3OU1A

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rh/in hepta-peptide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MDR HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou1A00
2BPVA 3H5BA 5P43A 1YG9A 5OZ5A 5UPJA 5P4XA 4CKUA 1YTIA 4Q1XA 4FLGA 1DIFA 3R0WA 1GVXA 3I7EA 2BKTA 5JODA 3BC4A 5OYZA 3DCRA 4Z4XA 4J0PA 3OU4A 1LZQA 1KJ7A 3OUBA 3UDQA 2JJJA 1BDRA 2NNPA 1K6CA 3DM6A 2QNPA 3LIZA 3TNEA 1RPIA 4DPIA 4DJUA 4TVHA 5B18A 4Y4TA 4OC6B 3RVIA 5P0UA 3BVAA 4EXGA 5P3AA 1TSQA 1BVGA 3MXDA 4Y3PA 4GJCA 4U8WA 5P66A 3KFPA 2I4VA 4Y36A 1MSNA 2UY0A 4HDFA 4MC6A 1W5WA 2J9JB 1M0BA 3K5CA 5P0ZA 1HSGA 2ZHSA 1PSAA 3NDUA 3ZKQA 5OZUA 3EL9A 3OAGA 3PLLA 4FAFA 1AJVA 3GI4A 4L7JA 3D3TA 2WF0A 2QP8A 4E43A 5C9DA 2MIPA 2OHLA 5P4FA 2AVSA 5OZDA 5P58A 4B1EA 5P3ZA 4K4QA 1HSHA 5OZXA 3NDXA 5OZ2A 2QNNA 1AZ5A 5COKA 4I8ZA 5P04A 3UQPA 3NSHA 3INFA 1HVSA 1XE6A 3EKWA 1IVPA 4PZWA 2QZXA 2RMPA 1HRNA 5P2AA 1ZPAA 3MSKA 4YE3A 2G1RA 3QI1A 3BHEA 2QMGA 3GI5A 1HVKA 3KF0A 5OZ3A 5P7RA 4HVPA 5P2WA 5OZHA 1HWRA 2QI5A 4S1GA 4PEPA 5HE4A 2OF0A 5P6OA 5OYWA 4Q5MA 2VNNA 2CEMA 5HVPA 3ZPSA 2J9KA 5P13A 4R93A 1C6YA 1UH7A 5P8KA 4Y56A 5P4NA 2QD8A 2AOFA 1B6KA 3TPRA 3D20A 4WTUA 4LAPA 5OZ1A 3BRAA 4RVIA 3VSXA 5P3TA 2O4SA 5P1XA 3VFBA 4Y3NA 3UFNA 5P80A 5DQCA 4GJ8A 3BXSA 4Q1YA 1EC3A 2WF2A 2G22A 1B5FA 5P6XA 3H0BA 1ZSRA 4QGIA 1J71A 1IZDA 2ER6E 3QP0A 3ST5A 7HVPA 3K5GA 3OGPA 4DQCA 1HPVA 5F00A 3SO9A 5P64A 3QS1A 4MC1A 5P3QA 2WEZA 2FNTA 3RTNA 2G1NA 4DI2A 5P0AA 3A2OA 1IBQA 2JJIA 3QVIA 5P1HA 5P6QA 1N49A 4HDBA 5KR8A 3NUJA 3FNTA 3O9LA 4N00A 5OYTA 3SABA 4Y54A 3EKYA 3GGVA 4TRZA 5P15A 5KR0A 2G26A 1AM5A 2NMYA 5P3LA 5P6NA 4J1EA 3K5DA 3ZKNA 4JOOA 1OEXA 5C9FA 1W5YA 2WECA 4Y3EA 1B11A 5KQXA 3R1GB 4KE0A 5P2YA 3CIDA 2V10C 5P3MA 3ZMGA 5P5TA 1RNEA 2I0DA 1AJXA 1G35A 1YM2A 1ZSFA 3PM4A 3OHFA 1JLDA 5P81A 5F01A 5P0KA 5P5KA 3EL0A 3ER5E 4HE9A 4EWOA 4Y5PA 2PYNA 4R5NA 4Y48A 1OHRA 5AGZA 1B6MA 3LIQA 3EXOA 2QI3A 4DUSA 3QVCA 5IVSA 5P03A 4Y53A 4F76A 4ZSMA 5P6UA 3HVGA 3TKGA 1TW7A 3K5FA 5DGUA 4Y3GA 5P6PA 4YD4A 4J55A 3O99A 4Y3LA 5OZOA 3ZKIA 2ER9E 1QBUA 5P0SA 3UDHA 4I0ZA 1PPLE 1ME6A 1MUIA 4CPUA 3UDKA 3OGQA 2XFKA 3ZL7A 1FQ5A 4Y3JA 5P2OA 2Q11A 2VJ7A 2EWYA 5P0TA 4APEA 4BELA 3DUYA 3IA9A 1FF0C 5P4TA 1Z1RA 5P1RA 2G24A 5AH7A 1ZAPA 5P3EA 2I4UA 5HDUA 4B70A 4YD6A 3JVYA 5P3CA 2F81A 4CP7A 4NJVA 3APPA 4FM6A 2V00A 5HE7A 4NJUA 3OQ7A 3IXOA 3INHA 3KDBA 4DJRA 2R5PA 4EJKA 3UQWA 4GYEA 3QRSA 3VV8A 2VJ6A 5P4IA 4OBKA 1VIKA 4YA8A 5AHBA 3NR6A 1BVEA 5HCOA 1NPWA 1HVCA 3EKTA 2Q64A 3NWXA 1PPKE 5P8PA 3OQAA 1HVHA 3O9GA 1QBTA 4ZSQA 3CIBA 1T7JA 3S43B 4QLHA 5P2SA 5P1YA 5P5VA 5ER1E 1D4HA 5P3WA 3NDTA 5P1WA 1EBYA 3Q6YA 3O9IA 3RU1A 4YOAA 4J0ZA 3AIDA 3B80A 3OOZA 4LHHA 5DPZA 5P2QA 5P3UA 3D91A 4OD9A 5KQYA 1FB7A 3UTLA 4Y41A 2QU2A 1AVFA 5P3KA 1QBRA 3APRE 4QJ9A 3S53A 3S2OA 5P2KA 3RSXA 5OZ0A 5P2UA 3OXWA 5P52A 3S45A 5P0VA 4Y5AA 5P1MA 3PLDA 4YD5A 3URIA 3UF3A 6FIVA 3PWWA 2H6SA 3EM6A 1K1UA 6UPJA 1YTJA 4Y3TA 2FDDA 2QU3A 4I0HA 2QZWA 1XE5A 5P0JA 5P77A 2ASIA 2O40A 3PMYA 4JP9A 5P6GA 4LXKA 4Y57A 1GVWA 4PZXA 1BWBA 2Q3KA 3IXKA 3L5EA 1HBVA 3OQDA 4QJ7A 4Y5LA 1XDHA 5OZ7A 5P23A 3G6ZA 4L6BA 2BKSA 5OYUA 2Q54A 5P36A 4EJ8A 3VV7A 5P4LA 3VEUA 4WY6A 3RTHA 4J1CA 3I2LA 4R91A 5P6BA 2BPZA 4K8SA 5P3HA 3Q70A 3HLOA 2O4PA 4H3IA 2BPWA 2WEDA 4Y3QA 2G69A 2R38A 5P4WA 3EL5A 4U7VA 1UPJA 5P49A 4A6BA 4B00A 2ZE1A 4ER1E 5P05A 4Y3SA 2P8HA 3VF5A 4DJYA 3OU1A 2V13A 2QZKA 5P8RA 2OHUA 2QI0A 1GNNA 5P73A 5KAOA 3L58A 5P5SA 1T6GA 1OEWA 5P4PA 5P4AA 3FV3A 2BPXA 5E5KA 1EEDP 2PSVA 1C6ZA 4DQGA 5P6ZA 3KM4A 5P1TA 4ZIPA 1RQ9A 1LF3A 5P2NA 2PK5A 4J0YA 1W5VA 3GI6A 2QHZA 3QRMA 4AA9A 5ENMA 5P0OA 4H3GA 3NXEA 5P82A 2P3AA 1LYBB 5OZAA 5AH9A 3R0YA 4EHCA 2AIDA 2VNMA 5DR8A 4B72A 1DMPA 4GJAA 1U8GA 5BS4A 5P5OA 1EPOE 5OZRA 5P6JA 2OHSA 3EM4A 3L5FA 5SZ9A 3QBHA 2JYSA 1XS7D 1B6PA 4YCKA 5HCTA 5P0PA 5P6IA 3QROA 4J1HA 3SLZA 5P22A 4RYCA 5P00A 5P6EA 2AOJA 5P08A 5P7VA 5P6WA 5P2VA 2JE4A 5P2CA 1K2CA 2R43A 1LS5A 1FMBA 5IVTA 3U71A 3KYRA 4GJ7A 4I0GA 4OBJA 2PH6A 5P88A 3R2FA 1GNOA 5P2RA 1E82E 5P79A 3RSVA 2NTRA 4OBDA 2OHTA 1EC2A 3VF3A 3IN4A 4Y3YA 5P1IA 2Z54A 4TRYA 3EKXA 4Y3ZA 5P19A 1SDUA 1HXBA 5P7MA 4FL8A 1BXOA 5P5BA 5P4ZA 1E80E 2CENA 4OBZA 1META 2ZHUA 1MTRA 4Y3DA 3NU5A 2HB4A 3O9CA 2ZYEA 1K6PA 3OUDB 3QPJA 1APVE 2P3BA 5P0QA 5KOQA 4DQHA 5SY2A 2G27A 4F73A 3TPLA 1K2BA 2Q55A 3K1WA 1EAGA 4EPJA 5P5GA 4YBIA 1IVQA 2R3TA 4LXMA 4A6CA 3ZKXA 1PPME 4FCOA 5P8QA 9HVPA 1HVIA 5P3FA 1MIQA 5P2IA 3FNUA 1LEEA 4EJDA 4XX3A 5P3XA 1NPAA 4RYGA 1LYAA 3PGIA 4Y44A 4Y9WA 4B1CA 4EXHA 3ZPUA 3GGUA 4Y5MA 3GW5A 5P57A 1BIMA 5P3RA 5OZEA 1APUE 5COOA 3SA9A 2IGYA 2XYEA 3SACA 3EL4A 1M4HA 3EL1A 4XXSA 2WF3A 1TCXA 5P5ZA 2I1AA 1GVVA 1HSIA 1Q9PA 4JPCA 1BDLA 2PSUA 4Y4EA 1DAZC 2RKFA 5P38A 3URLA 4YOBA 4J17A 5OZVA 4DJWA 2AOEA 2AOCA 1QRPE 4QJ6A 2QI6A 4YDFA 5P4KA 3MSJA 5P84A 2F80A 3DV1A 2PWRA 4OBHA 3T11A 4DJVA 4Y3RA 3NUOA 5P7GA 2PSGA 4QJ8A 5P28A 2H6TA 2NXLA 3L5CA 3QBFA 3PWMA 4HA5A 4QJ2A 3UFLA 2VA6A 5P3NA 4IVTA 5P4OA 1SIPA 2QD7A 1LF2A 2B7ZA 5HE5A 5P8DA 4NJSA 1HTEA 5T4SA 4I11A 1GKTA 3KT5A 4I0IA 5P0HA 3MXEA 5P4JA 3VUCA 4OD9B 2AVVA 5I3XA 1D4KA 2FXDA 4L7HA 3NYGA 4EP3A 4I0DA 3AUPA 4I10A 5P3DA 5P54A 1BV9A 3LPKA 3QRVA 4Y4UA 5HD0A 4A4QA 1K6VA 3UQXA 5P26A 5FIVA 4DFGA 4EYRA 1FIVA 4DV9A 5P0YA 2ER0E 4FRIA 3UDPA 4BEKA 5P8VA 5KR2A 5P2HA 2WF1A 1XL2A 4Y3WA 3K4VA 3HDKA 3INDA 4Y45A 4Y5GA 2F3EA 5OYRA 3OUAA 4L1AA 5P68A 1TQFA 3PI0A 5P5UA 4HEGA 5P2ZA 4BFBA 3U6AA 2OHQA 1LYWB 2APRA 2VKMA 4Y3XA 2HS1A 3DK1A 2V12C 3I25A 3OADA 1BBSA 4JECA 5P0FA 4RVXA 3WZ7A 4BFDA 5OZGA 5OYQA 5P6YA 3DOXA 1EBWA 5P5YA 3T7QA 2XFJA 2ZJMA 4M8XA 4U7QA 3IGBA 2FIVA 5P6TA 5P17A 5P3YA 2WL0A 1HVJA 2WEAA 2WF4A 3GGXA 5BWYA 1OD1A 4YBFA 1HVRA 2OHKA 2PWCA 4Y4DA 4HDPA 2AVQA 3GI0A 5P0RA 4NKKA 4YHQA 3K4VC 3LZVA 4J54A 2QHYA 4K9HA 2AODA 1WKRA 2IKUA 3BVBA 3SKGA 3SA4A 5P51A 1UH9A 5P0DA 2RKGA 4K4PA 3JVWA 5P0XA 5KOSA 5P2FA 3UQUA 1FEJC 5P8UA 5C9BA 4FRJA 5P0EA 2XFIA 4R92A 2BPYA 3QIHA 5P4YA 5P18A 5P6RA 5HDVA 4Y37A 3OK9A 5P62A 1Z8CA 3UDRA 1SDTA 5P45A 3VG1A 1E81E 2O4KA 3L5DA 5P25A 5P85A 5P7KA 1QS8A 3SA3A 3SPKA 1SGUA 3UHLA 1ODWA 4RCDA 3M9FA 3GGAA 1XN3A 4RZ1A 3T3CA 3IN3A 2I4WA 5OZFA 4GJ5A 5P5MA 3PSYA 2WJOA 1FFIC 5IVQA 2ER7E 4Y4XA 5P3IA 1LF4A 2IL2A 2J9JA 1FMXA 1KJFA 4Y4BA 4YDGA 4K4RA 1C6XA 4Y50A 2AVMA 5JFUA 3O9FA 5HTZA 3IVIA 3KN0A 3VYDA 2G20A 5OZPA 3TH9A 5P1VA 2AOGA 5HDZA 2G21A 3OOTA 4ZPGA 1HIVA 3RTMA 1NPVA 1AXAA 1IZHA 5P20A 2F3FA 5P09A 1CZIE 1DP5A 4ZLSA 4DJPA 2IKOA 5P50A 3PCWA 5P4CA 4Q1NA 5DGWA 3C9XA 5DR4A 1NSOA 5P87A 3TOGA 3ZPTA 3EC0A 2NXDA 5P8MA 1EBZA 3UDNA 3VCMA 5P7ZA 5P7IA 1HEFE 2R9BA 3L38A 4RLDA 2WKZA 2VJ9A 1W5XA 1PROA 4Y4AA 3ZKMA 2A1EA 3HVPA 3IVHA 3ER3E 4OBZB 3L59A 1MVPA 5KR1A 1YTHA 1K6TA 3OU4B 3ZOVA 3PWRA 3IXJA 3SM2A 5P6KA 4I1CA 2QAKA 2R5QA 3PI5A 2ZJLA 5P8CA 5P1NA 2G94A 3PVKA 5KQFA 3HZCA 5P8HA 2ZDZA 5P61A 1YT9A 4CPWA 3PBZA 5P47A 5JG1A 5P0CA 4D89A 3UPJA 4KUPA 3SA8A 1GNMA 3PBDA 1MTBA 4GZFA 4FSLA 1LYAB 1FMUA 4D83A 3LIYA 5P2LA 2WEBA 2ZJHA 5IS4A 5P7DA 3T7XA 4Y5CA 1RV7A 2ZJKA 3B7VA 2Q15A 2A4FA 3FNSA 2HAHA 5OYXA 5P86A 3L5BA 2F8GA 1EPQE 1SBGA 3LZSA 3NU3A 1MT9A 1T6EX 4DQEA 5P48A 1W6HA 4YCYA 1M43A 2V11C 3VLAA 3OAGB 4MC9A 5OZ4A 2FGVA 2IRZA 3TKWA 4ZPFA 2O4NA 5OZZA 5AHAA 2ZJNA 3BUGA 1MT8A 2QHCA 1SH9A 3KT2A 4AZYA 2BQVA 3ZKGA 4DJOA 1IDAA 1E5OE 3O9DA 5P70A 5P4HA 3S54A 2AVOA 5P8EA 5OZNA 5P4VA 1BILA 4UPJA 4CPXA 2PYMA 1MPPA 1HHPA 5SXNA 3PSGA 3TPPA 3D1YA 4FM8A 3PCZA 5DQ4A 5P4UA 5P30A 5PEPA 1EPPE 4RVJA 5P24A 2VA5A 5HU0A 5P1UA 3D1ZA 5P11A 3G70A 1ER8E 1LV1A 5P7SA 3BGBA 5P7WA 3JW2A 5COPA 1ZLFA 1IZEA 2Q5KA 5P34A 5I70A 1KJHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BPV A;  3H5B A;  5P43 A;  1YG9 A;  5OZ5 A;  5UPJ A;  5P4X A;  4CKU A;  1YTI A;  4Q1X A;  4FLG A;  1DIF A;  3R0W A;  1GVX A;  3I7E A;  2BKT A;  5JOD A;  3BC4 A;  5OYZ A;  3DCR A;  4Z4X A;  4J0P A;  3OU4 A;  1LZQ A;  1KJ7 A;  3OUB A;  3UDQ A;  2JJJ A;  1BDR A;  2NNP A;  1K6C A;  3DM6 A;  2QNP A;  3LIZ A;  3TNE A;  1RPI A;  4DPI A;  4DJU A;  4TVH A;  5B18 A;  4Y4T A;  4OC6 B;  3RVI A;  5P0U A;  3BVA A;  4EXG A;  5P3A A;  1TSQ A;  1BVG A;  3MXD A;  4Y3P A;  4GJC A;  4U8W A;  5P66 A;  3KFP A;  2I4V A;  4Y36 A;  1MSN A;  2UY0 A;  4HDF A;  4MC6 A;  1W5W A;  2J9J B;  1M0B A;  3K5C A;  5P0Z A;  1HSG A;  2ZHS A;  1PSA A;  3NDU A;  3ZKQ A;  5OZU A;  3EL9 A;  3OAG A;  3PLL A;  4FAF A;  1AJV A;  3GI4 A;  4L7J A;  3D3T A;  2WF0 A;  2QP8 A;  4E43 A;  5C9D A;  2MIP A;  2OHL A;  5P4F A;  2AVS A;  5OZD A;  5P58 A;  4B1E A;  5P3Z A;  4K4Q A;  1HSH A;  5OZX A;  3NDX A;  5OZ2 A;  2QNN A;  1AZ5 A;  5COK A;  4I8Z A;  5P04 A;  3UQP A;  3NSH A;  3INF A;  1HVS A;  1XE6 A;  3EKW A;  1IVP A;  4PZW A;  2QZX A;  2RMP A;  1HRN A;  5P2A A;  1ZPA A;  3MSK A;  4YE3 A;  2G1R A;  3QI1 A;  3BHE A;  2QMG A;  3GI5 A;  1HVK A;  3KF0 A;  5OZ3 A;  5P7R A;  4HVP A;  5P2W A;  5OZH A;  1HWR A;  2QI5 A;  4S1G A;  4PEP A;  5HE4 A;  2OF0 A;  5P6O A;  5OYW A;  4Q5M A;  2VNN A;  2CEM A;  5HVP A;  3ZPS A;  2J9K A;  5P13 A;  4R93 A;  1C6Y A;  1UH7 A;  5P8K A;  4Y56 A;  5P4N A;  2QD8 A;  2AOF A;  1B6K A;  3TPR A;  3D20 A;  4WTU A;  4LAP A;  5OZ1 A;  3BRA A;  4RVI A;  3VSX A;  5P3T A;  2O4S A;  5P1X A;  3VFB A;  4Y3N A;  3UFN A;  5P80 A;  5DQC A;  4GJ8 A;  3BXS A;  4Q1Y A;  1EC3 A;  2WF2 A;  2G22 A;  1B5F A;  5P6X A;  3H0B A;  1ZSR A;  4QGI A;  1J71 A;  1IZD A;  2ER6 E;  3QP0 A;  3ST5 A;  7HVP A;  3K5G A;  3OGP A;  4DQC A;  1HPV A;  5F00 A;  3SO9 A;  5P64 A;  3QS1 A;  4MC1 A;  5P3Q A;  2WEZ A;  2FNT A;  3RTN A;  2G1N A;  4DI2 A;  5P0A A;  3A2O A;  1IBQ A;  2JJI A;  3QVI A;  5P1H A;  5P6Q A;  1N49 A;  4HDB A;  5KR8 A;  3NUJ A;  3FNT A;  3O9L A;  4N00 A;  5OYT A;  3SAB A;  4Y54 A;  3EKY A;  3GGV A;  4TRZ A;  5P15 A;  5KR0 A;  2G26 A; 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 3APP A;  4FM6 A;  2V00 A;  5HE7 A;  4NJU A;  3OQ7 A;  3IXO A;  3INH A;  3KDB A;  4DJR A;  2R5P A;  4EJK A;  3UQW A;  4GYE A;  3QRS A;  3VV8 A;  2VJ6 A;  5P4I A;  4OBK A;  1VIK A;  4YA8 A;  5AHB A;  3NR6 A;  1BVE A;  5HCO A;  1NPW A;  1HVC A;  3EKT A;  2Q64 A;  3NWX A;  1PPK E;  5P8P A;  3OQA A;  1HVH A;  3O9G A;  1QBT A;  4ZSQ A;  3CIB A;  1T7J A;  3S43 B;  4QLH A;  5P2S A;  5P1Y A;  5P5V A;  5ER1 E;  1D4H A;  5P3W A;  3NDT A;  5P1W A;  1EBY A;  3Q6Y A;  3O9I A;  3RU1 A;  4YOA A;  4J0Z A;  3AID A;  3B80 A;  3OOZ A;  4LHH A;  5DPZ A;  5P2Q A;  5P3U A;  3D91 A;  4OD9 A;  5KQY A;  1FB7 A;  3UTL A;  4Y41 A;  2QU2 A;  1AVF A;  5P3K A;  1QBR A;  3APR E;  4QJ9 A;  3S53 A;  3S2O A;  5P2K A;  3RSX A;  5OZ0 A;  5P2U A;  3OXW A;  5P52 A;  3S45 A;  5P0V A;  4Y5A A;  5P1M A;  3PLD A;  4YD5 A;  3URI A;  3UF3 A;  6FIV A;  3PWW A;  2H6S A;  3EM6 A;  1K1U A;  6UPJ A;  1YTJ A;  4Y3T A;  2FDD A;  2QU3 A;  4I0H A;  2QZW A;  1XE5 A;  5P0J A;  5P77 A;  2ASI A;  2O40 A;  3PMY A;  4JP9 A;  5P6G A;  4LXK A;  4Y57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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