3QS1A

Crystal structure of kni-10006 complex of plasmepsin i (pmi) from plasmodium falciparum
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
AGDSVTLNDVANVMYYGEAQIGDNKQKFAFIFDTGSANLWVPSAQCNTIGCKTKNLYDSNKSKTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDIVTIANLSFPYKFIEVTDTNGFEPAYTLGQFDGIVGLGWKDLSIGSVDPVVVELKNQNKIEQAVFTFYLPFDDKHKGYLTIGGIEDRFYEGQLTYEKLNHDLYWQVDLDLHFGNLTVEKATAIVDSGTSSITAPTEFLNKFFEGLDVVKIPFLPLYITTCNNPKLPTLEFRSATNVYTLEPEYYLQQIFDFGISLCMVSIIPVDLNKNTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHTVGFALAKKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the free and inhibited forms of plasmepsin I (PMI) from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
total genus 77
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.38: Plasmepsin I.
pdb deposition date 2011-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qs1A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qs1A01
2OHLA 3SABA 5P7FA 5P7JA 4RVIA 4FM6A 2QMDA 1M4HA 5P1FA 3OU1B 1W5WA 4BELA 2I4VA 5DQ5A 5P8OA 1GKTA 5OZ3A 5COPA 1W6IA 1B11A 4RRNA 4DQEA 2I1AA 3VSWA 6FIVA 5OZYA 4WY6A 4LP9A 2HAHA 4L1AA 5OZMA 5P7WA 2XFKA 5JODA 3TKWA 1SDTA 2Z4OA 2HB2A 3TTPA 3UQWA 3NXNA 4D85A 3CIBA 3TKGA 4I0IA 3CKRA 2Q15A 3VUCA 3ZKXA 4YD3A 2QD7A 4H1EA 3L5EA 2APRA 4JPEA 5P79A 5P6DA 5P1GA 4Q5MA 3HAUA 3OUAA 3KT2A 3HAWA 3UDHA 4CPRA 4ZEAA 1BV9A 1FGCC 2ZJLA 1TSQA 3NU6A 2B7FA 1META 1LYWB 1TSUA 2UY0A 1HIIA 2AZCA 2FIVA 5P2WA 5PEPA 1BWBA 4TRWA 4DUSA 4YA8A 5P50A 1SMEA 1Z1HA 3QIHA 5P5VA 1XN3A 4S1GA 4ZSRA 5P0HA 3GI6A 5P0XA 3VV8A 1IZDA 1W6HA 4Y4WA 5P85A 3KFPA 3OGPA 1TZSA 3O9EA 4J1KA 5F01A 1APTE 4HDBA 5P69A 2QU3A 4Y5PA 1IIQA 5P56A 1MEUA 3T7QA 3PHVA 3WZ6A 1MTBA 2BPXA 5OZPA 4B05A 5ENMA 3NUJA 7UPJA 3EKTA 5P3AA 1EPQE 3PCZA 1GVXA 3PWWA 4ZLSA 3OU4A 4Y45A 2WKZA 2ZE1A 5COKA 5JG1A 1NSOA 3IVHA 2AVQA 5KR0A 5DPZA 1W5XA 3WSJA 3FNUA 4B77A 1F34A 2V16C 1D4IA 5P1AA 2FLEA 5OZUA 5OZ6A 2QHCA 5P7NA 2BKTA 4DVFA 4YOBA 5SY3A 3C9XA 3HZCA 3LPIA 4EQ0A 2CEMA 2IKUA 3KFRA 5P80A 1D4KA 3GW5A 3EKVA 1IDAA 5DQ1A 3VYEA 4MC2A 4RVXA 2QZXA 4Y3JA 5P39A 5P8TA 4Y5GA 4L6BA 4WY1A 5DGWA 4EP3A 3JVYA 2G1RA 4RLDA 5P29A 4EHCA 3BVAA 4NJTA 3OTSA 5P4TA 6UPJA 1IVQA 3DM6A 5OZBA 3VF7A 2P3CA 3VYFA 5I3YA 3DCRA 4Z50A 2H6SA 4H3JA 4FGXA 4UPJA 1QS8A 3QVCA 2QMPA 5P0IA 2JJJA 1ZPKA 3IN3A 5HDXA 4F75A 3APPA 4RCEA 3L5CA 5P1YA 1FMBA 5P8UA 5P33A 5DGUA 3G6ZA 5P5FA 2OHMA 5P2AA 3ZMGA 5HU0A 2AQUA 2F81A 5ISKA 2QHZA 5P34A 3TPPA 3RTMA 3GGVA 3NUOA 5P0ZA 1HPVA 5P6SA 1ZLFA 2QNNA 3O9DA 1OEWA 5P7PA 4K4RA 4NPTA 4L7JA 1KZKA 5OYQA 3SFCA 5HD0A 3D20A 5P5GA 1RV7A 1HIHA 3O9IA 3BUGA 3O9LA 1F7AA 3MXEA 3U71A 3PMYA 5P03A 4Y3EA 3VLBA 5P1MA 1T6EX 1ZSRA 3OUDA 4Y4TA 5P5YA 3WB5A 5P64A 5P19A 3BRAA 5OZ0A 2BBBA 1LF3A 5P6JA 1HVLA 1DIFA 4GJBA 1MPPA 4Y5EA 3B7VA 5P0DA 3D1ZA 1CPIA 1A9MA 3O9HA 4MC9A 5P16A 4GJDA 3PBZA 2ZDZA 4CKUA 5P28A 4TRYA 1DPJA 4OC6A 4GJCA 4EJDA 1MT7A 4CPSA 4HDFA 3R1GB 3I6OA 4Y38A 5P3HA 2P4JA 3EKQA 2QU2A 2AVSA 5E5JA 1GNNA 2OHQA 3OOTA 2IGXA 5P57A 5P37A 1BDLA 5P17A 3CYXA 1T7IA 3BGCA 4K4QA 4I0EA 5P4FA 3CIDA 1HTEA 3KA2A 3UQXA 2R3WA 3PCWA 3N4LA 2QMFA 1A94A 5P3DA 4FE6A 4QLHA 2QI5A 1AXAA 1ZPAA 2PH8A 5P04A 1APVE 5KQFA 3UF3A 1ER8E 1NPWA 5P6VA 4I0FA 4EJLA 3I8WA 1FKNA 2VA7A 4FM8A 5P1PA 1BAIA 5P0BA 2HM1A 4YD4A 1W5YA 5AHBA 5KQXA 1VIJA 5OZGA 5CLMA 3PSUA 3URIA 4MC6A 2WF4A 3PLDA 1XN2A 5P3PA 4FAFA 4DJRA 3SPKA 4Y3PA 4Y36A 2R9BA 2V10C 1K6VA 2G24A 2JJIA 1HEGE 1SIVA 1MTRA 3AIDA 2IRZA 2P3AA 3VSXA 3RTHA 2V12C 3RTNA 3FKTA 4GJ8A 5P6WA 4CPQA 4D83A 3PMUA 4OBGA 2VNMA 3S43B 4OD9A 5HVPA 1CZIE 2ZJJA 4R91A 2IL2A 2PQZA 5P3FA 5P2DA 4Z2ZA 1RPIA 4J1FA 5AH8A 5P4PA 4GMIA 4DJYA 1C6XA 1T7KA 2WEDA 1HPOA 3SKGA 4Y4EA 3VEUA 2XYFA 5P5LA 3VCMA 5P8GA 4ZIPA 3BUFA 4Y3SA 3SA4A 1QBTA 2ZHTA 4BFBA 5OZ2A 4WTUA 5P2QA 2Q55A 5SXNA 1K2BA 1PPME 4CP7A 2UPJA 1PPLE 2PWCA 4MC1A 4QJ2A 5P83A 4Y4BA 3UPJA 5P6YA 1K6PA 1ZTZA 1G0VA 4Y47A 1G35A 4Z22A 5P73A 1TQFA 3OHHA 5P6MA 4CPUA 3INHA 2FGUA 4LAPA 1RNEA 3R2FA 5P1DA 5P02A 5P67A 2Q63A 1LF2A 3LPKA 2WHHA 3O9FA 4QGIA 5AH6A 2IS0A 3QBFA 4DJQA 5P5SA 1B6PA 3VG1A 1HRNA 3L5FA 5P11A 5P54A 4DJXA 5P81A 5P5NA 2CENA 2QNQA 5P1ZA 1EEDP 3T3CA 5OZZA 5P86A 1YM2A 3URJA 2PC0A 2VJ6A 2QI7A 4Y3DA 5P3XA 5P36A 4Y5CA 3PSYA 2AOCA 3L58A 3NWXA 1LYBB 2V13A 3URLA 4DPFA 5P3SA 4EWOA 2Z54A 2OHTA 4A6BA 5P1TA 3LIQA 3S7LA 2UXZA 3OADB 5P5UA 3TOGA 2VNNA 5P42A 5P5DA 1K6TA 3NYGA 2O4KA 5P88A 5P8DA 2B8LA 3S7MA 1FQ8A 5P8HA 5P1RA 2OHKA 2Q54A 2J9JB 4Q1NA 5P0MA 4J0VA 1LF4A 2WF2A 5P7EA 3UFLA 5P40A 5P7UA 1C70A 2SAMA 4LL3A 5P20A 5KR1A 5P7ZA 4Y4UA 5P5HA 5P3CA 2QP8A 3DK1A 3HDKA 5P5RA 4ZPFA 5BRYA 3EBZA 5DR0A 4DJUA 2AVMA 4F74A 5P32A 5P3IA 1B6MA 4RRSA 3SA5A 5P2MA 4Y4AA 2IQGA 5P4CA 5P1QA 1UPJA 3INDA 1KJGA 3KFNA 3I7EA 2NXDA 4AMTA 4Y3XA 4Y48A 3PGIA 4CPWA 1ODXA 4KE1A 5P8VA 5P2LA 5P7DA 2BKSA 3BXSA 5HCTA 4ZSQA 1A30A 1YX9A 2RMPA 4APEA 1IVPA 1HTGA 3DV5A 5OZ1A 5P4QA 5E5KA 2IEOA 4J0TA 3LITA 5P3ZA 4LHHA 3QPJA 5P1CA 2I4DA 3GI0A 3ZL7A 1U8GA 1IZEA 3S8IA 5P7CA 2FXEA 5P06A 4R8YA 1D4LA 5P5CA 3O9AA 1FMXA 5AHCA 4I11A 3SM2A 3PWMA 2B7ZA 1IDBA 4Y4ZA 5EZZA 3UDPA 2FDPA 5P5TA 5OZEA 4U7VA 5OYZA 5P8AA 1LZQA 3EKXA 1XDHA 4F76A 1FEJC 2FMBA 5P2HA 3IVIA 4L1AB 5P35A 3QRVA 1AAQA 5P5PA 3PI0A 4DFGA 5KR2A 5P84A 4APRE 1DMPA 2AZ8A 3T7XA 4M8YA 1APWE 4ER4E 4OBZA 4Y4XA 2HB4A 1PROA 4I0GA 5P3WA 4GB2A 3FX5A 3K4VC 1K1UA 1EPLE 5HE4A 4ZPGA 5P75A 3MSKA 5I3VA 3CKTA 5P5JA 4EP2A 3Q5HA 3SKFA 3SA7A 2ZHVA 4FSLA 5P01A 3GI4A 5P5AA 4Y39A 5P7AA 5BWYA 2QK5A 4BEKA 5AHAA 5OZQA 4RCDA 1UH7A 3PBDA 4KE0A 1EBKC 4Y3YA 4EQJA 2G1NA 2PK5A 3D91A 1T7JA 3ZKSA 5P13A 3VYDA 1FQ6A 5P3GA 4FRKA 2P3DA 4DQGA 4ZE6A 5P0LA 3IXJA 5P1IA 5HTZA 2ZHSA 4B78A 2VJ7A 4RYGA 5DR3A 2O4PA 3VF5A 4F73A 2G26A 4N00A 4AUCA 3EKPA 5ER1E 5OZCA 1HIVA 3AUPA 5P4SA 5P1OA 3S85A 3GGUA 3NLSA 5P3JA 2I4QA 1APUE 5P6TA 5P1JA 4FM7A 2BPVA 4I12A 2AOGA 3DV1A 1WBKA 5P5WA 3PB5A 4AZYA 2JXRA 3OXVA 1IZHA 2G69A 3OU4B 4ZSPA 4R92A 3R4BA 5P2TA 3QP0A 4J1HA 5P47A 3NDWA 2AOEA 1AJVA 5P2KA 3UHLA 3F9QA 3SA3A 4NJUA 3OWNA 4YDFA 2QNPA 1HTRB 4U8WA 1DP5A 5P2RA 2V0ZC 1SGUA 4PHVA 4B72A 2WJOA 4Y3TA 3NU5A 3M9FA 1A8KA 3IXKA 5P8KA 1YTGA 1HSGA 1ENTE 3KN0A 3MWSA 2VIYA 3EM4A 5OZHA 5P0YA 4FRIA 5P05A 5P4EA 1OEXA 4NJVA 5P2YA 4ER2E 2JE4A 4I1CA 5OYXA 5P5OA 2PSGA 3EL4A 3IN4A 3SA9A 2QHYA 4TVHA 2ZGAA 3OAGA 2PMAA 3BHEA 5OZAA 2IGYA 5AH9A 5P49A 2AIDA 5P82A 1TCWA 5OYWA 1SBGA 2NR6A 2OHNA 3DOXA 5P4MA 5P7SA 2VIEA 5P38A 5OZKA 4GJAA 5P59A 4Y56A 4B70A 2AODA 2A1EA 5P6PA 4Y35A 4DH6A 3HW1A 4Y3RA 5P8IA 5P0AA 3BXRA 1AIDA 5P7HA 2I0DA 1Z8CA 3TPLA 5P6IA 4OBDA 4I0DA 5P7OA 4Y3FA 4I0HA 2O4NA 5P6EA 4HLAA 3I25A 5P3RA 3OQAA 5P5XA 5P1BA 5P4KA 1EC2A 3H5BA 3ZKQA 2EWYA 3RSXA 3PSGA 3QROA 5ISJA 1LV1A 3OOZA 1J71A 4YD5A 4FCOA 5P2UA 5C9DA 1GNOA 4FRJA 3UCBA 5DR8A 2G21A 2R8NA 3TOHA 5P0UA 3O9LB 5OYYA 3RSVA 2WECA 2ANLA 5P14A 2G1YA 1B6JA 5OZIA 3EL0A 3UDQA 4PPHA 2FS4A 1EPPE 3OUDB 5P3NA 5P43A 3PM4A 2R43A 2BB9A 2HS1A 5P26A 3SM1A 5P7LA 3SQFA 2ZJKA 1GVTA 2QZLA 5P8PA 2OHPA 4Y9WA 5P3YA 4DJPA 2QZWA 3UQUA 5OYVA 5P07A 1EBWA 1XL5A 5P4LA 3T11A 4J54A 2G94A 5P8CA 3LZYA 3UFNA 2RKGA 5P2VA 3SLZA 5DQ4A 3UDNA 4OC6B 2P83A 5P5BA 5P6LA 3FNTA 4KB9A 4D8CA 3A2OA 3B80A 1FMUA 2HB3A 4OBFA 1XE6A 4QJ8A 5P41A 4RROA 1AM5A 4YDGA 3IAWA 5P4XA 5OZWA 1HPSA 5TOLA 3S53A 1PSOE 3NDUA 5P6RA 1GVVA 3EL5A 3KM4A 5P8QA 5P4JA 2P8HA 1M43A 3Q70A 4DQHA 1AZ5A 3TH9A 5P71A 2AOFA 5P7KA 4QJ7A 3S56A 1B5FA 1SH9A 1BWAA 2WF3A 3WB4A 4FL8A 3VV7A 5P6FA 5P4RA 3HVGA 4LXMA 4Y58A 4FSEA 3L38A 4Z4XA 3SACA 5P7BA 4JP9A 2P3BA 3EMYA 2NMYA 5OZJA 2BPYA 5OYSA 4YCYA 3QI1A 4Y5NA 4Y57A 5IVQA 4J5JA 5P30A 1SIPA 4DQFA 3HVPA 4L7HA 5OZ4A 3Q4BA 3KDBA 3LHGA 5IS4A 5P77A 5P89A 4HDPA 5JFPA 1HPXA 5P25A 3NR6A 2QI1A 3D1XA 1BDRA 1RL8A 4Y51A 4Y3LA 1LYAA 5P6KA 1AVFA 1KJ7A 5P63A 4OD9B 4EJ8A 4JECA 4Y3ZA 4FLGA 4YCKA 3UQRA 1G2KA 4DPIA 4Y41A 2AZ9A 2ZYEA 5P6XA 1E82E 2XFJA 1B6KA 1JLDA 1Q9PA 3APRE 4Y3WA 5OZFA 5P7IA 5P0TA 1PFZA 5P0RA 1MESA 4DV9A 3SAAA 1HSIA 3NDXA 1EPOE 4A6CA 4Y6MA 4JOOA 3ER3E 4Y4GA 3IGBA 3UDYA 5OZ8A 5P10A 1EPNE 4OBHA 1TCXA 2OHRA 2BQVA 1QRPE 5P8BA 3ZKIA 5DQCA 4LBTA 2Q3KA 5P0CA 5P51A 4RGHA 3NU3A 5OYUA 3ECGA 3OQFA 3LINA 5P27A 3ER5E 1HWRA 1KJFA 1FG6C 5P3VA 5HU1A 4TVGA 4PZXA 3OXCA 4Y3NA 5P8FA 2I0AA 5P15A 2QI3A 2VA6A 4IVTA 5KR8A 2F3FA 1FF0C 3Q6YA 1EC1A 3NSHA 3L5BA 4GJ7A 3LNKA 2NNPA 2QCIA 1EPME 5P66A 4H3GA 2NNKA 5P22A 4YE3A 2HIZA 4YBFA 2AVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHL A;  3SAB A;  5P7F A;  5P7J A;  4RVI A;  4FM6 A;  2QMD A;  1M4H A;  5P1F A;  3OU1 B;  1W5W A;  4BEL A;  2I4V A;  5DQ5 A;  5P8O A;  1GKT A;  5OZ3 A;  5COP A;  1W6I A;  1B11 A;  4RRN A;  4DQE A;  2I1A A;  3VSW A;  6FIV A;  5OZY A;  4WY6 A;  4LP9 A;  2HAH A;  4L1A A;  5OZM A;  5P7W A;  2XFK A;  5JOD A;  3TKW A;  1SDT A;  2Z4O A;  2HB2 A;  3TTP A;  3UQW A;  3NXN A;  4D85 A;  3CIB A;  3TKG A;  4I0I A;  3CKR A;  2Q15 A;  3VUC A;  3ZKX A;  4YD3 A;  2QD7 A;  4H1E A;  3L5E A;  2APR A;  4JPE A;  5P79 A;  5P6D A;  5P1G A;  4Q5M A;  3HAU A;  3OUA A;  3KT2 A;  3HAW A;  3UDH A;  4CPR A;  4ZEA A;  1BV9 A;  1FGC C;  2ZJL A;  1TSQ A;  3NU6 A;  2B7F A;  1MET A;  1LYW B;  1TSU A;  2UY0 A;  1HII A;  2AZC A;  2FIV A;  5P2W A;  5PEP A;  1BWB A;  4TRW A;  4DUS A;  4YA8 A;  5P50 A;  1SME A;  1Z1H A;  3QIH A;  5P5V A;  1XN3 A;  4S1G A;  4ZSR A;  5P0H A;  3GI6 A;  5P0X A;  3VV8 A;  1IZD A;  1W6H A;  4Y4W A;  5P85 A;  3KFP A;  3OGP A;  1TZS A;  3O9E A;  4J1K A;  5F01 A;  1APT E;  4HDB A;  5P69 A;  2QU3 A;  4Y5P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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