3PSYA

Endothiapepsin in complex with an inhibitor based on the gewald reaction
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inhbitors based on the Gewald reaction: multiple Binding modes in Endothiapepsin
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psyA01
2RKFA 2V00A 3HD8A 5P70A 3INHA 2HPEA 4F73A 1ZPKA 5P5HA 1D4SA 1W5XA 3SA9A 3FX5A 4FM8A 1HVCA 3NDTA 5P2RA 5P8AA 4K4RA 4YDGA 1GVVA 3TPRA 3R0WA 4I0FA 3HW1A 5OZUA 2F3FA 5P0BA 1XN3A 2I1AA 5P66A 4X7IA 4B70A 4QLHA 3ER3E 3HLOA 4K8SA 3OGQA 4FRSA 2BQVA 2IKUA 3KYRA 1AVFA 2ZJJA 5P5AA 2QHZA 1FB7A 1NPVA 5P0WA 2ZE1A 5P2SA 4Y3EA 1EPQE 1HPSA 5OYTA 2VKMA 4OBJA 1LYAB 4Y4ZA 1D4JA 5P3GA 2B8VA 3T11A 3ZPUA 4XX3A 5P5WA 3OQKA 5AHAA 4COEA 5P0RA 3VYEA 2BPYA 1A94A 5E5JA 2Q64A 3N3IA 1GVUA 5OYUA 1FQ7A 5P3XA 5SZ9A 1SDUA 2QD7A 2QCIA 5P48A 3WB4A 4EWOA 5P7EA 5P73A 2OHPA 4CPXA 2ZJNA 1TQFA 3OGPA 4RCDA 3SFCA 1MSNA 5P3KA 2ER9E 1DAZC 2FXEA 3EM4A 1PFZA 3HZCA 2QNPA 3PLDA 4DVFA 2P8HA 5P86A 5P4KA 2WHHA 1EPME 2ZJHA 1PPME 1T7IA 1APUE 3RTNA 4J17A 5P84A 4K4PA 1LF4A 5P1BA 3S45A 1PPKE 1FGCC 5P7QA 1BDLA 2G1SA 4YD5A 5P4EA 4QGIA 3MSKA 3OUDA 1E5OE 3QIHA 1W5WA 3UPJA 3OADA 3UF3A 5P00A 1UH8A 3PBDA 5P7LA 3SKFA 4YCTA 4FRKA 5P44A 3MXEA 3Q3TA 4YBFA 4D83A 5P3LA 1KJGA 2VIJA 3WZ7A 4DJPA 2PSUA 2XYFA 5P4GA 5P0TA 2BBBA 3ZKXA 5P16A 4EJKA 4ZLSA 3KT2A 1WKRA 4CMSA 4J0VA 4J1FA 4HDBA 4U8WA 3WZ6A 3PCZA 3BRAA 2UXZA 4D8CA 1J71A 5P6OA 5P8CA 5P53A 4N00A 4Y4EA 4EXHA 2FGUA 3ZKIA 2BPWA 1B6JA 5DR1A 4QJ9A 5OZCA 5P8UA 4FE6A 5P0CA 5P45A 1RV7A 2HPFA 1SH9A 2F80A 3PCWA 5P0YA 5OZ2A 5P2IA 1MT8A 4B1CA 4Y56A 1KZKA 2QZKA 5OYSA 5P72A 3APRE 5P32A 5P3BA 5P04A 1YTIA 4R91A 3FSMA 3OUCA 5OZ1A 4FAEA 5P40A 2G1YA 5P15A 5PEPA 4DQEA 3O9EA 3PMUA 5OZ3A 5P0PA 3GGUA 3C9XA 2QZXA 5P3QA 5F01A 3D3TA 4Y3SA 2HS1A 3IXKA 2ZJLA 4Y3JA 5P2TA 5P1FA 3TLHA 3EL9A 3SO9A 2G94A 2P3BB 1ENTE 5OYRA 5P5SA 3PGIA 2PK5A 3ZKMA 5KR1A 3B7VA 3CKRA 5COOA 4IVSA 5HDUA 2AVOA 5P7DA 2FDEA 5P87A 5P8KA 2O4NA 4Y4GA 1HSIA 1YTHA 5OZJA 1YX9A 1FQ4A 4ACXA 1EPRE 4Z50A 5P0NA 5P7KA 3PWRA 1W51A 4WY1A 5P26A 5P5UA 5P7JA 4Y5MA 5P0KA 4OBZA 4EYRA 5P35A 1FQ6A 1QBUA 1GVXA 4H3JA 4Y47A 5P4NA 3BC4A 3OK9A 5P6CA 1IDBA 4PHVA 4A4QA 3EC0A 2VNNA 3UFNA 3L3AA 3D20A 1CMSA 2QI0A 3G6ZA 5P4VA 5HDXA 4FSLA 4CPQA 1SDVA 1YTJA 1OD1A 3UDKA 1PROA 5OZPA 1HVLA 3S8IA 2F3EA 3UTLA 5P09A 3EL1A 5P38A 2PMAA 1SDTA 5P56A 1TZSA 3HVGA 5P81A 4EJDA 5P6WA 5AGZA 3TPPA 5JG1A 2HIZA 3VF3A 3SACA 5P47A 5P77A 4XX4A 4Y4DA 3BGBA 2MIPA 4J0TA 5CONA 5P6QA 4LBTA 4Y3TA 2JJJA 2AOJA 4RCEA 2I0AA 5P46A 3BHEA 2FS4A 5P3HA 5P27A 4Q5MA 4AMTA 5P5CA 5P5TA 3DJKA 1FFIC 3UQUA 5P0JA 5F00A 5P4HA 1MT9A 2AZCA 2JYSA 1YG9A 3DUYA 4HEGA 5P5IA 1HVKA 4CPTA 1K2CA 1C6ZA 4OBKA 4JPEA 4RYCA 5P4UA 3TKGA 1T3RA 2IL2A 5P4QA 5P1SA 4OC6A 2BKTA 3CKPA 5I3YA 2H6TA 2NPHA 1MERA 3LZVA 4Y54A 5P8JA 5P2NA 5OYYA 5KOSA 5P2XA 2FLEA 4MC2A 5P1NA 5P1YA 4D88A 1FG8C 3GGXA 1W50A 3L5FA 5P1RA 5P6KA 2A1EA 5P34A 4KE1A 1QBRA 3NUOA 5P6NA 1HIVA 2VJ6A 3D91A 4KUPA 5P1KA 3ZKQA 3VFAA 1G0VA 1HIHA 4YOBA 5P6ZA 1ZBGA 4JECA 5KR8A 1LYWA 1XS7D 4AA8A 3APPA 4RVJA 1D4KA 2VIZA 4HVPA 5OZQA 3ZPTA 3FKTA 3L58A 5P7XA 3VV7A 4Y43A 3NLSA 4I12A 3TPJA 4MC9A 2QAKA 2B7ZA 1APWE 3VYFA 3DV5A 4F75A 3UDHA 1B11A 2ZHTA 3L5BA 2QZLA 5P3UA 1HWRA 3O9LB 4A6BA 2I4WA 4Y3ZA 3G72A 5P5OA 1ZSRA 3EKPA 1KJHA 4GJ7A 4Y35A 3LPJA 5P6MA 1TW7A 3RTMA 4QJ7A 4J0PA 1DW6C 3NWXA 1B5FB 1C6XA 2R43A 5P5PA 4Z2ZA 3URIA 4OD9B 5KR2A 4RROA 3PM4A 5P2QA 4KB9A 4EXGA 1APTE 5OZRA 3K5GA 4H3GA 3DCKA 3D1XA 3IVHA 5P1CA 2XFIA 1CZIE 1HOSA 4Y48A 4BFBA 2ZHSA 3U6AA 2ER6E 3S7LA 2BPXA 2QU3A 4Z22A 3T7PA 5HVPA 1HXBA 3GI0A 4ZEAA 4TRZA 5P64A 4Y57A 3HAWA 4I0HA 1NPWA 2WF4A 5T4SA 3LNKA 5DQ2A 3PHVA 3S43A 5P0DA 1EBWA 3WSJA 5P8LA 3VEUA 4Y3NA 3ZMGA 5HD0A 5P1EA 5HE4A 5UPJA 3UFLA 3S2OA 2G1OA 3KFNA 5P7SA 4YHQA 4GZFA 4FL8A 3EKQA 2O4SA 4YD4A 4I0JA 2PQZA 4Y9WA 1HVIA 1K6CA 2OHMA 2G1NA 5P7HA 1EC0A 3PVKA 5P5YA 3QBHA 3KN0A 4OBHA 5KQYA 2CEMA 3O99A 4OBFA 4Y5CA 3QVIA 2WF2A 5P49A 4I0IA 5P80A 3LPIA 3QS1A 4IVTA 1LYBB 5P25A 3ZKGA 3NXNA 4Y5GA 4LXMA 3IXJA 5P0IA 1K1UA 5P4RA 3TOGA 5E5KA 5P2MA 3VF5A 3BXRA 3NR6A 4Q1NA 1EPOE 4F76A 5P8IA 1QBSA 5P1DA 2OHKA 4YBIA 3VG1A 4I1CA 3K4VC 2RMPA 1MVPA 4BELA 4PEPA 2IGXA 3U71A 5C9DA 1HRNA 5I3VA 1RNEA 4TRWA 5OZSA 3MXDA 4I10A 1HVJA 1YM2A 5JFPA 1QBTA 4YD3A 1VIJA 5P71A 2WKZA 4GJDA 4ZPEA 4FM6A 5P7OA 5P2UA 4YCKA 3CYXA 5P8QA 4Y4XA 1SGUA 5P8BA 5OYXA 1Z8CA 4I0GA 2QMPA 1IZDA 3O9CA 1HTFA 3FV3A 2VIEA 4U7QA 1OHRA 1T6EX 4I8WA 4M8YA 2QK5A 1IIQA 5P5BA 2OHNA 2VJ7A 3DCRA 5DR0A 3PI0A 9HVPA 3Q6YA 1ZJ7A 5OYZA 4ZSRA 2G27A 3PB5A 2PK6A 4DQBA 4MC6A 4FLGA 4ZSQA 4Y41A 3BUFA 3FNSA 4GJ8A 4DJVA 3TKWA 5P2BA 5P1OA 5DPZA 5P2GA 4Y3HA 3OY4A 3IAWA 5P36A 3CKTA 4JP9A 1XN2A 4E43A 1FKNA 3NDWA 3VSWA 3CICA 3QI1A 2OHTA 1SGZA 2G20A 1BWAA 4Y38A 1EC2A 3K5FA 5I3WA 1LYAA 4J0YA 4D85A 5P7YA 5AHBA 1BAIA 1JLDA 2V16C 3T7QA 4Y5KA 3BUGA 2F81A 3AUPA 2WL0A 1LZQA 2PYNA 5P5XA 5OZKA 5P3VA 4ZSPA 4Y5EA 1DP5A 1D4IA 3VLBA 1AM5A 3KDCA 5AH6A 3URLA 3F9QA 1BWBA 2IENA 2P3DA 1E81E 5KAOA 5P31A 4M8XA 2Q5KA 5P4ZA 3PEPA 4DFGA 2QI3A 2ER7E 3QROA 2HB2A 5P2ZA 4FM7A 5IVSA 3ZKNA 3SM1A 2R3TA 5DR8A 5P8FA 4Q1XA 2VA6A 5P7PA 3QBFA 1KJ7A 3WZ8A 5IS4A 2I4DA 5P1LA 3UDJA 4Y51A 4Y50A 1A9MA 3GI4A 3EKTA 6UPJA 4AZYA 3H5BA 1EBZA 2NXDA 1BV9A 1TSUA 3HVPA 5P6UA 3OOTA 5ISKA 5P4WA 5OZ4A 5P0XA 5P59A 3ZKSA 4L7HA 3UDNA 3KT5A 1ER8E 1A8GA 3PBZA 1RPIA 2AOHA 1T7KA 3NXEA 4Y4UA 4B1EA 2AZ9A 5P5DA 4Q1WA 2IGYA 4L6BA 5IVQA 2G69A 2ZJKA 2R8NA 4EQJA 5P3WA 3UHLA 4ZPGA 4TVGA 2Z54A 5OZHA 3EL5A 3IA9A 4Z4XA 3NSHA 4CPUA 5P8EA 2AOEA 4FRIA 1T6GA 4Y5AA 3VF7A 4ACUA 4GJCA 1HTEA 4GIDA 2ZHUA 2I4QA 2HAHA 5P0HA 4EP3A 5HDVA 4DQFA 5P7VA 3SA6A 5B18A 5P65A 3EXOA 2QI6A 5P1MA 4YA8A 1G35A 4R8YA 1AJXA 4HA5A 4Y6MA 5P8VA 3Q4BA 5P7FA 4EQ0A 1EEDP 5P1IA 4D89A 2AZBA 4WTUA 5OZDA 4Y5BA 8HVPA 4QJ6A 5P2KA 5KR0A 5P1GA 2R9BA 2P3BA 5P05A 3PSUA 3QRVA 5P3RA 2IEOA 5AH7A 5P3AA 2QZWA 3T3CA 3ER5E 3T7XA 4JOOA 5P7NA 3PLLA 5P8TA 3ST5A 5P67A 5P5GA 3EMYA 3GI5A 5P29A 3T6IA 2UPJA 3LIXA 3KA2A 1QDMA 1LF3A 1HVSA 4FGXA 3RVIA 3SKGA 5ENKA 3L5EA 5COKA 1B6PA 5P4LA 3WB5A 5JODA 4CPRA 3VYDA 1HHPA 5P78A 2BKSA 2V0ZC 4NJTA 4YD7A 3O9GA 4KE0A 5P3PA 1WBKA 2HC0A 2NXMA 5P07A 2H6SA 5P68A 1E82E 2ZJMA 5C9BA 2QHCA 1FQXA 1YM4A 3OTSA 2QMDA 2NR6A 3NU5A 1M4HA 5P5QA 3LHGA 5P75A 4ZE6A 2OHSA 4ER2E 3SABA 5OZ0A 4R95A 4RRNA 3EKXA 5P8PA 5OZOA 3OU4B 4EP2A 1FMUA 5P0SA 2PSGA 2QNNA 5OZ9A 1BDRA 4HDFA 1PSNA 5P4XA 5OYQA 4L1AB 3IGBA 1EBKC 1AAQA 2ZHVA 3BVAA 5OZVA 5P4DA 3OQDA 5P6IA 1G2KA 4DJYA 4RVIA 3QRSA 4HZTA 5COPA 5OZ7A 2PWRA 4LXKA 3CMSA 1GVTA 5P20A 3OUAA 4FCOA 4LXAA 2OAHA 1LS5A 4B00A 4CP7A 4ER1E 5IVTA 1NSOA 2WEBA 5P3OA 1TCWA 1WBMA 4YD6A 4Y5NA 2WEZA 5P7GA 3PSGA 2AVQA 2RSPA 4RGHA 1W6IA 3IXOA 3LIQA 5P0AA 2RKGA 4CPSA 3SA3A 1EC1A 1HTRB 3VFBA 2WF1A 4DV9A 3MSJA 3OU1B 1B6KA 5EZZA 4YCYA 3PI5A 3EL4A 1BILA 4YOAA 4WY6A 4I0EA 4Y3GA 2OHUA 2IS0A 4Y44A 5OZWA 5P1ZA 1B6LA 5ER1E 2J9KA 2VA5A 5P5KA 2FDPA 3ECGA 1FEJC 4Y3YA 3PWWA 3SLZA 2IQGA 5P8OA 3EL0A 3PWMA 5DQ5A 3BUHA 1MEUA 4NKKA 1BVGA 5P14A 5P2CA 1VIKA 5P74A 3EM6A 3JVYA 3BXSA 3SA7A 1U8GA 5P6RA 4DPIA 5P61A 3HBOA 5FIVA 2V10C 3VUCA 4Y5LA 4K4QA 5P4CA 5TOLA 4OBDA 2QI4A 5P52A 1N49A 4Y36A 5P19A 4LC7A 5P3FA 1SMRA 1AIDA 3O9FA 1SMEA 3KDBA 3QVCA 4B0QA 3O9LA 5P4SA 2V13A 1HXWA 3PSYA 1HEFE 5BS4A 2UY0A 5CLMA 4DJWA 1F7AA 5P7ZA 1YT9A 5AH9A 1ZTZA 5P7IA 4CKUA 3GI6A 3SPKA 4RZ1A 5P6HA 1SIVA 4I11A 5P02A 1EBYA 5HU1A 5P0EA 4OD9A 3MSLA 4NJUA 1FF0C 5P0FA 3OTYA 3LZUA 2NTRA 2BB9A 3MWSA 4Y37A 3NU4A 3UDRA 3SA8A 1DMPA 3O9AA 5P10A 3IN3A 1D4HA 1ZP8A 4K9HA 5P28A 5P8MA 5OYVA 4HLAA 3N4LA 4APRE 2AIDA 5P1AA 3VLAA 2V12C 5P3NA 4RCFA 2VJ9A 2BJUA 3UQWA 3R2FA 5P7CA 2FIVA 4LL3A 5P4PA 4PPHA 3OAGA 2J9JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2RKF A;  2V00 A;  3HD8 A;  5P70 A;  3INH A;  2HPE A;  4F73 A;  1ZPK A;  5P5H A;  1D4S A;  1W5X A;  3SA9 A;  3FX5 A;  4FM8 A;  1HVC A;  3NDT A;  5P2R A;  5P8A A;  4K4R A;  4YDG A;  1GVV A;  3TPR A;  3R0W A;  4I0F A;  3HW1 A;  5OZU A;  2F3F A;  5P0B A;  1XN3 A;  2I1A A;  5P66 A;  4X7I A;  4B70 A;  4QLH A;  3ER3 E;  3HLO A;  4K8S A;  3OGQ A;  4FRS A;  2BQV A;  2IKU A;  3KYR A;  1AVF A;  2ZJJ A;  5P5A A;  2QHZ A;  1FB7 A;  1NPV A;  5P0W A;  2ZE1 A;  5P2S A;  4Y3E A;  1EPQ E;  1HPS A;  5OYT A;  2VKM A;  4OBJ A;  1LYA B;  4Y4Z A;  1D4J A;  5P3G A;  2B8V A;  3T11 A;  3ZPU A;  4XX3 A;  5P5W A;  3OQK A;  5AHA A;  4COE A;  5P0R A;  3VYE A;  2BPY A;  1A94 A;  5E5J A;  2Q64 A;  3N3I A;  1GVU A;  5OYU A;  1FQ7 A;  5P3X A;  5SZ9 A;  1SDU A;  2QD7 A;  2QCI A;  5P48 A;  3WB4 A;  4EWO A;  5P7E A;  5P73 A;  2OHP A;  4CPX A;  2ZJN A;  1TQF A;  3OGP A;  4RCD A;  3SFC A;  1MSN A;  5P3K A;  2ER9 E;  1DAZ C;  2FXE A;  3EM4 A;  1PFZ A;  3HZC A;  2QNP A;  3PLD A;  4DVF A;  2P8H A;  5P86 A;  5P4K A;  2WHH A;  1EPM E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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