3OU1B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rh/in hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MDR HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou1B00
1TSQA 5P2LA 3NU3A 3PMYA 3PLLA 5P1MA 5P63A 4I0EA 4HDFA 2ZYEA 4ZPFA 2R5PA 2XFKA 3TKWA 3S43B 3QRVA 5P04A 1BVEA 4LC7A 5P0ZA 1MEUA 4AA8A 4L7HA 1NPVA 2G1NA 2VIZA 5P2GA 5P4RA 2ZHRA 3H0BA 4RZ1A 3ZLQA 5IVSA 3UDKA 4DQFA 2NMYA 1FQ8A 3PWRA 1T7IA 3IAWA 4H3FA 2HB2A 5AHBA 3URLA 5P4VA 5C9DA 3VG1A 4DJQA 2ZHSA 1APVE 2WEDA 2QI1A 2G1YA 2IEOA 5SY2A 4FRKA 3L5EA 5P11A 4JPEA 5P4EA 3JW2A 1FKNA 2Q11A 3UDJA 4Y3XA 5OZVA 2EWYA 5I3YA 2OHKA 1IZHA 5P7UA 1EC2A 3S2OA 3OWNA 4Y3FA 3VV8A 3ZPSA 2ZHUA 4HEGA 5P2JA 5P50A 5ENMA 3LPKA 5P7NA 5C9FA 3OQDA 2XYEA 3SA6A 5P13A 3N4LA 5P61A 1AVFA 1GNMA 1FIVA 4PZWA 3OXCA 5P6MA 4GJ6A 4RLDA 4DJPA 5P5RA 4LP9A 3UFNA 3UDQA 1HVKA 2JJIA 2G1SA 4Y45A 3O9GA 5P3MA 5P3UA 9HVPA 3UDNA 4EQJA 2QU2A 4H3JA 1EC3A 2ZGAA 3I7EA 4Y58A 3ZKMA 5P8TA 1HSHA 2XFIA 4DQCA 4PYVA 4I0HA 1D4JA 5P0GA 2QU3A 4APRE 2ER6E 3SACA 1HVLA 4Q1YA 5P2IA 5P5HA 3UCBA 3UTLA 2H6SA 1EPQE 5P8MA 3OAGB 3QRSA 2AVMA 5ISJA 1QBUA 4EWOA 1MERA 1PSNA 5HE5A 2O4SA 2WEBA 1KZKA 2B8VA 3OTYA 2BQVA 5P8KA 1GVXA 5P7JA 1LF3A 3O9EA 5P6GA 1K6TA 5IVRA 4HZTA 5P1UA 3Q6YA 2AVSA 5HU1A 2IGXA 5P47A 1HOSA 3BHEA 3I25A 3MSKA 4YCTA 5P6XA 5HDUA 2G21A 5OZIA 4D88A 5P6HA 4D8CA 3GI4A 3UQPA 4L7GA 5P86A 4WY1A 2FGVA 5P7ZA 2VJ6A 5P4DA 3PWWA 5P41A 2PH8A 2B60A 4Y57A 5P4YA 4NPUA 1RL8A 5P20A 1BDLA 2F3EA 4DPIA 4LXMA 5OZEA 1W51A 5P8GA 2G1RA 4I0GA 3BRAA 3EL0A 4Y9WA 3QPJA 4PPHA 5ENKA 3HVGA 3R2FA 5KAOA 4DJOA 2QHYA 3VF7A 2UY0A 3OU3A 3T7QA 1K2CA 1G6LA 5P0VA 5P05A 2BKTA 5P3TA 5P30A 3LNKA 3LITA 3CKTA 5P48A 1M43A 5P07A 4FSEA 3FNUA 4RCFA 3VFAA 5P1EA 5P8RA 1YTJA 4Q1XA 1HVRA 2WJOA 1HWRA 3OUAA 2JYSA 4WTUA 1D4HA 3ZMGA 5P81A 2P83A 3DCRA 4ACXA 2NXDA 1EPRE 4ZE6A 1MPPA 4YOBA 4Y48A 3OU1A 2NNKA 5P79A 2HPFA 3FX5A 5P5OA 5COKA 3OQ7A 1ODXA 5P84A 5OYQA 5P1WA 5P7RA 3PI0A 1T3RA 4J0VA 5P2VA 3LIQA 3UHLA 5P8IA 2AIDA 5P1PA 3PM4A 4GJCA 4FLGA 2O4KA 4K4RA 4Y5EA 5P0EA 5P00A 5P4IA 5T4SA 1MTBA 2H6TA 3Q70A 5PEPA 3TPJA 2I0AA 3LZVA 1DP5A 5P58A 4GB2A 1N49A 5P0JA 3FNTA 5P4FA 1TSUA 1FB7A 1UH7A 3GW5A 4OBZB 2FDPA 5P2SA 5DR3A 5P0PA 2IGYA 5P19A 4TVGA 3RTHA 2I4DA 5P77A 4Y5NA 3INEA 4J0YA 1DPJA 1MT7A 2G94A 4LBTA 4DFGA 5P5VA 5HDZA 4NJVA 3WB4A 1IDBA 1B6PA 3Q5HA 5P6LA 2AOFA 5P6CA 4Y41A 2IENA 4Z22A 5P7QA 3QROA 4B77A 2V11C 1QBTA 5P42A 2HPEA 1F34A 1UPJA 3HAWA 2ZJJA 1HVSA 5I3XA 4Y44A 5HD0A 3NU6A 4RGHA 1WBKA 3A2OA 1EPOE 3EKYA 5OZWA 3O9LA 4OBFA 4LXKA 2QMGA 2VA7A 5P43A 4Q1WA 4FRJA 3NUJA 4ZPEA 4B1DA 1HPXA 4YD7A 3FSMA 3NSHA 3VCMA 1YM2A 5P5NA 1XE6A 5P3NA 5P76A 5P09A 3S54A 2WEZA 3DOXA 3D91A 5P8JA 1K6PA 4I0JA 3OQKA 3WB5A 3EC0A 5P59A 4Y3YA 5P5CA 1FMXA 3UDYA 4RRNA 1SP5A 4Y4JA 2PWCA 2G22A 2OHQA 3K5CA 3KDDA 2JJJA 3L3AA 5P0NA 3TPPA 1IIQA 5P7EA 1EAGA 4B1CA 4DQBA 1MSMA 5DPZA 2P3CA 1LYWA 5P64A 5SXNA 1SIVA 1HIIA 1LZQA 1XN3A 4TRZA 5P7WA 5P4OA 3ZL7A 3SO9A 5OZGA 4FRSA 1U8GA 5P5MA 3SA3A 4TRYA 5P25A 5ER2E 3M9FA 2BBBA 1MT9A 4U7VA 4DQGA 1SBGA 2FS4A 1MTRA 5P65A 5P6PA 4FS4A 2JE4A 5P70A 5SZ9A 3WZ8A 3RSXA 3URIA 1E80E 4DH6A 3CKRA 4KE0A 4ZIPA 3RTNA 5P8BA 1ENTE 1C70A 4HLAA 3O9HA 5P5PA 3O9CA 4HDPA 2QHZA 3D1ZA 3TKGA 3PGIA 3R4BA 5P6ZA 3OAGA 3WZ6A 4Y4AA 1MESA 4Y3DA 1ZSFA 3TTPA 1J71A 3UQUA 5P74A 5P8AA 3Q4BA 5P3IA 5P6DA 3HW1A 3GI0A 4FAFA 4Y4DA 5P6KA 3LPIA 3ZKSA 2WF2A 1K1UA 2AOIA 3KYRA 4RVJA 1YT9A 4N00A 3U7SA 5P4HA 5P3YA 4OBKA 3HBOA 1SGZA 4I10A 3RSVA 5OYRA 1IZDA 5P7PA 5P6TA 1FG6C 4NKKA 3KN0A 4I0IA 2AZ8A 5P55A 2R8NA 5OZPA 2PK5A 1LF2A 3BUGA 4FIVA 2IKUA 5P80A 5OZNA 3EKWA 2VA5A 3MXDA 3UQWA 5OYVA 4Y5GA 4H1EA 2FDDA 3CIBA 4QGIA 3SKGA 1QBSA 4KE1A 4K8SA 5CONA 3U6AA 5OZUA 3FNSA 4YA8A 2BPZA 3OOTA 2AZ9A 4TRWA 4Y3EA 2ANLA 3VYDA 1D4LA 3Q3TA 5OYWA 3SQFA 3IXJA 4B78A 4YD6A 5KR2A 3S85A 5EZXA 5KQXA 3LHGA 5P3BA 3OK9A 1TCWA 2VS2A 4QLHA 3LIYA 3OY4A 3UDHA 5E5KA 1TZSA 5P31A 1W5XA 3D1XA 5P4BA 1BXQA 1GVUA 3EKXA 5P01A 3TH9A 4Y3WA 4Y3PA 2Q3KA 5P68A 3GGAA 2HIZA 3RVIA 1A9MA 4Z2ZA 2HM1A 1W50A 3KT5A 5P2OA 5OYZA 5P3LA 4CPSA 3PWMA 2Q15A 2QNPA 2AOCA 3I6OA 4R5NA 3PEPA 5P5FA 1MVPA 3TPRA 5KQFA 1VIKA 4OBZA 5P1TA 3UDMA 4PHVA 3UQRA 2BKSA 4JP9A 3D20A 5OZ1A 5P28A 2B42A 2WKZA 5P45A 2IDWA 5P0FA 5P27A 4Y35A 4GMIA 4EPJA 1SDUA 3TOGA 1LV1A 4Q5MA 1M0BA 3NU9A 1YX9A 5P7CA 5P8DA 3EXOA 5P4KA 1NPWA 2PYNA 5P7AA 1YG9A 3GI5A 5P67A 4DPFA 1K6CA 3NDXA 4B05A 4EP3A 5P7OA 1B6KA 2Q55A 1G35A 5P1BA 5P5LA 4Y3JA 3FKTA 4ZEAA 5OZ0A 5DGUA 1EEDP 1G0VA 1GVTA 4AUCA 3CIDA 4M8XA 5OZZA 2G26A 1LYWB 5P14A 1LYAB 3K5DA 2ZJIA 3UF3A 3LINA 5P3DA 3VF3A 5P6WA 4Y3HA 1XDHA 1APWE 1HSIA 5P24A 5P35A 1BBSA 5COOA 3SA8A 5OZ9A 5P7VA 5P8UA 3SA7A 1A8KA 2PSGA 4Y6MA 3D3TA 1VIJA 2NXMA 5P26A 3EKVA 4CP7A 2PQZA 1XS7D 2IQGA 5P4LA 5P0YA 4K4PA 1FLHA 4BEKA 3NWXA 1BILA 2AVOA 3PB5A 4Y43A 5P3FA 5P5ZA 5P44A 1SMRA 3ER5E 2AOHA 3CMSA 5P1NA 5P0CA 3IVIA 3O9BA 4D85A 1IVQA 1B6MA 2HB3A 2FNSA 4J0ZA 1OEXA 4IVSA 2V12C 1ZAPA 3IXOA 4Y4UA 4X2LA 1QRPE 3CYWA 2RSPA 1APUE 1CPIA 2QK5A 3OXXA 3OADB 3B80A 3HZCA 5F00A 4M8YA 5OYTA 5OZ3A 3NU5A 3EL9A 3VV6A 3PCZA 5P7SA 4ZSQA 1APTE 2Q64A 3VF5A 4QJ7A 2G24A 5P0QA 4EYRA 4JPCA 5P0OA 2O4NA 1ODWA 5P2WA 3OU4B 1K1TA 4YD4A 4GZFA 1D4SA 5P7TA 3I2LA 3VSWA 1SMEA 4RYGA 7HVPA 4Y4TA 5OZSA 4FM6A 2IS0A 2WECA 4LL3A 1HBVA 4CMSA 5P3ZA 1A8GA 4LHHA 3NDUA 4Z50A 2P4JA 1T7KA 5OZBA 1T7JA 4U8WA 1FQ4A 4Y47A 4Q1NA 5P4MA 3PHVA 2WF4A 5P39A 5P38A 5DR0A 1AXAA 5I70A 1YM4A 1B5FB 5P7DA 5P3XA 5B18A 4DJXA 5DGWA 1BDRA 1C6ZA 3SLZA 5P4AA 3VYEA 5P02A 5P88A 3L59A 3UDRA 3C9XA 3ZPTA 5P03A 3QVIA 4GJ5A 5P8QA 2BPWA 4F73A 2ZJLA 1PPME 5P1GA 5P3GA 1PROA 3VUCA 4ZSMA 4R8YA 4CPXA 1ODYA 4DV9A 2FLEA 1RQ9A 3S7MA 5P0KA 3QBHA 3PLDA 4NJSA 4FAEA 3UPJA 4CPQA 2F8GA 4ZPGA 1F7AA 3GGVA 5P6UA 3TOFA 5OZKA 4B0QA 5P1FA 3RTMA 2FXEA 1GVWA 3PVKA 2QI3A 2OHMA 2FDEA 5P5TA 4LXAA 3TL9A 5P0SA 1EPME 4YDGA 5P1VA 5P4GA 2OHNA 1FG8C 5OZXA 5JODA 4D89A 2Q5KA 5IVQA 2OHRA 1LYBB 2PK6A 5P1XA 3GGXA 3SKFA 1GVVA 4DQEA 3ZKXA 5P12A 3SFCA 1SH9A 4J1HA 4DUSA 3NYGA 4FL8A 3OUDB 1TCXA 2BJUA 4ACUA 1W5WA 2OHPA 3VEUA 2VJ9A 2Z4OA 4I12A 2VJ7A 3ECGA 3PJ6A 3NWQA 3IGBA 3AUPA 3QP0A 4CPWA 2IL2A 3UFLA 5P2XA 3K1WA 5P0AA 3LPJA 1BIMA 4GJ8A 1HRNA 1ZJ7A 3MWSA 5CLMA 5DQ1A 2R9BA 5P34A 4CPUA 1D4KA 2F81A 3LZUA 4B00A 1WBMA 2OHTA 3ER3E 3BVBA 3IA9A 3QRMA 4NJUA 3EMYA 5P1KA 1ZPKA 1MRWA 5P0RA 3R1GB 2OHLA 1FEJC 5OZMA 4Y4BA 2QD6A 2NR6A 3HLOA 2HAHA 5P82A 4A6BA 4RVIA 5KR8A 5P57A 4EQ0A 2QNQA 1UH9A 4OD9B 5P5EA 4DVFA 5BS4A 1NH0A 2R5QA 5OZRA 5P83A 4HE9A 5DR8A 2B8LA 3KFPA 5P0HA 4J1EA 2ZJHA 1FFFC 2G20A 4RYCA 5P1IA 1W6HA 4EJ8A 3L5CA 5P2TA 5P8SA 1WKRA 5OZ7A 4YD3A 1HVCA 4EXGA 1SDVA 4K9HA 4EHCA 2OAHA 1EBKC 1HPOA 3EL1A 5P2HA 1PFZA 1LYAA 1D4YA 1KJ4A 3EM4A 4E43A 3DCKA 5P10A 1ZLFA 2RKGA 3LZYA 5SY3A 3G6ZA 2O4LA 2FNTA 5OZAA 3T6IA 1AIDA 4DQHA 3APPA 5HE4A 3T7XA 1EPLE 4DJUA 1YTGA 1QS8A 3IN4A 4Y37A 2FXDA 5P85A 5AH7A 3T11A 3PRSA 3KM4A 4BELA 2AZBA 5P7MA 4EXHA 5ISKA 3CYXA 2VKMA 5KR1A 3PI5A 4JOOA 2VIJA 2P3AA 4Y3LA 3KA2A 2VA6A 2OHSA 5P3OA 5P23A 2HC0A 3GI6A 4OC6B 2RENA 2ZJMA 1B6JA 5P6SA 1EC0A 3OQAA 3PBZA 5P3SA 2WF0A 3OUCA 5AHAA 5P2UA 3PSGA 2OF0A 4X7IA 2QI6A 5P69A 2O40A 5P4NA 1DMPA 3SA5A 1ZTZA 3EKPA 1K6VA 2ZE1A 5BRYA 3O9AA 6APRE 5P1JA 2P3DA 3OADA 4J1FA 3JVWA 2B7FA 5P8CA 5P6EA 4F75A 2I4XA 4Y4XA 3F9QA 4MC1A 3SA4A 5P6FA 2QD7A 5P46A 4J1IA 1FF0C 4YCKA 2QI0A 4GJ7A 2Q54A 5P60A 1BWAA 5HE7A 5P18A 3BGBA 5P3QA 5F01A 1PSAA 3QN8A 3N3IA 5P7GA 1DW6C 4FSLA 1W6IA 5P0LA 8HVPA 5P4TA 3OU4A 4Y4EA 5P5KA 2AZCA 4FE6A 4I0ZA 1FQ6A 4RROA 5OYUA 3LIXA 3CKPA 5OYSA 2QI7A 4QJ8A 3L5FA 4QJ2A 1XN2A 4BFDA 5OZDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TSQ A;  5P2L A;  3NU3 A;  3PMY A;  3PLL A;  5P1M A;  5P63 A;  4I0E A;  4HDF A;  2ZYE A;  4ZPF A;  2R5P A;  2XFK A;  3TKW A;  3S43 B;  3QRV A;  5P04 A;  1BVE A;  4LC7 A;  5P0Z A;  1MEU A;  4AA8 A;  4L7H A;  1NPV A;  2G1N A;  2VIZ A;  5P2G A;  5P4R A;  2ZHR A;  3H0B A;  4RZ1 A;  3ZLQ A;  5IVS A;  3UDK A;  4DQF A;  2NMY A;  1FQ8 A;  3PWR A;  1T7I A;  3IAW A;  4H3F A;  2HB2 A;  5AHB A;  3URL A;  5P4V A;  5C9D A;  3VG1 A;  4DJQ A;  2ZHS A;  1APV E;  2WED A;  2QI1 A;  2G1Y A;  2IEO A;  5SY2 A;  4FRK A;  3L5E A;  5P11 A;  4JPE A;  5P4E A;  3JW2 A;  1FKN A;  2Q11 A;  3UDJ A;  4Y3X A;  5OZV A;  2EWY A;  5I3Y A;  2OHK A;  1IZH A;  5P7U A;  1EC2 A;  3S2O A;  3OWN A;  4Y3F A;  3VV8 A;  3ZPS A;  2ZHU A;  4HEG A;  5P2J A;  5P50 A;  5ENM A;  3LPK A;  5P7N A;  5C9F A;  3OQD A;  2XYE A;  3SA6 A;  5P13 A;  3N4L A;  5P61 A;  1AVF A;  1GNM A;  1FIV A;  4PZW A;  3OXC A;  5P6M A;  4GJ6 A;  4RLD A;  4DJP A;  5P5R A;  4LP9 A;  3UFN A;  3UDQ A;  1HVK A;  2JJI A;  2G1S A;  4Y45 A;  3O9G A;  5P3M A;  5P3U A;  9HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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