3OQAA

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPSNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oqaA00
1AIDA 4KUPA 1FB7A 5P2RA 1EBZA 3SACA 1B5FA 2ZJJA 1D4KA 2CEMA 5P0QA 1RPIA 5P7TA 5OZQA 3SA9A 5OZ5A 5OYYA 2QMDA 3GGVA 1D4IA 5OZ0A 1VIKA 1HVKA 3ZLQA 3NU3A 5OZBA 2WF1A 3WZ8A 1SMRA 6UPJA 3NDTA 4Y3EA 2QU3A 5P0RA 5P34A 1B6JA 5P0AA 1W5YA 4FSLA 4Y3HA 1XS7D 4B72A 1ODYA 4B77A 5OYRA 3NDWA 3TKGA 5C9DA 5P4ZA 2WEBA 4XX4A 5P0OA 1E80E 3N4LA 1XL2A 2PH6A 4Y43A 4H1EA 2AOIA 5TOLA 1MSNA 5B18A 5P5OA 2QAKA 4YD4A 5OZIA 1FQ7A 4N00A 3NSHA 4Y3ZA 5P82A 5SXNA 1HTRB 3R0WA 1ZLFA 2AZ8A 1PPME 4LXKA 3OOTA 4CP7A 5P10A 4I10A 1FF0C 4I0EA 4AA8A 3HZCA 4NJVA 3RTHA 1MEUA 3VV7A 2P4JA 2Z54A 5P6AA 3EL0A 1FMUA 3H0BA 5P15A 1EC1A 2RENA 5P3TA 5P38A 5P7SA 5P2HA 2B42A 2AOEA 5P5KA 2ZJHA 3GI0A 1YTJA 2OHLA 4QJ8A 5OZXA 3KF0A 5P4GA 2B7ZA 3UQWA 5F01A 5OZ9A 4IVSA 2R5PA 3SKFA 5P7DA 2IRZA 2QMFA 4LL3A 5P3OA 5HCOA 4GJ5A 5P2UA 5P19A 5P7UA 1LYBA 3NDXA 5P44A 3S53A 4JPEA 2OHTA 5DR1A 3G6ZA 1KJGA 2G1YA 3T11A 3F9QA 1TW7A 1TZSA 3ST5A 1MPPA 2QZXA 5P2YA 3UDYA 1OD1A 4PZWA 5P7PA 3VV8A 1HEFE 2IGXA 1GVXA 3LHGA 5P02A 1KJHA 3TTPA 2JE4A 3VYDA 3MSLA 2QNPA 4NJSA 2G69A 5P76A 5P80A 5P4RA 3EL1A 1SMEA 4L6BA 2I1AA 5P8UA 3LNKA 2ZJIA 1HEGE 1K2CA 2NXDA 5AHAA 5COPA 3CKPA 2OAHA 4Y35A 1OEWA 5OZRA 1G35A 1W5WA 3OU3A 1EBWA 5EZZA 1XE5A 2A1EA 3VYEA 3O9HA 5OZ1A 4R8YA 5HU1A 5P5CA 1ENTE 1GKTA 4F73A 2QD8A 4YD6A 3LIXA 5JG1A 4Y3NA 4J0VA 5P57A 4TRZA 5P0NA 2VNMA 4DVFA 3VSXA 3MWSA 2QHZA 5P1QA 2QHCA 5ENMA 3PEPA 5AGZA 3T3CA 2P3AA 4OBHA 2AVVA 3IVIA 5P6YA 5AH6A 2R3WA 5P2AA 3EKVA 4FRSA 3K4VA 5P3XA 5DR0A 5P7VA 2PYNA 5HE7A 1HOSA 4OC6B 5HDUA 1PSOE 2A4FA 5KQYA 1PSAA 4R91A 5IS4A 2AZBA 3ZMGA 3IGBA 5OYUA 3URLA 2Z4OA 5P58A 4HDBA 3KDCA 1W6IA 3QIHA 5P65A 3HLOA 4YOBA 5P85A 1ZPAA 3PBDA 3PCZA 4EQ0A 3MXDA 4ZPEA 3S2OA 4BFDA 4Y56A 1M0BA 4RCFA 1IZHA 3OGPA 2HIZA 3SQFA 5P0XA 5P5PA 2J9JA 3OY4A 2I4UA 1VIJA 3PMYA 5P47A 4EHCA 5BS4A 3AUPA 2FGVA 5P4BA 3UDPA 1EPNE 3BVBA 3HVGA 5P4QA 5P12A 5P8NA 3WB5A 5P43A 1HVRA 1RNEA 1W6HA 5P4IA 3CYXA 1SGUA 3Q70A 5P0SA 5P78A 2HB4A 2PSGA 5P6JA 3S8IA 1QBSA 1PPKE 4K4QA 3KDBA 2FNTA 2RKGA 3SKGA 3EMYA 3WB4A 4Y5EA 3OXXA 5P5NA 2O4LA 3LIZA 3L58A 6FIVA 1MRWA 5P4PA 1BVEA 3PWWA 2VJ7A 2WEZA 5P4VA 3TPLA 3ZKSA 2VIJA 5P4WA 3QVCA 3PWRA 4CPQA 1XE6A 3NXEA 4YE3A 2PC0A 5IVQA 3RSVA 5SY3A 3ZKGA 3BUGA 4Y3MA 2PWRA 3WZ7A 4GJBA 2I4DA 3BRAA 5P1WA 5OYSA 3TPJA 4DJOA 4JPCA 4GJ9A 3SO9A 5JODA 5KQZA 5P5GA 4ZE6A 3SAAA 2B8VA 3INHA 4MC2A 1IIQA 4OC6A 5P6DA 5P74A 4Y57A 2B8LA 1EAGA 5DQ2A 2ZYEA 4QJAA 2HS1A 5P81A 2OHNA 1SDVA 5DR3A 3DV1A 5I3XA 5AH8A 5P2NA 4YD7A 5HTZA 3TH9A 3OUBA 3UDJA 4J1IA 5P7ZA 2AOFA 1AJVA 2I0DA 1APTE 3NUOA 3UQXA 3TOHA 3KDDA 5P8OA 2IKUA 5P61A 2QNNA 2FXDA 2PMAA 2O4NA 4GJDA 3QRSA 4EWOA 5KQXA 2V0ZC 5P2ZA 2RMPA 1C6ZA 4L7HA 5IE1A 3FNSA 3EKQA 5P87A 3QAAA 5P7HA 4AZYA 5OZLA 5P3DA 1EBYA 4FAEA 3PB5A 1UH9A 5P8AA 5P77A 4DPFA 3INDA 4D8CA 5P4NA 1K2BA 3MXEA 4PEPA 4HLAA 4CPRA 4F74A 3KT5A 4Y4XA 5P8CA 2B7FA 2H6TA 2JJIA 3HAUA 3OADA 5HCTA 1HIIA 4Y41A 1HPXA 1FQ4A 5P8DA 1HIVA 5PEPA 5IVTA 3FSMA 1FQ8A 2F3KA 5P7EA 2ZHVA 5I3WA 4Y3RA 2ZHTA 3FV3A 1TSUA 2EWYA 3DV5A 5P7YA 1FFFC 5HD0A 2NMZA 4DJRA 4I0GA 2OHKA 2QD7A 1TCWA 2NMYA 5P88A 4MC1A 4Y5LA 5P17A 4ZLSA 4RRSA 4RYCA 2ER6E 1QS8A 5P46A 3LZVA 4YBFA 1Z1HA 3GGAA 3UDNA 5P2JA 3NDUA 2AVMA 3R2FA 3QBHA 4DQBA 3TNEA 5P7BA 1IZDA 4KB9A 2FIVA 2WF3A 4YD5A 2ZJKA 4F76A 2VKMA 4GB2A 4RGHA 4J1CA 2NNKA 3VV6A 4L1AB 5DQCA 1TQFA 4Y3PA 2FNSA 2PK5A 4Y4TA 1BDQA 2Q11A 3EKWA 4GIDA 4J0ZA 4Y3JA 4Y3TA 4DJYA 5P3JA 3SM1A 3OOZA 3O9GA 3NWXA 5P3AA 5P6EA 5KR8A 4GJCA 5OZKA 4AA9A 4COEA 2FGUA 3RU1A 3PSYA 3KN0A 5P8RA 1W50A 5P2DA 3VFBA 4MC6A 2UPJA 5AH7A 5P8FA 4YOAA 5P40A 3I8WA 4Z22A 1EEDP 4XXSA 5P28A 4J1FA 3HVPA 1FEJC 5P11A 1WKRA 4FL8A 3VLBA 4Y58A 2Q55A 1LYAB 4YD3A 3AIDA 5OYTA 5OZ4A 2IDWA 1CZIE 3S7LA 2QP8A 3NR6A 4YCKA 2JXRA 5P6OA 1QBRA 4NKKA 3EM4A 1E5OE 3ZL7A 5P3BA 4RVXA 1ZP8A 2NXLA 3O9BA 4Q1WA 4DH6A 5P3ZA 3RTNA 4AUCA 2QD6A 5P5IA 3UQUA 3UF3A 1MVPA 3K5GA 1DW6C 5APRE 4B0QA 4GJAA 5P5XA 3S56A 5P33A 3VG1A 4Y3SA 2QI7A 1K1UA 2R38A 4BELA 5P1HA 2QMGA 5P3IA 3QRVA 2I4XA 2IKOA 4D88A 3EKTA 2CEJA 3FX5A 3GI5A 5OZFA 3OUDB 1LYWA 5P2EA 5COOA 5P25A 1OHRA 1ODWA 1BV9A 3UQPA 2XFKA 3OXVA 4L1AA 5P22A 3INEA 1EPRE 1G2KA 3UDKA 1QBTA 2BQVA 5P56A 5E5JA 2VJ6A 1GNNA 4I0HA 4YDGA 5P4AA 5P6PA 5P79A 5P1TA 5P1FA 2AIDA 1UH8A 3OUAA 3PLLA 9HVPA 3EKXA 5P8EA 5OZMA 4EJLA 3L3AA 5P5VA 5OZEA 5OZHA 2NNPA 3UTLA 1Z1RA 5AHCA 1ODXA 4B1CA 2AOCA 3OK9A 3SA8A 1BIMA 1G0VA 4Y47A 2G1OA 5OZ8A 5P0GA 1SGZA 1APUE 1LYAA 1YX9A 5DQ4A 4Y3AA 3OWNA 2FDEA 5P23A 5P0IA 4EYRA 2IS0A 3LIYA 1XL5A 5P4KA 4DQGA 3ZPSA 1BDLA 4R95A 4ZPGA 4YA8A 2O40A 5P3HA 1NSOA 4H3GA 3ZKXA 4ZIPA 4XX3A 1LZQA 1ER8E 3BUFA 2UXZA 4GMIA 4LAPA 3QVIA 2F3FA 5JFPA 1KJFA 5P0FA 5OZZA 2WEAA 5P5SA 5ENKA 2F81A 5OZ6A 5P26A 3QBFA 5OZJA 3PI0A 4U7QA 4Q1XA 3Q6YA 3UDRA 5P7JA 4FM7A 2VIYA 5P4OA 2XYEA 3OUDA 4FS4A 4RYGA 2OHSA 5OZNA 5P0LA 4PHVA 3KFRA 4I1CA 5KOQA 3T7PA 2ZHSA 1BDRA 4NPUA 5P13A 1JLDA 5P6LA 3KFNA 4RVIA 4J54A 2AOJA 2HPEA 5P8IA 3LPKA 3L5BA 5P5AA 4DPIA 3BGCA 5P07A 4OBGA 4ER1E 5P1BA 3S54A 2G24A 3NU4A 4Y3QA 5P1MA 1K6VA 3DUYA 1HPOA 4DJPA 4X7IA 4YBIA 2BJUA 5P7CA 3VYFA 3OQFA 2QMPA 1YTHA 5HVPA 4ZSMA 5KR0A 3UCBA 5P06A 1DPJA 2QCIA 5P0VA 3I6OA 5P7MA 4CKUA 2QI4A 2I0AA 4KE0A 1DAZC 4S1GA 3GI6A 1NH0A 5P6CA 1EBKC 5P5WA 3FIVA 4MC9A 3EL9A 2QI1A 3EXOA 1HVJA 4NPTA 3EM3A 1F7AA 2FDDA 3B80A 5SY2A 5P63A 4QJ6A 4I11A 7HVPA 5OZVA 1T6GA 3URIA 3APPA 4OBJA 3RSXA 3OQ7A 3IN3A 3O9EA 5P51A 5DQ5A 3PRSA 1LS5A 4I0ZA 1SH9A 4ER4E 5P3RA 4RROA 5P5TA 3GW5A 5AH9A 3KMXA 4YDFA 1M4HA 4Y54A 1GVTA 5P69A 5UPJA 4L7JA 3SA7A 5P0TA 5KR2A 4EQJA 5OZUA 2FXEA 4Y9WA 5P1PA 5P5RA 1A9MA 3MSKA 3O9IA 3OQKA 4DJXA 2IENA 3OU4B 5P2GA 3U7SA 5P4EA 2JJJA 4K4RA 5P2LA 3BC4A 3KYRA 2G1NA 2APRA 3OTSA 4Y4GA 3D1YA 3PM4A 3PMUA 5P1XA 4K4PA 5P0WA 2QZKA 1W5VA 1BWAA 1YTGA 4Y5CA 1E82E 5OZ2A 4Y37A 1HSHA 5P1SA 1W5XA 4Y51A 4Y4ZA 5P83A 3QRMA 2HC0A 4Z4XA 1GNOA 1J71A 5P6QA 5JFUA 5OZDA 5IVSA 1BXOA 5KOSA 1ZTZA 2P83A 5DR4A 1FKNA 2BPYA 5P4TA 1RL8A 5ISJA 3Q3TA 5E5KA 1OEXA 4D83A 5P8TA 5P2SA 5P0PA 5P1LA 4Y4DA 2WEDA 5P0HA 2F3EA 4YCYA 4FRKA 2ZHRA 3OHHA 3L59A 3VUCA 2WL0A 2G27A 5P7AA 5P35A 2J9KA 3VFAA 1ZPKA 3IXKA 1FLHA 5P7FA 4Z50A 5HDVA 1FGCC 3OQAA 3ZKNA 1AZ5A 5P7WA 3EM6A 4B1EA 1K6CA 2R43A 1B6MA 2HPFA 2QK5A 3GGXA 3R0YA 5P3LA 1FMBA 3L5CA 3UHLA 3UFLA 3K1WA 2I4VA 3IVHA 5P3VA 3PSUA 3IXOA 3T7XA 1FG6C 3ZPTA 2Q3KA 4HDFA 5P6FA 4Y4UA 4Y4BA 3GI4A 1RV7A 1GVWA 4D85A 3IAWA 5P71A 5HU0A 1GNMA 2VA6A 3PI5A 3OU4A 4PYVA 5OYQA 4LXAA 4Y4AA 2JYSA 5P4UA 5P4DA 1FG8C 4Y3YA 3R4BA 5P2OA 1FQ6A 4RRNA 4ZPFA 4Y5KA 3TLHA 1HHPA 5P4HA 4TRYA 5P3FA 3ZPUA 3KT2A 2QU2A 5OZSA 1HTFA 1FQ5A 1G6LA 2HAHA 3BUHA 4AMTA 1AAQA 5P84A 3KMYA 3PSGA 5P3MA 4QJ2A 5P64A 2IL2A 1Q9PA 4CPWA 5P3YA 3TL9A 5P6IA 2NR6A 4J1KA 5P48A 3G72A 2WKZA 5P04A 2AZ9A 4I0JA 1EC3A 1LV1A 5P7OA 3URJA 3IXJA 4GJ6A 3S43B 2P3CA 5P2FA 3EL4A 1MSMA 5P5LA 4D89A 5P75A 5HDZA 5P39A 2P3DA 4Y5AA 5P1UA 3BXSA 3VF7A 4FSEA 1SDTA 2F80A 5KR1A 5P08A 5P6TA 2V16C 3BGBA 1BILA 1DP5A 5P01A 5P72A 3MSJA 1D4JA 5P30A 3SA6A 3K4VC 1EPQE 1FIVA 1ME6A 2R9BA 3JVWA 2ANLA 4Y39A 1IBQA 5P45A 3LPIA 5OZPA 4Y5NA 5OZAA 5P7NA 1CPIA 2V12C 2V11C 1EC0A 4CPSA 3K5DA 1RQ9A 1K1TA 5P1CA 5T4SA 2R8NA 5P5MA 4FRIA 5I3YA 5P3WA 3UPJA 3IN4A 1ZSRA 5P0DA 3CKTA 5P0UA 4CPTA 2BPXA 5P05A 1IDAA 5P03A 3FNTA 1PFZA 3TOFA 1HIHA 4RVJA 4DUSA 5P24A 5P4JA 1W51A 1PSNA 3LZSA 1NPVA 1A30A 3SPKA 1D4YA 5P8LA 5P4YA 4Z2ZA 2QI5A 2PK6A 5P1JA 5P1YA 1FMXA 5P6VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AID A;  4KUP A;  1FB7 A;  5P2R A;  1EBZ A;  3SAC A;  1B5F A;  2ZJJ A;  1D4K A;  2CEM A;  5P0Q A;  1RPI A;  5P7T A;  5OZQ A;  3SA9 A;  5OZ5 A;  5OYY A;  2QMD A;  3GGV A;  1D4I A;  5OZ0 A;  1VIK A;  1HVK A;  3ZLQ A;  3NU3 A;  5OZB A;  2WF1 A;  3WZ8 A;  1SMR A;  6UPJ A;  3NDT A;  4Y3E A;  2QU3 A;  5P0R A;  5P34 A;  1B6J A;  5P0A A;  1W5Y A;  4FSL A;  4Y3H A;  1XS7 D;  4B72 A;  1ODY A;  4B77 A;  5OYR A;  3NDW A;  3TKG A;  5C9D A;  5P4Z A;  2WEB A;  4XX4 A;  5P0O A;  1E80 E;  3N4L A;  1XL2 A;  2PH6 A;  4Y43 A;  4H1E A;  2AOI A;  5TOL A;  1MSN A;  5B18 A;  5P5O A;  2QAK A;  4YD4 A;  5OZI A;  1FQ7 A;  4N00 A;  3NSH A;  4Y3Z A;  5P82 A;  5SXN A;  1HTR B;  3R0W A;  1ZLF A;  2AZ8 A;  1PPM E;  4LXK A;  3OOT A;  4CP7 A;  5P10 A;  4I10 A;  1FF0 C;  4I0E A;  4AA8 A;  3HZC A;  4NJV A;  3RTH A;  1MEU A;  3VV7 A;  2P4J A;  2Z54 A;  5P6A A;  3EL0 A;  1FMU A;  3H0B A;  5P15 A;  1EC1 A;  2REN A;  5P3T A;  5P38 A;  5P7S A;  5P2H A;  2B42 A;  2AOE A;  5P5K A;  2ZJH A;  3GI0 A;  1YTJ A;  2OHL A;  4QJ8 A;  5OZX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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