3QRVA

Crystal structure of plasmepsin i (pmi) from plasmodium falciparum
Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
AGDSVTLNDVANVMYYGEAQIGDNKQKFAFIFDTGSANLWVPSAQCNTIGCKTKNLYDSNKSKTYEKDGTKVEGTVSGFFSKDIVTIANLSFPYKFIEVTDTNGFEPAYTLGQFDGIVGLGWKDLSIGSVDPVVVELKNQNKIEQAVFTFYLPFDDKHKGYLTIGGIEDRFYEGQLTYEKLNHDLYWQVDLDLHFGNLTVEKATAIVDSGTSSITAPTEFLNKFFEGLDVVKIPFLPLYITTCNNPKLPTLEFRSATNVYTLEPEYYLQQIFDFGISLCMVSIIPVDLNKNTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHTVGFALAKKKL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (2-9)TI10 (158-161)S2 (13-20)TI'1 (9-12)S22 (298-301)S6 (80-91)TI1 (21-24)3H1 (58-60)S3 (25-32)TI9 (112-115)S13 (205-214)TI2 (32-35)S8 (119-122)S4 (38-41)3H2 (126-128)TI3 (42-45)O2 (45-50)TIV1 (47-50)S7 (94-107)TIV2 (48-51)TIV6 (107-109)TI8 (111-114)S5 (65-71)TI6 (61-64)TIV3 (72-80)TIV4 (90-93)TII2 (129-132)S23 (309-314)AH1 (136-143)TIV9 (144-147)S10 (163-167)AH3 (303-308)O1 (148-150)S9 (150-154)S24 (319-325)TIV10 (166-169)TIV11 (171-174)TI16 (315-318)S11 (175-183)TI15 (314-317)TI13 (251-255)TVIII1 (184-187)S12 (191-199)TII'1 (199-205)TIV15 (292-298)TI12 (215-218)S20 (281-284)S14 (221-223)AH2 (225-232)TII3 (232-235)S15 (238-239)S16 (245-248)TII4 (240-243)TIV14 (279-279)S19 (275-278)S18 (266-269)TIV13 (248-251)TI14 (262-265)S17 (258-261)O3 (249-282)TII1 (8-11)S21 (286-288)3H3 (271-273)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
publication title Crystal structures of the free and inhibited forms of plasmepsin I (PMI) from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-1
total genus 75
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.38: Plasmepsin I.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrvA01
4Y5KA 4J17A 2WF2A 5FIVA 1T7KA 4M8XA 5HDUA 5P63A 2QI7A 1C6XA 3SKGA 2XFKA 5E5KA 1ODWA 5P4FA 4D83A 3I7EA 2NXDA 5P28A 1QBTA 5P86A 3URIA 5P11A 5HU1A 3OQKA 2AZ9A 3GI0A 4QLHA 1ZTZA 1CZIE 4JPEA 1F7AA 4Y3TA 3Q6YA 5P36A 3HZCA 2AIDA 4APEA 2PWCA 2AODA 4J1CA 3ZL7A 2JJJA 5OYQA 3EKXA 1ODXA 5P0IA 2AOHA 5P25A 5IVTA 3NU6A 2QI6A 5DQ4A 5P41A 5P52A 1GVWA 5P1KA 5P7VA 2VNMA 4U7QA 2VIEA 3GW5A 3VLAA 3L5BA 5P7IA 5P5CA 5P0OA 4Y9WA 1HVRA 5P7EA 5P7PA 5P8DA 3PLLA 1BWAA 3KDCA 2BQVA 3VCMA 4DUSA 5P44A 3EM4A 2ER7E 4I0DA 2AVQA 5P6ZA 3KM4A 3UDRA 2OAHA 4H3JA 4HE9A 2J9KA 2R3WA 1HTGA 5I3WA 5IE1A 2G1OA 2IL2A 3AUPA 2VIJA 5P8BA 5F01A 5OYTA 4RLDA 1HVJA 3UDKA 3C9XA 4GZFA 1M0BA 4J1HA 4H1EA 3UFLA 2BKSA 4EJKA 1C70A 3QROA 5P1IA 5P0BA 2NNPA 5P2BA 2OHLA 5P1XA 4MC6A 2A1EA 5OZ1A 1APUE 2UY0A 4OBFA 5P1WA 5P7SA 4CPRA 5P3KA 4ER2E 3VFBA 4Y5NA 1UPJA 3OUBA 1PPKE 3VF7A 2VJ7A 5P80A 1SBGA 3RTNA 3AIDA 4GJBA 1GNMA 5OYXA 5P6FA 3UQUA 2I4QA 5P6WA 5P62A 3Q70A 3PRSA 1YTHA 2P8HA 4X2LA 5P56A 1RNEA 3QRVA 4J1FA 5P2QA 3GGVA 5OZJA 4GJ6A 1FKNA 1WBKA 1ER8E 5P16A 2J9JA 5P3EA 2NMZA 5P0ZA 2OHPA 4OBZA 3HBOA 1HSHA 4ZPFA 5P66A 3KFNA 4GJ9A 5P2KA 5P6LA 1GNNA 5P1RA 8HVPA 4RVJA 2ER0E 1E82E 5P0MA 1ZSFA 4I0GA 5EZXA 4EXHA 5ER1E 4LBTA 2PMAA 5IVRA 2R43A 5P0RA 3CIDA 4ZIPA 2QI4A 2V10C 5P5HA 1LS5A 1BVGA 4GJDA 5P43A 3S43B 4TRWA 5OZ8A 3QRSA 4Y3XA 5P82A 5P02A 3IVIA 4DJPA 2PK5A 5P5VA 4AA8A 3H0BA 4XX4A 3D91A 4DQFA 5P0FA 2FNTA 5OZBA 5P14A 3EKTA 3SM2A 1QBUA 1HVCA 5P79A 3QBFA 3QVCA 3RSXA 5P3FA 4Y5MA 5P6XA 1M43A 2P3CA 5AH7A 5OZVA 5F00A 4Q1YA 5OYSA 3D3TA 2WF3A 5APRE 2QHZA 1QDMA 5P4RA 3INDA 4Y58A 2VKMA 3NDWA 1T7JA 2F8GA 1IZEA 4X7IA 2HPEA 3PGIA 3WZ7A 2B8VA 4DJYA 5P30A 5OZIA 4CPQA 2VIZA 4Y3GA 1EBZA 3DK1A 4J55A 3ECGA 4J0VA 5OZ9A 5P38A 5P51A 4CP7A 2Z4OA 5KQFA 4GMIA 1MIQA 3LIXA 3UDHA 1HVLA 3IVHA 4KE0A 5P6QA 5P46A 1SDVA 2QU3A 3BVAA 4FM6A 4QJ9A 2IENA 1MUIA 5P4PA 3DV5A 3ZKIA 1HXBA 5AGZA 4FRSA 4Y5CA 1B6LA 4BELA 4DQCA 3LPKA 5P8JA 4EHCA 1EPQE 1EAGA 2FIVA 3PHVA 3QS1A 1ENTE 1ZPKA 4CPUA 3QN8A 5P77A 1MT7A 1BV9A 1GVTA 3B80A 5IVSA 5P5XA 5HU0A 5P5FA 1AIDA 1ZBGA 1SGUA 4Q1XA 1BDRA 5OYZA 1B6MA 1HVIA 3MSJA 1PSOE 4I8ZA 4Y47A 3NDTA 3FV3A 2Q11A 5COKA 4DI2A 3DUYA 4ACXA 3CYXA 5P5GA 3SO9A 3NWQA 3S45A 3IGBA 3L5EA 3EKPA 1XL5A 5P0CA 5BWYA 3SAAA 1HSIA 3NDXA 2PWRA 3EM6A 1IBQA 1B6KA 5ENMA 4ER4E 2IKOA 4I10A 4RZ1A 4YD6A 1B6JA 2FS4A 1HIVA 5P45A 1IDBA 3LZVA 2HB4A 5P5OA 4Y5GA 3EMYA 4HDFA 4K4RA 2P3BA 3PI5A 5P29A 2V16C 5P7YA 1NSOA 5JODA 1FQ8A 3NUOA 5P8VA 5OZFA 5P4CA 1FQ4A 3U6AA 3DJKA 5DGUA 1FB7A 3IXOA 3NSHA 2I0AA 1KJ4A 3WSJA 5P1VA 2NMYA 1DPJA 1EPNE 5OZCA 2FDEA 2QZLA 1HRNA 5OZSA 7UPJA 5DQ5A 1K1TA 1HVHA 4ZSRA 1OEWA 3LIQA 3NR6A 2AOFA 3R0WA 2BPVA 3R2FA 5P3QA 5P4XA 5OYUA 2BPZA 1WKRA 5E5JA 5P74A 5P1NA 2PSGA 2ZJLA 3ER5E 4YD3A 2MIPA 3PSGA 1FFFC 4BFDA 5P1YA 4XX3A 3SM1A 2IGXA 3KMXA 5P5BA 1BBSA 5OZ5A 4J0YA 2B60A 3VFAA 2G94A 3PWRA 5P3GA 5P60A 1DMPA 4FCOA 4EXGA 3HVPA 2G69A 5J25A 3DCRA 4GIDA 5P57A 3S85A 2WL0A 5P04A 3SA4A 5P3LA 5P7GA 1K6VA 2Q15A 2VA6A 3QIHA 4ZSQA 9HVPA 3OU1A 2QI5A 3EKQA 1W5VA 3NXNA 3BXSA 4J1KA 3OQFA 4HZTA 3WZ6A 1K6CA 1W51A 5OZOA 4K9HA 3SA7A 1W6IA 5JFPA 5UPJA 5P0PA 5OZQA 1SIVA 4J0PA 1LYBA 2G24A 4PEPA 2RMPA 5P6CA 4I8WA 4Y36A 3DOXA 1NPAA 3Q3TA 4YCKA 1LV1A 4YOBA 4OBHA 5P5AA 3LIZA 1ZPAA 1W6HA 4LC7A 1IZIA 4PHVA 5P70A 1SGZA 2ZHUA 4I12A 2NPHA 2P4JA 5P4JA 4ZSMA 4DQBA 1JLDA 4JP9A 5P8UA 5PEPA 3CKRA 1XN2A 5P8KA 1T7IA 3IAWA 4OC6A 2WF4A 5P87A 1RV7A 4EP2A 2F3FA 1KJ7A 3BUHA 5P2EA 7HVPA 2FDPA 5P6TA 3QPJA 4YCYA 4YE3A 5COOA 3NU3A 5P3CA 3PSYA 4Z2ZA 2I4UA 2HB3A 5P5JA 3SA9A 1TW7A 4F75A 1D4KA 2FXDA 3S8IA 5P3JA 3I25A 4FRJA 5P1QA 1A8KA 1HSGA 5P89A 2JYSA 5P83A 4GJCA 4Y5AA 5P42A 3SKFA 1BWBA 2QCIA 5P6MA 5P3DA 3T7XA 1PPME 2ZJMA 1SDTA 3BUGA 2HS2A 1XE6A 5P19A 4DJOA 5P2NA 2JJIA 3LZYA 1XL2A 1CPIA 5P1DA 2P3BB 5P64A 2IS0A 5P1OA 3UDNA 5P0HA 2AZBA 5P5QA 4DPIA 5SY2A 3ZMGA 4CPXA 1UH9A 3IN4A 3QVIA 4Y44A 5P8LA 5HCTA 2QD8A 3EL9A 1G35A 5DQ1A 1BILA 3LZSA 2QHCA 5OZWA 2ER9E 2I1AA 3ZPTA 3KDDA 5P0GA 2G1RA 5P0QA 5P2GA 3Q5HA 4F73A 1XN3A 3SA6A 5DR1A 3OK9A 5P76A 1FFIC 2UXZA 3L5CA 2V00A 4RCEA 2NXMA 5P8GA 4I1CA 4Q5MA 1RQ9A 4Y3FA 2G20A 2O4NA 1FQXA 3HD8A 5P5KA 3L58A 5P50A 5P7MA 3S2OA 3O9BA 5P2CA 5HDVA 2G22A 4JECA 5SXNA 2FLEA 1MVPA 4GJ8A 2AVMA 4NJUA 5P5IA 3VYDA 3WZ8A 5P17A 3PCZA 2G1SA 5BRYA 4R8YA 5P1SA 5P0NA 3OUAA 3FIVA 3LIYA 4WTUA 4DJQA 4WY6A 5P0DA 4A6CA 1NPVA 1SMEA 4LP9A 3JVWA 3VEUA 3VSWA 5P5LA 2FGUA 4Z22A 3NLSA 3T7PA 1HTRB 2B8LA 5P0AA 3QI1A 1ZJ7A 5B18A 3TKWA 4PZXA 4QJAA 3EKWA 5P4BA 5P3OA 3OU1B 1A8GA 4Z50A 1MPPA 3APRE 6APRE 4Y51A 1HPVA 2APRA 5P6OA 3QAAA 5P4IA 3NDUA 2Q54A 1N49A 3I8WA 3OWNA 4QJ6A 2ZJNA 1BXQA 3DV1A 1HVKA 3UTLA 1J71A 5P4VA 1LYBB 4Y54A 3ZPUA 4ZLSA 5P6EA 5BS4A 4PZWA 5DGWA 4Y5PA 5P2IA 5OZ2A 1SDUA 5P81A 5P8RA 4GB2A 5P54A 2P3DA 4EYRA 1YTJA 3RTMA 4LXMA 2PSUA 2VA7A 3H5BA 2PQZA 1APTE 3URLA 1YX9A 4HVPA 5P23A 3LPJA 1C6ZA 4OC6B 1DAZC 2G1YA 3DM6A 3PVKA 5P3PA 3OQAA 1EC1A 3PCWA 2I4XA 3ZPSA 4NPTA 5OZ3A 3ZKGA 5P1FA 3TKGA 3UDJA 4EJDA 4N00A 1QBRA 2O4LA 3ZKQA 2ER6E 5P88A 1HWRA 5P7LA 2WF1A 3K5CA 4YDGA 5P8TA 4FM8A 1B5FA 5P3AA 5P72A 3VYFA 4ZPEA 1EEDP 5P4ZA 1TZSA 1FF0C 4FSLA 1GVVA 2FNSA 3FNUA 1FG8C 1W5XA 3U7SA 2QMFA 4YD7A 5AH9A 1A30A 2G21A 3F9QA 1MTRA 3UHLA 2RKGA 2WF0A 3B7VA 4Y3JA 3ER3E 4F76A 5P7ZA 5SZ9A 2EWYA 5OZEA 5OYVA 2HAHA 5P35A 5AHAA 3OADA 5P8QA 4Y3SA 4Y3QA 5P4EA 2QMPA 1BAIA 5OZTA 5P6AA 3HW1A 1TQFA 5P7QA 3G6ZA 4Y3EA 2G27A 2Q3KA 5OZAA 1HEFE 3MSLA 5P5SA 4RGHA 4B1EA 5P05A 5P07A 3TNEA 2RSPA 5P8AA 4DVFA 1FMBA 5C9BA 4FAFA 4Y4UA 1OD1A 3TL9A 3NWXA 3UDYA 2OHMA 4WY1A 5P0VA 5P6BA 2WHHA 2QD7A 1GKTA 4Y3PA 3BRAA 3ZKMA 5P3YA 4J0ZA 4OD9B 5CONA 5P1UA 4Y41A 5OZGA 1PSAA 1E81E 1IIQA 2ZHTA 4DV9A 5P0LA 3UQWA 3FNSA 2IRZA 4L7GA 5P13A 4APRE 1T3RA 4NPUA 1FG6C 4RCDA 5P1JA 2HS1A 5HDZA 4D88A 1KJHA 3Q4BA 5P3VA 2R5QA 4YA8A 4DJUA 5OZMA 5P3NA 3TPLA 3O9LA 4BFBA 3PSUA 2QAKA 5P00A 3OTSA 3TOFA 3INHA 1AM5A 4R93A 5SY3A 2O40A 1ODYA 2WEAA 1K2CA 2WEBA 2B42A 1BDQA 1FEJC 3OXCA 2AVVA 5KR2A 2OHRA 4YBFA 3PMYA 3EC0A 2BBBA 3ZOVA 3S7MA 2ZHVA 3PLDA 3O9GA 2Z54A 5P53A 5P3ZA 3NU5A 1LYAA 2HIZA 3SABA 4RYCA 3ST5A 3KDBA 1LF4A 2WKZA 5P6PA 2ZJKA 3OQDA 2O4KA 2ZYEA 2ZHRA 2WECA 3L38A 5DQCA 3KMYA 3ZKXA 4DH6A 2AQUA 5P1LA 1B11A 2OHKA 5P33A 4Y38A 2ZE1A 4ZPGA 3T7QA 3OU4A 5P1HA 1Z1HA 4J1EA 5P0XA 5P5UA 1OHRA 2QMDA 2R3TA 5P49A 5P8NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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