3O9FA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd27
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9fA00
5P6YA 5P4MA 4CMSA 2WL0A 5P7MA 2ASIA 3FIVA 5P1RA 5OYYA 5P8HA 1A8GA 4I0IA 1APUE 2HIZA 2AIDA 5P80A 2R3WA 3OUDB 5P0LA 4YCYA 4ACUA 1AXAA 5P85A 2PK5A 5P0BA 4Y4UA 5SY3A 2IS0A 1BWBA 1YX9A 3QVIA 1FQ7A 5P0IA 4GJ8A 1EPQE 5P73A 5P7RA 2VIZA 1RV7A 2IL2A 3NU9A 5P1PA 5P0XA 5P1AA 1FIVA 5P47A 1TQFA 1FQ5A 2B7ZA 3GI6A 2QI7A 3ZPUA 5P86A 3S8IA 5F00A 1MVPA 1MRWA 1TCWA 4Y50A 5TOLA 5P33A 3GI5A 5P2YA 2PH8A 3FNTA 1LYWB 2FLEA 2AZ9A 5ISKA 3H0BA 5APRE 3TPPA 3TLHA 3S53A 3SQFA 4JECA 4EWOA 5UPJA 4LXAA 5OZRA 1XN2A 1YTJA 2O40A 2ER7E 4LC7A 5OYTA 3TPLA 1XL5A 4R91A 1CMSA 5P8BA 5P4FA 2WEDA 1IBQA 2Q15A 1SIVA 3EMYA 5P5HA 1FQXA 1AAQA 5P05A 3WZ7A 5P7BA 5OZOA 3SA4A 4H3GA 4YBIA 5P6UA 2BPYA 1KJ7A 5P4RA 5HU0A 5P09A 2PK6A 4Q1YA 1K2BA 4EJ8A 3UDRA 4Y9WA 5P6FA 4Y3YA 4NJTA 3KN0A 4RCDA 5P1JA 5P3CA 3L58A 2ER9E 2F3KA 3FKTA 2G21A 5P3XA 5P0AA 1M4HA 4DJVA 2PWRA 1PPME 5P6IA 1B6MA 5P7CA 4X2LA 3EKWA 2ZHSA 4BFBA 3EXOA 1CPIA 4RVJA 2AOCA 1HVRA 4J0YA 3OWNA 5P8AA 2AZCA 5P7WA 2ZHVA 5OZAA 1GVWA 4OBGA 2BQVA 2AODA 2ZGAA 2P8HA 3TOFA 5P0SA 5P6VA 3OUAA 4J0ZA 3KMXA 3O9EA 2HM1A 2B8LA 3KF0A 2IDWA 5P45A 1QBTA 2ZJNA 5IS4A 4I11A 3LPKA 4PYVA 5P5YA 3O9IA 1RL8A 3UDYA 5P25A 1JLDA 5OZHA 5OZIA 3EKPA 5IVSA 2WF3A 4QJ2A 3AIDA 2FGUA 1HIIA 3DM6A 3NXEA 3VYDA 2ZJLA 4J54A 4HDPA 3SA5A 3O9LA 3GI4A 5P5FA 5P1GA 5OZ6A 2I4WA 4J5JA 4DQEA 3U71A 3OHFA 1BVGA 4UPJA 3LPIA 4Y4XA 3TTPA 1PSNA 1HVKA 4Y41A 5P67A 3VLAA 3Q4BA 5P4JA 3TOGA 4YBFA 3K5CA 5P6GA 3HVGA 1SDUA 2NXLA 4FGXA 3QS1A 4YDFA 5P5MA 5JODA 5P23A 2QHCA 2JE4A 2VKMA 4RZ1A 5OZ8A 1W5VA 2VS2A 1C6ZA 1Z1HA 3QVCA 4H3FA 4Y35A 1HPVA 2NR6A 1G35A 5P7AA 5DR7A 4Y4JA 5P1VA 4Y57A 5OZSA 3LZYA 3RU1A 5P3GA 1NPVA 3UHLA 1EC0A 5P02A 3WB4A 4YD7A 4CPTA 2VA5A 4RCFA 4Y4BA 5P4TA 3OQFA 3BGBA 4L7GA 4J0TA 1RQ9A 4J55A 5P8FA 2WEBA 1T6EX 5P0TA 1FFIC 1NPAA 4FRKA 5P0VA 2WF1A 3WB5A 5P87A 3ZPTA 1PPKE 3LINA 2RKGA 3HAWA 1FF0C 5P46A 3L5EA 1F7AA 5P43A 1SIPA 4MC6A 3T11A 1K1TA 1T7JA 1OEWA 3GW5A 4U7QA 5EZZA 1GNNA 3EM6A 5ER2E 3DCKA 3ZKQA 3IA9A 4HDBA 3IGBA 3APRE 1GNOA 3BXRA 5HDVA 1LYAB 5P1TA 4L1AB 3OQKA 5KQZA 5DGWA 5P3EA 5P7VA 4Y43A 1ZSFA 4Y3DA 2OHLA 4DI2A 3UDNA 1ODXA 4FSEA 1DP5A 1ZJ7A 4Q1NA 1ENTE 3EL5A 1MT9A 4KE0A 1MTRA 4NPTA 3KFNA 1XE6A 2OHPA 3TPJA 3UQUA 4EQ0A 3KFPA 3N4LA 4Y3TA 5P5TA 4Y3JA 3UPJA 3G72A 4GJCA 1MRXA 5E5JA 3GGVA 1PPLE 4FS4A 7HVPA 2V0ZC 1BVEA 5OYXA 3IVIA 2QK5A 5P4OA 1AJVA 4E43A 5ER1E 4CPWA 5P2SA 6APRE 4M8YA 3QIHA 5P4LA 2NXMA 5P7LA 1ER8E 3U6AA 2FS4A 1HIHA 4AA8A 3EBZA 4Y56A 2RKFA 5P6WA 1K6VA 1PROA 3NDWA 5P5NA 2B8VA 2FXDA 4I8ZA 1TW7A 3UFLA 3TPRA 5P51A 3INFA 3PCZA 5P2VA 1EPPE 3INDA 5P8EA 3GI0A 5OZFA 3BHEA 3VV7A 1FQ8A 3BC4A 3G6ZA 2R5PA 4FM7A 4Y5PA 4NJSA 3ZOVA 5P6NA 5P2WA 5P6PA 3OAGA 3URIA 4GJBA 5CLMA 5P7XA 5P1MA 1N49A 3SFCA 3VFBA 2P3DA 3R1GB 5P0MA 3UDHA 1TZSA 5P8LA 1HEFE 4ZPGA 3QPJA 1A8KA 2OHRA 5HDXA 5P2IA 5P34A 3UF3A 5HCOA 5P4ZA 4F74A 5P8RA 5P8KA 4Y53A 1ZPAA 1AM5A 4L6BA 1PSOE 4DJPA 2QD6A 3PWMA 3MXEA 3PBDA 1C6XA 3FNSA 5OZXA 2F3EA 3RTMA 5P8OA 4FAEA 3UTLA 4LXMA 1LV1A 2QI1A 3OXWA 4Y3QA 5P13A 3NLSA 3OADB 2JJIA 2NNKA 1ZTZA 4K8SA 2VJ6A 1HTEA 5OZ5A 5P84A 5P7QA 1KJGA 5P0JA 3Q6YA 5P3UA 2J9JA 1K1UA 5P8SA 4ZE6A 3NDXA 1B6PA 5P39A 3NU3A 3BXSA 1XE5A 2QZLA 2QI6A 1LYBB 3NUJA 3PGIA 3ZL7A 4HLAA 1BDRA 2V13A 2G1NA 2QI4A 5OYVA 2Q54A 5P2LA 3GGAA 5P77A 5P5SA 4ZPEA 5P2DA 3VUCA 2QMGA 1FMXA 3OHHA 5P2XA 2I4UA 5P7HA 1AIDA 5P6LA 2ZHRA 4ER2E 5P4GA 4DQGA 4EJDA 2G22A 2V11C 2PSGA 5P2EA 4PHVA 2I1AA 1MERA 1ZAPA 4DQHA 5DQ4A 4QJAA 2QI3A 4COEA 5BWYA 3L5DA 2QI0A 2WHHA 5P2HA 1LF3A 3UDPA 5P0WA 5P1NA 1D4YA 3EL0A 5P8PA 5P5PA 3PI5A 1K6TA 4QGIA 2QD7A 2G27A 4Y5MA 5OYQA 4R8YA 2ZJIA 1SMEA 4CKUA 5HDUA 5P5VA 5P4DA 5KOQA 3MSJA 5P82A 2UY0A 3S7MA 5P7PA 3HLOA 5DPZA 3KYRA 5P1BA 5P08A 2AVSA 5P4BA 1E81E 5P7GA 4I0DA 4Z4XA 2OF0A 2FDPA 4Y48A 2ZYEA 4B1CA 1GVXA 1LF2A 3KT2A 3TKWA 5AH9A 2G1YA 2EWYA 4FSLA 1QBSA 2AOGA 1ZP8A 5P7EA 3O9CA 5P01A 4K9HA 4Y5NA 1LF4A 2QU2A 3DK1A 1YT9A 3I7EA 4B78A 5P7JA 5COPA 1TSUA 1T3RA 3QN8A 5SY2A 3IVHA 3DV1A 3R2FA 3OU4A 3UQXA 2NMZA 2Q55A 4Y4EA 4Y5LA 5P2TA 1AZ5A 5P31A 5P6JA 5P6DA 2ZJHA 4I0ZA 1WBKA 4S1GA 3HVPA 1GNMA 1B5FA 3ER3E 3PWWA 5DR0A 4OBZA 3UDKA 4Y5CA 4EHCA 2QZKA 5P88A 3SAAA 5P7SA 4R93A 4F76A 2AOJA 3EL1A 2P3AA 1ZPKA 1IIQA 3T7PA 5OZZA 5P24A 5P36A 4M8XA 1E5OE 4XX4A 5OZ0A 5KQYA 3LIXA 1W5YA 5P7ZA 2PYMA 1EPRE 2IKOA 4K4PA 3PHVA 2FNTA 3UDJA 5P4NA 4MC2A 5P7NA 1TCXA 4YE3A 4OC6B 3ST5A 4AA9A 4GJ7A 1GVUA 1HTGA 5P5OA 4EXGA 5P8UA 3OQDA 2PMAA 4KE1A 2IGXA 4FCOA 3KFSA 5P8NA 1SP5A 5B18A 2OHSA 4WY1A 5P38A 1MIQA 3KMYA 3O9AA 2PSUA 2B60A 4RCEA 5P2JA 5P27A 5P3DA 3CYWA 1UPJA 2HS1A 5P8CA 2BB9A 4TVGA 1UH9A 5I3VA 5AH6A 5P4EA 5P48A 4EP2A 4FL8A 2Q5KA 2FIVA 4HDFA 4ZEAA 5P4SA 3VEUA 5P6HA 5P42A 1FG6C 4PEPA 3PMUA 4QJ6A 5P07A 2WECA 2R8NA 5HD0A 1BILA 4RRSA 4XXSA 3UQRA 4TRYA 4GIDA 5P6ZA 2OHUA 2P4JA 5P2MA 4J1FA 2VNMA 3SA9A 3O9DA 5SXNA 4DUSA 5P6TA 2HB4A 3SACA 2B7FA 5P30A 4Y5KA 5P4HA 4B0QA 3NR6A 4QJ9A 5P55A 5AH8A 5P1YA 2O4KA 4JPEA 3IXOA 2G1SA 3PVKA 5HU1A 1EPNE 5P5WA 4JPCA 4Y38A 1XS7D 1KZKA 5P5LA 3UDQA 2V10C 3RTNA 3ER5E 5OZWA 5P2AA 5SZ9A 5P4UA 2HB2A 5P1SA 1M0BA 2QHZA 3ECGA 4EJKA 2JYSA 5P56A 4J0PA 3B80A 1KJ4A 4ER1E 3ZLQA 3RTHA 1HXWA 3PSGA 2BPWA 5P4IA 4Y39A 3FNUA 2XYFA 3HBOA 2F8GA 4Y3XA 1CZIE 2QMFA 3K1WA 5P2QA 3D3TA 1XDHA 5P2NA 3PM4A 2O4PA 4WTUA 3BGCA 3VV8A 5P06A 3MXDA 1G6LA 5P37A 3WZ6A 3CKRA 1FKNA 5P4AA 2IGYA 3DV5A 4Y4AA 1RPIA 5I3XA 3UQWA 2ZHTA 3PCWA 3T3CA 4CPQA 5P32A 3LZSA 5P76A 2VIEA 3S45A 1HTRB 2HPEA 4DJRA 5P6AA 3QAAA 5OZ4A 4AZYA 2BJUA 5P18A 1W5WA 7UPJA 1EC1A 5P19A 5P7OA 1YM2A 3CMSA 1T7KA 1VIKA 5P7TA 5JG1A 5P00A 3UDMA 3K5FA 4F73A 5P3KA 1SMRA 5P89A 2OHTA 5P5AA 5BS4A 3SM1A 4Y3MA 5P6RA 2QD8A 2WF0A 5OZ3A 4H3IA 5P3ZA 2B42A 1HIVA 4QJ7A 4FRJA 2I4XA 4DQFA 3C9XA 4QJ8A 2P3BB 3BRAA 1FGCC 3L5CA 2P3CA 5P44A 4YD5A 4Y6MA 5P2CA 5P3HA 5DQ1A 3VLBA 2AZ8A 3PRSA 3PWRA 5DQ5A 1NSOA 5P3RA 5P5KA 3SLZA 4D88A 4Y3AA 1D4KA 3WSJA 2AOHA 2NPHA 4FM6A 3Q5HA 4NJVA 5P5EA 1HVCA 1Z8CA 5P3IA 5P7UA 3MSLA 2XFIA 2FMBA 5DR1A 3ZKSA 4Y5AA 4BEKA 3OXXA 4A6CA 2UXZA 5P2ZA 4Z22A 5OZ1A 3UFNA 5DR8A 2R9BA 4Q5MA 1D4HA 4Y4GA 4GMIA 4FRIA 5I3WA 2Q3KA 5P1OA 1TSQA 3JVYA 3OU1B 2BKTA 1GVVA 3VF7A 2Z54A 3CYXA 5OZGA 2QP8A 5KR8A 4J1CA 5P4PA 5P54A 3T6IA 4L7HA 1FMUA 4TRWA 4YOBA 5PEPA 5P1ZA 3I8WA 1LZQA 3OU3A 1ODYA 2VNNA 5AH7A 3SPKA 3SA3A 3EKYA 4Y45A 3TNEA 5P0QA 2OAHA 2ZJJA 4CPUA 4Y4TA 3SA8A 4J1EA 1D4JA 1SDTA 1KJHA 5ISJA 1W51A 4RYGA 5P50A 4H1EA 1MT8A 3RVIA 4EQJA 4RLDA 5P12A 1E80E 2QU3A 3PBZA 3QROA 5P1XA 3O99A 3K5GA 5KQXA 3VSXA 3O9BA 5IVTA 5HVPA 3AUPA 4FIVA 3DUYA 3S54A 4OBHA 9HVPA 4OBFA 3EM3A 3DOXA 3PSYA 4Y3HA 4Y47A 4L7JA 4TVHA 5P7KA 8HVPA 2AVQA 3DJKA 1SH9A 1W6IA 3GGUA 5OZNA 1MSMA 2SAMA 3OQ7A 3URJA 1HSHA 3BUFA 5P52A 1G0VA 5OZPA 3LNKA 4L1AA 1LS5A 4HE9A 4OD9B 3NYGA 3D20A 3NU6A 4Y3FA 2QNQA 3JW2A 2AVVA 5OZ9A 5P2RA 5OZTA 1MTBA 3VYFA 2BKSA 1T7IA 4XX3A 1BXQA 2QAKA 4U7VA 4KB9A 4Y3GA 3EKVA 4Y3EA 4H3JA 1UH7A 3OOZA 3S2OA 4LHHA 5P5ZA 5EZXA 4ZSMA 1LEEA 2I0DA 4GJAA 1DIFA 1G2KA 2HAHA 4R95A 5P1IA 4B05A 4D85A 5P35A 2WF2A 4Y3NA 3TKGA 4A4QA 3NDTA 5P1CA 4YD4A 2QMPA 3IN4A 4K4QA 3IXKA 1DMPA 3ZKMA 3SO9A 1QDMA 5P81A 1BIMA 1C70A 4EJLA 3OU4B 3LIYA 3OTYA 2WKZA 5P5IA 4Y3ZA 5P74A 1BDQA 4YCKA 2AOIA 5OZQA 1KJFA 3SM2A 2FNSA 1EBYA 3HZCA 2A4FA 3S56A 2NTRA 1IDAA 1QS8A 3S85A 4NKKA 5FIVA 1HSIA 1A30A 5P3MA 5P3QA 2O4NA 1Z1RA 3KM4A 4OBZB 4DJYA 3T7XA 5P5DA 3OOTA 3FV3A 4JP9A 4F75A 1HPOA 4Q1XA 2R5QA 4RRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6Y A;  5P4M A;  4CMS A;  2WL0 A;  5P7M A;  2ASI A;  3FIV A;  5P1R A;  5OYY A;  5P8H A;  1A8G A;  4I0I A;  1APU E;  2HIZ A;  2AID A;  5P80 A;  2R3W A;  3OUD B;  5P0L A;  4YCY A;  4ACU A;  1AXA A;  5P85 A;  2PK5 A;  5P0B A;  4Y4U A;  5SY3 A;  2IS0 A;  1BWB A;  1YX9 A;  3QVI A;  1FQ7 A;  5P0I A;  4GJ8 A;  1EPQ E;  5P73 A;  5P7R A;  2VIZ A;  1RV7 A;  2IL2 A;  3NU9 A;  5P1P A;  5P0X A;  5P1A A;  1FIV A;  5P47 A;  1TQF A;  1FQ5 A;  2B7Z A;  3GI6 A;  2QI7 A;  3ZPU A;  5P86 A;  3S8I A;  5F00 A;  1MVP A;  1MRW A;  1TCW A;  4Y50 A;  5TOL A;  5P33 A;  3GI5 A;  5P2Y A;  2PH8 A;  3FNT A;  1LYW B;  2FLE A;  2AZ9 A;  5ISK A;  3H0B A;  5APR E;  3TPP A;  3TLH A;  3S53 A;  3SQF A;  4JEC A;  4EWO A;  5UPJ A;  4LXA A;  5OZR A;  1XN2 A;  1YTJ A;  2O40 A;  2ER7 E;  4LC7 A;  5OYT A;  3TPL A;  1XL5 A;  4R91 A;  1CMS A;  5P8B A;  5P4F A;  2WED A;  1IBQ A;  2Q15 A;  1SIV A;  3EMY A;  5P5H A;  1FQX A;  1AAQ A;  5P05 A;  3WZ7 A;  5P7B A;  5OZO A;  3SA4 A;  4H3G A;  4YBI A;  5P6U A;  2BPY A;  1KJ7 A;  5P4R A;  5HU0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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