3O9EA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af60
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9eA00
2WL0A 5OYTA 4CPXA 1D4IA 5P26A 5P53A 3SA4A 3H0BA 3LIXA 3QRVA 1CZIE 2HS1A 4CPRA 1C6ZA 1Z1HA 1B6MA 1LS5A 4I0ZA 1W6IA 1YX9A 1FFIC 1HBVA 3EL0A 1EPME 1QS8A 2QHZA 5OZJA 2G1OA 4Y56A 1CMSA 2ER0E 3OAGB 5P2JA 5P7SA 2P3BA 4GJBA 5P7UA 5P36A 1MESA 2G20A 1DP5A 3URJA 1B6JA 4Y3SA 3OU4A 5I3VA 4Y4AA 3LZVA 3DV1A 2WECA 3FX5A 4A6BA 5P5LA 4Y5KA 5P5DA 3T11A 3INEA 4K4PA 2PMAA 5HU1A 4R92A 3O9AA 4FIVA 3TPPA 1T6EX 4D85A 1HVCA 5OYZA 4ER1E 2AOHA 3UDPA 5P0BA 3EKYA 5P6NA 3VYFA 2QK5A 1HTEA 2P3AA 5P4QA 2V12C 2H6SA 3UDRA 1TSUA 3G72A 5HDXA 2QU2A 2QD6A 3T6IA 2Q63A 1YTGA 5P61A 3FNTA 1HTFA 2VKMA 4Y3HA 5COPA 5OZYA 5P3XA 4B78A 2PH8A 2QMPA 3L5DA 1AM5A 5P82A 1AZ5A 4DJPA 3GI4A 3HLOA 3OXVA 2FNSA 1IZIA 4RYGA 5OZXA 2QHCA 3KT5A 3NLSA 4PZWA 5DQ4A 5P1DA 2HM1A 5P7EA 1SDUA 3KF0A 4JP9A 3HAUA 3S45A 3QN8A 3HVGA 2F3EA 1YTIA 3IXOA 5P8NA 4R95A 4FM7A 3VEUA 3O9GA 4XX4A 4Y51A 4ACXA 5P6SA 4EHCA 2OHTA 3OK9A 5P6IA 3PI0A 5P4YA 4TRWA 2XFIA 1MRWA 2G21A 2FDPA 4LL3A 2XYFA 5DR8A 4CKUA 5OZEA 3SFCA 1FMUA 2QI3A 2ZE1A 1JLDA 1EPLE 3QRSA 3QVCA 3INDA 4DQHA 1EBWA 1MPPA 5P6JA 5P3WA 3NDXA 5P23A 1DMPA 6UPJA 4M8YA 4OD9A 4EP2A 3TPLA 2NXMA 5P3RA 4OBDA 5P7PA 5P52A 5T4SA 3K1WA 3BC4A 5E5JA 4I0HA 5OZ8A 2FDEA 3TOHA 3S2OA 5P8SA 1W5YA 4ZSQA 5P2HA 3L3AA 5P0OA 2F3KA 5P65A 2R5PA 1GNNA 3LINA 4ER4E 2MIPA 2G1YA 1D4KA 5P5EA 5UPJA 5P0LA 5P1LA 3NXEA 3FKTA 4OBFA 3OGQA 3VSWA 1HPXA 1LYAA 5DQ1A 3OQDA 1F34A 4Q1WA 1AJXA 4JECA 3RSVA 4Y4GA 3PBDA 3PWRA 2IGXA 3GGVA 2ER6E 5P5NA 1PROA 4J1CA 4CPWA 4X7IA 3PB5A 5P29A 1HVLA 3FIVA 1W5VA 5P6AA 3SKFA 3QRMA 2PQZA 3VLBA 2P3BB 2ZHSA 4R5NA 4R91A 2H6TA 3CICA 5OZWA 2QU3A 5P6QA 4N00A 2Q15A 3LIVA 4PPHA 3RTHA 2AOGA 3OU4B 1LF4A 4EYRA 4L1AA 5P4DA 1HIIA 2AOJA 1YM4A 4Y50A 5P1PA 3KT2A 4J1EA 3BXRA 1E5OE 3PWMA 5AGZA 3ZMGA 4IVSA 3U6AA 3CYXA 5P38A 2IDWA 2ZYEA 1K2CA 5HDUA 4CMSA 2UY0A 1KJ7A 3MXEA 4RVJA 3ZKGA 5P0MA 5P0QA 1IZHA 1YG9A 3LZSA 3IN4A 2AVSA 5P5WA 5AHAA 4Y3QA 2FGVA 5C9BA 3HD8A 3RTMA 5OYVA 4Y5NA 2NMYA 2BBBA 3DJKA 4DJUA 2ZHTA 5OZFA 5P64A 5P1QA 1HVJA 5P6WA 2PSGA 1BBSA 5P6HA 4HDBA 2JYSA 1WBMA 3PJ6A 5P5MA 2QI7A 2I4UA 4B0QA 2QP8A 2QZWA 5P5YA 4Y47A 2FGUA 5P5OA 5P2TA 1K6VA 3OHHA 3S43A 3N3IA 4QJ8A 4TRZA 2R3TA 1GVVA 3OU3A 4Q1NA 1G6LA 1EPNE 3R4BA 3R1GB 1HVSA 2B60A 2NR6A 3INFA 4RROA 2P83A 5DR1A 5P4XA 4I0EA 3EBZA 3OAGA 5P14A 3L58A 2AVQA 5OZ7A 3EMYA 2FNTA 2I4QA 2AVOA 4D88A 3LIYA 1PSAA 3PM4A 2B8VA 1ODWA 5DR0A 1FLHA 1HPOA 5P47A 3PEPA 1PFZA 5P41A 4XX3A 3HDKA 1HVIA 5P3EA 1HIVA 5P3BA 2OF0A 3OUCA 5P4SA 4F76A 4I10A 3SA7A 2BPWA 7UPJA 1META 1VIKA 4YCTA 1E80E 2F8GA 1QBSA 3DUYA 4HLAA 2B42A 5OZ0A 5EZXA 4MC6A 1AXAA 5DQCA 5P79A 3TPJA 3ZKNA 4FL8A 3SM2A 3Q5HA 5ISJA 2NNKA 4OD9B 5P57A 5P4LA 4I8ZA 3ZKXA 5P6MA 1ZP8A 5B18A 1B5FA 1HVRA 3OXCA 2O4PA 5P30A 5P4HA 5P55A 3GI0A 3L5CA 5P5RA 3HAWA 5P13A 5P1SA 1EC2A 3O9FA 1YTHA 5OYSA 3T3CA 2O4KA 3TTPA 1BXOA 5P0DA 5P33A 5P7NA 4Y3PA 1EPOE 3G70A 2OHMA 5OZGA 2BQVA 1W6HA 2QI6A 5SZ9A 4ACUA 1HOSA 4HA5A 4NPTA 1LYAB 4LAPA 5P75A 4Y57A 4TVGA 3FNUA 4OBZB 3S7MA 4L6BA 5OYXA 2Q11A 4DI2A 2V10C 1GNOA 3LIQA 5I3XA 3GGUA 3S85A 3F9QA 3H5BA 1ER8E 3R2FA 3UDMA 3APPA 4YD5A 1T3RA 1EAGA 2I0AA 3NSHA 5BS4A 4Y4TA 5P0VA 4FS4A 3QPJA 3ZLQA 5P8CA 3OGPA 3LPJA 5F01A 1HIHA 4I0IA 5P40A 4Y4DA 1EC1A 1MUIA 1TCWA 2I1AA 3AUPA 5P6BA 3GGAA 1B6KA 2NXLA 5P74A 5P6EA 1EBZA 2ZJHA 1LV1A 5OZ1A 1ZSFA 1Z8CA 3TOGA 5P1HA 3DCKA 5KR2A 4ZIPA 3OQFA 3PVKA 5P58A 1EPPE 4Y3WA 3VF5A 5P89A 1QBUA 5KQYA 5P1AA 2ZDZA 4KB9A 5P5IA 2AVMA 3S53A 3KFRA 1SH9A 5P5CA 1ZJ7A 4Y54A 5P09A 1FQXA 3QIHA 1PSOE 5P44A 1GVUA 5HDZA 3GGXA 5P7HA 2NXDA 3RSXA 2AVVA 4H1EA 2R5QA 3K4VC 4Y5LA 5P0GA 5OZKA 1BAIA 3Q4BA 4DJOA 4FSLA 4GJDA 5P84A 4YCYA 2AOFA 1MTRA 4U7VA 2WKZA 4Y5CA 5P07A 4Y3MA 2VA7A 4B1CA 1T7IA 2PWRA 3OOZA 2ZHVA 2G1RA 5P4VA 3SO9A 5P78A 3S43B 4GJCA 1NSOA 3CIDA 4QJ6A 4L7HA 1KJHA 4EJLA 4Y5AA 1RQ9A 3KN0A 4AZYA 4H3GA 2NTRA 3K4VA 4ZLSA 4J55A 1IDBA 2I0DA 3K5GA 1MSNA 5P0HA 5P43A 5J25A 1TW7A 3D1YA 5COKA 1HPSA 5KQFA 1BV7A 4JPCA 3ZPSA 1MT7A 2HIZA 5OZVA 1HWRA 4JOOA 5E5KA 2IQGA 5P7AA 1FGCC 4ZE6A 9HVPA 1A8KA 3A2OA 5P8QA 2AQUA 1C6YA 4Y3JA 2A1EA 5P8FA 1Z1RA 4AA8A 4GJAA 4Y39A 5P3LA 3UQRA 5P18A 4Y3EA 3ZPTA 1K6TA 5P6LA 3I2LA 4PEPA 5PEPA 3KDCA 3ER5E 4RCEA 3CIBA 5P0SA 5P4TA 5P6VA 3G6ZA 3RVIA 3PWWA 1LYBA 2B7ZA 5P4NA 3B7VA 1B5FB 1LYWB 2PYNA 4RLDA 4OBGA 1RV7A 3HZCA 5P4MA 3CKRA 4DJVA 4DPFA 4BFBA 2VIZA 2I4WA 4Y3GA 2J9KA 3C9XA 1W5XA 4I0DA 4DUSA 5OZNA 1FG6C 3OTYA 3HW1A 4Y3TA 3DOXA 5P85A 2AOEA 4Q1YA 2I4DA 5HU0A 1BVGA 2O40A 3VUCA 4Y36A 3ECGA 1FF0C 3TOFA 5P0AA 4GJ8A 1AAQA 2FXDA 1NH0A 5P4BA 4APRE 2QI5A 5P2XA 3CMSA 4AUCA 1OD1A 2OHUA 3HBOA 3UDYA 5P06A 3JVWA 2V13A 3UFNA 5P1NA 3O9HA 5P7ZA 5P01A 1BDLA 2O4SA 5P0CA 4QJ9A 3OOTA 4Y44A 3VG1A 5P7QA 1DIFA 4DQCA 2IKUA 1K6PA 5P5BA 4LHHA 3OHFA 3VYEA 1GVTA 2QZXA 3PLDA 2WEDA 3OUDA 4FGXA 5P66A 5AHBA 3UF3A 4Y45A 3IXKA 3QS1A 2FLEA 4D89A 4EXGA 1B11A 1MIQA 5P8OA 3OQ7A 3SPKA 5I70A 3BGBA 5APRE 4Y3RA 3K5CA 4Y3XA 2PC0A 4EQJA 4Y3LA 1LF2A 5OZRA 4RVXA 3EL4A 3B80A 5OZPA 5AHCA 3MSJA 5P3YA 5P0XA 2PSUA 2R38A 5P5TA 4DQBA 4FRKA 3EKVA 5P80A 3ZOVA 4FAFA 1SIVA 5P1EA 1GKTA 1A94A 4Y4BA 2QHYA 4GJ5A 2JJIA 5P5KA 3OADA 3FNSA 5P3ZA 4FAEA 1K1UA 4A4QA 5P42A 5EZZA 3CKTA 1FG8C 5P17A 5DQ2A 5P5PA 3NR6A 5P20A 3PCWA 5IVTA 4BEKA 5DGWA 3HVPA 4Y5PA 5HCTA 1AIDA 2IRZA 3KYRA 1EC3A 3BXSA 3PMYA 1TSQA 8HVPA 2R3WA 5P0KA 4RGHA 4CPUA 1FQ6A 4ZSMA 2IGYA 3FV3A 4OBZA 2OAHA 4QLHA 4TVHA 3D3TA 1D4YA 1HSIA 4OC6A 2BKTA 4NJSA 4Y58A 2VA6A 3O9LB 3BGCA 4H3IA 1IVQA 3NWXA 5P24A 3KMYA 1FMBA 2V0ZC 5P0RA 2NMZA 1VIJA 3TKGA 4HEGA 4I8WA 3QBFA 5P63A 4YD6A 3OQAA 2BPXA 4ZEAA 5OZQA 5P60A 5P35A 5P7TA 4B70A 3OXXA 3BVAA 4I0GA 1EEDP 1RL8A 3NWQA 3OTSA 4ZPGA 1UH8A 4Y3DA 5P00A 5P4EA 3SA8A 5P37A 1ZLFA 2P3CA 4H3JA 3S7LA 5IVRA 1XN2A 5P3KA 2G24A 4J0VA 5P69A 1FFFC 3GI6A 2WF1A 3PSYA 3EL9A 2OHRA 4DQEA 4B05A 5P8IA 5JFUA 2XFJA 3U71A 3R0WA 2AOCA 5P72A 4FSEA 1OEXA 1HPVA 4LC7A 2VA5A 4RRSA 3GW5A 4ZSRA 5OZOA 4PZXA 5I3YA 5P3VA 1LYBB 5P5GA 5P50A 2OHSA 3SA6A 3NUJA 5P1YA 4KE1A 3SABA 1YT9A 2QZLA 2R43A 4MC1A 5P5UA 4EXHA 3WZ7A 2HB3A 5P4PA 5IVSA 3ZKSA 2Z54A 3EKTA 5P2BA 5P2DA 5DPZA 1TQFA 1EC0A 4GJ6A 3O9CA 2NPHA 4LXKA 3EC0A 5P3NA 2QD8A 3IXJA 1BXQA 3UDNA 2AZ9A 1U8GA 5JODA 3UDHA 1BV9A 4RVIA 3EKQA 4Y9WA 3BVBA 5P0ZA 1ZPAA 3TL9A 3I7EA 5P88A 2ASIA 1QBTA 4LXAA 1ODYA 1SIPA 1APVE 4YDFA 5P1KA 4MC2A 5P6TA 2F3FA 5P2RA 3Q70A 3NDTA 4Z4XA 3UCBA 5OZBA 5ENMA 3UDQA 2VJ6A 2R8NA 5P8RA 3VFBA 2RENA 5P5JA 3OUDB 2JE4A 2HB4A 2QI1A 5P6XA 3MXDA 4Y5MA 3R0YA 5HTZA 5P8KA 5DR4A 3JW2A 5P34A 5P3TA 3M9FA 5P7WA 5P8JA 4DJWA 5C9DA 1D4JA 5OZ4A 2PSVA 3PLLA 5P1ZA 3O9DA 1LYWA 4DJQA 1ZBGA 5P2NA 3IVHA 4YOBA 1XE6A 2ANLA 5P0YA 2AOIA 2BJUA 3OADB 4Y3AA 5KR8A 3TNEA 3BRAA 5P27A 1D4LA 2ZGAA 1XE5A 1K1TA 5P5AA 3ZPUA 1APUE 5P1MA 3IGBA 1M0BA 5P5XA 4X2LA 5P7GA 5P5HA 5P6DA 3TH9A 4NJVA 5I3WA 2XFKA 5P4KA 1FQ4A 3OWNA 5JFPA 5P7KA 5P54A 2JXRA 3SM1A 4OC6B 2FIVA 1WKRA 4Y4WA 5P2EA 3UQXA 1HXWA 2CENA 2PYMA 5F00A 3WZ8A 1MVPA 2V11C 2QD7A 3OUAA 5P4RA 1G35A 4YE3A 4JPEA 2QNPA 3UDKA 3KDBA 1NPWA 4DJRA 3OY4A 3PHVA 5P7FA 1IIQA 3SA3A 2BPZA 4F75A 4U7QA 1EPQE 4F74A 5P2UA 1E81E 2RSPA 2WF3A 5P3CA 2AODA 5AH6A 3PCZA 1RNEA 2G94A 5HDVA 2J9JA 5OZ9A 2EWYA 2G26A 1FQ7A 3INHA 4Z50A 4D83A 2QNQA 4YDGA 3KFNA 2B7FA 3NU6A 2FMBA 4E43A 1IZDA 5P2GA 4QJ2A 1FQ5A 3SAAA 1EBKC 4J1KA 1ENTE 4Y3YA 1Q9PA 4IVTA 3IAWA 3ZKIA 3EM3A 1MTBA 3VYDA 5P4OA 5KR1A 1IVPA 5P6KA 4K8SA 5P3OA 5P7RA 3SQFA 4Y41A 3NU5A 5P3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WL0 A;  5OYT A;  4CPX A;  1D4I A;  5P26 A;  5P53 A;  3SA4 A;  3H0B A;  3LIX A;  3QRV A;  1CZI E;  2HS1 A;  4CPR A;  1C6Z A;  1Z1H A;  1B6M A;  1LS5 A;  4I0Z A;  1W6I A;  1YX9 A;  1FFI C;  1HBV A;  3EL0 A;  1EPM E;  1QS8 A;  2QHZ A;  5OZJ A;  2G1O A;  4Y56 A;  1CMS A;  2ER0 E;  3OAG B;  5P2J A;  5P7S A;  2P3B A;  4GJB A;  5P7U A;  5P36 A;  1MES A;  2G20 A;  1DP5 A;  3URJ A;  1B6J A;  4Y3S A;  3OU4 A;  5I3V A;  4Y4A A;  3LZV A;  3DV1 A;  2WEC A;  3FX5 A;  4A6B A;  5P5L A;  4Y5K A;  5P5D A;  3T11 A;  3INE A;  4K4P A;  2PMA A;  5HU1 A;  4R92 A;  3O9A A;  4FIV A;  3TPP A;  1T6E X;  4D85 A;  1HVC A;  5OYZ A;  4ER1 E;  2AOH A;  3UDP A;  5P0B A;  3EKY A;  5P6N A;  3VYF A;  2QK5 A;  1HTE A;  2P3A A;  5P4Q A;  2V12 C;  2H6S A;  3UDR A;  1TSU A;  3G72 A;  5HDX A;  2QU2 A;  2QD6 A;  3T6I A;  2Q63 A;  1YTG A;  5P61 A;  3FNT A;  1HTF A;  2VKM A;  4Y3H A;  5COP A;  5OZY A;  5P3X A;  4B78 A;  2PH8 A;  2QMP A;  3L5D A;  1AM5 A;  5P82 A;  1AZ5 A;  4DJP A;  3GI4 A;  3HLO A;  3OXV A;  2FNS A;  1IZI A;  4RYG A; 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 5P33 A;  5P7N A;  4Y3P A;  1EPO E;  3G70 A;  2OHM A;  5OZG A;  2BQV A;  1W6H A;  2QI6 A;  5SZ9 A;  4ACU A;  1HOS A;  4HA5 A;  4NPT A;  1LYA B;  4LAP A;  5P75 A;  4Y57 A;  4TVG A;  3FNU A;  4OBZ B;  3S7M A;  4L6B A;  5OYX A;  2Q11 A;  4DI2 A;  2V10 C;  1GNO A;  3LIQ A;  5I3X A;  3GGU A;  3S85 A;  3F9Q A;  3H5B A;  1ER8 E;  3R2F A;  3UDM A;  3APP A;  4YD5 A;  1T3R A;  1EAG A;  2I0A A;  3NSH A;  5BS4 A;  4Y4T A;  5P0V A;  4FS4 A;  3QPJ A;  3ZLQ A;  5P8C A;  3OGP A;  3LPJ A;  5F01 A;  1HIH A;  4I0I A;  5P40 A;  4Y4D A;  1EC1 A;  1MUI A;  1TCW A;  2I1A A;  3AUP A;  5P6B A;  3GGA A;  1B6K A;  2NXL A;  5P74 A;  5P6E A;  1EBZ A;  2ZJH A;  1LV1 A;  5OZ1 A;  1ZSF A;  1Z8C A;  3TOG A;  5P1H A;  3DCK A;  5KR2 A;  4ZIP A;  3OQF A;  3PVK A;  5P58 A;  1EPP E;  4Y3W A;  3VF5 A;  5P89 A;  1QBU A;  5KQY A;  5P1A A;  2ZDZ A;  4KB9 A;  5P5I A;  2AVM A;  3S53 A;  3KFR A;  1SH9 A;  5P5C A;  1ZJ7 A;  4Y54 A;  5P09 A;  1FQX A;  3QIH A;  1PSO E;  5P44 A;  1GVU A;  5HDZ A;  3GGX A;  5P7H A;  2NXD A;  3RSX A;  2AVV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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