4QJ2 A;  2Q11 A;  6UPJ A;  4Q1Y A;  4FSE A;  5P3K A;  3ER3 E;  3R2F A;  4LXM A;  5P5J A;  2F81 A;  5P34 A;  4Z22 A;  1Z1H A;  3IVI A;  3Q5H A;  3QP0 A;  4Y48 A;  1HVJ A;  3SPK A;  5JFU A;  4MC9 A;  2I4W A;  4RCE A;  1ZLF A;  1YM4 A;  2G1S A;  3HW1 A;  3NU3 A;  2AOC A;  2NXM A;  3OWN A;  3OU1 A;  3I6O A;  3T6I A;  2PK5 A;  5P3L A;  5P8V A;  2VNN A;  5P15 A;  4OD9 A;  5P29 A;  1FMU A;  5P3V A;  5P8O A;  3AUP A;  2V11 C;  4BFD A;  5P83 A;  3VEU A;  1DIF A;  4YHQ A;  5P6U A;  3CMS A;  5IVQ A;  3OXX A;  5ISK A;  4EJD A;  2UPJ A;  3HAU A;  5P2D A;  5P04 A;  1LF2 A;  3TKG A;  3S56 A;  5HCO A;  3RTN A;  1HVC A;  2V0Z C;  5P5Q A;  3TTP A;  4J0Z A;  2MIP A;  1MER A;  1D4K A;  3BHE A;  5P20 A;  4APE A;  3OQF A;  5P80 A;  1LEE A;  2AVO A;  1AM5 A;  4FLG A;  4BEK A;  1RPI A;  5OZE A;  3CID A;  5P3R A;  5HE4 A;  2V00 A;  3BUF A;  4LXA A;  1HXW A;  4CPW A;  4KE0 A;  2P3A A;  1XE5 A;  5P5V A;  5P5P A;  4J55 A;  5P0H A;  4R91 A;  5P4H A;  1ODY A;  4AZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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