3QVIA

Crystal structure of kni-10395 bound histo-aspartic protease (hap) from plasmodium falciparum
Total Genus 81
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
327
structure length
323
Chain Sequence
EFDNVELKDLANVLSFGEAKLGDNGQKFNFLFHTASSNVWVPSIKCTSESCESKNHYDSSKSKTYEKDDTPVKLTSKAGTISGIFSKDLVTIGKLSVPYKFIEMTEIVGFEPFYSESDVDGVFGLGWKDLSIGSIDPYIVELKTQNKIEQAVYSIYLPPENKNKGYLTIGGIEERFFDGPLNYEKLNHDLMWQVDLDVHFGNVSSKKANVILDSATSVITVPTEFFNQFVESASVFLSLYVTTCGNTKLPTLEYRSPNKVYTLEPKQYLEPLENIFSALCMLNIVPIDLEKNTFVLGDPFMRKYFTVYDYDNHTVGFALAKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
O1 (13-15)S1 (15-20)S5 (79-91)TI1 (21-24)TI5 (61-64)3H2 (58-60)S2 (25-32)S12 (205-214)TI2 (32-35)EMPTYS3 (38-41)TII1 (129-132)S7 (119-122)TI3 (42-45)O3 (45-50)3H1 (48-50)S6 (94-108)TI4 (50-53)S4 (65-74)AH2 (136-143)TII'1 (91-94)AH1 (110-114)S11 (191-199)3H3 (126-128)S21 (309-314)AH4 (303-308)S8 (150-154)S9 (164-167)TIV2 (156-159)S22 (319-325)S10 (175-183)TIV9 (314-317)O4 (249-282)TVIII3 (184-187)S15 (258-262)TII'2 (199-205)S18 (281-284)TI6 (215-218)TIV8 (292-298)S13 (221-223)AH3 (225-236)TIV4 (243-246)S14 (246-248)TVIII4 (277-279)TII2 (248-251)S16 (265-269)TI7 (262-265)TIV6 (251-255)3H5 (271-273)S20 (298-301)TI8 (315-318)S19 (286-288)3H4 (172-174)TVIII2 (144-147)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
publication title Structural insights into the activation and inhibition of histo-aspartic protease from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Histo-aspartic protease
total genus 81
structure length 323
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qviA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qviA01
5P1YA 1QBRA 4FIVA 3NDTA 3T7XA 3O9GA 1BDRA 4OBKA 3URJA 4YD3A 2QZWA 5JODA 4XX3A 5P3LA 2P83A 4B78A 4LHHA 4HDBA 5P0BA 4YCTA 5P60A 5P4RA 5DR1A 3UDYA 3ZMGA 1IVQA 3OU4B 3EBZA 5OZHA 2PWRA 5P0FA 1W6HA 4H3JA 3Q70A 3QBFA 5P4JA 3WZ7A 1NSOA 4GJ7A 4DJUA 1T3RA 4Z50A 3S7LA 4YA8A 3VV6A 2ASIA 2OHTA 1KJFA 2UY0A 1APVE 3R2FA 1KJHA 5P20A 3KFNA 4XKXA 3LIVA 5P7VA 2G1RA 5P5KA 1ZPAA 3SFCA 4J0TA 4CKUA 5P2SA 4XXSA 1FLHA 1D4JA 1ZP8A 3FNUA 3K4VC 4D89A 3KDCA 4H3IA 5P4IA 1META 5P2IA 5ENKA 4BFDA 2NPHA 2RSPA 4KUPA 2I4QA 3OQKA 2PSUA 2VJ7A 3KA2A 4RVIA 3OGPA 2F3EA 3OU4A 4FSEA 2HC0A 5P7GA 1AIDA 2AOHA 4PPHA 5P6OA 2QNQA 1MVPA 3DV5A 6APRE 2JE4A 2B60A 5CLMA 3HDKA 4F76A 3LZVA 2JYSA 4D8CA 1EC1A 4MC6A 4DPFA 5P08A 1HIVA 5P63A 5KQYA 5P7KA 4Y3AA 4EP3A 4HDPA 3QROA 5P7MA 4Y45A 5P5YA 5P5UA 5P35A 3K1WA 3S7MA 3OTYA 2Q11A 5OZEA 5P8AA 5P55A 4IVSA 5C9DA 1HWRA 2HPFA 3MXEA 2NNKA 1GVXA 1XN2A 3PVKA 4I8WA 3HD8A 5IVQA 5P0GA 3NU5A 5P7EA 5P28A 5I70A 5P6MA 3FX5A 1DP5A 5P5DA 3MXDA 1MESA 1LS5A 4AA9A 1WBKA 3OADB 5P51A 5ER1E 2QNNA 1EAGA 5OZMA 3TOFA 2JJIA 5OYVA 3LIYA 3FNSA 3OOTA 5C9BA 2WEBA 3UDRA 1SBGA 4IVTA 1HVLA 4QJ8A 1QBSA 4GJAA 5P15A 5I3YA 4ZLSA 1WKRA 4GIDA 4KE1A 3VYDA 5OZNA 4APEA 5P00A 2V16C 4M8YA 5OZ2A 2PWCA 5AHAA 5P0RA 1B11A 1Z1HA 2AZBA 1HTEA 4BELA 3NYGA 3Q6YA 3SA9A 1LV1A 1KZKA 4JPEA 3KFSA 3TNEA 4FRSA 4FRIA 3FV3A 2G1NA 4NKKA 3FSMA 5P3GA 3VSWA 3BHEA 5P8MA 5KQFA 3PSYA 2G69A 5P7FA 5KOSA 2UPJA 5P4TA 3OADA 5P2TA 3KM4A 4RVXA 3N3IA 1ODYA 2ZJMA 4J1FA 5SXNA 2IENA 4B05A 1XL2A 1PPME 5P6AA 4EJ8A 3SA7A 3TOHA 1HRNA 4Y3LA 5P75A 4L7GA 4J17A 2QI6A 5P1KA 3TH9A 1ZJ7A 1HTGA 3CYWA 5P57A 4Y54A 2AQUA 2SAMA 2QP8A 3DK1A 5P06A 2ANLA 5P40A 5P54A 2IRZA 1FQ5A 2AZ9A 3R0WA 4LAPA 4OBDA 3UDHA 4EYRA 3MSLA 1CPIA 4RROA 2Q54A 5P4FA 3S43B 5P56A 1BXOA 3O9BA 1APWE 1EPQE 5OYSA 5P34A 5P76A 4FAEA 2AOJA 5ER2E 1HVHA 2QU3A 4H3FA 2R5PA 1K6TA 3UQWA 5ISKA 2IQGA 3MSKA 1HSIA 1M43A 5P0YA 5OZ5A 1PSAA 5P1QA 5OZXA 1F7AA 1ZSFA 3SQFA 5P4PA 5P4MA 5P27A 2PQZA 2O4KA 3B80A 3IVIA 5OZLA 1SGZA 3TPLA 4TRZA 5P31A 4ACUA 1EPRE 1MT7A 4ZSMA 5HTZA 3PSUA 2FDDA 3QVIA 2HB2A 4Q1NA 5P39A 4I10A 2R38A 3EKXA 4YHQA 5OYYA 3S43A 5OYWA 4Y3GA 3LIQA 2FS4A 2IGXA 2WF1A 5P8VA 5DPZA 5P29A 1HSGA 5IS4A 3BC4A 3LHGA 5OZIA 1TCXA 2I1AA 4FSLA 5P3XA 3DJKA 3VYFA 4Q1WA 2G24A 5P41A 2BB9A 5P2EA 1K2CA 4FM7A 1RL8A 3I2LA 4GMIA 5P8RA 4I11A 4U8WA 5P36A 4Y3JA 1TSUA 5HDUA 4OBJA 5OYTA 3UCBA 3TKWA 3ER5E 2WF3A 3TPJA 4AMTA 4RGHA 5P1CA 1A94A 4DPIA 5OYXA 4Y4BA 1EC2A 2ZJJA 3PMYA 5P4OA 5P4LA 1OEXA 5P4AA 2ZJIA 5KOQA 1YG9A 2I0DA 4B0QA 1HPOA 1LYWA 4Y38A 5HE4A 5IE1A 1XDHA 1HVSA 1ODWA 4GJDA 4QGIA 4CPUA 4RCFA 4CPRA 4Y6MA 3SLZA 2QCIA 1E81E 1XS7D 4K8SA 3KFRA 4DQFA 5P7LA 1SP5A 5P4CA 4Y3PA 1BV7A 1IVPA 1B6JA 1T7KA 2AODA 4COEA 3EKTA 1K6VA 4L1AB 3TPRA 5OZ4A 4Y50A 3O9FA 1HOSA 3C9XA 2QHCA 5KQXA 5F00A 5P1VA 5P3NA 1ZPKA 4QJ7A 4Y4GA 4MC2A 1F34A 1AJXA 5P2YA 4J0ZA 2V10C 3NR6A 4L7HA 4DJPA 1LF2A 4ZSRA 2I4WA 5P8JA 1MERA 5OZ9A 5P4NA 4RRNA 5P6EA 3PWMA 4GJCA 5P7TA 3EM6A 5KR8A 5P5XA 2J9JB 4EHCA 4YD6A 2QU2A 4J1EA 1SMRA 1YM2A 2VKMA 4J0VA 3TL9A 3JW2A 3LPIA 5OZAA 1BVGA 5P2UA 5P2DA 3OU3A 3PCZA 4F74A 1W5YA 5AH9A 4L1AA 4S1GA 2G22A 2CEJA 4DJXA 5P6CA 5P48A 4J1KA 5P3BA 4Q1YA 1SDUA 2ER7E 2QI1A 5P8TA 4J55A 4RYGA 4Y4EA 3T7QA 3NU6A 4YOBA 2BPZA 4D83A 1ZSRA 1B6MA 4Y5BA 3UDQA 1Z8CA 5P5EA 3GGVA 4Y5GA 4RVJA 7UPJA 5P7XA 5P6NA 3URLA 2QD7A 4I0ZA 1QDMA 3UDMA 4Y3FA 2ZJLA 5P4VA 5P7CA 3S56A 1RQ9A 2J9JA 2AVOA 5P4YA 2HS2A 2FGVA 5DQ2A 2QD8A 1APUE 3UQPA 1DPJA 5P7JA 2AOIA 1BXQA 2FLEA 4CP7A 3L5FA 5OZDA 5P2WA 3VYEA 1GNOA 3INFA 4QJ2A 1D4SA 3OOZA 4Y5EA 2V11C 3LIZA 1SIVA 2HM1A 5AHCA 1OEWA 1IZEA 3LPKA 1W5XA 2BPYA 3F9QA 3L5DA 3IAWA 3APPA 1E82E 5P0WA 3OHHA 3T6IA 3WSJA 5P46A 2FDPA 2PSVA 3R0YA 1CMSA 2QZKA 5HCTA 2I4DA 5BWYA 5P4DA 3UFNA 2P3AA 4B77A 4R5NA 3KFPA 3T3CA 3TKGA 4HDFA 3PRSA 1FG6C 5C9FA 5P8UA 3EL9A 5P5LA 1K1UA 1LYBB 5JG1A 2VA5A 1EBKC 1HVKA 3ST5A 4FGXA 4Y3EA 2JJJA 2RMPA 5P0QA 4K4RA 3BUFA 3VSXA 1UH7A 1HSHA 4FLGA 5P6QA 4B1EA 5AHBA 4HA5A 3TPPA 5P71A 4YCYA 5P8FA 4DQGA 3MSJA 4Y56A 3SKFA 5OZ1A 5AH8A 3GI4A 1FGCC 4Y4WA 5P5BA 5P3TA 5P8BA 4Y51A 3NWQA 1ZTZA 5P6HA 2ZJHA 5P66A 5P6JA 3CKPA 2G94A 4Y3WA 6FIVA 1TQFA 3KT5A 4OBGA 1TW7A 3L38A 2ZHSA 5P1RA 3SACA 5OZPA 1MSNA 5P8EA 5DR8A 2PH6A 4EXHA 3PSGA 1B6LA 3VLAA 1GVVA 1LYBA 1APTE 3ECGA 4OBFA 4TRWA 1A8KA 3RTNA 4RZ1A 5OZUA 3SA8A 3S54A 2FNSA 2R8NA 5P0HA 2NR6A 4YE3A 1IIQA 5P3KA 1QBUA 3LZUA 2VJ9A 4E43A 2VNMA 5F01A 5P83A 5P5NA 4L6BA 1HVRA 1PSNA 4CPTA 5OZJA 5P1ZA 1IBQA 5P16A 4Y4XA 4HEGA 4NPUA 3PLDA 4EJDA 5P8SA 2VJ6A 1C70A 5APRE 4HVPA 3FNTA 1AM5A 2RENA 5P1JA 2Z4OA 4Y3YA 5P85A 1E80E 2IKUA 1GNMA 3GW5A 4R93A 5P33A 3LNKA 5P04A 4FM8A 3L5BA 1XL5A 4X7IA 2QHYA 2WKZA 5SZ9A 4KE0A 5T4SA 2O4LA 1CZIE 4QJ6A 4YOAA 4D88A 3VV8A 1KJ7A 3VEUA 1DAZC 1OHRA 2P8HA 3U71A 1AJVA 5P0UA 3ZPTA 4BEKA 2QI7A 2R3TA 4FRKA 2B8LA 5OZ6A 1MUIA 3NDXA 2B7FA 1EC3A 5DQ1A 5P65A 4DJYA 5OYRA 3HZCA 3IVHA 3NUJA 5AGZA 3Q4BA 5IVTA 2WF2A 5P22A 1ZLFA 4I0JA 4FE6A 3VUCA 2ER9E 1FFIC 3O9AA 1IDAA 5P07A 1LF4A 8HVPA 5P70A 5P2CA 5P5RA 3ZKSA 5FIVA 3IXJA 3GGUA 4R8YA 5P13A 4ZPGA 5OZTA 5HE7A 1SDVA 5P2ZA 3S53A 5P02A 1BDLA 1HEGE 1FQXA 5P0TA 1TSQA 5HDVA 5P0EA 1IDBA 5P5JA 1ZBGA 4Y41A 1E5OE 1JLDA 3IN4A 3QRMA 2Q15A 5P03A 3K5FA 5HCOA 2HB3A 4YDGA 3DOXA 5P44A 2FDEA 4Y39A 5AH7A 2F3KA 5DGWA 1YTGA 5P5VA 4DJOA 1YM4A 5P6LA 5I3XA 2O40A 1C6ZA 2V0ZC 4RCDA 5P6YA 5P7PA 3EKYA 2RKGA 5HDXA 4Y4AA 5P3JA 3RVIA 3OHFA 3OQAA 3OTSA 4Y4ZA 4R91A 5P25A 3LZSA 2QI4A 4PZWA 4ER2E 3NUOA 1BV9A 5HU0A 1PSOE 4Y5LA 4Y4UA 5P09A 2OHLA 5P1UA 5P7SA 2V13A 1HTRB 1ME6A 1BDQA 1SGUA 3KDDA 2QNPA 2WF4A 4EPJA 3O9CA 2ZDZA 1SIPA 5HE5A 2BKSA 2I0AA 2PK6A 1FF0C 1XE6A 1K2BA 3D91A 1TCWA 5P80A 5P6RA 3I8WA 4Y5PA 4MC9A 4B72A 5OYZA 3R1GB 1NPAA 3HLOA 3DCRA 1GVTA 2BPXA 2RKFA 1HXWA 5P3MA 5P2OA 5E5KA 2G20A 5P4WA 3OXWA 5P7RA 5P4HA 5EZXA 5P0XA 5P74A 4ZIPA 4FM6A 3GI0A 4NPTA 4JOOA 2ER6E 3OQDA 4NJUA 3DCKA 3O9LB 3G6ZA 4Q5MA 1FG8C 3S2OA 1T7IA 1GVWA 2ZJNA 3EM3A 5P5TA 2AVVA 3AUPA 2NXMA 3NWXA 3K5GA 1LYWB 5P79A 3HAUA 5P6TA 2QMPA 5PEPA 3L5CA 1K6CA 3LZYA 2HIZA 3BGCA 3UHLA 3OAGB 5P6DA 5P2FA 3VFBA 2HAHA 1DMPA 5P3CA 9HVPA 5P3SA 3L5EA 4RRSA 3SKGA 5P23A 2FNTA 3ZKXA 1FQ8A 3HBOA 4Y35A 4Y43A 4I0FA 4PEPA 4I0DA 5P64A 2JXRA 3ZLQA 4J1HA 5P1NA 5P26A 4MC1A 4YD4A 1PPKE 3BVBA 2NNPA 5P52A 2P3DA 5P3HA 5P68A 4B70A 1EBYA 4GB2A 5P2LA 5P05A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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