3PRSA

Endothiapepsin in complex with ritonavir
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Experimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3prsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3prsA01
4EJLA 1VIKA 3PSUA 2QHCA 2PWCA 4TRWA 3OWNA 2R9BA 4Y47A 5P7UA 4GJ6A 3NU3A 3UDMA 2VA7A 2H6SA 3PEPA 5SZ9A 2UY0A 3SA6A 5P8JA 5IVTA 5EZXA 5P6LA 5SY3A 4J0TA 4I0ZA 2PK6A 4Y5PA 5P5VA 5AH9A 3O9AA 2QD6A 5IS4A 4IVTA 3PBZA 1PSNA 4YCYA 3PJ6A 2O4LA 4AUCA 2VIYA 2UXZA 3SO9A 4I8WA 5OZ6A 4H1EA 3FNTA 1ZTZA 3UFLA 5P5JA 4OBZB 1IZEA 1FQ5A 5P85A 4N00A 5P4JA 3UDQA 4BFDA 1PPLE 5J25A 2V11C 5P32A 2ZYEA 5ER1E 5P5AA 4EXGA 1ZAPA 4Y4EA 1FQXA 3MXEA 2B8VA 5I3XA 1SDVA 2BPYA 3SACA 3VF3A 1ER8E 2P3DA 4U7VA 2IGYA 2PSUA 5OYXA 3EKXA 2BPZA 5P50A 3NUOA 4J1EA 3D3TA 4Y4JA 3EL5A 3PB5A 2RKFA 2RENA 4Y53A 1K6CA 5P0OA 1Z8CA 3QRVA 5P8LA 3TOGA 5P6OA 5P6XA 5P6VA 4J1HA 4Y5GA 3S7LA 2OF0A 3LZUA 4OBHA 4M8YA 2JXRA 3H0BA 4EQ0A 4FIVA 3CKRA 2WHHA 4YD6A 5P4GA 2JJJA 4Y5LA 4Y43A 5P4WA 1AJXA 1A8KA 4Q1XA 3UFNA 4Y50A 2Q5KA 5P4VA 5P2QA 3NU4A 3OOTA 2OHRA 5P1GA 4ZPFA 5P7MA 3IA9A 1SMRA 5OZJA 5P5RA 4GJ5A 4QJAA 5P6DA 5I3YA 5P1AA 4ZPGA 5P1RA 4Y4XA 5JODA 3NDUA 4X7IA 4Y3GA 1BVGA 2NNKA 2B7ZA 3OXXA 5P30A 1IBQA 4Y3QA 5P6SA 4FGXA 3OUCA 3UQRA 4Y3JA 1E81E 5DR0A 4RCDA 5P87A 5F01A 5OZZA 3SA7A 5P0TA 5P7GA 3VUCA 3BUHA 2AVQA 3HVGA 3OU4A 5P8FA 2F81A 3VV8A 5P8OA 4APEA 3OQDA 1WKRA 3L5BA 4DJQA 2IDWA 4QJ2A 5ISJA 3URIA 5P7YA 4J0YA 5P63A 3HW1A 3KFSA 4TVGA 2VJ6A 2HB2A 5P03A 5P6JA 3K5FA 3APPA 1M43A 4DVFA 1EC0A 4Y5BA 3QS1A 5P4DA 1FKNA 2AOHA 2QP8A 2QMGA 3OUDA 3OXWA 5P5OA 3OUDB 4ACUA 5P80A 1SIPA 5OZEA 1FG6C 3T11A 5P37A 2UPJA 4YBFA 3PSGA 5P79A 4CPSA 4TVHA 5HTZA 5P4RA 3ZPTA 3TKGA 2QD7A 3OTYA 3BHEA 1YTHA 3KMYA 4U7QA 4Y4GA 2EWYA 4DQGA 2PQZA 1ME6A 3LIVA 3RTMA 1LEEA 1YG9A 2CEJA 5KR1A 5P5FA 3JW2A 2XYEA 1D4HA 1FF0C 2G26A 2A4FA 2I4UA 4OC6A 4Z2ZA 5P41A 1K6PA 4OC6B 5OYYA 5P5GA 2BB9A 2QNQA 4LC7A 5AGZA 1TW7A 4EXHA 1HPXA 2NMZA 1YTGA 5P7HA 5P3QA 3VF5A 5HE5A 2QD8A 5P1JA 3INHA 5OZHA 2WF4A 2WEDA 4PYVA 1TQFA 2ZDZA 4DJOA 4JP9A 2JJIA 4Y3EA 3NYGA 1F34A 5COPA 3T7PA 3WZ6A 1EBKC 3UTLA 5OZ7A 3NXNA 3VLBA 5P86A 1OEWA 3S54A 1LYBA 4QJ8A 5P7AA 2QI5A 2FNSA 3DUYA 4RRNA 4PZXA 3QPJA 2VA5A 1W5YA 4L7GA 4Y3DA 3GW5A 5P07A 5P3AA 3NWQA 3WB4A 4HE9A 5P0PA 5OYVA 5P54A 2OHUA 4HDBA 2ER6E 1OHRA 2IKOA 2APRA 5P11A 5P6NA 5P4EA 2QMFA 5KR8A 5P3RA 1BAIA 5P4YA 3SA8A 2ZHUA 3MSJA 3PHVA 4NJSA 2VS2A 5P3FA 1B6PA 2O40A 3R0WA 5P4ZA 4Y5AA 4Y4BA 4I12A 3BGBA 4NPUA 5OZNA 1K6VA 3TTPA 1K2CA 2AZ8A 3PWWA 5I3WA 3NR6A 2AOCA 4MC2A 4EYRA 3JVYA 5P5KA 4GYEA 1B6LA 1W5XA 3PM4A 3ZMGA 5P31A 4H3IA 1MPPA 4Y6MA 5KR2A 3G70A 4CPQA 3BRAA 3EL4A 3EM6A 4J55A 3OQ7A 1ZJ7A 3NDTA 2QAKA 3OXCA 4DPFA 2WF3A 4KE1A 3DV1A 3TKWA 5P6ZA 1UPJA 5P0VA 1HVRA 4GZFA 5CLMA 1HVCA 3VSXA 2AZCA 2V13A 5P09A 2V16C 1BXOA 1LF3A 1IZHA 1SDTA 2QZWA 2WEZA 5P76A 2JYSA 3TOFA 5P73A 5P7TA 4JECA 3VEUA 1YX9A 5DR3A 5P75A 1B6MA 3BXSA 1XE5A 1FQ8A 1G2KA 1RV7A 3EKTA 2G1RA 3UDPA 3LIYA 4H3FA 3GI6A 4RRSA 4I0HA 2P3BA 3S85A 1CPIA 3NDXA 5P8TA 5SXNA 3GI0A 5P65A 5P3YA 1LYAA 1LYAB 4Y35A 5P44A 3KA2A 4HEGA 1E82E 4FM8A 2ZJNA 4BEKA 3O9LA 2MIPA 5P6QA 3O9LB 4KE0A 5P17A 5KOSA 4J1FA 5P43A 3SM2A 5KR0A 1APTE 4YOAA 4HVPA 1Z1RA 2BKSA 5P4KA 2PYNA 1K6TA 1HRNA 2IEOA 4APRE 4GJ8A 1EPOE 4NPTA 4UPJA 3OU3A 4Z4XA 2FDEA 4YCTA 1K1UA 5P5QA 3T3CA 5P38A 1HPVA 3S45A 3O9GA 3O9BA 3TLHA 1HWRA 2CEMA 1MIQA 4Y3SA 1AAQA 2PSVA 5OZLA 2F3EA 4K8SA 5P47A 1DIFA 5TOLA 4CMSA 4DI2A 1W5WA 4EJ8A 4Y48A 3KFPA 5P0EA 5I3VA 5P2XA 4LAPA 1GVWA 2J9JA 5P51A 1Q9PA 2ER9E 5IVSA 2BJUA 1HBVA 2AVOA 1ODXA 3OQAA 5P8RA 3EMYA 1EPRE 4DJRA 5P77A 4DJWA 2QI0A 5P3SA 1NH0A 3ZPUA 1GVVA 3R4BA 4Y45A 3GI5A 3OTSA 4YHQA 1EAGA 3S53A 1XL5A 3NXEA 1G0VA 5APRE 4R93A 3IGBA 3FSMA 4H3JA 5P6AA 3RVIA 4DJUA 3EC0A 5P7EA 5I70A 5UPJA 3OHHA 5P3BA 4WY6A 3SFCA 4YDFA 5P8SA 1MTBA 3INDA 2Q63A 2QHYA 4RVIA 5ER2E 5OZYA 3D1XA 1UH7A 5P84A 4Y36A 3ER5E 3LZVA 5P42A 2PC0A 5OZFA 2R38A 4MC9A 5P3NA 5DQ2A 4HDFA 3OU1A 5E5KA 4FAEA 4A4QA 2B42A 5P83A 3LZYA 4XXSA 5P0LA 5P1UA 5DGUA 5P4BA 3ZL7A 4DJXA 1C6YA 1LYWB 1XN2A 5P8KA 2F3FA 5P71A 4Y3AA 4YA8A 5P7IA 2G21A 5DGWA 3ZKGA 3GI4A 4YDGA 4Y54A 4JPCA 3OGPA 4DUSA 5OZSA 1PSAA 2ZJJA 3D1YA 5P45A 1Z1HA 2A1EA 5DPZA 2G24A 5P8BA 2FS4A 5P3PA 2WEAA 2G20A 3D91A 4D89A 1AJVA 5P10A 1MRWA 3UCBA 5AHBA 4B00A 5KQYA 1WBMA 1DAZC 5P7DA 5P2FA 5OZRA 4I11A 3S56A 2OHPA 2XFKA 5P26A 1HVIA 5P0UA 3TL9A 5DQ1A 4FLGA 3ZKXA 1LV1A 3G6ZA 4GMIA 4GJBA 3EKPA 2AOJA 2P3CA 5P2AA 2R3WA 4DQEA 2ZJMA 2I0AA 4HDPA 1FIVA 2O4KA 4Y3RA 5P1IA 4ZSRA 4AA9A 2FDPA 2Q64A 5P7FA 4CPUA 2AODA 3QBFA 5P4LA 1FEJC 4FS4A 5P4UA 4QJ9A 6APRE 5C9FA 2V00A 2ZE1A 2QU3A 3T7QA 4FSLA 1RQ9A 4B05A 4RZ1A 1C70A 1BV7A 3DOXA 3IXJA 4LHHA 4Y3ZA 1T7JA 4XX3A 5P52A 5P0SA 1ZSRA 4Y57A 3VYDA 2QI7A 3KF0A 4OBGA 5P0RA 2O4PA 3QBHA 4JPEA 5P1EA 2QZLA 3AIDA 3QN8A 5P4PA 4I0DA 4D8CA 3Q3TA 4YD7A 1BVEA 2RKGA 2I4WA 5P3GA 5HD0A 3KFRA 1HVLA 3K4VC 5P6MA 5P72A 4EP2A 4F73A 2FMBA 3SLZA 2Z4OA 5P61A 4Q5MA 2F3KA 5DR1A 4FRJA 4QJ6A 1EPPE 5P4SA 4L6BA 5P40A 4FSEA 5P2YA 5P8IA 2VA6A 1AXAA 4AMTA 4J1CA 2B7FA 4GB2A 4GJCA 3SA3A 2WL0A 4ZSQA 5P3VA 1NPWA 3LNKA 1B6JA 4GJAA 3UQWA 4DV9A 1BIMA 3G72A 5P1OA 4ZE6A 3VV7A 4FRSA 3NWXA 3LHGA 5P23A 3VFAA 3OU4B 5HDZA 2Q55A 3UDJA 2QMPA 4L1AA 5P4XA 1IIQA 2R3TA 3NDWA 1ZLFA 7UPJA 4J0ZA 1NPVA 3RSVA 3SA9A 5DQCA 4I1CA 5OZPA 5DR8A 4Y3HA 3T6IA 1KZKA 5P5NA 4D83A 1QBRA 1JLDA 1ODYA 5P2ZA 5KOQA 3LPJA 3QRSA 2QCIA 1HVHA 3WSJA 5P5TA 3PCZA 1EPQE 5P7CA 3BC4A 5P8DA 1HSHA 3L58A 4I0JA 2NXMA 5P08A 3CYWA 1KJ4A 3IN4A 3UQUA 4Y4TA 2VNNA 5P2DA 5COOA 4ER1E 4DQFA 1SMEA 3O9IA 3IVIA 5P16A 4Y56A 3VF7A 4B1EA 5OYUA 1PSOE 3NSHA 3OGQA 5P1MA 4FM7A 5P1SA 3VFBA 3PI0A 5P3TA 2AOIA 2QI3A 5DR4A 2VJ7A 5P7PA 3RTNA 2G1SA 2HIZA 2VIJA 5OZIA 2O4NA 3QAAA 1HIIA 2BBBA 1M4HA 2Q15A 3ZOVA 5P7ZA 1FQ6A 5P7JA 4FCOA 1TZSA 3ST5A 5P2BA 2BKTA 1CZIE 2NXLA 1RL8A 5P7SA 3GGAA 3DJKA 5P1NA 5P55A 5P36A 4J0PA 5HE7A 1LYBB 4I0IA 5SY2A 1IDAA 4F75A 4K4PA 4GIDA 4CPWA 4FAFA 3KM4A 1OD1A 2AOGA 3UDKA 3LPKA 2R5PA 3PBDA 3EBZA 4E43A 4Y3MA 4Q1YA 4YOBA 5P02A 4MC1A 4B0QA 3PLDA 5P2GA 1ODWA 4FL8A 2R8NA 4R92A 5OZ4A 5P7QA 2R5QA 5P2HA 5P5LA 5P0NA 4LL3A 5P1DA 5P78A 5JFPA 3I8WA 3DCKA 4Z50A 3LZSA 4Y39A 3ECGA 5BWYA 4Y4WA 4U8WA 1EBZA 3D1ZA 2ZJKA 4B1CA 4YD3A 1HVSA 4RYGA 1W6IA 5P5UA 2G22A 5DQ4A 2PSGA 5HCTA 3TOHA 5C9BA 3MXDA 1HPOA 2FXEA 2B60A 4A6CA 2VIZA 3WZ8A 4A6BA 1A9MA 3QROA 1TSUA 5P2SA 1E5OE 5P5CA 5OYRA 4J54A 5HVPA 1PROA 9HVPA 1HIVA 5P0IA 2WF2A 3I25A 2NMYA 5P1ZA 5P48A 5OZXA 4B78A 5P5EA 4F74A 5HDVA 1D4LA 5P6IA 3Q70A 2J9KA 5P66A 3FX5A 4NJTA 1HHPA 5P8UA 1MT7A 5DR7A 2PWRA 2WF1A 3ZPSA 5PEPA 1XN3A 4B77A 5P3XA 1HOSA 5P4FA 4EQJA 4H3GA 1KJHA 2I4QA 1BWBA 5P2TA 4QGIA 1PPME 5P2IA 4I0EA 5P6WA 1TCWA 5P19A 3LIZA 3O9CA 1YTJA 1GVUA 5P7VA 5P3MA 4NKKA 2QZKA 5P53A 5P6PA 2AIDA 4AZYA 3WZ7A 3BVAA 5DQ5A 4TRYA 3VV6A 3UF3A 5OZ0A 1KJFA 4RVJA 1FQ7A 5P0WA 5P5XA 4D85A 2G27A 2BPVA 4EWOA 2P3BB 3RTHA 3L5CA 2IL2A 3S7MA 3DV5A 5P1HA 1W5VA 2IS0A 5OZMA 5P20A 2AVSA 1EPLE 5T4SA 3HVPA 3K1WA 2QMDA 5P5MA 1AVFA 1SGZA 2RSPA 2FXDA 1F7AA 2VNMA 5JFUA 5P62A 1LS5A 2QK5A 4GJDA 4PEPA 1SGUA 1GNMA 3EKQA 4J1KA 2FGVA 1EBYA 2OHSA 2VJ9A 3ZKNA 3SKGA 1T6GA 3ZKMA 1APWE 1HTGA 5P46A 5P5SA 5P5HA 3ZLQA 2WJOA 4FRKA 1J71A 2NR6A 2VKMA 3AUPA 4Y3FA 3PCWA 5P4AA 5P7KA 4R8YA 3SPKA 5P0QA 4CPRA 5KQXA 3PMUA 4CPTA 2AZBA 4B1DA 1PPKE 5P6TA 5P2NA 1QS8A 5OZ2A 3OADA 5P7NA 1G6LA 5AH8A 5P8QA 2J9JB 2FDDA 1G35A 5P8VA 1W6HA 5P3ZA 4Y37A 1HXBA 4ER4E 4RGHA 2ZHRA 3O9EA 5P3CA 2HB4A 1T7KA 3TPPA 3WB5A 3UPJA 5AH7A 4BELA 4I0FA 3HAWA 5P34A 2WEBA 1B11A 4RYCA 3URJA 1BXQA 1FFIC 1EBWA 2NNPA 5P15A 2QI6A 4LXAA 3B7VA 4YBIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJL A;  1VIK A;  3PSU A;  2QHC A;  2PWC A;  4TRW A;  3OWN A;  2R9B A;  4Y47 A;  5P7U A;  4GJ6 A;  3NU3 A;  3UDM A;  2VA7 A;  2H6S A;  3PEP A;  5SZ9 A;  2UY0 A;  3SA6 A;  5P8J A;  5IVT A;  5EZX A;  5P6L A;  5SY3 A;  4J0T A;  4I0Z A;  2PK6 A;  4Y5P A;  5P5V A;  5AH9 A;  3O9A A;  2QD6 A;  5IS4 A;  4IVT A;  3PBZ A;  1PSN A;  4YCY A;  3PJ6 A;  2O4L A;  4AUC A;  2VIY A;  2UXZ A;  3SO9 A;  4I8W A;  5OZ6 A;  4H1E A;  3FNT A;  1ZTZ A;  3UFL A;  5P5J A;  4OBZ B;  1IZE A;  1FQ5 A;  5P85 A;  4N00 A;  5P4J A;  3UDQ A;  4BFD A;  1PPL E;  5J25 A;  2V11 C;  5P32 A;  2ZYE A;  5ER1 E;  5P5A A;  4EXG A;  1ZAP A;  4Y4E A;  1FQX A;  3MXE A;  2B8V A;  5I3X A;  1SDV A;  2BPY A;  3SAC A;  3VF3 A;  1ER8 E;  2P3D A;  4U7V A;  2IGY A;  2PSU A;  5OYX A;  3EKX A;  2BPZ A;  5P50 A;  3NUO A;  4J1E A;  3D3T A;  4Y4J A;  3EL5 A;  3PB5 A;  2RKF A;  2REN A;  4Y53 A;  1K6C A;  5P0O A;  1Z8C A;  3QRV A;  5P8L A;  3TOG A;  5P6O A;  5P6X A;  5P6V A;  4J1H A;  4Y5G A;  3S7L A;  2OF0 A;  3LZU A;  4OBH A;  4M8Y A;  2JXR A;  3H0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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