3OXVA

Crystal structure of hiv-1 i50v, a71 protease in complex with the protease inhibitor amprenavir.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxvA00
2NPHA 3VLAA 4OBJA 2EWYA 5KAOA 2IRZA 4J55A 5HVPA 2JE4A 3AIDA 5P6DA 3DM6A 4GJ6A 5AHCA 4YD6A 3GGUA 4EJKA 2QMFA 5P4FA 2PK5A 5P3LA 5KOSA 2Q63A 2OHPA 2G27A 5OZ7A 4RYGA 4AZYA 3EXOA 1HEFE 5P7DA 2WKZA 5P8UA 1ODXA 4BEKA 4F76A 1A94A 2QHYA 5HU1A 5OZBA 5P8BA 4MC1A 2ZJNA 3JVYA 4YOAA 3JW2A 1W50A 5P24A 3LPKA 1YTJA 1IZIA 1TCWA 4YCYA 5P6LA 5P0SA 4GJ5A 5OZUA 2BBBA 4Y48A 3OK9A 2HC0A 3PB5A 5AGZA 1J71A 2OHTA 1FFIC 2V11C 1IZEA 5P20A 3FIVA 1ODWA 4Q1XA 5P4GA 2ER6E 5T4SA 2QZWA 3KA2A 4H3FA 2Z54A 1OD1A 5P4LA 1HIHA 3D3TA 4DPFA 4RCFA 4AA8A 2OHMA 3EM3A 5P08A 4COEA 5AHBA 1G6LA 1AJXA 2VA7A 2UXZA 3PVKA 1SIPA 1T6GA 4TVGA 5P5AA 4AA9A 1ER8E 3PI5A 4J1KA 2BPWA 3T7QA 1M43A 5P66A 5P8IA 4CMSA 3K4VC 5P68A 3VF3A 4Y35A 2O4LA 4Y47A 5P75A 2XFIA 4J0TA 4U7VA 5P7JA 4Z22A 3VSXA 1D4JA 1BV9A 2HB3A 3APRE 5HU0A 1ZAPA 3ZKIA 3S54A 5P71A 3G72A 3SA7A 1MT7A 2ASIA 5OYRA 2PSGA 2G1SA 4R8YA 2F3FA 4I1CA 2WF3A 5P1HA 5P4BA 2I4DA 5ENMA 4K4QA 1FQ7A 5P8JA 2BJUA 1PROA 2QI3A 1HVIA 5DR7A 5DQ4A 3NU6A 4ZSMA 5P6UA 3SO9A 3M9FA 3INHA 5P5YA 5P6RA 3TKWA 5HTZA 2CEMA 5P7VA 1C6ZA 5COOA 3QIHA 3VYEA 5P2FA 1IDAA 2JJJA 1BWAA 5P51A 2BPVA 4L7GA 1NSOA 3OADB 5P89A 1D4HA 4DQCA 5P6PA 4GJBA 2WEZA 4DVFA 2P8HA 3HDKA 1YTHA 4B1DA 2WEAA 5HDXA 3D20A 5KQYA 2QMPA 5SY2A 4FAEA 4D83A 5P0CA 5OZNA 3KFPA 2AOJA 4I0ZA 4LHHA 4J1CA 5P67A 2ZHTA 3LPJA 4PYVA 2Q15A 3O9BA 4ZEAA 5P3YA 5P2EA 8HVPA 5P1AA 4B78A 5P70A 5P4JA 3LZYA 4R95A 3HAUA 1HVSA 1RNEA 3QN8A 5P3HA 4GB2A 2RENA 2BPXA 1YT9A 3UDRA 3GGAA 3K5GA 7UPJA 1DPJA 5ER2E 2FGUA 5P47A 3UHLA 3VEUA 5P0PA 3RSXA 3OHHA 3VUCA 3GI5A 3UDJA 1AM5A 3NDUA 5P76A 3BGBA 3KMYA 5P2VA 4D88A 3O9IA 5IVQA 5P23A 5P2BA 4DJVA 1W6HA 5P1PA 5I3WA 1VIJA 4L1AA 1QBUA 3QRMA 3Q70A 3R0WA 2OHQA 4Q1YA 2B60A 5P8PA 5P3AA 1FMBA 4Y50A 5P0EA 4DQBA 5P5NA 5P5RA 3OADA 1AAQA 2QI5A 2MIPA 1PPKE 5SXNA 1ME6A 5P42A 1LYBB 5OZLA 5IVTA 2FNTA 3EKVA 1HIVA 4I8WA 5OYUA 1T7JA 1YTIA 3NLSA 2XYEA 5HCOA 5E5JA 4B1CA 1DIFA 1C6YA 4ZPFA 1T3RA 5DGUA 1LF4A 5P4YA 3LNKA 3PJ6A 4I0FA 5P4PA 5DQ5A 5P2TA 2QMGA 4EP3A 3URLA 5P5TA 3PWRA 4HZTA 1BBSA 5P8OA 3CKPA 5P5WA 4RGHA 5SY3A 5P02A 1BDQA 5OZ4A 3WZ8A 2Q55A 2FXDA 4YD7A 3SQFA 5P55A 4EQJA 5OZDA 3CKRA 2HM1A 3TPJA 5C9FA 3OXXA 4Y3AA 5E5KA 2ZJLA 4GJ7A 3H5BA 1EBZA 5P8MA 2XYFA 5OZGA 1MTBA 4DJQA 3MXDA 5P8NA 2HS1A 3KMXA 4Y36A 5P7TA 2IKOA 4Y5KA 5P7ZA 2A1EA 3QPJA 2PYMA 3UPJA 5P0ZA 3OOTA 1MT8A 1LYBA 5P5GA 3SA4A 5P0IA 4JOOA 3O9HA 5P56A 3OXCA 3BRAA 5P13A 1EPQE 3TNEA 4Y5MA 1QBSA 3AUPA 2O4PA 5P43A 1RL8A 4Y3XA 1DAZC 3APPA 5P14A 4YDGA 1CZIE 2UY0A 5OYSA 1MRXA 1IBQA 2HIZA 5P4RA 2AVSA 3OXWA 1A8GA 3O9AA 2R9BA 2WF1A 5P2ZA 3WB4A 1EC1A 2OAHA 4DI2A 4I0EA 5P17A 3TPRA 1ENTE 3KN0A 4Z50A 1FIVA 5P1RA 5P1KA 1ZPAA 5P8GA 3R0YA 5P6HA 3S85A 5P1NA 1K6PA 3S8IA 3SAAA 4J0YA 4EJDA 5HDUA 3SLZA 3KT2A 5P7HA 5OYQA 5P5MA 5OZSA 5KR1A 1ZP8A 3ER3E 3LINA 5P7FA 5P7IA 3PCZA 4AMTA 2RKGA 1E5OE 3SM2A 4D85A 4OD9A 3BXSA 4A4QA 5P6GA 5P1GA 4TRYA 5OZTA 1SDVA 5P36A 2O4KA 3FX5A 5P2GA 3K4VA 4Y3MA 2R38A 3I25A 5DR8A 5P3WA 3WZ6A 6FIVA 5OYZA 2HPEA 5P05A 2G22A 1YX9A 4U8WA 9HVPA 5P6XA 2AVMA 5P4HA 5P0QA 5P3DA 5P46A 3VFAA 2QMDA 1EPRE 3KFRA 5P5JA 1XN2A 4I0HA 5EZXA 1MTRA 5P6JA 4B0QA 3OU1B 5P3XA 5ISKA 1ZSFA 4KE0A 4RRNA 3LIXA 3NU5A 5OZWA 5P1XA 3OQKA 5P4NA 2QZKA 3CYXA 4J1HA 1FG8C 1LS5A 2HB2A 1DMPA 4Y4JA 1MPPA 4J17A 5OZFA 1LEEA 4GZFA 4Y3JA 4A6CA 1A8KA 4Y4BA 1HVRA 1B6KA 1UPJA 2V16C 3TPLA 2RKFA 5P6IA 4HDPA 3D1ZA 4D8CA 2R5PA 3MSJA 3U7SA 1DP5A 4RVXA 3PBZA 1GNMA 3PMYA 5P8LA 1M0BA 4Y3FA 3VSWA 1YM4A 1D4YA 3VYFA 1PPLE 3IXKA 4Y4GA 5P3CA 3D1XA 3QAAA 5J25A 5C9DA 4Y5EA 3TOFA 2ER9E 3PCWA 1YM2A 3KDCA 5P0OA 4Z4XA 2G21A 1C70A 4B05A 5P72A 4OBGA 1RPIA 5P41A 4H1EA 5OZ3A 1E82E 2QP8A 3BC4A 5P27A 1HRNA 3CIBA 2VA6A 3HAWA 4K4PA 4OBZB 5P1YA 3QVIA 2FLEA 4J1FA 1FQ6A 3L58A 3UDQA 3NDWA 4EXHA 2P3CA 4XXSA 2OHRA 5KR0A 4OC6B 2QCIA 3RTNA 3OTYA 3OU4B 5DR0A 4GYEA 4IVSA 4TRWA 3FV3A 4OBFA 5P7XA 4E43A 5P7SA 2R43A 2Z4OA 4DJUA 5ENKA 4YA8A 2Q54A 2F3KA 2VIEA 4HA5A 2XFKA 1SMRA 5P5SA 3CICA 5P19A 5CLMA 5P4AA 5P44A 5P00A 3UFLA 4R93A 5P1CA 4GJ8A 4LC7A 3KYRA 4H3IA 4Y3SA 3IGBA 5P63A 3OQ7A 3BHEA 3QBFA 5P0LA 3PHVA 5APRE 2O4NA 5P1DA 4IVTA 5P12A 4ZLSA 2NNKA 5P52A 1K6TA 3S2OA 3HW1A 5KQFA 5P5QA 2IDWA 4OBZA 5DR3A 2P3DA 3O99A 4Y4EA 1G0VA 3LPIA 2OHUA 3SA8A 3NXEA 5P3OA 5P01A 2PMAA 2ER7E 1BV7A 5P48A 4OC6A 4BFBA 3EM6A 4FRSA 3PRSA 3OU4A 3OUBA 4Q1NA 2WL0A 1AXAA 3PMUA 3RU1A 5P3UA 1FQ4A 2QI7A 3NUOA 1HTGA 5P7GA 2ZDZA 1W51A 2OHKA 4Y3GA 5P84A 4Y3WA 5OZMA 1FQXA 1UH8A 3RTMA 3DK1A 5ER1E 5P4SA 1PSAA 3OQDA 4Y53A 1XE6A 4DQFA 4Y51A 3LZSA 3UDKA 5TOLA 2A4FA 1MRWA 2WEBA 4F73A 5HE4A 2Q64A 4J1IA 5P4DA 1BDLA 3L5DA 5P3KA 3L5CA 5P2RA 4RYCA 5C9BA 5ISJA 3O9GA 3KDDA 5P6MA 1G35A 2R5QA 4S1GA 5P3QA 1SIVA 5OZ8A 1HHPA 5P4CA 2NXLA 1WBMA 4FRJA 4FSLA 5P1ZA 4HDBA 2SAMA 4Y39A 5IS4A 3RVIA 2OF0A 5P8QA 1AJVA 5I3XA 4YD5A 5P3VA 3SKGA 4PEPA 4XKXA 3ZPUA 1NPAA 1B6JA 2FIVA 3NWQA 5OZYA 3QROA 1MERA 5P6ZA 4Y45A 5P3SA 2P3BB 5F01A 5P37A 1UH7A 2ZHSA 3DUYA 5P1OA 4X2LA 2PH8A 3ZMGA 3EC0A 4CPWA 2BPYA 4J1EA 2FDDA 4YDFA 1OEXA 1HIIA 3IVIA 2FDEA 2XFJA 4LAPA 4RROA 1QBRA 3Q4BA 1Z1RA 1EC0A 5P69A 4QLHA 6APRE 5P4MA 4HEGA 3K5FA 1CMSA 3N3IA 5P5UA 3FNUA 7HVPA 5P78A 1KZKA 1IDBA 3ZPTA 1E80E 3UF3A 1IZDA 1LYAB 3KDBA 5P26A 4FIVA 5BRYA 5P8KA 5P5EA 1TZSA 4Q1WA 5HD0A 1HTRB 3DJKA 3LIVA 1U8GA 5P6EA 2F8GA 1EPNE 4PZXA 1BWBA 5OZRA 1NH0A 4KE1A 3R1GB 4PZWA 5P7CA 5P1VA 2FDPA 2ZGAA 5I70A 1TW7A 4RCDA 4FAFA 5P5ZA 3T6IA 2OHNA 1GNOA 3BVBA 2G69A 5P30A 5P8FA 5P6YA 2AZBA 4Y37A 5EZZA 4DPIA 4LL3A 5P5VA 5P8CA 3NDXA 3TOGA 4Y4XA 2ZHUA 5P6VA 3LHGA 4YD3A 5P5BA 2QU2A 5P18A 4EWOA 2I1AA 3BVAA 4FLGA 4NKKA 3PLLA 3UDYA 1HOSA 5AH9A 1RQ9A 4FS4A 5P03A 3EL1A 2AODA 3OU3A 2VKMA 1JLDA 5P0AA 4NPTA 2QNPA 2AOHA 1APUE 1D4SA 1HVJA 3WZ7A 1EBKC 2AIDA 2CEJA 3T7XA 3ZL7A 5JG1A 4M8YA 4X7IA 4JPCA 2F3EA 3ZKGA 4ZIPA 3HVPA 3O9FA 5P8DA 3NSHA 5P09A 2I0AA 2QI0A 5P2OA 5P2DA 5P2SA 4JECA 3NWXA 4GJAA 4FE6A 2J9KA 4Y43A 4R5NA 4L7HA 1BIMA 2PYNA 3NU4A 3D1YA 5HCTA 2Q11A 2I4WA 4DV9A 3WB5A 4B72A 5P74A 1KJ7A 1OHRA 3F9QA 2BKSA 1HPSA 4F74A 1HBVA 3UQUA 5P0MA 5I3VA 1ZLFA 1LZQA 1SDUA 3SM1A 4NJTA 2G94A 3K5CA 5P2HA 5P5IA 2ZJMA 2R3WA 4K8SA 6UPJA 1PSOE 3OXVA 2WF2A 5P0GA 1FMXA 1GVUA 2PQZA 1N49A 2NTRA 1PSNA 3TH9A 5OYWA 1BVGA 1KJFA 1FB7A 5P6OA 5KQZA 5AHAA 3UFNA 5OZEA 5OZHA 4Y5LA 5P6WA 5P2KA 3SA9A 3BXRA 2G1RA 5P64A 3IN4A 5P4KA 5P04A 3PSYA 5P7AA 3T11A 5BS4A 5P4ZA 3L3AA 4QJ6A 5P35A 4H3GA 2FNSA 4RZ1A 2H6SA 4APEA 1HSGA 4Z2ZA 5P0UA 1GVVA 2PK6A 5AH6A 3BUFA 5CONA 2ZYEA 4MC2A 3OUCA 4Y3LA 3RSVA 2AOEA 4ZPEA 3B80A 5P2QA 5IE1A 3ZKSA 3HBOA 1GNNA 2QU3A 3VFBA 4I0IA 4CKUA 5P1EA 1E81E 5P1FA 1A9MA 5P2CA 5P4OA 2VIZA 5OZXA 5P0TA 4Y3RA 2NXMA 5OZZA 5UPJA 2IL2A 1BAIA 2UPJA 3VG1A 3PWWA 4ACUA 3EKXA 5P8RA 3GGXA 4Y4DA 2OHSA 3ECGA 4Y54A 3FKTA 3EKQA 1FKNA 5P7KA 4LP9A 1NPVA 4RVIA 2QD6A 2VJ7A 2WJOA 1T7IA 5P22A 5P4VA 4Y6MA 1XN3A 2B8LA 5OZIA 1W5WA 4Y41A 2R3TA 5KOQA 4Y4WA 4Y5NA 4R92A 5P58A 5KR2A 2BB9A 4DJWA 3GI4A 1G2KA 4PPHA 4Y3DA 2QHZA 5FIVA 5P5FA 1OEWA 4OBHA 5P2XA 2I0DA 5OZCA 5OZVA 2IQGA 4I12A 2ZJJA 4Y3NA 4BFDA 5P2UA 1B6PA 5P5KA 4QJ9A 4QJ7A 3DOXA 3ST5A 5P2LA 5P2JA 1FGCC 2HAHA 4PHVA 4I0DA 1TSQA 4ZSQA 1T7KA 2WF0A 5P5XA 5COPA 5P31A 2QNQA 3O9DA 3K5DA 4CPRA 3R4BA 1A30A 3OUDB 5P0XA 5OYVA 5DGWA 2PC0A 2RMPA 3IAWA 3PSUA 3GGVA 3SKFA 1HSIA 1D4IA 5P1LA 4NPUA 2PH6A 4DJRA 1B5FB 1ZSRA 1K6CA 2O40A 3I6OA 4KUPA 5P7LA 5P6QA 5KQXA 3ZOVA 5OZ1A 5P39A 3LIQA 5P3EA 2QHCA 1MEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NPH A;  3VLA A;  4OBJ A;  2EWY A;  5KAO A;  2IRZ A;  4J55 A;  5HVP A;  2JE4 A;  3AID A;  5P6D A;  3DM6 A;  4GJ6 A;  5AHC A;  4YD6 A;  3GGU A;  4EJK A;  2QMF A;  5P4F A;  2PK5 A;  5P3L A;  5KOS A;  2Q63 A;  2OHP A;  2G27 A;  5OZ7 A;  4RYG A;  4AZY A;  3EXO A;  1HEF E;  5P7D A;  2WKZ A;  5P8U A;  1ODX A;  4BEK A;  4F76 A;  1A94 A;  2QHY A;  5HU1 A;  5OZB A;  5P8B A;  4MC1 A;  2ZJN A;  3JVY A;  4YOA A;  3JW2 A;  1W50 A;  5P24 A;  3LPK A;  1YTJ A;  1IZI A;  1TCW A;  4YCY A;  5P6L A;  5P0S A;  4GJ5 A;  5OZU A;  2BBB A;  4Y48 A;  3OK9 A;  2HC0 A;  3PB5 A;  5AGZ A;  1J71 A;  2OHT A;  1FFI C;  2V11 C;  1IZE A;  5P20 A;  3FIV A;  1ODW A;  4Q1X A;  5P4G A;  2ER6 E;  5T4S A;  2QZW A;  3KA2 A;  4H3F A;  2Z54 A;  1OD1 A;  5P4L A;  1HIH A;  3D3T A;  4DPF A;  4RCF A;  4AA8 A;  2OHM A;  3EM3 A;  5P08 A;  4COE A;  5AHB A;  1G6L A;  1AJX A;  2VA7 A;  2UXZ A;  3PVK A;  1SIP A;  1T6G A;  4TVG A;  5P5A A;  4AA9 A;  1ER8 E;  3PI5 A;  4J1K A;  2BPW A;  3T7Q A;  1M43 A;  5P66 A;  5P8I A;  4CMS A;  3K4V C;  5P68 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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