3PWMA

Hiv-1 protease mutant l76v with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVVVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The L76V Drug Resistance Mutation Decreases the Dimer Stability and Rate of Autoprocessing of HIV-1 Protease by Reducing Internal Hydrophobic Contacts.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pwmA00
5OZBA 1HTEA 5OZSA 5OZWA 5P4LA 4Y3MA 2HS1A 1APUE 1WKRA 2WF1A 2HB2A 5P2LA 3SAAA 2Z4OA 5I3XA 2HIZA 4RRNA 3CIBA 1MEUA 3ZLQA 2AVOA 4I12A 5P8HA 3T7PA 4I10A 1ZLFA 2ZJMA 5HDXA 4IVSA 3UQWA 5P62A 4U7QA 3CYXA 4Y5GA 5P0BA 1HOSA 5P2HA 1TSUA 1GVXA 2G1SA 5P5SA 3QRSA 1HTRB 5P48A 3G72A 3D3TA 1XN3A 3CIDA 3R0YA 5I70A 3UF3A 5P2XA 5P27A 3QS1A 1FQ4A 1OD1A 3IXKA 3S2OA 4FAEA 5P51A 5P34A 5P8RA 5J25A 3ZKMA 5P3DA 5HU0A 1B6KA 3TL9A 5KQXA 4FE6A 2WF3A 3IN4A 2I4WA 4H3JA 4J0ZA 4Y4EA 5P2QA 3SO9A 1BDRA 1LF2A 4GB2A 2ER6E 2BPZA 5DR1A 3OU1A 5AHBA 4EXGA 1UPJA 5P8BA 5P5YA 1FMUA 4Y54A 5FIVA 5DR0A 5OYTA 2QZLA 5BWYA 5P7PA 4U7VA 4FIVA 4Y3XA 4OBGA 1HVIA 3O9CA 3URLA 1HVLA 5P01A 5OZ6A 3QIHA 5P82A 4XX4A 4DQGA 2VIYA 4BELA 5P1YA 3QP0A 1HXWA 2G1YA 1XL5A 4WY1A 5P2FA 3VFBA 3DV5A 5P3JA 5OZ5A 3HW1A 5P68A 5DR4A 4JOOA 5P20A 5P78A 5COPA 1Z1RA 3AIDA 1EBZA 2O4LA 2QP8A 5P06A 1GNMA 5OYZA 3OTYA 5P43A 1BDQA 2BQVA 2O40A 4DQEA 3PEPA 1NPAA 5P10A 5P1KA 1LYAA 2IDWA 2AOFA 2P3BB 3EL0A 3B80A 3LIQA 1U8GA 2AZ9A 4EYRA 1IVPA 4MC2A 5P7BA 4H3IA 4F75A 4Y35A 2JXRA 4CPRA 1KZKA 5APRE 5P79A 5P7CA 5P2IA 4L1AA 3VCMA 3PI5A 3QBFA 4NJVA 5P42A 2XFJA 5P17A 4PZWA 4X2LA 2QZWA 3NUOA 5P1UA 3SA7A 5P4UA 2VNNA 2WEZA 5P3NA 4NJTA 3PLDA 4H1EA 4RYCA 1GVVA 4B0QA 3FV3A 3VUCA 2HPFA 1EBKC 3OAGB 5P2SA 2F81A 4Y39A 5OYXA 1LEEA 1PSNA 2AOEA 5P1FA 1LYBA 1MERA 4I0FA 1RQ9A 2HB4A 5P52A 4R8YA 4YD3A 4JECA 2HB3A 3ZKXA 4YBIA 4R5NA 4RCDA 3IA9A 2IKUA 1TCWA 4L6BA 5P02A 1YG9A 5P0FA 3U7SA 1MT8A 3O9IA 5EZXA 2QD8A 2NNPA 2QU3A 3OUAA 3O9BA 5OYQA 5P8EA 3EKVA 3NR6A 2OHLA 4DUSA 1B6LA 5EZZA 5OZUA 2WF2A 3L5EA 1G6LA 3O9GA 3DJKA 4OBJA 1BXQA 4OD9B 3PWMA 3LPJA 3FSMA 5P1HA 4X7IA 5AH7A 1GVUA 3PB5A 5OZDA 3TH9A 4GJ7A 5P7DA 5C9FA 1ZSRA 5P7AA 1AJVA 2AOGA 2AZCA 2G1OA 1HWRA 4Y3FA 3KFPA 1BAIA 1BILA 2QI4A 1KJGA 1LF4A 3S54A 1D4KA 3UQUA 2PSVA 4RGHA 2R9BA 5P55A 3ZPSA 4YOBA 3RSVA 3UQRA 3UCBA 4GZFA 5P04A 2APRA 1M4HA 5P45A 3Q6YA 4PEPA 2OHNA 1GKTA 2PC0A 3INDA 3KYRA 5HDUA 4XKXA 4LHHA 5OZJA 2NR6A 3MXDA 1HIHA 4Y3WA 4U8WA 1DMPA 3VLBA 2RKGA 2PQZA 3UPJA 3D1ZA 3ZPTA 2J9KA 1KJ7A 3C9XA 3NXNA 3HAWA 5P1DA 3OQKA 1PPKE 3FKTA 3NDXA 2AZ8A 4YDFA 3M9FA 4YE3A 1HBVA 3PBZA 3INFA 3TOFA 5KQFA 5P4IA 3SA5A 5P2RA 3TPPA 4DQFA 5P85A 2IKOA 4F76A 1AAQA 1UH9A 3FNSA 5P1TA 5P7FA 5P3RA 3EKWA 2P3CA 4TVHA 5P3CA 1QDMA 5T4SA 3FIVA 2AIDA 4GJ8A 5P22A 4PPHA 1MUIA 4YD5A 1HEFE 3MSLA 5P6UA 1EAGA 5P3PA 3AUPA 3FX5A 3SFCA 4LXAA 4Y3SA 4Y4WA 4I8ZA 3UDQA 2OHQA 5ER1E 4GYEA 2WHHA 4J1HA 2HPEA 2RSPA 2AVSA 5P3XA 4J0YA 1MSNA 5KOSA 2VIEA 1GVWA 5P4CA 1EPQE 5P28A 1ZPKA 5OZEA 4WY6A 5P60A 4AA8A 5P7KA 5CONA 1M0BA 4CPUA 2HS2A 5P8UA 3SLZA 2Q63A 4M8YA 1QRPE 4OBFA 4DV9A 3TPLA 3VFAA 4J1KA 3Q4BA 5P15A 5HCOA 2AZBA 3TPJA 4Y3GA 3RTNA 1F7AA 3S7LA 2QK5A 4K4QA 2ZJLA 4NKKA 4Y5LA 1SGUA 4ZPEA 5P3MA 2R3WA 5SY3A 2FDDA 5P4JA 4D83A 1ZAPA 2IL2A 1EPME 3G70A 2G22A 3DCKA 5P6LA 4Y5EA 5P6GA 3RTMA 3PWRA 1UH7A 4ZSRA 3LHGA 4J5JA 1HHPA 3NDWA 5P4EA 5P5CA 1A9MA 5P89A 4Y37A 1SDUA 3LZUA 4B77A 3OUDB 1IIQA 3QRVA 3HDKA 1SMEA 5P2VA 1CMSA 2I1AA 1ZPAA 1XN2A 3VF5A 2HC0A 5P23A 5P14A 1LYWB 1BVGA 3TKGA 3BUFA 3PRSA 4EPJA 3NUJA 1MTBA 2OHPA 2PSUA 2ZHVA 1HSGA 3GW5A 3VV6A 3O9HA 5P54A 1PPME 2Q55A 4ER4E 4ER2E 9HVPA 2AVVA 4ZLSA 4Y5AA 2NXMA 5KOQA 1B11A 5DR7A 1AXAA 4B78A 3URIA 3EM3A 1HVRA 3EMYA 3I7EA 5P77A 3UQPA 1DAZC 1E82E 2VJ7A 2IQGA 4ACXA 2QHCA 1W6HA 2PH8A 2G1NA 4Y3YA 3APPA 4FAFA 5F00A 5P73A 1RNEA 5HDVA 3ZKSA 3KA2A 4B1DA 3BUGA 4A4QA 1IDBA 5PEPA 4YD4A 2O4NA 5DQCA 5HTZA 5JODA 3EM4A 5P5VA 4FLGA 5E5KA 5P0AA 5P5JA 1EC3A 3OXWA 5P3SA 5P3AA 3EL1A 2QI3A 1AJXA 1C6XA 5P0NA 1HVCA 2ZDZA 3CKTA 2QI0A 2VA7A 2SAMA 4DJQA 2J9JA 3DUYA 1PSOE 4QJ8A 3I25A 2I0AA 3EL4A 3OOTA 4ZPGA 3Q70A 5IVTA 3F9QA 3EKTA 3OUCA 5I3VA 4QJ6A 5ISJA 1SGZA 1NSOA 2NPHA 5P29A 3IAWA 4CP7A 3OXCA 4YBFA 1QBRA 4LAPA 5P3LA 4J54A 3JW2A 4FRJA 3O99A 2IENA 4Y38A 2NMZA 3UDJA 3PJ6A 2ER7E 3U6AA 3QROA 3SPKA 2R43A 3VF7A 1D4IA 5P6ZA 5P44A 3HD8A 2Z54A 3ZOVA 3O9EA 1BV9A 4E43A 2P3AA 4RVJA 1YT9A 3OK9A 3UDKA 4EXHA 5P66A 4OBZA 5P3TA 2VA6A 2PMAA 5HVPA 1B5FA 1SIPA 3HVPA 5P8AA 3TPRA 5P7JA 5P0UA 4Y4DA 1E5OE 3CKRA 3NDTA 1IZHA 5OZVA 4YCYA 4K4RA 5P3UA 4J0TA 3IGBA 4M8XA 3INHA 2BB9A 5P8KA 3UTLA 3DM6A 4DH6A 4HE9A 1YM2A 2V11C 3S53A 4B72A 1C6YA 3L5BA 2BKSA 4TRYA 4I0ZA 4I0DA 5ER2E 4FRIA 5P5GA 5OZZA 4Y3ZA 1HEGE 3PVKA 4HDBA 4K4PA 4D89A 2F3KA 3D1XA 5OZLA 1DP5A 5ISKA 1APWE 4J1CA 2QI6A 5P4ZA 2A4FA 1Z1HA 5P6VA 1TZSA 5P7UA 1META 3QI1A 1EC1A 2NTRA 3S43B 2AVMA 1RL8A 4Y4UA 4ZE6A 5OYSA 4H3FA 1CPIA 5P1GA 5P19A 3GI5A 4Y3DA 1W51A 3LZVA 3PI0A 4Y50A 5OZNA 3CICA 4J0VA 3JVYA 4QJ7A 1MT7A 2FNTA 5P3HA 5P3BA 5P8DA 3NU3A 3OU4A 5P3FA 4D85A 4LXKA 1W6IA 1OHRA 2OHSA 2QMPA 5P1PA 3NWQA 4WTUA 5DR8A 5P4MA 3VSXA 2O4SA 5P5NA 3OQAA 3ZMGA 4Q1YA 5P6MA 2FNSA 2AOIA 1ZJ7A 2NNKA 5P5IA 1RPIA 3KN0A 5P7TA 5DGWA 1C70A 3QBHA 1A8GA 3L5CA 4Y3JA 4Y5KA 3BVAA 3PCWA 1N49A 4QJ9A 3S8IA 2I4QA 5P8CA 4KUPA 5P05A 1W5WA 3R2FA 3JVWA 3O9DA 5P0XA 2P3BA 5P6FA 4LP9A 2ZYEA 1XE5A 1EPRE 2PWCA 2FXDA 5P2NA 2FGUA 3OQFA 2BPWA 1EBYA 4DQHA 3OQ7A 3TTPA 1F34A 3SKFA 3UDYA 5P1WA 3UFLA 1MPPA 3EXOA 1LYAB 4HA5A 4BFBA 4L7HA 4ER1E 3BGBA 2QNPA 1K2BA 5OZXA 1FMXA 3N4LA 5OZYA 5P6DA 5P2JA 3NU5A 5KQZA 5IVSA 2BPYA 1HPSA 5P5DA 4J0PA 3PSGA 1LF3A 2WL0A 3IVIA 3OAGA 4L1AB 3LZSA 3H5BA 3ZL7A 4K9HA 4PHVA 5P11A 5P7QA 4GIDA 3KFRA 4HZTA 5KR1A 3RTHA 2QZKA 4Y3TA 5P7XA 5P26A 5P53A 5IE1A 5P4NA 3ZKNA 1E80E 1T6EX 4ACUA 2Q5KA 3I6OA 5P7RA 4QGIA 5P1VA 1LYBB 5P7ZA 1SP5A 1HTFA 4Y41A 4Y4BA 5P50A 1E81E 1ER8E 1PPLE 4EJKA 6UPJA 5P2CA 3CMSA 2ZJHA 2V0ZC 5OYRA 3INEA 5P65A 4Y48A 4ZIPA 3EKXA 4RVXA 3UDPA 2G69A 2V00A 5P7OA 1W50A 1EBWA 4OD9A 2RENA 5P2YA 3K5GA 1FG8C 3EM6A 3LINA 2G94A 4FM8A 5P57A 5P0MA 1K6PA 3OUBA 4Z4XA 2JJJA 1SDTA 1FGCC 2IRZA 3HVGA 2R5QA 4HDPA 5P16A 4Y3PA 2WF0A 3KMXA 5P18A 3OTSA 1GNNA 5P7EA 4Y5MA 5JFUA 4Y57A 5P8VA 2WF4A 2CENA 1A8KA 4OBHA 1T7JA 2VIJA 5P03A 3IVHA 4Y3QA 5AH9A 3LIZA 7UPJA 5P6WA 3SA4A 3DK1A 5DPZA 3LIYA 1FQ6A 3OADB 4FCOA 2UY0A 1FF0C 5DQ1A 1XS7D 5P5FA 5KR0A 3R0WA 4FM6A 5OZ0A 5P4KA 3KDDA 1HVJA 2B7FA 5COKA 3T11A 2BPVA 4EJLA 5P87A 4DJOA 2QD7A 5P4BA 5SY2A 4DPFA 4PYVA 1TW7A 5P4RA 5P3KA 4ZPFA 4Y4JA 5P8SA 3S56A 4XXSA 3SA3A 5P3OA 3WZ8A 5P69A 1D4JA 1ODWA 5HCTA 2QHYA 1T7IA 4YA8A 5P3EA 3VV8A 3L5DA 5P7HA 1VIJA 2H6SA 4QJ2A 5P5LA 2FXEA 2G27A 1IZEA 1KJFA 2QMFA 4NJUA 2QU2A 1MRXA 2I4XA 3N3IA 3T7QA 3VG1A 1AZ5A 3NU4A 1HIVA 3QVIA 3Q5HA 4HEGA 5OZ2A 5KR8A 4HVPA 1HSHA 3OHHA 5P6XA 5P4AA 2AQUA 5P7LA 5P6PA 4FGXA 3APRE 1YTIA 4PZXA 2IGYA 5P6IA 2ANLA 5P8IA 4Q1NA 1SH9A 3DOXA 5P83A 3DCRA 1BXOA 5OZGA 5P1XA 4GJCA 2JJIA 3BVBA 5P64A 5OZKA 3NYGA 4DPIA 3D91A 2AODA 3L3AA 5P75A 3QPJA 3O9LB 2XYEA 1TCXA 3PLLA 1XL2A 1JLDA 5P2BA 1HTGA 5P2ZA 3OU3A 3PHVA 5I3YA 1ENTE 5P39A 1A94A 2B8LA 5KR2A 4F74A 1B6JA 3ECGA 2VJ6A 2ZJJA 2PH6A 5P8PA 4GJAA 2BBBA 2FGVA 2VNMA 3LNKA 2FLEA 3GGAA 3GGUA 5P1JA 3HBOA 2ZE1A 5P1SA 3WB4A 3K5DA 3OOZA 5P3QA 4CPSA 2AOCA 4R92A 3FNUA 3NSHA 2V10C 1DPJA 1XDHA 2XYFA 5P1EA 5P8TA 4LC7A 4AMTA 3EKYA 3ER5E 5P74A 1QBUA 3OUDA 4DJRA 2ER0E 1W5YA 1T6GA 5P5PA 5P0TA 1LZQA 4Y43A 5P5HA 2FIVA 1NPVA 2BKTA 1PROA 4RRSA 4CMSA 1BBSA 3KT2A 4DQBA 2V16C 4EHCA 6FIVA 5DQ4A 2ZHUA 3PM4A 1HPOA 5DQ2A 1FMBA 1BWAA 1DW6C 1FKNA 2QD6A 5ENMA 1OEWA 4H3GA 4Y44A 4DQCA 3RSXA 5SZ9A 1K2CA 1WBMA 1XE6A 5P0JA 1FEJC 3MSJA 3O9AA 5P13A 3BUHA 5P4OA 3O9FA 5BS4A 2F3EA 3T6IA 1FB7A 5P4DA 4ZEAA 1B6MA 4YCKA 5P09A 5P0QA 1T3RA 4YDGA 3WSJA 7HVPA 4RZ1A 5IVRA 5P38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZB A;  1HTE A;  5OZS A;  5OZW A;  5P4L A;  4Y3M A;  2HS1 A;  1APU E;  1WKR A;  2WF1 A;  2HB2 A;  5P2L A;  3SAA A;  2Z4O A;  5I3X A;  2HIZ A;  4RRN A;  3CIB A;  1MEU A;  3ZLQ A;  2AVO A;  4I12 A;  5P8H A;  3T7P A;  4I10 A;  1ZLF A;  2ZJM A;  5HDX A;  4IVS A;  3UQW A;  5P62 A;  4U7Q A;  3CYX A;  4Y5G A;  5P0B A;  1HOS A;  5P2H A;  1TSU A;  1GVX A;  2G1S A;  5P5S A;  3QRS A;  1HTR B;  5P48 A;  3G72 A;  3D3T A;  1XN3 A;  3CID A;  3R0Y A;  5I70 A;  3UF3 A;  5P2X A;  5P27 A;  3QS1 A;  1FQ4 A;  1OD1 A;  3IXK A;  3S2O A;  4FAE A;  5P51 A;  5P34 A;  5P8R A;  5J25 A;  3ZKM A;  5P3D A;  5HU0 A;  1B6K A;  3TL9 A;  5KQX A;  4FE6 A;  2WF3 A;  3IN4 A;  2I4W A;  4H3J A;  4J0Z A;  4Y4E A;  5P2Q A;  3SO9 A;  1BDR A;  1LF2 A;  4GB2 A;  2ER6 E;  2BPZ A;  5DR1 A;  3OU1 A;  5AHB A;  4EXG A;  1UPJ A;  5P8B A;  5P5Y A;  1FMU A;  4Y54 A;  5FIV A;  5DR0 A;  5OYT A;  2QZL A;  5BWY A;  5P7P A;  4U7V A;  4FIV A;  4Y3X A;  4OBG A;  1HVI A;  3O9C A;  3URL A;  1HVL A;  5P01 A;  5OZ6 A;  3QIH A;  5P82 A;  4XX4 A;  4DQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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