3PSUA

Hiv-1 protease in complex with an isobutyl decorated oligoamine (symmetric binding mode)
Total Genus 20

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV3 (65-68)S5 (52-66)TIV1 (14-17)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII2 (80-83)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Multiple binding modes of a symmetric inhibitor in HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psuA00
5P38A 5P5SA 4Y4UA 5P32A 1NH0A 4R5NA 3EKTA 4L6BA 4EQJA 3NWQA 1PPKE 5OZLA 3LZUA 2NTRA 3OADB 5P5YA 4JPEA 3G70A 3L3AA 4FSLA 1FMXA 5P6YA 3I2LA 1GNMA 1EPRE 3TPJA 5P1FA 5SY3A 3KT2A 4J1FA 4BELA 2ANLA 4Y5LA 3IN3A 3TH9A 5P0LA 2WKZA 5HVPA 5P4VA 4LP9A 2PMAA 5P7XA 1EC1A 5P1XA 1A8KA 1SH9A 2QMGA 8HVPA 5P2JA 3TNEA 5P77A 1FGCC 3KMYA 4D8CA 1W6HA 4R93A 5AHBA 5P0DA 5P3JA 3INEA 5P4JA 2QMPA 2I0DA 5P7EA 2NNKA 1HVIA 3BC4A 5COPA 3TPRA 4Y3TA 4YD4A 3NDTA 4Y5CA 5OZSA 1HVLA 4N00A 5P5DA 4GJAA 4Y3EA 3SA8A 3QI1A 1JLDA 3OXWA 3SPKA 4L1AB 4RRSA 3NU3A 5P04A 5P8HA 3QAAA 5P1YA 2PK5A 5P46A 3PSGA 4ZIPA 5P2EA 1ZSFA 2R5QA 2ZHSA 4OD9A 2QZKA 5P3KA 1FG6C 5P6KA 4DFGA 5P7YA 3SKGA 4QJ8A 1ZLFA 5P8TA 1EPNE 2QI6A 3ZKIA 3AUPA 1W5XA 5DQ5A 3TOGA 3CICA 2WL0A 5P75A 2R5PA 4DUSA 4Y43A 2V13A 5OZRA 4Y45A 5P7DA 5P5ZA 4J1HA 2NXDA 1HSGA 5P0ZA 2AZCA 2Q64A 5P6NA 5P6PA 5P7WA 2IKOA 4I0GA 2G1YA 5P3VA 1D4HA 5HE7A 2HC0A 1IDAA 3RVIA 5P3LA 2I4XA 5P8PA 5P6MA 5P4ZA 5OZOA 1C70A 3ZKNA 4QJAA 1HTRB 5P5WA 5P0PA 3IXOA 3EKWA 3VYDA 4EHCA 5P5VA 3EL4A 2EWYA 4RYCA 4Y3GA 4Y5PA 1YM4A 3LIXA 3LIZA 4R8YA 2WF1A 3S2OA 4J1EA 4MC6A 3IVHA 3IGBA 4J0ZA 3PSYA 1K6PA 4TVGA 1XL5A 3PI0A 5P36A 3O9HA 2V12C 5P1AA 3C9XA 2FLEA 5P26A 1SP5A 3D1ZA 4DQFA 5P8QA 5SY2A 1W5WA 1FG8C 4EJLA 1FB7A 4Y57A 1DW6C 3PWWA 4K9HA 5IVSA 2QD7A 4Y4EA 2ER0E 1ZBGA 2QMFA 2ZHVA 1Z1HA 3DCKA 3LIYA 3G6ZA 5ER1E 3CIBA 4ACUA 1NPWA 5P86A 1K2BA 3K1WA 1B5FA 5P7JA 1HWRA 2R3WA 4Y3QA 5P82A 5HE5A 1AAQA 1HPOA 4DJXA 1LEEA 3IAWA 3WB4A 3PLLA 3VSWA 3RSXA 3URIA 4Y3DA 4EWOA 5IS4A 4YHQA 3DV1A 5P5PA 5KOSA 5P83A 1MTBA 5P7MA 1UH7A 1GVWA 5P02A 2ER9E 5AH9A 5COOA 4DQBA 2AOCA 3ZPSA 4OBKA 3NXEA 2FGVA 4I0HA 4YD3A 2SAMA 5P5AA 1FQ4A 3EKYA 1OEWA 3PWMA 2O4KA 1G2KA 1META 2Z54A 4Y5EA 3MSJA 3I25A 1W5VA 1YM2A 5P81A 4FAFA 2CENA 3OU4B 3VFBA 2WF0A 3L5EA 3T7XA 1BIMA 4FIVA 3QVCA 4K4QA 3EL0A 2HPEA 4Y5NA 4ER4E 1T3RA 1ZTZA 2ER6E 5P0HA 3LZYA 5P4XA 2BPYA 5P13A 1XN2A 3HZCA 1NPAA 1LV1A 1XE5A 3CYWA 5P53A 3FNSA 1ODWA 3APPA 4BFDA 4Y38A 5P6ZA 3VFAA 4GJBA 4YCKA 3L5DA 4K4PA 2OHMA 4RCDA 1APUE 5P4OA 3KFRA 2CEJA 1LYAA 1AZ5A 3VEUA 1BILA 2OHKA 3TKWA 2XYEA 2IEOA 1TCWA 5P3YA 3D20A 5IVTA 1BXOA 2I4UA 3UFLA 4JOOA 3VLAA 4Y56A 4Y5AA 5P2XA 1M0BA 1UH9A 4GJ6A 2G1NA 3BXSA 5P0IA 2G26A 5P4FA 4E43A 3KA2A 5P35A 4PPHA 5P52A 1FLHA 2F81A 3UFNA 5P64A 2QI4A 1MRWA 3UDMA 4DQGA 4XX3A 3R2FA 5OZJA 4Y37A 4I8ZA 4OBZA 1XS7D 5CLMA 2OHQA 5JG1A 3FIVA 1A9MA 1B5FB 5B18A 3KF0A 2FS4A 5P6VA 3KYRA 3HAWA 5P0JA 5OZTA 3SKFA 1NSOA 5P8UA 3KFPA 4FRIA 1MIQA 3EKQA 1BDRA 5DGUA 2AVQA 1M4HA 5F01A 5P30A 2G20A 5SZ9A 3UDNA 5P7RA 5P8KA 4ZE6A 2NMYA 4FRSA 2AOJA 5P7UA 3TTPA 3S43B 3JVYA 1FKNA 2AZ9A 3FX5A 2Q5KA 5P4HA 1Z8CA 1BVEA 4FRJA 5P1DA 2R38A 4FGXA 1D4JA 3QBHA 1ER8E 5P17A 3ZKGA 3QP0A 5P2IA 4B1DA 1F7AA 4CPQA 1W6IA 3NU9A 5DR0A 2P83A 2XFIA 4Y4BA 4Y58A 5P6CA 4HDBA 2QI3A 4KB9A 4M8XA 4APRE 1FQ5A 1HTFA 4NJSA 3NUOA 4B72A 4DJVA 5P7OA 5P1TA 3OOZA 5F00A 5P0QA 3VYFA 3VV7A 2I4VA 3OQKA 2QI0A 3DM6A 5T4SA 5OYYA 3ZPTA 5OYWA 4Y41A 5P8IA 4DJOA 3ZKMA 2BPZA 2G22A 5P07A 5P3EA 2FDEA 4GB2A 1HTEA 1K6CA 2Q3KA 5OZQA 3L58A 5P5MA 4D89A 1E80E 1YTIA 3EKPA 5OZCA 3OAGA 4JPCA 1T7KA 5P11A 5P18A 3RSVA 3SA7A 3PSUA 4HVPA 3TOHA 5P5BA 4DI2A 4YD7A 5OYXA 4OBDA 4HA5A 3GI4A 2Q63A 4HLAA 3JW2A 6APRE 1SIPA 4CPRA 5P0RA 4ZEAA 4YOBA 1N49A 5P8VA 3UDPA 5P89A 5HDUA 4I0EA 1HIHA 1MT8A 4R91A 3FNTA 2V11C 5P6FA 2QAKA 5P72A 4NJTA 1IIQA 3VYEA 3OHFA 4FM8A 1GVXA 4GZFA 2VS2A 1W50A 5P79A 4HE9A 5P1BA 5IVRA 2ZE1A 2BPXA 5P3NA 4ZLSA 2VIYA 5P2SA 4CPTA 5P57A 4DV9A 1RPIA 2H6SA 3ZLQA 5P51A 4CMSA 3CKRA 4A6CA 5P7NA 4HDFA 5P33A 4Y4WA 1AJVA 1CMSA 5P42A 3CKPA 3HVPA 3GGVA 3OHHA 5P3SA 4OC6A 1EBKC 5P28A 5P5RA 4EPJA 1LYBA 5P19A 4D85A 4LL3A 2IKUA 5P7CA 1MT7A 5P50A 2WECA 3NSHA 1K1UA 3QBFA 3MXDA 3EMYA 3EL1A 1F34A 4RZ1A 2R43A 1IDBA 3UDHA 4Y3AA 1U8GA 1HSHA 3O9LA 4A4QA 3OTYA 4ZPFA 2O40A 3VCMA 3OGPA 1DAZC 4R92A 3SQFA 5KQFA 5P7FA 2B8VA 2QNNA 2HB2A 5P7QA 5P66A 3S45A 3TPLA 4DJWA 4PYVA 4I0DA 3OQAA 2PH8A 3KFNA 2VJ6A 4ZSMA 4Y4TA 5P8RA 1IVQA 2Q54A 5OZFA 5P20A 2IL2A 3PMYA 4PEPA 4IVTA 1IZHA 2B60A 2WF4A 3S56A 5OZXA 1Z1RA 5P2NA 3OAGB 5OYZA 4K4RA 5P60A 4GYEA 4Y51A 3T7PA 4LXAA 5P3MA 4J55A 2QNPA 5JODA 1PSNA 2WJOA 2ZJKA 2AVVA 1HVSA 4Y3ZA 4WTUA 5P6SA 4FCOA 2P3CA 3KDBA 4TRYA 3FKTA 5P1WA 2OHUA 5P2YA 5HE4A 4Z22A 1MUIA 5P0TA 1BXQA 5P87A 1MSNA 3Q3TA 1KJFA 1EC2A 5J25A 1PFZA 2BKSA 5ER2E 4LBTA 5P76A 1MRXA 3VF5A 3WZ7A 3SA5A 1SMRA 1QDMA 5OZPA 2HS1A 3D91A 5P5JA 3OY4A 1MVPA 4EP2A 1BV9A 3M9FA 4I1CA 4GJCA 1QBUA 4YCYA 1IZIA 1IBQA 5DR7A 3SACA 5OZWA 5P2KA 5P25A 3T7QA 2I4WA 4FE6A 4U7QA 1SDUA 3GGXA 5P6HA 5P88A 3PCZA 4Y5KA 4OC6B 1WBKA 5P1HA 3DOXA 4DJPA 2I1AA 1LYBB 5P1NA 5P1CA 2HM1A 5P3WA 5E5JA 1W51A 1RQ9A 1HVRA 3ZPUA 1D4KA 5P7VA 2AVSA 3FNUA 5P8JA 4S1GA 5P1KA 4AUCA 3QRMA 5ISJA 3G72A 5BRYA 4DPFA 5P43A 3Q70A 3VV6A 3DUYA 5P4BA 3VV8A 4Y4DA 5OZ2A 1GVTA 3QROA 2JJJA 1ZAPA 5P39A 4RRNA 5OZZA 1T6EX 3APRE 2QHZA 2G24A 5P0VA 3PLDA 4M8YA 3UDYA 5KQYA 5P6LA 5P5QA 1IVPA 4XXSA 4HEGA 6UPJA 5KR8A 3NU4A 5P3HA 5KQXA 1IZDA 4CP7A 4KUPA 5OZGA 3PCWA 1TSQA 3T3CA 3QVIA 3O99A 4ZSRA 1B6KA 3UCBA 5P6JA 4GJ7A 4XKXA 4Y4ZA 2ZDZA 5P40A 2B7ZA 5P4IA 4CPUA 5OYRA 5P6AA 2IGXA 1YTHA 2ASIA 5P5UA 1TQFA 1K6TA 5BS4A 5P6OA 5P8DA 4B00A 4L7HA 4GJ9A 7UPJA 5EZZA 4EJKA 2G27A 2P8HA 2IS0A 2ER7E 4Y44A 1HEGE 5P78A 2AQUA 1OD1A 4Y50A 3GGUA 2AVMA 5P0FA 3PEPA 2QI7A 4GJDA 4YDGA 2G1OA 1ME6A 2QK5A 5P8NA 4XX4A 1HVJA 5P0XA 1HPXA 1HOSA 1W5YA 3PWRA 5I3VA 3N3IA 5P1IA 4DQHA 2XFJA 3I6OA 4J17A 4Y3RA 1EPQE 3VUCA 1HIIA 2WF2A 4ACXA 3BHEA 2QU2A 3GI0A 5P4DA 5P7BA 1FQ8A 5P44A 3L5CA 1SIVA 4COEA 5OZ4A 3TOFA 5IVQA 3PMUA 3TLHA 5DQ2A 3GGAA 1BWBA 2P3BA 3RU1A 4J1CA 5P74A 3HVGA 4QJ7A 4Y36A 2J9KA 1C6YA 5OZVA 3URJA 2IRZA 1OHRA 1QRPE 5P56A 5P47A 3D1XA 5P3BA 2APRA 5P0MA 1D4IA 2AODA 2I4QA 4U8WA 3R4BA 4OD9B 2ZJHA 4Y53A 4Z50A 1EC0A 3OXVA 4QJ9A 4I11A 5P0EA 5P68A 5TOLA 3K5FA 5P3CA 4KE1A 2OAHA 4AZYA 2Q55A 2AZBA 4Y9WA 3NU6A 3OUAA 5P5HA 2QMDA 1TW7A 3EL5A 4Y4JA 5P85A 4YDFA 3PI5A 1D4YA 5HDVA 5P1JA 2JE4A 4J1IA 1SMEA 3MSKA 3L59A 3SM1A 1T6GA 3BRAA 3UQUA 3UHLA 1WBMA 3NDWA 2VIZA 2JJIA 4QJ6A 1FFIC 5DR4A 3MWSA 3OK9A 4HDPA 5DGWA 1RV7A 3JVWA 3OXXA 2UPJA 1HTGA 2HAHA 2Z4OA 1C6ZA 5OZ3A 5KR1A 2B7FA 1EAGA 3MSLA 1DPJA 3OQFA 1SGUA 5KOQA 5P2WA 2FDPA 2PH6A 3OUDA 3SA9A 2ZJJA 5P14A 3H5BA 3PB5A 2G1RA 2HIZA 5FIVA 4RVJA 2AOGA 4YD6A 2O4NA 4ZPGA 4EJ8A 4DQCA 1D4SA 2QD6A 3KDCA 5P4WA 5P84A 4QGIA 4J1KA 2PC0A 3B80A 4FM6A 3BGCA 5HDZA 5OZ0A 4Y5MA 4PZWA 1APTE 1HPVA 4OBJA 5P5TA 4A6BA 4I0JA 3IN4A 3RTHA 1HPSA 2PYMA 5P6XA 2J9JA 4L7JA 2P3BB 5P0CA 1HVKA 4FSEA 2RKGA 5E5KA 5OZHA 2G69A 3TL9A 4EYRA 5P15A 3O9DA 5P1EA 1PSAA 1GNNA 2VA5A 3I7EA 5P2FA 2ZJIA 4H3JA 4NKKA 3Q5HA 5P4QA 2VIJA 1YTJA 1MERA 3L38A 4LXKA 2P3DA 5P62A 4LXMA 3OGQA 5P5NA 3H0BA 4PHVA 3GI6A 3BUFA 5AHCA 2ZHUA 3O9EA 1TCXA 2BJUA 3LPKA 5P0UA 5P16A 5HCTA 5KR2A 5P5EA 3LZSA 3INHA 5P24A 3UQXA 5P7SA 5P8EA 5P09A 2MIPA 3TPPA 5P4RA 4B0QA 4CPSA 2FMBA 3VF3A 1BWAA 4I0IA 2BKTA 3IVIA 4YOAA 4DJRA 1ZPAA 1EC3A 2QHYA 5P73A 2VA7A 2AOFA 2PSGA 1EBWA 4WY6A 4AMTA 3OUDB 2I4DA 5P1UA 1MT9A 5P2UA 1XN3A 3NXNA 5P2RA 1ODXA 3HAUA 3PM4A 5C9BA 5P3TA 3SFCA 3S7LA 3U71A 4I8WA 3OU1A 4YD5A 3CKTA 1LYAB 2RSPA 4F74A 3S8IA 2P4JA 3OQ7A 2P3AA 4RCFA 1LF4A 3QIHA 4Y5GA 2V0ZC 5I3WA 3UDJA 3HBOA 2PWCA 4FRKA 1OEXA 5OZ6A 5ENKA 2J9JB 2WEBA 2OHLA 2VIEA 5C9DA 4OBZB 4CKUA 5HDXA 5P31A 3ST5A 3KM4A 3HD8A 5P4KA 5P4EA 5P5IA 5P2LA 1HEFE 4U7VA 3LHGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P38 A;  5P5S A;  4Y4U A;  5P32 A;  1NH0 A;  4R5N A;  3EKT A;  4L6B A;  4EQJ A;  3NWQ A;  1PPK E;  5OZL A;  3LZU A;  2NTR A;  3OAD B;  5P5Y A;  4JPE A;  3G70 A;  3L3A A;  4FSL A;  1FMX A;  5P6Y A;  3I2L A;  1GNM A;  1EPR E;  3TPJ A;  5P1F A;  5SY3 A;  3KT2 A;  4J1F A;  4BEL A;  2ANL A;  4Y5L A;  3IN3 A;  3TH9 A;  5P0L A;  2WKZ A;  5HVP A;  5P4V A;  4LP9 A;  2PMA A;  5P7X A;  1EC1 A;  5P1X A;  1A8K A;  1SH9 A;  2QMG A;  8HVP A;  5P2J A;  3TNE A;  5P77 A;  1FGC C;  3KMY A;  4D8C A;  1W6H A;  4R93 A;  5AHB A;  5P0D A;  5P3J A;  3INE A;  5P4J A;  2QMP A;  2I0D A;  5P7E A;  2NNK A;  1HVI A;  3BC4 A;  5COP A;  3TPR A;  4Y3T A;  4YD4 A;  3NDT A;  4Y5C A;  5OZS A;  1HVL A;  4N00 A;  5P5D A;  4GJA A;  4Y3E A;  3SA8 A;  3QI1 A;  1JLD A;  3OXW A;  3SPK A;  4L1A B;  4RRS A;  3NU3 A;  5P04 A;  5P8H A;  3QAA A;  5P1Y A;  2PK5 A;  5P46 A;  3PSG A;  4ZIP A;  5P2E A;  1ZSF A;  2R5Q A;  2ZHS A;  4OD9 A;  2QZK A;  5P3K A;  1FG6 C;  5P6K A;  4DFG A;  5P7Y A;  3SKG A;  4QJ8 A;  1ZLF A;  5P8T A;  1EPN E;  2QI6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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