3PMUA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmuA01
3PSGA 1FKNA 5P3TA 3B80A 2HB4A 5P5PA 5P4KA 5APRE 3TOFA 1JLDA 1LZQA 1W50A 5P0PA 2RKGA 5P4DA 5P7TA 2V00A 5I3YA 1HPVA 5ER2E 1K2CA 3UQRA 5P00A 3S56A 1M43A 3DV1A 4PYVA 4WY1A 3VUCA 2AZBA 2WEBA 2WF1A 5OZGA 5DR0A 2QHZA 4LP9A 2B42A 3MSJA 1D4LA 1LYWA 2AZCA 2BB9A 3NXEA 3PLDA 2O4PA 1BILA 2BJUA 5P64A 4TRZA 2F3FA 5AH7A 3BVBA 5COPA 2NR6A 5P24A 1D4YA 1SIPA 1IZDA 4GIDA 4K9HA 4CPRA 1MRXA 4B70A 3OXWA 3VLAA 3R0WA 2BPVA 5AHCA 5EZXA 2RKFA 1N49A 5P86A 5P2UA 2FNTA 3VF3A 3L59A 3SA8A 1T7JA 3PWWA 3HD8A 5P73A 2WF2A 4PEPA 2Q55A 4I0EA 3TKWA 1XE5A 3O9EA 4F74A 5OZNA 5P3ZA 3UDJA 5P8HA 2G94A 2BPZA 3UCBA 3DOXA 4X7IA 4R93A 4HDBA 5P63A 4D88A 5DQ2A 4IVSA 1EC2A 1LV1A 3EL5A 4J1FA 4Y5KA 5HDZA 4Y5BA 5P5BA 3L5FA 4RVIA 5P7QA 1PSAA 1ZSFA 5P53A 5P0XA 3S85A 4BELA 2F3KA 5P5NA 5P12A 2BKSA 2ZHUA 2I4XA 1F34A 1IVQA 5P6CA 1XL2A 4ZIPA 4ZPGA 5P8CA 1HSHA 2FGVA 5OZWA 4X2LA 3OWNA 2R5PA 4Y51A 2R5QA 5P6PA 4U7VA 5BWYA 5P75A 1IVPA 3BXRA 4PZXA 3LZSA 5OYXA 1FFFC 1ME6A 4BEKA 3SLZA 2CEJA 5FIVA 1AJVA 3B7VA 5P3MA 6UPJA 5P2QA 1B6KA 4I0FA 4FRIA 2I4UA 2R3TA 4OC6B 3LIXA 5P7HA 3EKYA 4HDPA 5OZUA 5P4NA 1HVHA 3L5BA 3OXXA 4JOOA 1QBTA 3K4VC 4Y3AA 5P42A 1ZLFA 5P6OA 4NPUA 1AZ5A 1FQ4A 5P79A 1MRWA 2Q15A 3LZYA 2V13A 4FSLA 1EPPE 2IENA 3BC4A 2R3WA 4I1CA 4QJ6A 1A8GA 3LIYA 5I3XA 2Q63A 4Y3HA 5P4GA 1ZSRA 5P61A 3D1XA 1FFIC 3VSWA 5P7NA 2PK5A 3SA3A 3OQDA 1AAQA 5P47A 5OZJA 1C6XA 5P23A 5IVTA 2HC0A 2ZHRA 2NPHA 3PWRA 1A30A 1MTRA 5P6ZA 1MEUA 4J1CA 5OZEA 1T6EX 5P08A 1E82E 2ZHSA 5P02A 1LYWB 3H5BA 5OZXA 5P18A 4ZEAA 3KDDA 3R0YA 3U7SA 1YTJA 4DQFA 3OQAA 4Y9WA 5P2EA 4L7GA 5P6BA 1PPME 4Z22A 3RTHA 5P0CA 2QCIA 4RYCA 4D8CA 2QZWA 4QJ8A 1PSNA 2A4FA 1HVRA 2WEDA 2O4SA 2AVSA 5P6FA 5OYTA 5P31A 3WB4A 4GMIA 4M8XA 1XS7D 1LEEA 3S45A 2Z4OA 1FQ8A 5P1TA 1YG9A 5P4WA 4OBJA 2NXMA 2ER6E 1HOSA 3R4BA 5P6KA 2VJ7A 3LHGA 4QJAA 2WEZA 1IDAA 5F01A 5P4JA 2BKTA 2PH8A 2NMZA 4PZWA 4ZSRA 5P0RA 4Y53A 4GJCA 1DW6C 2I0AA 5KR1A 4Y45A 5P1KA 3INHA 2O4LA 5ENKA 1C6YA 4CPQA 3UFLA 3EL1A 4RCFA 5P3AA 1YTGA 1LYBB 3GGUA 1BV7A 3GI0A 3OU1B 5P1RA 5P4IA 2OHLA 5P7MA 4DJXA 4FAEA 1APTE 5P3WA 3C9XA 5P71A 5P4SA 1DPJA 3H0BA 5P2FA 1B6MA 4U7QA 1B5FB 5OZSA 2BBBA 5P5FA 5P20A 5JFPA 4ACXA 2B7ZA 3WSJA 5P62A 4AMTA 2OHUA 5P7GA 5OZTA 3SA7A 2PSGA 4J54A 2JYSA 1K2BA 5P1OA 3OOTA 4MC2A 5DR7A 1D4HA 1GVUA 3DJKA 3AIDA 5OYUA 5P8LA 5P54A 5P2AA 5IVRA 2FNSA 5P0SA 3ZKGA 2ANLA 3ER3E 4FRSA 2SAMA 5P7JA 4OD9A 3EBZA 2OHNA 3G70A 4Y3EA 2QMFA 3JVYA 1EPOE 1ODXA 3TPJA 3LZUA 3OAGB 1Z8CA 2V11C 5HDXA 5P66A 5IVSA 1TSUA 5P7VA 2AVMA 5ENMA 3NDUA 3PCZA 5OZMA 1BAIA 3KFNA 3PBZA 5HDUA 5P0OA 3QVIA 2G20A 3NLSA 5I3WA 3PLLA 5P0DA 3MSKA 3UQWA 2P3CA 2IS0A 2NXLA 1XDHA 2PQZA 1YTIA 4J0ZA 3KA2A 2IQGA 4XX4A 5P8FA 1EPNE 2FIVA 3OU4B 2AVQA 2IL2A 5OYQA 3DM6A 4RROA 5F00A 4Y43A 3R2FA 4ZSMA 5OYWA 4YDFA 5P5HA 4CKUA 3KFRA 5P09A 3IVIA 3NDWA 5P40A 4BFDA 3Q3TA 3PBDA 4Y3XA 3RSXA 5P8UA 5DQ4A 3EKPA 5DPZA 3L5DA 4I0ZA 5P5LA 3EKVA 2WHHA 4Y38A 4I0HA 5P5CA 5P8IA 1OEXA 4EP3A 5B18A 3MSLA 3DCRA 1DIFA 1HVJA 1M0BA 3QN8A 1T3RA 3TKGA 3OTSA 3NU3A 5P7WA 1XN2A 1D4IA 5P68A 5C9DA 4Z50A 2G26A 5P8JA 4DQHA 1MUIA 2AZ9A 5P3YA 1HTRB 2QI3A 1HIVA 1AJXA 2OHTA 3PM4A 2A1EA 2VIYA 5P2TA 5P3EA 4FL8A 3FNTA 2AOEA 2I1AA 2QZXA 5P5EA 1LYAA 2R9BA 3ZPTA 4DQGA 3OUCA 4DJVA 1PSOE 2QI7A 3OOZA 2RSPA 2B8VA 4TRWA 4QGIA 1XE6A 5P3NA 5P7KA 3KF0A 5IS4A 2J9JA 2OHKA 4A6CA 4L7HA 3TOHA 5KQXA 1PPLE 2B8LA 3DK1A 3ER5E 2G21A 5P8PA 3QRMA 2QP8A 1RV7A 4FS4A 2JJIA 1FQ6A 3U71A 4D89A 4HE9A 4GYEA 1MIQA 4EHCA 3NWQA 4ACUA 5P11A 5P0TA 2G24A 5P6RA 3KT2A 3PJ6A 2VJ6A 5OZAA 5T4SA 3LITA 3G6ZA 5P1LA 1GVVA 4QJ7A 5P1WA 2VA7A 3ZKXA 4OBFA 4K4RA 3TPRA 4DQBA 3VYDA 3EKTA 4HZTA 3TH9A 3OQFA 2QD6A 5OZKA 3OHHA 4RZ1A 4R8YA 5P1EA 3IXJA 3EMYA 3WZ7A 5P6YA 5IVQA 2G1NA 1UH7A 1Z1HA 1TQFA 4YHQA 1YTHA 5P2NA 5PEPA 2QHCA 1IZEA 3SABA 3UHLA 2QI6A 3CKTA 3GW5A 1TCXA 2QZLA 5P7SA 1MT8A 4BFBA 5P4UA 2B60A 5P4AA 3T7PA 4RLDA 5P0KA 5P05A 5P43A 3UDKA 1SGZA 5P3VA 4Y3SA 4Y4UA 4OBKA 1FIVA 5P87A 1RQ9A 5I70A 4FGXA 4J1KA 4OBGA 5KOQA 1APUE 5P84A 3OADB 5P0IA 5HTZA 4I11A 4EYRA 5P1JA 3SKFA 2ZJNA 2FDDA 5BRYA 3VFBA 3HBOA 1EAGA 2IEOA 3O9GA 3CYWA 2QU2A 3PEPA 5P7XA 5OZ6A 4QLHA 4ZE6A 5P7OA 4KUPA 4APRE 2H6SA 3S53A 1RL8A 1BWAA 1TZSA 1ZPAA 4Q1XA 5KR0A 1GVTA 1EC3A 1APVE 3T3CA 5P07A 3ECGA 3RSVA 5HU1A 3BHEA 5P29A 4YE3A 3UDMA 5P5VA 2PK6A 1GNOA 5P10A 3VLBA 1W5VA 5P49A 3O9LA 2NNPA 5TOLA 4A6BA 1ZPKA 1KJ4A 1YM4A 3DCKA 1MT7A 5P1FA 4YDGA 5P1CA 5OZLA 4U8WA 4CPTA 5KAOA 3UDNA 4AA8A 2V12C 5P57A 5P6TA 1QS8A 3BGCA 2UPJA 1AVFA 1QBSA 4JP9A 4L1AA 4XX3A 2J9JB 2JJJA 5P4TA 5SXNA 1EBYA 5P6UA 5P6IA 3T6IA 2NXDA 3NUJA 5P4OA 2ER0E 3R1GB 5HE4A 3EKXA 4Y5PA 2ZJIA 5P1BA 2O4KA 4E43A 4H3IA 5P4EA 5P37A 2QD7A 4I10A 5P8KA 5P5JA 4OBZA 1G2KA 5OZIA 4GJDA 4Y4EA 5JODA 3QIHA 3MXDA 5HE7A 1Z1RA 5I3VA 4PHVA 5P15A 5IE1A 3NXNA 4DJRA 5P5MA 5P65A 2OHSA 1BBSA 3K1WA 5P27A 5OZBA 2Q11A 4GJ6A 3VF7A 3UDHA 5P6SA 2VA5A 4LBTA 5OZ4A 2FXEA 5P22A 5P6QA 3S7MA 2I4DA 3S54A 2QHYA 5HVPA 3F9QA 5DGUA 1W5WA 3Q5HA 4Y3QA 5AH8A 4J0TA 4YD3A 1GNNA 1BV9A 1HWRA 1IZIA 3CKPA 4MC6A 4PPHA 5HCTA 4CP7A 1C6ZA 5OZ1A 3TLHA 3KDCA 1E80E 4Y41A 1A9MA 1ZP8A 4JPCA 5P28A 3HW1A 4CPSA 2XFKA 4GJ9A 1EPQE 5P5YA 4Y3ZA 5P7BA 1K6PA 5P4FA 4J0VA 5P7YA 3GGVA 5P8TA 4S1GA 1FLHA 4Y3MA 1FMXA 2OF0A 3PB5A 3BUGA 5P3FA 1GVXA 2Z54A 3QVCA 4Y37A 4R91A 3INEA 4Y5NA 1LF4A 5P3PA 4AA9A 3S8IA 3QRVA 1EC1A 3KN0A 1LF2A 5P3BA 4Y6MA 4EP2A 2HPEA 2WJOA 5P3XA 1TCWA 1B6JA 1KJGA 1FF0C 2QAKA 5P2RA 7HVPA 3O9FA 2HB2A 5P5IA 3NYGA 5P51A 1WBKA 3PGIA 4M8YA 3MWSA 5P7LA 5OZZA 1FMUA 1HPOA 4RYGA 5P8AA 4EQJA 4CPUA 3KMYA 5P13A 2I4VA 2HPFA 1NPVA 5P3KA 5P4CA 1KJFA 1MTBA 2VS2A 2OHPA 4HEGA 3OUAA 2FS4A 4EJLA 4NJUA 2FLEA 1XL5A 5P6VA 4J1EA 4DJYA 5P3GA 3EKWA 5EZZA 5P8MA 2PSVA 4Y5CA 5P1IA 5KR8A 3IVHA 4GJ5A 2WECA 3OU3A 5P0GA 3A2OA 1LF3A 3NSHA 5P1HA 3PHVA 3IN3A 5P5SA 5P0NA 5P7RA 5P30A 1YM2A 3SAAA 2ASIA 4Y4ZA 4Y4AA 2P83A 5P0ZA 3OXVA 3VV7A 5E5KA 3TTPA 3TPLA 2PWRA 1APWE 4J1IA 4GJ7A 1VIKA 4K4PA 1T7IA 5SZ9A 1W6IA 1SDUA 2P3BA 3LIVA 2QNQA 4J5JA 4Y3YA 4J17A 4KB9A 3DV5A 4L6BA 5P7CA 3OUDA 4J55A 5P6NA 2PYMA 3PMUA 4DJUA 1ZBGA 4R5NA 2G1OA 2ZJHA 3KMXA 1AM5A 3FV3A 1HSGA 4KE0A 3CICA 3EL9A 1DP5A 1Q9PA 4Y3WA 4DPFA 1FB7A 1B6PA 4FRKA 1HTFA 3SKGA 4RCEA 1K1TA 1K6VA 4Y44A 1QDMA 2I0DA 4I12A 1G35A 1HSIA 5P4QA 3RVIA 3HAUA 3OTYA 4FM6A 1HRNA 1HVLA 3ZPUA 3SA5A 2PMAA 5P0HA 5P1DA 1NPAA 5P16A 4NJTA 3INFA 1W51A 1MSMA 3OGPA 3HLOA 1D4SA 5P8EA 1SH9A 5AHAA 5OZYA 3O99A 2WF0A 3K5FA 5P0EA 4OBHA 5OZ2A 2P3AA 2RMPA 2ZE1A 3S43A 3JW2A 4FM8A 3L3AA 5P4HA 3ZKQA 5P60A 2XFIA 4EQ0A 4LXAA 3LIQA 2O40A 5P0FA 5P5TA 3NUOA 4JPEA 3INDA 5P2YA 5P4ZA 3GI6A 2QI4A 4YD5A 1B6LA 1BVGA 1CMSA 4Y50A 4Y4TA 1HVIA 5OZQA 3VEUA 2AOJA 3D20A 2IGYA 2I4WA 4R92A 4Y3NA 2IKOA 2QMGA 3VYFA 4EXHA 5P41A 4I8WA 1MPPA 4DJOA 5P0BA 1WKRA 5P0YA 5P06A 4K8SA 4Y5GA 4QJ2A 5P2BA 3LPIA 4Y3GA 3QP0A 1IIQA 5AHBA 5CONA 3SA9A 4FIVA 5OYRA 4YOBA 2AVOA 1SDTA 3IAWA 5P81A 5C9FA 3KM4A 1ZTZA 5P5DA 4HA5A 3VCMA 3RTMA 5P80A 4DJWA 1IZHA 5OYVA 1IDBA 2VIEA 3FSMA 1ODYA 2HIZA 2QNPA 5DR4A 1T7KA 4YCTA 4Y3DA 3O9HA 5P3QA 5UPJA 4YD7A 3BUHA 4DJPA 5P32A 5P3SA 3WB5A 5P44A 4J0PA 3OUBA 3VV8A 2PSUA 4AUCA 1HEGE 4Y56A 4ER2E 3S7LA 5P8VA 5P6WA 5P5XA 5P72A 4YCKA 5P77A 1SMEA 3D91A 1SMRA 3PWMA 1C70A 4LL3A 2P3BB 5KQFA 1OD1A 2QI0A 4CPWA 4LAPA 2BPWA 2ZGAA 5P7EA 4LXMA 3VYEA 3K5GA 1K1UA 3O9AA 5P67A 5P2CA 3IN4A 1B11A 2AOFA 4Z2ZA 2UY0A 5P5UA 3FX5A 2HS1A 3LIZA 3FNSA 4FAFA 5P2KA 1EC0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PSG A;  1FKN A;  5P3T A;  3B80 A;  2HB4 A;  5P5P A;  5P4K A;  5APR E;  3TOF A;  1JLD A;  1LZQ A;  1W50 A;  5P0P A;  2RKG A;  5P4D A;  5P7T A;  2V00 A;  5I3Y A;  1HPV A;  5ER2 E;  1K2C A;  3UQR A;  5P00 A;  3S56 A;  1M43 A;  3DV1 A;  4PYV A;  4WY1 A;  3VUC A;  2AZB A;  2WEB A;  2WF1 A;  5OZG A;  5DR0 A;  2QHZ A;  4LP9 A;  2B42 A;  3MSJ A;  1D4L A;  1LYW A;  2AZC A;  2BB9 A;  3NXE A;  3PLD A;  2O4P A;  1BIL A;  2BJU A;  5P64 A;  4TRZ A;  2F3F A;  5AH7 A;  3BVB A;  5COP A;  2NR6 A;  5P24 A;  1D4Y A;  1SIP A;  1IZD A;  4GID A;  4K9H A;  4CPR A;  1MRX A;  4B70 A;  3OXW A;  3VLA A;  3R0W A;  2BPV A;  5AHC A;  5EZX A;  2RKF A;  1N49 A;  5P86 A;  5P2U A;  2FNT A;  3VF3 A;  3L59 A;  3SA8 A;  1T7J A;  3PWW A;  3HD8 A;  5P73 A;  2WF2 A;  4PEP A;  2Q55 A;  4I0E A;  3TKW A;  1XE5 A;  3O9E A;  4F74 A;  5OZN A;  5P3Z A;  3UDJ A;  5P8H A;  2G94 A;  2BPZ A;  3UCB A;  3DOX A;  4X7I A;  4R93 A;  4HDB A;  5P63 A;  4D88 A;  5DQ2 A;  4IVS A;  1EC2 A;  1LV1 A;  3EL5 A;  4J1F A;  4Y5K A;  5HDZ A;  4Y5B A;  5P5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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