3PI0A

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pi0A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pi0A01
5P0JA 5P2AA 5P4EA 5P5RA 1SBGA 3AIDA 1XE5A 1LYWA 1TCXA 3KMYA 5P8PA 5P1UA 5P17A 5P1XA 5SY2A 1IIQA 1IBQA 5P5DA 3NXNA 5P4RA 3K4VC 2OF0A 5P63A 1APVE 2QHZA 1FKNA 2BPZA 5P6QA 3GI0A 3UDNA 3UDJA 4DJWA 5P7CA 3PBDA 4Y35A 2SAMA 4I0ZA 5P5LA 3F9QA 3HW1A 4Q1XA 2NTRA 4OBFA 2ANLA 5P62A 1HXBA 1GVVA 5OZPA 4FE6A 1YT9A 2VJ6A 1BV9A 2G20A 4RCFA 4AMTA 4Y3WA 3IXKA 1LF4A 4HA5A 4XX3A 1C6YA 1E82E 1A30A 4YD6A 1BBSA 4HE9A 5P6XA 3ZLQA 4OBDA 4QJ8A 5P6YA 5HVPA 5OZXA 5P1OA 5OZGA 5P2CA 5OZRA 3RSXA 3VCMA 4CPTA 1ZPAA 4J1HA 4CPSA 2NMZA 3EL9A 1MVPA 3VF5A 4L1AA 2HC0A 3KFSA 3T3CA 3PI0A 3LITA 3TKGA 1ZBGA 2G1NA 1HTEA 3UFLA 5P67A 2PQZA 3O9LA 1W51A 1BVEA 3APPA 2A1EA 2V16C 5P4IA 3LIVA 1BILA 4NJTA 2PWCA 5P32A 4Q1WA 4YA8A 3FKTA 5JG1A 2AVVA 4OBZB 4EQ0A 5P8DA 5P5JA 5KAOA 3DJKA 2BPVA 5P4DA 5JFPA 2HM1A 2F3EA 2WF0A 9HVPA 5P8GA 5P23A 5P6BA 1SDUA 1ZAPA 2R3WA 4I8ZA 4EJKA 2PH6A 2ZHUA 2VJ9A 5OZ8A 5P4AA 2OHKA 5IS4A 1EPNE 2QU3A 5P4GA 4R91A 2P83A 1CZIE 5P2GA 5P2HA 4YD3A 4JP9A 3IA9A 4K8SA 3PMUA 4TVGA 2AOFA 4OD9A 4B72A 1YTGA 3PRSA 5SXNA 4K4RA 4JPCA 3D1ZA 5DPZA 3BUGA 3O9EA 1RL8A 3BGBA 2R9BA 1KJFA 3QIHA 5P5IA 1IZEA 4FM8A 4Y4DA 1G0VA 3G72A 3EL5A 2R3TA 2O4PA 3SKGA 3KA2A 3PCWA 5P0NA 3R1GB 1B6PA 3OOTA 1MRWA 3LIQA 5P6GA 4DPFA 2Q63A 4ER1E 3SA3A 3O9HA 2VA7A 4RYGA 5P6FA 3S7MA 1XL2A 5ENKA 3ZKMA 4GJBA 4FGXA 5P3RA 3RTHA 5SZ9A 1EC2A 1OEWA 1B6JA 3KFNA 5P5UA 5C9BA 4CPQA 5OZ4A 2AVOA 2J9KA 5P3PA 1AVFA 5P76A 3PSYA 4Y5NA 3ER5E 3VF3A 2NNKA 4QJ9A 5P88A 3S54A 3OQFA 3SA8A 1SDTA 4RZ1A 5P5FA 1NPWA 4GMIA 5P3AA 3SA7A 5P78A 4KB9A 3DCKA 3EXOA 3I7EA 2QP8A 5P1HA 5P2NA 2V12C 4Y3JA 1SDVA 4HEGA 3S43A 3UDMA 3G6ZA 4FM6A 1NPVA 4Y4ZA 3LPIA 2QZKA 1QS8A 2B42A 2FXDA 2XFIA 4U8WA 5P3VA 2Q5KA 1QRPE 5P40A 4A4QA 4E43A 5OYQA 2FIVA 4X2LA 1AXAA 3S45A 3Q5HA 1UH7A 4NJUA 5OZTA 3C9XA 4H3JA 5P7RA 3SA9A 4DJVA 5I3WA 5P0HA 2WF4A 2IQGA 4ACUA 5P5PA 2HB3A 3UFNA 2WEDA 3UDYA 2F8GA 2JE4A 1PPLE 2I4QA 5P00A 5P1YA 2IKUA 3D20A 1AJVA 1D4KA 1G35A 4H3IA 4Y54A 2QI6A 6APRE 3KMXA 3VSWA 3ZL7A 1EC0A 1HSIA 5IVRA 4HDFA 4Y47A 1ENTE 3NWXA 5P8BA 4QJAA 5P6MA 3IVHA 5P28A 3OQDA 3FNUA 2ER7E 3PHVA 1PFZA 4Y3HA 4B00A 1XS7D 2P8HA 3BXSA 3OTYA 5P65A 3MSLA 3I8WA 5HE5A 2G24A 4Y3YA 2ZJJA 5BS4A 5OYYA 5P29A 1BWAA 3ST5A 2WKZA 2VIYA 5P8JA 2RMPA 2Q11A 5DGWA 3CMSA 2AOJA 3TNEA 2QI5A 4PZXA 5P5NA 4OBKA 4Y3SA 1J71A 3OU1A 3OY4A 3RU1A 5P1MA 4FRJA 4YD5A 3EM3A 5OYTA 1GNOA 4Y3ZA 3OXVA 5P1TA 3BRAA 3N4LA 1IDAA 5P77A 1ODXA 5P2JA 3K1WA 5P5BA 4Y9WA 1FFIC 4FSEA 1TSQA 2G1RA 4I0EA 5P55A 1FG8C 3L5FA 2OHQA 4FRSA 5P51A 5P81A 4OC6A 5P0CA 1W50A 5P0SA 4PZWA 1NH0A 3VV7A 5KR8A 2Q55A 4M8YA 1ZSFA 3PLLA 3ZKQA 3IAWA 3LZYA 4CMSA 4Y4EA 2ZGAA 5P0UA 4Y48A 2G27A 3EL0A 3KN0A 5P1SA 3RTNA 3H5BA 1HVCA 4RROA 4Y3XA 2MIPA 3SQFA 4MC2A 4J55A 5COKA 2QHYA 2NXDA 3HAUA 4OBHA 3OAGA 5P3YA 1KJ7A 2VJ7A 1FGCC 3NWQA 4DQFA 4L7JA 7HVPA 2OHSA 3PSGA 5P4WA 5P34A 1A8KA 2BBBA 2VKMA 4Y56A 1MSMA 5P13A 5P3GA 4Q1NA 5P6EA 5P52A 2VS2A 3BHEA 5P57A 4GJ8A 4GZFA 3HBOA 2I0AA 2PSGA 4J0YA 3BVAA 4YDGA 4B77A 1RPIA 2JJIA 1HWRA 5P7IA 2G22A 4GJ5A 3TOHA 5COPA 5P24A 2ZJIA 3CKTA 3O9GA 1HTGA 3HLOA 2XYEA 5AH8A 4YCKA 2F81A 3LNKA 1ME6A 5DGUA 4DV9A 4J1CA 3URIA 3ZMGA 3FX5A 5P07A 2PYMA 1FQXA 3QVCA 3S8IA 5OZEA 3R4BA 4J1FA 4DJQA 2VIEA 4OBZA 4K4QA 3S2OA 2OHNA 4LHHA 4DH6A 1ODWA 1QBSA 4LC7A 5P2VA 5JFUA 4RVXA 2QI4A 5P4ZA 5P4FA 5P47A 3HVPA 3IVIA 1IVQA 2HB2A 1MESA 1LF2A 5P0BA 2OHUA 1DIFA 2UPJA 3NLSA 1QDMA 2WJOA 5P7SA 1TQFA 1ER8E 2Z54A 5P3CA 3TOFA 2QCIA 5P0TA 5P1BA 3UF3A 2CEJA 3EM6A 3NSHA 5P0PA 3O9AA 5P0LA 5P6WA 2AOHA 4ZPGA 2QNQA 1BVGA 3CIBA 3WZ7A 2XYFA 5OZNA 4KE1A 1M4HA 2J9JA 3GI5A 2WECA 3OQAA 1BDQA 4H3GA 2VNMA 3EL1A 3VLAA 5HU1A 1K1TA 2I4DA 4F73A 5P2XA 5EZXA 1FG6C 5P3ZA 3EKXA 3B80A 5P3OA 5OZYA 5P7TA 5P0XA 4DQBA 3EKWA 4DJOA 1C6XA 3VV8A 1BV7A 4J0PA 5P7GA 1WBKA 5I70A 1PPME 1WKRA 5P3LA 5P2MA 1QBTA 5P61A 3RTMA 4DUSA 3U71A 1F7AA 5P4UA 2QD6A 3EKVA 5P3JA 4FS4A 3T7QA 4FAEA 4ZLSA 5J25A 3OAGB 4PHVA 5P4BA 4MC9A 5F00A 2BKTA 1HVKA 2QD8A 1VIJA 3CYXA 3NDWA 5P35A 2PSUA 1IZDA 4J0VA 5P1JA 3VSXA 1CMSA 2ZJKA 5DQ4A 4B1EA 3KYRA 2G69A 3BUFA 5IVSA 3MXDA 5OZQA 3EBZA 3EKTA 5P3BA 4OBGA 1A9MA 3UTLA 5P8KA 3LIYA 5OZ1A 3PM4A 1HSHA 3QRVA 5OZ5A 5P8VA 1FEJC 3IXJA 1W6IA 4QJ2A 5P58A 4AA8A 2IENA 4Z50A 4J17A 1GVWA 1HPOA 2NPHA 3U6AA 3PB5A 3GGAA 5COOA 5P5GA 5AHCA 5HCOA 1SGUA 4IVSA 1YG9A 3T6IA 1C70A 3R0WA 3LIZA 1M0BA 4RRSA 5OZJA 4EYRA 1YM4A 4DJYA 1XL5A 1W5WA 2F80A 2R43A 4IVTA 2PK5A 3NU9A 5P53A 4DJRA 5HU0A 4EP2A 5HDVA 2IDWA 3KFPA 1RV7A 5P3WA 3K5CA 2PC0A 4DPIA 3GI6A 1BWBA 5P6VA 1HEFE 3KDCA 5T4SA 3GW5A 5P3QA 3SA4A 2I1AA 3CYWA 4DVFA 3EM4A 5OZCA 5P59A 3KDDA 1E5OE 5P5OA 1W5VA 5P4YA 5ER1E 1KJGA 2B8VA 5P50A 2VIJA 2O4LA 1T7KA 5P05A 4FRIA 1LYAA 4Y45A 4MC1A 2I4VA 4B70A 3MWSA 5P4TA 3TPRA 1MT9A 1BDLA 5P4XA 3DOXA 1Z1HA 5CLMA 5DR4A 5P6KA 2IGYA 4ZSQA 1IVPA 4F74A 5P8SA 5P6LA 3DV1A 3APRE 1Z1RA 4Y5PA 5P7PA 4FAFA 3OK9A 4LXMA 3VFBA 3OGQA 2J9JB 2OAHA 4PPHA 5P7WA 5P70A 2IKOA 4BFBA 2FNSA 4YE3A 5P6OA 2FMBA 1EPME 4QLHA 2PK6A 4Y3GA 2QU2A 2RKFA 3VYEA 2IS0A 5P6NA 3SO9A 5EZZA 4NKKA 1ZLFA 3KT2A 3T7PA 4Y3EA 3DK1A 5IVTA 5AHBA 1MTRA 3QRMA 5P8LA 1Q9PA 5OYWA 5P5QA 4GJCA 5P0ZA 5OZKA 4ZSPA 1FQ5A 5P1DA 3UQPA 3UDRA 5P18A 3T7XA 3TH9A 5OZUA 3I6OA 3WZ8A 1FQ7A 4ER2E 5P6IA 4HDBA 3VYFA 2FGUA 2JYSA 1B5FB 4Y5EA 2AZCA 5AH9A 3D91A 5P3NA 1EPPE 3CIDA 3SFCA 5P82A 4Y3AA 5P04A 5P66A 5P7OA 2V10C 4CPWA 2QNPA 4CPRA 5P4JA 3VV6A 5P08A 1XE6A 4HDPA 4Q5MA 4DI2A 4EHCA 4D88A 3UDPA 2FXEA 2AZ8A 5P5VA 2G1SA 4H3FA 2HAHA 3SLZA 1K6VA 3S53A 1JLDA 3FSMA 4I0JA 5P3EA 3PWMA 5KQZA 1B11A 5P3SA 4GJAA 2QMGA 3IXOA 3NDTA 2EWYA 4FRKA 3QROA 5P8QA 3UPJA 4D8CA 8HVPA 5P1QA 2UXZA 4DJXA 3Q70A 4Y5BA 4YDFA 1B6LA 5P5XA 2QI0A 2QZWA 4Y38A 5OZOA 2JXRA 1ZP8A 4S1GA 3QP0A 4RGHA 4LL3A 4GB2A 4CPXA 1PROA 1XN3A 4Y3PA 3CICA 3LHGA 1AM5A 4YBIA 1HHPA 5P7EA 3QRSA 1G2KA 4QGIA 3SM1A 4D85A 1HOSA 1EBZA 4J54A 2H6SA 5HD0A 2QNNA 4B05A 5OZAA 1MEUA 2O4NA 4HZTA 2V00A 1GVUA 5P38A 4I12A 1DPJA 3TL9A 3HAWA 3EC0A 4Y6MA 2OHRA 4ZE6A 3L58A 3L3AA 2QI1A 5HDZA 1FF0C 3S7LA 4YCYA 1LYAB 1MIQA 5P5YA 5P4OA 3OU3A 4Y3NA 4YCTA 3VLBA 3UHLA 4K4PA 3QI1A 3UQRA 3NR6A 4RRNA 5UPJA 4B1CA 4CPUA 3TTPA 1BDRA 2QI3A 1M43A 3BC4A 2VA5A 4EPJA 1EPRE 5P7JA 5P73A 5P0YA 3ZKGA 5FIVA 3PWRA 5P2UA 4XX4A 3D1YA 3G70A 3KDBA 1NSOA 3SM2A 4DJPA 4Y41A 3KF0A 5P2DA 4Y4GA 2B60A 2QAKA 4J0TA 5OZ0A 2G94A 5P2KA 2ER0E 1DW6C 2BB9A 1FMUA 2FNTA 1K6PA 3R0YA 2AOCA 5P69A 4GJDA 3LZVA 4GYEA 4A6CA 4D83A 4B0QA 4ZEAA 2UY0A 3L5EA 1FLHA 4R8YA 5P48A 2AOIA 5P6SA 5P8NA 2QZXA 3O99A 5P2QA 5P75A 4KUPA 4Y4TA 5DQ5A 5HE4A 1PSNA 3AUPA 3OUCA 5P7UA 5P7BA 3PI5A 1LYBB 1OD1A 2CEMA 5P7VA 1A8GA 3K4VA 4GJ9A 4COEA 2AOEA 5P0DA 1SP5A 2WEBA 5BWYA 1HBVA 5P3MA 1GNNA 1YX9A 1MRXA 5IE1A 3D3TA 2O4SA 5P0GA 1LV1A 3RVIA 3B7VA 3SA6A 5KR1A 2G1YA 1YM2A 4I10A 3DCRA 3NU6A 5P15A 5P4CA 2BPYA 2AVQA 5P1ZA 1FQ6A 1D4HA 3URLA 1EEDP 4OBJA 1FIVA 2HS1A 3H0BA 4RCEA 3QVIA 1FB7A 5P49A 2WF1A 4EJ8A 1HPVA 3R2FA 3WSJA 4Y3TA 5OYSA 1PSAA 5P3HA 2BPWA 5P2WA 5P6AA 1HIIA 4J0ZA 3BXRA 4DJUA 1ZJ7A 3SAAA 5P0QA 2HPEA 4Y3QA 5HE7A 3NYGA 1OEXA 3LINA 5DR7A 1GVTA 4U7VA 3DV5A 2IL2A 4EXHA 4I0GA 3S56A 5OYXA 4EP3A 1HVIA 5P5EA 4YOAA 3JW2A 5KR2A 4GJ7A 5P8FA 3IGBA 1A94A 2BJUA 3SACA 5F01A 3O9DA 2WEAA 4Y4BA 5P80A 2V13A 4JPEA 1HXWA 5P1NA 3OXCA 4L6BA 3BUHA 1GKTA 5P0OA 2NNPA 5P1EA 3PEPA 2R8NA 3BVBA 4I11A 5P3UA 5P7DA 1BXOA 5CONA 5P6CA 1APWE 1HPSA 5P06A 3JVYA 2Q3KA 2ZE1A 4U7QA 3PVKA 3O9IA 5OYVA 5P2IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0J A;  5P2A A;  5P4E A;  5P5R A;  1SBG A;  3AID A;  1XE5 A;  1LYW A;  1TCX A;  3KMY A;  5P8P A;  5P1U A;  5P17 A;  5P1X A;  5SY2 A;  1IIQ A;  1IBQ A;  5P5D A;  3NXN A;  5P4R A;  3K4V C;  2OF0 A;  5P63 A;  1APV E;  2QHZ A;  1FKN A;  2BPZ A;  5P6Q A;  3GI0 A;  3UDN A;  3UDJ A;  4DJW A;  5P7C A;  3PBD A;  4Y35 A;  2SAM A;  4I0Z A;  5P5L A;  3F9Q A;  3HW1 A;  4Q1X A;  2NTR A;  4OBF A;  2ANL A;  5P62 A;  1HXB A;  1GVV A;  5OZP A;  4FE6 A;  1YT9 A;  2VJ6 A;  1BV9 A;  2G20 A;  4RCF A;  4AMT A;  4Y3W A;  3IXK A;  1LF4 A;  4HA5 A;  4XX3 A;  1C6Y A;  1E82 E;  1A30 A;  4YD6 A;  1BBS A;  4HE9 A;  5P6X A;  3ZLQ A;  4OBD A;  4QJ8 A;  5P6Y A;  5HVP A;  5OZX A;  5P1O A;  5OZG A;  5P2C A;  5OZR A;  3RSX A;  3VCM A;  4CPT A;  1ZPA A;  4J1H A;  4CPS A;  2NMZ A;  3EL9 A;  1MVP A;  3VF5 A;  4L1A A;  2HC0 A;  3KFS A;  3T3C A;  3PI0 A;  3LIT A;  3TKG A;  1ZBG A;  2G1N A;  1HTE A;  3UFL A;  5P67 A;  2PQZ A;  3O9L A;  1W51 A;  1BVE A;  3APP A;  2A1E A;  2V16 C;  5P4I A;  3LIV A;  1BIL A;  4NJT A;  2PWC A;  5P32 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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