3OUCA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with p2/nc hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MDR HIV-1 protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oucA00
1BVEA 1XDHA 3PMYA 1SMRA 5P2GA 5KR2A 4Y39A 4Y3LA 5P7IA 2PC0A 2ANLA 1SIPA 5P6OA 1CPIA 2EWYA 1KJFA 3QRSA 2NXMA 3NWXA 4Y44A 5P2QA 5P73A 3FX5A 1YTGA 4I0GA 2AIDA 4K4QA 1HVJA 4TRYA 4KE0A 1IDBA 1D4SA 5P8EA 5P8FA 3ZLQA 5P87A 1BAIA 4R5NA 1APWE 3N3IA 5P84A 2HPFA 5SY2A 2B60A 1B6PA 4QJ2A 4Y54A 4DJWA 5P4HA 3OADB 5OZ0A 3CKRA 4DQBA 2WEBA 1BDRA 4DQFA 2ZJHA 1T7KA 1YTJA 4EPJA 4PZXA 4CPRA 3EL0A 4J0ZA 2Q3KA 2VS2A 5P0IA 4UPJA 1HVIA 4FRKA 5OZRA 3L5CA 3EM6A 2FMBA 5P3OA 2JJIA 2WJOA 5P78A 5P6RA 1KJGA 2F3EA 4RLDA 3S54A 5P3QA 4ZIPA 2PSUA 5F00A 1M0BA 2RMPA 3TPJA 4HDFA 1AIDA 5SXNA 2WF0A 1BILA 2FXEA 2AOGA 1HIIA 1EC0A 4Y4AA 1PPME 5P6VA 5P0CA 1PFZA 5P34A 4RZ1A 5KR8A 1PSAA 5P1BA 1UPJA 5P46A 3RTHA 1DP5A 5P83A 3L58A 3OHHA 4EJLA 2IL2A 2VNNA 4OC6A 5P25A 3WZ7A 4FRIA 3PHVA 5P2LA 1FEJC 5P4AA 4Q1XA 2V0ZC 1FGCC 2H6TA 5HDZA 5P2BA 5P5YA 1YG9A 2Z4OA 5OZBA 3EKXA 5OZ8A 1GNNA 3HAWA 3SM2A 3VEUA 1HVKA 5P0NA 5AHBA 4Y41A 3OOZA 2IKUA 1RPIA 5P5WA 1T6GA 2IGXA 5BWYA 3PI0A 1FQXA 3HVGA 4Y4BA 2WEDA 4ZPFA 1G2KA 3QRMA 2PMAA 5OZ1A 4JECA 5SY3A 4I0IA 2JYSA 5IE1A 4RCEA 1F34A 3CIBA 5P6LA 5KR1A 2QP8A 5P2ZA 4Y45A 5HDXA 3PSGA 5I3WA 2PSGA 4DQEA 5OZDA 5BRYA 2AVOA 3U7SA 4I0JA 1M43A 1OEWA 2BB9A 5P6ZA 2I4UA 1NSOA 1QDMA 2Q15A 2P3BA 3KDDA 3UDYA 1LYWA 4QJ9A 1TCXA 1C6YA 1T6EX 5P39A 2I4DA 2PWRA 5P8HA 3IN4A 1A8KA 3IXJA 3MWSA 5P3RA 3MSKA 1ENTE 4FIVA 3UCBA 4GB2A 5E5KA 3ECGA 1DAZC 5P1TA 2P3DA 4Y4GA 2F3KA 4RVIA 3PRSA 1W5XA 2QU3A 3T3CA 2QD8A 4FAFA 5KQZA 1D4HA 5P2RA 1APVE 3WZ6A 2R5PA 5P12A 2WF3A 5I3YA 1GVXA 5P4RA 4YOBA 1HVSA 4D89A 2OAHA 1VIJA 3UDPA 5P7QA 3UQXA 1IDAA 3KA2A 3UDRA 2IQGA 1HEFE 1QBTA 5AH9A 5P08A 3Q3TA 3IVIA 2H6SA 3UQWA 5P1WA 4GJCA 2WKZA 1MT7A 5P86A 2QMFA 5J25A 1C6ZA 3KMYA 3R0YA 2IDWA 5P32A 4OBDA 5P7LA 4NJUA 2BKTA 5P3IA 3OUCA 5IVTA 9HVPA 4OD9A 3QI1A 4GJ6A 5KOSA 1D4YA 2HM1A 4L1AA 1HVLA 2VA7A 4Y5EA 1EC3A 1RQ9A 3G70A 4GYEA 1ZPKA 1KJ7A 5P0QA 2AODA 3O9FA 1UH9A 2QZWA 4YBFA 1K6VA 5DQ2A 3I8WA 2OHKA 5P37A 5HTZA 4OBKA 5P09A 5P1NA 2FNSA 4CPQA 1B5FB 5KOQA 1FG6C 5P5CA 3GGUA 2G26A 5P5TA 4DQGA 5HE7A 2RSPA 5P8OA 3KMXA 1FMXA 3NDUA 4FRJA 5DR0A 4FE6A 3PWRA 2P8HA 2I1AA 2AZBA 1HVHA 4H3JA 4I0HA 4EQ0A 3OQDA 5P8PA 4TRWA 4RCDA 3JVWA 4ER4E 3ZKXA 5OZQA 2XYFA 1Z1RA 4DQCA 5ENMA 4J17A 1LS5A 2J9KA 2Q55A 1U8GA 3FSMA 4ZSMA 4Z2ZA 3M9FA 4RRSA 4OBZA 5P7WA 5HCTA 1ZP8A 1EPLE 5P4LA 5OYUA 5P10A 1K1TA 3INFA 3HLOA 5P3WA 4ER1E 1T3RA 1D4LA 5PEPA 3FNTA 4JPCA 1UH7A 5P14A 5P6FA 1BBSA 4J1KA 5P4YA 1DW6C 1IVPA 4JOOA 5P5DA 2HAHA 2BPWA 5P2KA 2F3FA 1ZSRA 2O4KA 5P5VA 1OHRA 1W6HA 5P31A 3O9DA 4Y4WA 4MC1A 1BIMA 2NMYA 3NWQA 3T7PA 3QIHA 5KAOA 2I4VA 2P4JA 5P00A 5P4TA 3ST5A 5P69A 3ZMGA 2CEMA 4AA8A 3OADA 2R9BA 5P1PA 3KN0A 5APRE 1LF4A 3LPIA 4HLAA 4J0TA 1E5OE 4ZPGA 3S2OA 1TZSA 5P67A 3DK1A 4BEKA 3L5FA 3SA4A 3EXOA 5OYSA 5P1HA 1G0VA 2XYEA 2V11C 3TTPA 2VJ7A 5P03A 3VLBA 5P1MA 3D3TA 4LHHA 5P4MA 3NU3A 5OYYA 3SFCA 2NNKA 1FG8C 5AHCA 2QCIA 5P5IA 4CPWA 3BUGA 5P4CA 3IVHA 5P1FA 2G20A 5P70A 5P2NA 1ODXA 1G35A 4FLGA 3UTLA 3TPPA 4B78A 1F7AA 3KF0A 2QI0A 5DR3A 3HAUA 3CKTA 5HE5A 5P0PA 3S7LA 4J1IA 3L59A 3R4BA 2Q54A 3TOHA 4Y48A 2WL0A 3GGXA 5P30A 3PSUA 4FSEA 3KFSA 1QS8A 1HXBA 1FIVA 1B6MA 2J9JB 4DVFA 4CPTA 3MXDA 2A1EA 4WY1A 2FXDA 5IS4A 3TOFA 5P7HA 2WEZA 4A4QA 1ZPAA 4DPFA 2Z54A 5P18A 4I0FA 2ZE1A 2ZJLA 3PLLA 2B7ZA 1HRNA 4HDPA 3LPJA 3BGCA 1YT9A 3OGQA 5P22A 3CKPA 4LC7A 3PBDA 4YCKA 2HPEA 3NDTA 5P1XA 4Y4XA 5P6JA 3INHA 4YD4A 5P4BA 3VYEA 1ZLFA 2Q63A 3EKQA 5P0RA 3BXRA 1EBWA 4ZSQA 3WB5A 5P42A 5P6CA 3WB4A 5P1LA 2AZ8A 4K8SA 4PYVA 2FNTA 5AH7A 2AZ9A 4I8WA 2WECA 4MC9A 3UDNA 5P52A 5P8VA 5P2WA 5P7ZA 5P1YA 4Y3GA 3QRVA 1MSMA 2PH8A 3HW1A 5EZZA 5P1DA 1B6JA 2AVQA 1AVFA 1HTRB 4B1EA 5P5BA 5P7AA 5P74A 3NU4A 3EM3A 5OZKA 4M8XA 4DJXA 1KJHA 5OZXA 2BPYA 3OU1B 5P3HA 4ACXA 4F76A 1HXWA 3Q4BA 5P3XA 3HVPA 4Y56A 1YTHA 3UQRA 3EKWA 1T7IA 5P0ZA 5P3GA 1HVCA 3PM4A 2QHYA 1KJ4A 4I10A 2QMDA 3INEA 5P66A 5P29A 1HPXA 4Y4EA 4DJQA 2I0DA 5P2VA 4K9HA 4MC2A 5P4EA 3TPRA 5P5ZA 3PEPA 5KQFA 3IA9A 5OZ7A 3UDQA 5C9DA 3DV5A 5P0HA 3ZPUA 5OZMA 5P0XA 4I0ZA 3OOTA 3VF3A 5P4PA 5P04A 3R0WA 5UPJA 5P8BA 4R92A 5P3YA 3UQPA 3OTSA 2ER6E 1SP5A 2FLEA 2QZLA 4Y5MA 1EEDP 3DCRA 5OZUA 5P4QA 4YCTA 5DPZA 5P1GA 5P2XA 5P38A 5P0DA 4RRNA 5P2DA 1NPVA 3LINA 1EBKC 5P1JA 3LIVA 5P8QA 5P2HA 5P5SA 4CPXA 4Y38A 1APUE 3SA8A 4Y35A 1B5FA 3LPKA 4Y3TA 4Y3AA 4YA8A 5P2TA 3L38A 2WHHA 3TKWA 2B42A 2O40A 5FIVA 3BRAA 4JPEA 4QJ6A 5EZXA 5P28A 4Q1YA 2NNPA 3ZL7A 5P8GA 5OZ5A 4EYRA 3H5BA 4NJSA 1FQ4A 5P3CA 3URJA 1QBSA 5P6MA 4Y3RA 2G1OA 3NDXA 5P2UA 2FS4A 4DJUA 4Y3WA 5DR4A 2OHSA 1BWBA 1FKNA 3OUAA 4B00A 4H3IA 1MT9A 2VJ9A 3I6OA 3K5DA 4FL8A 2O4PA 5P7VA 5P59A 1NH0A 5P80A 5DGWA 5P3UA 4I11A 3DOXA 4GJAA 3O9EA 1IIQA 5DQ4A 1MSNA 5P2EA 1ODYA 5P54A 5P4IA 5SZ9A 3O9AA 3NSHA 5P58A 1BVGA 3D91A 2PSVA 5P19A 3F9QA 3EKTA 3KFNA 3OUDB 4X7IA 3K4VC 2G1NA 1W50A 5P0WA 3FV3A 5ER2E 2PK6A 4Y3FA 1A30A 4FM7A 3IGBA 5P88A 4FSLA 2QNQA 4PPHA 4Y6MA 1SDVA 2F81A 2NMZA 4DJOA 2FDPA 5P81A 2QZXA 3U71A 4FRSA 2IEOA 2AOIA 4M8YA 1FQ8A 3ZPSA 3OHFA 5P0AA 3EL5A 2ZJIA 2VA6A 3BGBA 5P6UA 2JE4A 5P3SA 5B18A 2OHLA 4Y5GA 3EM4A 1FQ7A 5P4FA 1IVQA 1RL8A 5P76A 5OYXA 3PGIA 5P2AA 5P11A 5P5FA 4B05A 5P5AA 3TL9A 1TW7A 5P7UA 4GZFA 1EPME 4Y58A 2Q5KA 1HOSA 3NUJA 5P3NA 5P5LA 1G6LA 1HSIA 3LZYA 4XXSA 4WY6A 5P7JA 3Q6YA 3EKYA 5P8UA 3O9LB 5P4WA 4LXAA 4Y4UA 3ZKIA 3D1YA 5P43A 1XN3A 3HDKA 2PYNA 1QBRA 2UY0A 1E80E 3SACA 5P01A 3BC4A 4QJ7A 3VFBA 1VIKA 3VSXA 4Q1NA 3OQAA 4HEGA 2BJUA 5P1CA 4AZYA 3QVCA 5P0EA 2BPVA 3SA5A 2OHRA 4EHCA 4A6CA 4Y4TA 3AIDA 2RENA 4Y5PA 3NU6A 4RROA 2ZHTA 2SAMA 4DFGA 4FM8A 3K5CA 2AQUA 4ZEAA 5IVQA 5DR1A 5AH8A 4DH6A 5P7FA 4D83A 5P2MA 5OZ6A 2J9JA 1Z8CA 2XFIA 4OBHA 5P8NA 1FMBA 5P4SA 1WKRA 5P7RA 5P0OA 5HD0A 3VSWA 3OQKA 2R43A 4HA5A 2Q64A 4B1CA 1PSOE 4E43A 2V12C 4Y3HA 2ASIA 2HIZA 5P79A 1SDTA 1AAQA 5P75A 3DJKA 4OC6B 4D85A 2ZJNA 3PJ6A 3QS1A 1CZIE 5COPA 3RTNA 3VFAA 2V00A 4DJPA 2G1RA 2G22A 2NXDA 4CKUA 3EL1A 3U6AA 4D8CA 5P7EA 5C9FA 3HBOA 3SA7A 3MSJA 3RSVA 1W51A 2ZYEA 4Y3PA 3OY4A 5P0VA 1IZDA 5P0JA 2ER9E 1YM2A 5P5HA 5OZSA 1K2BA 3UPJA 3VG1A 5P50A 3OU4B 1WBKA 5P4JA 4RVXA 5P0MA 4FGXA 6UPJA 4YDFA 1YM4A 4HVPA 5P36A 5P85A 5P0TA 3CICA 1LYBB 3PBZA 1Q9PA 4Y47A 4EP3A 5P0LA 1W5VA 4I12A 3SM1A 5P0KA 1DPJA 3OU1A 3ZPTA 5JFUA 2F8GA 1GNMA 4I8ZA 1FMUA 2BPXA 1MRWA 3D20A 2R5QA 4RYGA 5P8TA 5P17A 3S7MA 3O9BA 3T6IA 3UHLA 5P45A 1ME6A 2BPZA 2MIPA 2PWCA 5P2OA 3IXOA 1EPRE 1T7JA 3NU9A 2AOJA 5P7SA 1MUIA 5P6BA 2UPJA 5P7MA 3EMYA 5P2IA 4Y3XA 3NXNA 1BV7A 4RYCA 4Y5KA 1LYWB 3TH9A 3UDHA 3APRE 1IZEA 1MTRA 2OHPA 1CMSA 5CLMA 5P1EA 3B7VA 4APEA 3GI5A 2WF1A 3EL4A 5P4VA 4CMSA 4QJ8A 2V16C 1C6XA 3OXVA 5OYVA 4Y9WA 1LF2A 3SA3A 4Y57A 3ZKSA 3LZSA 3S53A 3FNSA 4GMIA 3FIVA 3S43B 4RCFA 1XE6A 3QVIA 4H1EA 4J1FA 3VYFA 1BXOA 4XKXA 1HTGA 2R8NA 1ZSFA 3VLAA 3BHEA 2OHTA 1XL2A 5P1ZA 3AUPA 1GVUA 1ZTZA 4F75A 4YDGA 5P64A 4L7HA 2HB2A 2OHUA 3C9XA 1ZAPA 5HCOA 3O99A 4TVGA 3DM6A 2AOEA 5P6WA 5P3KA 2G94A 3FKTA 4L6BA 1AM5A 3NR6A 4Y5BA 2PK5A 5P16A 4FCOA 2AOCA 5P57A 5TOLA 5P0GA 5P3AA 4J55A 3UFNA 5P0FA 2VIJA 5DR8A 4DV9A 5HU0A 2Q11A 3K5GA 1DIFA 4DI2A 5P3VA 1N49A 3VV6A 4YD7A 1GKTA 2ZHSA 1DMPA 4LL3A 1WBMA 3UFLA 4EWOA 2ZHVA 5ISKA 3NXEA 4Y3SA 2FDEA 4Y50A 3CYXA 1PPLE 2PH6A 4L7JA 3SKFA 1GVTA 2AVSA 5OYZA 2FGUA 1FF0C 1HTEA 4NKKA 5P6AA 1EC2A 5P2YA 5P4GA 2NR6A 4YD5A 3RTMA 5OZVA 3S45A 4B0QA 5BS4A 4J1EA 2RKFA 5P7BA 5P06A 4HDBA 4XX4A 1K2CA 5P82A 3QP0A 4J0YA 4Y37A 3QBHA 5P6QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BVE A;  1XDH A;  3PMY A;  1SMR A;  5P2G A;  5KR2 A;  4Y39 A;  4Y3L A;  5P7I A;  2PC0 A;  2ANL A;  1SIP A;  5P6O A;  1CPI A;  2EWY A;  1KJF A;  3QRS A;  2NXM A;  3NWX A;  4Y44 A;  5P2Q A;  5P73 A;  3FX5 A;  1YTG A;  4I0G A;  2AID A;  4K4Q A;  1HVJ A;  4TRY A;  4KE0 A;  1IDB A;  1D4S A;  5P8E A;  5P8F A;  3ZLQ A;  5P87 A;  1BAI A;  4R5N A;  1APW E;  3N3I A;  5P84 A;  2HPF A;  5SY2 A;  2B60 A;  1B6P A;  4QJ2 A;  4Y54 A;  4DJW A;  5P4H A;  3OAD B;  5OZ0 A;  3CKR A;  4DQB A;  2WEB A;  1BDR A;  4DQF A;  2ZJH A;  1T7K A;  1YTJ A;  4EPJ A;  4PZX A;  4CPR A;  3EL0 A;  4J0Z A;  2Q3K A;  2VS2 A;  5P0I A;  4UPJ A;  1HVI A;  4FRK A;  5OZR A;  3L5C A;  3EM6 A;  2FMB A;  5P3O A;  2JJI A;  2WJO A;  5P78 A;  5P6R A;  1KJG A;  2F3E A;  4RLD A;  3S54 A;  5P3Q A;  4ZIP A;  2PSU A;  5F00 A;  1M0B A;  2RMP A;  3TPJ A;  4HDF A;  1AID A;  5SXN A;  2WF0 A;  1BIL A;  2FXE A;  2AOG A;  1HII A;  1EC0 A;  4Y4A A;  1PPM E;  5P6V A;  5P0C A;  1PFZ A;  5P34 A;  4RZ1 A;  5KR8 A;  1PSA A;  5P1B A;  1UPJ A;  5P46 A;  3RTH A;  1DP5 A;  5P83 A;  3L58 A;  3OHH A;  4EJL A;  2IL2 A;  2VNN A;  4OC6 A;  5P25 A;  3WZ7 A;  4FRI A;  3PHV A;  5P2L A;  1FEJ C;  5P4A A;  4Q1X A;  2V0Z C;  1FGC C;  2H6T A;  5HDZ A;  5P2B A;  5P5Y A;  1YG9 A;  2Z4O A;  5OZB A;  3EKX A;  5OZ8 A;  1GNN A;  3HAW A;  3SM2 A;  3VEU A;  1HVK A;  5P0N A;  5AHB A;  4Y41 A;  3OOZ A;  2IKU A;  1RPI A;  5P5W A;  1T6G A;  2IGX A;  5BWY A;  3PI0 A;  1FQX A;  3HVG A;  4Y4B A;  2WED A;  4ZPF A;  1G2K A;  3QRM A;  2PMA A;  5OZ1 A;  4JEC A;  5SY3 A;  4I0I A;  2JYS A;  5IE1 A;  4RCE A;  1F34 A;  3CIB A;  5P6L A;  5KR1 A;  2QP8 A;  5P2Z A;  4Y45 A;  5HDX A;  3PSG A;  5I3W A;  2PSG A;  4DQE A;  5OZD A;  5BRY A;  2AVO A;  3U7S A;  4I0J A;  1M43 A;  1OEW A;  2BB9 A;  5P6Z A;  2I4U A;  1NSO A;  1QDM A;  2Q15 A;  2P3B A;  3KDD A;  3UDY A;  1LYW A;  4QJ9 A;  1TCX A;  1C6Y A;  1T6E X;  5P39 A;  2I4D A;  2PWR A;  5P8H A;  3IN4 A;  1A8K A;  3IXJ A;  3MWS A;  5P3R A;  3MSK A;  1ENT E;  4FIV A;  3UCB A;  4GB2 A;  5E5K A;  3ECG A;  1DAZ C;  5P1T A;  2P3D A;  4Y4G A;  2F3K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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