3OAD | Genus

Total Genus 34

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	34
sequence length	162
structure length	162
Chain Sequence	GNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRD

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__770664117971521__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__770664117971521__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3OAD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__770664117971521__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"770664117971521","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3OAD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__770664117971521__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffc4afc1298f547ea89149/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffc4afc1298f547ea89149/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Design and optimization of new piperidines as renin inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Renin
total genus	34
structure length	162
sequence length	162
chains with identical sequence	C
ec nomenclature	ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date	2010-08-05

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3oadA00

4U7QA 4MC6A 5OZOA 3VSXA 5OZ6A 5P1BA 5P3OA 1MRXA 4DJYA 1T7IA 5P1EA 5P2BA 1BIMA 5P7KA 5P4UA 2QI5A 5P1MA 4Y3JA 1HSGA 3FNUA 2HS2A 5P29A 4J17A 1BDQA 3O9DA 4NJUA 3OU3A 2PSVA 5P0KA 3G72A 5P77A 5P84A 5P63A 5F01A 1GVUA 1HEGE 5P57A 3QPJA 1M4HA 5P2YA 5P08A 4YD3A 3BUGA 5P1TA 1HIIA 2QNNA 3BHEA 1TQFA 3BGCA 4Z22A 3UHLA 1HVJA 3SM1A 3U71A 1B6PA 4Y39A 4J1EA 5P7QA 5P4EA 2O4KA 2ZHUA 4B05A 2ZJJA 5P6CA 2HIZA 4Y4TA 4Y3XA 2OHLA 1UH7A 3LIXA 4TRZA 5HDZA 3KM4A 3SA7A 1ER8E 1HPXA 3NU3A 3PMUA 1MT9A 5P2TA 2QHZA 5P6OA 5P1NA 5P8EA 5P4WA 1LZQA 5P3UA 3UDRA 1MSMA 3QBHA 3QBFA 1QS8A 6APRE 2PK5A 5P3RA 3HVGA 5P2ZA 5P2OA 1U8GA 2WECA 4FM8A 5P78A 3EKXA 2R8NA 1AAQA 2H6SA 3TPJA 3IN4A 1YG9A 4I0JA 4Y5MA 3SQFA 5P6JA 3IAWA 2O4PA 3GI0A 4I8ZA 1AJXA 4ACUA 5P2JA 1MIQA 2IGXA 2I4VA 4B1CA 5CONA 5P3YA 1ZTZA 3DV5A 4J5JA 2Q5KA 2FGVA 3F9QA 4Y3SA 2IKOA 2AZ9A 4EHCA 1PPLE 3GW5A 2ZHRA 3HDKA 4HZTA 3OTYA 2FMBA 5P6YA 3O9EA 2RMPA 2Q55A 3D20A 3DOXA 1T6EX 5P6IA 2P3AA 5P8PA 3UQPA 5P8AA 3QAAA 1SBGA 1A8GA 3WZ6A 1EPPE 4NJVA 4PZWA 3SA3A 4DQHA 5OZUA 1IZDA 3VYFA 2AVSA 4Y43A 1G35A 3TPRA 5P89A 3OXWA 1FQ6A 3CIBA 5F00A 3R0WA 4EXGA 3O99A 5OZRA 2OAHA 5P5LA 2PWCA 2A4FA 1MSNA 3O9FA 3LIYA 4Y3ZA 2HC0A 5P8DA 3SAAA 3T3CA 4DV9A 5DR8A 3JVWA 1NH0A 4H3GA 3M9FA 4D83A 3VUCA 3TOFA 4HLAA 1E82E 5P1QA 2A1EA 1HVHA 2XFIA 5HVPA 5AH7A 3UQWA 3EKVA 1K6CA 4I0FA 3UDPA 4R92A 2OHNA 3KN0A 3OQDA 1FG8C 5I3WA 5P4GA 5P1UA 2VS2A 4Y4ZA 4CPSA 4ZLSA 5JFPA 5P6WA 1RL8A 3PM4A 4Y50A 4FRIA 1B6LA 1SDTA 1LYBB 1HVKA 1TSUA 4Y48A 4QLHA 5P8UA 2FDDA 3INFA 3VV6A 4Y45A 2Z54A 2R3WA 4Y4EA 4X2LA 4Y5EA 4FAFA 1GNMA 1TCWA 3FIVA 2I4QA 5P7ZA 4F76A 2R38A 4ZPGA 3EMYA 5P6NA 1W6HA 3KFSA 2BPXA 2AVQA 3LPKA 4RGHA 3L5DA 3SKGA 5P60A 4L7HA 4Y37A 3K4VA 3K5GA 1EPOE 2JYSA 5P7SA 1ZAPA 2Q15A 5P1VA 1PSAA 3TL9A 1ME6A 5P88A 2ZHSA 2ZJKA 3VLBA 5OZCA 2QMGA 3OUBA 2R5QA 5P48A 5P4BA 5P4VA 2QNQA 5OZVA 5P5UA 2P83A 5P5SA 3AUPA 3BGBA 5P8JA 2QHCA 1BXQA 3Q6YA 4I0IA 5P3AA 3SA8A 5P4JA 4Y3NA 1LYAA 3MSKA 2AIDA 3VYEA 3DJKA 1BV9A 4R95A 3UDYA 1OD1A 5P3PA 1D4LA 3HAUA 5P3LA 2OHTA 1IZIA 1SGZA 5P1FA 2BPWA 4WY6A 2IENA 4QJ8A 1B6KA 1EPQE 4YDFA 5P0OA 5KR1A 1LF3A 2WEDA 1YTGA 2P4JA 2WF3A 2JJJA 5P6SA 1K1TA 1E80E 4FCOA 1TZSA 3INHA 5P35A 2FLEA 1SMEA 5P1KA 2AZ8A 2QI6A 7UPJA 1HVSA 5IVRA 1HWRA 3KFPA 4BEKA 3SA5A 5P5GA 4ZEAA 2NXLA 6FIVA 4Z2ZA 5P6RA 3ZKMA 5P4NA 3GGUA 2JE4A 5P5RA 5P4TA 5BWYA 4Y54A 3HD8A 2FNSA 4YD5A 3NXNA 4B0QA 2HM1A 4Y5CA 2QU2A 3NU4A 4QJ6A 4YBFA 3EL0A 1CMSA 2AOEA 3UFNA 4R93A 5P7CA 5P8HA 1BVEA 1E5OE 4J0VA 1C6YA 5P1AA 1HBVA 2QNPA 5HCOA 2HS1A 3L5FA 4B1EA 3I6OA 2G1YA 4IVSA 4I1CA 3UFLA 5P1PA 3S85A 5P81A 3TOGA 3S45A 3INEA 1ZLFA 3O9LB 5OZ0A 4H3FA 5P5VA 3QRMA 4OC6B 4MC1A 4Y3LA 2V00A 4QJAA 3K4VC 5SZ9A 3UDHA 1QRPE 2BPZA 2NR6A 5P8MA 1K2CA 3FNSA 3RU1A 2MIPA 5P8QA 1LYAB 4Y38A 4BELA 1UH9A 5P7LA 3B7VA 4OD9A 5P0NA 5P4OA 3K1WA 5P1JA 5COKA 4LXAA 3FNTA 2SAMA 3SO9A 1LF4A 3DM6A 2Q11A 5PEPA 1C6ZA 2OHPA 4EJ8A 5P5EA 5KQZA 1LF2A 4R91A 1YM2A 3LIZA 5OZ2A 5DQ5A 2QK5A 4Y4GA 5P0JA 4CPRA 5P4LA 4XX3A 3SA9A 4ACXA 5P18A 5HD0A 5B18A 5P14A 4CPWA 5P8FA 3O9GA 5P6UA 1FQ7A 4DQGA 1HXWA 2WEZA 3S43A 2WF0A 1W6IA 1XL5A 4YD6A 3R0YA 5ER1E 4Z50A 3HW1A 5P13A 1FG6C 3GI4A 5P0UA 3NYGA 1KJHA 2I4XA 2WHHA 2PQZA 3MXDA 1MUIA 4NPTA 1NPAA 5P0QA 3KFNA 3TNEA 2G22A 3PEPA 1FFFC 2QMDA 3ZLQA 1BILA 4HDBA 3NWQA 5AH9A 1XE6A 4S1GA 4D89A 5P40A 4GJCA 5BS4A 3PBZA 5DQ2A 5P7AA 3VFBA 5P3SA 2AVOA 3T7QA 2NXMA 4FLGA 1FB7A 4FRJA 2AQUA 2ER0E 3O9BA 4YOAA 3TPLA 1UPJA 3OXCA 4EQ0A 4APRE 3ZKNA 1K6TA 1AXAA 3U7SA 2AVMA 4YA8A 4L7GA 4B77A 1YTIA 3Q4BA 2JXRA 3IXOA 4Y3PA 4Y9WA 3PI0A 5P8NA 3UDMA 4I0ZA 2VA7A 1EPME 4FRSA 5OYUA 5E5JA 2PYNA 4Y5AA 4AUCA 2UXZA 3H5BA 5CLMA 5P4AA 4OD9B 1NSOA 3LZVA 4PHVA 1HVIA 5P71A 5P7MA 5HE4A 5TOLA 5IVTA 3ZL7A 3UDJA 3PJ6A 2G27A 3KMXA 5P8GA 3APPA 1BBSA 4M8XA 1QBSA 4LXKA 5OZIA 1HTFA 3PLDA 5IVQA 3PVKA 4CPQA 1Q9PA 1KZKA 3KDCA 2IGYA 4Y41A 3OXXA 1FQ8A 1HPOA 4ZE6A 5P70A 2B60A 4J0YA 4MC2A 3IVHA 3PGIA 2QD7A 1YM4A 2QZWA 5P5YA 5P4KA 4LP9A 5P37A 3CYWA 5P2VA 2XFJA 3S43B 2QZKA 5DPZA 3LIQA 5P6KA 5KOSA 3RTHA 3LZSA 5P2GA 2P3CA 4DI2A 3ER5E 5P20A 4L7JA 4Y47A 4F75A 3AIDA 2QU3A 1D4JA 2B8LA 2NNKA 2NNPA 2ZJHA 4A6CA 5IVSA 3EBZA 1IDAA 4WTUA 3QP0A 4Y3FA 3INDA 5P30A 1D4KA 5P4FA 2WKZA 4B72A 1EPLE 5P41A 5P2LA 5P4ZA 5ISJA 2B42A 3PMYA 3UQXA 1FMUA 5P6PA 3BVBA 5P0DA 5P4PA 5P22A 2R5PA 5P3QA 3I8WA 3EC0A 2V11C 2ZHTA 4U8WA 5P8RA 5P75A 5OYSA 3Q3TA 5P2CA 5P3HA 5P2DA 2P3DA 5P2NA 3LINA 5P38A 5OZYA 3VFAA 5P01A 3GGAA 5P73A 4GJBA 5OZEA 2PSUA 1LYBA 3OTSA 5P51A 5P76A 5P6LA 1EBYA 3FKTA 3OUCA 5DQCA 4RYGA 3ECGA 4Q1WA 4ZSMA 1HTEA 3HAWA 2G26A 2NMZA 4DQCA 2G69A 1NPVA 3QRSA 3EM3A 1HOSA 3TKGA 3ZKGA 4YBIA 2B7FA 5OYZA 1APUE 3QRVA 2PH8A 2PMAA 2WF4A 5P0GA 3LPIA 5KQXA 4OBZA 5FIVA 3OK9A 1FEJC 3LIVA 4Y44A 3PB5A 3L5CA 5OYWA 4EJKA 5P5IA 5P0FA 3NXEA 1FFIC 2ZDZA 3VF3A 3ST5A 1DAZC 4F73A 1CPIA 5P83A 1XN3A 3PRSA 4JPEA 5P5HA 5P5WA 2H6TA 4CPUA 2QD6A 5AGZA 4Y51A 2O4NA 1HPSA 1RV7A 1ZPAA 4Y4WA 1ODWA 2QZLA 2I1AA 5P2XA 5OZDA 5P65A 1KJGA 4LL3A 1ZPKA 2ZJMA 3VV8A 1EEDP 3RVIA 5P52A 1MVPA 3A2OA 4Y3TA 3B80A 1MTRA 1GNOA 2V13A 3SLZA 4HVPA 1EC1A 4GJDA 1ZP8A 2BKSA 4OBFA 2QD8A 4RROA 3FX5A 2I4DA 4HDFA 1MPPA 4JPCA 5KQFA 2V0ZC 4KE1A 3S7MA 5P58A 1FKNA 2V16C 5P2IA 5P6DA 4DJUA 5HDXA 3BUHA 5ER2E 1ZBGA 5P5OA 4RLDA 1GVVA 4Y3RA 2ER9E 3WB4A 4GJ6A 4JP9A 2WL0A 1FLHA 1HRNA 1IDBA 5JFUA 3TH9A 2I4UA 3T7PA 3JW2A 4OBKA 1QDMA 3APRE 3ZOVA 3NDUA 4BFBA 5P6VA 1A30A 4U7VA 5HCTA 1T7JA 1YTJA 1A94A 4I8WA 5P0WA 3SPKA 3IGBA 5P82A 2QMPA 4EPJA 3IXKA 4QJ2A 5P5DA 3WZ7A 2WF2A 2WEAA 5OZXA 2QI1A 5P5ZA 2QI4A 5P4RA 4ZSQA 3EL9A 2AODA 3HZCA 4OBZB 4DJVA 4L6BA 3O9LA 4QGIA 3URIA 1B5FA 3SACA 4OC6A 2O4SA 1F34A 1E81E 4FRKA 5P1OA 4D8CA 2QZXA 3OUDA 2PC0A 3S53A 3I2LA 5P62A 1C6XA 1MT7A 5OYVA 1PPME 5P36A 1CZIE 5OZ3A 4TRWA 2HB4A 1BV7A 4Y53A 3LZYA 4OBJA 1OEWA 4ER1E 2PWRA 4CPXA 3ZPUA 5P0TA 2FIVA 2IEOA 4DPFA 5P3VA 3QVCA 3EKQA 2FS4A 4J1KA 5P8TA 3BUFA 1PFZA 1ODYA 5AH8A 1IZEA 3OGPA 5KAOA 4BFDA 5P68A 3L58A 3S54A 3VSWA 3NSHA 3VLAA 3SA4A 5P31A 4DJPA 1OEXA 2AOGA 1GVXA 1HVRA 3R2FA 4B70A 1IIQA 2RSPA 3NU9A 3OQ7A 5P7EA 2HAHA 1LV1A 1RNEA 4Q1XA 5DGWA 1YT9A 1IVQA 5P2QA 3S8IA 2VJ9A 2B7ZA 4Y3MA 4RVJA 1LYWA 5P19A 2G1NA 5OZ5A 2XYFA 1VIKA 4H3IA 4Y4AA 1DMPA 2IL2A 5P3XA 3RTMA 5P0ZA 1PSOE 1K2BA 3IN3A 3NWXA 2HPFA 1NPWA 4M8YA 5P0HA 2AOHA 5P3IA 3URLA 1K6PA 1KJFA 4I11A 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5P02A 5P1XA 5P5JA 3O9HA 5P0RA 5P7VA 3KYRA 4DPIA 2J9KA 5P2KA 4H3JA 2HB3A 3HLOA 5OZ1A 3IVIA 4GJ5A 4PPHA 4KE0A 1VIJA 3GGVA 2ANLA 2G1RA 3UF3A 4J1FA 5P72A 4K4PA 5P80A 2P3BA 5P7FA 3OOTA 2IQGA 3KT2A 5P2RA 2I4WA 4I0EA 2FXEA 5P0BA 1SDUA 5OZAA 5P2EA 1N49A 3NR6A 2IS0A 1T6GA 2HB2A 3N4LA 4L1AA 1HXBA 1G2KA 1BWBA 4DFGA 2ZJNA 1QBUA 5OZGA 5P7BA 3TTPA 2ZGAA 2VIZA 3GGXA 3T11A 5P7DA 4NPUA 2HPEA 2R3TA 4EXHA 5P43A 1ODXA 1MT8A 4A4QA 4Y4JA 3IA9A 3RSXA 3QN8A 3QROA 4AA8A 5P3TA 4FIVA 5OZKA 2ZHVA 5AHBA 5P3ZA 2OHUA 3OADB 4MC9A 3CYXA 3CKRA 5UPJA 4Z4XA 1EPRE 4GMIA 5P59A 1XE5A 3Q70A 5P4CA 1D4IA 1SP5A 5P4SA 5P17A 3OQKA 3BXRA 1FMBA 2O4LA 3DK1A 1APWE 1AIDA 3DCKA 2QHYA 1SGUA 2IKUA 3PWWA 4Y4UA 5OZBA 1BDRA 3N3IA 1FQ5A 1DPJA 5COPA 2RKGA 4FM7A 5P6BA 1W5XA 1A8KA 2I0AA 1WBKA 5P23A 5P7WA 4GB2A 3UDKA 1FQXA 5P8KA 5P50A 2CEMA 5P79A 5P0VA 4YCYA 2ER6E 5OZFA 5HTZA 4KUPA 5P1GA 3OQAA 4I12A 2ZJIA 5IE1A 2UY0A 3QIHA 3MSJA 1B11A 3OUAA 5P1SA 5P1CA 4D85A 1G6LA 5P5AA 3OWNA 1ZSRA 4Y5GA 5C9BA 4LAPA 4RVXA 1LS5A 4Y5PA 2FGUA 3HBOA 3PWRA 5P2AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3OADA

Total Genus

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