3QROA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qroA00
2XYEA 2FDDA 2OHMA 4R95A 5P4AA 4L7GA 2FGVA 3IA9A 3N4LA 4NJVA 5P2RA 3R0WA 5P86A 4DJOA 3DJKA 1B6PA 4TRYA 1C6ZA 4PPHA 4Y3AA 5P4UA 1IVQA 1EEDP 4YD5A 4BFDA 1LF4A 3K5DA 4DPFA 4Q1YA 4I8ZA 4B1CA 3Q3TA 5P8BA 5P6LA 4I11A 2F80A 4Z2ZA 2XFJA 2BJUA 2I4WA 1GNNA 4RCEA 5P27A 3URLA 3PB5A 4YE3A 4YCKA 2JJJA 1SDUA 5P1GA 1G35A 5P3XA 5P71A 3OAGA 3UDPA 5P18A 3OQFA 5P0HA 5OZGA 2PWRA 5HE7A 5ENMA 3VFAA 1G0VA 2JE4A 1ZTZA 2HAHA 5OZ1A 3ZL7A 1BVEA 3LIVA 3GGVA 5P1WA 3QN8A 4D85A 2F3FA 3SACA 5P6EA 5P7QA 5DQ1A 3TOFA 4FCOA 3LINA 2R9BA 3O9LA 3PI5A 1QBTA 5DR4A 4RYGA 3RSXA 5P8HA 5P62A 2V11C 3LNKA 1MIQA 3BGCA 5P56A 2H6SA 5P4NA 3NXEA 2QHCA 5P64A 5OZPA 5SY3A 4AA9A 3TLHA 5P5RA 4M8YA 4TRWA 3U71A 1F7AA 5P1RA 5P89A 1HPVA 1FEJC 4XX3A 1EC0A 4K4QA 4Y3GA 5P0BA 5P06A 5OYTA 2AQUA 3INHA 5JODA 5OYVA 3L38A 2PMAA 4YHQA 2QMGA 3UQWA 1SDTA 2FDEA 5AH9A 3Q5HA 1AM5A 3PSYA 4N00A 4FSEA 4Y39A 5APRE 4RROA 2NXLA 3APPA 3DV5A 3DUYA 2VS2A 4XXSA 3CYWA 4YDGA 1XN2A 5UPJA 2PSVA 3KMXA 5AHAA 5P03A 1B6JA 3HAWA 5C9DA 5P0LA 5OZZA 3NUOA 2WL0A 1META 5P05A 2RENA 1MRWA 4DI2A 4K8SA 5IVQA 5P5TA 5P83A 4WY1A 3ER5E 1XL2A 1A94A 3CIBA 5OZFA 5P0OA 1XE5A 2BPZA 3IXJA 3BC4A 4DV9A 4I0GA 4RLDA 4ZPGA 3U7SA 1EPOE 5P4QA 1B6LA 4Y3NA 3VYFA 3T7QA 5JFUA 5P8FA 5DQCA 2UPJA 2OHSA 4Y3QA 1E5OE 1GVTA 5P5MA 5KR2A 2F8GA 1ODXA 3NU5A 4F76A 3VUCA 1PSOE 3OK9A 4Y4ZA 5P57A 4EJDA 4Z4XA 1BILA 2QD7A 5P3RA 5P07A 4U7VA 4I0EA 3ZLQA 5P25A 3S7MA 3VYDA 5KQYA 4Y4JA 5ER2E 7HVPA 1EPLE 3QPJA 1TQFA 4NPUA 3H0BA 1ENTE 2QD8A 4LHHA 2ASIA 4DQEA 3OXWA 5P10A 1HVRA 4Y50A 2QU2A 5P8MA 1LYWB 4Q1XA 4Z50A 5P0YA 2O4LA 5OZRA 5P2KA 5P8EA 1SDVA 3QBFA 1AZ5A 2I4VA 4DQFA 1HXWA 1M0BA 5P4YA 3DCRA 5PEPA 4TRZA 3FX5A 2QU3A 3MSKA 1GVVA 4GJAA 4B0QA 4J54A 3QVCA 5ER1E 3RTMA 4RZ1A 1W5WA 5OZ6A 2IKUA 1HTGA 4CPXA 5OZDA 1CZIE 5OZCA 2VA5A 3WZ7A 4RGHA 5IE1A 4Y5GA 5P6BA 4EWOA 4MC2A 5KQFA 4ER4E 2B8LA 5P15A 5KR0A 1W50A 3OADA 5P61A 4EP3A 5P2DA 5P1UA 2WEZA 3T7XA 1RNEA 1IDBA 4RVXA 3GW5A 2P3DA 5C9BA 4Y54A 3SPKA 3D3TA 4QJ8A 4Y3ZA 5DR3A 5P6GA 1TCXA 1AJVA 2VIJA 1BAIA 3OQDA 4Y44A 1RPIA 1KJFA 3CYXA 3EKTA 4JP9A 2NXMA 4RVIA 5IVSA 4Y3XA 5P60A 3VSXA 5EZXA 4DVFA 5P38A 5P7JA 5P1LA 4HVPA 1HVLA 2UXZA 4GJ7A 3D91A 4H3JA 5P3AA 3WB5A 4GB2A 4WY6A 4YOAA 5P35A 4Y3JA 5DR7A 5P3DA 4CPSA 3JVYA 2FXEA 5P1TA 5HTZA 4F73A 1EPME 5COOA 1UH8A 3OTSA 2VJ9A 5P14A 2WF1A 2G20A 2PK6A 2B42A 2HPFA 2I4DA 2G21A 4A4QA 4Y3YA 3UDKA 1KZKA 5KR1A 3OOTA 5OZ4A 1QRPE 1D4SA 4YCYA 3UDRA 2FIVA 4ZSPA 5P24A 2I4UA 5P5SA 5OZJA 1CMSA 3UFLA 3VSWA 2VIYA 5P3PA 3VFBA 5P77A 3A2OA 5P8DA 3NU4A 5OZWA 2RKGA 3O9DA 1IZIA 4BFBA 3DK1A 5OZXA 2PSUA 3PWMA 1OD1A 3H5BA 1QBRA 5P3QA 2OHTA 4FRKA 5OZNA 4OD9A 5P4DA 1K6VA 2VNMA 4MC9A 3SAAA 3QAAA 2H6TA 4B72A 1MERA 5P0AA 2AODA 3NXNA 1YTJA 2IQGA 1YM2A 5OYXA 3UQXA 1C6XA 5P4MA 5P58A 5P3UA 3IVIA 3HDKA 2OHPA 5P0UA 1ZJ7A 1MSNA 4Y38A 3NDXA 4PHVA 1LF2A 2OAHA 3L3AA 5P1IA 5P7MA 5P7NA 2VIEA 4CPUA 4AUCA 1HSGA 5KOQA 3LZVA 3INEA 2CEMA 5P7OA 4QLHA 3K5GA 4R8YA 1ER8E 1W5YA 1DIFA 3T7PA 1B6MA 1IVPA 5P8IA 1SGZA 2I4QA 3OUAA 4Y53A 3NU6A 4TVHA 1MT9A 5P8PA 4Y4UA 3KDCA 4GJ5A 2G94A 1HPSA 3L5FA 5P1QA 1ZSRA 1BIMA 1DW6C 3S85A 3NU9A 1EC1A 1WBMA 4FM8A 2IRZA 2WEBA 2ZHVA 4Y4DA 3EKYA 4B1DA 4OBKA 3LZSA 3PRSA 3EL1A 5P0WA 5HD0A 4H1EA 4PYVA 5P8NA 1ODYA 3KF0A 1IZHA 4FL8A 3VG1A 2R8NA 5P6SA 2QNPA 5P2OA 4FAEA 1UPJA 1IZDA 3TKWA 4DJQA 4X7IA 2O4SA 5P5AA 2AOIA 1B11A 3QI1A 3R2FA 5P1VA 3UPJA 5AHCA 5P2NA 4QJ9A 4Y5NA 4J1FA 1N49A 5P6DA 1EBKC 5P23A 3OHHA 3EL0A 2ZE1A 5OZ8A 2V13A 2RMPA 5P73A 5KOSA 4Y4XA 3VV7A 5I3YA 1NPWA 2WEAA 4L7JA 4CPRA 1ODWA 2IEOA 4ER2E 3S53A 4R93A 3OQ7A 5OZBA 3S43A 3IGBA 5P3WA 1SMEA 3EBZA 5EZZA 3OGQA 3QRSA 3OU1B 5P26A 3SA4A 5BRYA 2VKMA 2BKSA 2HS2A 4LXMA 4L6BA 4DJUA 1EBYA 3G70A 4OBGA 5P3MA 5P43A 3WZ8A 1GKTA 1XS7D 4EQ0A 5P8VA 5P5JA 4I0FA 4DJPA 1PPME 4M8XA 2G27A 4B05A 3VV8A 3R4BA 5P2FA 3PWWA 5J25A 2ER6E 3ECGA 5P5PA 5P8LA 3K4VA 3K5CA 4PEPA 4ZPFA 5P4VA 4ZLSA 5P44A 3CMSA 4Y36A 4Y45A 2WF3A 5P47A 4J1KA 3OUDB 3VV6A 4AMTA 1IDAA 4HDPA 2I0AA 5P11A 2NNKA 5OYSA 5P8JA 1C6YA 4FM7A 4J1CA 3OU3A 4D83A 5P51A 3S45A 2ZDZA 3G6ZA 5P7DA 3CIDA 5ENKA 3FNUA 4LAPA 5P1XA 5P6VA 3TKGA 4A6CA 4QGIA 1UH7A 1HRNA 1U8GA 1HVCA 4YBIA 3NSHA 5KAOA 1E80E 5P19A 5P7ZA 1EPNE 2NTRA 4H3IA 2QZLA 3UCBA 1HWRA 4ZSMA 4L1AA 5P17A 5OYZA 2SAMA 4PZWA 1A8KA 4EYRA 5P6RA 3S8IA 3UQUA 2CEJA 2QD6A 4UPJA 2V0ZC 4Y37A 5C9FA 1GNMA 4FIVA 1D4HA 3OU4B 1EC3A 5KQZA 3K1WA 2BBBA 2IDWA 1AIDA 3OXCA 1T7IA 3LZUA 1LS5A 5SY2A 1B5FA 3KDDA 5I3VA 1HTRB 2VA6A 4J5JA 5P74A 2G69A 5OZSA 2FLEA 1HTEA 1FMBA 1HPOA 5P0IA 5P69A 3BHEA 4Y3WA 1DP5A 4RCFA 5SZ9A 3KA2A 5P66A 3HLOA 3FKTA 2QMFA 5P4RA 4YD3A 3M9FA 1MTRA 2FDPA 5IVTA 5P3IA 1BWAA 5P5IA 5P36A 2AVOA 1AJXA 3ZOVA 3BUGA 5P76A 4A6BA 5P2MA 2VJ7A 5BWYA 2ER9E 4LXAA 5P2AA 4NPTA 2I0DA 5P8UA 1C70A 3QVIA 5P6TA 2FS4A 5OYYA 3IXKA 1DPJA 4RYCA 5P5UA 4YD4A 5IVRA 1HVIA 1JLDA 4Y5PA 1BWBA 1SBGA 4HEGA 2PWCA 5P0FA 5P55A 5OZKA 3SM2A 3ST5A 5P5EA 1BDLA 1D4LA 3EM6A 5P2EA 4Y9WA 2QAKA 1D4JA 1G2KA 4Y3PA 5P5OA 3OAGB 1WBKA 3EMYA 4RRSA 4F74A 3U6AA 1Z1RA 4JPCA 3SKGA 5P22A 2OHLA 4I0DA 1GVWA 1ZAPA 3HAUA 5P6NA 4J17A 5P6JA 2Q15A 5HCOA 2P83A 5OZOA 1LYBA 5P4FA 2HB3A 1W51A 5P0MA 2OHUA 3OGPA 3O9LB 2B7ZA 2RSPA 4FE6A 5P0ZA 3HBOA 2HM1A 5P3YA 3FSMA 3NDWA 5P2BA 1YX9A 2P8HA 4GZFA 3PCWA 2HC0A 2OHQA 2IGYA 5P12A 3MXEA 5P0VA 2FGUA 5P1DA 4FS4A 5I3XA 2V10C 2VJ6A 5P4EA 5P7IA 5P04A 4HLAA 1YTGA 3NU3A 3QIHA 3TPPA 4OBJA 3O9HA 5P8AA 1HIVA 2MIPA 1HVJA 4Y5AA 3GI6A 3KN0A 3PHVA 5P2YA 2QNQA 4DJVA 3KDBA 3HD8A 2ANLA 2BPXA 1W5VA 6APRE 3B80A 5P16A 3PSGA 5P4ZA 3APRE 2AVSA 2OHNA 5DR8A 1CPIA 5P2IA 1IIQA 4CPWA 5P63A 3BUHA 4Q1NA 5P87A 3I2LA 5P68A 5P8KA 2PC0A 1OEXA 4APEA 1AVFA 4OC6A 5P2JA 5I3WA 4OBFA 3UHLA 1M4HA 2ER7E 5CONA 2B60A 4NKKA 1MVPA 3UDMA 3PM4A 4I0HA 3T11A 1APUE 2NNPA 3KMYA 5F00A 1A9MA 2JXRA 3LZYA 3SQFA 2IKOA 5KQXA 4ZSRA 5P5FA 4J1IA 2R3WA 4DJRA 4YBFA 3VEUA 5P8RA 3JW2A 3O9IA 5HU1A 5P1OA 5P2QA 5DPZA 2NXDA 3LIQA 4OBDA 4RRNA 2APRA 4QJAA 5P6PA 5P8QA 4Y3DA 4FAFA 2Q54A 3UF3A 1ZP8A 3BVAA 1QDMA 1FG6C 2AOFA 1PPLE 3GI4A 4EQJA 1OHRA 5P7TA 1GNOA 2ZHSA 5P0RA 1QS8A 1ZSFA 2R43A 3QBHA 1HHPA 4OBZA 5AH7A 3ZKNA 4I10A 3OWNA 3L58A 1IBQA 1LZQA 2Z54A 1LF3A 3N3IA 5P5XA 1D4KA 3O9BA 5KR8A 3FNSA 5P88A 4R91A 5AGZA 2UY0A 4Y3TA 1FMUA 5P3VA 2R38A 3S54A 3G72A 3EL9A 4Y5BA 3TTPA 5OZAA 3S56A 3L5DA 5P4IA 4Y58A 2QCIA 1PPKE 5P6HA 1NSOA 2ZHUA 2ZJLA 5HCTA 2OF0A 4Y3MA 4DFGA 5P6WA 1DAZC 4NJTA 2AVVA 3BGBA 3R0YA 5P2VA 2R5QA 4DQCA 3VF3A 3VF5A 3I7EA 4S1GA 1K6CA 3EXOA 5P7PA 3QP0A 2AOCA 3UQPA 4I0ZA 3TPLA 2QMDA 5P1PA 2A1EA 3CKRA 5P0SA 4R92A 3Q6YA 4JOOA 1BV9A 1FQ8A 4EHCA 4ZE6A 1YG9A 3O99A 4D8CA 3FIVA 4I8WA 3URIA 5P70A 1RL8A 3KFSA 1RV7A 1EPQE 5P08A 3EM3A 4CMSA 1D4YA 1ME6A 2P3CA 2Q63A 3GGAA 4NJUA 5P5GA 3HVPA 4B77A 1BV7A 5P7XA 5P09A 3HW1A 1BBSA 3O9GA 4Y35A 5P7BA 1HEGE 1FQ7A 3SM1A 3ZKQA 5P2TA 5E5JA 2IL2A 5P1AA 5P5NA 3DV1A 4Y43A 4Y5KA 3GI5A 1K6TA 4B1EA 2AOEA 4EXGA 5P5QA 3SLZA 4Q5MA 5OZ9A 2VIZA 3LPIA 2WF0A 5P1BA 3FNTA 2ZHRA 2G26A 3T3CA 5P13A 5P30A 5P67A 1YTHA 3VLBA 5CLMA 5P0GA 5P7SA 1KJGA 5P20A 1HVHA 1LYAA 3F9QA 1APTE 4BELA 5ISKA 1HXBA 5IS4A 1SIPA 5OZIA 4OD9B 5HDZA 2PK5A 5P2GA 1K2BA 3RTNA 2Z4OA 4HDBA 2EWYA 4APRE 5OYWA 1IZEA 5P1YA 5P6YA 2G22A 3EKVA 5OZQA 1MESA 5P8CA 3O9EA 1E82E 5DQ5A 1W6IA 4GJDA 4YD7A 3INFA 4YOBA 4H3GA 2QI6A 5OYQA 4E43A 3ZPUA 5P3ZA 5P78A 3SO9A 4CPQA 4Y4GA 3S2OA 3BXRA 1FQ6A 2VNNA 3TNEA 4BEKA 3LHGA 2P3BB 5P6CA 5P1EA 4QJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XYE A;  2FDD A;  2OHM A;  4R95 A;  5P4A A;  4L7G A;  2FGV A;  3IA9 A;  3N4L A;  4NJV A;  5P2R A;  3R0W A;  5P86 A;  4DJO A;  3DJK A;  1B6P A;  4TRY A;  1C6Z A;  4PPH A;  4Y3A A;  5P4U A;  1IVQ A;  1EED P;  4YD5 A;  4BFD A;  1LF4 A;  3K5D A;  4DPF A;  4Q1Y A;  4I8Z A;  4B1C A;  3Q3T A;  5P8B A;  5P6L A;  4I11 A;  2F80 A;  4Z2Z A;  2XFJ A;  2BJU A;  2I4W A;  1GNN A;  4RCE A;  5P27 A;  3URL A;  3PB5 A;  4YE3 A;  4YCK A;  2JJJ A;  1SDU A;  5P1G A;  1G35 A;  5P3X A;  5P71 A;  3OAG A;  3UDP A;  5P18 A;  3OQF A;  5P0H A;  5OZG A;  2PWR A;  5HE7 A;  5ENM A;  3VFA A;  1G0V A;  2JE4 A;  1ZTZ A;  2HAH A;  5OZ1 A;  3ZL7 A;  1BVE A;  3LIV A;  3GGV A;  5P1W A;  3QN8 A;  4D85 A;  2F3F A;  3SAC A;  5P6E A;  5P7Q A;  5DQ1 A;  3TOF A;  4FCO A;  3LIN A;  2R9B A;  3O9L A;  3PI5 A;  1QBT A;  5DR4 A;  4RYG A;  3RSX A;  5P8H A;  5P62 A;  2V11 C;  3LNK A;  1MIQ A;  3BGC A;  5P56 A;  2H6S A;  5P4N A;  3NXE A;  2QHC A;  5P64 A;  5OZP A;  5SY3 A;  4AA9 A;  3TLH A;  5P5R A;  4M8Y A;  4TRW A;  3U71 A;  1F7A A;  5P1R A;  5P89 A;  1HPV A;  1FEJ C;  4XX3 A;  1EC0 A;  4K4Q A;  4Y3G A;  5P0B A;  5P06 A;  5OYT A;  2AQU A;  3INH A;  5JOD A;  5OYV A;  3L38 A;  2PMA A;  4YHQ A;  2QMG A;  3UQW A;  1SDT A;  2FDE A;  5AH9 A;  3Q5H A;  1AM5 A;  3PSY A;  4N00 A;  4FSE A;  4Y39 A;  5APR E;  4RRO A;  2NXL A;  3APP A;  3DV5 A;  3DUY A;  2VS2 A;  4XXS A;  3CYW A;  4YDG A;  1XN2 A;  5UPJ A;  2PSV A;  3KMX A;  5AHA A;  5P03 A;  1B6J A;  3HAW A;  5C9D A;  5P0L A;  5OZZ A;  3NUO A;  2WL0 A;  1MET A;  5P05 A;  2REN A;  1MRW A;  4DI2 A;  4K8S A;  5IVQ A;  5P5T A;  5P83 A;  4WY1 A;  3ER5 E;  1XL2 A;  1A94 A;  3CIB A;  5OZF A;  5P0O A;  1XE5 A;  2BPZ A;  3IXJ A;  3BC4 A;  4DV9 A;  4I0G A;  4RLD A;  4ZPG A;  3U7S A;  1EPO E;  5P4Q A;  1B6L A;  4Y3N A;  3VYF A;  3T7Q A;  5JFU A;  5P8F A;  5DQC A;  2UPJ A;  2OHS A;  4Y3Q A;  1E5O E;  1GVT A;  5P5M A;  5KR2 A;  2F8G A;  1ODX A;  3NU5 A;  4F76 A;  3VUC A;  1PSO E;  3OK9 A;  4Y4Z A;  5P57 A;  4EJD A;  4Z4X A;  1BIL A;  2QD7 A;  5P3R A;  5P07 A;  4U7V A;  4I0E A;  3ZLQ A;  5P25 A;  3S7M A; 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 2OAH A;  3L3A A;  5P1I A;  5P7M A;  5P7N A;  2VIE A;  4CPU A;  4AUC A;  1HSG A;  5KOQ A;  3LZV A;  3INE A;  2CEM A;  5P7O A;  4QLH A;  3K5G A;  4R8Y A;  1ER8 E;  1W5Y A;  1DIF A;  3T7P A;  1B6M A;  1IVP A;  5P8I A;  1SGZ A;  2I4Q A;  3OUA A;  4Y53 A;  3NU6 A;  4TVH A;  1MT9 A;  5P8P A;  4Y4U A;  3KDC A;  4GJ5 A;  2G94 A;  1HPS A;  3L5F A;  5P1Q A;  1ZSR A;  1BIM A;  1DW6 C;  3S85 A;  3NU9 A;  1EC1 A;  1WBM A;  4FM8 A;  2IRZ A;  2WEB A;  2ZHV A;  4Y4D A;  3EKY A;  4B1D A;  4OBK A;  3LZS A;  3PRS A;  3EL1 A;  5P0W A;  5HD0 A;  4H1E A;  4PYV A;  5P8N A;  1ODY A;  3KF0 A;  1IZH A;  4FL8 A;  3VG1 A;  2R8N A;  5P6S A;  2QNP A;  5P2O A;  4FAE A;  1UPJ A;  1IZD A;  3TKW A;  4DJQ A;  4X7I A;  2O4S A;  5P5A A;  2AOI A;  1B11 A;  3QI1 A;  3R2F A;  5P1V A;  3UPJ A;  5AHC A;  5P2N A;  4QJ9 A;  4Y5N A;  4J1F A;  1N49 A;  5P6D A;  1EBK C;  5P23 A;  3OHH A;  3EL0 A;  2ZE1 A;  5OZ8 A;  2V13 A;  2RMP A;  5P73 A;  5KOS A;  4Y4X A;  3VV7 A;  5I3Y A;  1NPW A;  2WEA A;  4L7J A;  4CPR A;  1ODW A;  2IEO A;  4ER2 E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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