3QRSA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrsA00
2HB3A 3T11A 2QMPA 2HB2A 4RCDA 3MSKA 2P83A 5P2QA 5P6UA 5P1OA 5KOQA 5P38A 1META 3LHGA 2G1NA 5P5LA 4GJBA 5P0NA 3UQXA 5HE5A 2IDWA 3EM6A 3LZYA 4DQEA 3MXDA 3PI5A 5OZNA 4Y3EA 5P29A 2JJIA 2BB9A 1ODXA 1PSNA 5P5CA 3HBOA 1HOSA 3EKWA 1FIVA 3PMYA 2Q63A 5OYTA 4D85A 2B8VA 2OAHA 4Y3YA 5P2RA 5P5GA 2QNNA 3NU4A 1DAZC 3S53A 3WZ7A 4LXKA 4Y3LA 5P7MA 3CIDA 5P3RA 4EQJA 5P6BA 4HZTA 3QBHA 2P3BA 4Y5LA 4Y6MA 4FM6A 5P4IA 5OZBA 5P6TA 3SFCA 4Y3RA 5P2VA 5P2GA 5P2ZA 2G21A 1Q9PA 2RENA 3LIYA 1PPKE 1HVJA 4I0ZA 3SKFA 1ZPAA 5P4MA 3KDCA 3DUYA 3LIVA 1C6YA 4DJPA 1LYWA 1EPLE 2F3KA 4JPEA 4B77A 3TPPA 5P19A 1BDRA 5P53A 1MSNA 4EQ0A 4NJSA 4YCYA 1OHRA 4LAPA 3CICA 2QI1A 4FM8A 4EYRA 3S54A 1FFIC 3OQ7A 4FSEA 5DQ4A 2OHKA 2PWCA 4K8SA 4J0ZA 4XXSA 2ER9E 2OHSA 3GGXA 4AZYA 5P82A 1SDUA 3GGUA 1MEUA 3LIQA 3Q4BA 2NXMA 1FQ4A 5P4AA 4DQBA 3LIXA 2VIYA 5P57A 5P3JA 5P49A 2ER7E 5HDXA 2WEZA 1D4LA 3RTHA 2OHNA 1LYBB 2R3TA 4D88A 3S2OA 3LZUA 5DQ2A 5P0XA 1FQ8A 1IDAA 5P6RA 1GVWA 3OQDA 4I12A 5P0UA 2QI6A 5P7XA 3I6OA 1K6VA 5P3AA 3EKQA 3CIBA 4J0PA 4YBFA 5P89A 2G69A 3SQFA 1E5OE 1FB7A 2AIDA 4Y3TA 5OZEA 2AODA 4Y5GA 1Z1RA 2VA6A 3PI0A 5DR0A 3TLHA 5OYUA 3VV7A 1A8KA 4TVHA 4LHHA 3PCWA 5PEPA 3PVKA 3OU1A 5P5SA 2VA7A 2AZBA 2UY0A 3DV5A 2FMBA 2B60A 2OHTA 5P8EA 1GVXA 1MT8A 2QNQA 5E5KA 1BV9A 1MVPA 2PYNA 4Y4UA 4FLGA 3VYDA 3JW2A 5P40A 2FXDA 3OXXA 5P4QA 2ER0E 3ZPSA 5P06A 3JVWA 1TSQA 4ZSPA 4PHVA 2P3BB 5HVPA 1U8GA 5OYYA 1HVRA 3K5GA 4L7GA 3L58A 2AOCA 2PH6A 3O9GA 3PJ6A 1G0VA 3T7PA 5P3MA 5P00A 5P7SA 2BJUA 3EKPA 4CPSA 3B80A 5P7QA 3VCMA 3BXSA 3OXVA 1QBUA 5P5FA 1HIIA 5P1MA 5P3XA 1K1UA 1NH0A 4OD9B 4AMTA 4Y43A 5JODA 5OZ6A 1QDMA 1MIQA 4H3IA 4TRZA 1ZP8A 1EPPE 4Q1NA 3KFNA 3OGQA 5OZ7A 5P8RA 1C6ZA 5P6IA 5P71A 5P1KA 3VSXA 4U7QA 2NXLA 5P3EA 5P7HA 3VF5A 4I0DA 5I3YA 5P09A 5P6SA 4OBDA 2IRZA 3AIDA 1EPQE 5P1FA 5P3LA 4PPHA 4Y57A 1W6IA 4GJ6A 3O9LA 5P88A 2FIVA 3EKYA 4R92A 2FNTA 5P61A 5P2JA 3MSLA 4QJ6A 5P6PA 5P8AA 1SMRA 3K1WA 2ZJMA 5P0FA 2IGXA 1ZSRA 3MXEA 4X2LA 5P1VA 4AA9A 5P3PA 3ECGA 4YDGA 5P03A 1HTGA 5P86A 1B6PA 5P4FA 4GYEA 4I0EA 5P6HA 4Y56A 5P0MA 1CMSA 3BXRA 2VNMA 3OXWA 1EBYA 3UDQA 4WY6A 5P3OA 5P8UA 2BPYA 4X7IA 2QD7A 4DI2A 1RQ9A 1K1TA 3PWWA 3OQAA 5IS4A 1W6HA 4I8ZA 3BGCA 5E5JA 1PSAA 2BQVA 3SA5A 2WJOA 1G35A 2IEOA 3PSYA 5P8JA 5P8MA 5P6XA 1E82E 3FNTA 1PFZA 4J54A 5P16A 5P7VA 3IXJA 5ISJA 4Y39A 1MUIA 3OGPA 3L59A 5F01A 5P46A 4HDPA 4F74A 4ZPEA 1T7KA 1BWAA 2ZJLA 4ACUA 4L6BA 3OUCA 5P4SA 4Y5CA 4JPCA 5HU1A 2NNPA 4EJDA 5P44A 3O9EA 5P5PA 1FFFC 4DV9A 4YD7A 4BFBA 1T6EX 2I1AA 5SZ9A 4ZIPA 4YD5A 1A9MA 4OC6A 3UPJA 5P7FA 7HVPA 3ER3E 5P69A 3DM6A 1EBKC 5P6GA 5P2BA 1KJFA 2XFJA 3OQKA 5IVQA 5P5ZA 1XS7D 2V00A 3NU9A 2I4VA 5OZJA 1TCXA 3OU4A 4Z2ZA 4F75A 2JE4A 1YTJA 2JYSA 2ZHVA 3RSXA 1FMBA 3S7MA 4Y37A 5P2OA 3G6ZA 4B00A 2H6SA 5P81A 1B6LA 4YOAA 4RRNA 4L1AA 5P6VA 5P3SA 4EP3A 2VKMA 3EKVA 3UFNA 3NWXA 5P78A 2R43A 1RNEA 3O9LB 5OZDA 3PSUA 5COPA 4Y5PA 5P01A 4Y4AA 3N4LA 4I0JA 4DJOA 1D4KA 3EL5A 5OZGA 4YD4A 1LEEA 1FLHA 3QROA 3EM3A 5KR8A 2FDPA 4OBZA 5P7JA 3HVPA 1DW6C 1D4HA 2ZJNA 3HVGA 4MC9A 2VIEA 3URLA 2ZHTA 3PMUA 3KFPA 3RSVA 1HSGA 1GNNA 1YT9A 5P4JA 4YCTA 4EHCA 2QZXA 3IVIA 2NMZA 2I4UA 2WF3A 5P45A 1PPLE 4DJVA 1FGCC 4GJ5A 4IVTA 4I10A 4MC6A 5P2SA 2RKFA 5P80A 1FG8C 4U7VA 2WKZA 4MC1A 2ZHUA 1WBKA 4Y3SA 5ER1E 4XX4A 5P28A 1M43A 4EJ8A 4FRSA 5OYSA 3TOGA 6APRE 2B8LA 4HA5A 2RMPA 4Y4EA 5OZOA 5P15A 5P1GA 4FGXA 3DCRA 3AUPA 4QJ7A 5OZ9A 1HIVA 1IDBA 1FQ5A 3FNSA 1A8GA 3GI5A 4GIDA 2I0AA 1XL5A 5OYRA 5CONA 3I25A 4PEPA 4Y3FA 5P7BA 3QIHA 5P3IA 4Z4XA 4BFDA 3EL1A 5AH8A 5P6OA 5AH7A 3HLOA 3Q5HA 3PBDA 3KT2A 4ACXA 4ER4E 2NNKA 2BPVA 5P5WA 3UDRA 1AVFA 5P5DA 3URIA 5P7DA 1QBTA 2O40A 5P64A 3D91A 2UXZA 1ZTZA 4J5JA 2WF1A 5P0CA 8HVPA 4Y4ZA 5JFUA 2BPWA 3OU4B 1ENTE 2V0ZC 1SP5A 4Y5EA 4PZWA 4ER2E 3D1ZA 2APRA 1YG9A 1AIDA 3I8WA 5DR3A 3DOXA 4Y50A 1SDTA 2VJ9A 5P5HA 5P3BA 2B7FA 4ZE6A 3MWSA 5P8DA 4YA8A 4FL8A 4Y5AA 3KDDA 4Y3AA 1MT7A 4L1AB 1K6TA 5KAOA 5P50A 5P67A 5P1QA 3CKTA 4FCOA 3UQPA 1LYAB 2B7ZA 5ENMA 5P4OA 5P08A 5UPJA 5P6JA 5OZ4A 3VLBA 1EC2A 1SH9A 3IAWA 5OZAA 1UH8A 1EC1A 3OTSA 3BRAA 4Y4DA 3NUJA 3INDA 3NDTA 4LXAA 1ZBGA 2SAMA 3H0BA 5OZQA 5P79A 4GMIA 2IKOA 5P02A 3OUDB 4BELA 3CKRA 5P59A 2ZDZA 5P6AA 4D83A 3BGBA 3ZPTA 3PB5A 3S43B 2PMAA 4Y51A 3TL9A 3BC4A 1VIKA 3DJKA 5P11A 1ZSFA 1MT9A 1F7AA 4Y36A 4Z22A 5P8GA 4Y5MA 5P3TA 4ZEAA 3GW5A 4QGIA 1MESA 4TRWA 3EM4A 2R5PA 2VJ7A 5P74A 5OZHA 3T7XA 3IN3A 5P4TA 5COKA 3NU5A 1QBSA 4ZSMA 3O9BA 3URJA 5C9BA 5P0YA 3H5BA 2QAKA 5P2DA 5P5MA 5IE1A 4QJAA 1B5FB 4DQGA 1HRNA 4Y4WA 1XN2A 3EC0A 2G20A 3FKTA 1HVKA 4AUCA 1GVUA 4NPUA 2OHRA 2G1OA 3OUBA 5C9FA 3UDNA 4DPIA 3ZKQA 5P0TA 5P5UA 1NSOA 4H1EA 4LBTA 4CPQA 5P65A 1G6LA 4RYGA 2QZLA 5OZLA 1AAQA 3OHFA 2Z4OA 5P6EA 1HVSA 3HD8A 5P8BA 5DQ1A 5F00A 1HVCA 1W5YA 3K5CA 5I70A 5P4ZA 4J1IA 1YTIA 5AHCA 1IZDA 4CPUA 5DR8A 5P0HA 2RKGA 4EJKA 5P1DA 3T7QA 4J55A 5P83A 2QMDA 2CEJA 5P3UA 2G1SA 2G94A 4UPJA 4Y9WA 1T7IA 5P1UA 4Y4BA 5P4UA 5P2CA 5P8QA 6UPJA 3O9AA 2AVSA 5P3GA 4GJ7A 5P6FA 3EL9A 3TOHA 2AOJA 3JVYA 3B7VA 3NU3A 2H6TA 4RGHA 4XX3A 2ASIA 3VF3A 5P2AA 2AOEA 4Q1WA 4RYCA 4Y35A 5P72A 5P0PA 2QU3A 4Y4JA 5P1EA 5AHAA 1Z1HA 2O4NA 4Q5MA 1C6XA 5P2TA 1MTRA 5P87A 5OYQA 5P4XA 1K2CA 3O9IA 3R4BA 3OQFA 4OBKA 5P4PA 3UDHA 2HPFA 3NXEA 4YD6A 4DJRA 3ZL7A 5OZFA 2O4PA 4J1CA 3KA2A 2QHCA 5OZ1A 1SBGA 1HVLA 2HC0A 3KMYA 5OZ2A 5KOSA 4H3GA 3UTLA 5OZPA 4RZ1A 4Y54A 3UCBA 2R8NA 1G2KA 5P3VA 5P0BA 1HTRB 3PEPA 5P1BA 3VV8A 2IS0A 2QK5A 2PYMA 5P8CA 5P85A 5P7YA 4PZXA 1M4HA 4QJ8A 5P7CA 1BILA 4RVIA 3APPA 2VNNA 2XFKA 3PSGA 1EPOE 3GI4A 2V12C 2CEMA 1GVVA 1MPPA 2AQUA 4H3JA 3CKPA 4WY1A 3TNEA 3R2FA 4APEA 2R9BA 3L5BA 4J0VA 2O4LA 5P1WA 5P5TA 4DQFA 1KJGA 2PWRA 5KR2A 1LYWB 3OU3A 5P35A 5KQFA 3U71A 1BXOA 4PYVA 2VS2A 4R95A 5P6MA 1KJ7A 3INFA 1W5VA 3R0YA 1HPOA 3PLLA 5P26A 4A4QA 5P5XA 1AJXA 5P4LA 2F80A 3SM1A 5P33A 3KFRA 5P0QA 1EPNE 5P14A 5P7GA 1K6PA 1RPIA 2P3AA 1KJHA 1OEWA 1ZAPA 3IN4A 3G72A 1SDVA 5P8OA 1APTE 1J71A 4RCEA 3QBFA 5P0AA 3TPLA 5P1LA 3VYEA 2ZYEA 5OZVA 3CYWA 1IVQA 1DMPA 3NR6A 3EMYA 1HBVA 4I0IA 5OZIA 5P0IA 2V13A 1LF3A 3TPJA 4DUSA 3OAGA 5P76A 3LIZA 5OYWA 5I3VA 1MERA 4YHQA 5JG1A 1FKNA 3UDJA 4MC2A 2QMFA 5OZUA 4F76A 3UFLA 3BUHA 5P17A 2FDEA 3GI6A 5P39A 4B1EA 4HE9A 3PLDA 4ZLSA 1FG6C 3D1XA 1B6MA 1XDHA 3QAAA 3KF0A 2P3CA 4FS4A 3DK1A 4Y41A 1HHPA 2XFIA 2B42A 5P2HA 5P7UA 5OYZA 2V10C 3UDKA 4JOOA 5P2MA 2BKSA 3OADA 5P55A 5P3ZA 5P20A 5P7PA 5P51A 4IVSA 4JP9A 4NJUA 5P1XA 5P6DA 4L7HA 5BS4A 2AOFA 2HIZA 3OU1B 5P73A 1FF0C 2PK5A 2OHUA 3QVIA 4LP9A 4ZPFA 5P56A 3IXKA 2QI3A 4KE1A 2WECA 5P42A 2R3WA 4KE0A 2ZHSA 5P05A 3TKWA 2Q55A 4HDFA 4AA8A 1T6GA 4ZSRA 5P0VA 5OZXA 2XYFA 1E80E 2I4QA 2ZHRA 2I4DA 2AVOA 5P5EA 1WBMA 3L5DA 1K6CA 3HZCA 4Y3PA 1SMEA 5P3YA 3CYXA 3K4VC 5P34A 2VA5A 3SABA 2F8GA 3ZKMA 3NDWA 3NWQA 5OZ0A 3QN8A 4YE3A 2AOIA 1IIQA 5P7LA 5P4BA 4J1FA 1M0BA 5P5YA 5P7EA 2J9JA 4I11A 1AXAA 3PBZA 5P8NA 3OHHA 5P5AA 3PCZA 5P0RA 5P70A 3TPRA 5P0EA 5P1TA 4Y5NA 5P30A 1DPJA 4QJ2A 4TVGA 5P5NA 1KJ4A 5P04A 6FIVA 1BV7A 4CPXA 4GJAA 5P3WA 3TTPA 3D20A 5P5VA 5P43A 2G27A 5HU0A 3L5EA 5P2WA 1ER8E 1XE5A 4M8XA 5P1RA 4FAEA 5OZ5A 1W51A 3SA4A 5ISKA 5P6QA 4HDBA 2P4JA 3OAGB 4D89A 4Y3XA 1EC0A 3UDPA 3UF3A 5OZKA 3WB5A 3M9FA 2IL2A 1SIVA 2A1EA 3ZKSA 3NDUA 2WEAA 4DFGA 2AZCA 1BDQA 5P8FA 5IVRA 5DR7A 5P4KA 4B72A 5P4NA 3SPKA 5P48A 4LL3A 2Q3KA 4J1KA 1TZSA 3PM4A 4EWOA 5P6KA 3ZKIA 4FSLA 1HEGE 4NJVA 1NPVA 5P0SA 1TQFA 2HM1A 4Y3MA 4H3FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HB3 A;  3T11 A;  2QMP A;  2HB2 A;  4RCD A;  3MSK A;  2P83 A;  5P2Q A;  5P6U A;  5P1O A;  5KOQ A;  5P38 A;  1MET A;  3LHG A;  2G1N A;  5P5L A;  4GJB A;  5P0N A;  3UQX A;  5HE5 A;  2IDW A;  3EM6 A;  3LZY A;  4DQE A;  3MXD A;  3PI5 A;  5OZN A;  4Y3E A;  5P29 A;  2JJI A;  2BB9 A;  1ODX A;  1PSN A;  5P5C A;  3HBO A;  1HOS A;  3EKW A;  1FIV A;  3PMY A;  2Q63 A;  5OYT A;  4D85 A;  2B8V A;  2OAH A;  4Y3Y A;  5P2R A;  5P5G A;  2QNN A;  3NU4 A;  1DAZ C;  3S53 A;  3WZ7 A;  4LXK A;  4Y3L A;  5P7M A;  3CID A;  5P3R A;  4EQJ A;  5P6B A;  4HZT A;  3QBH A;  2P3B A;  4Y5L A;  4Y6M A;  4FM6 A;  5P4I A;  5OZB A;  5P6T A;  3SFC A;  4Y3R A;  5P2V A;  5P2G A;  5P2Z A;  2G21 A;  1Q9P A;  2REN A;  3LIY A;  1PPK E;  1HVJ A;  4I0Z A;  3SKF A;  1ZPA A;  5P4M A;  3KDC A;  3DUY A;  3LIV A;  1C6Y A;  4DJP A;  1LYW A;  1EPL E;  2F3K A;  4JPE A;  4B77 A;  3TPP A;  5P19 A;  1BDR A;  5P53 A;  1MSN A;  4EQ0 A;  4NJS A;  4YCY A;  1OHR A;  4LAP A;  3CIC A;  2QI1 A;  4FM8 A;  4EYR A;  3S54 A;  1FFI C;  3OQ7 A;  4FSE A;  5DQ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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