3OGQA

Crystal structure of 6s-98s fiv protease with lopinavir bound
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITVLNRRDFQVKNSIENGRQMMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLSVNLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FIV protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 22
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ogqA00
1SGZA 1T7JA 5P1LA 4RROA 3HLOA 5P02A 5C9FA 2WF4A 5P4PA 4D88A 1CZIE 4J1FA 5HU1A 2QMDA 3L5CA 3D20A 5OZMA 3VF7A 4Y4DA 4E43A 5P12A 5P1DA 1DIFA 1Z8CA 3LIZA 4Y3QA 3UHLA 5P3DA 1BXOA 5P4KA 3PEPA 3WZ6A 5P1IA 4F76A 5OZHA 3KFNA 4M8YA 4EXHA 4CP7A 2VJ7A 5P6PA 5P8HA 4MC2A 4Y3NA 5P5JA 1GVTA 2RENA 5P6CA 4FSLA 3LITA 5P1YA 1EC3A 3UQXA 1OEWA 4GJBA 5P4MA 5P3VA 5P4QA 5P82A 1PPME 3OU1B 1HVCA 5P58A 3ER5E 3HAUA 5P1VA 4YD3A 5DR0A 1QBUA 1D4YA 3LPJA 3RSXA 2AOJA 4I8ZA 2RKGA 5P3CA 5P4VA 5ENMA 3R2FA 2O4PA 5P2EA 5P66A 5P3ZA 2JYSA 4FLGA 4CPRA 3VSWA 3UFLA 5P35A 3S43A 4I0EA 4FRSA 2AVVA 4Y53A 3OAGA 5P1AA 5P67A 1LF2A 5OZSA 1AJXA 5P77A 2IKUA 2PSGA 3DM6A 3L5EA 5P7UA 4Q1WA 5P1HA 1IVQA 3S45A 3S7LA 1IZEA 5IVTA 5OZWA 2BQVA 1HEGE 3OUDA 3NXEA 4J1CA 5P8DA 4GIDA 1VIKA 5P0VA 1SDVA 4YBIA 5P08A 5P8MA 3D1YA 2XYEA 1A94A 2UXZA 3PB5A 1UPJA 3UPJA 2ER7E 1W6IA 1ZBGA 5P47A 5P4WA 4ZSPA 5P5MA 1GNMA 4Y56A 2ZE1A 1B6PA 3N4LA 2ANLA 5OYXA 5P29A 2WF1A 4Y57A 1T6EX 3PBZA 2NXMA 2V11C 3PLDA 3UDPA 5P7WA 4B1CA 1HVSA 4EQJA 1HBVA 1C6YA 2I0DA 5KOQA 4QJ7A 4Y3RA 5P2TA 2ZGAA 3ZOVA 1XL2A 5HU0A 1SDUA 5DGWA 2HAHA 4GJ5A 4ACXA 3VV8A 2ZJKA 4FCOA 3SPKA 4GJDA 4K9HA 3AUPA 2H6SA 3TNEA 3UDRA 5P8NA 2PYMA 1DMPA 3OU4B 4Y4XA 3NU6A 1AZ5A 4YD6A 5P2AA 4NPUA 6FIVA 3R0WA 1LYWA 5OZ4A 2JJJA 3KFSA 4Y4ZA 5P4EA 3H5BA 1HPOA 3QPJA 3FV3A 4QJ8A 5OZ6A 4ZEAA 5P36A 2G1SA 2I4WA 3SA6A 4GJ9A 2QD8A 4Y4WA 4RCFA 4I0JA 1FQ7A 5KQZA 3CIDA 5P1UA 1MUIA 1D4LA 1EPRE 3PSGA 1E82E 1LF4A 2UY0A 3S8IA 1MRWA 5P7IA 4DJXA 4NJUA 4A4QA 4FRJA 4KB9A 5P3UA 3NR6A 2ZJMA 3IN4A 3T6IA 3GGUA 5P0PA 1AVFA 5P45A 4Y5LA 1KJ7A 4WY6A 5P8AA 3TPJA 1EBWA 3L5BA 5P0UA 1AM5A 4DJQA 1EPNE 5P4JA 1W5VA 4I0IA 3KDCA 3OXCA 3HZCA 4CPWA 2R3TA 5OZRA 1LV1A 5P8IA 4R5NA 2BKSA 4J1EA 5P5OA 2QMFA 3OUAA 5P3XA 2B7FA 3JW2A 4GJCA 4HEGA 3BVBA 3QP0A 5P0SA 4Y5GA 3MSKA 1A9MA 1W51A 3LIYA 3CMSA 3ZKIA 2O4KA 5P1ZA 3Q70A 3O9HA 1PSAA 5P6YA 5DR8A 3SAAA 3OXXA 1FG6C 5DQ2A 3SACA 3EKYA 5DQ5A 5P5NA 4PYVA 4CKUA 4Y5PA 2AZ8A 3NWXA 3INFA 2OHTA 5P4CA 1T7IA 1RQ9A 2G21A 1SIPA 1SDTA 4Y3LA 4Y3YA 3WZ8A 3VYDA 3CICA 3L59A 4DH6A 3K5FA 3QRMA 4Y3TA 3K4VA 4Y37A 5P7SA 2FLEA 2V16C 1G6LA 5P0BA 3BC4A 1APUE 4OBHA 1MTBA 5P73A 3ZKXA 2A4FA 5I3YA 3U6AA 5HDUA 3OY4A 4DJVA 1ZP8A 4R92A 5P8BA 3FSMA 5E5KA 3PCWA 1M4HA 5P3TA 1FG8C 3ECGA 3VFBA 4Y3EA 3I2LA 2G1NA 3S85A 4L1AB 4DQEA 3DUYA 4Z22A 2F3EA 2QHCA 3NDWA 3EKVA 2NXDA 5P0AA 5P8QA 5P7QA 4EJ8A 5AH9A 4OBJA 4PEPA 3JVYA 3OQFA 2PSUA 3R4BA 2G1YA 3T7QA 3VLAA 5P2YA 4NJTA 5HE7A 1FQ4A 5P3HA 4X2LA 2QU3A 5OYUA 1ENTE 2AODA 3FKTA 3UQUA 1LYAA 4YBFA 5JODA 1ME6A 1EPLE 5P78A 4NPTA 5HDXA 1MT9A 4DJYA 2R5QA 3OXVA 1SGUA 4FGXA 2PWCA 3PRSA 4I12A 4GB2A 3EC0A 5P0OA 4Y4GA 2G1RA 1BIMA 5AHBA 5P8FA 2G94A 2ZHTA 2MIPA 1T3RA 5P2OA 1GKTA 3RU1A 5P46A 2OHMA 4I0ZA 2FS4A 1WBMA 4EJLA 1GNOA 2QHYA 4B78A 4Y45A 1QBRA 3S7MA 4EWOA 4XX4A 5SY2A 5OYZA 5P20A 2VKMA 2IENA 2OHRA 4OBKA 2IRZA 2FGVA 3I25A 3INEA 3BGBA 4YD5A 5P25A 3ZKGA 5P7VA 4Z4XA 5P3IA 3KMXA 1U8GA 4YA8A 1DW6C 4X7IA 5P15A 5P71A 4GJ7A 5P06A 4EXGA 3T7PA 3HVGA 4GJ6A 3HD8A 5P0KA 1EPQE 5OYTA 4TVHA 3B80A 5P6LA 3ZPSA 3URJA 3S54A 2OHLA 4BELA 1FEJC 5JFPA 2AVMA 3DV1A 1TCWA 5KQXA 2P3BB 1K2BA 4OC6B 4EHCA 2QI4A 5P6SA 2PWRA 1EC0A 3AIDA 2QK5A 2R43A 1EPPE 2ZHSA 3UF3A 5BRYA 2OHUA 2QZKA 1KJ4A 5DQ4A 2ZJNA 4RYGA 5ENKA 2WF3A 1HVIA 5KR1A 4LXKA 5P5WA 5P8CA 3SO9A 5P2GA 4KE1A 4I0FA 5EZZA 4TRWA 5OYSA 5P39A 3VSXA 5J25A 2R3WA 1EC1A 2G69A 2APRA 2R38A 4AMTA 5P1WA 3O99A 5P8RA 5P6HA 1HXBA 1AJVA 2OF0A 5P7HA 2OHPA 1YT9A 5P4UA 6UPJA 5P55A 5ISKA 1F7AA 4LC7A 5P7BA 3I7EA 3SABA 3QRSA 5P1GA 1NPWA 2ZYEA 5C9DA 3IVHA 3BUGA 5P41A 5OZ5A 1NPVA 3BHEA 4RVJA 1HPSA 5P5ZA 2J9KA 3PBDA 3UDKA 5P4RA 3I6OA 5P4IA 2AZCA 3UCBA 2NTRA 4YDFA 3VV6A 3G70A 5P0QA 2G24A 3U7SA 5P57A 3OGQA 4JOOA 4MC1A 5P28A 2O4NA 2PK5A 2AOHA 2HIZA 5I3VA 5KR2A 5OZTA 3VYFA 5P1BA 3O9GA 3EMYA 5OYVA 5P6UA 3SM2A 3KFPA 2P4JA 3HW1A 5P3JA 5P8OA 1ZLFA 5P0JA 1IIQA 1CMSA 4J1IA 5P64A 3FNSA 1HHPA 1IVPA 5P7DA 2BPVA 3GGXA 5P63A 5P04A 2IKOA 4XX3A 5P7RA 3CYXA 2HS2A 5P7PA 4CPUA 4FM7A 5P6AA 3G72A 1B6MA 4FM6A 1LEEA 4AA8A 2AOFA 3RTNA 2VA6A 3QBHA 3HBOA 2IS0A 5OZGA 5P59A 4J0TA 1W5XA 5I3XA 1AIDA 2CENA 5P2HA 3OHFA 3K5GA 4Y58A 3OGPA 4ER2E 1OHRA 4YOAA 4N00A 5P0MA 5P0FA 1HPXA 1FFIC 3PWWA 3WZ7A 3PM4A 1MT8A 5P00A 1ZPKA 3OTSA 2P3BA 3NU3A 3DV5A 1K6PA 4EJDA 3DOXA 3K5CA 4AZYA 2PYNA 1SP5A 1SMRA 4Y3ZA 2OAHA 1YM2A 5P79A 5P4DA 5P7AA 1YG9A 4Q1NA 2NNPA 5DR3A 1DPJA 2VIYA 5P3EA 5P14A 4YOBA 2QI7A 3LIQA 7UPJA 5P03A 4QJ2A 2F3KA 3SFCA 5P72A 4RYCA 3K5DA 3NU5A 1FQ8A 2B60A 3Q5HA 3N3IA 2V12C 5P84A 4ACUA 1K2CA 3HAWA 3TKWA 4I11A 4YHQA 3O9LB 5P23A 4F74A 4A6BA 1HSHA 3TPRA 2IQGA 2IL2A 5P70A 5P1RA 5P5KA 2F80A 4CPTA 4MC6A 5P1SA 5P3BA 5HD0A 2RKFA 3IXJA 5P0RA 1K6VA 2VS2A 5P0XA 4Y4EA 3TKGA 3UDHA 1MVPA 2PC0A 4EP2A 5BS4A 3OU3A 5KOSA 5P61A 2QNPA 4DJRA 3OOTA 1MRXA 1ODXA 4TVGA 1META 3UDJA 3EL0A 4I10A 3IN3A 5I70A 3FX5A 1D4SA 4Y38A 1A30A 5CLMA 4I0HA 1B5FB 1QS8A 2QCIA 3IXKA 5TOLA 4LP9A 1VIJA 3WSJA 3APRE 4DQHA 1GVXA 5P07A 2I0AA 3S56A 2QP8A 1ZAPA 1HWRA 2ZHRA 1G0VA 4HA5A 1FKNA 4XKXA 9HVPA 5P3FA 5P6XA 3GI4A 3KA2A 5P54A 3M9FA 4Y4JA 1N49A 3NDUA 5JFUA 3TPLA 5P3YA 3OHHA 3VV7A 5P8UA 3PSUA 2ZHUA 4CPSA 4ZPGA 5ER1E 3S53A 3K1WA 3VEUA 1Z1RA 5B18A 4FSEA 1PFZA 4Y3FA 4Y39A 4D83A 3L5FA 4UPJA 3MWSA 1FFFC 5OZBA 4Y50A 1SBGA 1W5WA 4AUCA 5P75A 3OQKA 5P8LA 5P0NA 3LIVA 2QHZA 5P1EA 3CKTA 1M43A 3SA5A 3PMUA 3OU1A 1MSMA 4B70A 5P10A 5P4OA 5P8SA 1HVRA 3OXWA 4FAFA 2FMBA 4GYEA 4RRSA 3SQFA 2XFKA 4RRNA 5KAOA 1MEUA 4HDBA 5COPA 5P65A 1AAQA 1YTIA 4LBTA 3INHA 3VLBA 4KUPA 5DQCA 4WY1A 4ZSQA 5P5DA 3OQDA 4MC9A 2QMPA 1FB7A 4B05A 5P6JA 5P50A 3EL9A 5SY3A 1A8KA 4PZWA 5P5FA 2VNMA 4J55A 5P2CA 1IZDA 3KF0A 2NMZA 4APEA 1FIVA 4D85A 3RSVA 4FRIA 3PWMA 5P2SA 1FF0C 2I4DA 5P3SA 3QI1A 1RNEA 3MXDA 3BRAA 5OYYA 1HRNA 4Y3JA 1T7KA 3NDXA 5F00A 1APWE 4RVXA 2HC0A 4R8YA 4H1EA 5P83A 1W5YA 5P2NA 3EKWA 1TW7A 5P44A 3EM6A 2QU2A 3KN0A 3T3CA 1HEFE 5AH7A 4DQGA 3GGAA 5OYQA 4DV9A 5P8KA 1BV7A 5P2BA 5P2RA 2PK6A 4XXSA 5P5XA 5IS4A 1PSNA 5P43A 2Z54A 2F8GA 2VIEA 1TQFA 3KMYA 5P60A 4BFDA 3H0BA 4EJKA 4FAEA 3OQAA 2P83A 4B77A 5P2LA 1BWAA 1LYBB 4Y5MA 5P40A 3MXEA 3CYWA 2BBBA 3L38A 1C70A 4YD7A 2NMYA 5P3NA 5P37A 3LZVA 4Y5BA 4QJAA 4NJVA 2BPYA 4H3GA 5P1QA 2B8LA 2F81A 1XL5A 3GI0A 3PGIA 4DQFA 3SKFA 5FIVA 4M8XA 1HVHA 2BPXA 3G6ZA 1C6XA 1BDQA 2P3CA 5P42A 3ZLQA 2NNKA 3TOFA 2F3FA 5E5JA 3OU4A 1K6TA 2XYFA 2ZJIA 2Q5KA 1J71A 2EWYA 4FM8A 2QD6A 4K4RA 5P87A 1EBYA 4OD9B 2IDWA 3O9IA 4H3FA 3NWQA 3QN8A 5P4FA 3INDA 4LXMA 3ZMGA 1HTEA 1EBZA 4L6BA 5P5BA 3OTYA 3Q4BA 1BAIA 5P5CA 4B72A 5DR4A 4DPIA 1NSOA 5P3LA 2ZJHA 5P5EA 5P4YA 4OBGA 2H6TA 4BEKA 5P3QA 4Y3MA 4JP9A 3TOGA 4YCTA 5P6WA 3ZPTA 2QNQA 3OADB 5P0YA 4RCDA 3OWNA 3KDDA 1K6CA 3PSYA 5P4GA 3HDKA 1FMUA 2SAMA 5P5PA 4QJ6A 3I8WA 2ER6E 3EBZA 8HVPA 5COOA 3FIVA 6APRE 4I1CA 3EKXA 5P56A 5OZ8A 3NUJA 1APVE 3ZL7A 2ZJLA 1G2KA 4DQCA 4J1HA 2R8NA 3EL5A 3BGCA 3A2OA 5P5SA 1TCXA 2Q55A 5DGUA 4COEA 5P6RA 1A8GA 2Q63A 5P6TA 1D4IA 5OYWA 3VG1A 5P0HA 5P7NA 3ZKMA 5DR7A 5P86A 5OZIA 2VIZA 3EXOA 1EEDP 2QI0A 4DI2A 2QZLA 3B7VA 4Y36A 2PH6A 4S1GA 5P6VA 2HM1A 1YTGA 4FS4A 4J0PA 1B6LA 3DCRA 5P2QA 3BVAA 3KYRA 3TH9A 4PZXA 4Y5KA 1JLDA 1FLHA 5T4SA 1RL8A 5P7JA 1ER8E 3UQRA 1FGCC 2G27A 4DJOA 1HPVA 1WKRA 4PPHA 2I1AA 1LS5A 2Q15A 4Y3SA 1BVGA 2AOGA 5OZ2A 3LZYA 5P38A 3OOZA 2B8VA 5P53A 3IXOA 3SA3A 5P26A 3QS1A 2HPFA 1MESA 2O40A 1HIIA 2AVQA 2WJOA 5P69A 3LZUA 2A1EA 1AXAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SGZ A;  1T7J A;  5P1L A;  4RRO A;  3HLO A;  5P02 A;  5C9F A;  2WF4 A;  5P4P A;  4D88 A;  1CZI E;  4J1F A;  5HU1 A;  2QMD A;  3L5C A;  3D20 A;  5OZM A;  3VF7 A;  4Y4D A;  4E43 A;  5P12 A;  5P1D A;  1DIF A;  1Z8C A;  3LIZ A;  4Y3Q A;  3UHL A;  5P3D A;  1BXO A;  5P4K A;  3PEP A;  3WZ6 A;  5P1I A;  4F76 A;  5OZH A;  3KFN A;  4M8Y A;  4EXH A;  4CP7 A;  2VJ7 A;  5P6P A;  5P8H A;  4MC2 A;  4Y3N A;  5P5J A;  1GVT A;  2REN A;  5P6C A;  4FSL A;  3LIT A;  5P1Y A;  1EC3 A;  3UQX A;  1OEW A;  4GJB A;  5P4M A;  5P3V A;  5P4Q A;  5P82 A;  1PPM E;  3OU1 B;  1HVC A;  5P58 A;  3ER5 E;  3HAU A;  5P1V A;  4YD3 A;  5DR0 A;  1QBU A;  1D4Y A;  3LPJ A;  3RSX A;  2AOJ A;  4I8Z A;  2RKG A;  5P3C A;  5P4V A;  5ENM A;  3R2F A;  2O4P A;  5P2E A;  5P66 A;  5P3Z A;  2JYS A;  4FLG A;  4CPR A;  3VSW A;  3UFL A;  5P35 A;  3S43 A;  4I0E A;  4FRS A;  2AVV A;  4Y53 A;  3OAG A;  5P1A A;  5P67 A;  1LF2 A;  5OZS A;  1AJX A;  5P77 A;  2IKU A;  2PSG A;  3DM6 A;  3L5E A;  5P7U A;  4Q1W A;  5P1H A;  1IVQ A;  3S45 A;  3S7L A;  1IZE A;  5IVT A;  5OZW A;  2BQV A;  1HEG E;  3OUD A;  3NXE A;  4J1C A;  5P8D A;  4GID A;  1VIK A;  5P0V A;  1SDV A;  4YBI A;  5P08 A;  5P8M A;  3D1Y A;  2XYE A;  1A94 A;  2UXZ A;  3PB5 A;  1UPJ A;  3UPJ A;  2ER7 E;  1W6I A;  1ZBG A;  5P47 A;  5P4W A;  4ZSP A;  5P5M A;  1GNM A;  4Y56 A;  2ZE1 A;  1B6P A;  3N4L A;  2ANL A;  5OYX A;  5P29 A;  2WF1 A;  4Y57 A;  1T6E X;  3PBZ A;  2NXM A;  2V11 C;  3PLD A;  3UDP A;  5P7W A;  4B1C A;  1HVS A;  4EQJ A;  1HBV A;  1C6Y A;  2I0D A;  5KOQ A;  4QJ7 A;  4Y3R A;  5P2T A;  2ZGA A;  3ZOV A;  1XL2 A;  5HU0 A;  1SDU A;  5DGW A;  2HAH A;  4GJ5 A;  4ACX A;  3VV8 A;  2ZJK A;  4FCO A;  3SPK A;  4GJD A;  4K9H A;  3AUP A;  2H6S A;  3TNE A;  3UDR A;  5P8N A;  2PYM A;  1DMP A;  3OU4 B;  4Y4X A;  3NU6 A;  1AZ5 A;  4YD6 A;  5P2A A;  4NPU A;  6FIV A;  3R0W A;  1LYW A;  5OZ4 A;  2JJJ A;  3KFS A;  4Y4Z A;  5P4E A;  3H5B A;  1HPO A;  3QPJ A;  3FV3 A;  4QJ8 A;  5OZ6 A;  4ZEA A;  5P36 A;  2G1S A;  2I4W A;  3SA6 A;  4GJ9 A;  2QD8 A;  4Y4W A;  4RCF A;  4I0J A;  1FQ7 A;  5KQZ A;  3CID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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