3PB5A

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pb5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pb5A01
3PM4A 1T7JA 2ZHUA 3BC4A 5OZSA 4Y3GA 3AIDA 5P7MA 4YHQA 1CPIA 3N4LA 1W5YA 3HLOA 2IKUA 2VS2A 4J0ZA 2OHTA 1KJ4A 4GYEA 3TH9A 2R43A 5P7OA 1HTFA 4PYVA 3TNEA 3KMXA 1ZPKA 1B6MA 1FQ7A 5P5RA 1FMUA 5P1WA 3LNKA 5OZWA 3MSKA 4NJTA 4Y5LA 5P28A 5P4BA 1PSNA 3LZVA 3PBDA 3QIHA 5HCTA 4FRIA 4Y4AA 5P1VA 2PH8A 2O4PA 5OYXA 2R3TA 1HVRA 2CEJA 5P12A 5P43A 4J55A 1TCWA 1NSOA 2R8NA 1XN2A 2VJ9A 2QZKA 4HEGA 3O9DA 3URLA 1F7AA 1WBKA 1HSHA 2G1RA 5P0NA 2PYMA 2O4KA 3JW2A 4LHHA 1MTRA 5UPJA 3RSXA 3GGXA 3DUYA 2QD6A 4MC6A 2Q3KA 4Y3RA 5P2CA 3PLDA 3ZOVA 5P7EA 5P8PA 4J17A 3NU5A 5OZXA 2OHPA 2IGXA 3PWWA 1QBSA 3LIQA 5DR1A 2AOEA 4Y4DA 5P17A 5P36A 4YBFA 1LYAA 3OQFA 5P3YA 2B7ZA 3TLHA 3EL5A 4R93A 5P1QA 2PMAA 1YTGA 4ER1E 3L38A 5P0BA 2ZHSA 1YT9A 3TOFA 4CPXA 5P2NA 5P14A 3OUCA 1SGUA 2WEZA 3LIXA 5P3WA 3SA6A 4HDFA 5P1IA 4GZFA 2VJ7A 5P7ZA 3VFBA 5P0OA 1BBSA 4Y9WA 5OZ3A 1HVHA 7HVPA 2QP8A 2ZHVA 3TPJA 1FMXA 2R9BA 5P5PA 3OWNA 1AZ5A 5OZ4A 3EL9A 1HEGE 4J1HA 3ZPUA 4Z4XA 5P1MA 4RROA 2A1EA 4FAEA 2WL0A 5P41A 1M4HA 5P3JA 2I1AA 5KQXA 3TPRA 5P7WA 4GMIA 1IVQA 1MT9A 2JE4A 3QRSA 2AOFA 5P48A 2NXLA 3BUHA 5OZVA 1C6YA 4J1IA 4DQCA 5P6KA 1RL8A 1EBYA 1T6EX 5JFPA 3S85A 5P7HA 5P0QA 5P25A 3H5BA 5P87A 2F3KA 5P4EA 4MC1A 3QBFA 5P8HA 3UQXA 1PSOE 1IVPA 1APWE 3R1GB 2PSVA 4L7JA 4Y4ZA 4Y3NA 1EEDP 1TCXA 2BKTA 4Y3DA 5DR8A 5E5JA 2QU2A 4GJCA 5AGZA 3ZPTA 3I7EA 3IVIA 3IXJA 2AOHA 5P5YA 1SDVA 2R38A 1MUIA 5P7LA 4QJ9A 3SKGA 4NPTA 1AJXA 1SIPA 2F3FA 3WSJA 3O9GA 5P31A 5P75A 3INEA 5P6YA 3SA3A 5P65A 5P2HA 4ZSPA 5HU1A 2H6SA 4Y54A 1HVJA 4Y35A 5P8JA 2QMPA 1UH7A 5OZTA 1E81E 4IVSA 2FXDA 5P64A 5P03A 3QI1A 4KE1A 4HZTA 4FLGA 2QI0A 4QJ8A 2I4DA 4NJVA 5P6CA 3O9LB 5COPA 2IS0A 5P1DA 2P3BB 4Z2ZA 3EMYA 3VCMA 4YOAA 2QHZA 5I3YA 3VV6A 5P7AA 5KR1A 5P2IA 3UDNA 4CPSA 4Q1WA 1ZSRA 5EZZA 1LF4A 5HU0A 5P3UA 5P4OA 5APRE 4Y5KA 1BDLA 5ISKA 5P2KA 5KOSA 1MEUA 5P35A 5OYTA 1MERA 3UQWA 3ZKXA 2BQVA 1K6TA 1VIJA 4HDPA 5P8FA 4APEA 4R92A 3LPKA 5OZHA 4YD6A 4WY1A 4Y4BA 3D1ZA 5KR2A 4YOBA 5P57A 5P4NA 5P7GA 4EPJA 4FL8A 4ZSMA 5P0VA 3NLSA 1XE6A 3KFPA 5P6WA 4QJ2A 5P15A 2FXEA 4Y43A 3OU1B 5P5AA 2G1SA 5P7QA 2V13A 3ZKGA 3UDQA 1FB7A 5P0UA 4ZPFA 1RPIA 3PVKA 3VF3A 1MIQA 1DP5A 5P6ZA 3FNSA 4B0QA 5B18A 3K4VA 4MC9A 5P8MA 5P1TA 1PPKE 2XYEA 1AVFA 2HM1A 3PSGA 5P8OA 4EWOA 4FCOA 4DJYA 4EP3A 1SBGA 4OD9A 4OBZA 2WHHA 5COOA 3NXEA 1CZIE 3MXDA 2HPEA 5P1ZA 5P5QA 1BDQA 1HWRA 2Q63A 2I4WA 4CPUA 5P56A 2V16C 3OXWA 5IVRA 4DJQA 5P27A 5P5BA 5P2UA 2OHLA 3EL0A 5P7BA 5ER1E 4A6BA 3LZUA 4EJKA 5BS4A 1AAQA 5P81A 1B6LA 4DH6A 3OOZA 1IDAA 1YG9A 5P7VA 4FAFA 2R3WA 5P4IA 1FQ5A 4Y3AA 3I2LA 4PZXA 1BWBA 5P7DA 1OHRA 1UH9A 3OGQA 1W5XA 3NDWA 5P1HA 1EPLE 5P3TA 3CYWA 1HVKA 5F00A 5P1KA 3PCWA 2NMYA 2AVSA 1M0BA 4AZYA 2UXZA 4NPUA 5P7TA 4EJ8A 1HIIA 5P6UA 3EKQA 1EBWA 4GJDA 2XYFA 1G35A 1EC0A 1BILA 3F9QA 5AH8A 1A8KA 4Y36A 1Z8CA 1BXOA 2PSUA 2WJOA 4GJ9A 5P2RA 3O9FA 5KQYA 2PK5A 5P2VA 2NMZA 3KMYA 5OZRA 3MWSA 1KZKA 2IENA 3DV5A 4Q5MA 5P8UA 2OHRA 3UFLA 2FMBA 1FIVA 3EL4A 5P5DA 3TOHA 1BV7A 5P6VA 4DJPA 1EPPE 4RRSA 5OYRA 1FGCC 4EP2A 5P62A 2IRZA 3SQFA 1K1UA 2Q54A 5P30A 1PROA 4U8WA 3BGBA 3RTHA 5P11A 3OUDA 2AQUA 5DQ1A 4DPIA 5P0SA 2J9KA 1C70A 2VIJA 3BUFA 5P84A 3NU6A 1LYAB 5P32A 2QI1A 3URIA 3VF5A 3O9HA 3KDBA 2PC0A 5P0XA 3PWRA 3TOGA 3Q70A 5KR8A 1HEFE 4I1CA 5P83A 4QJ6A 3TKWA 4B77A 4GJ6A 3S53A 2I4VA 2QZLA 5P78A 1NPAA 2CEMA 5CLMA 5P0IA 2R5PA 4QGIA 5P4MA 4Y3SA 2O40A 4OBFA 1EPOE 1D4LA 4M8XA 2R5QA 3FNTA 5IVSA 1XDHA 1ZTZA 1YM2A 4F75A 1FG6C 3KYRA 4I12A 4TRWA 3FV3A 5P1UA 5AH7A 5P26A 5FIVA 4RRNA 5OZIA 5P44A 3OHFA 5OZ0A 3S54A 4EXGA 5P2XA 1PPME 1OEWA 1KJHA 5OZCA 5P01A 4RVJA 4Y5NA 5KOQA 3KFSA 3O9AA 1Q9PA 5P3KA 4FRSA 4H3FA 3VYDA 3SACA 5P86A 3K4VC 3EKPA 1MSMA 4KE0A 5P0FA 1EAGA 3L5FA 5P3QA 4A6CA 3G6ZA 5OYUA 5P1GA 5P8DA 5I3VA 4EHCA 4I0EA 1SP5A 3SM2A 4LL3A 2QI4A 5DGUA 5P5HA 3ER3E 4IVTA 4YBIA 1C6XA 1PFZA 4Y3LA 4YCYA 2PWCA 3NDXA 3OHHA 5P3EA 2ZJIA 2JJIA 5P1OA 3S2OA 2FGUA 3LITA 4XKXA 1KJ7A 2G1OA 2QMFA 3HZCA 4B1DA 5P7XA 2G22A 4J54A 4BFDA 1TQFA 2PWRA 4F73A 2QHCA 1LEEA 4Y3EA 3ECGA 2HS2A 3BGCA 3DM6A 3IGBA 5P80A 1C6ZA 5P8AA 1LYBA 4I0FA 2P3DA 4BELA 5HTZA 3EBZA 3HD8A 3K5GA 5P2LA 4GJ8A 2QI3A 5OZQA 2P8HA 4PEPA 5P8NA 5OZLA 3RTMA 5P68A 1HPSA 1FQ8A 3KT2A 1RV7A 2UY0A 4YDGA 1FQ4A 4DQBA 2AZ8A 1E82E 4D88A 5P72A 3SA7A 4PZWA 5P2YA 2ZJNA 3OK9A 4RCDA 2ZJKA 4RGHA 5P4WA 1FF0C 1XS7D 3T6IA 3L58A 3INDA 1D4YA 4DQGA 3IN3A 3KA2A 5P2BA 3UDKA 1A9MA 2FGVA 5P38A 2CENA 5ER2E 1HIHA 1G0VA 5OZ9A 2P3AA 3PCZA 1IIQA 5P2AA 5OYZA 3SA8A 3FKTA 4ACXA 3UF3A 5P3VA 3D3TA 3QRVA 2IQGA 1IZDA 2ER7E 1FG8C 5P8GA 4CP7A 3PLLA 1OEXA 3OTSA 3QVCA 1NH0A 4YD4A 5OZ5A 3FX5A 4Y4TA 1Z1HA 2AVQA 2JYSA 4K4QA 3K1WA 1SDUA 5P71A 1DAZC 4OD9B 4ER2E 1BVEA 2QAKA 4OBZB 3ZMGA 3NYGA 3S45A 5P8VA 3VV8A 4Y44A 5P7SA 4RVIA 4J0VA 2HIZA 1LF2A 4A4QA 4JOOA 5P39A 5P2ZA 4OBDA 3R2FA 3TL9A 1RQ9A 5DR3A 4AA9A 3T7QA 4LBTA 5I3XA 3B7VA 1M43A 3VYFA 5P8SA 2HPFA 4YD3A 5SY3A 4J0PA 1HHPA 5HVPA 1EPME 5P6IA 2HC0A 1META 3KT5A 2ZJMA 3O9BA 1NPWA 2OHSA 3EC0A 3SFCA 2NXMA 2B8LA 4WY6A 3CMSA 4JP9A 5P67A 3DV1A 2QD8A 2WF3A 3MSJA 2QNQA 5P76A 1A8GA 5PEPA 2AVVA 3GI5A 3O9CA 5P10A 5IS4A 5OZ8A 1XL2A 1K2BA 5COKA 1F34A 3DOXA 3NXNA 1B5FA 3PMYA 2VKMA 4DJVA 3RSVA 2Q11A 5P1XA 3EXOA 4DV9A 5P5UA 4ZPGA 1ODXA 4FM7A 5ENKA 2I4XA 2ZHRA 4Y4EA 5IVTA 5P4AA 4FRKA 4Y41A 5P3LA 4Y38A 2OHQA 6FIVA 5OYQA 5P3BA 1PSAA 4YCTA 5P3XA 4K9HA 1SIVA 5P3CA 4YD7A 4EQ0A 1QS8A 3QROA 3OQKA 4KUPA 3OUDB 4QLHA 4DJWA 3UPJA 3UQUA 1APVE 5P8QA 3PI5A 3EM4A 5P5EA 3ZLQA 2B60A 2XFKA 5OZ6A 2F80A 2FLEA 5OZMA 6APRE 3OU4A 2QI7A 3UCBA 3CICA 1PPLE 2WKZA 5IVQA 1APUE 3Q5HA 2NR6A 3NUOA 3OTYA 3PHVA 4Y50A 3T7PA 2FS4A 1ODWA 5HDUA 2BPXA 4B1CA 4Y5EA 3VEUA 4HE9A 2AOIA 5P34A 2OAHA 1GVVA 5P0PA 4FSLA 4AMTA 3HVGA 3IA9A 4KB9A 5P0RA 5P5NA 5P70A 5P1PA 5P4FA 3GGUA 3G72A 5DR0A 2FIVA 4TVGA 2O4SA 2BPWA 3NWQA 4DUSA 1MT8A 3LPIA 2PQZA 4K8SA 1GVWA 5P3RA 3PB5A 2I0AA 2WF0A 2B8VA 4K4PA 4RYCA 1W6HA 1MTBA 3VFAA 2RENA 1BDRA 5P2EA 2G20A 4DQHA 4HDBA 4RZ1A 1EC3A 3FSMA 4DFGA 3N3IA 3APPA 5F01A 5AHBA 2QNNA 4B05A 5P0WA 5P0ZA 4RCFA 5P2SA 5P6DA 1ZP8A 5C9BA 2WF4A 5DGWA 5OZDA 4HLAA 5P2TA 1DPJA 3OGPA 3WZ7A 1Z1RA 4TVHA 4I8WA 4FSEA 4H1EA 4NJSA 5C9FA 5HE7A 3APRE 5P13A 1MRXA 1G2KA 5I70A 4Y3FA 5OZGA 1B6PA 2HB4A 3OOTA 5P5OA 5P3FA 2F8GA 3OADA 4LC7A 5P73A 4L1AA 4S1GA 5P50A 4FS4A 4Y4XA 3INHA 5KQZA 4UPJA 5P6NA 4Y6MA 3EKXA 2V00A 3QAAA 3VF7A 2PH6A 2ER9E 4I0HA 5OZPA 2AODA 2VA5A 3ZKNA 5P74A 2QU3A 1QBRA 3UDPA 4J1KA 1W6IA 5P82A 1GVTA 5DR4A 1LYBB 5P2MA 5P5IA 5P54A 5P6EA 3GGAA 1HVCA 3KFNA 4Y45A 1JLDA 4PHVA 1HPOA 2VNNA 3LINA 3CIBA 4Y3TA 4OBHA 5P5MA 5P0GA 2IDWA 1DIFA 3HAWA 1FMBA 5OYSA 2WEDA 1RNEA 5OZEA 5P07A 2P3CA 5P6AA 1HXBA 1DMPA 5P5CA 5IE1A 5P6PA 5P1BA 3EKVA 3NDUA 2AZ9A 5P6HA 3QP0A 4H3IA 2OF0A 5P52A 4LXAA 5OYWA 3OXVA 4GJAA 1GNOA 5P0MA 3GI4A 5P51A 4QJ7A 3DK1A 4L6BA 3L5BA 4Y47A 3BVBA 2O4LA 3BUGA 2UPJA 3LIZA 4FIVA 5OZ7A 4Y57A 3TTPA 1B6JA 4X7IA 5P4VA 4OBGA 1SGZA 5P0TA 5P45A 1D4SA 4R95A 1IDBA 3PGIA 5P6LA 3UTLA 3D1XA 4RLDA 2ZGAA 3A2OA 7UPJA 1FFFC 5P3NA 1HRNA 3WB5A 5OZKA 5OYYA 1ODYA 1TW7A 5P0DA 4Y5AA 3CYXA 3PI0A 1FFIC 5P8TA 1D4JA 2VIEA 4Y3HA 5P1FA 4JPEA 5P60A 4NKKA 3PSYA 1MPPA 2BPVA 5P1SA 3IAWA 2BPYA 4TRYA 4HA5A 1FLHA 4Y39A 1NPVA 3T7XA 3OY4A 1EPRE 3I6OA 1AJVA 3OUAA 5P2WA 5P3IA 4I0GA 2HB2A 5HDXA 3UDRA 5P5FA 5P8RA 2AVMA 2V10C 2QZWA 1APTE 5P6RA 2OHNA 3QPJA 5P2JA 1AM5A 4FGXA 3IXOA 5P4UA 3UQRA 2J9JA 5P3HA 3S56A 2XFJA 3INFA 3R0YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PM4 A;  1T7J A;  2ZHU A;  3BC4 A;  5OZS A;  4Y3G A;  3AID A;  5P7M A;  4YHQ A;  1CPI A;  3N4L A;  1W5Y A;  3HLO A;  2IKU A;  2VS2 A;  4J0Z A;  2OHT A;  1KJ4 A;  4GYE A;  3TH9 A;  2R43 A;  5P7O A;  1HTF A;  4PYV A;  3TNE A;  3KMX A;  1ZPK A;  1B6M A;  1FQ7 A;  5P5R A;  1FMU A;  5P1W A;  3LNK A;  5OZW A;  3MSK A;  4NJT A;  4Y5L A;  5P28 A;  5P4B A;  1PSN A;  3LZV A;  3PBD A;  3QIH A;  5HCT A;  4FRI A;  4Y4A A;  5P1V A;  2PH8 A;  2O4P A;  5OYX A;  2R3T A;  1HVR A;  2CEJ A;  5P12 A;  5P43 A;  4J55 A;  1TCW A;  1NSO A;  2R8N A;  1XN2 A;  2VJ9 A;  2QZK A;  4HEG A;  3O9D A;  3URL A;  1F7A A;  1WBK A;  1HSH A;  2G1R A;  5P0N A;  2PYM A;  2O4K A;  3JW2 A;  4LHH A;  1MTR A;  5UPJ A;  3RSX A;  3GGX A;  3DUY A;  2QD6 A;  4MC6 A;  2Q3K A;  4Y3R A;  5P2C A;  3PLD A;  3ZOV A;  5P7E A;  5P8P A;  4J17 A;  3NU5 A;  5OZX A;  2OHP A;  2IGX A;  3PWW A;  1QBS A;  3LIQ A;  5DR1 A;  2AOE A;  4Y4D A;  5P17 A;  5P36 A;  4YBF A;  1LYA A;  3OQF A;  5P3Y A;  2B7Z A;  3TLH A;  3EL5 A;  4R93 A;  5P1Q A;  2PMA A;  1YTG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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