3PSGA

The high resolution crystal structure of porcine pepsinogen
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
370
structure length
365
Chain Sequence
LVKVPLVRKKSLRQNLIKDGKLKDFLKTHKHNPASKYFPEAAALIGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATSQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIDSLPDIVFTIDGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The high-resolution crystal structure of porcine pepsinogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEPSINOGEN
molecule tags Hydrolase(acid proteinase zymogen)
source organism Sus scrofa
total genus 79
structure length 365
sequence length 370
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1991-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
A PF07966 A1_Propeptide A1 Propeptide
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psgA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psgA01
5DR3A 1HVKA 4LXMA 5OZTA 2BKTA 5P1JA 1B6KA 1KJGA 2AZ8A 3SA9A 2VJ6A 1ZTZA 3JW2A 3O9AA 1FF0C 2V12C 4R95A 3ER3E 1CPIA 5P07A 1NSOA 2WKZA 4A6CA 3ZLQA 4DQHA 4YCKA 1B5FB 2OHPA 2V10C 2QI6A 5C9BA 5P6AA 5HDXA 2VA7A 1DAZC 4DJXA 1MT8A 5P4TA 2AOHA 3ST5A 3CYWA 1ME6A 5P76A 1T7JA 1XE6A 1U8GA 5P5ZA 1IVPA 5SY2A 2R43A 4JP9A 2OAHA 4GJBA 3BUHA 5KQZA 3OTSA 4J17A 2G26A 5HCOA 5P3UA 4OBZA 5OZDA 5OZNA 4PZXA 2ER6E 3BVBA 5P7KA 5P1ZA 3S2OA 4YD5A 2QI1A 5P82A 4Y4DA 1XN3A 3UFLA 5P3PA 1GVWA 2QCIA 5OYYA 2AVVA 5P7GA 3ZPUA 4YBIA 5AH8A 5P0UA 4ER4E 3SA4A 4Q1NA 3QRMA 2WEZA 2ZE1A 5P6BA 5P89A 5P6MA 1FKNA 1LYWB 5HU1A 5P33A 5P3TA 2I0DA 1AIDA 5P2YA 3MSJA 3TLHA 1META 2NXDA 5KQFA 4DQFA 4HDFA 1K1TA 2IRZA 3LIVA 3OY4A 3L58A 1FQ6A 4DJUA 7HVPA 4S1GA 3PJ6A 3LZVA 1ZJ7A 3PMUA 1B6JA 4GIDA 3SLZA 1DIFA 4CPTA 5P6NA 4CPWA 5P2BA 1YTIA 5DR8A 1IIQA 2G69A 4B1CA 3I6OA 5OZWA 2G1SA 3BC4A 1EEDP 3OWNA 4IVSA 2IL2A 3D3TA 4WTUA 3KF0A 3SA8A 1HVCA 4Y45A 3VV8A 2FNTA 3PLLA 1M0BA 5P1DA 1MSNA 3PVKA 3LIXA 3Q6YA 2PC0A 5P7NA 3APRE 2Q11A 3FNSA 4I0JA 1EPNE 5P2SA 3T7PA 3CKTA 1FFFC 5P35A 5P46A 5P70A 5P8IA 5P80A 2VA6A 4J1FA 1QDMA 2G1NA 3KFNA 3VYDA 5P6SA 4A4QA 5P5BA 1NPWA 3ZMGA 2V11C 2PWCA 1HXBA 4ER2E 3CMSA 3I25A 3F9QA 3PHVA 1M43A 4I12A 5CONA 1FB7A 1SH9A 4GJDA 4I1CA 2BPVA 5P28A 2Q5KA 5P3YA 3PI5A 4Y3JA 2A1EA 2JJIA 5P5VA 2ZJNA 5KQYA 4J0ZA 2NNKA 3UQXA 3UQRA 5P8NA 2OF0A 3BGBA 1LYWA 4FRSA 5P23A 5P83A 3OADB 3PCWA 4RVIA 2PSUA 3BXRA 2NXMA 4I11A 4J0PA 1GVVA 1MTBA 5P7WA 1BXQA 5P87A 5P3RA 1OEWA 1WBMA 4LAPA 1XE5A 4J1CA 3L5DA 1T7KA 1HTEA 3IVIA 3ZKMA 4Y5GA 3DK1A 4HDPA 2UPJA 3EMYA 3OHFA 3G72A 2QZXA 2R3TA 1AM5A 2AODA 1DP5A 5P0SA 3HVGA 5P2OA 4DJPA 3PSGA 1T6GA 5OZRA 4Y4EA 5P86A 5P4HA 4KB9A 4GJ9A 3LZYA 2ZHRA 3VEUA 4Y5EA 4B00A 1FGCC 5OZZA 1MEUA 2OHTA 2FDDA 1YTJA 1BWAA 6FIVA 3HVPA 3UFNA 1EBYA 3BUGA 2G94A 4Y3GA 3UHLA 2R5QA 1SIVA 6APRE 4H1EA 4Y5CA 1G0VA 4Y4TA 3IA9A 3O9CA 5P7BA 2ZJLA 3IXOA 3KDBA 2IS0A 4FL8A 4NPTA 3RTHA 5KR8A 1B6LA 2IQGA 1HVHA 4QJ6A 1MERA 3OTYA 3WZ8A 5P7PA 4BELA 2ZHSA 5P8GA 1BV9A 1ODWA 4HVPA 5P26A 4FM8A 2AOFA 1EPOE 5E5JA 1ODYA 3NR6A 3EKWA 5P1WA 3WSJA 3IVHA 3T7XA 4B72A 1IZIA 3NYGA 5OZ9A 3VF5A 4TVHA 2G27A 3OADA 5P7MA 1FQXA 3NDWA 4LXAA 5P1MA 5P38A 4DFGA 4Y35A 2FDEA 4ZSQA 5OZSA 2NMZA 3RTMA 3OOTA 3ZPTA 1ZPAA 4Y5NA 1K1UA 1E81E 5P7QA 4XX3A 5P0CA 5AHBA 5P1QA 3SQFA 5P3LA 4Y3LA 2AZCA 4HLAA 1W5WA 5IVSA 5P8RA 5OZIA 3SA6A 3VV6A 1IDBA 4J54A 2FMBA 5P6PA 1D4SA 1W5XA 4K4QA 1J71A 2IGXA 5P5KA 5DGUA 5P73A 4PHVA 4CP7A 4LC7A 2JJJA 3MXDA 2J9KA 3Q70A 4YD7A 5P8BA 3PRSA 3UDYA 3SABA 1NH0A 3INFA 4TVGA 5P2LA 3LIYA 3CYXA 3ZKGA 2HC0A 4K4PA 4EXHA 4DV9A 4OBKA 5P8FA 4ER1E 5P4LA 2B7FA 3LINA 5P4EA 1ODXA 2NXLA 4J1EA 1NPAA 4ZSMA 5P8JA 3O9GA 4J0YA 3QS1A 3OQFA 5P2DA 4FM6A 1SBGA 4OBFA 2APRA 3EL1A 4GJ7A 4Y3NA 2WEDA 5P8HA 3D20A 3HAWA 5OZLA 5P69A 4R93A 5P7DA 4H3IA 5P7YA 4X2LA 1ZSRA 4ZSPA 4DPIA 4I0GA 5P1TA 3EL0A 5P88A 3GI6A 1EBZA 2XFJA 5P48A 4YD4A 3B80A 5OZXA 5P1KA 1UPJA 4Y53A 1MESA 3URJA 5P8MA 4I0FA 2Q55A 3PSYA 4YCTA 3SM2A 1SGZA 2VJ7A 1T6EX 5P5MA 5P10A 5P5YA 4Y37A 5P4MA 5P8CA 1HXWA 5P5OA 5P29A 3JVWA 5P04A 2B8LA 1HOSA 3GGVA 4ZLSA 1DMPA 3NWQA 3QBFA 4J1KA 5I3WA 2OHSA 3K5FA 2XFIA 5P45A 3K4VC 1T3RA 5P4CA 4F75A 1AJVA 3ZKIA 4TRYA 1AZ5A 3KMYA 5F01A 5OZVA 4YDFA 5P4SA 5P27A 2R38A 4FSLA 4Y4WA 3D1ZA 1GNMA 4OBZB 1KJFA 5P4AA 5P6IA 1FEJC 5EZXA 1HPXA 1HIIA 4NJUA 5P4DA 1PFZA 1FIVA 5P8VA 3SFCA 3CIDA 1GKTA 2ASIA 2F3EA 3KDCA 2I4DA 5P16A 2QP8A 4EPJA 2R8NA 2ZHTA 4FRKA 5P6RA 5P01A 5OZHA 3HBOA 5P2FA 4Y57A 2SAMA 5P3KA 1BAIA 3EM3A 2AZBA 4FE6A 5P78A 2VIZA 4RCEA 1FMBA 2QHYA 3IXJA 1AAQA 5P3SA 2ZHUA 2NNPA 5P62A 2BB9A 1QBRA 5P3JA 2VJ9A 5P6YA 5AGZA 4EYRA 1D4KA 3TPJA 4LP9A 5F00A 1BWBA 4I0IA 4R91A 5P79A 4FM7A 5P8AA 5OZAA 3VV7A 3NU9A 2PYNA 2NMYA 2XYEA 3UDQA 1LYAB 2O4KA 1UH9A 2QI3A 3DJKA 4Q1XA 4JPCA 2P3DA 3EL9A 3N3IA 5P08A 2IKUA 1CZIE 4Y44A 2I0AA 3QPJA 4IVTA 4CKUA 5P47A 5P37A 3APPA 1HWRA 4N00A 3WZ6A 1LV1A 1G2KA 3H5BA 5P6OA 3CKPA 3PCZA 5JFUA 5P7LA 2BKSA 3SPKA 5OZ8A 4PEPA 2WF1A 2O4LA 4I10A 2WF3A 3AUPA 3L5CA 3OXWA 4YOBA 1D4LA 1WBKA 3ER5E 2ZDZA 3KA2A 3KM4A 4R5NA 5P7IA 5P1UA 1BDRA 4I8ZA 4YE3A 5P8SA 5OZ0A 5OZYA 5P77A 5KOQA 2ZYEA 5P2VA 4J0TA 4QGIA 1ZBGA 4OBHA 5P2NA 3L5BA 4ZPFA 3IN4A 1FQ4A 1YTGA 5P1PA 1A8KA 5P19A 4EJLA 3UQWA 3RU1A 3NSHA 3QIHA 4K4RA 4D85A 1M4HA 4J5JA 5P0RA 4L7GA 4ACUA 3PB5A 3LHGA 3EC0A 4QJ7A 2V13A 4YBFA 5I3YA 3WB5A 4D88A 1HVSA 3UF3A 2AQUA 3IN3A 3FSMA 5P2TA 5P03A 5P8QA 5P4KA 5P4NA 3DV5A 5P4OA 3WB4A 5C9FA 1MT7A 5HDUA 4B77A 4Y41A 5P7JA 4BFBA 5P3BA 2B8VA 3O9IA 3T6IA 2FS4A 3ECGA 3HZCA 5P0DA 3UDPA 1DW6C 3R1GB 3QRSA 4D89A 1B6PA 3S7LA 1LF3A 3K4VA 5OZ3A 1LYAA 4ZPGA 3S54A 4B05A 3VYFA 1HPOA 1HEGE 2QU3A 1GNNA 1EPRE 5HCTA 3QI1A 3PBZA 5P0QA 3TL9A 3QN8A 4Q1YA 3TH9A 3BRAA 5P71A 4Y3XA 1Z8CA 3ZPSA 1AJXA 4MC1A 4Y58A 2WECA 2WEBA 1K6TA 1TCXA 3K5DA 5P14A 5AH9A 3SM1A 2PYMA 5COOA 4JOOA 5P3VA 2O4PA 5HTZA 4DQEA 1OD1A 1LEEA 2BPWA 4PYVA 5JFPA 1RL8A 5HE4A 1RQ9A 1SMEA 3NLSA 4Y3PA 5IE1A 1C6ZA 3C9XA 3KMXA 5P5QA 5P05A 1W5YA 3ZKSA 3OUAA 1C6XA 4Y4AA 5OZKA 4KE0A 1BILA 4J0VA 4APEA 5P53A 3EXOA 5P25A 4HA5A 3NU3A 3LPIA 4YD6A 4Y4GA 1APWE 4RLDA 3O99A 4Y3TA 3EL4A 3OU4A 3BUFA 2PSVA 1HEFE 3GI4A 3PMYA 5P3EA 1C70A 1SP5A 3RTNA 4LL3A 4Y3QA 4AA8A 5P2AA 7UPJA 1B11A 3EBZA 2P83A 3G70A 5P0NA 3NU5A 1HSHA 1Z1HA 4EP2A 3OUDA 5P8LA 3HDKA 3UDMA 3D1XA 4Z4XA 4A6BA 2Z54A 1E82E 3L5EA 3OGQA 3O9LB 4RCFA 3L5FA 1EC1A 3URIA 3FX5A 4GYEA 2G20A 1QBSA 5P58A 3Q5HA 1YT9A 5P4PA 4FGXA 5HD0A 5P6TA 4X7IA 3DM6A 5P2UA 1IBQA 1G6LA 3KT5A 5DR0A 2B60A 5DPZA 5P2IA 3RSXA 1K6PA 5P5UA 5P17A 3VFAA 4R8YA 5OYRA 5P7VA 3OQAA 3ZL7A 5OYSA 1APTE 2ZJKA 1WKRA 4GJAA 3OU3A 3VG1A 1APUE 1VIKA 2Q64A 5P5IA 3TOFA 3MSKA 2P3BB 5P4IA 5JODA 2QZKA 9HVPA 3I7EA 1CMSA 2JYSA 5P0WA 1VIJA 4B0QA 3BGCA 4DJYA 5P4GA 3D91A 5P8TA 1ZAPA 2PH6A 2ZJHA 5OYTA 3GI5A 4YD3A 4RVJA 3NU6A 2NTRA 4FSEA 4COEA 4I0HA 3BXSA 4FLGA 3U7SA 3L3AA 3SACA 1FMXA 4RRNA 5P1HA 4Y3ZA 3UQPA 5COPA 5COKA 2O4SA 1PSAA 3DCKA 5OZQA 4GMIA 4OBGA 5P0MA 1D4JA 1EPME 2I4XA 4MC2A 1HVLA 2UY0A 2I4UA 5P5WA 1PPLE 3VYEA 4JECA 1KJ7A 1TW7A 5P5TA 3PBDA 1HRNA 3OHHA 4LBTA 1UH8A 2ZHVA 1PROA 2OHMA 3FNUA 2HPFA 5HDZA 5P2RA 1E80E 5P8KA 3PEPA 5OZ2A 4AZYA 5P0VA 8HVPA 5P85A 3LPJA 5OZJA 3MXEA 5P7HA 4Y43A 3O9LA 5P51A 1NPVA 2F81A 3DUYA 5P74A 1YTHA 4NJTA 3CIBA 2B7ZA 5HDVA 3NXNA 3TTPA 1F34A 2PK6A 2RKFA 3O9DA 4ZIPA 2VKMA 2F8GA 2QMPA 2FGUA 5DR4A 2RSPA 1HTRB 5P0EA 3GW5A 2O4NA 2OHKA 5P2QA 2ZJMA 3INDA 2P4JA 1RNEA 2BPZA 1HTFA 2G22A 4YHQA 5P4VA 3UQUA 4F74A 3PM4A 4E43A 5P60A 3VSWA 5P6HA 3VLBA 4PPHA 4Y51A 3S43B 2P3BA 4OC6A 4FCOA 1GVUA 5P1YA 3LNKA 3DCRA 3VCMA 3LPKA 4ZPEA 5AH6A 4Z2ZA 5AHCA 5OZEA 4ZSRA 1MPPA 2R9BA 5EZZA 5P2KA 4YDGA 5UPJA 5OZUA 3TPRA 4NJSA 1IZHA 5P6DA 2I4QA 2IDWA 3HW1A 2AVMA 4DQCA 4FIVA 4Y6MA 5P55A 3PWMA 5P41A 1W6IA 4I0EA 5OYWA 5P22A 5P1EA 4CMSA 1MTRA 5AHAA 5P5EA 2IENA 5P06A 3S8IA 1JLDA 3INHA 3QVIA 5P6FA 2PH8A 5P31A 4AMTA 1HVRA 5P1RA 5P0OA 5P5PA 5P3CA 3TKGA 4WY1A 2JXRA 5P63A 5KOSA 3EKYA 4Y36A 3FV3A 4I0ZA 5P61A 2QNPA 3INEA 4U7QA 2VS2A 4Y3AA 3KT2A 5P5GA 2BPYA 5P5XA 4DPFA 3FIVA 2AVQA 3ZKNA 5E5KA 4GJ5A 5P0PA 4Y54A 3KYRA 5P4WA 4DVFA 4GJ8A 2PQZA 5OYVA 2I4VA 4EJKA 2AOGA 2HB4A 2Z4OA 3EM6A 5P1IA 5P3XA 5P6QA 3NXEA 3OUBA 5HVPA 2RKGA 3OOZA 2ZJIA 4APRE 3NUJA 3NU4A 2G21A 2QMGA 3QVCA 2AIDA 5ENKA 3OK9A 2AOJA 3PSUA 5P72A 4K8SA 3SA5A 5P2ZA 2IGYA 3EKXA 5DR1A 4U7VA 3S43A 5P8OA 1LYBA 3GGUA 5B18A 2V00A 4TRWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR3 A;  1HVK A;  4LXM A;  5OZT A;  2BKT A;  5P1J A;  1B6K A;  1KJG A;  2AZ8 A;  3SA9 A;  2VJ6 A;  1ZTZ A;  3JW2 A;  3O9A A;  1FF0 C;  2V12 C;  4R95 A;  3ER3 E;  1CPI A;  5P07 A;  1NSO A;  2WKZ A;  4A6C A;  3ZLQ A;  4DQH A;  4YCK A;  1B5F B;  2OHP A;  2V10 C;  2QI6 A;  5C9B A;  5P6A A;  5HDX A;  2VA7 A;  1DAZ C;  4DJX A;  1MT8 A;  5P4T A;  2AOH A;  3ST5 A;  3CYW A;  1ME6 A;  5P76 A;  1T7J A;  1XE6 A;  1U8G A;  5P5Z A;  1IVP A;  5SY2 A;  2R43 A;  4JP9 A;  2OAH A;  4GJB A;  3BUH A;  5KQZ A;  3OTS A;  4J17 A;  2G26 A;  5HCO A;  5P3U A;  4OBZ A;  5OZD A;  5OZN A;  4PZX A;  2ER6 E;  3BVB A;  5P7K A;  5P1Z A;  3S2O A;  4YD5 A;  2QI1 A;  5P82 A;  4Y4D A;  1XN3 A;  3UFL A;  5P3P A;  1GVW A;  2QCI A;  5OYY A;  2AVV A;  5P7G A;  3ZPU A;  4YBI A;  5AH8 A;  5P0U A;  4ER4 E;  3SA4 A;  4Q1N A;  3QRM A;  2WEZ A;  2ZE1 A;  5P6B A;  5P89 A;  5P6M A;  1FKN A;  1LYW B;  5HU1 A;  5P33 A;  5P3T A;  2I0D A;  1AID A;  5P2Y A;  3MSJ A;  3TLH A;  1MET A;  2NXD A;  5KQF A;  4DQF A;  4HDF A;  1K1T A;  2IRZ A;  3LIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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