3QIHA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qihA00
1T6GA 3BC4A 5OZLA 2H6SA 5P8QA 5P4JA 2OHLA 2CENA 4Y3NA 4EJ8A 5P8PA 2OHQA 5E5KA 3CKTA 1FF0C 3RU1A 5P28A 3OU1B 5P41A 1MTBA 4ZSPA 5OZOA 4CPTA 4FAFA 4J1CA 5P7EA 1PSNA 5DQ4A 5P0KA 1SDUA 5P17A 4QJ2A 5P4PA 2QNPA 5ENKA 4JOOA 5P5ZA 4DJQA 5P42A 2G1NA 3O9CA 4FM8A 1KJ7A 5P8BA 5P4ZA 3SM1A 3QVCA 1XL2A 2O40A 4H3FA 5P3AA 3QRVA 5P2ZA 5P8OA 2NR6A 2H6TA 3L3AA 4J55A 5P24A 1PFZA 4DPFA 4R8YA 2R5QA 3Q4BA 5P5SA 5I3XA 4YE3A 4Y3EA 5P0XA 1BV9A 3FNSA 3RTHA 1HVRA 3DCRA 3OUDA 1BXQA 1IZEA 3A2OA 3OY4A 3TNEA 2FXDA 2ZJIA 2QU2A 3OUAA 1FFFC 1AVFA 3DV5A 5IVRA 5OZWA 3EL0A 5P5IA 3OU4A 1ZPAA 5P82A 4Y6MA 3UDMA 1E82E 3OUDB 3OXCA 4Y3HA 5P43A 1MIQA 3G6ZA 1META 4RCEA 3PLLA 3UQXA 3MSKA 4RLDA 3R0YA 1MT7A 1LV1A 1LYWA 2XYFA 4F75A 3OQFA 5AHCA 3K1WA 3OU4B 3SPKA 3NR6A 1A94A 5P5YA 1FGCC 5P4RA 3SM2A 3EM6A 5P8VA 3OK9A 3IXJA 5P04A 3BHEA 5P87A 3KDDA 2QP8A 5P19A 5KQXA 5P1TA 2BPXA 3T7XA 1PROA 4Y4DA 3SQFA 1F7AA 5P6NA 2G1RA 2VJ7A 1SIPA 1E81E 1HOSA 3B7VA 3WZ7A 5P8UA 3BVAA 5P4GA 2PH8A 5P51A 2Q63A 5P3TA 4B1DA 5P5HA 1W6IA 4GZFA 5P7JA 2IKUA 5P57A 5P3BA 1D4SA 4YD3A 5P0JA 2VJ9A 4B72A 4Y5PA 3OAGB 5P6JA 2XFIA 5SY2A 1G2KA 5JODA 4Z2ZA 3IXOA 3OTYA 3NYGA 1HTGA 4FSLA 2ZJKA 2QZWA 2JYSA 5P3EA 4DFGA 5P0QA 4Y5BA 5P35A 5P0IA 4QJ8A 5P8AA 4DQEA 1HVKA 4K4RA 5P8GA 4AA9A 4AUCA 5P8MA 2IQGA 1D4KA 1SMRA 3INFA 4GJ8A 4U8WA 1ZPKA 5P1FA 1DPJA 3EKYA 2I1AA 2AOHA 4DI2A 1DW6C 1AM5A 3KDBA 2IDWA 5P2XA 5T4SA 3BGBA 2ER0E 4LXMA 3ST5A 1B6MA 5OZAA 2VA7A 3LPIA 2BPVA 3D3TA 2ER6E 2P3AA 4DUSA 2WHHA 5P5BA 5P4CA 3SA3A 1FKNA 5P0GA 5P4FA 3R2FA 1HVLA 3R4BA 1HPOA 2BPWA 1A8GA 2O4SA 1HRNA 5P3OA 3PSYA 5KQZA 5P1PA 3VFAA 1BIMA 1Q9PA 4EP2A 4PZXA 5JFPA 5P0CA 4I0FA 3OWNA 2AODA 4I0EA 4R5NA 2ER7E 5P45A 5OYVA 3JVWA 5P5LA 1D4LA 5OZUA 5P7ZA 5P0VA 5P5QA 4ZSRA 4HVPA 4LC7A 5ISJA 5I3VA 3OHFA 1XN2A 5CLMA 4YD7A 3S7LA 5F01A 2BJUA 1LZQA 5P4AA 3O9BA 3CIDA 1U8GA 5P22A 3EBZA 5P3CA 4I11A 5SXNA 3EM3A 5P07A 3ZKXA 1E80E 1YX9A 4Y3SA 4NJSA 5P5MA 5P1BA 1IVQA 1BDRA 2P83A 3L58A 4RCDA 1QBTA 5P7NA 5P1VA 2A1EA 2V11C 4AMTA 4BEKA 1NSOA 5P3LA 4LP9A 4EPJA 4DJVA 1HVIA 3KA2A 4ZPGA 5OZ3A 1E5OE 2BBBA 2NNKA 3I7EA 4HEGA 3KFRA 5P09A 3L5EA 3UTLA 1GNOA 2B7ZA 4H3IA 2ASIA 5P5GA 4Y43A 5P8SA 5IVTA 1AAQA 3SA6A 1G35A 1LF2A 3GGAA 2HPFA 1LYBA 4FLGA 4Y3WA 1BVEA 3Q5HA 2AIDA 4I8ZA 3QN8A 5COOA 3WSJA 5AGZA 4I0IA 5UPJA 4HDBA 1B5FA 1DP5A 2BPYA 4OD9A 2VA6A 2QMDA 1LYBB 1HVSA 1YTGA 2NTRA 4HDFA 4KE1A 2FS4A 5P1MA 3ZKQA 4RVIA 5P33A 2PC0A 5P5KA 2BKSA 5OZ9A 1TZSA 4Y4UA 5I3WA 3LITA 1CMSA 1HPXA 5P6IA 5ER2E 5P85A 3S53A 2ZDZA 4OD9B 4RROA 1YM4A 2QI0A 4Y57A 1W50A 5C9DA 5HCOA 4Y54A 5P2YA 6APRE 3U71A 3QBFA 2OF0A 1EPLE 4Q1WA 4DQBA 2ZJJA 4Y4TA 2G1OA 1W51A 3MSJA 1D4JA 3I25A 5P03A 5P5AA 1HHPA 2F80A 2J9KA 3OUBA 4YOBA 3K5FA 5HE5A 3KMXA 3QPJA 2G27A 4YBIA 5P6RA 5P7UA 5IVQA 3EL4A 2O4LA 2PYNA 3IVIA 3SACA 5P8NA 4GJAA 1FQ8A 1HTFA 5P2TA 5P25A 5P4KA 1FMUA 3QBHA 2G94A 3CMSA 4Y51A 5P2VA 3T6IA 5FIVA 1EPNE 2PWRA 3OXWA 4UPJA 3BRAA 3BVBA 4NJTA 5P4OA 2ZHSA 5OYRA 2AVSA 2NXDA 5P3JA 1OD1A 2Q64A 2FDPA 5P6MA 4F74A 1HEFE 2V10C 2WF4A 5P2EA 4HLAA 1HVJA 4FIVA 4CP7A 3UDQA 2FMBA 1FEJC 3VLBA 3HAUA 2JJJA 1EC3A 4Y35A 4GIDA 4L7HA 3QAAA 2WECA 1AXAA 3UQUA 4LXAA 5P2QA 3S43A 5P78A 3S85A 3UHLA 2QD6A 5EZXA 4PYVA 5P5DA 2ER9E 2Q3KA 3UDHA 3OUCA 1HPSA 1APWE 2R3WA 5P84A 1FQ4A 5DR4A 2EWYA 2PSGA 4EJKA 4E43A 1HTEA 3HLOA 1LF4A 3ZOVA 4RVXA 2IS0A 3RVIA 3ZKNA 1J71A 4FRSA 4LHHA 3Q6YA 5DR8A 3T11A 3EC0A 1IZIA 2Q54A 3NXEA 4TRWA 3JW2A 5OYZA 4Y3GA 2ZYEA 1HBVA 9HVPA 4OBZA 3K5GA 1ME6A 2B8VA 2FXEA 2HIZA 5P5OA 5OZ2A 3FKTA 5P48A 5IS4A 3UCBA 1HXWA 4CPXA 5P0HA 1EBKC 5P7WA 4XKXA 1EPOE 4RZ1A 4B1EA 1KJFA 5P6YA 1TQFA 5DQ5A 2WEBA 5OYTA 1SGUA 5HE7A 1Z1RA 3QIHA 4L1AA 1HVCA 3TPLA 2Q11A 4EXHA 5P3KA 3FIVA 3ZPUA 1VIKA 5OZ8A 5P3XA 3TLHA 4R93A 3QRSA 1RV7A 2F8GA 5HDVA 3SA9A 5P7FA 3FV3A 4Y3XA 2CEMA 5KQFA 3KT2A 4NJVA 5P1JA 4YA8A 4L1AB 5P08A 4B70A 1UH7A 3RSXA 1BVGA 4GJ6A 1EAGA 5P6AA 5P7CA 5P54A 5P2DA 1W5VA 3C9XA 5P2WA 2AOFA 1FQ7A 3OU1A 5DR3A 5P1KA 1FQ5A 3H5BA 4Y45A 3PBZA 5HE4A 5P67A 1HEGE 2VIZA 3GGUA 2FDEA 2V16C 3SKGA 5P0OA 2F81A 1DAZC 5P1RA 2AVQA 4CPWA 2PK6A 2APRA 2R3TA 3CIBA 3L5DA 2G22A 5P14A 1PSAA 1MVPA 5IVSA 2PQZA 4J1FA 1HSGA 3EL5A 5P4TA 5KR8A 5P3YA 2OHKA 5P12A 4Y3RA 3LHGA 2RKFA 3DOXA 1PPME 3LIYA 5P2NA 2QNNA 2AOCA 4OBFA 2XFJA 1LS5A 1XL5A 1ODXA 4BFDA 4RVJA 4B78A 5P2OA 4EHCA 4Z50A 5P4WA 5P4YA 5OZIA 1SDTA 2OHTA 3BUGA 4MC1A 5P64A 1HSHA 5P50A 3VSWA 5P18A 4PHVA 1WBKA 5P4BA 5P6SA 5P0AA 4I12A 2I0DA 4IVTA 5P53A 5BWYA 1SBGA 1ODYA 2RENA 3LPKA 5OZ5A 2R43A 2QI5A 3PMUA 5DGWA 5P02A 5P5XA 5P5UA 1YT9A 3S45A 3PB5A 1W6HA 3NDXA 2VIYA 5P2IA 2VIEA 4RYCA 5DR7A 3UDKA 2QMPA 1YTJA 4L7JA 2VS2A 3RTMA 5AH8A 5P2BA 3NXNA 1FFIC 3URLA 1LEEA 3QRMA 5P70A 4J0YA 1HWRA 2I4XA 2VA5A 5P89A 3GI5A 2QI7A 1NPVA 2SAMA 3TOGA 3I6OA 1F34A 2QHYA 2OHSA 2Z54A 3NDWA 3UFLA 3S54A 3OAGA 1MTRA 4DQHA 5P10A 3ZKGA 3KT5A 3QP0A 4Y3DA 5P23A 4RGHA 4ZPFA 2QU3A 4JPCA 2HB2A 2I0AA 5P8FA 4TRZA 4K4PA 4A6BA 5P3GA 5P15A 5P69A 3ZPTA 4Y56A 3K5DA 4FRIA 2P3CA 5P6QA 4Y4EA 1T7JA 1K2CA 4B00A 3PSGA 1B6KA 2QI1A 5P4DA 4R92A 1AJVA 1EC1A 5OYSA 3NUOA 1IZDA 4PEPA 2HB4A 3VYFA 5P3NA 4CPQA 3M9FA 1C6ZA 1SGZA 5P1EA 2PYMA 1M4HA 5P7TA 5P5NA 3PJ6A 3BGCA 3PWMA 3LIVA 5P5CA 2RKGA 3HD8A 4Y36A 3EKQA 4Z4XA 4J0PA 1OEWA 1ZP8A 5OZFA 3PLDA 5OZRA 3N3IA 1K6VA 3L59A 1ZJ7A 4B1CA 2AOJA 4ZIPA 4B05A 1APUE 3LINA 4Y5NA 5APRE 5P1QA 2G1YA 1EBWA 1FG6C 5J25A 2ZJHA 1MSNA 1RL8A 3WB5A 4K4QA 1QBUA 3HDKA 3INDA 2F3FA 4FGXA 1TSQA 3H0BA 1WKRA 3IGBA 3TH9A 3PVKA 3ZKIA 3INEA 4I0DA 4CKUA 1QBRA 1EPME 5KR0A 3QI1A 1HXBA 5AH6A 4Y3ZA 5P76A 5P1AA 4Y5CA 5P0FA 1EBYA 1QBSA 2HB3A 5P0WA 4I8WA 2QI3A 5P49A 4K8SA 5P2UA 5OZXA 1BAIA 1DMPA 4GYEA 4Q1YA 4ZE6A 5OZ1A 1LF3A 4Y50A 5P56A 3DK1A 4TRYA 3UQPA 4I0GA 3T3CA 3KMYA 3ZKSA 1KJGA 1PSOE 3AIDA 5P46A 4EWOA 3GI6A 5P2LA 1M0BA 1TW7A 2I4VA 2ZJLA 3EKVA 5HU1A 3OADB 5P4VA 1AJXA 2WF2A 1A8KA 3EL9A 1N49A 2J9JA 4WTUA 1YM2A 5SZ9A 3BUHA 3JVYA 5P4EA 5P32A 5P66A 4Y4AA 5P36A 1K2BA 3CICA 5P1IA 3BXRA 2AZ8A 3OXXA 2AZCA 3ER5E 4H3JA 2J9JB 4CPSA 4FE6A 5P6TA 3PI5A 3VLAA 3VFBA 3D1ZA 3PCZA 4EJDA 5P6HA 1IIQA 4MC6A 5C9FA 1GVVA 1QS8A 1EBZA 2G24A 3UDPA 5P1UA 1MT9A 3HBOA 5OZSA 4APEA 1EEDP 2WEAA 2FGUA 4JP9A 4ZSMA 5HVPA 5P73A 4FAEA 3U6AA 2RSPA 3GW5A 3INHA 3K4VA 5P3FA 5OZZA 4KB9A 2PSUA 3T7PA 1RNEA 5P0PA 5P6EA 2MIPA 4GJ7A 4LBTA 4Y44A 1T7IA 4GJCA 4N00A 5P6WA 3L38A 2B42A 3VUCA 3O9DA 4BFBA 3Q3TA 2XYEA 4ZEAA 3EM4A 4R95A 5P8IA 3PHVA 3K5CA 3NSHA 5P2MA 2IEOA 5P8LA 2Z4OA 5P8JA 1TSUA 1C6YA 5P5PA 3T7QA 4Y4XA 3R1GB 1GVWA 4EYRA 3OTSA 3EKTA 3URIA 4GJ5A 3UPJA 1T3RA 5P3UA 4PZWA 5P3DA 5DPZA 3GI4A 4Y38A 4Y53A 5OZPA 4X7IA 1RQ9A 4Q1XA 4XXSA 4Y5EA 4Y5AA 4ER2E 4FCOA 4J0TA 4QJ6A 4YD6A 2G20A 4NJUA 1ZSRA 1K1UA 4I0JA 5P7OA 2FDDA 5P7KA 1IDAA 5OZ4A 1CPIA 5P7SA 4Y3YA 5P6FA 2OHUA 3VF5A 1FG8C 2I4DA 1W5WA 5P74A 4AZYA 5PEPA 2O4PA 5P2HA 3SABA 3ZLQA 1D4YA 2I4QA 2ZJMA 1NPWA 5P8HA 1ZTZA 3D91A 3EL1A 3OGQA 5P7GA 5P6ZA 4F73A 2UY0A 4DV9A 4J0VA 3SA5A 4YDFA 1YG9A 1HPVA 2PSVA 4Y3TA 3IN4A 3TTPA 1GNNA 4A4QA 1Z8CA 1M43A 3KFNA 5P60A 2NPHA 5P0TA 5P7PA 4FRJA 3DV1A 3NU3A 5DR1A 2FNTA 4H3GA 2V12C 4Y3AA 5P1SA 5P44A 1MSMA 5OZDA 1UPJA 1XE5A 5P8CA 1MERA 3IA9A 5OYQA 5P7LA 2QD8A 3S56A 6FIVA 4YCKA 1HIHA 3CKRA 4J0ZA 3O99A 4MC9A 4GB2A 2PH6A 5P0NA 3B80A 2BQVA 1HVHA 3VYEA 5P4QA 4QGIA 5P3HA 4J1KA 4D83A 2WL0A 2WJOA 5P0DA 3SLZA 5BRYA 5P55A 4IVSA 3D1YA 3OQDA 5P80A 2QZXA 3NDTA 5P27A 5AH9A 4DJOA 1QDMA 4M8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6G A;  3BC4 A;  5OZL A;  2H6S A;  5P8Q A;  5P4J A;  2OHL A;  2CEN A;  4Y3N A;  4EJ8 A;  5P8P A;  2OHQ A;  5E5K A;  3CKT A;  1FF0 C;  3RU1 A;  5P28 A;  3OU1 B;  5P41 A;  1MTB A;  4ZSP A;  5OZO A;  4CPT A;  4FAF A;  4J1C A;  5P7E A;  1PSN A;  5DQ4 A;  5P0K A;  1SDU A;  5P17 A;  4QJ2 A;  5P4P A;  2QNP A;  5ENK A;  4JOO A;  5P5Z A;  4DJQ A;  5P42 A;  2G1N A;  3O9C A;  4FM8 A;  1KJ7 A;  5P8B A;  5P4Z A;  3SM1 A;  3QVC A;  1XL2 A;  2O40 A;  4H3F A;  5P3A A;  3QRV A;  5P2Z A;  5P8O A;  2NR6 A;  2H6T A;  3L3A A;  4J55 A;  5P24 A;  1PFZ A;  4DPF A;  4R8Y A;  2R5Q A;  3Q4B A;  5P5S A;  5I3X A;  4YE3 A;  4Y3E A;  5P0X A;  1BV9 A;  3FNS A;  3RTH A;  1HVR A;  3DCR A;  3OUD A;  1BXQ A;  1IZE A;  3A2O A;  3OY4 A;  3TNE A;  2FXD A;  2ZJI A;  2QU2 A;  3OUA A;  1FFF C;  1AVF A;  3DV5 A;  5IVR A;  5OZW A;  3EL0 A;  5P5I A;  3OU4 A;  1ZPA A;  5P82 A;  4Y6M A;  3UDM A;  1E82 E;  3OUD B;  3OXC A;  4Y3H A;  5P43 A;  1MIQ A;  3G6Z A;  1MET A;  4RCE A;  3PLL A;  3UQX A;  3MSK A;  4RLD A;  3R0Y A;  1MT7 A;  1LV1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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