3OU3A

Mdr769 hiv-1 protease complexed with pr/rt hepta-peptide
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV5 (65-68)S5 (54-66)TIV2 (14-17)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)TVIII1 (80-83)S4 (42-47)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou3A00
1MVPA 5P64A 5P1OA 2QHYA 5J25A 3HAWA 5P8HA 2PC0A 2HS2A 4R91A 3K4VA 2VIJA 1FQ8A 4B05A 1HVSA 5P1LA 4UPJA 5P3OA 3G6ZA 1APTE 5HU0A 5P5BA 5P7KA 5P8FA 4J1EA 3NU4A 5P5CA 3KT5A 3LPJA 2WEDA 1PFZA 5I3YA 2OHQA 4Y47A 4TVHA 3N4LA 5P2XA 1HPVA 5P8UA 2O40A 4RCDA 1B6PA 5P3VA 2RSPA 1BXQA 4PEPA 3ZMGA 3OHFA 4CPUA 2I4UA 5P8GA 1EC0A 5P7VA 2O4KA 4Y5CA 1FG8C 1CZIE 2R43A 2V16C 3OXCA 1ODYA 4LAPA 1OEXA 1U8GA 3IXKA 1B6MA 4KE0A 4K9HA 5P51A 1UH9A 3CIBA 4Q1WA 5P0OA 5OZUA 2G69A 2G22A 2H6SA 5P6FA 3OADB 2ER6E 3RSXA 4EJKA 1GVUA 1YX9A 4OBGA 5P7TA 3PHVA 4FIVA 2P3BB 3QI1A 4Y3TA 3HAUA 3UHLA 1OEWA 5P1IA 4MC9A 4J0ZA 4R92A 1SMRA 5P60A 3LIZA 1OD1A 3NU6A 5P0ZA 3OTYA 2J9KA 5OYQA 3CKTA 1MT8A 4Y3MA 1EBWA 3T11A 1TW7A 4QLHA 1W5WA 5P5PA 4GJ9A 3TPLA 3L5BA 3VFAA 3EM6A 5F01A 5P10A 3SLZA 5P50A 2QMGA 3DJKA 2WF1A 1B5FA 3RSVA 4NPUA 5COKA 3OUAA 4GJ5A 2QCIA 5P7RA 3QBHA 2ZHVA 3BUHA 4Y35A 5OYTA 5P84A 4Y4TA 3L3AA 1APWE 4TVGA 3QVCA 2BJUA 3EKQA 3O9IA 2QU2A 3GI4A 2OHMA 2MIPA 3O9BA 2B7FA 3ZLQA 3ZKSA 2OHNA 5P6AA 1HPSA 4K8SA 3Q5HA 1ZAPA 2ER7E 5P8NA 1G6LA 1E81E 5P6VA 1FF0C 4YBFA 2ZJJA 1B6LA 5P35A 1EPQE 2OAHA 3QRMA 3L59A 4A6BA 5P2VA 4OD9A 3PSUA 1JLDA 4JP9A 5OYWA 2QMFA 4Y56A 3LZSA 2BBBA 3VF7A 1HVLA 3EL1A 3TH9A 4TRYA 4U7QA 5P7CA 4RRNA 2BB9A 4I0ZA 3NU9A 3WZ6A 5P1UA 3CKPA 2G94A 3G70A 3OOZA 3PMUA 4AA8A 4CP7A 1G0VA 4WY6A 4OBFA 5P7NA 1IVPA 4Y3PA 1BWAA 5P0MA 3EMYA 3FNUA 4ZPEA 5P3HA 3APRE 2VKMA 3FIVA 5OZJA 4L1AB 4DJUA 3VCMA 5P2HA 3KF0A 1HTRB 5P6KA 3FSMA 2FGVA 5HDUA 2RKFA 1HTGA 5P59A 4DH6A 2F3FA 5P1BA 4XXSA 4DI2A 4Y4EA 5DR0A 4Y6MA 5OZAA 2NTRA 1F7AA 5P2RA 3T3CA 3VV8A 2BKSA 3ZKIA 2HC0A 2PSUA 5F00A 5E5KA 4I0EA 3G72A 5P62A 1SIVA 3UQUA 5P46A 4CPXA 3FNSA 1FFFC 5P6RA 1M4HA 2AVMA 1GNMA 5P1WA 5OYSA 2QZWA 3UDYA 3UDJA 5OZRA 3B80A 1IDBA 4LXKA 2RMPA 2ANLA 4HDFA 5DQ4A 3LHGA 5P57A 1HTFA 4CPWA 4EP2A 4DJVA 2QMDA 2P83A 2IKUA 5P2ZA 2OHSA 4U7VA 1KJ7A 4EPJA 1EC1A 4J1FA 3RU1A 1MESA 4LL3A 3EKWA 5P8VA 5P6TA 3K5CA 4R5NA 2RENA 5JG1A 3QS1A 1BDQA 5P0AA 1FLHA 5JFPA 1HPXA 3OU4B 1DW6C 4HDBA 5P7IA 3D1XA 5P0TA 5SY3A 2VA6A 4Y38A 3FKTA 3R0YA 3SFCA 5P3QA 3SA5A 2Q15A 1K1UA 2AOJA 3RVIA 5P2IA 5P00A 1HWRA 1DMPA 5OYZA 4B0QA 1EBYA 4FM6A 5KR0A 3H5BA 5P7YA 2ZHRA 2OHUA 5OZ5A 3SAAA 4I0GA 2XFIA 4RCEA 3LZUA 3UTLA 4FCOA 2ER9E 1B11A 2PWCA 2PQZA 2V00A 5P0DA 1HIHA 3A2OA 3OQ7A 3EBZA 2R5PA 3QPJA 5SZ9A 5BS4A 2WF0A 1IZEA 5P3DA 5P55A 1MSMA 2F81A 5HU1A 1KJGA 3U7SA 4Y5MA 4Y3GA 1TCWA 4LBTA 4TRWA 1B6KA 1RQ9A 4Y3AA 4J1IA 1A8GA 1EPNE 4EJLA 1YTHA 4JPCA 2VIZA 5OZEA 1FGCC 4OBHA 4DJWA 3GI0A 5OZQA 5P5EA 3VYFA 4K4PA 5P8OA 5P8PA 4YHQA 1D4LA 1LEEA 3AIDA 1EBZA 5P14A 3OXVA 5P6GA 5P6DA 3ECGA 2VJ7A 5P73A 3TOGA 2QNNA 3SA6A 4I12A 2PH6A 3UDKA 5P8SA 5T4SA 3CICA 3INFA 1UH7A 4R95A 4Y4AA 5P54A 1APVE 5P5WA 3CIDA 1DP5A 4RCFA 4RYCA 2JJJA 3NDTA 4FM7A 5OZLA 1LYWA 1FQ5A 5CLMA 5P13A 3OU1A 5P22A 2QP8A 3I25A 5P4QA 4I11A 3D20A 5P4IA 7HVPA 5P75A 1G35A 1FQ7A 3SA3A 3NYGA 3EL4A 5OZOA 5P1CA 2HPFA 4Y3XA 5P2BA 3ZKNA 2AZ8A 4Y3EA 3UQWA 5OZFA 1ENTE 2AOIA 2G1NA 6UPJA 1FQ6A 1HEFE 4M8YA 4Y4WA 3U6AA 5OZHA 3TKGA 4Y5KA 5E5JA 5P7OA 3CYXA 5P0UA 4GZFA 1APUE 5P2KA 3D1YA 4GIDA 1PSOE 3JVYA 4Y5NA 1T7KA 5COPA 3TPJA 4DPFA 2HB2A 1ZP8A 4DQFA 4EJ8A 4Y5AA 5HDXA 5P4JA 4AZYA 5P2YA 5P5QA 3SA4A 3L5DA 4DUSA 3L5EA 3T7XA 1BILA 5P1AA 2ZJLA 3SM2A 3BRAA 1QBSA 1A30A 1BAIA 3OHHA 5P39A 5P3WA 4OC6B 1NPAA 3NUOA 5BWYA 1QDMA 1EC3A 1Q9PA 1BWBA 4U8WA 3R0WA 4EJDA 1LYAB 1HTEA 5P20A 4Y3LA 4EXHA 4YCTA 4I8ZA 4FRIA 5DQCA 1TZSA 1SP5A 5HCOA 1MEUA 3TOHA 4QGIA 5P04A 3IN4A 3MXDA 2SAMA 3PCWA 5P3GA 3VYEA 5P1NA 4BEKA 2IEOA 1MERA 5P7LA 2Z54A 2AOFA 5P6SA 4F73A 5P23A 1LS5A 4YD3A 5OZBA 4YD6A 2P3CA 5OZ2A 2OHPA 4ZE6A 1NPVA 4S1GA 3SA8A 2Q63A 5P0WA 3IXJA 3SQFA 1SDTA 2PYNA 4JOOA 3LIQA 4M8XA 1HSIA 4FAFA 4Y4JA 3INDA 1IZHA 2QK5A 5P1FA 3ST5A 3GGVA 3NWQA 3O9EA 1XE6A 3HVPA 3EL0A 3WSJA 3URLA 2QNQA 5P7MA 1BV7A 1HVHA 3UPJA 2ZDZA 2WL0A 3QN8A 4Y4GA 2BPXA 1LF2A 1Z1HA 3ZPTA 3S56A 2ZHTA 3VLBA 4J5JA 4Y4UA 4DQHA 4Y48A 4I1CA 5I3VA 2B8VA 5P6CA 3PEPA 4Y44A 3VF5A 3OUDB 5P3EA 2G27A 3NU3A 5APRE 5P1RA 4Y37A 5P2OA 5OZWA 5P6LA 4YOBA 1LF3A 3Q3TA 4RROA 5P1JA 5P5ZA 3OY4A 3PSGA 1AIDA 1W6IA 3U71A 2WJOA 1BBSA 1IZIA 4Y5EA 3TPRA 3IAWA 2HIZA 5C9BA 1D4YA 4EP3A 5P2NA 4WY1A 1FQXA 4J54A 3NXNA 1HVCA 2Q55A 1W50A 1GVTA 2Z4OA 3L58A 1F34A 2PYMA 3UDNA 5COOA 3DV1A 4ER1E 1AAQA 3Q70A 5P4EA 1HVKA 3N3IA 4Y50A 4Y4XA 5P3UA 3T7PA 1BVEA 3LPKA 4I0DA 4X2LA 3VV6A 2QI7A 1D4SA 1HVRA 2F8GA 5P03A 2R3WA 2PH8A 5OZTA 4DJOA 3DM6A 3S43B 4HZTA 3IGBA 5P5XA 1ZJ7A 2FDEA 3TTPA 1EC2A 4D89A 1FG6C 3PMYA 4HA5A 2NR6A 4RVJA 4Y51A 1YTGA 3KDDA 1A9MA 5P2MA 3S2OA 4IVTA 2ZJHA 4FRSA 4OBZA 5SXNA 2OHLA 3ZOVA 1EPLE 5P81A 3CKRA 5P5JA 2QAKA 5P40A 5IVRA 2A1EA 5P3PA 5P1SA 1KZKA 2O4PA 3HW1A 5ER2E 3TNEA 1IZDA 3K5DA 2G1OA 4DV9A 2QI3A 5I70A 5OZVA 5TOLA 4HEGA 1AVFA 3L38A 4F76A 3OAGA 2QD8A 2QU3A 1ODWA 2Q5KA 4I8WA 3SACA 1NPWA 1C6YA 5OZSA 5P4ZA 5OZKA 2FS4A 1HEGE 3EC0A 4XX4A 2VNNA 4QJAA 5I3WA 5P1HA 4QJ8A 5P28A 1LYBA 5HE7A 5P52A 3ZKGA 2QI1A 1K6CA 4GJCA 5ENKA 3KN0A 1BVGA 4YCKA 4ZLSA 1HXBA 1HIVA 1AXAA 4Y4BA 1FFIC 4NPTA 3B7VA 1SMEA 2G20A 2AOHA 3UFLA 2PMAA 4ZEAA 4FRKA 3WZ8A 2XYEA 3HD8A 5OZMA 4Q1NA 2H6TA 3SA7A 5P4WA 5SY2A 5P06A 5P53A 1FMXA 3S7MA 1LYWB 1ER8E 5P3TA 3KFRA 4TRZA 5HE5A 1XS7D 2PWRA 4J0TA 3BUFA 4HE9A 2OHTA 5P3KA 5P6BA 1HHPA 5IVQA 1GVXA 5P5MA 3RTMA 4CPTA 2J9JA 2NMYA 2ER0E 4Y3FA 5KQXA 4R8YA 1ZSRA 2AZBA 3UF3A 3T6IA 3PJ6A 4ER2E 2OF0A 4YDGA 5P33A 5P8EA 3ZPSA 4APEA 2IGYA 2ZJIA 5OYRA 1CPIA 3QIHA 1D4IA 2A4FA 3VFBA 1K1TA 4GJDA 5P8QA 5AH8A 5P7JA 2Q64A 2PK5A 3LIYA 5P44A 5P87A 5P80A 5P83A 2I1AA 5P2LA 1EBKC 4H3GA 4CMSA 5P45A 2QI4A 5P4LA 4RZ1A 3UDQA 1C6XA 4Y36A 4Y39A 1EPME 5P5RA 1YTIA 5P5HA 5P4GA 4KB9A 2I4VA 5P2FA 2B7ZA 3OADA 2BPYA 1ZSFA 1LF4A 3NUJA 3OGPA 4I0HA 1DAZC 2P3BA 1TQFA 4J1HA 4KE1A 2XFJA 5P5IA 1K2BA 5P8CA 4RVXA 5P3XA 3NSHA 2FDPA 2PK6A 2P4JA 2IGXA 3CYWA 2OHRA 3SPKA 5IVTA 3OU3A 4H3IA 5OZNA 5P4SA 1KJFA 4Y4DA 3URIA 2IS0A 3JVWA 5P2CA 1D4HA 2QD7A 1EPPE 3GGXA 5OZ7A 1XN2A 4ZSMA 2FXDA 3GW5A 4BFDA 4ACUA 9HVPA 5P7FA 4H3JA 4L7JA 5P0NA 5P89A 4BELA 5P3LA 2Q54A 1PPLE 3OTSA 2XFKA 3PI5A 2R3TA 5P3AA 4CKUA 5P2DA 1GNNA 4N00A 5P67A 1QBRA 3I7EA 3S53A 1LZQA 4B78A 3NWXA 1MPPA 4I0IA 5C9FA 4Y41A 5P1XA 2BPZA 2FMBA 4HVPA 3FV3A 5HCTA 5DQ1A 5P25A 2QHZA 4B1DA 1G2KA 2IRZA 4MC6A 4B77A 2G26A 4YD4A 5AH9A 5P1ZA 4RLDA 1YM4A 4YDFA 1PROA 5P18A 2WF3A 3PGIA 4E43A 2AOGA 3EKPA 3IN3A 5P0JA 4YCYA 3O9FA 3ZKXA 5P2UA 5P3BA 3EKTA 1W5YA 4Y43A 5P0QA 2ASIA 3KT2A 4QJ9A 5P6MA 3GI5A 4PZWA 4QJ7A 2G1YA 3QVIA 1BDLA 4ZSQA 3QBFA 2Q3KA 5OZZA 1HOSA 3F9QA 4COEA 4GYEA 1IDAA 5P43A 3UQXA 4YE3A 1QRPE 1K6VA 4K4QA 4I10A 4D8CA 3QRSA 1D4JA 4J17A 1KJ4A 4L1AA 5P4RA 4DQBA 1UPJA 4PZXA 3UQPA 5P78A 1PPKE 2QD6A 4Y5BA 1M0BA 5P17A 3PRSA 4GJ6A 3ER3E 3NR6A 4OBKA 5P8KA 5P7EA 3SO9A 4QJ6A 5P0KA 3LNKA 3WB5A 5P08A 1FMBA 1MTBA 4HLAA 3LZYA 4J1CA 3HLOA 3DCKA 3OWNA 5P6QA 3PVKA 5P85A 5P2QA 3S85A 5P0HA 3I2LA 5OZ8A 5P02A 5P6NA 4Q1XA 3OOTA 1GVVA 4Y3RA 3SA9A 1MT9A 1MRXA 5P74A 5P7ZA 5P11A 5P2AA 2O4LA 4L7HA 3LITA 3VSWA 1B5FB 3VYDA 5P4AA 4F74A 2O4SA 2V10C 5P5TA 4XX3A 3KM4A 3URJA 5P6HA 2F3KA 2I4WA 4Y3JA 2HB3A 5KOSA 4D88A 2IQGA 5P5YA 5P4MA 1RV7A 1QS8A 5OZGA 2AQUA 3QROA 1XE5A 5AHCA 3VSXA 4GJ8A 5OZ4A 1UH8A 1FB7A 5AHAA 1EPRE 5P0SA 2UY0A 5P3RA 5AH6A 5KR2A 5OZXA 4DQEA 5P5UA 3OU4A 4OD9B 2WKZA 3PCZA 1HRNA 2UXZA 3L5CA 5P6UA 5P37A 3O9GA 5KQZA 5P3YA 3UQRA 3KFSA 2I0DA 5P7SA 5P2WA 6FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MVP A;  5P64 A;  5P1O A;  2QHY A;  5J25 A;  3HAW A;  5P8H A;  2PC0 A;  2HS2 A;  4R91 A;  3K4V A;  2VIJ A;  1FQ8 A;  4B05 A;  1HVS A;  5P1L A;  4UPJ A;  5P3O A;  3G6Z A;  1APT E;  5HU0 A;  5P5B A;  5P7K A;  5P8F A;  4J1E A;  3NU4 A;  5P5C A;  3KT5 A;  3LPJ A;  2WED A;  1PFZ A;  5I3Y A;  2OHQ A;  4Y47 A;  4TVH A;  3N4L A;  5P2X A;  1HPV A;  5P8U A;  2O40 A;  4RCD A;  1B6P A;  5P3V A;  2RSP A;  1BXQ A;  4PEP A;  3ZMG A;  3OHF A;  4CPU A;  2I4U A;  5P8G A;  1EC0 A;  5P7V A;  2O4K A;  4Y5C A;  1FG8 C;  1CZI E;  2R43 A;  2V16 C;  3OXC A;  1ODY A;  4LAP A;  1OEX A;  1U8G A;  3IXK A;  1B6M A;  4KE0 A;  4K9H A;  5P51 A;  1UH9 A;  3CIB A;  4Q1W A;  5P0O A;  5OZU A;  2G69 A;  2G22 A;  2H6S A;  5P6F A;  3OAD B;  2ER6 E;  3RSX A;  4EJK A;  1GVU A;  1YX9 A;  4OBG A;  5P7T A;  3PHV A;  4FIV A;  2P3B B;  3QI1 A;  4Y3T A;  3HAU A;  3UHL A;  1OEW A;  5P1I A;  4MC9 A;  4J0Z A;  4R92 A;  1SMR A;  5P60 A;  3LIZ A;  1OD1 A;  3NU6 A;  5P0Z A;  3OTY A;  2J9K A;  5OYQ A;  3CKT A;  1MT8 A;  4Y3M A;  1EBW A;  3T11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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