3QI1A

Design and synthesis of hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors: prime side chromane-containing inhibitors
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
389
structure length
382
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors: prime side chromane-containing inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 382
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qi1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qi1A02
5P0PA 5P3KA 1T3RA 2NNKA 2Q15A 3K5DA 3QRMA 6FIVA 5P6ZA 5DQ5A 5P4UA 1HVHA 1HHPA 2JJIA 4EP3A 1HWRA 3LPIA 3O9DA 2ZJJA 2OHQA 3R2FA 1B6KA 5P15A 3VV6A 1BAIA 5P0ZA 5P0RA 4YD7A 4A4QA 1YT9A 2Q11A 5P8TA 2PH6A 5P8PA 3O99A 1FGCC 5P08A 5P6YA 1MTRA 4I0IA 3SO9A 3S54A 4CPUA 3OAGB 4J17A 1B6JA 2I4DA 4Q1NA 4GJBA 1B6PA 4Y3GA 3JVWA 4PPHA 2HAHA 5P5LA 1IBQA 5P1SA 4A6CA 4CMSA 1FMBA 3S43B 2AZCA 4A6BA 4UPJA 3GI6A 1FFIC 5P0IA 2ZHRA 2FXDA 3ER3E 2EWYA 4Y35A 4D83A 5P1RA 3VF5A 4B70A 3WB5A 3DV1A 1KJ4A 5P87A 4OD9B 5P0HA 5P8DA 5P1BA 5P84A 2OHNA 5P3IA 2ZHUA 5P1VA 2FDDA 4I10A 5P44A 1OEXA 2FGVA 5P53A 3RTNA 2F3EA 5P6QA 3SKGA 5P3XA 4YBIA 1LYWB 4Y6MA 5HE7A 2OHKA 5P12A 5P0EA 4I11A 5COOA 5P76A 5P2SA 5P6OA 3O9AA 3SABA 5P1UA 5P78A 2O4SA 5HU1A 1CZIE 1AJXA 5P4ZA 3HVGA 5P4LA 2QD6A 1ODXA 2UY0A 2QHYA 3QI1A 3IGBA 4KE1A 1K2BA 1KJGA 4RVJA 2AOFA 2G1SA 2Q54A 4Y3RA 3NU3A 1RV7A 4I0JA 4BFDA 1BDRA 4FGXA 5AH9A 3VEUA 5P33A 5P8CA 2VIYA 1MTBA 3OUCA 4YOAA 5P02A 4QLHA 3ZKNA 1HPOA 4Q1WA 2HS1A 5P6UA 5P86A 4FRIA 4NPUA 4WY6A 2IGXA 5P1WA 2FNSA 3EM6A 3O9HA 4EJDA 5P8NA 1HVLA 2ZYEA 5P5VA 3PGIA 5P1IA 4Y36A 1GKTA 5OZZA 2BB9A 3U6AA 1UH8A 2BPVA 3K5FA 1B6LA 4FAFA 4K4RA 5P6RA 3LINA 1RQ9A 2QAKA 2VJ7A 4LXAA 4QJ2A 5OZXA 5UPJA 3O9CA 5DR7A 2IL2A 3EKQA 3T6IA 4R93A 3UDYA 1MSNA 3OUDA 2QCIA 2NPHA 2R43A 2IRZA 4RROA 4Y4DA 5P3PA 4Y5CA 3KA2A 3EXOA 5P1TA 2F8GA 4F76A 3SLZA 5P82A 5P5ZA 5P4WA 3S56A 2G21A 5P1QA 4Y3FA 5P26A 4AA8A 5P68A 3LZYA 3UDJA 3OTSA 3Q70A 3TTPA 3QRSA 4OBKA 3HBOA 5P7RA 5P1LA 4EXHA 3FKTA 4M8YA 2NXDA 2QI1A 4GJAA 3D91A 1NPVA 3LITA 3UDKA 3ZPUA 1BILA 1GVWA 1XL2A 4Y44A 1D4KA 3GGVA 3JVYA 5ER2E 5P3GA 4J55A 3EC0A 1QBUA 2WL0A 5HDUA 3INEA 2PQZA 3PWMA 1HOSA 4TRZA 3OGQA 2HB3A 4DJVA 1D4SA 2ZJLA 5P77A 3OOZA 5OZOA 5P5UA 3ZPTA 2JJJA 1T7JA 5I3WA 4OBZA 3VG1A 5J25A 4D85A 3PWRA 2V16C 1BXOA 5P5RA 3UDRA 4D88A 5P06A 3NU5A 4DH6A 2WHHA 3D1ZA 5P0BA 2VJ6A 3AIDA 1D4IA 3PMUA 4Y3XA 4ACXA 4L6BA 5OZAA 3KT5A 4L7GA 3L5CA 4Z50A 1LS5A 4I12A 2BPYA 5P5XA 4E43A 4YDGA 4I0ZA 1Z1RA 2P3DA 1ODWA 5P0AA 1BV9A 3I2LA 5HE5A 5P07A 4J1KA 5P3AA 4LXKA 4PHVA 5HD0A 1GVTA 1D4HA 1BV7A 5P4JA 4ZIPA 5P2JA 4HE9A 5P6FA 3OU4A 4FS4A 5OYUA 1MSMA 2CEJA 4EJ8A 3IAWA 1BXQA 5P3RA 1BBSA 2QZKA 4X2LA 4I0DA 5P03A 1FQXA 4DV9A 5P3UA 3RSVA 3PM4A 2ZJMA 5OZ7A 5P1KA 5OYTA 3VYDA 1W6IA 3CIDA 2R3WA 3L59A 4Y9WA 5SY3A 1VIKA 5OZBA 2QU3A 5P7WA 3H0BA 4NPTA 1SIVA 4J0ZA 1ENTE 2AOEA 5P2HA 5P4DA 1ZAPA 3PHVA 5P0LA 1ZPAA 1EPRE 4NJTA 5P4PA 1XDHA 5OZWA 4R5NA 3SPKA 1Q9PA 4MC2A 3PWWA 2Q63A 1UH7A 3RVIA 2F3FA 5P0WA 3PVKA 4B1CA 4GYEA 1C6XA 4Z2ZA 3QRVA 3TLHA 3IN4A 2QHZA 1HVKA 4HA5A 3KYRA 3IVIA 1GNMA 5P25A 4HVPA 1BDQA 4Y4TA 2NTRA 3DCKA 1EPNE 5DR3A 2P3BA 3S45A 4DQEA 3ZMGA 3SA6A 3PBDA 1W51A 2NXLA 2WKZA 1OHRA 5ISJA 4OBFA 2A1EA 1AJVA 4J1FA 5HCTA 5P2OA 5P6WA 2QI5A 3C9XA 3BUGA 2HPFA 5BS4A 4Y3NA 4BEKA 3LIQA 3IXKA 4ZPEA 1XL5A 3PI5A 5APRE 1MT7A 3PCZA 2WECA 2QMFA 3VF7A 1XN2A 1NPAA 2I4XA 2RKGA 3URJA 5CONA 5HE4A 3SACA 3NU9A 1MESA 5P5YA 2PSUA 3Q6YA 5P5JA 5OZTA 5P5CA 4GJ7A 2MIPA 3LNKA 3N4LA 4NJVA 3BGCA 5P3EA 3OXCA 5P79A 4Y4GA 5P3YA 4D89A 1FKNA 2PWRA 5P7QA 4FM8A 1HSHA 3GI4A 2OHTA 4EJLA 4OBJA 4GJDA 1PPME 4LXMA 3DJKA 1WKRA 4PZXA 1IZHA 4Q5MA 5P6SA 5P4HA 1W50A 2OHSA 2OHUA 5OZVA 4XX3A 3L5BA 3VUCA 5P69A 5P3FA 3S85A 1ZPKA 4OBDA 3FV3A 2QK5A 2BPZA 4IVSA 5F01A 3LHGA 3CYXA 2QI7A 2ZE1A 2ZJKA 3NXNA 1TSUA 3NYGA 2ZJHA 2ZGAA 2ZDZA 1W5XA 5I70A 1UPJA 5P37A 1SIPA 5P75A 1GVXA 2PWCA 4ZE6A 1MERA 1SMEA 1HIVA 5C9BA 2G69A 1T6GA 3I25A 3LIZA 5P7VA 1GVVA 5P2TA 5P72A 5P09A 1QS8A 2G20A 3L5FA 5F00A 2VA7A 4EHCA 3OQKA 4FL8A 5DPZA 3LPKA 3NR6A 2BJUA 2ER9E 1ER8E 3S43A 5P5IA 4RYCA 1NSOA 2NNPA 3NSHA 1QRPE 2G24A 5P49A 2O40A 5P65A 2WF0A 3WZ6A 1G6LA 5P8MA 3HVPA 5HDVA 4B00A 1QBTA 3QAAA 1EEDP 4Y3PA 1EBZA 4K4PA 3EBZA 1HVJA 5P4VA 4ACUA 1W6HA 2F80A 4LC7A 5AH6A 2ASIA 3RU1A 1TQFA 1D4LA 2FDEA 4OD9A 4Y3DA 1FLHA 2XFJA 3NU4A 3RTHA 1DP5A 1TSQA 2V00A 5P45A 3VFAA 5OZ2A 1D4JA 2OHMA 4Y3YA 3EKVA 3GGAA 2IS0A 2BPWA 4EP2A 4J0VA 3QBFA 5P27A 1HIHA 1LYWA 5P0UA 3AUPA 5OYQA 4Y5NA 3HZCA 1TZSA 4ZPFA 5P0FA 1FMUA 4Y38A 3UCBA 3QROA 4YE3A 1E82E 2I4WA 4PEPA 5B18A 4KB9A 4RLDA 5KR2A 5SZ9A 2G26A 5P2NA 1T6EX 4I0EA 1NH0A 2VJ9A 4AUCA 3SA7A 3EL5A 4GJ5A 4APEA 3OUAA 3FNTA 3FIVA 1APWE 2XFIA 5P0CA 2FLEA 3KFSA 3BVAA 1K6VA 3LIVA 3S7LA 4I0FA 5P43A 4Y4UA 4I8ZA 4RGHA 4DFGA 1EPLE 1AIDA 5P5WA 3NXEA 1HEFE 1QDMA 4H3JA 3WSJA 5P3JA 3SFCA 4U8WA 3HD8A 3VCMA 5OZUA 4DPFA 1K6CA 4Y5LA 3D3TA 3QS1A 1KJ7A 2FGUA 1E81E 2WJOA 1TCXA 5P6TA 4YCYA 3RTMA 3TPJA 5P7SA 5P05A 7UPJA 2B60A 4Y53A 1APUE 1EC2A 4DQBA 3KFRA 1MT9A 2IKOA 1T7KA 4Y41A 5OYSA 1FEJC 3OXWA 5P6HA 1N49A 5P6XA 5P8EA 5P5SA 2VIZA 3WZ7A 4Y37A 3IN3A 5P8FA 4EWOA 5P6CA 5P4EA 3QBHA 4Y3ZA 5P6VA 2I1AA 5P4GA 1FIVA 5OZMA 5OZ8A 4Y4AA 3IA9A 4TRWA 5P2IA 4Z4XA 5OZ6A 3LZVA 5P3VA 1WBKA 3B80A 5P4BA 5P31A 5P32A 1SBGA 5P3ZA 1C6YA 1HIIA 1E5OE 3PBZA 3K4VC 4L7HA 5P7BA 5P6DA 3TKWA 5P7PA 4QJAA 4Y47A 5P5EA 3Q3TA 2VIJA 1FQ4A 1TCWA 5P20A 4K4QA 3UQXA 5OZ5A 1HXWA 5DGWA 5P0MA 2R3TA 4HDFA 3O9GA 5P7JA 4BELA 3UTLA 4YOBA 3NDUA 3L58A 3M9FA 3BVBA 3UDQA 3NDWA 5AH7A 4DQCA 4DJQA 5ENKA 4YHQA 5P14A 5P2GA 1EC0A 2Q64A 5JFUA 1E80E 1IVPA 1FG6C 3ER5E 3I7EA 3OQFA 3OU1B 3EM3A 1K6TA 3SA9A 3KM4A 3EKWA 5COPA 1D4YA 4FSEA 2P4JA 4K8SA 5P7YA 2CEMA 4AZYA 5P7GA 3INHA 5P6LA 5E5JA 3OQAA 1ME6A 1AXAA 4Y4BA 4Y5KA 1W5YA 3D20A 1IZDA 5P4CA 5P2DA 5P3NA 5P8GA 2QNPA 3TOFA 4Y3HA 5P61A 5P5KA 5P5FA 2B7ZA 3K4VA 1HVSA 4NKKA 1EBKC 1QBRA 5P2ZA 5P11A 4LHHA 3NLSA 1BVGA 4Y3WA 2VNMA 5P8JA 5IS4A 2ZJNA 2QI3A 4Y5AA 2NR6A 3VV7A 5P6KA 3ZPSA 4B1EA 1EPQE 5P3MA 4YCTA 5P3CA 1W5WA 5P66A 3VLAA 2WEAA 3EL4A 1LYAB 3PCWA 3QIHA 2J9JB 5P0TA 1LEEA 2BBBA 1B11A 4ZSMA 1PPKE 3L3AA 5P63A 5OZHA 5P24A 5P01A 4Q1YA 6UPJA 2WF4A 5COKA 5OZCA 4OBHA 3GW5A 3O9IA 3S53A 4I1CA 5KR1A 4QJ6A 5P46A 2I4QA 5KAOA 2WEZA 1LF2A 2P8HA 3KMXA 5P7KA 4R8YA 5P3OA 5HDXA 4NJSA 4Y3TA 3SM2A 5OZSA 3QN8A 5P71A 3EL9A 4GZFA 5P35A 4H3GA 5P80A 1HTGA 5P1FA 4LP9A 3ECGA 3DM6A 4U7VA 5P1PA 4FRSA 2OAHA 2BQVA 5P85A 3U71A 2O4LA 3EKPA 2R5PA 2AVOA 4J1IA 3ZKGA 2AODA 5P4IA 3SA4A 1ZTZA 2J9KA 3IXJA 4L7JA 3ZKIA 3PB5A 1DMPA 1YG9A 3F9QA 3G6ZA 1XS7D 5AH8A 5P0QA 3UFLA 4CP7A 3PI0A 5P1GA 5P7CA 3BC4A 2I0DA 5P4QA 1GNNA 3OADA 2IGYA 5P5DA 3S2OA 3HAWA 1IIQA 2OHRA 1BDLA 4I8WA 4CPTA 3LZSA 1G2KA 1FFFC 4J0PA 4FRJA 2QMPA 3TPRA 3A2OA 4KUPA 3ZL7A 3PSYA 5P42A 5P22A 4TRYA 3NDXA 1HVRA 2R9BA 3CKRA 3SA8A 3UQUA 1LYBA 2JXRA 5P2AA 5DQ4A 1FQ8A 3FSMA 4Y54A 5P1CA 3DK1A 4EPJA 1ZJ7A 3UQRA 3VSWA 2HB2A 2PYMA 4RCFA 1CMSA 3ZKXA 5P54A 1MRXA 4GJ6A 2XYFA 4ZEAA 5DQCA 2P83A 2ZHVA 3PRSA 5P0VA 3TPPA 5P13A 3OWNA 4IVTA 3KDDA 5C9DA 4YD6A 1C6ZA 3UFNA 3LPJA 3T7PA 2H6SA 2VA6A 2QZWA 3PJ6A 1IDAA 4YA8A 3HDKA 5P0XA 2QNQA 4ER1E 2PMAA 3NDTA 3VYFA 5P40A 4J0TA 1HBVA 2R5QA 2AVQA 2FIVA 2NMYA 4DJUA 1A8KA 5P6GA 5P81A 2WEDA 5P6JA 1IZIA 3OADB 5IVTA 3KDCA 4FRKA 1BWAA 5P1ZA 5KOSA 5P7FA 4RVIA 3SQFA 1F7AA 4YBFA 4MC6A 5P4RA 1OEWA 3UQWA 3IXOA 5P1HA 3FNSA 2O4NA 5DR0A 2PC0A 1PSAA 2XFKA 1LYBB 4KE0A 4FAEA 5BWYA 5P1MA 4Y45A 1QBSA 5OZLA 3ZLQA 3L5EA 5P2WA 1M4HA 1PPLE 5P4KA 4PZWA 3N3IA 5OZKA 1EC1A 3APPA 1APVE 5JG1A 5P0KA 1AM5A 1MPPA 1K1TA 3URIA 2QD7A 1MEUA 2IQGA 2QMGA 5P3HA 4FLGA 4CPXA 5TOLA 5I3XA 5P0JA 4Y3JA 3INDA 4J54A 5P6PA 5P59A 3ST5A 5P60A 3O9LB 4Y4XA 5P7HA 2QHCA 3O9EA 4DQHA 3HLOA 4DJWA 3UQPA 2FS4A 3D1XA 1APTE 4WY1A 1B6MA 2R8NA 3K5CA 2CENA 4JPCA 1G0VA 4OC6A 5P7MA 1MUIA 5DR8A 3FNUA 2F3KA 5P83A 2WF1A 1YTIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0P A;  5P3K A;  1T3R A;  2NNK A;  2Q15 A;  3K5D A;  3QRM A;  6FIV A;  5P6Z A;  5DQ5 A;  5P4U A;  1HVH A;  1HHP A;  2JJI A;  4EP3 A;  1HWR A;  3LPI A;  3O9D A;  2ZJJ A;  2OHQ A;  3R2F A;  1B6K A;  5P15 A;  3VV6 A;  1BAI A;  5P0Z A;  5P0R A;  4YD7 A;  4A4Q A;  1YT9 A;  2Q11 A;  5P8T A;  2PH6 A;  5P8P A;  3O99 A;  1FGC C;  5P08 A;  5P6Y A;  1MTR A;  4I0I A;  3SO9 A;  3S54 A;  4CPU A;  3OAG B;  4J17 A;  1B6J A;  2I4D A;  4Q1N A;  4GJB A;  1B6P A;  4Y3G A;  3JVW A;  4PPH A;  2HAH A;  5P5L A;  1IBQ A;  5P1S A;  4A6C A;  4CMS A;  1FMB A;  3S43 B;  2AZC A;  4A6B A;  4UPJ A;  3GI6 A;  1FFI C;  5P0I A;  2ZHR A;  2FXD A;  3ER3 E;  2EWY A;  4Y35 A;  4D83 A;  5P1R A;  3VF5 A;  4B70 A;  3WB5 A;  3DV1 A;  1KJ4 A;  5P87 A;  4OD9 B;  5P0H A;  5P8D A;  5P1B A;  5P84 A;  2OHN A;  5P3I A;  2ZHU A;  5P1V A;  2FDD A;  4I10 A;  5P44 A;  1OEX A;  2FGV A;  5P53 A;  3RTN A;  2F3E A;  5P6Q A;  3SKG A;  5P3X A;  4YBI A;  1LYW B;  4Y6M A;  5HE7 A;  2OHK A;  5P12 A;  5P0E A;  4I11 A;  5COO A;  5P76 A;  5P2S A;  5P6O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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