3QAAA

Hiv-1 wild type protease with a substituted bis-tetrahydrofuran inhibitor, grl-044-10a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of substituted bis-Tetrahydrofuran (bis-THF)-derived Potent HIV-1 Protease Inhibitors, Protein-ligand X-ray Structure, and Convenient Syntheses of bis-THF and Substituted bis-THF Ligands.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qaaA00
5P1ZA 5P4RA 5P0EA 3MXEA 1XN2A 4AA9A 3VCMA 4QGIA 2WF4A 3IA9A 6APRE 4I10A 3NDWA 1PSAA 5OZ1A 2ANLA 2ZJHA 3VV7A 5P5JA 2QMGA 1EBWA 4ZPFA 5P19A 1HVLA 1ZJ7A 5P1NA 5P2QA 5P40A 1K1TA 5P0RA 5ISKA 2QHCA 1YX9A 5P8IA 2I0AA 5HDUA 1AAQA 5P73A 5P12A 3CKTA 2NR6A 3H0BA 5HU0A 2A4FA 2HS1A 1VIJA 2OHLA 5P7EA 4NPUA 5P5GA 5HU1A 4Y5LA 5P4PA 5P5EA 2AOCA 3D1YA 3DCKA 3DJKA 3EKWA 1WBKA 5P4UA 2VIYA 3L58A 5P5WA 4DUSA 1GKTA 3TLHA 3JW2A 1DP5A 1FG6C 1KJGA 2FDEA 3EM4A 2B60A 4RCEA 3PLLA 5P0CA 5P29A 5P3VA 5P7XA 4B1CA 3QIHA 4RVXA 4EJDA 2QP8A 3CICA 1EPPE 5P2VA 3D91A 5JFPA 3UFNA 1SMRA 3EBZA 3LIQA 1QRPE 4DQCA 1EPQE 5P71A 1T7KA 1IDBA 4Y53A 3CKRA 2XFIA 2O4SA 3T3CA 5P8GA 2IQGA 1LF2A 4J17A 1GNOA 1HBVA 5P7HA 3ZKQA 4EJ8A 2ZGAA 3NUJA 3NDXA 3NU6A 3KF0A 2SAMA 2QCIA 2VIZA 1LZQA 3OHHA 3SO9A 5P3OA 3NSHA 3L5FA 5OYXA 1FQ4A 3DV1A 1ER8E 5DGWA 2F80A 3EKVA 3PBDA 3S45A 5OZPA 5SXNA 1FQ8A 4J0PA 4EJKA 4ZPGA 3EC0A 5P0VA 3SFCA 3VF5A 5P01A 5P5DA 4QJAA 3HW1A 4OBKA 1MTBA 2AVOA 4ZPEA 1HVJA 1ZAPA 2Q64A 4FLGA 5P85A 2PSVA 1HTFA 2HS2A 5P68A 4ZSMA 4Y6MA 4OBHA 4Y5PA 4S1GA 2OHPA 3I25A 2UPJA 2WEAA 1B11A 2QHYA 5C9BA 4I11A 2V10C 1B6PA 5P8UA 2Q55A 4CPWA 5P5SA 1ZPKA 5P49A 3S7LA 5P44A 3QS1A 3UDHA 1LYBB 2G69A 2I4UA 1MEUA 2I4XA 2HB4A 5P4ZA 5P7FA 4J5JA 3SA3A 5P0KA 1DPJA 4J0TA 4YA8A 3TPJA 3VFAA 5HCOA 2PK5A 4Y35A 4MC2A 4Z50A 4FE6A 5P65A 5P4FA 1HTRB 5P50A 1ODXA 4J54A 4RGHA 4RRNA 5HE5A 4HEGA 3WB4A 1CMSA 3BGCA 3IVHA 4MC9A 3L38A 2QHZA 1KJFA 5IVSA 5P7DA 3B7VA 3INEA 2NXMA 5P6QA 5P75A 4XKXA 5P56A 4FL8A 4Q1NA 4AZYA 3UDKA 5P2MA 4HLAA 1FF0C 1SP5A 1ZSRA 1C6XA 3D20A 3VYDA 5P3TA 1FB7A 1ZPAA 1UPJA 4GYEA 4RLDA 4DPFA 4CKUA 3BC4A 4ER2E 1MIQA 3EL0A 1LYWA 2UY0A 3LPJA 3S43A 1K1UA 1ZLFA 5P66A 5P5IA 1NH0A 4OBFA 5P7LA 2VJ7A 3EKTA 1HVIA 5OZFA 3APRE 4LL3A 1RV7A 5OYYA 2IGXA 2EWYA 3KFSA 1MT9A 4DPIA 1M0BA 5P69A 4FRJA 3T7QA 2AOGA 2G1OA 4Y9WA 1XL5A 5P2TA 2P3AA 5P6IA 5KR2A 3HVGA 3BXSA 2B7ZA 4Y37A 4K9HA 3BUGA 1FMBA 2WEZA 1MESA 3G72A 1T6GA 5P06A 5P6KA 3SA4A 2F8GA 5P86A 2P3BA 1T7JA 4RYGA 4J1KA 5CONA 1BV7A 4RRSA 5P6MA 2BJUA 5P3YA 3OOTA 2FS4A 5P6FA 3LHGA 3BXRA 2AOIA 8HVPA 5P7ZA 4OBJA 3KFNA 2WEDA 3Q4BA 2G1SA 2AOFA 3OUBA 5P4WA 5P7CA 5P30A 4CP7A 4Y57A 2BKTA 1W50A 3QBHA 1SDTA 4JOOA 3K1WA 4R8YA 1UH8A 1ZP8A 4XX3A 3UQXA 5DQCA 3FKTA 5P38A 5P4JA 5OZEA 5P4SA 5P84A 1K6VA 4YD5A 4Q5MA 3QAAA 5I3WA 5C9FA 1LF3A 4I0GA 3URLA 1Z8CA 2QNQA 5P3JA 2Z54A 2JYSA 1U8GA 4Y41A 4Y39A 5P2UA 4J0ZA 3OTYA 5AH6A 5E5KA 1QBSA 5P10A 4YBIA 5P7KA 5OZLA 3TH9A 5OZJA 3KYRA 4EJLA 2WL0A 2P3CA 3DOXA 3OUAA 3K5GA 3OADA 4U7QA 3RTNA 3K5DA 5P45A 4DJWA 4BFDA 4D83A 3BVBA 3R2FA 5P0TA 3S85A 1E5OE 3ER3E 4Y3WA 5P0UA 4RCDA 5P42A 5P11A 3HLOA 3O9IA 2FMBA 2O40A 1KJHA 5HVPA 4Y3LA 5ER2E 3L5DA 4Y3NA 1FQ7A 3UDYA 3K4VC 5P79A 4Y3SA 1W5VA 5P2EA 1E80E 5P5RA 2VNNA 5P6CA 1EBZA 3FSMA 2NTRA 1HPOA 3EXOA 5AH9A 5P77A 3SA5A 4Y3FA 3RTMA 3LIZA 4PZWA 3KDDA 5OZKA 2AVSA 5P47A 2BPYA 3APPA 5P2NA 5P7QA 4OBGA 1XDHA 1C70A 4Y54A 3BUFA 3S43B 2ZYEA 4B77A 1PFZA 3PB5A 5P5TA 3UDJA 1AJVA 4H3GA 1Z1RA 5OZVA 1LYAA 5P62A 4YCTA 2JJIA 1PPLE 2QI3A 1IZDA 2ER6E 3NUOA 5OYTA 5P4TA 4QJ6A 5P3CA 5P31A 5P5VA 3K5FA 3INFA 5P0HA 5P2RA 4LXMA 5P4IA 2V11C 5IVRA 2F81A 3TNEA 5P6BA 5KQZA 4PPHA 1MSNA 3VSXA 4GJ8A 5OYUA 4Y4ZA 1EPOE 4EXHA 2P3BB 5P6YA 5COKA 5P4KA 5P4VA 2XYFA 3FX5A 1TSUA 5P28A 1ZTZA 3NU5A 3OUCA 1EBKC 1MRWA 1UH9A 1KJ4A 3WSJA 2O4LA 5P53A 3TTPA 2NNKA 3NDTA 5E5JA 7UPJA 5OYSA 2ZJIA 1NPWA 2PYMA 2Q5KA 3UQUA 1EC2A 3KFPA 3EL5A 5SZ9A 1SGZA 2WJOA 1HIIA 5P1YA 1K2BA 2VS2A 5P78A 3WZ8A 5P48A 4CPUA 5OZTA 1BWAA 4R93A 1TCXA 2BPZA 3Q70A 4Y4AA 2WHHA 1EPLE 3I8WA 3NDUA 1W6IA 5P7UA 2ZJNA 1IVQA 5P87A 4DVFA 4K4QA 5P3DA 2BBBA 4I0HA 5HD0A 3R1GB 2PWCA 1RPIA 2I4VA 2QMFA 1FIVA 4OC6A 5P5ZA 1FKNA 3SA6A 2NXDA 5P3GA 4CPRA 1XE5A 2G27A 2O4NA 1WKRA 5P0ZA 5P1UA 4KB9A 4DQFA 5DR4A 1MRXA 1B5FA 2AZBA 1HSIA 5P41A 2IEOA 2QMPA 2B8VA 2ZHUA 2AZCA 2R5QA 1KZKA 4Y36A 4A6BA 1K2CA 2FNTA 3EL9A 3L5EA 5P1XA 3T11A 3UHLA 4XX4A 3UFLA 2B42A 2P3DA 5P2YA 2I0DA 2AZ8A 4R92A 1HPXA 5I3VA 3ZKIA 3HAUA 3SPKA 4LXAA 5I3XA 4Y3GA 4D85A 5P7BA 4DJXA 4AUCA 4R5NA 4Y44A 1EC0A 4RZ1A 5P57A 5DQ4A 3IVIA 1Z1HA 4LXKA 3GGAA 6FIVA 5BWYA 3OAGA 4FRSA 2VJ6A 5P7OA 1LS5A 2AVVA 2ER7E 4CPTA 5P51A 3JVWA 5P4OA 3ZOVA 3VLAA 1MUIA 4UPJA 1PSNA 3SQFA 5P4QA 1OEXA 5P1SA 4MC6A 1LYAB 2G94A 5P1AA 1JLDA 2QI0A 1YTGA 3UQWA 3OQAA 4Q1YA 4I12A 4I0JA 1TW7A 3O99A 3DM6A 5OZIA 5P3NA 1EPRE 3HDKA 3G70A 1IVPA 4Y4UA 5P58A 3BHEA 3OY4A 3ZLQA 5P7NA 3UF3A 2R8NA 2OHQA 5HE7A 3URIA 3KA2A 5P13A 5P2HA 1SDUA 3OQ7A 1XE6A 3U7SA 4GJ7A 2MIPA 5P3LA 3IXOA 5KOQA 3OGQA 1D4JA 3PCZA 1YM2A 2AZ9A 2Q54A 2QD8A 5HTZA 4PEPA 4NJTA 2OHNA 4LBTA 2IKUA 3LNKA 2ZE1A 5P1VA 2QI5A 3ZMGA 3NXNA 3RU1A 5OZ7A 4A6CA 3EKPA 4YBFA 1AVFA 3OGPA 1HPVA 4Y38A 5P8FA 5P8CA 4Z22A 1RQ9A 2QD6A 4YD7A 1HXWA 1YTJA 5P5PA 3ZKGA 3OOZA 5DR8A 4RVJA 2PYNA 3RSXA 4FRIA 4XXSA 3T7XA 1APWE 4B05A 5P64A 1RNEA 5P5KA 2ZJMA 3VV6A 3MXDA 3O9DA 5P0OA 3OTSA 4Y3YA 3R4BA 1QBTA 2ZHVA 1E82E 5P0SA 4QJ7A 5P5YA 5P5LA 4Y3EA 2PH8A 4OC6B 3AUPA 1HIHA 5AHCA 5P0GA 2I4QA 4YD6A 2G26A 2ZHRA 3SLZA 5OZGA 5P1QA 5T4SA 5P7AA 2B8LA 5P8TA 4Y5GA 3DK1A 4I8ZA 3OXXA 4BEKA 1HTEA 1B5FB 2QD7A 5P6XA 3WB5A 3NU4A 4YHQA 5P8KA 1HVSA 2OHMA 1RL8A 2PQZA 5UPJA 2HM1A 2VKMA 4FCOA 3KT5A 2CEJA 3VG1A 4DJQA 4GB2A 3PWRA 4QJ9A 4QJ8A 3CIDA 4Y3DA 2OAHA 4APRE 1BWBA 4I0DA 3EL1A 2HIZA 3S54A 1A9MA 5P7VA 5P0AA 5P6AA 2QI6A 2V0ZC 5P5OA 3GGUA 1FFIC 4Y48A 2WF1A 4LP9A 5P1FA 2O4KA 2PSGA 5AGZA 4Q1WA 4Y4JA 5P18A 1ODYA 5P2KA 3IN4A 1ME6A 1B6MA 3N3IA 4J1FA 5P8PA 4APEA 1HPSA 2WF0A 5OZCA 2QZWA 4BFBA 4ER4E 2PSUA 1AXAA 4Y5EA 2ZDZA 3VYFA 5P2FA 3INHA 4ACUA 3LIVA 3TOFA 4WY1A 1AIDA 5P35A 3R0WA 3PCWA 1YTHA 1BDQA 5P03A 2ZHTA 3SM1A 4HDBA 5IS4A 2RKFA 5IVTA 3C9XA 3OUDA 5P81A 1GNMA 5P54A 5KR1A 4DFGA 4RROA 1QBRA 3RSVA 3QN8A 3OQKA 2ZJKA 5P1RA 4YD4A 4R91A 2QI1A 3PEPA 5BS4A 1ZBGA 4AA8A 4YDGA 2HB2A 3B80A 2I1AA 3K5CA 4YOAA 2IGYA 1N49A 2ZJJA 1HIVA 5P6PA 1QS8A 5P8SA 2G24A 4B72A 3MSLA 3L5BA 4QLHA 3BGBA 3ZKMA 4LHHA 3F9QA 3FNTA 3PWWA 4GJ6A 4DJPA 2R3WA 1YT9A 2WF3A 3DCRA 2BB9A 3NLSA 3VF3A 2Q15A 3UTLA 1YM4A 5P02A 1FQ5A 3CYWA 5J25A 1OHRA 4NKKA 3ZKSA 3TOHA 5DPZA 5P00A 3PMYA 1HWRA 2IDWA 1W6HA 4Y58A 5P6TA 1BXQA 5P2JA 2NXLA 5P80A 5KQXA 4DJVA 3GI6A 1BVGA 1PPKE 2BPVA 4EHCA 4FAFA 2FXDA 4F76A 2VA7A 5P0XA 1UH7A 5P3SA 3CYXA 2G21A 5P3RA 5OZ2A 5P05A 4CPXA 1T3RA 1Q9PA 5P2XA 4Y4DA 3NR6A 5P2WA 2HPEA 2RSPA 3S8IA 5P7MA 1E81E 4FSLA 2R5PA 1K6TA 4ZSPA 4FSEA 5JFUA 4N00A 5P08A 3UCBA 3L5CA 5P0QA 5P0PA 1BIMA 2P83A 4Q1XA 2F3KA 5P6JA 5P60A 3FIVA 2JE4A 5P3UA 4HA5A 4CPQA 3KN0A 4Y3AA 4ZEAA 3UQPA 3UPJA 5OZ6A 4Y4GA 4FM7A 5P6VA 5KR0A 4Y3HA 1HRNA 5P6GA 5P3WA 4OD9A 3OU4A 5P7JA 1A30A 3O9LA 5P3MA 3D1ZA 3I7EA 2J9JA 5P63A 5P22A 5OYRA 5P34A 3BUHA 3PVKA 1FFFC 3BRAA 3CMSA 2H6SA 1LV1A 4Y3JA 3SA7A 1VIKA 5P0LA 5SY3A 2VIEA 5P1BA 5P0DA 1LYWB 5DR7A 2V16C 1DIFA 3QRMA 4NJVA 2G1RA 5P4LA 4FAEA 3LZUA 4Y47A 3OUDB 4B0QA 4Y5KA 4R95A 3DV5A 2HAHA 2AQUA 4GJ5A 3OXCA 1MTRA 4K4PA 5OZ3A 4H3IA 4H3JA 5P8DA 4Y3XA 5P6RA 3BVAA 5AH8A 5P43A 5P67A 2IRZA 4B78A 3KM4A 1B6KA 2QZLA 2ER9E 5OZ5A 2G22A 3OK9A 5P1LA 5OZBA 3OWNA 3SKFA 4Z4XA 5P07A 4DJOA 3GI4A 4J0YA 4ER1E 3PBZA 3S7MA 4Y5CA 1TZSA 4I0EA 4GIDA 2FLEA 1HHPA 5SY2A 4DI2A 1T7IA 4LAPA 2AOEA 4Y5MA 1C6ZA 2FNSA 3LZYA 3PWMA 1SGUA 2QK5A 4X7IA 4ZSRA 5P8EA 4L7GA 3PSGA 5OZDA 3GGVA 3GI5A 2UXZA 2QMDA 4B70A 2BPWA 5P1CA 1HSGA 2PC0A 4YCKA 4U7VA 5P4EA 5P5AA 1APVE 3M9FA 5P2LA 5P1JA 3ZKXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1Z A;  5P4R A;  5P0E A;  3MXE A;  1XN2 A;  4AA9 A;  3VCM A;  4QGI A;  2WF4 A;  3IA9 A;  6APR E;  4I10 A;  3NDW A;  1PSA A;  5OZ1 A;  2ANL A;  2ZJH A;  3VV7 A;  5P5J A;  2QMG A;  1EBW A;  4ZPF A;  5P19 A;  1HVL A;  1ZJ7 A;  5P1N A;  5P2Q A;  5P40 A;  1K1T A;  5P0R A;  5ISK A;  2QHC A;  1YX9 A;  5P8I A;  2I0A A;  5HDU A;  1AAQ A;  5P73 A;  5P12 A;  3CKT A;  2NR6 A;  3H0B A;  5HU0 A;  2A4F A;  2HS1 A;  1VIJ A;  2OHL A;  5P7E A;  4NPU A;  5P5G A;  5HU1 A;  4Y5L A;  5P4P A;  5P5E A;  2AOC A;  3D1Y A;  3DCK A;  3DJK A;  3EKW A;  1WBK A;  5P4U A;  2VIY A;  3L58 A;  5P5W A;  4DUS A;  1GKT A;  3TLH A;  3JW2 A;  1DP5 A;  1FG6 C;  1KJG A;  2FDE A;  3EM4 A;  2B60 A;  4RCE A;  3PLL A;  5P0C A;  5P29 A;  5P3V A;  5P7X A;  4B1C A;  3QIH A;  4RVX A;  4EJD A;  2QP8 A;  3CIC A;  1EPP E;  5P2V A;  3D91 A;  5JFP A;  3UFN A;  1SMR A;  3EBZ A;  3LIQ A;  1QRP E;  4DQC A;  1EPQ E;  5P71 A;  1T7K A;  1IDB A;  4Y53 A;  3CKR A;  2XFI A;  2O4S A;  3T3C A;  5P8G A;  2IQG A;  1LF2 A;  4J17 A;  1GNO A;  1HBV A;  5P7H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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