3RTNA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 3-(2-amino-6-o-tolylquinolin-3-yl)-n-cyclohexylpropanamide
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
387
structure length
367
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQATPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 367
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rtnA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rtnA02
4QGIA 1MRXA 1Q9PA 5P79A 2O4PA 3KFPA 2APRA 5P5IA 5P1SA 3SA7A 4OBFA 5P5SA 5E5JA 1HVJA 4Z22A 2HB2A 3PEPA 5P37A 5P81A 1SMRA 5P7MA 5T4SA 3OGQA 2QNNA 4XX3A 4Y43A 3SAAA 5P0BA 5OZEA 2XFKA 3QBFA 5P3DA 4I11A 5P3RA 5P1GA 5P2XA 5P8FA 1ZSFA 3NU5A 3NDUA 4Y35A 3RU1A 2WF4A 5P1RA 2NTRA 4ER1E 1HVCA 4Y5AA 2FMBA 5OZWA 4OBZB 3KYRA 1CZIE 2VNMA 4DJPA 1A94A 2FDPA 2P83A 2Q55A 5I3WA 1T3RA 4K4QA 1HVHA 3PLLA 4Y47A 3FNTA 1AJVA 3R0YA 4ZEAA 4EPJA 4WTUA 5P5HA 2F8GA 1MTBA 4CPQA 1D4KA 4LP9A 5OYSA 5P2CA 1TSQA 2VJ9A 5DR7A 2F81A 3PM4A 4RRNA 4FSEA 5DQ4A 3FIVA 3O9LB 4Y37A 2HS1A 3ST5A 1KJFA 3UCBA 1RNEA 2IDWA 3BRAA 3K5DA 3VV6A 2QD8A 1FF0C 1APTE 4D85A 3GI0A 3TTPA 2ANLA 1GNMA 2QZLA 4F76A 4FRJA 1RPIA 5P0KA 5CLMA 1SDTA 2XYFA 5P8JA 3UFNA 4OBDA 4FAFA 5JFPA 5APRE 5I3YA 5P32A 2G26A 5P4QA 3RVIA 3OK9A 2VIZA 3NXEA 2RKGA 5P63A 1FMXA 5F01A 1MUIA 2Z4OA 5ER2E 5UPJA 3BGCA 2QHZA 5P6LA 4Y5LA 3ECGA 1HVKA 5P7YA 1G0VA 1YX9A 3K4VC 5OZHA 1F34A 2V11C 1PFZA 4Y41A 4FRIA 5P2QA 3D1XA 3EM4A 3FNUA 4YCKA 3S7MA 3MXDA 2QI3A 4Y3DA 5P0RA 1U8GA 1BWAA 4Z4XA 5P2EA 1LF2A 1D4IA 1ZAPA 3BVBA 4Q1NA 3EL1A 4BELA 1FQ4A 5P4HA 1EBKC 3T11A 1FFFC 2OHMA 4Y56A 3VLAA 2QZWA 2ZDZA 4Y4ZA 1HSIA 1SGZA 4ACUA 3MXEA 2WEBA 2VA7A 5IVTA 1HTRB 5P2UA 1KJGA 5P0WA 1B6LA 2B8LA 2JJIA 2I0DA 4Y3HA 2Q54A 5P8OA 3T7PA 3PSYA 5P08A 5P2YA 4EQJA 2BPZA 3EMYA 3K4VA 2V0ZC 5P0MA 1HPSA 5IVSA 1BWBA 5DR4A 5P8AA 4U7QA 5P57A 4EP2A 1C6XA 1EPRE 4B0QA 4Y4JA 1TCWA 1WKRA 5COPA 1HIIA 1BVEA 5P7BA 3L59A 5P2TA 4Y3AA 1B6MA 4K9HA 2VKMA 4A6CA 4D83A 2PYMA 3D1YA 5P86A 5P1HA 2QHCA 4Y3TA 5P47A 3QP0A 4RCFA 2R3WA 1EBWA 1HTGA 5P6FA 1HWRA 2ZHTA 4CPWA 2FLEA 3IN3A 3N3IA 1W6HA 1JLDA 5P6WA 4Y4BA 5P2VA 4R93A 3BXRA 3OU1B 1NPWA 3PCWA 2FIVA 5OYRA 1K6CA 5JG1A 3EKXA 5P33A 2P3AA 3EM3A 1RL8A 2P8HA 2UY0A 5P4OA 1HPXA 3SACA 3EM6A 5P38A 5P5TA 5P4LA 2R43A 1XN2A 3UDJA 1BDLA 4TRZA 2O4NA 5I70A 4Q1XA 2I4WA 5P52A 5OYTA 3L5EA 5P7VA 1HIHA 2PSVA 4HDPA 1FQ7A 1B6PA 1AJXA 5P7TA 2VS2A 1ZSRA 5P5JA 3TPJA 5P2ZA 3D3TA 3EC0A 4RYCA 4OBJA 5KAOA 4I0FA 1W51A 4DQFA 4X2LA 3INFA 3Q3TA 1FMBA 2PK6A 3INHA 5AGZA 2BPWA 4DQEA 3O9EA 2HC0A 3PI5A 4OD9B 3IGBA 4AA8A 4KB9A 2IENA 1MSNA 1ER8E 4CPRA 4YCTA 5OZKA 1LYWA 1AZ5A 3OUDB 4Y45A 4WY6A 5OZ2A 2QU2A 2R8NA 5P5PA 5P56A 4Y6MA 3D1ZA 3PSUA 2FXEA 3A2OA 3VV8A 2QI4A 3ZPSA 4B00A 1GVVA 5AH8A 2NXMA 3EL0A 5CONA 5AH6A 5P12A 5P28A 4FE6A 3SA8A 3UFLA 4F75A 5P6HA 3QS1A 1DW6C 1XL2A 5P4YA 3I7EA 3ZPUA 4FM7A 4HEGA 5P3OA 4Y3JA 1GVTA 4AUCA 2AZBA 1MT9A 3HDKA 5P5AA 1FLHA 1FG8C 5P1JA 3FKTA 4YD7A 5P3KA 4GB2A 5HDZA 1K1UA 3VSXA 1B6JA 1LEEA 1SDUA 3EKQA 4NJUA 5P7SA 3UDKA 1QS8A 3UDQA 3IA9A 5P46A 2QZKA 1GNNA 4YA8A 4ZPFA 2ZYEA 5P77A 2IRZA 3R0WA 1B11A 1EPOE 5P1IA 5DR3A 4R92A 1XDHA 4YD3A 3SKFA 2I4DA 5P3IA 2ZE1A 2ZGAA 5P5RA 5OZTA 3OUBA 3SO9A 3PLDA 3OQKA 5P48A 5OYZA 6FIVA 1FQ8A 4DFGA 2IL2A 4NPTA 3TKGA 5P29A 2ZJIA 3S54A 1G35A 3T6IA 4I0IA 4J55A 1NSOA 2HIZA 4Q1WA 3L5BA 2F3EA 5P0JA 4J1FA 2QAKA 5OZ7A 2PWRA 5OZUA 5P5NA 5F00A 5P1NA 5P7KA 3VFAA 4Y50A 5P4EA 5P4GA 3H0BA 3QROA 5P03A 2ASIA 2V12C 2QHYA 5P10A 5P7DA 5P2AA 3OY4A 5P7LA 2PWCA 1T7JA 5OZQA 5P61A 5OZZA 1XN3A 5P3HA 1BAIA 2QI1A 4LC7A 1IVPA 3UTLA 2G1YA 5P7XA 2R5PA 1K6PA 4F74A 1FIVA 5TOLA 4YOBA 3PWRA 5P7CA 5P60A 5P44A 1XE6A 1HXBA 5AHBA 3LZYA 4K4RA 2AIDA 2RSPA 4Y44A 5KQYA 1FEJC 2QMPA 3HAUA 4TRWA 4YHQA 4QJ9A 5PEPA 2A4FA 3CKTA 5P8MA 2QU3A 5P2HA 3LINA 2FXDA 5DR0A 4H3IA 5P8BA 5HD0A 3NSHA 5P22A 3SA5A 5KR0A 1HTEA 1MVPA 3F9QA 5P4JA 5P7WA 1AVFA 4MC2A 5P4MA 3APPA 4CP7A 5DQ2A 3WZ6A 3ZKIA 3AUPA 1EPPE 3ZKNA 5IVRA 3QBHA 4YD4A 1FB7A 4I1CA 1K6TA 5P6IA 5P14A 5P30A 4GJAA 3O99A 2G22A 1DPJA 3IXOA 5P3TA 2WHHA 4I10A 5P3ZA 3S2OA 3OADA 5OZOA 2B8VA 5KOQA 2AODA 4DJVA 5P0IA 5P31A 3NU4A 5HE4A 5DGWA 3UDMA 2J9JA 1IBQA 3KFNA 1ODXA 5P23A 3Q70A 5AH9A 1ZTZA 4GYEA 4RVIA 2J9KA 3OOZA 3NDXA 4J1KA 3DCRA 1HSGA 5P40A 1EC0A 3NU6A 5P8PA 1PPKE 1BIMA 5P45A 2AZCA 4TVHA 3VV7A 3UHLA 4PYVA 4PZXA 1A30A 1EBZA 2Q11A 2I0AA 4YE3A 2R3TA 3CKPA 5EZZA 5EZXA 3MWSA 9HVPA 4DPIA 1GVWA 1SH9A 4I0GA 4B78A 4BFBA 5OZLA 4XXSA 4JPCA 5P7IA 5P55A 5OYQA 3VFBA 1HTFA 2XFIA 3GGXA 5P1QA 4Y5PA 2HM1A 5DPZA 1QRPE 1EPQE 3Q5HA 2ZHUA 3GI5A 2HS2A 3BUHA 4Y5KA 4DQCA 2PYNA 1B5FA 3NUJA 5P20A 5P2DA 4H3JA 1NPVA 1XS7D 2AOIA 5KQXA 1DP5A 2WEAA 4LXKA 2G27A 4Y57A 2G24A 1MT7A 1LYAA 5P67A 1HRNA 3OTSA 5P8TA 5P3UA 5P5XA 1PSAA 2O40A 4GJDA 2QNQA 4H3GA 5P4IA 5P0CA 4OBHA 1E81E 1ME6A 5KQFA 2P3DA 1K6VA 2AVMA 1EPLE 5COOA 5P3NA 4LXAA 3OUAA 4LAPA 4BEKA 3ZL7A 1DAZC 4I0DA 3SLZA 2QD7A 1GNOA 2FGUA 5OZBA 5P4AA 1IZDA 1PSOE 5P3PA 5OYWA 3NDTA 2UPJA 5P15A 3UQUA 3VSWA 1BVGA 1RQ9A 1GVXA 5P0SA 1K1TA 4J0ZA 5ISJA 3ZKSA 3PI0A 4COEA 3CMSA 3ZKQA 2IQGA 3VYEA 2O4LA 4MC9A 5HTZA 3KF0A 4QJAA 2IS0A 4L7JA 4OC6A 5P35A 3K5FA 5P34A 3BUFA 4APRE 5HCOA 3OUCA 3O9BA 3O9GA 3S8IA 3VF3A 5OZIA 4Y4WA 5P2NA 4I0HA 3LIQA 4FAEA 3OQFA 1OEWA 3T7QA 1KJ7A 2VIYA 4GJ5A 5P02A 1UH8A 5P1WA 1QBRA 3CYWA 2V00A 5P84A 3VG1A 1N49A 5BS4A 3OHFA 5I3VA 2VJ6A 5P4FA 4ZE6A 4Y3QA 2V16C 1E82E 3UQWA 5HCTA 4HDBA 1ODYA 2PSGA 2ZHRA 5P54A 3PWWA 3LIZA 5P4DA 3S53A 2B42A 2FGVA 2JYSA 3NXNA 2OHQA 4L6BA 1EC1A 3INDA 2ZJLA 5OZXA 2NNPA 4L1AA 5P8UA 1KJHA 5OZPA 3I6OA 3PBDA 1FQ6A 2OHTA 4RYGA 5HU1A 4BFDA 1NH0A 4LBTA 5P8CA 1LS5A 3IVIA 5P76A 2PH6A 4DH6A 1T6EX 5P0HA 3UDYA 3R2FA 4B70A 1Z8CA 2JE4A 3FV3A 3NU3A 4FIVA 4RCEA 1G2KA 2H6TA 3KDCA 5P8RA 1QDMA 3OAGA 2I1AA 5P5KA 5HU0A 3T7XA 5P0PA 3IAWA 5P6ZA 4PEPA 4I0EA 3L3AA 3VF5A 1DMPA 2XYEA 3SKGA 3TNEA 5P7FA 2QD6A 4DQGA 2QZXA 5P5ZA 3NLSA 3LIXA 5KOSA 5OZ8A 2IGXA 2P3BA 1FKNA 3VYFA 3SQFA 5P3BA 5P4TA 2AOHA 1BDRA 2VIJA 3C9XA 3FSMA 5OZ1A 4R5NA 1LYWB 4ZPEA 4Y3YA 5P8HA 1D4SA 2ZJJA 3NDWA 5OZ9A 5P51A 5P80A 1M4HA 3IN4A 3UPJA 5P1BA 5P0OA 2UXZA 2OF0A 1YTJA 5P3XA 2BPYA 5KR1A 3BVAA 5P3QA 5P8LA 4Y9WA 2AVOA 3URIA 3SA3A 5P89A 5OZ6A 2WF1A 4OBGA 4GZFA 4B1CA 1AAQA 2B7ZA 3DOXA 4DJWA 2HPFA 5P09A 2G1SA 2I4UA 3OWNA 3PBZA 3KA2A 2AQUA 3WZ7A 1TQFA 1LYBA 1PSNA 5P2LA 4EP3A 4D8CA 1BBSA 2QI0A 4ER4E 1EBYA 3HVGA 5P2BA 5P4KA 4WY1A 4KE0A 1SP5A 1BV9A 4Y3ZA 3URJA 5OZVA 5P68A 5P83A 5P4VA 1UPJA 3NU9A 4XX4A 1IZHA 5P7NA 4CMSA 1IZEA 4Y36A 5P0DA 5P6TA 1W5XA 1YM4A 3HLOA 5P0TA 3PWMA 1META 2A1EA 1LV1A 4Y5MA 5P5OA 2OHRA 4Y5CA 3PHVA 1MSMA 1QBSA 2MIPA 2NXDA 2R9BA 5P1MA 5J25A 4ZIPA 3VLBA 4Y39A 2AVVA 5ER1E 4QJ2A 5P2GA 1ZLFA 2NXLA 5P17A 4CKUA 5P4UA 5P5CA 4TRYA 3VUCA 4UPJA 4EJDA 2G94A 2XFJA 3PB5A 4YOAA 2AVSA 2WF3A 2BBBA 5P64A 3HD8A 5C9BA 1D4YA 1M43A 3OGPA 5P8KA 5SY3A 3S56A 1HIVA 5P8EA 3RSXA 1IZIA 2FNTA 5SZ9A 3EL4A 1MEUA 4FGXA 5P24A 5P78A 1MTRA 2JXRA 3PCZA 3OXWA 5P16A 3L58A 3QAAA 4DJXA 2I4QA 2ZHSA 1XE5A 3OU1A 1ZJ7A 5P6DA 4Y54A 1T6GA 2G69A 1ENTE 3JVWA 2NR6A 4I8ZA 2QMFA 1HOSA 5P8DA 1HVIA 4DVFA 3O9IA 5P4WA 1OEXA 5AHCA 4RVXA 5C9DA 1UH9A 3OADB 3GGAA 5OZFA 3EKTA 5P43A 2BPXA 5OZGA 1YM2A 4NJTA 5P07A 3LPKA 5P2SA 2OHPA 1AM5A 2ER6E 3KN0A 1EPME 2HPEA 2J9JB 2BPVA 5P6XA 1SMEA 4Y5GA 4Y48A 5P3JA 5P4RA 2HB4A 3EL5A 4Y3LA 3UDHA 4ZSRA 3RTHA 5P85A 3EL9A 5P0QA 4ZSPA 3SFCA 2FDDA 4FS4A 4TVGA 4GIDA 3QRSA 2PC0A 4K4PA 1BXOA 2RENA 5P2RA 5P3AA 1IDBA 4CPTA 3TPRA 4Z50A 3S85A 3WZ8A 4Y4XA 5P8SA 3LZVA 1YTIA 3KT2A 3S43A 4N00A 5P0XA 4J54A 3UDNA 1XL5A 3DK1A 4Y58A 1PROA 2BKSA 3DCKA 3L5DA 2Z54A 4AA9A 5P59A 5P3VA 4APEA 4Y38A 3URLA 5ENMA 2HAHA 4Y3GA 2OHKA 1G6LA 1B5FB 4J0YA 3TKWA 5P0VA 5HDUA 3NUOA 2OHSA 4RRSA 3LNKA 4EWOA 1F7AA 5P05A 4L7HA 1EPNE 5SXNA 5KR8A 1LYAB 3D91A 5P1LA 5P6BA 5P49A 4NPUA 3G70A 5P3CA 2AOJA 5BWYA 3G6ZA 3ZMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QGI A;  1MRX A;  1Q9P A;  5P79 A;  2O4P A;  3KFP A;  2APR A;  5P5I A;  5P1S A;  3SA7 A;  4OBF A;  5P5S A;  5E5J A;  1HVJ A;  4Z22 A;  2HB2 A;  3PEP A;  5P37 A;  5P81 A;  1SMR A;  5P7M A;  5T4S A;  3OGQ A;  2QNN A;  4XX3 A;  4Y43 A;  3SAA A;  5P0B A;  5OZE A;  2XFK A;  3QBF A;  5P3D A;  4I11 A;  5P3R A;  5P1G A;  5P2X A;  5P8F A;  1ZSF A;  3NU5 A;  3NDU A;  4Y35 A;  3RU1 A;  2WF4 A;  5P1R A;  2NTR A;  4ER1 E;  1HVC A;  4Y5A A;  2FMB A;  5OZW A;  4OBZ B;  3KYR A;  1CZI E;  2VNM A;  4DJP A;  1A94 A;  2FDP A;  2P83 A;  2Q55 A;  5I3W A;  1T3R A;  4K4Q A;  1HVH A;  3PLL A;  4Y47 A;  3FNT A;  1AJV A;  3R0Y A;  4ZEA A;  4EPJ A;  4WTU A;  5P5H A;  2F8G A;  1MTB A;  4CPQ A;  1D4K A;  4LP9 A;  5OYS A;  5P2C A;  1TSQ A;  2VJ9 A;  5DR7 A;  2F81 A;  3PM4 A;  4RRN A;  4FSE A;  5DQ4 A;  3FIV A;  3O9L B;  4Y37 A;  2HS1 A;  3ST5 A;  1KJF A;  3UCB A;  1RNE A;  2IDW A;  3BRA A;  3K5D A;  3VV6 A;  2QD8 A;  1FF0 C;  1APT E;  4D85 A;  3GI0 A;  3TTP A;  2ANL A;  1GNM A;  2QZL A;  4F76 A;  4FRJ A;  1RPI A;  5P0K A;  5CLM A;  1SDT A;  2XYF A;  5P8J A;  3UFN A;  4OBD A;  4FAF A;  5JFP A;  5APR E;  5I3Y A;  5P32 A;  2G26 A;  5P4Q A;  3RVI A;  3OK9 A;  2VIZ A;  3NXE A;  2RKG A;  5P63 A;  1FMX A;  5F01 A;  1MUI A;  2Z4O A;  5ER2 E;  5UPJ A;  3BGC A;  2QHZ A;  5P6L A;  4Y5L A;  3ECG A;  1HVK A;  5P7Y A;  1G0V A;  1YX9 A;  3K4V C;  5OZH A;  1F34 A;  2V11 C;  1PFZ A;  4Y41 A;  4FRI A;  5P2Q A;  3D1X A;  3EM4 A;  3FNU A;  4YCK A;  3S7M A;  3MXD A;  2QI3 A;  4Y3D A;  5P0R A;  1U8G A;  1BWA A;  4Z4X A;  5P2E A;  1LF2 A;  1D4I A;  1ZAP A;  3BVB A;  4Q1N A;  3EL1 A;  4BEL A;  1FQ4 A;  5P4H A;  1EBK C;  3T11 A;  1FFF C;  2OHM A;  4Y56 A;  3VLA A;  2QZW A;  2ZDZ A;  4Y4Z A;  1HSI A;  1SGZ A;  4ACU A;  3MXE A;  2WEB A;  2VA7 A;  5IVT A;  1HTR B;  5P2U A;  1KJG A;  5P0W A;  1B6L A;  2B8L A;  2JJI A;  2I0D A;  4Y3H A;  2Q54 A;  5P8O A;  3T7P A;  3PSY A;  5P08 A;  5P2Y A;  4EQJ A;  2BPZ A;  3EMY A;  3K4V A;  2V0Z C;  5P0M A;  1HPS A;  5IVS A;  1BWB A;  5DR4 A;  5P8A A;  4U7Q A;  5P57 A;  4EP2 A;  1C6X A;  1EPR E;  4B0Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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