3O9HA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd26
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TIV5 (80-83)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9hA00
1G2KA 3NR6A 2UXZA 4QJAA 1IDAA 3OQKA 2OHRA 1HVIA 3CICA 4DJPA 3QIHA 5P0PA 2ZHRA 4J17A 4RRNA 1D4KA 4LC7A 4FAFA 1HXWA 4Y58A 3VV7A 4IVSA 1EPNE 1EC2A 3BXSA 2I4UA 3G70A 1HHPA 1SDTA 5P01A 5P6HA 5P2KA 1LYBA 1T6EX 5P6IA 4Y3AA 5P3IA 3OQFA 1E80E 4J0PA 2XYFA 2F81A 5DR1A 4ER1E 1HTRB 3I8WA 3RTMA 1TSQA 3O9BA 2ZJMA 4Y3XA 3BGCA 5P6JA 3TH9A 5AHCA 3NU5A 5OZ0A 5P8OA 3BUFA 1HWRA 3KFRA 3PWMA 1GVXA 4J1KA 4J5JA 5P3LA 5P2WA 5DQ4A 5P1WA 3IVHA 1A30A 1DP5A 1RV7A 3BRAA 3RU1A 5F01A 3S56A 1HPXA 4YCKA 5P5XA 3U6AA 5ENMA 2QNNA 1BBSA 5HU1A 3SO9A 1SBGA 3NU3A 2AOHA 2HS1A 2I1AA 2ZJKA 2P8HA 2IGYA 5I3VA 5P6TA 3NXEA 5P3HA 3ER5E 4S1GA 5P0UA 2EWYA 5OZ5A 5IVRA 2R8NA 1B6MA 3DJKA 4Y9WA 4DQGA 5P66A 3VV6A 1YTGA 2AVVA 4IVTA 3IXKA 5P3FA 3O9GA 3OK9A 5P5WA 4FLGA 5P0IA 1ZSRA 3EL5A 3L5BA 4RLDA 3EKTA 5OZ1A 1FB7A 5OZBA 5P57A 2V13A 2Z4OA 5OZSA 4A6CA 2AIDA 1EPQE 2P3CA 4FM7A 5CONA 4DJOA 5P7AA 2HC0A 2NNKA 3T11A 4OBJA 2Q55A 1FFFC 2RKGA 2QNPA 5P70A 2ANLA 3UQXA 2BQVA 2Q3KA 5SZ9A 2FNTA 5P7KA 3D20A 2ZDZA 3SACA 1EC3A 1AXAA 3SFCA 3GI0A 4Y4BA 3OOTA 5P07A 5COPA 3R2FA 3T7PA 3B7VA 4Y39A 3TL9A 3TPLA 4U8WA 2FLEA 3EMYA 2FXEA 3TOHA 2ZHSA 1GVWA 3HAUA 4FSLA 1ZSFA 5P63A 5P3DA 4Q1NA 2RKFA 5OZTA 3VFAA 3KN0A 4YCYA 5P62A 4FRJA 4DFGA 5P32A 3HVGA 5P6VA 4Y36A 4Y5MA 2WKZA 3S2OA 1J71A 5HVPA 1AJXA 3EKVA 3PWWA 1SGUA 7HVPA 5OZQA 4J55A 3OQDA 4WTUA 1MTRA 5OYRA 5P7JA 1G0VA 3IA9A 3PCZA 3DK1A 2I4XA 1A8GA 2QD6A 4WY1A 5OZ9A 3OQ7A 5P77A 5IE1A 2VNNA 4Y3TA 3PBZA 3PLLA 5P3WA 3MWSA 5I3WA 4ZSMA 4A6BA 3O9LA 3QRMA 5ENKA 8HVPA 3S54A 1HRNA 2IQGA 4I0ZA 5P31A 5P0QA 2VNMA 2VJ9A 3EL4A 4B00A 2BPWA 4R92A 1HSGA 5OZYA 2QHYA 2O4NA 2ZHVA 5P68A 3TPPA 4Y3SA 2FIVA 3BVBA 3VFBA 2AQUA 2AVMA 4QLHA 2BKTA 3ZPTA 3ZPSA 1TSUA 4CP7A 5P4MA 3QI1A 4EHCA 4J1FA 4Y6MA 4X7IA 4ZEAA 3WB5A 3N4LA 3O9IA 4Y4DA 3EL1A 4J1CA 1HVJA 2ZJNA 5OZEA 1MRXA 2P3DA 2G21A 5P0ZA 1KJ4A 1HVHA 3IXJA 5HCOA 3UHLA 3R0YA 3SKGA 3PSUA 2P3BA 3R1GB 2VJ6A 5PEPA 1ODWA 5P1DA 5DQ2A 2XFIA 2UY0A 4NPTA 3L58A 3ZLQA 3PVKA 2B60A 5OZKA 5P6SA 5P0CA 4HDPA 5P78A 5P4CA 3QP0A 3URIA 5P79A 5P7BA 4JP9A 4U7VA 1FQ6A 1OEWA 4DUSA 5OYQA 3INEA 4RVJA 1AAQA 2UPJA 5SY3A 3CYXA 5P1JA 4DPFA 2OHPA 3FNTA 3DUYA 3OXCA 4DV9A 3RVIA 3K5CA 1EC1A 4GZFA 5P09A 5P5OA 2PH8A 2B7ZA 5P44A 2F3FA 3SA6A 5P3SA 2XFJA 1AM5A 4Y3MA 4DJVA 4Y56A 5SY2A 3U71A 1KZKA 2R9BA 1EEDP 5P4YA 3UTLA 1LF3A 1FKNA 1DAZC 5P19A 4DQCA 5HDXA 3SA7A 2V0ZC 5P6YA 2QMDA 4DJXA 1PPME 1MUIA 2IL2A 4Z50A 4OD9A 4CPRA 4YD5A 3CKTA 1EPRE 2IGXA 3INHA 1W51A 5P4NA 4Q5MA 4FAEA 1M4HA 1BVEA 1GNMA 2I4DA 4OBDA 5OZUA 5OZ3A 5P6XA 3T7QA 4QJ6A 3WZ6A 2WF1A 1W6IA 5P59A 3UDJA 1W5VA 2QHZA 4I10A 2HB4A 5P00A 3SPKA 2QD8A 4FM6A 5P10A 3SA8A 4JPCA 5P7SA 5OYSA 3APRE 1LF4A 2PYMA 2PC0A 2HS2A 4KB9A 4YD7A 4GYEA 1NSOA 1YM4A 3NUJA 3K4VC 1FGCC 3BHEA 1HVSA 3MSJA 4KE1A 3VEUA 5KQXA 2QU2A 5P1MA 5P8UA 5P65A 5AGZA 1ENTE 1Q9PA 5P88A 3SQFA 3ZKXA 2PYNA 1HBVA 5P5YA 3BUHA 3GI4A 4PHVA 3L5CA 1FQXA 3VSWA 4J1EA 5OZJA 1U8GA 2A4FA 4DH6A 2AZBA 1XL2A 2IDWA 5P37A 1KJGA 4Y51A 3D1YA 5P04A 4I0JA 5J25A 1MT8A 1D4SA 4Y4GA 5HDUA 5P5NA 1ER8E 4ACXA 4GJBA 3WZ8A 3QAAA 3JW2A 4RVIA 4LXMA 5P18A 5P53A 4EXGA 5DQ1A 2AOEA 4Y4AA 4Y4JA 5P7OA 3LZSA 5AHBA 3PEPA 5OYTA 5P82A 4LAPA 1FFIC 3RTNA 5P81A 2I0AA 3TNEA 3LZYA 5OZLA 3KMYA 3K1WA 5OZZA 2QHCA 5P1TA 2G20A 2R3TA 3EKWA 1A8KA 5P2XA 3IXOA 4Y3PA 3GGVA 3LPKA 3KFPA 4XXSA 4RZ1A 3BVAA 1D4IA 4GJDA 4DQHA 4R91A 3SABA 5P24A 4Y37A 1QS8A 3K5FA 3WSJA 2NNPA 4DJQA 5P4WA 1HTGA 3F9QA 3PI5A 3O99A 3TTPA 4Y4ZA 4ZLSA 2WHHA 4F75A 1B5FA 4OBZA 1LZQA 4ZPEA 4BFDA 4QGIA 2PQZA 3UDKA 5P8QA 4I0GA 5P8RA 5AH7A 5P4HA 4MC2A 5P8CA 5P1PA 1YTHA 2WF4A 4Y3WA 5P5LA 3GI5A 2JJJA 2VIJA 4HDFA 1HVRA 5P54A 4B1CA 2J9JB 5P0WA 3PWRA 2BPVA 5P1GA 1MESA 4ZPFA 2G94A 3OU1A 4B78A 1E82E 2BB9A 5C9DA 5COOA 1FG6C 4J0TA 4GJ8A 4APEA 4HZTA 5P5KA 3KYRA 4HA5A 5HD0A 5P7YA 3UF3A 3ST5A 5HDVA 5OZGA 2PSVA 5P46A 5P06A 3S7LA 4FCOA 2NXLA 4H3FA 3S45A 4CMSA 1B6PA 4BELA 2QI6A 5HDZA 5P4RA 1APUE 2VA5A 5C9BA 3PM4A 1SMEA 2OHMA 3LPJA 5AH9A 4Y3ZA 2VS2A 3NSHA 5P89A 3SAAA 5BRYA 5OZOA 5P7WA 4EQJA 1MT9A 3RSXA 2B8LA 2G69A 3LIVA 3SM2A 3EKPA 1FMBA 2Q63A 4I11A 3VYEA 5P5CA 4Q1YA 1HPVA 5P7NA 1A94A 5P6LA 1LYBB 3PGIA 3L38A 1YM2A 1FF0C 4MC9A 4K9HA 5P5PA 3DV1A 4RYGA 5FIVA 4AA9A 1B6JA 2RENA 4L6BA 1E5OE 3TPRA 2Q11A 4NJTA 2ER0E 2PSGA 3VCMA 4F76A 5P1UA 1IZIA 2AZ9A 5P3YA 3S85A 3D91A 5IVQA 5P5FA 2O4PA 3G6ZA 2HB2A 3ZKNA 1YT9A 3URLA 2OF0A 5P5MA 3OGPA 1MIQA 5P1KA 5EZXA 2IENA 5P2FA 3IVIA 4F73A 1IBQA 3OHHA 3KDDA 4Y3NA 1EPLE 4FRIA 1ZBGA 1ZJ7A 2QZLA 2BPXA 2FS4A 2ZE1A 3FV3A 3OUBA 4J0VA 2OHUA 3GW5A 5P71A 2G27A 3SKFA 3ZKQA 5P7LA 2P3AA 4Y3QA 5KAOA 3VV8A 2R3WA 3CYWA 2HAHA 1SP5A 4AMTA 1F7AA 5KQZA 5P2DA 4YE3A 5P5ZA 5P2JA 5P4GA 1HSIA 5P6PA 5SXNA 1KJ7A 1BXQA 3HLOA 2I0DA 5P3CA 2RSPA 3LITA 1HVKA 4TRWA 5P61A 3NU4A 5P7FA 3O9AA 4DJWA 2FDPA 3WZ7A 5P29A 3PBDA 1SDUA 4AA8A 5P5HA 3OHFA 4RVXA 3SM1A 2O40A 3OAGA 5I3YA 3LZVA 2XYEA 3MSLA 3CMSA 1N49A 4D89A 1BWBA 1BAIA 5JODA 5P6NA 5P58A 5P4OA 3IAWA 2I4VA 3NU6A 4NPUA 1FQ8A 3L5DA 4Y5CA 4B0QA 3EKYA 4AUCA 5P47A 4CPUA 3I25A 3O9CA 4I0FA 1C6XA 4Y48A 1JLDA 5JG1A 1IDBA 5P17A 5UPJA 2RMPA 2ZJLA 5HE7A 5P4ZA 4Y41A 4Y3LA 3G72A 3ZMGA 3LPIA 2HIZA 5P1AA 4K4RA 5P1XA 3QRSA 1KJFA 4EP2A 1XDHA 4L7GA 4EXHA 4CPWA 4FSEA 3OXXA 1OD1A 4Y4XA 5I3XA 1DW6C 2QMFA 4I8ZA 5P8PA 5OYUA 2VIZA 3BC4A 5COKA 4NJUA 5P6DA 1ZP8A 3QBHA 5P8BA 6FIVA 5P26A 3PI0A 4DJRA 4RCFA 3ZKGA 3GI6A 2QZXA 5P2SA 2QZWA 5P30A 4D88A 3VG1A 4B72A 1T3RA 4GJ5A 4J1IA 5P05A 1WBKA 4YBIA 4DJUA 3AUPA 3O9LB 4TVGA 5BWYA 5P5RA 5P5EA 5IVTA 1BXOA 1XL5A 2VJ7A 5P4XA 3FNUA 5P40A 5P6OA 2WEDA 3NDWA 2H6TA 5P0NA 1G6LA 2Q54A 3U7SA 1EAGA 4YD3A 5OZPA 5P2QA 2FDEA 3IGBA 1ODYA 1MVPA 5P2ZA 5P4JA 5P38A 5T4SA 5P75A 3NDUA 3D1ZA 1T6GA 1NPVA 5OZXA 5P0AA 4HE9A 5OYWA 3OOZA 4EPJA 5P1BA 2P4JA 4B1DA 1G35A 2OHKA 3ZKIA 2V16C 4EJDA 1GVTA 3OUDA 4B70A 3K5DA 1MERA 4H1EA 5P4DA 3CIBA 2WEZA 5P3ZA 1EBYA 5P6GA 4EJ8A 1W5WA 5DQCA 5P0JA 4I8WA 5P16A 5P3VA 2P3BB 2VKMA 1TW7A 1FQ5A 4GMIA 4Y53A 5OZIA 3UQPA 2PH6A 1HOSA 3K5GA 5P51A 1GVUA 1YG9A 2AVOA 1UH7A 4Y3RA 3HAWA 3QRVA 1EBWA 3UDYA 5P0VA 5P83A 1NPWA 3L59A 3NWXA 3PLDA 1QBSA 3PHVA 4Z2ZA 5P0MA 1AVFA 4Y38A 3MXDA 4YDGA 1RL8A 4NJSA 3I2LA 5P1OA 5P6AA 5P85A 5P56A 4HEGA 4K4PA 3VLBA 1B6KA 1HEFE 3ER3E 5OZAA 3UQRA 3KT5A 3QPJA 3OTYA 1UH9A 1WKRA 2QI7A 5P6BA 1K1TA 5P02A 5P7HA 1MPPA 4HLAA 5P39A 1LEEA 5HE4A 4X2LA 3S53A 5OZ2A 5APRE 5P8AA 2F80A 2O4SA 3QBFA 2WF2A 2OHLA 3O9EA 2AZ8A 3EM4A 1EBKC 5OZ6A 2ER7E 5BS4A 1CMSA 5P1QA 4FRKA 2NMYA 4GJ7A 1SGZA 3TKWA 4OD9B 5OZRA 9HVPA 1MT7A 2PMAA 3ZL7A 1LV1A 3H5BA 2OAHA 1MRWA 3T7XA 1SDVA 1VIJA 3PJ6A 3HVPA 5P8TA 4FL8A 2AOGA 2NTRA 3LHGA 5P3OA 3S7MA 1BIMA 1TCWA 4YDFA 1ZTZA 2BKSA 2QMPA 5P3GA 1UH8A 4K8SA 5HTZA 5P2VA 2OHSA 2XFKA 5OZDA 3APPA 4E43A 5P3MA 5KR2A 3EXOA 2QI1A 5EZZA 4R93A 1LS5A 1TZSA 2V12C 1GKTA 1W5YA 5P0LA 4Y4TA 5P1ZA 1D4YA 2FGVA 2A1EA 2JYSA 2IS0A 4YD4A 5P4AA 3T6IA 2F8GA 5P6CA 3BUGA 2PWCA 5P72A 3VYDA 2OHNA 2WF3A 5OYVA 3N3IA 3NDXA 5P3QA 1LYAA 1QBUA 2MIPA 5P7CA 4COEA 1EC0A 4I0DA 3OU4A 3PSYA 3OXWA 4Y3JA 4OBHA 3PSGA 5P8MA 1EPME 4Y3HA 4I1CA 3TOGA 3OQAA 2OHTA 3HD8A 3KF0A 3ZPUA 2IKOA 5I70A 4DJYA 5P2OA 1W6HA 2HB3A 1GNNA 3Q5HA 4ACUA 1LYWA 5OZ7A 5P12A 4Y47A 1HPOA 3LIYA 5ISJA 5P7VA 4YOBA 2NXDA 5P52A 4ZIPA 1BV9A 2BPZA 1TQFA 5P4BA 5P67A 3EL9A 1OHRA 5P28A 2B7FA 2FXDA 2IEOA 5KR0A 5P1YA 1PSAA 4EYRA 4GIDA 1VIKA 3UFLA 1APWE 1HIHA 5P3RA 4Y3GA 5P5BA 5DPZA 2G1NA 3DCKA 1RPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G2K A;  3NR6 A;  2UXZ A;  4QJA A;  1IDA A;  3OQK A;  2OHR A;  1HVI A;  3CIC A;  4DJP A;  3QIH A;  5P0P A;  2ZHR A;  4J17 A;  4RRN A;  1D4K A;  4LC7 A;  4FAF A;  1HXW A;  4Y58 A;  3VV7 A;  4IVS A;  1EPN E;  1EC2 A;  3BXS A;  2I4U A;  3G70 A;  1HHP A;  1SDT A;  5P01 A;  5P6H A;  5P2K A;  1LYB A;  1T6E X;  5P6I A;  4Y3A A;  5P3I A;  3OQF A;  1E80 E;  4J0P A;  2XYF A;  2F81 A;  5DR1 A;  4ER1 E;  1HTR B;  3I8W A;  3RTM A;  1TSQ A;  3O9B A;  2ZJM A;  4Y3X A;  3BGC A;  5P6J A;  3TH9 A;  5AHC A;  3NU5 A;  5OZ0 A;  5P8O A;  3BUF A;  1HWR A;  3KFR A;  3PWM A;  1GVX A;  4J1K A;  4J5J A;  5P3L A;  5P2W A;  5DQ4 A;  5P1W A;  3IVH A;  1A30 A;  1DP5 A;  1RV7 A;  3BRA A;  3RU1 A;  5F01 A;  3S56 A;  1HPX A;  4YCK A;  5P5X A;  3U6A A;  5ENM A;  2QNN A;  1BBS A;  5HU1 A;  3SO9 A;  1SBG A;  3NU3 A;  2AOH A;  2HS1 A;  2I1A A;  2ZJK A;  2P8H A;  2IGY A;  5I3V A;  5P6T A;  3NXE A;  5P3H A;  3ER5 E;  4S1G A;  5P0U A;  2EWY A;  5OZ5 A;  5IVR A;  2R8N A;  1B6M A;  3DJK A;  4Y9W A;  4DQG A;  5P66 A;  3VV6 A;  1YTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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