3PHVA

X-ray analysis of hiv-1 proteinase at 2.7 angstroms resolution confirms structural homology among retroviral enzymes
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray analysis of HIV-1 proteinase at 2.7 A resolution confirms structural homology among retroviral enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3phvA00
5P08A 3ZPSA 1DW6C 3VG1A 3PB5A 3SA4A 4A6CA 4J0VA 4H1EA 2Q15A 5OZUA 2ZHTA 4Z22A 2R5PA 5P72A 1ODWA 1CPIA 1XE5A 5P06A 3BVBA 3QVCA 3HZCA 2QD8A 4EHCA 5HCTA 5P03A 1F34A 2WEZA 4OBHA 3WSJA 1MT8A 5P1YA 3HLOA 5P2JA 2I0AA 4AA9A 5P5LA 3NXEA 1PROA 3TOFA 2AVVA 3OXWA 4I8ZA 5OYXA 5P4JA 4HDBA 1LF2A 5P1AA 4PHVA 2I4WA 4Q5MA 5P71A 2AZCA 3UDHA 5OZ6A 4EXHA 5P77A 4HLAA 1HXWA 1YTHA 4Y3PA 5KR8A 1UH8A 2WF0A 3LZUA 4MC1A 4LL3A 4YHQA 5HE7A 4ER4E 2RKFA 2R43A 3TPRA 1A30A 3OUDA 3PMYA 5OYSA 3RTHA 1ZSFA 5P61A 5P05A 2WEBA 1XL2A 2VIJA 3L3AA 1HOSA 5P34A 2VA5A 5P12A 4FS4A 4YOBA 4Y39A 1G0VA 1QBRA 2PQZA 4B72A 2H6TA 1MTRA 1BWBA 3U7SA 2SAMA 4Y5NA 1LEEA 5APRE 3LPJA 5P3LA 5P88A 4FAEA 5DR8A 1FG6C 3NDWA 2BJUA 4LAPA 3UHLA 1HVHA 3VSXA 5P7WA 1HVIA 5P4LA 5P7UA 4AMTA 3PBZA 4HDFA 3VCMA 2QD7A 4Y3MA 5P7SA 3S43A 5T4SA 5P0YA 2PWCA 2OHRA 1XE6A 5HDVA 4DQGA 1BVEA 4LBTA 1FFFC 5KAOA 5F00A 2QHCA 3MWSA 1TCWA 4QJ2A 4D89A 2WF4A 5P79A 1PFZA 3SKGA 3WB5A 1NPAA 3D1XA 5P3WA 2O4KA 2Q63A 2BKSA 5OZ0A 5P32A 1HSIA 5P01A 2EWYA 5P0HA 3BXSA 5P2YA 1W5VA 2ER7E 2XYFA 1EBYA 3CYXA 4NPUA 5AH7A 5KQZA 1AIDA 2P3BA 1A9MA 5P6PA 4J5JA 1Z1RA 4I11A 3B80A 1FQ5A 2BQVA 2ZJNA 4YBIA 5P6LA 4LP9A 3PLLA 2G69A 3R4BA 4PZXA 2OHLA 2IGYA 2R5QA 3T6IA 5P0MA 1W5WA 2NR6A 1MRWA 5HCOA 5P2AA 4K4RA 6APRE 5P0JA 3IXOA 3PRSA 4GYEA 3VV6A 5P6GA 2QI0A 5OZ8A 4FLGA 3URJA 1B5FA 3TPJA 2AOFA 4Y3HA 3Q5HA 5J25A 2QZXA 4HEGA 5P2KA 5P3JA 1HPVA 2FXDA 4Y3XA 4Y51A 5P7XA 1HPXA 2QI1A 5OZAA 4NJVA 2Q55A 5P74A 2O40A 2OHSA 5P3IA 5P8LA 5P15A 2ZJMA 3BVAA 5P70A 5P46A 5P4WA 5P8RA 5P5TA 1EC2A 2FXEA 4HVPA 2VJ9A 3UDRA 2NNKA 2R9BA 3TNEA 3NXNA 3L59A 2NXLA 2V16C 5HE4A 3EMYA 5BWYA 3I6OA 3F9QA 5P6OA 4FGXA 5P5WA 5P5GA 2FNSA 4Y4WA 4GJCA 1IBQA 2NMYA 3AIDA 3PI0A 1FMXA 3OAGB 1GNOA 3G6ZA 4Y35A 1ZAPA 3GI6A 4XX4A 3TKWA 5P1IA 5P3MA 5KOSA 5P31A 5P3ZA 5DGWA 5P19A 4CP7A 4I0JA 4L1AB 2J9JB 2OHTA 3OUCA 4RRNA 5P3OA 2VJ6A 3FSMA 2A1EA 1SGUA 5P2XA 3ZOVA 2OHKA 4WY6A 3UF3A 5P6CA 5P3DA 4Z50A 5P2EA 1AM5A 1Q9PA 1YM4A 1XDHA 3OQ7A 3OQKA 4DQCA 1ME6A 2Q64A 1HRNA 3INEA 4CPWA 1BAIA 2PK5A 4ZEAA 5P4KA 5SY2A 2QD6A 2BB9A 1LYBB 3OADA 2FDPA 5IVTA 5P8BA 1IZDA 3LINA 1UH9A 2AZ8A 5P8OA 2NXMA 5P33A 2IL2A 3SA9A 2Q3KA 4EPJA 2G26A 4M8YA 5OZLA 3UFLA 4DPFA 2VIZA 1LYWB 1D4KA 3PWWA 1D4SA 4FRIA 3LIZA 1M43A 1AZ5A 4TRYA 4R92A 4ZE6A 1EEDP 2HS2A 1SDVA 5KOQA 4LXKA 4Q1YA 4H3IA 1RPIA 5OZWA 5P4DA 1C6XA 2JYSA 2JXRA 4I1CA 5P2NA 5P1QA 2XYEA 1HIVA 1B11A 2BPZA 3K5FA 1D4JA 4ZPEA 4DJXA 3O9LA 4Y47A 3OXCA 5P1HA 4ZSQA 3PM4A 5P51A 1BDLA 3KDDA 5ER2E 5P14A 4DJQA 2G1SA 2WF1A 4YD5A 2P8HA 5P5OA 1A8GA 3PSGA 5P43A 3I25A 1HTEA 1WKRA 2RKGA 5P1JA 5P24A 1BWAA 4CPTA 3K5GA 4OBDA 5P45A 1KJ7A 4EQ0A 2B7FA 4EWOA 2B60A 3DUYA 4NJSA 4Y4UA 5P3CA 4J0PA 3TL9A 2G1NA 5P5BA 2NPHA 1Z1HA 1GVVA 3UDPA 2QHZA 2FLEA 5P64A 1KJGA 1UPJA 1FGCC 3KFRA 4Z2ZA 3CMSA 3QIHA 5AHCA 2Q5KA 1F7AA 1EBWA 4BELA 3OUDB 4IVTA 3OQFA 5P80A 2FGUA 4K9HA 4PZWA 4R8YA 5P4HA 4Y58A 5P8UA 5P5HA 1OEXA 5COOA 3FNSA 5P57A 5P7BA 2OF0A 3H5BA 4K4PA 1D4LA 4Y3EA 5OYTA 5I3YA 1GVUA 1DPJA 5P4YA 5P5XA 3OHHA 3S2OA 5KQFA 5P39A 2P3DA 3HVPA 5OZJA 5EZXA 1K6PA 5P02A 5ISKA 4FRKA 1E5OE 3UQWA 5JFPA 1ZSRA 3EL9A 5P3HA 1T7JA 1K2CA 3GI5A 5DR7A 4EJ8A 5P1VA 5UPJA 4AA8A 3GW5A 4EJDA 7UPJA 5BS4A 4FAFA 4TVGA 1QDMA 3KN0A 5P0TA 4X7IA 3UCBA 3ZL7A 1PPME 4LXAA 1XS7D 5P1WA 1SMRA 5P7GA 1NPWA 3EKPA 1HSHA 3QBHA 4FCOA 4NPTA 5P7YA 4CPUA 3GGAA 5OZXA 3LZVA 3LITA 3DCKA 5P1EA 1PSNA 5OYUA 1U8GA 2UY0A 4GJ8A 1SP5A 5P6RA 5P5EA 3EL1A 3SA7A 2WF2A 5P7AA 5OZ7A 5P2TA 3G70A 4Y50A 1E80E 5HDUA 5P7MA 2P3CA 3CIDA 4Y41A 4APEA 3BGCA 5P07A 5SZ9A 4DPIA 5P41A 3SACA 3FNUA 4J1IA 3OUAA 4Y53A 1W5XA 4MC6A 4K4QA 3TKGA 3GGUA 3N4LA 1EPNE 5P36A 4A6BA 5P0DA 4BFDA 5AGZA 2VIYA 4Y54A 2QMDA 1QRPE 3R2FA 5P5CA 1AJXA 1B6MA 2G24A 5P1BA 5P1ZA 4RROA 3EM6A 1VIJA 5P4PA 4DJOA 2I4VA 1AJVA 1MUIA 1IVPA 5P3KA 1TZSA 2BBBA 1EPRE 3QP0A 5P48A 5P76A 3TPLA 3L5DA 1B5FB 4YCTA 1KJ4A 3ZKXA 2G1YA 2V10C 1YTJA 1Z8CA 3MSLA 3O9EA 4Y37A 3A2OA 1YG9A 4Y5LA 3UQRA 2QHYA 1RV7A 3GI0A 3KT2A 5OZVA 3PVKA 5P6BA 1PPKE 3NU3A 5P0NA 5C9BA 3GGVA 5P8IA 1EC3A 4GJBA 4KE0A 5P42A 4DQBA 4J1FA 3LIQA 5CLMA 3Q70A 5P2WA 2XFJA 3SA6A 3R1GB 5P4IA 3FKTA 4RCFA 5P4AA 5OZYA 5IE1A 5P0AA 5C9FA 4J1CA 5P59A 2V0ZC 3URLA 2Z4OA 1SBGA 4CKUA 4APRE 4Y4EA 5OZHA 5P50A 3C9XA 3UFNA 5JODA 1IIQA 5E5KA 2JJIA 4CPSA 5P66A 3UDNA 3IXJA 5P10A 3IA9A 4J55A 4HDPA 3IN4A 3UDYA 3IXKA 1MRXA 3OU3A 1YX9A 5P2RA 3KFPA 1HBVA 5P3UA 1AXAA 4Y5AA 1APTE 1G2KA 4ZIPA 5P8SA 2R8NA 4Y5PA 1ODYA 1E82E 4DJVA 5P47A 2VIEA 3ZPTA 3RSVA 3H0BA 1HEGE 5P1TA 2WF3A 4OD9B 3OADB 2I4QA 1ZP8A 3SKFA 3VYDA 3UDQA 1HEFE 3KT5A 4YD3A 4Y3JA 3OU4A 3CKRA 6FIVA 4I0FA 1RNEA 4PYVA 5DR0A 5P5ZA 5P4CA 2VNNA 3HAWA 4FRJA 2OHNA 2G1OA 3KDCA 5P7EA 4WTUA 1WBKA 4Y43A 2IDWA 5P7QA 4DQEA 3HBOA 4Y5CA 4N00A 4I0DA 5P7VA 4DUSA 4JECA 4I8WA 2ZJKA 5P3GA 3KFSA 2Q11A 2G20A 4ER2E 4XXSA 2PSVA 3LPIA 2ZHRA 4RYGA 3INHA 1YT9A 3WB4A 1BV7A 5P0QA 4I0IA 3TH9A 4DQHA 2PWRA 4PPHA 4FIVA 1FQ6A 5OZIA 1PPLE 5P63A 3RTMA 3OQAA 4RLDA 3NDXA 4QLHA 3OQDA 4QGIA 5P27A 4OBZB 3S85A 2WECA 5P81A 4B00A 3DOXA 5P7RA 3EC0A 4Y3WA 4EP2A 3KM4A 2UPJA 4YE3A 2ZJJA 5P4VA 1RQ9A 3B7VA 3KMXA 5P2VA 4QJ6A 3OGPA 3R0WA 5AH6A 4OBFA 5C9DA 3D1ZA 3T11A 2FS4A 4B05A 1MERA 4LC7A 5OZQA 5P49A 5P7LA 1KJFA 3IGBA 3OXXA 5P28A 4Q1WA 3ZKIA 1ODXA 4J0YA 5P5IA 5DQ2A 3EXOA 4Q1NA 3DCRA 4Y3DA 1EBKC 5JG1A 5OZCA 3PMUA 4F75A 1C6ZA 5AHBA 3UDMA 5P5KA 2A4FA 5AH8A 4RZ1A 2AQUA 2QNNA 4ER1E 5P3BA 1HPOA 3SPKA 2QMPA 4Y4GA 1J71A 2BPVA 3FV3A 4F73A 5P8JA 4Y3YA 5COKA 5I3WA 2QP8A 2FGVA 5IVSA 5P6TA 4Y4XA 5E5JA 3S8IA 2O4NA 1GNMA 1FFIC 2ZJIA 2ZHVA 4QJAA 1MEUA 4CPXA 3UQXA 4YD7A 3UTLA 2AIDA 3NDUA 5HVPA 4H3JA 2ER6E 3UQPA 2P83A 2F3EA 1DMPA 1PSAA 1LZQA 3EKVA 4RVIA 3CIBA 1FEJC 3DM6A 5OZMA 4YCKA 5CONA 5OZPA 5P0XA 1W5YA 5TOLA 2F3KA 3T7PA 3TOGA 4B77A 1B6JA 4UPJA 5COPA 3SA8A 4DJYA 5P38A 3LZYA 1FMUA 4HE9A 3OWNA 5OYZA 1D4YA 4EJLA 1MPPA 1BILA 4Y56A 3SA3A 4J54A 2Q54A 5P8QA 4CPQA 5P6QA 3N3IA 3QRVA 5ENMA 5P52A 3VF3A 4Y3ZA 4DFGA 5HD0A 1SMEA 2I4UA 3Q3TA 4H3FA 2Z54A 4CPRA 5SXNA 4Y3GA 5IVRA 5P13A 5P7KA 1LF4A 3VV8A 4GJAA 5P5MA 5P7TA 4BFBA 5P4MA 3PCWA 1SGZA 5P5UA 4GB2A 4KE1A 3AUPA 1JLDA 4Y5EA 1B6PA 3D20A 3KA2A 4I0ZA 1FLHA 1ZTZA 2AVQA 2QU2A 1HWRA 4ZSMA 5P4RA 1LS5A 4KUPA 4L7GA 1KJHA 5P2DA 3UDKA 3ER5E 4FM7A 4QJ8A 3APRE 3UPJA 5P56A 4TRZA 3BGBA 4Y6MA 2O4PA 5HU1A 1CMSA 5DR4A 3SFCA 5P2CA 5P6EA 4F74A 3EL5A 1BVGA 4EXGA 3MXEA 1ZLFA 3PSYA 5P0GA 5P40A 2AOHA 3DV1A 1C6YA 4Y5GA 4COEA 4RCDA 1SDUA 3SAAA 1CZIE 3BUGA 3OY4A 5DR3A 3WZ7A 2AZBA 2HC0A 5P18A 1IVQA 1LF3A 5OZ1A 3KFNA 5P0EA 1XN3A 1TCXA 3S54A 1SIPA 5P00A 4RGHA 2FDDA 4OBKA 5P2IA 5ENKA 2ZDZA 5B18A 1B6LA 5P6FA 3EL0A 4FRSA 2O4SA 3ER3E 5P7FA 5JFUA 3QI1A 3QN8A 5P7OA 3ZKGA 1FF0C 4GJDA 1SIVA 5P3NA 5P2FA 3LNKA 1TQFA 3D3TA 4FL8A 1FB7A 2PH8A 3VLBA 3TOHA 6UPJA 3S56A 3BUFA 5P35A 2IKOA 2G94A 3HAUA 3QPJA 2AOIA 4OC6A 1HXBA 2R3TA 1IDAA 1IZHA 3PGIA 5OZOA 5P5DA 3PBDA 5P83A 2WJOA 3O9FA 4J17A 4FSLA 3PWMA 2NTRA 3VFBA 2QI4A 2PYMA 1EPPE 1AVFA 2CENA 1MSMA 2HB3A 5P4QA 1OD1A 1HVCA 2V11C 5P58A 5OZKA 5P1KA 2OHUA 5P5SA 5P86A 2HIZA 5P0CA 2B8VA 3NU5A 4Y4DA 1MT9A 3SLZA 4MC2A 2AVSA 3PI5A 5OZRA 3S43B 4JPEA 5P8DA 3RSXA 5P62A 3S53A 5P0UA 3R0YA 4Y57A 5P6WA 1M0BA 3EM3A 5P09A 3L38A 5OZEA 4R93A 3OOZA 2PC0A 4AUCA 1ZJ7A 5P6IA 3ZKQA 5P7IA 2JE4A 1EC1A 5DR1A 3CICA 2QMGA 5P4SA 4B70A 2F3FA 4I0EA 2I4XA 4GJ5A 5P8AA 3ZMGA 5P37A 1A94A 4LHHA 2RMPA 2G1RA 3O9DA 5P6DA 4Y3NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P08 A;  3ZPS A;  1DW6 C;  3VG1 A;  3PB5 A;  3SA4 A;  4A6C A;  4J0V A;  4H1E A;  2Q15 A;  5OZU A;  2ZHT A;  4Z22 A;  2R5P A;  5P72 A;  1ODW A;  1CPI A;  1XE5 A;  5P06 A;  3BVB A;  3QVC A;  3HZC A;  2QD8 A;  4EHC A;  5HCT A;  5P03 A;  1F34 A;  2WEZ A;  4OBH A;  3WSJ A;  1MT8 A;  5P1Y A;  3HLO A;  5P2J A;  2I0A A;  4AA9 A;  5P5L A;  3NXE A;  1PRO A;  3TOF A;  2AVV A;  3OXW A;  4I8Z A;  5OYX A;  5P4J A;  4HDB A;  1LF2 A;  5P1A A;  4PHV A;  2I4W A;  4Q5M A;  5P71 A;  2AZC A;  3UDH A;  5OZ6 A;  4EXH A;  5P77 A;  4HLA A;  1HXW A;  1YTH A;  4Y3P A;  5KR8 A;  1UH8 A;  2WF0 A;  3LZU A;  4MC1 A;  4LL3 A;  4YHQ A;  5HE7 A;  4ER4 E;  2RKF A;  2R43 A;  3TPR A;  1A30 A;  3OUD A;  3PMY A;  5OYS A;  3RTH A;  1ZSF A;  5P61 A;  5P05 A;  2WEB A;  1XL2 A;  2VIJ A;  3L3A A;  1HOS A;  5P34 A;  2VA5 A;  5P12 A;  4FS4 A;  4YOB A;  4Y39 A;  1G0V A;  1QBR A;  2PQZ A;  4B72 A;  2H6T A;  1MTR A;  1BWB A;  3U7S A;  2SAM A;  4Y5N A;  1LEE A;  5APR E;  3LPJ A;  5P3L A;  5P88 A;  4FAE A;  5DR8 A;  1FG6 C;  3NDW A;  2BJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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