3QN8A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qn8A00
2ER0E 5OZFA 2VNNA 2JJJA 5P6CA 3DCRA 4Y3HA 2ZHRA 2I4WA 5P4DA 1YG9A 5OZZA 2O4NA 2HB4A 3UDJA 5KQYA 2F8GA 3HW1A 1SP5A 5P1HA 5OZVA 5OYXA 2QZWA 5OZTA 5P47A 2IKUA 5P5GA 5P5ZA 2B60A 4J1HA 1A8KA 5P55A 5P3GA 2QMGA 3UDMA 4LL3A 5P1GA 2JXRA 2IL2A 4J55A 4XXSA 5APRE 1PPLE 4Y3WA 2R3WA 3K1WA 3OU4B 5OZJA 4K4QA 5P1XA 5HD0A 2BPYA 5P3QA 5P36A 5P2IA 5P5XA 4FL8A 5P7IA 1HPVA 1EPNE 5P0ZA 4JP9A 3EKYA 5P11A 3QVCA 4ZSQA 1FGCC 3TPJA 5P88A 1UH8A 5P0YA 2HPEA 3LNKA 5P76A 5P78A 2IDWA 1ZSFA 4Y3LA 2QMFA 3AUPA 5P7CA 4GMIA 1TSQA 3LIXA 4Y5NA 5P0CA 5P3KA 1BV9A 4Y3MA 3OUBA 5HCTA 5P7TA 2NMYA 1AZ5A 5P69A 2FNSA 5P1YA 3FSMA 6FIVA 5P4RA 5IVRA 4EJ8A 4DJPA 3GW5A 2RENA 3PI0A 2ASIA 2ZHSA 5DPZA 2VA7A 2R5QA 4R91A 3INFA 5P7ZA 1GVTA 1APTE 4Y47A 5P77A 2CEMA 5P14A 3Q3TA 1APWE 1Q9PA 5P43A 3D1YA 5KQFA 2QMDA 4Y3EA 4R8YA 2RSPA 3NU6A 1GNNA 3UQXA 1EPOE 2A4FA 1EPPE 2V16C 3FNSA 4WY1A 5P8VA 3TL9A 3URIA 4FRIA 3MSKA 5B18A 2AVSA 3PSYA 2PC0A 3BRAA 3IN3A 1ZPAA 4B70A 1ZP8A 5P2SA 2FIVA 1PSAA 4XKXA 5P7UA 5DR7A 3SAAA 4B72A 1HXBA 1XL5A 4CPWA 2ZE1A 1HTGA 1K6PA 5P4ZA 5P6MA 3VFBA 3FNUA 3UFLA 2QI0A 5P0AA 4N00A 1RQ9A 1RL8A 1FFIC 1Z8CA 3QROA 5P1EA 3CYXA 1EEDP 3D20A 1F34A 1D4LA 2OHPA 1OHRA 1SGZA 3QAAA 4RCFA 5IVTA 5P1RA 4EPJA 2R38A 3OY4A 1META 3B80A 3F9QA 3HLOA 5P24A 5OZ1A 3OUAA 2WEAA 3PMYA 2QNPA 1ODWA 4J0ZA 1SH9A 1ER8E 1GKTA 1HEFE 4GJ5A 5P28A 2I1AA 4Q1YA 2AZBA 3KN0A 5AHBA 5P03A 4KE1A 3UHLA 3SACA 2UXZA 3JVWA 4FCOA 4FSEA 1M43A 3S8IA 3G70A 2OHSA 5P3CA 5OZXA 1YTIA 1Z1HA 4IVTA 4J0PA 4AA9A 3VYDA 4YBFA 2OHTA 2AOFA 1FLHA 5P4SA 4DJVA 3BGBA 4FRJA 3TPRA 1XE6A 1HWRA 3OOTA 5P02A 7HVPA 3G6ZA 3S43B 3RTMA 3O9CA 3OQDA 5ER1E 3IGBA 3KYRA 5P1CA 4EXHA 5P8SA 5P48A 2AZ8A 5P6YA 5AH6A 1LYAB 4DPFA 1EBZA 1HRNA 4FM8A 3KDBA 4ZE6A 1MRWA 5P0GA 1FG8C 5JODA 5P5LA 3O9FA 2PH8A 5C9BA 2NNKA 2VKMA 1AVFA 5JFPA 2UY0A 3SA8A 3U6AA 1SBGA 3B7VA 3H0BA 1B5FB 3VEUA 5PEPA 4Y5PA 3RSXA 4B05A 3MXEA 1B6JA 5P2UA 3N4LA 4QJ9A 4OC6B 4Y3DA 5P4TA 5SZ9A 4DI2A 2J9KA 2ZJHA 4I0FA 2MIPA 3SQFA 3O9HA 2IKOA 3PBDA 1VIJA 3APRE 2OAHA 5P74A 2B7FA 4Y4GA 1CPIA 5P64A 4I8WA 2P8HA 5P2QA 3KT2A 1LEEA 1A8GA 4QJ2A 1MIQA 4J1KA 3UQWA 3CIBA 3VLAA 1UH9A 2AOHA 5OZWA 2P3AA 3LIZA 5OYVA 5OZIA 5P4QA 1DIFA 2G1YA 5P84A 3ER3E 5OZEA 4F74A 5P52A 2HAHA 3LZVA 2NR6A 1B6LA 5FIVA 5P4GA 5E5KA 4HE9A 1MPPA 1W5YA 5P7LA 3VLBA 5P7HA 3WSJA 1IZDA 1MT8A 1CMSA 1HHPA 5P5RA 4YCTA 2QI1A 5P6XA 2Q55A 1E82E 3PWMA 2HIZA 5KR0A 4LXKA 1FQ7A 3CMSA 4TVHA 4ER4E 5P5AA 4F76A 5P87A 5P2EA 5P16A 1SDTA 5P5BA 4Y3XA 3ER5E 3SA6A 3DJKA 1XE5A 4LC7A 1IDBA 3OAGA 1APVE 4F75A 5P0OA 3CICA 3ZPUA 4CP7A 3TOHA 5P8PA 4JPEA 2AZ9A 3ZPTA 4J5JA 3PM4A 2PMAA 4OBJA 3IA9A 1AIDA 1GVUA 5P8OA 5DGWA 1E5OE 1LV1A 5P6GA 3SABA 2CENA 2WEBA 4NJTA 5P6VA 1NPWA 4Y3TA 5OZAA 5I70A 4MC1A 2G94A 4FAEA 4ZPGA 4Y5GA 5AH9A 5P0KA 4HA5A 1FFFC 2B7ZA 4OBZB 5P45A 4EQ0A 2PYNA 1PFZA 3VF5A 3QBHA 5P10A 2F3KA 5P4CA 3ZOVA 3WZ7A 1EBKC 3U71A 4Y5EA 4S1GA 5P2WA 4B77A 2Q64A 3PSUA 1SIVA 4DJOA 2AOEA 3SM2A 3EKXA 3R2FA 2H6TA 1ZPKA 4Y45A 4PYVA 4Y4AA 3TH9A 5ENKA 4FSLA 2O4SA 3OQFA 3CKRA 1MUIA 1FQ6A 1MTBA 1FMXA 4OD9B 2UPJA 5OYSA 1YT9A 5P51A 1K2BA 5P3OA 4Y5CA 5JFUA 4YOBA 2R3TA 2Q11A 5P2XA 1LYWA 4FRKA 5OZ0A 2XFKA 1FQXA 4DPIA 5P0XA 5P56A 4ZPFA 5P49A 4J1IA 3U7SA 4GJ8A 3OADB 3OOZA 5P3WA 2SAMA 3O9BA 4J54A 3VV7A 5DR4A 4NJSA 3SM1A 4DJRA 4EJKA 1B11A 1SDUA 3URLA 1NPVA 2PWRA 3VV8A 3K5FA 2XFJA 4Y48A 4I12A 4Y38A 3UCBA 2QP8A 5I3XA 4OBDA 4EP2A 3D91A 5P0QA 1HBVA 1YM4A 2VIYA 2ZHTA 1W50A 3I7EA 1HVKA 3SA7A 4Y3AA 3PBZA 1BV7A 3LITA 3NLSA 5I3WA 5OZRA 3EL0A 3INDA 1HVHA 3GGXA 5P7SA 2IENA 3R4BA 2BQVA 4K9HA 5OZLA 3JVYA 4DUSA 1ZTZA 5OZQA 3TKGA 3L59A 5COKA 5P5QA 5OZPA 1HPXA 1W51A 2ZHVA 4LXAA 3OUDB 2HPFA 2ER9E 4XX3A 5P7PA 3OQAA 3OAGB 5OZ6A 3OQ7A 2IRZA 5P5OA 4GJBA 3I6OA 4Y4DA 5P5NA 1MEUA 3S53A 1MRXA 4RRNA 4D83A 5P15A 2G26A 1E80E 3OXVA 5P4FA 4TVGA 1B6MA 3O9EA 5P1WA 3WB4A 4Q1WA 1CZIE 3EL1A 3FV3A 5P8MA 1OEWA 4CPUA 3ZKXA 2XYEA 3Q6YA 5SXNA 5P80A 2XFIA 4HEGA 4A6CA 1A94A 4KUPA 5P1LA 2AOGA 2BBBA 5P7KA 2ZHUA 2QI7A 1NPAA 4FLGA 4GJ6A 1BDRA 5OZ8A 1AAQA 2V0ZC 5DQ2A 3SPKA 5HDXA 4ZSRA 1TSUA 2WECA 4DJUA 2PSVA 3CKTA 4YD6A 5P1KA 4ZPEA 1FQ4A 2Z4OA 1G35A 5ER2E 5P42A 4I8ZA 2HS1A 1IBQA 4KB9A 5P63A 3GI4A 5OZKA 1C6YA 2V13A 5P5UA 1QBTA 2AVQA 2G1SA 5P32A 1TCWA 3UQPA 5P0DA 3D1ZA 4Y37A 4MC2A 1K6CA 4H3JA 1TW7A 2FLEA 3L38A 4RLDA 4Y4JA 5DR0A 3KMXA 1T7JA 2O4KA 3OK9A 2VIZA 2QU2A 5P33A 4B1DA 5P8UA 2NPHA 3OXXA 2ZJKA 1GNOA 2EWYA 5P3UA 2QZKA 2WJOA 5P35A 1IZEA 2BPVA 3IAWA 5IVQA 3CIDA 7UPJA 3K5GA 4YCKA 5P1VA 2V10C 5P8NA 5P0RA 1IVQA 1EPQE 5EZZA 5P61A 5P37A 3KFPA 1E81E 3PEPA 3HVGA 1EPRE 1B6KA 4NPTA 5ISKA 5P1MA 4U7QA 5OZ4A 5P04A 3PWWA 5P7JA 3D1XA 4Y56A 2PK6A 1HSHA 4UPJA 2FMBA 3L58A 5JG1A 2O4PA 1GVXA 3T7QA 5P3JA 5COOA 2WEZA 4MC6A 5KAOA 4BELA 5P7YA 4K4RA 1U8GA 3SA9A 3LPJA 1ODYA 2QI4A 3T7XA 5I3VA 3UDYA 3LPIA 5F00A 5P3DA 4NPUA 1PROA 1DAZC 3PHVA 4Y57A 4Y5KA 1BXQA 4Z22A 5P70A 1MT7A 5P8LA 1QDMA 5P4VA 4Y43A 3I8WA 5KOSA 3VF7A 3K4VA 5DR8A 3TPPA 1LYBA 5OYWA 5P68A 4DQGA 5P5JA 4XX4A 5P59A 3OTSA 3S54A 3BHEA 4COEA 1Z1RA 4Y58A 2Q63A 3ZKMA 2G21A 5P8IA 1XS7D 3UFNA 4RYGA 1BVEA 2OF0A 4H3IA 5P8FA 4QJAA 5P20A 3BVAA 1MSNA 3O9IA 5P2DA 5OYRA 5P6WA 1KJ7A 1W6HA 4ACUA 3RU1A 4DJYA 5P3MA 1A9MA 1WBMA 3N3IA 1IVPA 2IQGA 1QS8A 5P05A 4YDGA 4I11A 5P2AA 2PYMA 1F7AA 1DW6C 2RMPA 2G20A 1KJGA 2BJUA 4J1FA 3ST5A 5P27A 5P3FA 5P75A 2WF4A 4FM6A 4RVXA 1QBRA 3ZKGA 4Y4EA 4EJLA 1GNMA 4Y3FA 2V00A 3SA3A 5DR1A 4KE0A 1W5VA 3QP0A 4LAPA 3O9LA 5OZCA 5P0MA 3OU1A 1D4IA 5P5FA 3VYEA 3MXDA 5P09A 4U8WA 1SDVA 1FQ5A 2APRA 4ER1E 5HVPA 3DOXA 3ZMGA 3FIVA 5ENMA 4CPRA 4EJDA 5P2OA 2V12C 3IXOA 3LPKA 3IVIA 4Q1XA 5TOLA 2G1NA 5P6DA 2PSUA 3TKWA 4QGIA 4PPHA 1BIMA 4Y3YA 5OZ9A 5P6ZA 1WBKA 3UPJA 5BRYA 3K5CA 3QBFA 5KOQA 3QS1A 1HVSA 4GJCA 5P50A 4LHHA 4QJ8A 2P83A 2AOIA 5OZGA 5P83A 4Q5MA 2VJ7A 2AVVA 4WY6A 1LZQA 4LBTA 4ER2E 3FKTA 3DM6A 4ZEAA 5KQZA 3LIVA 1EAGA 3BVBA 1D4KA 3GGAA 5P82A 2Q54A 5P7WA 2H6SA 3GGVA 3GI0A 4I0GA 2AQUA 4EQJA 5P13A 5P2MA 5P0BA 5OZ3A 4YD3A 1C6XA 5BWYA 2VS2A 3IVHA 1D4SA 3T6IA 2FXEA 3GGUA 1T6EX 3KDCA 1EPLE 4B00A 2FDPA 3KT5A 3G72A 5P4IA 1EBWA 3LZYA 5P8GA 5P7BA 5P2JA 5P3EA 5P60A 5P58A 5P7RA 1PSNA 1W5WA 4L1AA 1FF0C 4Y54A 4K4PA 2PQZA 3EXOA 5P6OA 1RNEA 5HTZA 4JECA 5OZYA 3PLDA 4YDFA 5HCOA 6APRE 5P53A 5OYUA 3DK1A 4Y6MA 5P1OA 2J9JA 1LF3A 3L3AA 5P0IA 2NXLA 2G1RA 2WF0A 5OYYA 3A2OA 5OZNA 4DJXA 1UH7A 4Y3SA 1UPJA 4OBHA 4Y5BA 5P4XA 2VJ6A 5HU1A 5P3NA 3DV1A 1KJ4A 1HVIA 1YTGA 4J17A 5DQCA 1DMPA 5P8DA 3T11A 2I0AA 1C6ZA 5P81A 3SKFA 5P4WA 3UQUA 5AHAA 4RZ1A 4Z2ZA 2QI3A 1HVCA 3SA4A 1ZAPA 3OHHA 2G1OA 2AOJA 2QD6A 4K8SA 2JYSA 2QZLA 2PH6A 4EHCA 4NJVA 5P26A 4DVFA 1J71A 3VV6A 2ZJMA 3NU5A 3BC4A 4CPQA 5P06A 3APPA 3OU4A 5P8JA 5P4HA 3O9LB 3VCMA 3VYFA 4M8YA 2IEOA 4B1CA 3L5FA 4E43A 3KF0A 3QRVA 9HVPA 2QD7A 4X7IA 3EM4A 1K6TA 3QI1A 3UDPA 5P4YA 2OHKA 3S2OA 4Y3JA 5OYZA 5P2VA 3OTYA 5P2RA 2PSGA 5P0TA 2QNQA 3BUGA 5P5HA 2Q15A 4D89A 5P8BA 3MWSA 1AM5A 3OU3A 2P3BA 5P41A 2QHYA 5KQXA 5P2TA 5I3YA 3T3CA 1FG6C 1B6PA 5OZOA 3IXKA 1TQFA 2VIEA 4WTUA 4RVIA 4J0YA 1IDAA 2VJ9A 5OZ5A 2OHRA 4AMTA 1YX9A 1HPOA 3BGCA 3C9XA 1LS5A 6UPJA 5CONA 3OUCA 1C70A 4AA8A 4CPXA 5P23A 5P6BA 4EXGA 4RYCA 4B78A 1T3RA 4Y36A 2ZGAA 1ZSRA 2BKSA 1ZLFA 3NUJA 4FS4A 3EKPA 1IIQA 5P6EA 4BFDA 5P2KA 3EL4A 4RRSA 5P7XA 3WZ6A 1DP5A 2IGXA 4EYRA 5J25A 1HTEA 4L7JA 3QN8A 2QHCA 3VSXA 5P12A 2O4LA 5P1TA 1OEXA 1TCXA 4J1CA 3UDRA 3UQRA 3AIDA 4M8XA 1HVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER0 E;  5OZF A;  2VNN A;  2JJJ A;  5P6C A;  3DCR A;  4Y3H A;  2ZHR A;  2I4W A;  5P4D A;  1YG9 A;  5OZZ A;  2O4N A;  2HB4 A;  3UDJ A;  5KQY A;  2F8G A;  3HW1 A;  1SP5 A;  5P1H A;  5OZV A;  5OYX A;  2QZW A;  5OZT A;  5P47 A;  2IKU A;  5P5G A;  5P5Z A;  2B60 A;  4J1H A;  1A8K A;  5P55 A;  5P3G A;  2QMG A;  3UDM A;  4LL3 A;  5P1G A;  2JXR A;  2IL2 A;  4J55 A;  4XXS A;  5APR E;  1PPL E;  4Y3W A;  2R3W A;  3K1W A;  3OU4 B;  5OZJ A;  4K4Q A;  5P1X A;  5HD0 A;  2BPY A;  5P3Q A;  5P36 A;  5P2I A;  5P5X A;  4FL8 A;  5P7I A;  1HPV A;  1EPN E;  5P0Z A;  4JP9 A;  3EKY A;  5P11 A;  3QVC A;  4ZSQ A;  1FGC C;  3TPJ A;  5P88 A;  1UH8 A;  5P0Y A;  2HPE A;  3LNK A;  5P76 A;  5P78 A;  2IDW A;  1ZSF A;  4Y3L A;  2QMF A;  3AUP A;  5P7C A;  4GMI A;  1TSQ A;  3LIX A;  4Y5N A;  5P0C A;  5P3K A;  1BV9 A;  4Y3M A;  3OUB A;  5HCT A;  5P7T A;  2NMY A;  1AZ5 A;  5P69 A;  2FNS A;  5P1Y A;  3FSM A;  6FIV A;  5P4R A;  5IVR A;  4EJ8 A;  4DJP A;  3GW5 A;  2REN A;  3PI0 A;  2ASI A;  2ZHS A;  5DPZ A;  2VA7 A;  2R5Q A;  4R91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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