3RU1A

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 3-(2-aminoquinolin-3-yl)-n-(cyclohexylmethyl)propanamide
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
363
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 363
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ru1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ru1A02
4Y38A 5J25A 3INFA 5P67A 5P0JA 3Q70A 3O9EA 1MTBA 1GNOA 4OC6A 5P3AA 5P4DA 5P0VA 5OZLA 2I1AA 3JVWA 2BQVA 1IBQA 5P17A 4Y3QA 5P14A 5P0OA 5P57A 4Y3PA 3G6ZA 4F73A 3QP0A 5P09A 4Y5MA 4EHCA 5P7MA 2WECA 1FFIC 3HVGA 1APUE 2P3DA 5P2QA 2G26A 4IVTA 3UDJA 4H3JA 1HVKA 4Y4UA 1GVVA 2HM1A 2I4UA 3ER3E 1FG8C 3SKFA 5P6OA 5ISJA 2QMGA 5OYTA 2Q54A 5P4BA 2V13A 4GJ7A 3UDMA 2QZWA 2I4DA 3CMSA 5P7KA 4LC7A 1C6YA 4Y3TA 2PH6A 1QRPE 3A2OA 2OHMA 4FIVA 5P8TA 2HPEA 2NTRA 4QJ6A 5P3YA 5OZ0A 3GGAA 4R8YA 2P3CA 4Y5KA 5P3JA 4LP9A 4EJKA 4HZTA 5P2WA 1OD1A 2FNTA 4OBFA 4Y4AA 2B7FA 5OZUA 5OZTA 3APRE 2QZXA 3BVAA 5DQ1A 4B78A 1E81E 1WBMA 2Q3KA 1YX9A 3L5FA 3VUCA 1TCWA 3VYEA 4AUCA 3DV1A 5AGZA 5P0UA 5KOSA 4DFGA 5OZ5A 5P00A 8HVPA 1PSOE 5DQCA 5P4AA 3NUOA 4U8WA 3R2FA 3OU1B 5P40A 4GMIA 5OYXA 4PPHA 1LYAB 4KUPA 3ZPUA 2HS2A 5P83A 3OUDB 5P2HA 5APRE 5P0PA 4Y4EA 3L59A 1RNEA 4K9HA 3QVIA 2FXDA 5P8FA 3GW5A 4NPTA 5P6JA 2WL0A 5P4VA 5P1IA 5P3FA 2JYSA 4Q1NA 4GJ9A 3GI6A 4Y3AA 5P46A 3LZSA 2EWYA 1HTEA 2O4NA 2A1EA 2V11C 5P7IA 1HVHA 4L7GA 2ZJLA 4DVFA 4Y3GA 1HEGE 3FIVA 1XL2A 4I0GA 5P59A 2BKTA 3SKGA 2B8VA 5P4PA 4MC6A 4BFBA 2P83A 3O9CA 4Y5NA 3OQAA 3TPJA 4FGXA 3OUAA 3LIQA 4R95A 1W5VA 2Z4OA 3EC0A 3K1WA 2QI1A 4TRWA 1SBGA 2RSPA 5P8CA 1SMEA 5P0XA 4TVHA 1UPJA 5P56A 4Y5CA 5P5BA 3TLHA 2WF4A 3BUGA 2JXRA 2PYMA 3TKWA 2QAKA 5P58A 4Z2ZA 5C9BA 4F75A 4J0PA 3KMXA 3LIYA 4CPXA 2ZYEA 3UTLA 3PM4A 3QRMA 5OZ6A 3FNUA 3OHFA 1MSNA 4I8ZA 3BUFA 2B60A 5AHAA 3O9LA 5P3QA 4K4PA 5P35A 2AVOA 1HOSA 4ACUA 3ZOVA 5P4QA 5P5NA 5P3RA 4I1CA 2WEBA 2G1YA 4I0DA 5P6MA 1FF0C 4Y4BA 4Y3RA 5DPZA 1IZHA 3KN0A 1D4HA 2ZJMA 1BV7A 3FKTA 2OHUA 4CPSA 1XN2A 4EJLA 4L6BA 5OYQA 4A6BA 1C70A 4HEGA 3K4VC 2PSUA 1LYBA 2WEZA 2HB2A 4Y36A 3SA5A 1JLDA 5KR2A 5OZAA 2G20A 3SM2A 4YBFA 1B11A 2RENA 5P7RA 3BC4A 5P84A 5OZRA 5P1DA 1YTHA 2ZE1A 1FGCC 4Y3XA 5IVRA 5P1FA 3PSGA 5P4NA 3LPKA 1NSOA 1FQ4A 1B5FB 2RKFA 2XFIA 1HXBA 3UDKA 3L5EA 3OTYA 1MRWA 1TSUA 3L3AA 3LIZA 3HAWA 2CEJA 5IS4A 2IKOA 5P3BA 4IVSA 3L38A 1F34A 5DR7A 3N3IA 4B1EA 5P5FA 5P87A 2O40A 4CPUA 4Y3YA 4J0ZA 3IVHA 1YG9A 3ST5A 2AOFA 3PI0A 4LXAA 4OD9A 5P7JA 3RU1A 2OHLA 3OAGB 4Y47A 2NMZA 3VSXA 1A9MA 4YHQA 5P5RA 2R9BA 4YDFA 1HWRA 3URJA 3PMUA 3K5DA 5I3YA 4R5NA 5P0ZA 5P2ZA 2APRA 2ZJHA 1META 4I11A 1AZ5A 5P76A 5P8JA 4FSLA 1IDAA 4H1EA 2ASIA 1LS5A 5HTZA 3OGQA 2F8GA 5P2GA 5P6FA 2ZDZA 5P2OA 5P19A 3ZL7A 3S2OA 4NJTA 5P5EA 5P34A 1UH8A 5P2EA 5P0BA 2WF3A 5P49A 3B80A 3EKWA 4RVXA 1E82E 5P1MA 2IRZA 5P23A 4HE9A 4QJ2A 5DGUA 3SACA 5P3KA 5P0RA 1YTJA 5KQZA 3UF3A 3PJ6A 1FMXA 1FQ5A 1D4YA 1HVRA 5P3NA 3PWMA 5OYRA 3PCWA 4OBZB 4ER1E 3KYRA 2HB4A 2QMPA 5KR8A 3TPRA 1IZIA 3FNSA 4DH6A 5P7EA 2FXEA 3EM6A 3L5CA 2VA7A 2PWRA 3EM3A 5ER1E 5COPA 3QN8A 2AVVA 3G70A 5P74A 2I0AA 2FDDA 2SAMA 1KJFA 5JODA 2ZJNA 2AVQA 2I4XA 1YTGA 3NDWA 5IE1A 1PSNA 5P5MA 3O9HA 5P10A 4J1EA 1K6TA 5P6UA 3URLA 4M8YA 2RKGA 5P2CA 4RCFA 3Q3TA 1ZJ7A 3N4LA 5P3VA 2QP8A 3EL4A 4Y53A 3NDUA 3O9FA 3EKPA 5P7ZA 4YA8A 4FL8A 1T7IA 2O4PA 1HPOA 5HDUA 3EKYA 1GVWA 5P1LA 2BKSA 2QD8A 5P55A 9HVPA 3OADA 1FFFC 3I7EA 2QK5A 1VIKA 3CYXA 2NMYA 3NU9A 5P61A 2Q55A 4XX4A 4KB9A 5HVPA 3ZKQA 4HA5A 4DQHA 1B6PA 2G1OA 1FKNA 5P6ZA 5P0NA 4COEA 5P0AA 4Y50A 4U7QA 4I0JA 4Y45A 3Q5HA 4NJUA 5P5CA 2ER0E 5P5UA 3EXOA 2OHRA 3CICA 3EL9A 5P1CA 5HE7A 5P5VA 5P2XA 4OC6B 5P8LA 5P41A 2FS4A 1XL5A 5P2YA 5P79A 3TPLA 5I3WA 4FSEA 5SXNA 5OZ4A 4FM6A 5P77A 1OHRA 2NPHA 2ZGAA 4PEPA 3KMYA 5P22A 5OZ9A 3NU6A 2PWCA 3FNTA 4JP9A 2Q63A 5P5PA 3BRAA 1EC1A 5P78A 1T7JA 2WHHA 5P3XA 5P06A 3HD8A 3QPJA 4RVJA 5P2LA 1D4LA 3EKVA 2BPZA 3PSYA 4AA9A 1FLHA 2Q15A 3QROA 5P0EA 1A8KA 2AZ8A 3VFBA 4UPJA 4Q1WA 3QRVA 1W50A 5ENKA 1GKTA 5P3LA 1KJ7A 2HC0A 4FLGA 5OZMA 5P4CA 3KT2A 5P44A 5P4TA 5P4HA 2G1RA 1ZLFA 4YOAA 1WBKA 5P52A 5DQ2A 3AUPA 4Y4XA 5P81A 1PPLE 5P4OA 5P29A 3OXVA 5P5SA 3DM6A 2OAHA 3UPJA 1EPNE 5P4RA 4ZIPA 3UDRA 6APRE 3SM1A 5OZXA 3EKTA 1APWE 4NKKA 1OEXA 3VV6A 3SPKA 4ZSPA 3NDTA 3OXXA 3UDHA 2IKUA 4Z22A 3DV5A 5P1KA 2AOIA 1MUIA 3VLBA 1HVSA 5P4SA 3S54A 4I0IA 5P0IA 1BV9A 4R93A 1M4HA 3M9FA 3LIVA 2VNMA 5P7TA 1LZQA 1ZAPA 3ZMGA 2OHKA 3T7QA 3H5BA 3TPPA 4KE0A 2PQZA 3PCZA 1BXQA 4EP3A 4DJYA 1D4SA 3UDYA 3C9XA 1DPJA 4X7IA 5B18A 1HVJA 2CENA 4D89A 2G21A 5COKA 4EQ0A 2P3BB 1MT9A 5HE4A 4Y3FA 3BGCA 2PMAA 1B6MA 4B1DA 3BVBA 3OOTA 3TL9A 5P2JA 5P6KA 2OHTA 1ODWA 1HVCA 5P7OA 5P5ZA 5IVTA 4XX3A 5P25A 3DCRA 2P4JA 4Y3MA 4GZFA 3TH9A 2F3KA 7HVPA 4D8CA 4EYRA 3UDQA 1C6XA 4K4RA 3LHGA 5P42A 2PK6A 5P65A 2G94A 5P51A 1FQ6A 3INEA 3WSJA 1FQXA 2PC0A 1YTIA 3QIHA 1IVQA 1RV7A 2AZCA 5P5AA 1UH7A 3VCMA 1MTRA 3KDBA 5P4ZA 2FGUA 1EC0A 1YT9A 2R8NA 5P24A 2IL2A 4YD4A 5P26A 3INHA 2IQGA 2J9JB 1LYWA 2ZHSA 5P7CA 4EP2A 4EPJA 4R92A 2NNKA 3SQFA 4XKXA 3IXOA 2G1NA 3INDA 5OZ1A 2V00A 5P16A 5P11A 5KQXA 5JFUA 4D83A 5OYWA 1BVEA 5P48A 1NH0A 4Y9WA 3NWXA 3GGXA 1HXWA 5P1AA 3NU3A 2JE4A 4ZSRA 4FM8A 5P8EA 5TOLA 2FMBA 1SMRA 1TZSA 2VJ9A 1QDMA 4RGHA 3OU4A 4J1HA 3FSMA 4L1AB 2O4KA 1ZP8A 4Y3HA 5P8UA 4DQGA 3KFRA 2ER9E 4LL3A 5DQ5A 3IXJA 2UPJA 3BGBA 3IVIA 2P8HA 3IN4A 4DQFA 4DJOA 3NR6A 3DOXA 5P7UA 4I0FA 5BRYA 5BWYA 4ZSQA 4QJAA 4J1CA 1XN3A 5UPJA 5P8GA 4Y54A 1BDQA 4DJWA 1T6EX 1D4KA 1GNMA 2BBBA 4DJRA 5BS4A 3EL1A 3S8IA 1BWAA 3PI5A 5P66A 3VSWA 2ANLA 5AH9A 5P1UA 4L7HA 2B42A 3PVKA 1IIQA 3LPIA 5SY3A 1QBSA 2WF1A 5P60A 3ZPSA 3CYWA 5P05A 3QI1A 5F00A 5OZIA 4Y43A 3CIDA 3O9IA 1MSMA 5OYVA 3QS1A 5DR4A 5P70A 3GI0A 3T3CA 5P7WA 3SA4A 3U71A 5KR0A 1SGUA 5P3IA 4U7VA 5P43A 3HBOA 1MVPA 4D85A 3NUJA 3T7PA 5P6CA 2VKMA 2H6SA 3CIBA 4FM7A 3OGPA 4ACXA 5P72A 5P4WA 2AOEA 5P53A 5P2TA 1TQFA 5P4YA 3D20A 2VIEA 4Y3NA 5P0TA 5P3UA 5C9FA 3RVIA 5P5HA 5P47A 1KJ4A 3ZKSA 5E5KA 1BILA 5OZVA 3OTSA 3OU1A 1MRXA 3I2LA 5P0KA 4B00A 5P1YA 5OZ2A 1LYAA 5OZEA 3PWRA 3OUDA 1B6KA 5P2SA 2WEDA 5IVSA 2FNSA 2XYEA 2XFJA 4ZLSA 5P6NA 1GNNA 2QU3A 3CKRA 1EPLE 1FG6C 1DIFA 1ME6A 3PBDA 5P6SA 1ZPKA 2AQUA 1SDVA 5P4MA 4EXHA 2WKZA 4HDBA 4OBJA 5OZ7A 5P4GA 1TCXA 2QU2A 1APTE 1HBVA 3O99A 1EBYA 4Y3ZA 3SA6A 1BAIA 5P5WA 1HPXA 4Y48A 2PSVA 4DPIA 3SA8A 1E5OE 2QHYA 3I6OA 5P50A 5P2RA 1AXAA 5P8SA 3MXDA 2QZLA 5P3OA 4FAFA 1XS7D 5HDXA 1HIHA 2I0DA 1BDLA 2VNNA 2QMDA 4Y37A 4Y4DA 1BVGA 1EPME 3QRSA 5P7AA 2HIZA 2R3TA 5PEPA 2R5PA 4RRNA 4E43A 5P6GA 5P3PA 3SA9A 1DAZC 3WB5A 5OZQA 5P4KA 1PFZA 1HSGA 5P7NA 5P02A 2FDEA 3R4BA 5P1QA 5P32A 5P27A 5P1TA 6FIVA 4GB2A 4Z50A 5P5JA 4Q1YA 5P2DA 1FMBA 4ZE6A 4M8XA 5P18A 3D1ZA 5AHBA 1EAGA 4Y3JA 4CP7A 4J1FA 1MEUA 2O4SA 1ZBGA 3SFCA 1AAQA 1HIIA 3OXCA 5P8RA 5P39A 5P3ZA 2I4WA 2OHNA 2G27A 2RMPA 2OF0A 5P6EA 1HEFE 4I10A 5P1XA 1LF2A 4Y3LA 3ER5E 2OHSA 1ODYA 1N49A 4LXKA 5OZFA 1ZSRA 5P4FA 3S53A 5P5GA 4Y4WA 4DPFA 4Z4XA 3NYGA 5P7DA 2QI5A 2ZHTA 5P85A 5P6WA 1QS8A 1K6VA 4Q5MA 1W5XA 1Z1RA 5P4XA 3T7XA 2VIJA 3S43A 1EEDP 4FCOA 1Z8CA 3WZ8A 4GJCA 2MIPA 5P3EA 3RTNA 5P1BA 2QNNA 2V0ZC 3L5DA 4JPCA 5OYUA 1HTRB 1B5FA 3KF0A 2VA5A 5P20A 5P13A 3JW2A 5DR3A 2QI3A 3NU5A 2Q64A 2HB3A 5KQYA 3IXKA 3BHEA 1PROA 1K2CA 5P1VA 2BPYA 3OAGA 4HLAA 2F80A 2IDWA 2VS2A 5P6RA 5DGWA 1K2BA 1QBRA 2QI4A 1ER8E 5P54A 1SIVA 3ECGA 4JOOA 3EL5A 5P7LA 1LEEA 2FDPA 3MSJA 4Y6MA 1EBKC 2UXZA 2ZHVA 1HTFA 5OZHA 5P7PA 3BUHA 4Y3WA 3TOGA 2QCIA 1HPVA 3MSLA 4EJDA 5COOA 2QMFA 4Y5EA 4Y5GA 3HW1A 2IGYA 1NPAA 5KQFA 4I8WA 2QI0A 3U6AA 2G69A 5P2FA 1HSHA 3KFPA 2JJJA 3D1XA 3IN3A 2VA6A 4Q1XA 5P0GA 2QNPA 1W6IA 2IENA 5P8BA 3TOHA 1HVLA 5P4IA 5P6BA 2VJ7A 1A94A 5P1OA 4B77A 5P01A 5P0QA 4I12A 3UFNA 4YD6A 4ZEAA 5P80A 3Q4BA 4OBZA 3O9GA 4DJUA 5P2KA 1VIJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y38 A;  5J25 A;  3INF A;  5P67 A;  5P0J A;  3Q70 A;  3O9E A;  1MTB A;  1GNO A;  4OC6 A;  5P3A A;  5P4D A;  5P0V A;  5OZL A;  2I1A A;  3JVW A;  2BQV A;  1IBQ A;  5P17 A;  4Y3Q A;  5P14 A;  5P0O A;  5P57 A;  4Y3P A;  3G6Z A;  4F73 A;  3QP0 A;  5P09 A;  4Y5M A;  4EHC A;  5P7M A;  2WEC A;  1FFI C;  3HVG A;  1APU E;  2P3D A;  5P2Q A;  2G26 A;  4IVT A;  3UDJ A;  4H3J A;  1HVK A;  4Y4U A;  1GVV A;  2HM1 A;  2I4U A;  3ER3 E;  1FG8 C;  3SKF A;  5P6O A;  5ISJ A;  2QMG A;  5OYT A;  2Q54 A;  5P4B A;  2V13 A;  4GJ7 A;  3UDM A;  2QZW A;  2I4D A;  3CMS A;  5P7K A;  4LC7 A;  1C6Y A;  4Y3T A;  2PH6 A;  1QRP E;  3A2O A;  2OHM A;  4FIV A;  5P8T A;  2HPE A;  2NTR A;  4QJ6 A;  5P3Y A;  5OZ0 A;  3GGA A;  4R8Y A;  2P3C A;  4Y5K A;  5P3J A;  4LP9 A;  4EJK A;  4HZT A;  5P2W A;  1OD1 A;  2FNT A;  4OBF A;  4Y4A A;  2B7F A;  5OZU A;  5OZT A;  3APR E;  2QZX A;  3BVA A;  5DQ1 A;  4B78 A;  1E81 E;  1WBM A;  2Q3K A;  1YX9 A;  3L5F A;  3VUC A;  1TCW A;  3VYE A;  4AUC A;  3DV1 A;  5AGZ A;  5P0U A;  5KOS A;  4DFG A;  5OZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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