3RTMA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 3-(2-aminoquinolin-3-yl)-n-cyclohexyl-n-methylpropanamide
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
369
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 369
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rtmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rtmA02
5OYWA 3JW2A 5P5DA 3EM3A 2OHUA 5P0KA 5P31A 5OYYA 2QNPA 1AJXA 5P6HA 5SY2A 5P5XA 1EPME 1HTFA 2F80A 4Y3LA 3VG1A 2BPVA 1W5VA 3N3IA 2IL2A 4Y4WA 5OZ4A 1HTEA 1XDHA 2PQZA 2G94A 5OZEA 4FRIA 2QMFA 2B8VA 5AHBA 1HVSA 4XKXA 5F00A 5P33A 3U7SA 2FXDA 4GIDA 2AOJA 1GVWA 2NXDA 4YA8A 3QBFA 5P85A 3VUCA 5P1ZA 4F73A 4Y35A 4PZXA 5P3EA 3NXNA 3UDYA 3WB5A 1HPVA 2PH6A 4FM6A 4RCFA 3SA7A 3UFNA 3ZL7A 2AOHA 3HD8A 4JPEA 3QP0A 1FFFC 1IDBA 5DGWA 4Y57A 5P6FA 4R93A 4NKKA 1LZQA 5HCOA 3QBHA 4H3JA 2G24A 5P5IA 4HDPA 5DQ4A 5P4IA 4Y3HA 2PSGA 4GJ7A 3RTNA 2QP8A 1AZ5A 4ZPFA 3OU3A 5P3AA 5OZ3A 3RU1A 1ODWA 1FMXA 4OBHA 3MSKA 5OZDA 1BBSA 2G1YA 3DV1A 3UDHA 1FMBA 4DQFA 3Q4BA 1HVLA 4CMSA 3F9QA 3GGUA 5P7KA 5P7CA 2B7ZA 3PCWA 4CKUA 4CPWA 3LPJA 3OUBA 3NYGA 2VS2A 5P2LA 4Y56A 4BELA 1HOSA 5P8CA 5P4DA 5P64A 4D85A 4B78A 5I3WA 1APWE 2A4FA 3OGQA 1MT8A 2RENA 1J71A 4LXKA 4R5NA 5P2MA 1ZTZA 4GJ6A 4Y3XA 4WTUA 1T6GA 1D4HA 2NNPA 4IVSA 4EQJA 4M8YA 4Y5GA 3HVPA 5CLMA 3VV6A 5P7FA 3GGVA 1AIDA 3BVBA 2IS0A 4I10A 2OAHA 3KT5A 1DIFA 1K6CA 2G26A 5P2HA 1DP5A 2O4NA 3EL9A 4YE3A 4ER1E 2QK5A 3TH9A 5P7PA 4EQ0A 3ZPSA 2Z4OA 5P6OA 5P17A 5P3WA 4Y38A 2P4JA 4Y51A 4DJXA 4BFBA 2QZLA 1MSMA 4EJKA 3TPJA 3D1ZA 3ZKGA 5C9BA 2AZ8A 4GYEA 2VKMA 3FV3A 2WEDA 2WECA 2WF0A 4YCYA 2QD7A 3VFBA 2CEMA 3ZKQA 1SH9A 3K5GA 2P3CA 1U8GA 2VA7A 3SM1A 3MSLA 4HLAA 5P04A 3KM4A 3Q70A 1TSUA 1MERA 2WEZA 2APRA 2G27A 3IAWA 1N49A 4TRYA 4ER2E 3FX5A 5EZXA 1TCXA 3OHFA 3EKTA 1JLDA 2HS2A 1APUE 1LV1A 1D4JA 2JJIA 2BKSA 3GW5A 3LNKA 4YD4A 5P4HA 3IN4A 5P35A 3UDJA 1LYAB 3RTMA 3SQFA 5C9DA 3NDWA 2AIDA 1BWAA 5OZ9A 1GKTA 3QPJA 4FSEA 3QI1A 3EL5A 3APRE 4EJ8A 5IVRA 3VSXA 4RGHA 5P0SA 5P3LA 5P1GA 5APRE 5P70A 1D4KA 5P4BA 5I3XA 4DFGA 2ER6E 3LZUA 1DAZC 1YTJA 4GMIA 4YD7A 1YTHA 4J1CA 5HDUA 2P3BA 1D4YA 1ZPAA 5P19A 4OBJA 4DI2A 4JECA 3RSXA 1C70A 5P8TA 3O9CA 5P1IA 3TOHA 4H3GA 5OYQA 4DV9A 2VA6A 2AOEA 4Y43A 5TOLA 5P8RA 2FGVA 3I8WA 3EKVA 5OZMA 4DJWA 3EXOA 5P47A 5P7YA 5P87A 3OAGA 3ZKNA 4MC9A 4HDFA 4YBIA 2HC0A 3QRMA 2Z54A 4Y58A 4FSLA 2PYNA 1HVRA 2I4UA 5P8QA 3UFLA 4LBTA 3NU5A 1M0BA 5COPA 5P4JA 3EL0A 3VCMA 1UH8A 5P2KA 4QJ8A 5P6RA 3MXEA 4QLHA 2IEOA 5P59A 4FAEA 2FGUA 1T6EX 3OUDA 5P6WA 1HHPA 5P63A 3R0WA 3D91A 3LIYA 1META 4B72A 3KT2A 5I3YA 3VEUA 4E43A 5KR1A 1EBKC 5P13A 1DW6C 4I0GA 3TPPA 5P5YA 3SACA 3BXSA 1DMPA 2IKOA 5P7MA 1A8GA 5OZUA 3OU4A 4CPRA 1XN3A 1HTRB 3EKPA 2PSVA 1EPPE 5ER2E 5P3JA 1KZKA 2HAHA 1MTBA 5P1AA 1HEFE 4Y5MA 3T6IA 2RMPA 5HVPA 1W50A 5HDVA 1EC0A 6APRE 4OD9B 3K5CA 4DJPA 3BXRA 4NPUA 3S85A 3OHHA 3CIBA 1HBVA 5DR4A 4Y4XA 5SY3A 5P16A 1LYBA 4Y3AA 5OZNA 5P1DA 4FE6A 4OC6A 3UHLA 5P79A 5P27A 3R0YA 5P3NA 2HB3A 5P6TA 1HSHA 2R43A 5P3GA 5KR0A 3PCZA 5P5QA 5OZFA 3PWWA 1BVEA 3O9DA 2PH8A 5P0VA 2NMYA 4FRSA 2V0ZC 5I70A 3DM6A 2ZHRA 3URJA 1W5XA 4AA8A 5P09A 2XFJA 1PSAA 3HVGA 4FM7A 3DCKA 3OU1A 4NJSA 4YHQA 5P7LA 3C9XA 3HAWA 4ZE6A 2WEAA 3PSGA 5P4SA 5P2UA 1PSNA 5P22A 5P5EA 4Y4TA 4DPFA 4KE0A 5P65A 4J5JA 3O9GA 1HEGE 3OOZA 2V13A 1EPOE 4LL3A 3PRSA 2OHSA 5OZCA 5P74A 1MPPA 3UDQA 3FNTA 2G22A 1SP5A 3O99A 5P3FA 5P1BA 1D4LA 5SXNA 4OBGA 5P5AA 5P77A 4OBFA 1W5WA 3SA5A 2IKUA 5OZ1A 2R8NA 4ZEAA 5P42A 5SZ9A 5JFPA 1UH7A 5P73A 4NJVA 3UDKA 5P72A 4ZPEA 3O9IA 3TPRA 2I0AA 3INDA 5P8NA 4MC2A 4DQEA 2I1AA 3BVAA 3K4VC 2G1RA 3NSHA 5P48A 5P6KA 3VLBA 3D1YA 5P7JA 4LC7A 5P5JA 4J1KA 3WZ8A 3PLDA 2EWYA 4LP9A 1A8KA 3Q5HA 4Q1YA 3TL9A 1MRXA 5P7IA 5P78A 4FRKA 1QDMA 2B42A 3CMSA 2WKZA 5P75A 3IN3A 5I3VA 1FQ6A 1TCWA 2F3FA 2QI3A 5P49A 4EJDA 2R5QA 2FMBA 2WF3A 4YDFA 3OWNA 4Y41A 1B6MA 1BDRA 1QBRA 3U71A 2Q63A 4QGIA 4B1EA 4YD5A 2QMPA 3L5DA 1A94A 2QNQA 5P2SA 5BRYA 5P5OA 2PSUA 3CKRA 4Y48A 4RVXA 4Y3EA 5P3OA 3S43B 1ZPKA 3OQFA 3HBOA 3OQ7A 2AVVA 2NPHA 4U8WA 5P7RA 5F01A 4EPJA 4Y3RA 3M9FA 5P6YA 4B05A 1OHRA 1ODXA 2FXEA 5P45A 3I2LA 4A4QA 1PPKE 5P5UA 2QHYA 5P1KA 5OZGA 3OQDA 4J55A 5P2WA 5P2GA 3EM4A 4EXGA 5KR8A 3INHA 5P1TA 1FQ8A 2NR6A 3EKQA 1QBSA 4JP9A 3ZOVA 3VF7A 4I0ZA 2G1SA 3NXEA 4D89A 5JODA 2VJ9A 4L1AA 2VNNA 5P4XA 1APTE 3EL4A 2ZJJA 2JE4A 5P56A 1LYWB 5P6DA 3ZKMA 1BXOA 3VLAA 4QJ9A 3ZKXA 1K2BA 2JXRA 1GVXA 1D4SA 3IXJA 5P84A 4K4PA 4EP2A 2O40A 5P0MA 5P5GA 3ECGA 3O9BA 1KJ4A 1CMSA 3FSMA 3WZ7A 2AOCA 4TRWA 5P6CA 3JVWA 5P6UA 3O9HA 3ER3E 4RRSA 5P54A 2BPYA 1A9MA 1PROA 5P6MA 1FQ5A 3NDUA 1CZIE 4Y3FA 2VIYA 4I0EA 3VF3A 2P8HA 5P5SA 5P34A 4Z50A 2QI5A 1EBWA 3D1XA 4FM8A 5P2CA 5P5TA 1LF4A 5OZYA 3HLOA 3S53A 4TRZA 5CONA 1EPRE 5OZOA 5P01A 4Y4AA 3SLZA 2ZHUA 1SIVA 5P37A 4LAPA 4Y36A 1SDVA 2R5PA 3IXKA 5P3UA 1EPNE 3EC0A 1TW7A 5P0EA 5P55A 3IVIA 3OQAA 5P4YA 5P1EA 5P4OA 3NWQA 3QAAA 3H0BA 3QRSA 2NMZA 4RLDA 5COOA 5OZWA 1XN2A 1MTRA 1EC1A 4Y54A 5P6SA 2F81A 5JFUA 3MXDA 4WY6A 4RZ1A 2AVQA 5P71A 3S54A 2G1OA 1MEUA 1AXAA 4Y5CA 5P1OA 4AZYA 1Q9PA 5IS4A 2AOIA 5P0BA 2VA5A 2V11C 2WEBA 5P5FA 3SO9A 4L7GA 2QZWA 3L5EA 5P0WA 3UQWA 3INEA 5ENKA 4DQBA 4EHCA 2IGYA 3UQRA 2AZCA 5P0FA 5P3RA 3AUPA 5P2YA 4Y4EA 5DR1A 4Y37A 4F76A 1G0VA 2I4WA 3R1GB 1E80E 5P57A 5P0GA 4DVFA 2NNKA 5P2FA 5P7ZA 2V00A 5DPZA 3FNUA 1FQ4A 4DH6A 5ISJA 4GZFA 5P2ZA 5OZLA 2OHPA 1B11A 5P2NA 2HIZA 3DUYA 1YM2A 5P7NA 2G21A 1HSGA 5KR2A 1KJ7A 1M4HA 4J0TA 2Q55A 1AM5A 5P8KA 5P3TA 1ZSRA 3PBDA 4JOOA 5P82A 2HPFA 2ZJKA 1PSOE 5IVQA 2J9KA 2UPJA 3D20A 4FL8A 2A1EA 1UPJA 2F3EA 4Y3ZA 3KA2A 5P86A 4Y50A 3LPKA 4QJ7A 4EWOA 5P7UA 3LZSA 3RSVA 3G70A 3EKWA 3WSJA 2ZGAA 4HE9A 5P6NA 3MWSA 2PK5A 3O9LA 2QU2A 3PB5A 3OOTA 2VJ6A 3B80A 5OZVA 1ZBGA 2J9JA 5P3MA 4UPJA 4Y3SA 1MRWA 2UY0A 5P69A 1IZEA 2H6TA 2F3KA 5KOQA 3NUOA 5P24A 1LYAA 3BGCA 2G1NA 1K1UA 5P1FA 4EP3A 1IBQA 4J0PA 3RVIA 5P32A 3VSWA 1B6PA 4GJ9A 2OHMA 2R3TA 5P0QA 5COKA 3QIHA 1KJFA 1MIQA 5P1QA 5P1VA 3CKPA 5HE5A 1PPLE 5P2RA 2FDEA 3OXXA 5P5PA 2Q5KA 3UQPA 3KFSA 3LINA 4Y3WA 1HXWA 3LIZA 3UQXA 3ER5E 5DR8A 4GJDA 5P43A 3PEPA 3KFRA 5ISKA 2I4VA 3QS1A 5P8PA 5P2IA 3IA9A 5P3SA 4YD3A 5OYXA 3UDMA 4I0JA 4DQCA 4Y3DA 5OZHA 4Y3QA 5P4WA 4CP7A 5OYZA 1A30A 5P8LA 5P1UA 3SFCA 2RSPA 3QRVA 4B00A 2JJJA 2IGXA 2QHZA 3LITA 4AUCA 3QVCA 4J1IA 3S8IA 4CPSA 2P3BB 3HW1A 4PHVA 4J0YA 4B70A 1FB7A 2XYFA 3JVYA 3SKGA 2AVSA 5DQ5A 5P0TA 3I25A 1VIJA 4FLGA 1FF0C 4N00A 1IZHA 1BVGA 3L38A 3NWXA 2BPXA 5DQ2A 4K9HA 3L59A 1M43A 4DJRA 5P89A 1DPJA 3NLSA 3S2OA 5P67A 4Y5PA 1YT9A 3TOFA 5P8DA 5P1WA 5IVSA 3GGXA 4OBZB 2WHHA 4YBFA 3UDRA 2QNNA 3GI0A 4XX4A 1AJVA 5P8SA 1LEEA 1XE6A 3SA6A 3NDTA 4NJTA 5P52A 1W6IA 4YOAA 5P07A 3KMXA 1BWBA 1HVHA 3K1WA 4Y3TA 5P6BA 2ZJIA 1NPWA 1SGUA 2QU3A 2BBBA 5P20A 1FGCC 2FS4A 3WB4A 3HZCA 5KAOA 2ZHTA 1D4IA 3OUDB 3HAUA 3L5FA 4OD9A 5P8UA 3I7EA 2VIEA 5E5KA 5P40A 3OADA 4K4RA 5P1JA 3VYFA 4XX3A 5AH9A 4Z4XA 3IXOA 5KQZA 5P80A 5OZQA 5OYRA 3OU4B 7UPJA 4Y5NA 3OQKA 3LHGA 5P8IA 4I0IA 1EBYA 2ZJMA 3SM2A 3URLA 5KOSA 5P5KA 3K5FA 4H3IA 3Q6YA 4I1CA 2HPEA 2ZJHA 3DCRA 2QD6A 1K6VA 2G20A 3PSYA 5P7QA 4YDGA 1FIVA 5P25A 3S56A 4Z2ZA 4QJ6A 4QJAA 5P1SA 1TQFA 1ME6A 5P66A 5P7GA 4DJUA 5OZ7A 4OC6B 1APVE 2I4DA 4GJAA 4DJQA 5P4CA 2FNTA 6FIVA 1FQ7A 1GVTA 4X2LA 2HB4A 3LPIA 4WY1A 3LZVA 3PMUA 3EM6A 3OTSA 7HVPA 5P6JA 3D3TA 4Y3NA 2BB9A 4B77A 4X7IA 1B6KA 3UDPA 5P7TA 1OEWA 2WL0A 2WJOA 4J54A 3OU1B 4Y9WA 1ODYA 5DQ1A 1B5FA 3PWRA 1NPAA 2QI6A 4RVIA 2SAMA 5P6GA 2ZYEA 4JPCA 4Q1WA 1MT9A 4PZWA 3UCBA 4YCKA 5OYSA 3CYWA 5P2EA 5HU0A 4GB2A 1HSIA 1LF3A 1BV7A 3PWMA 4A6BA 3KFPA 4ER4E 4RCDA 1RQ9A 3S7MA 4Z22A 3LZYA 3RTHA 3NDXA 1HPSA 6UPJA 3PBZA 5P1PA 2IDWA 1E82E 3MSJA 5OZSA 4J17A 3EBZA 5P0HA 3KDDA 2FDPA 5P8FA 4Y5KA 1ZSFA 4J1EA 5P39A 5P50A 5EZZA 1SBGA 3KMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYW A;  3JW2 A;  5P5D A;  3EM3 A;  2OHU A;  5P0K A;  5P31 A;  5OYY A;  2QNP A;  1AJX A;  5P6H A;  5SY2 A;  5P5X A;  1EPM E;  1HTF A;  2F80 A;  4Y3L A;  3VG1 A;  2BPV A;  1W5V A;  3N3I A;  2IL2 A;  4Y4W A;  5OZ4 A;  1HTE A;  1XDH A;  2PQZ A;  2G94 A;  5OZE A;  4FRI A;  2QMF A;  2B8V A;  5AHB A;  1HVS A;  4XKX A;  5F00 A;  5P33 A;  3U7S A;  2FXD A;  4GID A;  2AOJ A;  1GVW A;  2NXD A;  4YA8 A;  3QBF A;  5P85 A;  3VUC A;  5P1Z A;  4F73 A;  4Y35 A;  4PZX A;  5P3E A;  3NXN A;  3UDY A;  3WB5 A;  1HPV A;  2PH6 A;  4FM6 A;  4RCF A;  3SA7 A;  3UFN A;  3ZL7 A;  2AOH A;  3HD8 A;  4JPE A;  3QP0 A;  1FFF C;  1IDB A;  5DGW A;  4Y57 A;  5P6F A;  4R93 A;  4NKK A;  1LZQ A;  5HCO A;  3QBH A;  4H3J A;  2G24 A;  5P5I A;  4HDP A;  5DQ4 A;  5P4I A;  4Y3H A;  2PSG A;  4GJ7 A;  3RTN A;  2QP8 A;  1AZ5 A;  4ZPF A;  3OU3 A;  5P3A A;  5OZ3 A;  3RU1 A;  1ODW A;  1FMX A;  4OBH A;  3MSK A;  5OZD A;  1BBS A;  2G1Y A;  3DV1 A;  3UDH A;  1FMB A;  4DQF A;  3Q4B A;  1HVL A;  4CMS A;  3F9Q A;  3GGU A;  5P7K A;  5P7C A;  2B7Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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