3OHHA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with bms-681889 aka n~1~-butyl-5-cyano- n~3~-((1s,2r)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-3-((3- methoxybenzyl)amino)propyl)-n~1~-methyl-1h-indole-1,3- dicarboxamide
Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS11 (232-240)TII5 (339-342)S5 (109-118)TII1 (50-53)S1 (54-57)TI3 (80-83)S2 (61-68)TI1 (57-60)TIV2 (96-99)3H2 (102-104)S4 (86-89)TI4 (93-96)S7 (142-154)TI7 (135-138)S6 (123-134)O1 (139-141)O5 (203-407)AH5 (350-353)TIV4 (176-179)TVIa1 (175-178)TI8 (178-181)TIV3 (153-156)AH1 (184-191)TI13 (359-362)S19 (342-348)TVIII1 (179-182)S20 (354-356)AH3 (286-300)O2 (195-197)S9 (197-202)AH6 (383-387)TI9 (228-231)AH2 (211-216)S16 (282-284)S10 (220-224)S18 (331-336)TII3 (223-226)S12 (248-249)TVIII2 (241-244)TIV5 (244-247)S13 (251-256)TIV6 (255-258)TVIb1 (269-272)S14 (259-260)S15 (273-275)TI11 (276-279)TII4 (319-322)S21 (366-370)AH4 (307-311)TI12 (300-303)S22 (372-374)TVIII3 (301-304)3H5 (325-327)O3 (323-325)S17 (316-318)TIV7 (375-378)3H1 (48-50)S3 (73-80)TIV1 (69-72)S23 (379-381)TI5 (105-108)3H3 (172-174)3H4 (265-268)TI6 (119-122)S8 (165-168)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Synthesis and SAR of indole-and 7-azaindole-1,3-dicarboxamide hydroxyethylamine inhibitors of BACE-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ohhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ohhA02
3EL4A 5P25A 5P7KA 2QP8A 2PH6A 4YOAA 4NPTA 2PK5A 4OC6A 1XL2A 2H6TA 2QNNA 3KDCA 5P6HA 1KJ4A 3MWSA 4GJCA 3LIVA 1BWBA 2QHZA 5P1TA 5P3GA 5P6KA 4YD4A 5P29A 4EXGA 5P0ZA 5P8LA 4Q1YA 2R8NA 5COPA 4OBDA 3VF7A 2BJUA 2ZJLA 5P49A 3MSLA 5P3WA 1D4LA 2G1RA 2RKGA 1U8GA 3GGVA 5P0TA 5P4UA 3NR6A 4L1AB 1ZBGA 4YDFA 4I0ZA 2FLEA 1BIMA 3OQKA 3FNTA 4NJSA 1ODWA 3ZPSA 3SPKA 5P0IA 2QZLA 5P1IA 4ZPEA 4L7HA 3O9FA 4QJ8A 2B8LA 1HPXA 3NDUA 2JXRA 2P4JA 4Q1WA 9HVPA 5DR3A 5P7QA 2F3FA 5P0EA 5P62A 2V00A 1RV7A 3CKRA 3GW5A 1Z8CA 3DJKA 5OZ5A 2PYNA 5P7RA 1ZLFA 5P6ZA 3O9LA 1K1TA 5P8AA 5HE4A 3D1YA 4I10A 1MT8A 2Q3KA 3O9BA 3NSHA 4DJRA 2JE4A 5TOLA 4Y57A 3NU4A 5P4IA 4OC6B 5P3NA 5OYTA 1T6GA 4FRSA 3OU4A 5P4WA 3O9CA 1FG8C 3LNKA 4Y3RA 1LV1A 2ZJHA 4YD7A 5KR2A 1CZIE 3EM4A 4KUPA 5P7SA 3ZKXA 2F3KA 1APTE 5HCOA 1CMSA 1EBYA 5P3VA 4ACXA 3OWNA 5P6RA 3ZLQA 4HDFA 4YHQA 3QN8A 5P5BA 3IXOA 4JP9A 4Y4TA 5P6QA 5P2VA 1B11A 2QZKA 2PSGA 2ER6E 3NU9A 5P4BA 1TCWA 1FMUA 2ZHTA 1HWRA 5P5KA 4R91A 3CIDA 3UF3A 1IDBA 4FL8A 1FQ6A 4DJQA 4I0EA 5P8SA 3AIDA 3BHEA 2OHUA 5P2XA 5OZEA 4YBFA 3OHHA 3PSGA 3G6ZA 1K2BA 2ZJIA 1RL8A 5P1AA 3O9LB 4Y4JA 3PLDA 1FF0C 5OZ6A 1EBZA 5KR1A 2P83A 4D88A 4IVTA 3BXSA 3INEA 2VIZA 5P33A 3B7VA 4K9HA 1LYAA 2IRZA 1AZ5A 3OAGA 2PK6A 2Q15A 5P6CA 1DAZC 5P48A 3OUDA 2QHYA 5P8GA 5SXNA 2BPVA 5P6MA 4DJUA 1EC2A 1FIVA 5P5MA 5P3CA 1YG9A 1Q9PA 3I25A 3OHFA 4YA8A 3VFAA 4CPWA 3QBHA 1OHRA 5P39A 3NXNA 3UDPA 1IZIA 4OD9A 4OBZB 2FDDA 3PWRA 1ER8E 4TRWA 5P4VA 1ZAPA 4X2LA 3IN4A 3HVGA 3OQ7A 4LBTA 3PM4A 1M4HA 4GIDA 6APRE 4FIVA 5P83A 1J71A 3HAWA 1MT9A 3OQDA 5P1GA 2QK5A 2F3EA 1EPLE 5P5PA 5P2YA 3ZPTA 2VIJA 3TPJA 3TPLA 5P1CA 3GI0A 5ISKA 4PZWA 4QJ7A 3SQFA 2P3DA 4J1IA 2IKUA 4B1CA 5OYWA 5P2WA 3BUHA 3VSXA 1APUE 2FIVA 4U8WA 1KJ7A 5CONA 5P2BA 3D3TA 3G72A 3APRE 3UPJA 5I3VA 2VA6A 1SDVA 5OYVA 4AA8A 3DCKA 3OUDB 1NPWA 5P89A 3UQWA 3SM2A 2RSPA 2I4WA 4A6CA 5P1XA 4I0HA 5T4SA 4FM8A 3UQPA 5AH6A 4EQ0A 2ER0E 1ZTZA 5ENMA 3DV1A 4R8YA 5P2RA 5P4PA 3BUFA 2QI6A 3UDRA 4EWOA 5HE7A 5P3KA 3VSWA 3VFBA 5ENKA 4OD9B 5P0GA 1K2CA 5P79A 3NU5A 2I4UA 3TL9A 5P2KA 2QNPA 3IXKA 2AOCA 1MSMA 2IS0A 1HVKA 2HPEA 3BGCA 2R5PA 5AH9A 2AVMA 5P3FA 3S54A 5P2TA 3S85A 1HXWA 3D91A 4Y9WA 4Y6MA 4Y3AA 3RSVA 3JW2A 5P3ZA 3QVIA 1EC0A 5OZJA 5P85A 1BWAA 4CPTA 5P0XA 4Y58A 1SMRA 3PBDA 1LS5A 5OZRA 5ER2E 3PLLA 1ZPAA 5P5ZA 5P7JA 5P1RA 3IVIA 5CLMA 5P6BA 4BELA 1HHPA 5OYZA 2QU2A 4DQCA 5P2IA 5OZ3A 3CKPA 3FSMA 1WKRA 5DR4A 4WTUA 2QU3A 5P5WA 5P74A 3R1GB 4MC1A 2HB2A 1D4IA 5P5NA 4B72A 1MT7A 2F8GA 3SA8A 4RVIA 1HVCA 2AVOA 2BPYA 2OHRA 5P35A 4WY1A 4LP9A 1ZPKA 5DQ4A 5P87A 2B7FA 5OZVA 3OXWA 4DQEA 1APWE 2IKOA 5P56A 7HVPA 5P34A 5P81A 4LXKA 1BDRA 4RVXA 4Z4XA 3KMYA 4RGHA 5P2NA 5P5IA 4DVFA 4COEA 5P1KA 5P80A 4EQJA 1FMBA 5P6AA 2AZBA 5APRE 2WEAA 4UPJA 3EL0A 5DGWA 5P2JA 5P5YA 2PSUA 5P2DA 5P0DA 4I0FA 1RPIA 1IZHA 2ZJJA 1K1UA 4DPIA 5P4AA 1HVSA 2IL2A 3URIA 1C6YA 3OU3A 2CEJA 1HVHA 3KYRA 4YCKA 3GGUA 5P07A 3UQXA 3LZSA 4FSEA 1ZJ7A 3VV7A 2FS4A 1MERA 2B7ZA 5P8BA 4ZSMA 5C9DA 4ZLSA 3QAAA 3UTLA 3BXRA 5P4ZA 4B77A 1UPJA 3RTMA 5KQXA 3ZMGA 3UDHA 5P30A 5OYUA 4QJ2A 2I4QA 4EJ8A 5AHAA 2ASIA 4CPRA 5P8EA 1LEEA 1G0VA 1MPPA 3NUOA 1AAQA 2HS2A 5P55A 2RENA 1RQ9A 5P75A 4QJ6A 4KB9A 3T7QA 3PWWA 1XN3A 2BBBA 3GI5A 5AHBA 5P1FA 5P47A 2OHMA 3EKQA 4H1EA 2WEBA 3BGBA 2R38A 4Y5PA 1EPQE 2JJIA 5IVRA 2I4XA 5P4OA 3T11A 1GNNA 4R92A 5P6DA 3NYGA 5DR0A 1HSGA 1D4SA 2AIDA 1DPJA 5P1HA 4APRE 4IVSA 4J55A 5P2CA 3KT2A 4CP7A 2ZHRA 3OUAA 5P4CA 3RTHA 2AOJA 5HDUA 1KJFA 2AZ9A 2QHCA 5P7AA 4Y3FA 4FCOA 3INHA 3WB4A 1FFIC 3OK9A 3TLHA 5P4YA 5P4SA 5P7HA 3TPRA 3L5EA 2Q5KA 3LIYA 4QGIA 1KJGA 3EL1A 3IAWA 4EJLA 5C9BA 1SP5A 4H3JA 1YTGA 1LYBB 4YE3A 5KQYA 1NPVA 1K6TA 5E5KA 4DV9A 5P7BA 1C6ZA 3HD8A 5P0AA 4B1EA 4Y4UA 3LZUA 3S43A 1EPOE 5P3EA 1HIIA 4DH6A 3BRAA 1BDQA 3KFRA 5DR7A 5P8QA 4J0PA 5P0LA 1SIVA 5P60A 2Q54A 4FRJA 4Y3LA 1MTBA 1TQFA 5P3YA 5P1JA 4Y5CA 4DUSA 3PEPA 3S7MA 1MUIA 1HSHA 2OHTA 4ER2E 3PCWA 4Y36A 2AODA 2NNKA 3KDDA 2HIZA 5DQ5A 5P0PA 2G1YA 3SAAA 2HPFA 1MSNA 1IVQA 5OZTA 4I0IA 1AM5A 1B5FA 1DMPA 2NXMA 3KA2A 4FAEA 5HVPA 2AZ8A 5P0NA 2Q11A 1BDLA 5P04A 4HDBA 3VV8A 5KQFA 3JVWA 4B70A 5P6GA 3VG1A 4X7IA 4FM7A 1A30A 5P52A 5P57A 5P17A 2PSVA 4ZSRA 3CKTA 3OY4A 4NPUA 4ZPGA 5P2LA 5P3UA 4GJ7A 4CPQA 2AOEA 5P3JA 4J0ZA 5P2EA 1ENTE 3KN0A 5F00A 2UPJA 1W50A 5BS4A 2HM1A 1YTHA 3ZKGA 2PYMA 4YCTA 3Q3TA 5P08A 4Y56A 4B78A 4D83A 5P42A 3EL9A 2FXEA 3QRVA 1AJVA 5COOA 4ER1E 5P7VA 4NJTA 2WEDA 1MTRA 2J9JA 3NUJA 3OXCA 4GJDA 4RRSA 1AVFA 2AOFA 2O4SA 4HZTA 1B5FB 2SAMA 3L38A 3QI1A 3T7PA 5I70A 4ZIPA 5P0KA 3TKWA 3RSXA 2ER9E 2HB3A 2G69A 3WB5A 3AUPA 2R3WA 4CPSA 5P3RA 1YM4A 4I0GA 4D89A 5P6IA 5P61A 1VIJA 4LXMA 3R4BA 4R93A 5P8HA 4HVPA 3QVCA 5AGZA 5P0CA 5P67A 2PC0A 2XFIA 4GZFA 3L3AA 1HEGE 3VLBA 5P1ZA 2QI0A 3BVAA 2QZWA 1BXQA 3EKWA 4OBGA 5P7XA 3LPIA 5P5GA 2B42A 3IGBA 3RVIA 2JJJA 3L5CA 2AVVA 2P3BA 3INDA 3CYWA 3O9EA 1M0BA 2ZJKA 3FNUA 4J17A 2G1SA 4L7GA 5P2AA 1T3RA 3EL5A 4RZ1A 4Y4DA 2J9JB 1HIVA 3SKGA 3VF5A 5HDZA 5P7LA 3TTPA 3OGQA 3S2OA 1HTFA 5SY2A 3OU4B 5P4JA 3NDXA 3I2LA 3QPJA 4Z50A 1PFZA 4ER4E 1W6IA 5C9FA 2BB9A 4U7QA 5P23A 1AIDA 3I7EA 3UHLA 2AOIA 4EP3A 5P40A 4Y51A 2QMFA 1EPME 4I11A 4EP2A 3LPJA 5DQCA 1WBKA 2QI1A 4YD3A 1D4HA 4FLGA 3QP0A 2P3CA 3UFNA 4K4PA 3D20A 3BVBA 1ZP8A 3EXOA 4Y5KA 3VUCA 4YD5A 1BVGA 3K5DA 5P3QA 5P6VA 2BPWA 2FXDA 4DQGA 2OAHA 5P8NA 4GJAA 5P76A 3JVYA 1MRXA 2G94A 5J25A 1E80E 3KM4A 5OZMA 5OZLA 4EHCA 1TZSA 3OQAA 1FQ4A 5P6OA 1FGCC 2P3BB 2ER7E 3O9GA 1BILA 5P03A 3L58A 2VKMA 5P3HA 2J9KA 5P0JA 2XFKA 5FIVA 2B60A 5P6YA 5P6NA 1PROA 5P8OA 5P01A 3PSUA 1LYAB 3OAGB 5OZQA 3SA9A 3GI4A 2XFJA 4E43A 2ZHUA 4Y54A 5P59A 1FEJC 2G27A 3UDKA 5P6SA 5P1MA 1MRWA 2BPZA 5P45A 3ZKMA 4MC2A 5P72A 3VCMA 3ZOVA 1K6CA 4FAFA 5HU0A 3OU1A 4GB2A 2HC0A 3OGPA 3UDMA 4AZYA 4Y3GA 1T7KA 1LYWA 5P1YA 4M8YA 4A4QA 5HE5A 1JLDA 5AH7A 5OZIA 4S1GA 4CPUA 4PPHA 3F9QA 6FIVA 5DQ1A 4AA9A 3URLA 5P5OA 5P8MA 4M8XA 4Y44A 2HS1A 3SACA 5JFUA 4PHVA 3UDNA 2PWRA 3OUBA 4FRIA 3QS1A 5IVTA 3OOZA 1OD1A 3SA3A 5P7DA 1HTEA 5P22A 5P6LA 4B0QA 2VNNA 4FSLA 3PMUA 2VJ7A 1QBSA 1HSIA 3CICA 5OYQA 5I3XA 4J0VA 2RKFA 3PGIA 5HCTA 5OZFA 2O4NA 2BKTA 5IVSA 1META 5P10A 3I8WA 1UH9A 1HPVA 3KFSA 2NNPA 4DJPA 3NDWA 5P13A 2ZE1A 1HVRA 1MIQA 3O99A 3NWQA 4DJWA 1B6PA 4JECA 4EXHA 1HVJA 4Y5BA 1YX9A 2WKZA 4GJ6A 3VYEA 3PB5A 5P02A 5P1VA 5OZ8A 3WZ7A 3KFPA 5P0YA 1Z1HA 5AH8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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