3OQ7A

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oq7A00
2I1AA 1W5VA 4GYEA 2J9JB 5P03A 2V13A 4S1GA 4RCDA 3VV6A 1W6IA 3BHEA 3O9GA 2G1OA 2HPFA 2VA6A 2VNNA 5IVSA 4F73A 5P2DA 3BXSA 3N4LA 3VSXA 3BUFA 1HPVA 1LV1A 1FMBA 4I10A 5P3RA 1SGUA 4N00A 2R3TA 4Y3EA 4Z50A 1FB7A 2PQZA 5P7YA 1AJXA 5HD0A 3OU4A 1YM4A 2QZWA 3OADB 4D85A 4EQJA 4UPJA 4EJDA 4NJVA 2BB9A 1KJ7A 3EC0A 4RGHA 3VEUA 2AQUA 5F01A 4MC1A 5P48A 3DOXA 4NKKA 4ZPFA 3O9AA 2ER7E 3UHLA 1FKNA 5P1LA 4GJ5A 4Y3HA 3FKTA 5P1AA 5P1EA 2ZHSA 1HPXA 2XFIA 1HWRA 3O9EA 4R8YA 2AVQA 1ZJ7A 2I4QA 3I8WA 2QHZA 1W6HA 2ZHUA 5PEPA 5P08A 1AJVA 5P3XA 3G72A 5P15A 5P65A 5ENMA 3S43A 5P5WA 4F74A 1DW6C 3KM4A 1EBWA 4Y5KA 4I8WA 3FV3A 5IS4A 3O9BA 3LPKA 5DR4A 3TL9A 1BWBA 3L5EA 3MSJA 4J0ZA 4X7IA 2B42A 3SKFA 2RENA 4Y47A 2QCIA 1HBVA 3LIVA 3PM4A 3QI1A 1DMPA 4FS4A 4BEKA 1KZKA 4YBFA 2G21A 1B6MA 3URIA 3NU3A 3A2OA 4YD3A 2QNPA 2VS2A 4Y4GA 1D4YA 3UQRA 1B6LA 1K2CA 2HS2A 2P3BA 5C9BA 3I2LA 5P5FA 1Z1RA 4QJ6A 1HSIA 3PMYA 4B00A 1IDAA 5P26A 4YOAA 3UF3A 3CIDA 3WB5A 1T7IA 3G6ZA 4D83A 3SA5A 2O4KA 4L7JA 4TVGA 3RSXA 4AA9A 4CMSA 2IEOA 1EBYA 5SY2A 2BPWA 2R5QA 5P42A 1PPLE 2BPYA 3CMSA 3NR6A 5P37A 2O4LA 1TQFA 2VA5A 3OHHA 3AIDA 5P7BA 3L3AA 3KF0A 3TOGA 5P2IA 3ZKSA 2G24A 3S2OA 5P4EA 2O4NA 2PK5A 2VNMA 1APWE 1T7KA 1EBZA 5P8NA 1A8GA 5OZRA 4I0FA 3RTMA 5P7RA 4HVPA 1LYBA 4MC9A 4OC6B 4FGXA 5P4UA 5P3EA 3AUPA 1TW7A 3OOTA 5P7FA 4H3IA 3FNTA 5P1GA 3EKXA 3UPJA 1OEXA 4CPTA 4NJTA 5OZNA 5P4JA 3NLSA 5P5JA 2PYNA 4Y3RA 1C6XA 5KQYA 5P6HA 3EKPA 2AODA 1HTRB 4GJ7A 4XX4A 3Q4BA 5KR2A 2ER0E 3INDA 3APRE 4K4PA 5P7DA 4B77A 4NJUA 1FQ7A 5P6GA 2P3DA 5OZXA 3UQPA 2G1RA 4B1DA 5P8VA 5HCOA 3U7SA 3CICA 3HAUA 1K2BA 1MSNA 5P7UA 1EC1A 2OHSA 4Y4ZA 3IVIA 5P5HA 4FAEA 4KB9A 3DUYA 5KR0A 5OZ2A 1K6CA 3L5FA 1BVEA 3QVIA 3EL5A 5P3LA 4FCOA 3KFNA 4J1KA 4DV9A 1ZTZA 4I0GA 4FRKA 1DIFA 2FGVA 2B8VA 2WF0A 2IS0A 3H5BA 1HEFE 2XFJA 4RLDA 5P7HA 4I0IA 4J1IA 4Y35A 3ECGA 2FNSA 5P40A 3SAAA 5P6JA 4BFDA 3VUCA 5P13A 3OUDA 3LZUA 3PVKA 2ZJNA 4Y4DA 1XE5A 5HDVA 5P3BA 1BWAA 1B5FA 2QI0A 2IQGA 2FGUA 2NMZA 5P4OA 1HXBA 5P3CA 5P8DA 4LHHA 5OZJA 3PWRA 4HLAA 2VJ7A 2ZJHA 1FF0C 4Y3TA 5P2ZA 1OD1A 5CONA 5OYSA 2FDPA 1B6PA 1WBKA 3Q3TA 3PHVA 1XN3A 3SPKA 4YCYA 2FLEA 4PZXA 5DGUA 3VF5A 1MT9A 5P6PA 4I0EA 3EKVA 5OYZA 2F80A 3C9XA 3ZLQA 1E5OE 5P3PA 4JP9A 3MSLA 3ZOVA 2QZLA 3OAGB 5P5LA 1IDBA 5P77A 5P47A 4HA5A 1FQ8A 2IDWA 4J0VA 3UDRA 4J0YA 4ZE6A 4Y53A 1U8GA 2A1EA 1W5WA 4DQCA 2HPEA 3QBFA 3ZKQA 3K5FA 4BELA 2NNPA 3JVYA 4WY1A 5P86A 2O4SA 3SFCA 4RVIA 3EL9A 4DFGA 1ZSRA 2R5PA 4JOOA 3KN0A 3EM3A 4Q1NA 3IGBA 1HVJA 1HPSA 3DCRA 4WY6A 4YDGA 2HC0A 1ZP8A 5P5UA 1HVIA 5P7QA 4NPUA 3OGQA 3S54A 3S7LA 1T3RA 5OZ8A 1SIPA 4FSLA 5P12A 4ZPGA 3PJ6A 1DP5A 5P7KA 3IAWA 4XX3A 1K6TA 3GGUA 4FM8A 2BKSA 2UY0A 5P6MA 1QBSA 5DR8A 3PEPA 5P87A 2BKTA 1E80E 5P56A 5P8EA 5HE4A 2QAKA 3B7VA 3OU1B 5P2UA 2QI3A 3KFSA 5ISJA 5OZSA 3NXEA 5AH6A 5P2LA 4Y4TA 2HIZA 2G20A 5P5SA 3KDBA 5P8OA 1GNOA 5P75A 4ZSMA 2QI1A 5P88A 2R38A 2AVVA 1T7JA 2QI5A 1A9MA 1MIQA 5OZ7A 3ZKGA 4KUPA 3D1ZA 5P2EA 5P6WA 5P8BA 3D1XA 5P3AA 4OBHA 5OYQA 5P57A 3NDXA 5P1YA 3PSGA 1MRXA 5P7TA 1GVUA 5P32A 1NH0A 4OD9B 3LINA 5HDZA 5IVRA 2G27A 2BQVA 4Y3JA 5P72A 3GI6A 5P61A 3ER5E 5OZBA 5P7GA 3GI5A 3IVHA 3OXVA 5P4ZA 2F3EA 3EXOA 4U7VA 3BGCA 2AIDA 4EPJA 2QMGA 1ODWA 3I6OA 1Z8CA 4J17A 3PBZA 3OQFA 5OZ4A 4R91A 1HIVA 3BVAA 4EYRA 4GJCA 4EXGA 3U6AA 3VG1A 4Y58A 2XFKA 3QP0A 3INEA 1FFFC 4FRIA 6APRE 4RYGA 4PHVA 2R43A 4ZSRA 5OZYA 4A6CA 5OZIA 3K4VA 5KOQA 3MXDA 3PBDA 4TRYA 5P0BA 2AOEA 3KA2A 5P7AA 5P0RA 2APRA 1EPRE 3WSJA 1W50A 5ISKA 5OZFA 1NPWA 4FAFA 5DR3A 5SZ9A 2A4FA 4YD7A 2HM1A 4APEA 5P8JA 3TPLA 4R5NA 4GJ9A 5P5XA 1EC2A 1YG9A 4R92A 3HVPA 3QBHA 2AOFA 1AM5A 1SP5A 2WF3A 1QRPE 1BV9A 2JE4A 4Y4XA 2WF4A 1AAQA 4Y5CA 5P1CA 2AOHA 5OYVA 3PSYA 6UPJA 2BPZA 1MRWA 3SACA 4Z2ZA 5AHCA 1FQ4A 3SA6A 3KT2A 3UDNA 2FS4A 5P30A 5P60A 3TNEA 3T7XA 5OZPA 1SMEA 1MT7A 3EKTA 5HDXA 2QNNA 2PC0A 3LIYA 4GMIA 5P6XA 1D4SA 1FFIC 2G1NA 5P4CA 4I1CA 3NU4A 4M8XA 2WEDA 2J9JA 1PROA 4FM6A 5DPZA 1M4HA 3QS1A 5P3WA 4H3JA 1TCXA 2V12C 4YOBA 4DH6A 3S85A 1D4KA 4Y3DA 5JODA 4FLGA 5P7SA 3S56A 1PSNA 5P3YA 2ZDZA 3NUJA 3NU9A 4EJKA 5OZTA 5P2TA 1LZQA 3GI4A 5P25A 5P52A 1PPKE 2PK6A 4EJ8A 1RPIA 1EBKC 3OXCA 1A8KA 2OHQA 3PWWA 5P3IA 2PYMA 1D4IA 3KMYA 2G69A 3VLBA 2ANLA 3OADA 3T3CA 3CKPA 3NDTA 2P3AA 5P79A 3U71A 5OYUA 4FM7A 5P8SA 5KQXA 3NWXA 1IBQA 3EM6A 5P46A 3Q6YA 9HVPA 3O9IA 3JW2A 5P3HA 1BBSA 5OZEA 5P6ZA 5P82A 1QBTA 4Y3WA 3VSWA 1K1UA 1HRNA 1TSUA 5OZCA 1MTBA 4Q1XA 5JG1A 3ZMGA 2VA7A 5OYTA 1IVPA 5IE1A 5ER1E 5P5KA 3SA7A 1ENTE 5P7PA 3NU5A 4MC2A 5P3MA 2NMYA 1BDLA 4H1EA 5P4FA 3UDYA 1FMXA 4F75A 3G70A 5OZ0A 1SIVA 5P29A 1NPAA 1GVXA 1AIDA 5E5KA 5P0FA 2WJOA 4Y3YA 3VV7A 3EL1A 3L5BA 3DK1A 3R1GB 5P7XA 4PEPA 5P5AA 2IKUA 4Y5AA 5P7MA 1HTEA 3ST5A 5OYXA 1A94A 2JJIA 4DQBA 5P7LA 1ME6A 1MSMA 2RKGA 5BWYA 5OZKA 3WZ7A 5P1HA 5KAOA 5P3GA 4YE3A 1RV7A 4Y43A 5I70A 5P1SA 1HXWA 3OY4A 5P0EA 3UQXA 4I0ZA 2ZJKA 1HVSA 3OUCA 3TKWA 3LZYA 2HAHA 5OZUA 3TKGA 2O40A 1IZDA 1PFZA 2OHPA 4OBZB 1W5YA 3K1WA 4KE1A 4LXMA 5P4XA 1FQXA 3URLA 5P1IA 3VFAA 1FG8C 1KJ4A 3HLOA 3KT5A 3DV5A 3OXXA 2PWRA 5P36A 2P3CA 2AVSA 4B0QA 2F3KA 5P5RA 5P1RA 1LF4A 3PI5A 4J0PA 3WB4A 2QD8A 5SY3A 3R0YA 1GVWA 5P1PA 3QRMA 5P76A 3HVGA 5P1JA 5P83A 4B1EA 4Y56A 2PSVA 5EZZA 5P4AA 5P2WA 5P73A 1IZIA 3INHA 5P17A 4B72A 2JXRA 5P2YA 2IL2A 1LYAB 5P5CA 3INFA 2BPVA 5OZMA 3OHFA 3NDWA 5P7OA 5P49A 3IXJA 5P0NA 5P11A 1UH7A 5P69A 5P2BA 5P4KA 2WEZA 2FXEA 1D4HA 4DPIA 3EBZA 1HTGA 1VIJA 5P8HA 2QU3A 4J1FA 3OGPA 5IVTA 5OZVA 2IGXA 2RSPA 3QN8A 3D3TA 5P8KA 2OAHA 2PSGA 4Y48A 4J1EA 5HTZA 3VCMA 3L58A 5P6AA 4EXHA 2QI7A 2AOJA 5P5IA 1HVLA 2ZHVA 3IXKA 3PCWA 4QJ8A 4GJAA 1QBUA 3ZKXA 1TSQA 3GW5A 1DAZC 3O9CA 2AZ9A 5P4PA 4EJLA 1HTFA 1G35A 4Y3PA 4YCTA 4Z22A 2QMDA 2AOCA 2Q63A 5P05A 2QMFA 2AVMA 1ODYA 3O9DA 1BDRA 1EPQE 1AVFA 1F34A 1WBMA 2QD7A 1HVKA 1E81E 1HIHA 1TCWA 2AOIA 2ASIA 5KQFA 4Y5BA 5P5DA 2G22A 1XL5A 4J55A 4L1AB 5P6DA 5AHBA 4F76A 3PCZA 5P6SA 3L59A 4Y3ZA 1BXOA 2WL0A 5P3KA 4Y3FA 1D4LA 5COPA 1EAGA 3Q5HA 5P3OA 2FIVA 3MXEA 5P6KA 3NSHA 5P6LA 1FIVA 3PB5A 5P5NA 4TRZA 4JPEA 1LS5A 5P24A 4CPXA 5P8MA 5P2NA 1BVGA 3RVIA 2Z54A 4J54A 5P8IA 4B1CA 5KOSA 5HU0A 5P2OA 2BJUA 3URJA 4Q1WA 1B5FB 2B7FA 1YTIA 5P27A 1EPOE 4OBJA 3OWNA 4CPRA 1IIQA 5JFPA 3UDHA 3QAAA 1DPJA 5P3ZA 5P64A 5P2KA 3QRVA 3LIXA 5P45A 2CEMA 1YX9A 2QHYA 3OQ7A 2FNTA 5P7IA 1SBGA 5P7VA 3ER3E 4Y5GA 4GJDA 5P0XA 1IZHA 1RQ9A 1GNNA 2Q54A 5OZOA 3EL0A 1HPOA 1RL8A 3NYGA 5OZ9A 5CLMA 2R3WA 1OHRA 4AMTA 5HU1A 4GJ6A 4ZSPA 2ER9E 5P0DA 4AA8A 5P4YA 5P1QA 5P0JA 5P0LA 1AZ5A 3CKRA 3ZL7A 1JLDA 4ZLSA 4GJBA 1BILA 3QPJA 4Y6MA 1MEUA 5P7ZA 5P0VA 1CMSA 4CPSA 4RCEA 5P33A 4Q5MA 2QP8A 5P00A 5DR7A 1HEGE 1APTE 3LZSA 4HDPA 4DUSA 3SABA 3OU1A 5AH8A 4HDBA 5P2SA 3UQUA 4RVXA 2QZXA 5P06A 4EP3A 5P71A 4Y3SA 1Q9PA 4I0JA 3QIHA 3UDPA 4YD5A 1B6KA 2WEBA 4QGIA 2WEAA 3EKYA 4Y44A 3PWMA 4K9HA 4DJQA 4HE9A 2PWCA 4DJPA 5AH7A 5P5GA 2UPJA 5P50A 4Y37A 1ODXA 3N3IA 3HAWA 5P4TA 1BDQA 4OD9A 5P04A 1B11A 2AVOA 1KJGA 4DVFA 4NPTA 1SDVA 5P8AA 5P4NA 5C9DA 5DQ5A 2P4JA 3RTNA 5B18A 1MT8A 2R8NA 4DI2A 1K1TA 4Y9WA 5BS4A 4HDFA 4K4RA 5P85A 5P4WA 4BFBA 1XE6A 4Y50A 5I3XA 5P68A 4Y4WA 1HVHA 3IXOA 2NXMA 3FSMA 4IVSA 2OHRA 2OHKA 2HB4A 3K5DA 3TTPA 1YM2A 2Q15A 5P8GA 1D4JA 3ZPSA 4Y57A 3HW1A 5COKA 5P7CA 4Y38A 1LF2A 4U7QA 4YHQA 5P74A 4DJVA 1MVPA 2IKOA 5OZHA 5P1OA 5P54A 5P6UA 3CYWA 1HSHA 1HVCA 3FNSA 4XXSA 3SA3A 1YT9A 4R93A 1F7AA 3OTSA 1ZPAA 4Y5LA 4RVJA 4EQ0A 3Q70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I1A A;  1W5V A;  4GYE A;  2J9J B;  5P03 A;  2V13 A;  4S1G A;  4RCD A;  3VV6 A;  1W6I A;  3BHE A;  3O9G A;  2G1O A;  2HPF A;  2VA6 A;  2VNN A;  5IVS A;  4F73 A;  5P2D A;  3BXS A;  3N4L A;  3VSX A;  3BUF A;  1HPV A;  1LV1 A;  1FMB A;  4I10 A;  5P3R A;  1SGU A;  4N00 A;  2R3T A;  4Y3E A;  4Z50 A;  1FB7 A;  2PQZ A;  5P7Y A;  1AJX A;  5HD0 A;  3OU4 A;  1YM4 A;  2QZW A;  3OAD B;  4D85 A;  4EQJ A;  4UPJ A;  4EJD A;  4NJV A;  2BB9 A;  1KJ7 A;  3EC0 A;  4RGH A;  3VEU A;  2AQU A;  5F01 A;  4MC1 A;  5P48 A;  3DOX A;  4NKK A;  4ZPF A;  3O9A A;  2ER7 E;  3UHL A;  1FKN A;  5P1L A;  4GJ5 A;  4Y3H A;  3FKT A;  5P1A A;  5P1E A;  2ZHS A;  1HPX A;  2XFI A;  1HWR A;  3O9E A;  4R8Y A;  2AVQ A;  1ZJ7 A;  2I4Q A;  3I8W A;  2QHZ A;  1W6H A;  2ZHU A;  5PEP A;  5P08 A;  1AJV A;  5P3X A;  3G72 A;  5P15 A;  5P65 A;  5ENM A;  3S43 A;  5P5W A;  4F74 A;  1DW6 C;  3KM4 A;  1EBW A;  4Y5K A;  4I8W A;  3FV3 A;  5IS4 A;  3O9B A;  3LPK A;  5DR4 A;  3TL9 A;  1BWB A;  3L5E A;  3MSJ A;  4J0Z A;  4X7I A;  2B42 A;  3SKF A;  2REN A;  4Y47 A;  2QCI A;  1HBV A;  3LIV A;  3PM4 A;  3QI1 A;  1DMP A;  4FS4 A;  4BEK A;  1KZK A;  4YBF A;  2G21 A;  1B6M A;  3URI A;  3NU3 A;  3A2O A;  4YD3 A;  2QNP A;  2VS2 A;  4Y4G A;  1D4Y A;  3UQR A;  1B6L A;  1K2C A;  2HS2 A;  2P3B A;  5C9B A;  3I2L A;  5P5F A;  1Z1R A;  4QJ6 A;  1HSI A;  3PMY A;  4B00 A;  1IDA A;  5P26 A;  4YOA A;  3UF3 A;  3CID A;  3WB5 A;  1T7I A;  3G6Z A;  4D83 A;  3SA5 A;  2O4K A;  4L7J A;  4TVG A;  3RSX A;  4AA9 A;  4CMS A;  2IEO A;  1EBY A;  5SY2 A;  2BPW A;  2R5Q A;  5P42 A;  1PPL E;  2BPY A;  3CMS A;  3NR6 A;  5P37 A;  2O4L A;  1TQF A;  2VA5 A;  3OHH A;  3AID A;  5P7B A;  3L3A A;  3KF0 A;  3TOG A;  5P2I A;  3ZKS A;  2G24 A;  3S2O A;  5P4E A;  2O4N A;  2PK5 A;  2VNM A;  1APW E;  1T7K A;  1EBZ A;  5P8N A;  1A8G A;  5OZR A;  4I0F A;  3RTM A;  5P7R A;  4HVP A;  1LYB A;  4MC9 A;  4OC6 B;  4FGX A;  5P4U A;  5P3E A;  3AUP A;  1TW7 A;  3OOT A;  5P7F A;  4H3I A;  3FNT A;  5P1G A;  3EKX A;  3UPJ A;  1OEX A;  4CPT A;  4NJT A;  5OZN A;  5P4J A;  3NLS A;  5P5J A;  2PYN A;  4Y3R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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