3PCWA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pcwA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pcwA01
3SA6A 1QBTA 4DQGA 1UPJA 5P8QA 3PCWA 3Q70A 4PZWA 2IDWA 3IVIA 4B05A 5P55A 3UTLA 4FRSA 5P6OA 4LXAA 4NJVA 4EXGA 5P15A 3KMYA 5P72A 5P7EA 2V16C 1W6HA 3PWWA 5P07A 3PM4A 1QBRA 2NTRA 3G72A 5P26A 1SBGA 2OHNA 5P2DA 1BIMA 1W5YA 5OZIA 3OUAA 5AGZA 3K5DA 2G94A 2V00A 3BXRA 4RLDA 1XE5A 1XL2A 5P63A 5P7NA 5P5OA 5P8AA 2ZHSA 1ZTZA 2QK5A 4FSLA 5P0NA 5HVPA 2AOHA 5HU1A 5OZMA 5P65A 5P3BA 1W50A 2VIEA 5HE4A 2SAMA 3PWRA 5P8PA 3KYRA 3TPJA 3ZKMA 5P19A 3K1WA 4ER1E 4HVPA 3KFPA 5P0SA 4FL8A 5P6RA 1CZIE 6UPJA 4D8CA 1TCWA 5C9FA 4L1AB 3LNKA 5P8JA 5P5UA 3K5CA 2QU2A 7HVPA 5HE7A 2R43A 5P8GA 3CYXA 5OZGA 1HPOA 4NJSA 5P2CA 3RTHA 4YD3A 3BVAA 5P0TA 5HD0A 2QI0A 1SIPA 5P7SA 5DQ2A 1A30A 5PEPA 1AVFA 5P1CA 2ZE1A 3IA9A 5P4XA 4I0EA 4YDFA 1E80E 1EC3A 2ZHVA 2AOJA 1BVEA 4OBDA 5SY2A 5OZCA 5P7KA 1ZLFA 5KR1A 5P0KA 1Z8CA 4TRWA 1W6IA 4Y3HA 5OZ6A 5OZOA 5P75A 5P3IA 1C6ZA 3QAAA 3F9QA 5OZLA 4GJDA 4AA8A 5KR8A 4Q1XA 3QS1A 5HTZA 3IGBA 5P42A 5P1WA 5OYTA 1C70A 1FFFC 1D4IA 4OBFA 3VFAA 5P73A 5P3GA 3CICA 5P2ZA 4DJQA 3OUDB 3FSMA 3ZKSA 4I8ZA 3URLA 5P3QA 3H0BA 2P3BA 2OHMA 5IVQA 3VSXA 1PROA 2HB3A 5P7UA 3INEA 5OZ3A 3D3TA 1FB7A 1C6YA 2BPVA 2BBBA 2NPHA 3NDUA 5E5JA 4K9HA 3T3CA 2HB2A 5JFUA 2J9JB 4WTUA 5AHBA 2I0DA 4QJ8A 5P2YA 1HVCA 3RTMA 3G70A 1VIKA 2NR6A 3BRAA 4YA8A 5P4FA 1D4KA 3PI0A 5P61A 3SKFA 5P1FA 4J5JA 2QP8A 3UDKA 3K5FA 5OZVA 5F01A 3ZKGA 3UQWA 1NPAA 4PEPA 5P38A 5P69A 5P6GA 2Z54A 4FSEA 3SKGA 4APEA 4ER4E 5P31A 4FM7A 3T6IA 2Q3KA 3T7PA 2AVMA 5OYWA 1IBQA 1HHPA 1WKRA 2O40A 3QI1A 4K4QA 2P8HA 5P5VA 6APRE 1EC0A 2OAHA 3TKGA 4Y35A 2QHZA 1MERA 3I7EA 1WBMA 5DR1A 1C6XA 3SQFA 1SIVA 1EBZA 3TH9A 3U71A 1LEEA 3WZ8A 5P5TA 2PK5A 1N49A 5P4BA 4L7HA 3HLOA 3R0WA 2AZ8A 5P35A 5ISKA 1BV9A 1RNEA 2XFJA 4YD4A 3TNEA 1MVPA 1KZKA 3OXWA 5P1OA 4Y4DA 4DJRA 5P80A 5P7XA 2OHQA 5OZDA 5P01A 4CP7A 5P30A 4BFDA 4Q1YA 1W51A 5P5FA 5P81A 3Q4BA 2VJ9A 4ZSPA 1F7AA 3FX5A 5P6DA 5P53A 5P70A 1T6EX 3QN8A 4DJYA 2QD8A 2ZJKA 3GI5A 1ZP8A 2F3EA 4JP9A 1MTBA 1HVSA 2I4UA 2Q11A 1BXQA 1TQFA 4Y39A 3SM2A 3KFSA 5KQFA 3CMSA 1HXWA 4TVGA 5P7BA 3O9FA 2V13A 4Y5GA 2AOEA 4LAPA 2ZYEA 2ASIA 3TKWA 2OF0A 4FS4A 3VF7A 1HTGA 3TOGA 1EPME 4I0JA 4OC6B 5P4YA 3NXNA 3T7XA 4Y4ZA 5P4MA 2BKSA 1T6GA 5SY3A 2WJOA 3G6ZA 1TW7A 2BQVA 3BXSA 4J1FA 5APRE 5P3LA 2HS1A 3SA8A 3VF5A 4Y58A 3UDHA 3KDBA 4Y3TA 1B11A 1GVUA 2O4SA 1G6LA 3DK1A 5P86A 2I4DA 4AA9A 1IIQA 1IDBA 2IGXA 4KE1A 3ZPUA 5P51A 4R95A 1ER8E 3QBHA 4L7JA 1DPJA 5P83A 3L5BA 4WY6A 2QZLA 4DJOA 2RKFA 3M9FA 4CMSA 5P7JA 3O9IA 5P4CA 5P4IA 4B1CA 4Q1NA 9HVPA 3L58A 4ZSMA 5OZJA 3VCMA 4Y3DA 3UDJA 1A8GA 3BVBA 4J1HA 3ZPSA 1SMRA 3Q6YA 5EZZA 5P7HA 1BV7A 1ODYA 3OXXA 3S7MA 1YTJA 3O9AA 1B6MA 4EJLA 3OQFA 3D91A 5P46A 5J25A 5P29A 1LYAB 1GVTA 3HW1A 5P8SA 1KJHA 4I0GA 3FIVA 5P5XA 1HTFA 5AH7A 4LL3A 5P6SA 5P6YA 1LYBA 2VA5A 3EL1A 5DGUA 2P83A 3NDTA 1AIDA 3OHFA 5IVRA 2QU3A 4R91A 3ZLQA 3B80A 5P6CA 5P18A 3EKYA 2P3AA 4Z4XA 4J55A 4PPHA 3IXJA 3QBFA 1KJGA 2WECA 4Y50A 4Y5EA 4QJ9A 1IDAA 5P2JA 4YCKA 2WHHA 1OEXA 3TOFA 2Q63A 1EPPE 1XL5A 5P0GA 1APUE 4M8XA 2R9BA 5P28A 3DJKA 4DVFA 3SA4A 2HPEA 4EYRA 5KR0A 3ZPTA 3INHA 4YD5A 3DM6A 4CPRA 1MT7A 2ER0E 3BGCA 1CPIA 5P2OA 4FLGA 5P40A 1T3RA 2ER9E 2F3KA 1PSOE 2QD6A 2HM1A 4RVIA 5P5LA 2G1NA 2O4NA 3O9EA 5P1SA 3SA7A 1D4LA 3OGPA 3VF3A 2I1AA 5P8UA 3PSUA 5P06A 3HVGA 5P3EA 3TOHA 3D20A 3S85A 5UPJA 1FG6C 4FCOA 3ZKNA 4OBGA 1K6VA 1Z1RA 3IXKA 5P17A 5P52A 5P5KA 3VSWA 4YOAA 3R0YA 3UQPA 3PBZA 3NYGA 5P5QA 3HBOA 4EJDA 1G35A 4YHQA 3LIQA 3CYWA 3VV8A 5P45A 1GVXA 5KQYA 1Q9PA 4H3IA 5P8RA 1EEDP 3OU4A 1D4JA 1RQ9A 2P3CA 5P02A 2BPXA 5OZQA 2A1EA 3HAWA 3OHHA 5P1PA 5P4QA 3WB5A 2Q5KA 3D1XA 1BILA 5CLMA 5OZ2A 5P8OA 5P48A 3UDQA 2O4PA 4GMIA 4J1CA 1IZHA 1ZPAA 5P8BA 4RCDA 2OHTA 5P7PA 1AZ5A 1HSGA 1ZJ7A 3O9BA 4XX4A 5P6KA 2ZGAA 4HE9A 4RGHA 1DP5A 2QI7A 4D88A 5P4WA 5P6UA 2AVVA 4Y3AA 2PSGA 5AH8A 3S43A 4Y9WA 2JJJA 5P2GA 3OU3A 3UFLA 5I3XA 1FFIC 1TSQA 5P2AA 4Y38A 3WB4A 1MSNA 3D1YA 3UQRA 4CPWA 5P7QA 2VJ7A 5P5ZA 4Y3MA 2G21A 2FS4A 2QMGA 4Y3YA 5P37A 3SAAA 4XXSA 3NDXA 1KJ7A 3KDCA 2P3BB 3UDYA 4FAEA 5P03A 4FE6A 5P0MA 3S7LA 5P3VA 3FNTA 3EKVA 5P0AA 4OD9A 4Y44A 2G1SA 5P1LA 1HOSA 3A2OA 5P7VA 1HVLA 3FNUA 2ZJMA 5OYXA 4I0FA 4JPCA 1EPOE 5HDXA 5KOQA 4CPTA 3RU1A 3BHEA 1F34A 5P0VA 2NXMA 3L38A 3UDNA 5DGWA 1W5WA 5P62A 2PYNA 3OUCA 4Y3GA 4K8SA 5P2UA 5OZTA 4RRNA 5P6EA 4Y45A 5OZ9A 1Z1HA 5P3YA 4GJ6A 5ENMA 2WEBA 3LINA 3EL0A 3CKTA 2AOGA 2FGUA 5P44A 5HDUA 1MESA 5P3DA 2AVOA 4QLHA 3S56A 1GKTA 1TCXA 4OBHA 3OU1A 5ER1E 2NMYA 3LIYA 2J9KA 3NU3A 2UPJA 5P14A 4Z22A 2G24A 4EJ8A 1IZEA 5ER2E 1ZBGA 3LITA 4Y4BA 5HE5A 3SACA 5SXNA 4YBFA 2I4VA 2Q54A 5P8NA 2VKMA 2PH6A 5P88A 4AZYA 5P0EA 3WZ7A 1M0BA 2P3DA 4Y4TA 4ZPGA 5P6ZA 3INDA 2F3FA 3LZVA 3PVKA 1HRNA 3EKQA 1EPNE 3HAUA 1DMPA 5OZ8A 4BEKA 2WF0A 5P3SA 5P09A 4R93A 4Y57A 2IKUA 1XN3A 5P64A 4LXKA 4Y5LA 4CPXA 3SM1A 1HSIA 5OZPA 5BRYA 5JODA 3IVHA 3CKRA 3NSHA 2IGYA 5B18A 1VIJA 3EKXA 5P60A 4OBJA 3KT5A 5P7MA 1BDRA 2HIZA 5P4KA 1SH9A 2QNQA 4CKUA 3PSGA 5P1NA 4A6CA 2R3WA 4DPIA 4ZPFA 4E43A 4I11A 1K1TA 1HPSA 2ZJNA 1MIQA 5JFPA 2PWRA 1CMSA 1SDUA 2G1YA 2QI6A 7UPJA 1RV7A 5P5AA 1EPRE 3DUYA 4Y3NA 5P3UA 5P1BA 5P32A 4J54A 5P76A 2QD7A 5P2SA 4HDBA 2UY0A 1MT8A 2HS2A 1FQ8A 1LYWA 3FNSA 4EJKA 1MPPA 5P3JA 1DW6C 2P4JA 3INFA 5OYQA 1KJ4A 3EL5A 5OZHA 1BDQA 1GVVA 3NUOA 5P4ZA 5OZWA 2R3TA 2FMBA 1GNMA 1W5VA 2NMZA 1PSAA 3Q5HA 3QVIA 5P4PA 5KQXA 1EC2A 1YG9A 3S2OA 1A94A 3R2FA 2QI1A 3ZKXA 4BFBA 3NU6A 1B5FA 1FQ7A 1IVQA 1BAIA 4HZTA 3EM3A 2G27A 5HDZA 5P6PA 2VA6A 3B7VA 2R5PA 1APVE 5OZSA 5OZ5A 4J17A 4Y5CA 3O99A 4J0YA 3NWXA 5P0RA 2AODA 4PYVA 4X7IA 4A6BA 4YCYA 5P8IA 4DQBA 5P2BA 4Y5MA 5P25A 5P7IA 2VNMA 2Q55A 4Y54A 5JG1A 2FNSA 5P41A 4DI2A 4DV9A 5F00A 1PPLE 3HZCA 1SGUA 2VS2A 1EC1A 4Y3XA 1MT9A 5P2LA 5OYYA 4ZIPA 3TTPA 2FXDA 4DFGA 4EQJA 1HTRB 3S45A 5P2HA 5CONA 2ANLA 1META 3N4LA 1LYBB 1SGZA 5EZXA 4RCFA 3UDPA 1AJVA 5P0ZA 4COEA 1HVIA 1LZQA 2OHLA 5OZEA 4F74A 4N00A 5T4SA 5P24A 4OBZA 2PSUA 4GIDA 5P0OA 3S53A 4Y51A 5P1UA 3CIDA 3C9XA 5P7DA 5TOLA 3SA5A 3NU5A 2QMFA 5P5IA 3L5DA 5HDVA 1TSUA 4DQFA 1W5XA 4J0ZA 5P39A 5P34A 1K2BA 2AQUA 2G1OA 1PFZA 3O9HA 4I1CA 4EP2A 5P1ZA 4Y53A 3PB5A 1MEUA 3LIVA 4QJ6A 2G20A 4DUSA 5OZZA 5P2NA 3T11A 3GGAA 3NU9A 2QZXA 5P13A 4J1KA 1FF0C 2FDDA 4CPQA 2VJ6A 5P6WA 4B72A 3LZYA 3WSJA 4GJ9A 1YTIA 1EBYA 3DCKA 5OYUA 5P3ZA 3EKPA 1HVRA 4QGIA 5HCOA 3OUBA 2F8GA 3S54A 2WKZA 1K6PA 2ZJHA 5DR7A 4Y3FA 5P66A 4JPEA 1BXOA 2XFIA 3OXCA 2FGVA 4RVXA 5P87A 4B78A 1NSOA 1K1UA 4FIVA 4Y3QA 5IVTA 2QNNA 3CIBA 1MSMA 1FMUA 4DPFA 5P4AA 5P3PA 2WEZA 4B1EA 3SO9A 1JLDA 1AXAA 4DQEA 2AZBA 1HBVA 2WF4A 4Y4AA 2R38A 5P8VA 4KUPA 2VIYA 5P0FA 5P8DA 2Q15A 3OU4B 3OY4A 1D4SA 3K4VC 3ER5E 1HWRA 3I8WA 1HVHA 5P8HA 3KT2A 1SP5A 4TVHA 3I25A 4D85A 3ZKQA 1E82E 5P4VA 3GI4A 5ISJA 4Y3JA 3QIHA 5COOA 1ENTE 4B70A 5KQZA 3BUFA 4Y5PA 5DPZA 1YM2A 2IRZA 4BELA 4WY1A 4ZSRA 4EWOA 4Y3PA 5P00A 4FM6A 5P1XA 3RSVA 3S43B 3VEUA 1ODWA 5P6JA 4Y4GA 5P89A 3KM4A 3UQUA 5P2WA 2AOCA 3QP0A 3OQDA 5P6VA 1MRWA 3JVWA 5P0YA 3IAWA 4GZFA 2XFKA 2IENA 3PHVA 3LIZA 5OYSA 2OHSA 4IVSA 1FKNA 3OADA 3LPKA 3PMYA 2PYMA 3L59A 5P2FA 2A4FA 1QDMA 4RYCA 3PMUA 4DJUA 5P4SA 8HVPA 4NKKA 2O4LA 2PMAA 4QJAA 3O9CA 4YBIA 2FNTA 1FQXA 3SA9A 3VLBA 4DJXA 2FDEA 2QI5A 3SABA 2QI3A 1LF3A 3LZSA 5P3RA 2QMPA 2VA7A 4OD9B 1FGCC 3LPIA 4TRZA 3ZMGA 2CENA 4GJCA 1YTGA 1J71A 3MSLA 3URIA 4D89A 4ZLSA 5P11A 5P78A 3PSYA 4EHCA 1QRPE 5P1MA 5DR3A 3DV5A 1K6TA 4Y4EA 1BWAA 5P6MA 3PJ6A 4MC2A 5FIVA 4HDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA6 A;  1QBT A;  4DQG A;  1UPJ A;  5P8Q A;  3PCW A;  3Q70 A;  4PZW A;  2IDW A;  3IVI A;  4B05 A;  5P55 A;  3UTL A;  4FRS A;  5P6O A;  4LXA A;  4NJV A;  4EXG A;  5P15 A;  3KMY A;  5P72 A;  5P7E A;  2V16 C;  1W6H A;  3PWW A;  5P07 A;  3PM4 A;  1QBR A;  2NTR A;  3G72 A;  5P26 A;  1SBG A;  2OHN A;  5P2D A;  1BIM A;  1W5Y A;  5OZI A;  3OUA A;  5AGZ A;  3K5D A;  2G94 A;  2V00 A;  3BXR A;  4RLD A;  1XE5 A;  1XL2 A;  5P63 A;  5P7N A;  5P5O A;  5P8A A;  2ZHS A;  1ZTZ A;  2QK5 A;  4FSL A;  5P0N A;  5HVP A;  2AOH A;  5HU1 A;  5OZM A;  5P65 A;  5P3B A;  1W50 A;  2VIE A;  5HE4 A;  2SAM A;  3PWR A;  5P8P A;  3KYR A;  3TPJ A;  3ZKM A;  5P19 A;  3K1W A;  4ER1 E;  4HVP A;  3KFP A;  5P0S A;  4FL8 A;  5P6R A;  1CZI E;  6UPJ A;  4D8C A;  1TCW A;  5C9F A;  4L1A B;  3LNK A;  5P8J A;  5P5U A;  3K5C A;  2QU2 A;  7HVP A;  5HE7 A;  2R43 A;  5P8G A;  3CYX A;  5OZG A;  1HPO A;  4NJS A;  5P2C A;  3RTH A;  4YD3 A;  3BVA A;  5P0T A;  5HD0 A;  2QI0 A;  1SIP A;  5P7S A;  5DQ2 A;  1A30 A;  5PEP A;  1AVF A;  5P1C A;  2ZE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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