3QRMA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrmA00
2VIJA 2B8VA 1EPLE 4J1FA 3CKTA 5OZAA 3HLOA 2P3CA 3INHA 5P33A 4FL8A 5P2VA 4QJ8A 1XL2A 1KJ7A 4EWOA 5P1XA 1KJGA 2IEOA 3PWWA 2FNTA 5P3MA 1TQFA 4DQCA 3I6OA 5P2TA 3SA3A 3L59A 3GGAA 5P5HA 4BEKA 1FG6C 3PB5A 5P58A 4J1HA 3WB4A 5P11A 1W5XA 4Y5LA 3UDJA 4CPUA 1T6EX 5P3DA 2A4FA 5OYVA 1NH0A 3O9IA 3SA4A 2RKGA 5P6DA 4AA9A 5P08A 3G6ZA 5HCTA 4R92A 3LPIA 3LPKA 4GYEA 1SIVA 1K6TA 5P36A 3AIDA 2HPFA 3GW5A 3APRE 4J1EA 1EBYA 4Y4JA 3SKFA 2Q63A 3KM4A 3TOHA 4OBZB 4D89A 2ZHVA 4LC7A 5OZ6A 5P8EA 5P2KA 4D88A 1HVRA 3Q4BA 1APUE 4YCKA 5P0NA 3PI0A 4A6BA 4EQ0A 5P73A 1WBMA 4Q5MA 1ODYA 5P29A 3O9DA 3UDHA 1FKNA 5P7YA 2IKOA 5P4FA 4Y3XA 5P1NA 2NPHA 4FAFA 1J71A 1UH8A 4HDFA 5P5TA 3O9HA 5P79A 2ZGAA 3F9QA 3FIVA 5P6PA 2Q55A 2H6SA 5P83A 4J0TA 3KMXA 3OK9A 1K2CA 1BV7A 2WEZA 3RSVA 3EL9A 4GJCA 5P38A 1XN3A 3FNTA 5P0EA 5OZ5A 2G1NA 3IVIA 3LIYA 1MRWA 2BPVA 4DQFA 2I4VA 1BDQA 5P5GA 1PPKE 4B05A 4FM8A 5P2IA 5P8KA 5HE7A 2JJJA 1HVCA 3NU9A 4F73A 5P3AA 2WJOA 2AOIA 2JJIA 7HVPA 1FQ7A 1B5FB 1BILA 5HDXA 5P0FA 1HVLA 5OZOA 1D4YA 3IN4A 4L1AA 2Z4OA 4Y5PA 5HU1A 2BPXA 2VA5A 3OOTA 5P3BA 3HD8A 5P0YA 2UPJA 3PM4A 5KOSA 5P28A 1LS5A 3BVBA 5P2JA 4ZPEA 3UF3A 4CPTA 1XL5A 4J5JA 2O4KA 3LHGA 5OZZA 3O9FA 5P1ZA 4PHVA 5JFPA 4DQBA 1HOSA 1PPLE 2ZJHA 3LZUA 1BWAA 3SA6A 5P6LA 2IENA 1HPSA 5P2NA 3LZSA 4MC2A 4U8WA 5P1HA 2AOJA 2ZJKA 2NXMA 5P86A 5OZXA 3I25A 2V12C 2AVOA 3ZKQA 2QI0A 5P1PA 2O4NA 5B18A 5P1QA 5P5VA 5P14A 3LIQA 2NMZA 4OBHA 5P2ZA 4F76A 3S7MA 3QN8A 3S7LA 2VKMA 2OHQA 5P4ZA 1A9MA 3U7SA 2R9BA 1HTGA 3S2OA 5P2MA 3A2OA 5P15A 3K4VA 3S43A 4NJSA 3ZKMA 4Q1YA 3EM3A 1C6YA 5ISKA 5P1SA 4GJ9A 4HDPA 3GGVA 2PQZA 3MSKA 5P4CA 1LV1A 3HBOA 4XXSA 5P4SA 3EL5A 5P8OA 4TRZA 1AM5A 4APRE 2P3AA 2BKTA 3ZKSA 4Y37A 1G2KA 3O9EA 4Y3AA 4Y43A 5P52A 5P8UA 2VA7A 5OZFA 3L5FA 5P5KA 3G70A 3HVPA 3KN0A 3MWSA 1TW7A 3FNSA 5P2OA 4M8YA 3WZ7A 5P71A 4AZYA 3PEPA 1HIVA 3R2FA 2QK5A 4B72A 1MERA 4RRNA 5SZ9A 3ZPSA 2B60A 1W5VA 1LZQA 3GGUA 1W50A 5P5XA 4I0GA 3IXOA 4RCEA 5P2EA 5P59A 2JYSA 3APPA 4OBJA 5P6XA 2OF0A 1FEJC 5OZ7A 2AOCA 5P06A 2UY0A 5P4EA 1A8KA 2QD7A 5P48A 2VIYA 3U71A 5P0TA 3QRSA 5P00A 5KQYA 3OXXA 1EBWA 1E81E 5P7GA 4Y50A 5P26A 4RYGA 4EJKA 1MUIA 3TTPA 3VV7A 1SMRA 1ME6A 4HE9A 5P0PA 2WL0A 5P7NA 4ZIPA 1XS7D 4H3JA 1K6CA 1CMSA 3HAWA 4Y4EA 4B1DA 3S45A 4TRYA 5P2GA 3O9BA 3I2LA 3OU1A 3LNKA 4I8WA 5P1JA 3UTLA 3CIDA 3EKTA 4B00A 3OADB 3LZVA 3EMYA 3UDKA 5OZLA 1SGUA 3CYWA 5P1OA 1FMXA 3ZL7A 3MSJA 5P0JA 1EC1A 5P4DA 2B7ZA 3OUCA 1LYBA 1K1TA 4CPSA 2ZJLA 4B70A 5P7CA 2OHSA 2BPWA 2QU2A 2FMBA 2NMYA 1TCXA 3ZOVA 3VSWA 5P5CA 5AH9A 1C70A 5DR3A 3URLA 5DR4A 3NU6A 4Y3ZA 3CICA 3K5GA 4OD9B 2QI5A 5P82A 1SDVA 3WZ8A 3DOXA 1FFFC 3O9AA 5FIVA 5P6MA 4RYCA 5TOLA 1M0BA 5OZMA 2R3WA 3PWMA 4XX3A 5P3RA 1B6PA 5P4HA 5P3SA 3URIA 4ZSQA 1HHPA 5OZ8A 4TVGA 5P0UA 5DR8A 4Y3MA 1T7JA 3SABA 3VUCA 1DIFA 3UQXA 1B11A 3S54A 2F8GA 1GNOA 4Y4XA 5P32A 5P02A 5P6BA 2IQGA 1IDAA 2P3BB 3BVAA 1K1UA 5P65A 3FNUA 1N49A 5HDZA 5DR1A 5P43A 4DJWA 3TNEA 4J1CA 3JVYA 2WF2A 4J1IA 4R93A 1MRXA 5P4TA 1ER8E 5P5YA 2FNSA 2ER9E 2HAHA 1IZHA 3QP0A 2WF3A 1YM2A 4Y3PA 4YA8A 4CPWA 2PMAA 1NPWA 2OHRA 5P7FA 4D85A 1BIMA 3LIZA 3PBDA 3DM6A 2B8LA 2AVQA 4Y44A 4Q1XA 4E43A 1G35A 1ZJ7A 5DR0A 1F34A 1FQXA 5P75A 5P0HA 1DPJA 2QNQA 3R4BA 4QJ6A 3T7QA 4ACXA 5P53A 5P2AA 4YCYA 1G6LA 2ZHSA 2O4SA 5SXNA 5P1MA 3RVIA 3NWXA 6UPJA 3GI4A 4Q1NA 1MTBA 2QHZA 5P5SA 4BFBA 5P61A 5C9FA 4RVJA 2QZXA 4M8XA 5OZHA 3RTNA 5P2SA 5P8FA 5P3KA 5P4AA 1YTHA 2RKFA 5OYYA 1HTRB 5P1AA 2WEDA 3QVIA 5P3NA 4F74A 3BXSA 3SLZA 1SBGA 2QI6A 3MXEA 5P2XA 5C9DA 4DVFA 3SA5A 5I70A 4FIVA 2FLEA 1LF2A 2R5PA 5P60A 5P74A 5I3XA 5DGWA 1NPAA 5P20A 3S8IA 1EAGA 3U6AA 2H6TA 3IVHA 5P8VA 5DQCA 3VV6A 1QDMA 1C6XA 2I0AA 4JPCA 3NYGA 4OBZA 5PEPA 4GJ6A 3TKGA 4DJXA 2CENA 5OZ3A 3NDWA 1WKRA 5P4MA 1LF4A 4FCOA 3C9XA 3IGBA 3EL0A 5P84A 4Y3HA 4ZSPA 5P0LA 5KAOA 5P69A 5P4IA 4MC6A 1APTE 2R3TA 5P16A 4HEGA 1EEDP 4CPXA 2J9JB 4CPRA 2QMDA 3HAUA 4FS4A 2WF4A 2G22A 5P68A 3KDDA 3NDTA 1SDUA 5OZ0A 5IVQA 4KE0A 2G27A 2QI4A 3O9LB 3PRSA 4Y35A 3VEUA 1B6MA 3TPLA 5P37A 1TSUA 4ER1E 5AHAA 3NU3A 4Y3WA 1FFIC 4X7IA 5P7KA 2VNMA 4LXMA 5I3WA 5ENMA 4GIDA 3TLHA 4Y53A 4OBDA 5P0GA 5P5ZA 3VF3A 5P67A 1NPVA 1HVIA 4DH6A 1MPPA 5P1GA 1NSOA 3L38A 2ZJJA 1FQ6A 1YTIA 3OTSA 5P4LA 5P8NA 3UDYA 1XE6A 5P8AA 3CKPA 2PSUA 5P6IA 5P6HA 1ZPAA 1B5FA 1HXWA 3NXNA 2OHTA 1EPRE 1W6HA 1CZIE 4GJDA 2CEMA 4Y3NA 3SM2A 2I0DA 4ER2E 5P3QA 3B7VA 2EWYA 5P64A 3SM1A 5P6GA 1META 2NNKA 3NUJA 5P8MA 5P8PA 5HDUA 5P30A 4J1KA 4Y3DA 2AIDA 5P3ZA 3WB5A 5OYRA 1GVTA 5P3HA 3UDNA 4YCTA 4Y56A 1IZEA 5P3FA 4EJDA 3HW1A 4RGHA 4R91A 2B42A 3EKQA 3FKTA 1AXAA 5JG1A 5BWYA 5P17A 3GI5A 1HVKA 2G1RA 4QJ2A 4Y4AA 4EHCA 3SA7A 3OQDA 5P10A 3FSMA 1XN2A 5ISJA 3QBFA 3SPKA 5P5QA 5P70A 4CPQA 5DQ5A 1ODWA 2AOGA 4DJYA 5P6UA 5P7HA 3OWNA 3M9FA 3QRVA 4EP2A 3INFA 3QIHA 2QI1A 3EKVA 1MTRA 5AH7A 3DV5A 1BXOA 3PHVA 4YHQA 5OZTA 1BDRA 5P3GA 2VJ6A 5P7LA 4I0JA 5P1RA 4Y5EA 3ZMGA 1W5YA 4ZPFA 5P7SA 3T7XA 3CMSA 5P3UA 1DAZC 1W51A 3PSGA 3IAWA 4CMSA 5OZSA 2G24A 5P3PA 5P3TA 1SH9A 3Q3TA 2ZE1A 5AGZA 1HRNA 5AH6A 1AAQA 4Y9WA 1B6JA 2PH8A 4FM7A 4Y54A 2XFIA 2PSGA 2PK6A 4RZ1A 1EC2A 1AJXA 4Y5BA 5P66A 4YD6A 4DJPA 4QLHA 3NU4A 4ZSMA 3VFBA 5ER2E 3GGXA 2QZKA 1ENTE 2WECA 2G26A 5OZVA 5APRE 3UQRA 5P57A 3MSLA 1D4JA 4PYVA 3OHFA 4J54A 3OOZA 5P12A 3BXRA 5P01A 4QJAA 3L5CA 2RSPA 4PZWA 3INDA 3QVCA 1SMEA 3KFNA 3EXOA 4FLGA 4L6BA 1D4HA 2BQVA 3VSXA 1FMUA 3NSHA 4A6CA 5P3OA 2HS1A 3OGPA 1LEEA 3WZ6A 3BHEA 2R5QA 1HVHA 5P87A 2HM1A 5OZJA 2F3EA 2F3KA 3L5BA 3D1XA 3PSYA 1A94A 5OYWA 4AMTA 5CONA 2QMPA 3KT2A 1MIQA 2VNNA 2ER7E 4GJ5A 5P8TA 4EXGA 3SO9A 1ZP8A 2I4WA 2FDEA 4Y48A 3PSUA 4L7GA 1QRPE 3ZKIA 4GB2A 5P39A 5E5KA 5P4QA 2P83A 1YM4A 3S53A 6FIVA 3UQWA 2NTRA 2VIZA 5P4JA 4K4QA 4Z4XA 1SGZA 3QPJA 5OZGA 1QBUA 5DPZA 4RVIA 5P1UA 5P2YA 5P5NA 3OADA 2JXRA 2Q54A 4R5NA 3T7PA 5KOQA 2ANLA 4LAPA 2Q64A 1RQ9A 4I0DA 1ZPKA 1MT7A 1FMBA 5SY3A 3VLAA 2Q15A 5P8BA 5P3YA 4TRWA 4FE6A 1EPQE 4EXHA 5P7RA 4RRSA 4YD5A 5P5WA 1DP5A 2OHLA 5P5BA 5DR7A 3R0YA 4L7HA 5P8LA 2VIEA 5P0SA 2ZHTA 5P49A 5OZWA 1DMPA 4OD9A 3T3CA 4R8YA 1RPIA 3PI5A 3R0WA 4RROA 1HPVA 1IBQA 5P8DA 5P2QA 2P3DA 3EBZA 1HEGE 3D20A 5P8SA 4YDGA 1EC3A 9HVPA 2OHMA 3R1GB 2ZJNA 4I0HA 4DQGA 1G0VA 3I7EA 4Y36A 4LP9A 2G1YA 2AVSA 2AVMA 4BFDA 5T4SA 3DCKA 5OZ9A 5P7BA 4I0ZA 2HB4A 3PMYA 5P5PA 2QD6A 4QJ7A 2I4UA 1MESA 2VA6A 5P1CA 6APRE 3PMUA 4B78A 2XFJA 3L58A 5P0KA 5P3IA 5P5JA 5P7MA 2AODA 1Z1HA 1PSAA 2P3BA 2F81A 1FQ4A 4I10A 4Y3RA 3AUPA 2B7FA 2RENA 2V11C 1FQ8A 8HVPA 3VYDA 3I8WA 3BC4A 3SA8A 3CYXA 5COPA 3VYFA 2BPZA 4Y3EA 5P7WA 4ZPGA 4Y5KA 2FDPA 3PVKA 3FX5A 3VYEA 3JVWA 4Q1WA 5P4KA 2G69A 5P24A 3N3IA 5P4UA 4D8CA 5P6VA 5P2BA 3LITA 4EJ8A 3OQFA 2PYNA 1TSQA 2HIZA 4Y58A 1EBKC 3NR6A 5J25A 3K5FA 5P2UA 1ZSRA 2AZ8A 5EZZA 5UPJA 3TPPA 1YTJA 4MC1A 1VIJA 3OGQA 1B6KA 5HU0A 3Q6YA 4DPIA 3BUFA 4FRJA 1Q9PA 5OZQA 5IVTA 5P7JA 4I11A 3NXEA 1BBSA 4IVTA 2XYEA 1XE5A 5P78A 2WHHA 2QI3A 4FRSA 4R95A 4S1GA 3BUGA 4LHHA 4GJAA 4OC6B 4WY1A 1WBKA 3KA2A 5P6OA 3WSJA 4ZE6A 2AOFA 2QZLA 3KMYA 5P0AA 3CKRA 4J0YA 5P3EA 5P7XA 3O9GA 4WY6A 4Y41A 5IVSA 2ZHRA 3CIBA 1IVQA 2XYFA 5AHBA 5P55A 2Q11A 1T7KA 2O4PA 4UPJA 5P3JA 4RCDA 5P25A 3OU4B 1BVEA 1IDBA 3QI1A 1D4KA 5P4GA 5JODA 4DQEA 2BB9A 5P0VA 5P44A 1M43A 2OHKA 4Y5CA 2QZWA 5P7PA 4CKUA 5P4YA 4U7QA 4RVXA 1F7AA 3QS1A 1E82E 3DV1A 1HPXA 3EKPA 5P3LA 3PCWA 5P31A 4NPUA 4DUSA 1HBVA 1IIQA 5P3WA 4Z22A 1GVWA 3MXDA 4Y4BA 3BGCA 2J9JA 3KT5A 1BDLA 5KR1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VIJ A;  2B8V A;  1EPL E;  4J1F A;  3CKT A;  5OZA A;  3HLO A;  2P3C A;  3INH A;  5P33 A;  4FL8 A;  5P2V A;  4QJ8 A;  1XL2 A;  1KJ7 A;  4EWO A;  5P1X A;  1KJG A;  2IEO A;  3PWW A;  2FNT A;  5P3M A;  1TQF A;  4DQC A;  3I6O A;  5P2T A;  3SA3 A;  3L59 A;  3GGA A;  5P5H A;  4BEK A;  1FG6 C;  3PB5 A;  5P58 A;  4J1H A;  3WB4 A;  5P11 A;  1W5X A;  4Y5L A;  3UDJ A;  4CPU A;  1T6E X;  5P3D A;  2A4F A;  5OYV A;  1NH0 A;  3O9I A;  3SA4 A;  2RKG A;  5P6D A;  4AA9 A;  5P08 A;  3G6Z A;  5HCT A;  4R92 A;  3LPI A;  3LPK A;  4GYE A;  1SIV A;  1K6T A;  5P36 A;  3AID A;  2HPF A;  3GW5 A;  3APR E;  4J1E A;  1EBY A;  4Y4J A;  3SKF A;  2Q63 A;  3KM4 A;  3TOH A;  4OBZ B;  4D89 A;  2ZHV A;  4LC7 A;  5OZ6 A;  5P8E A;  5P2K A;  4D88 A;  1HVR A;  3Q4B A;  1APU E;  4YCK A;  5P0N A;  3PI0 A;  4A6B A;  4EQ0 A;  5P73 A;  1WBM A;  4Q5M A;  1ODY A;  5P29 A;  3O9D A;  3UDH A;  1FKN A;  5P7Y A;  2IKO A;  5P4F A;  4Y3X A;  5P1N A;  2NPH A;  4FAF A;  1J71 A;  1UH8 A;  4HDF A;  5P5T A;  3O9H A;  5P79 A;  2ZGA A;  3F9Q A;  3FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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