3OU4B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with tf/pr hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou4B00
5P64A 3FNUA 2BPVA 2JYSA 4YOAA 5P5LA 4COEA 5OYQA 1EC3A 1W51A 4J54A 5DQCA 3ER5E 4R92A 4YD5A 5OZ2A 5P4IA 2ZGAA 4RZ1A 2VNMA 2R3WA 1J71A 5APRE 3UFNA 4K8SA 2IS0A 3OU4B 5P4LA 3VSXA 5P3YA 4J55A 4Z4XA 5P8PA 1ZAPA 1LYWA 5OZEA 1HVJA 1XE5A 2P3BB 2XFIA 4J17A 3ZLQA 5P52A 3WSJA 4EP3A 3K4VA 5E5KA 4Y5CA 5DR4A 5P07A 3L5EA 4S1GA 1CZIE 5P5ZA 5P3XA 5OYYA 5P6KA 4HDPA 3EKWA 3Q6YA 2QD7A 4TRYA 1D4YA 1LV1A 2F81A 1BVGA 5P2DA 5P6YA 2BJUA 5P8CA 4EQ0A 3SA9A 5T4SA 2WF3A 4ZSRA 5P1LA 4B1EA 4Y3AA 5DQ2A 5OZMA 5P3JA 5OZTA 3OQFA 4Y3ZA 5P0YA 1YTGA 1ZTZA 5P2YA 2B42A 3JVYA 2B8LA 4GJ8A 4BFBA 1A8GA 3OU3A 1K2BA 5P6AA 4B70A 2PSUA 1ZLFA 5HDUA 3Q5HA 4AUCA 5ENKA 4MC1A 1TCXA 3T7XA 1APUE 1MUIA 2A4FA 4J0TA 1W6IA 3SA7A 5P44A 4Y5AA 3ZKXA 5JG1A 5P0TA 5P7UA 1E80E 3KFPA 1FF0C 1ZPKA 5P3SA 1D4LA 5OZCA 5C9BA 5C9DA 3EC0A 4ZPGA 3TOFA 2H6SA 5AHCA 3SA3A 2PK6A 3DJKA 5OZLA 1FQ6A 3ST5A 2PH6A 2I4UA 1D4KA 5OYUA 1FGCC 4CPTA 2FIVA 1QDMA 5P1GA 2G1OA 5OZAA 2F8GA 3K4VC 2HS2A 3LHGA 5P46A 1WBMA 4YHQA 4ER1E 3PVKA 5P3FA 3UDJA 5P84A 5P7GA 2FGVA 4JOOA 3QP0A 4YCYA 3T11A 1DP5A 2PK5A 3VF3A 1ODXA 4FL8A 2QI0A 2AOFA 3L3AA 5P1VA 3T6IA 3OY4A 1GNMA 5P74A 1MVPA 2QZLA 4QJAA 1QBTA 4OBFA 4D83A 3UDRA 4Y41A 4OD9A 3D1XA 5HVPA 2HC0A 2Q54A 5P57A 5P4MA 1AZ5A 5P55A 4Y3LA 2QMFA 2OHPA 5P5SA 2FXDA 3NWXA 5P0FA 1FMXA 4I0HA 1XDHA 4I0DA 3S7MA 2Z4OA 1UPJA 2ZJJA 1G6LA 5P8QA 4F73A 5IVTA 4Y58A 5OZBA 1UH7A 1HTEA 1A8KA 3EL0A 1QS8A 5P3KA 5P6UA 4I0GA 5P7QA 5P2TA 4NJTA 5P7VA 3UDMA 2ZYEA 4JECA 2PWCA 4DQFA 3I8WA 5P87A 5P6SA 5KOSA 1OHRA 3OXCA 3HW1A 5P2IA 1BIMA 3VV7A 2I4WA 1MRWA 1DMPA 4CPXA 2ZHVA 5P51A 5P2KA 2OAHA 5HTZA 4Y3PA 3O9AA 2ER6E 1SIPA 5P6JA 1C6ZA 5P75A 4DQHA 3EM4A 4RGHA 4DJXA 5JFPA 5P17A 5JODA 4Y47A 5P2QA 3AIDA 1NH0A 1SMEA 2AOHA 4ZPFA 1RPIA 2PSVA 3UDKA 3WZ8A 4F75A 5HCOA 1U8GA 4CPUA 2VA7A 4Y3NA 3FNTA 1MT9A 3N4LA 3O9LA 2QHYA 4FAEA 5P37A 3IAWA 5DR1A 5OZ5A 3H0BA 5P6BA 5P2CA 1HXWA 2WJOA 4Y3MA 3ZKMA 7HVPA 3R0YA 3G70A 2JJIA 2ASIA 1MSNA 3SA6A 3OU1A 5KOQA 2Q15A 4J1IA 3UF3A 3KM4A 4RCFA 2PWRA 2R43A 4Y38A 5DQ5A 2VIYA 5P2HA 1AJXA 2VIJA 3ER3E 1CPIA 4Y4TA 3HAWA 1F7AA 2IRZA 5P77A 1GVXA 5P8TA 3NXNA 5P4EA 2WF0A 3DCRA 4Y3EA 4GB2A 4AA9A 2Q3KA 3B7VA 3LZSA 5P0CA 3OOZA 5P08A 5P3TA 1GVVA 5P29A 3O9GA 3OUDB 2OHQA 3LPJA 5P05A 4D88A 1YX9A 5P1OA 5P6VA 2ZDZA 3PWRA 5P2WA 3NU6A 1EPOE 2R8NA 2B8VA 4QLHA 2FDEA 4Y3WA 2AVVA 1BVEA 1SIVA 5KR8A 2Q11A 5FIVA 4DJPA 4EJKA 5P62A 4EWOA 1DPJA 5OZFA 5P0IA 1W5XA 4L6BA 1ZSFA 1G0VA 1IVQA 3KN0A 1HIVA 4TVHA 5B18A 3NDUA 3PLDA 4Y57A 3KA2A 5P00A 5I3XA 3NU5A 4Z2ZA 3VSWA 3UDQA 2QNQA 2B7FA 1SDUA 1IZEA 1UH9A 2QI1A 2WECA 4ER2E 3S53A 5P2FA 5P54A 2Q55A 3PCWA 3UQXA 2RKGA 2UY0A 2AVOA 2OF0A 3S43B 4OBJA 2ZHSA 1FQ8A 5CONA 1Q9PA 4Y4XA 2NMYA 1EPRE 4NJUA 4I0EA 5DQ1A 3VF7A 1GVTA 5P3BA 3I25A 5P34A 1WBKA 3Q70A 3APRE 3NDWA 3INEA 5P4ZA 3QN8A 5P13A 5DR0A 4XX3A 4H3IA 4H3GA 4LC7A 4FRJA 4YBIA 7UPJA 1AAQA 3EKQA 3GW5A 4QJ9A 4Y53A 1Z1HA 1CMSA 3OQ7A 4Y5BA 4YD3A 1ZP8A 5P3IA 3BUFA 3ZKQA 3CYXA 4Y56A 4WTUA 2I4XA 4APRE 2PYNA 2G22A 3NUJA 5P6GA 4J0PA 5P2RA 5HCTA 3BUHA 5OYSA 3ZKNA 5P67A 5HU0A 3T7PA 3OADA 1APVE 2IGXA 1YTJA 2AZ9A 4DJQA 4YCTA 4Q1XA 5I3YA 2ZHRA 1TQFA 4Y3GA 3TTPA 3L38A 5P49A 4D85A 5OZ1A 4HA5A 1T7JA 2R9BA 1HPOA 2QI4A 5P5EA 4E43A 1HRNA 5P7HA 5P03A 3GGAA 1N49A 5EZZA 1LEEA 3WZ6A 3ZPTA 4MC9A 1EPQE 2IKUA 2G1YA 2BKSA 1SBGA 4EXHA 2R38A 5I70A 5P06A 1FG8C 5TOLA 1W5WA 3IXKA 3VFAA 5P8VA 3SFCA 4Y4UA 4EHCA 3PI5A 5P6MA 5KQXA 3SA4A 5DPZA 3NR6A 5P1ZA 3KYRA 4LBTA 2Q63A 1SH9A 4Y5MA 1YTIA 2I0DA 5P27A 5P4QA 5P02A 5KR0A 5P4DA 4YOBA 4L7HA 5AHBA 4B00A 4HVPA 4PZWA 5P5AA 2O4NA 3L5BA 4U7VA 3PHVA 4FRSA 5P7KA 2FNSA 5P8IA 4CPRA 5P58A 3L5DA 3S56A 5KAOA 5P22A 4EJLA 4PZXA 1B6PA 1T7IA 3UQPA 4L1AB 5P3WA 4PYVA 4QJ8A 3N3IA 4Y4ZA 2NXLA 4XXSA 4Y4AA 5I3WA 4GJAA 1BWBA 1C6YA 2CENA 3AUPA 2G69A 5P3ZA 1MT7A 3OQDA 5P2SA 1PSNA 3WB5A 5P6WA 5OZDA 2HIZA 4FM8A 2XYEA 3BC4A 3PRSA 2IDWA 5P4KA 5P8RA 5P1CA 2BQVA 3TH9A 5P7WA 3LZYA 2UPJA 5P3OA 1EEDP 3D1ZA 5P5CA 5P0LA 2SAMA 5P31A 1F34A 3VYFA 2PH8A 3ZMGA 1YM4A 3GGXA 3NWQA 5OZWA 5AH8A 1YG9A 5COKA 3KFSA 3TPPA 3IA9A 3K1WA 4IVTA 3LIZA 4NJVA 1FB7A 4DQGA 1EAGA 1B5FB 4Q5MA 1LYBB 4ZSQA 2OHUA 5P1YA 4R91A 2R5PA 2G20A 5P3QA 1EPNE 1FFIC 3QROA 5P14A 3ZPUA 4TRZA 4N00A 4H3FA 2R5QA 2VJ6A 3VYDA 1IDAA 4B77A 1XE6A 5P7SA 4EPJA 5IE1A 2PYMA 4Y4EA 1NPAA 5UPJA 4Y3YA 1E81E 2PMAA 3OQAA 5HE5A 5P6FA 5P81A 3PEPA 1RNEA 3JVWA 1KZKA 2ZJLA 2RSPA 1A9MA 1FLHA 5OZUA 5P5DA 2QU3A 4GJ7A 5P4AA 3EKYA 1K6CA 4Y54A 1SP5A 1PSAA 5P4JA 2HB4A 5IVQA 3ECGA 4FS4A 4B0QA 5P0NA 3NSHA 5P1AA 3BRAA 4OBZB 3U71A 4J1HA 3SABA 3OU4A 2NTRA 5P32A 5P76A 4Y48A 4DJVA 1QBSA 5ISJA 3CIDA 2P3BA 4RVIA 5DR8A 2B60A 4XKXA 4J5JA 5AGZA 5ENMA 1RV7A 1SMRA 5P39A 5P18A 3S7LA 4GIDA 3T3CA 3OXXA 2R3TA 2J9KA 3UCBA 1T6GA 4DJYA 1IZHA 5I3VA 4LXAA 5P3EA 3MSJA 2PQZA 4LL3A 3QBHA 1A30A 5BRYA 3UDPA 4FM6A 2V16C 3LIVA 3OUBA 3LIYA 1DIFA 5P7CA 2VJ9A 2NPHA 9HVPA 2FS4A 1RL8A 1M4HA 2VIZA 3OUAA 3RTMA 4HE9A 2G94A 5OYVA 5OZ0A 5P0VA 2XFKA 1GVWA 4NPTA 3OGPA 3K5FA 4HZTA 5P4NA 3LZUA 3LIXA 2XYFA 5P60A 3OK9A 5P1DA 1TZSA 5P5JA 3LZVA 3PJ6A 4H3JA 3I2LA 1SDTA 5P68A 4LAPA 5P7FA 4CMSA 2ZJKA 2O4SA 3HZCA 2ER0E 4DPIA 2I4QA 5P8HA 3TNEA 1FG6C 5P2LA 2BPZA 1E82E 5P0WA 5P09A 2QZXA 1KJ4A 1BXQA 5P5IA 4ER4E 1EC0A 1EBYA 5P71A 3EKPA 2G21A 4FCOA 3OAGB 1APTE 3OQKA 4Y3FA 1EC1A 2OHSA 3URJA 3H5BA 3SA5A 5P3HA 4Y3SA 5P2GA 4RLDA 1T3RA 1BDLA 5P16A 1OD1A 3BGCA 3QVCA 5P8KA 4YE3A 3MWSA 3VEUA 5P78A 5BS4A 4UPJA 5P1NA 5HU1A 3RSVA 3NXEA 4I12A 1NPVA 3I7EA 4OBHA 2XFJA 2OHKA 5P1WA 4Y39A 1EBZA 3CKTA 1D4IA 2BKTA 5P4YA 3UHLA 2QU2A 1HVIA 2G26A 4MC2A 3ZKSA 4I11A 2NNPA 2J9JB 2RKFA 5P7TA 2OHLA 2IQGA 3RTHA 3VV6A 1QBRA 5OZZA 5OZXA 3L58A 5OZ4A 5P35A 5P0AA 4QJ7A 4Y3JA 5P0UA 2PSGA 3ZKGA 5P5MA 4Y4DA 2P3DA 4J0VA 1K6TA 4NKKA 1HPVA 3UDNA 3UFLA 1HEGE 2QCIA 2HB3A 1HTGA 5P79A 4M8YA 5P7OA 3TPRA 1EC2A 5P6OA 4PEPA 2CEMA 5KR1A 5P3VA 2QMDA 5P43A 3PBDA 4FM7A 5P6RA 3DCKA 3TPJA 1IVPA 4RVJA 4I8WA 1B6JA 2IEOA 3SKGA 4K4QA 4DPFA 5P10A 4Y5GA 3NU9A 5P5RA 3D20A 4FIVA 4CKUA 5OZ6A 3G72A 5P3PA 3S2OA 4FSLA 2AIDA 3BUGA 4B1CA 3HLOA 5COOA 1BILA 4ZSPA 3I6OA 5P66A 2NXDA 4Y45A 2RMPA 3O9HA 3D91A 5P4OA 1HPSA 2WF1A 4GJ9A 5DR7A 3SPKA 5P8AA 5P2BA 1EPME 2QHCA 3NYGA 3VLBA 5P89A 4HDBA 2AOEA 2Q5KA 4NJSA 5P4GA 2AVQA 5P73A 1MIQA 5P2UA 5P7IA 4QGIA 2PC0A 3FX5A 4OBKA 3INHA 2VNNA 2WEDA 4Y50A 4OC6B 4R93A 1GKTA 1K1TA 3RTNA 4Z22A 2ANLA 2P8HA 5CLMA 5OYZA 5P5QA 3CIBA 2I4DA 3O9FA 5P4XA 4B78A 5P19A 4I10A 2WKZA 5PEPA 4ACXA 3FNSA 5P8JA 5P5TA 5F01A 5P4TA 3EL1A 4BFDA 1SDVA 5P5GA 5P7NA 3CYWA 4RRSA 2BPYA 3O99A 4H1EA 3LNKA 4KB9A 4WY1A 4DQBA 5C9FA 5P1HA 5P1XA 1AXAA 1M0BA 3G6ZA 4Y5NA 5OYTA 1LZQA 2P3CA 4Y4GA 5P48A 3ZPSA 1ER8E 4PHVA 3RU1A 1PPME 5P8FA 5IS4A 3QVIA 2ER9E 3MSLA 5IVSA 2QHZA 3K5GA 5P6PA 1LYAB 3SA8A 2APRA 4I0IA 1QRPE 5OZNA 4Q1WA 3QIHA 2F3EA 3LINA 2I4VA 4QJ2A 2AOJA 3PBZA 4JPEA 3R2FA 3D3TA 1ME6A 4Z50A 4Y5PA 4GJ5A 2Z54A 5P3AA 4YBFA 5IVRA 1FEJC 5COPA 1D4JA 3GI5A 1HHPA 5SY3A 2O40A 3PGIA 5OZ7A 5P1MA 4TVGA 4L7GA 3MSKA 5P1QA 1BDRA 3KDDA 3NU3A 5P6EA 2JJJA 3RSXA 1AIDA 1KJHA 1APWE 1MEUA 3WB4A 4R95A 1FIVA 3MXEA 5KR2A 3LPIA 1GVUA 3URIA 3OTSA 4MC6A 1AM5A 4K4RA 3IGBA 3TKWA 4U8WA 4XX4A 1ZSRA 1MT8A 5SXNA 5OYXA 3UPJA 3L59A 4I1CA 3EKXA 3GGUA 3S43A 5P7RA 4LXMA 1EBKC 3HVGA 3U7SA 5AH6A 3QBFA 5P1KA 3D1YA 4J1CA 5P11A 5P2MA 5P4HA 3HD8A 5P38A 2FDPA 3UQRA 2IGYA 2F3FA 2NMZA 1HEFE 3Q4BA 2F80A 4LHHA 2IL2A 3HBOA 5P8BA 1B6KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P64 A;  3FNU A;  2BPV A;  2JYS A;  4YOA A;  5P5L A;  4COE A;  5OYQ A;  1EC3 A;  1W51 A;  4J54 A;  5DQC A;  3ER5 E;  4R92 A;  4YD5 A;  5OZ2 A;  5P4I A;  2ZGA A;  4RZ1 A;  2VNM A;  2R3W A;  1J71 A;  5APR E;  3UFN A;  4K8S A;  2IS0 A;  3OU4 B;  5P4L A;  3VSX A;  5P3Y A;  4J55 A;  4Z4X A;  5P8P A;  1ZAP A;  1LYW A;  5OZE A;  1HVJ A;  1XE5 A;  2P3B B;  2XFI A;  4J17 A;  3ZLQ A;  5P52 A;  3WSJ A;  4EP3 A;  3K4V A;  5E5K A;  4Y5C A;  5DR4 A;  5P07 A;  3L5E A;  4S1G A;  1CZI E;  5P5Z A;  5P3X A;  5OYY A;  5P6K A;  4HDP A;  3EKW A;  3Q6Y A;  2QD7 A;  4TRY A;  1D4Y A;  1LV1 A;  2F81 A;  1BVG A;  5P2D A;  5P6Y A;  2BJU A;  5P8C A;  4EQ0 A;  3SA9 A;  5T4S A;  2WF3 A;  4ZSR A;  5P1L A;  4B1E A;  4Y3A A;  5DQ2 A;  5OZM A;  5P3J A;  5OZT A;  3OQF A;  4Y3Z A;  5P0Y A;  1YTG A;  1ZTZ A;  5P2Y A;  2B42 A;  3JVY A;  2B8L A;  4GJ8 A;  4BFB A;  1A8G A;  3OU3 A;  1K2B A;  5P6A A;  4B70 A;  2PSU A;  1ZLF A;  5HDU A;  3Q5H A;  4AUC A;  5ENK A;  4MC1 A;  1TCX A;  3T7X A;  1APU E;  1MUI A;  2A4F A;  4J0T A;  1W6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3EXO A;  5P6N A;  4ZPE A;  5P5X A;  5P7D A;  3T7Q A;  3U6A A;  4Y3T A;  4J0Z A;  5DR3 A;  2NNK A;  5P5O A;  2QK5 A;  5EZX A;  1OEX A;  3UTL A;  3KFN A;  3S54 A;  2ER7 E;  5HD0 A;  1MET A;  2ZJM A;  5P0P A;  5DGW A;  4L7J A;  1IZI A;  4J1F A;  1TCW A;  3SQF A;  1W6H A;  3SAA A;  1LYA A;  4Y3R A;  4DH6 A;  2G27 A;  5P7Y A;  4Y44 A;  1BWA A;  5P8G A;  5P5B A;  3C9X A;  4I0Z A;  2IEN A;  4ZIP A;  2NXM A;  1HXB A;  5P6Q A;  5OZ9 A;  5P0Q A;  1B11 A;  5P8O A;  1E5O E;  3R1G B;  2FGU A;  3BVB A;  5P4C A;  1GNO A;  2AVS A;  5ER1 E;  5P3L A;  2AZC A;  4FSE A;  3PSY A;  5P47 A;  1ENT E;  4EJ8 A;  3OHF A;  5OZI A;  5P72 A;  4HEG A;  5OZK A;  2VA6 A;  2V00 A;  2VA5 A;  4RCE A;  5P3M A;  5P88 A;  5OZS A;  1A94 A;  1TSU A;  2P4J A;  5P04 A;  1BXO A;  5P7Z A;  1JLD A;  1KJ7 A;  3KDC A;  2A1E A;  2ZJI A;  2HPE A;  3PWW A;  2WEA A;  4Y3D A;  5P15 A;  5P86 A;  5P4F A;  5HDV A;  4NPU A;  3KFR A;  5P5U A;  3BGB A;  3EM6 A;  3R4B A;  1YT9 A;  3VF5 A;  1D4S A;  1PRO A;  4Q1Y A;  5HDX A;  5P80 A;  6FIV A;  2VIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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