3S2OA

Fragment based discovery and optimisation of bace-1 inhibitors
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TII1 (2-5)TIV1 (-1-2)O2 (91-93)S1 (6-9)S2 (14-20)TII2 (9-12)S8 (117-120)TI2 (32-35)S22 (331-333)EMPTYTIV2 (21-24)TIV4 (87-90)S3 (25-32)S6 (74-86)S5 (61-71)3H1 (54-56)3H2 (124-126)S4 (38-41)TVIb1 (127-130)S7 (94-106)O1 (43-45)TI3 (45-48)TI4 (57-60)TI5 (71-74)TIV5 (105-108)AH1 (136-143)TII3 (110-113)S11 (189-192)O6 (155-359)TI6 (130-133)TVIII1 (131-134)O3 (147-149)S9 (150-154)TIV7 (156-169)3H5 (347-349)TII4 (175-178)TI7 (180-183)TI12 (277-280)TIV13 (376-379)3H3 (217-221)AH4 (335-339)TVIII2 (193-196)TI11 (276-279)TIV9 (196-199)S12 (200-201)S13 (203-208)TII5 (271-274)TIV10 (207-210)TIV11 (208-211)S25 (369-375)S20 (318-322)S21 (324-327)TVIb2 (221-224)TI14 (327-330)S14 (225-227)TI13 (312-315)S15 (234-237)TI9 (228-231)3H4 (261-263)AH2 (238-252)TIV12 (252-255)TI10 (258-261)TVIII3 (253-256)O4 (310-312)S16 (268-270)TI15 (357-360)S18 (294-300)TII6 (291-294)S17 (283-291)S24 (351-356)AH3 (302-305)S19 (306-308)TIV3 (48-51)S10 (169-176)S23 (341-346)TI16 (363-366)O7 (217-382)Updating...
connected with : NaN
publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 88
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s2oA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s2oA02
5P27A 2ZYEA 5P6IA 4FM8A 2FDPA 1GVUA 3OGQA 1K1TA 3MSLA 4MC9A 1HSGA 5OYZA 5HDXA 3EKVA 5P13A 4COEA 1EPNE 1TCXA 4FL8A 4H3JA 3KN0A 2ER9E 5P88A 4I0GA 3TPJA 1PSOE 5P0ZA 5P3PA 5JODA 5HD0A 2R43A 3KMYA 1T6GA 2QI6A 4HDFA 5P4VA 5P4EA 5P74A 2BPZA 3UQPA 1FKNA 5OZAA 2FDDA 1W5WA 3OQAA 4NJSA 4YDFA 3VV6A 4Y3YA 1MT8A 5EZZA 3UDYA 3SA5A 1FG6C 3BVBA 5P63A 5P0XA 5AHBA 5OZ3A 1CZIE 1EPME 2ER7E 5P2QA 5P1HA 5P35A 5IS4A 2H6SA 3NDWA 5HDVA 1LF4A 4TRZA 5OZ8A 3TPLA 5KQXA 4U7QA 3O9DA 5P5NA 5P0AA 4J1IA 5OZ4A 3NR6A 5ER2E 3OADA 2QI3A 4Y56A 1BVGA 3UQXA 2O40A 4PHVA 3PCZA 1EEDP 5P8CA 2AIDA 4JP9A 5P2VA 4Y36A 2OHKA 1K2CA 2OHUA 2OHRA 3PM4A 2HB3A 5P08A 1FEJC 2G69A 5P1NA 2QNPA 2VA6A 3L38A 1YX9A 2BPWA 2HM1A 5P0QA 1SBGA 5HE4A 1D4IA 4Y4BA 1ZSRA 1B6KA 3UDNA 5P7ZA 5P6ZA 2OHPA 5P66A 1MVPA 4B05A 2WHHA 1DIFA 1GNMA 2R9BA 3NUJA 4Q1NA 2P3BA 1HTEA 5DR7A 5P8QA 4RYCA 3PSGA 5P5UA 4DJYA 1BIMA 3LZUA 4EXHA 5P1QA 3UDPA 3INDA 4AZYA 3KM4A 5P07A 3VG1A 2VIZA 1D4LA 2IDWA 3DJKA 3U71A 3URJA 3QRSA 1ZTZA 3TPRA 2I4QA 2WF4A 1PFZA 4FIVA 5P64A 3PI0A 3TOHA 1XN3A 4Y44A 5ER1E 1ENTE 4Y5NA 5P51A 5KR8A 3VF7A 2FGUA 5P0GA 3ZMGA 4B1EA 5P7FA 4DQGA 5P61A 3RVIA 3L5BA 5P26A 2HIZA 2QP8A 2J9JB 4DQHA 2QI5A 3PEPA 3FNTA 3VV7A 5P5QA 5P5JA 2QMDA 5JG1A 5P6QA 4Y50A 4J17A 4FAFA 2V13A 2QD7A 2JE4A 2ASIA 5COPA 5P5CA 2ZJJA 2FNTA 3C9XA 5P0BA 3SA9A 5P3CA 3PRSA 2F81A 4TVHA 4Y38A 5COOA 4Y53A 1W5VA 2WEAA 4Y3NA 4CKUA 4YD3A 4I0ZA 5P24A 4WY1A 3WB5A 2R3WA 1D4KA 5P70A 5KR0A 1BV9A 4Y5LA 5OZKA 4EP3A 5P15A 5HU1A 1E80E 2VNMA 2NR6A 5DR1A 5P4RA 4XX4A 1NSOA 3D1ZA 5AHAA 4HDPA 1E81E 1MSMA 4HZTA 4Y4EA 7HVPA 4H3GA 4I0JA 5P5DA 4Y5CA 4HA5A 5P1MA 5P5GA 3VSXA 2G20A 3QIHA 3T7QA 1FFIC 1HVIA 1KJHA 3CIDA 5P8NA 3CYXA 5I3WA 2ZGAA 4R5NA 5P6YA 3KT5A 5OYSA 4F74A 3APRE 5P1YA 5P8EA 4Y3DA 2JXRA 3EL4A 4FE6A 3T7XA 1HWRA 1YTIA 5P46A 1HSHA 2RMPA 4MC6A 2BKTA 5P19A 2OHTA 5P2FA 1YTJA 3ZOVA 3TOFA 3T6IA 4JPEA 2PSGA 4B72A 2IKUA 5DGWA 5P4JA 1TCWA 4RCEA 5SY3A 3PI5A 4R93A 1T7IA 1W5YA 2IS0A 2IL2A 5P3ZA 5P8RA 4Y3FA 5P3NA 5OZ9A 2QHCA 5P4TA 2F3KA 3INHA 4NKKA 1JLDA 4Y4TA 5OZHA 5P2MA 3BUFA 1ME6A 5P32A 5P48A 1BDQA 1CPIA 4J0PA 3OQ7A 4FGXA 3VCMA 5P1JA 5P1FA 1OEXA 3VF5A 2BJUA 1K2BA 2FIVA 4YCKA 2I4VA 5P0IA 4K4QA 1YG9A 3O9IA 5P4HA 2F80A 5P34A 5P7LA 3WZ7A 3OTSA 1KJGA 3EKTA 3OU1A 4B77A 4LC7A 3QBHA 4HDBA 3CKRA 2XFIA 2G24A 1HPXA 3S45A 4Y6MA 4APEA 4FCOA 5P6JA 3EKYA 3O9CA 4FM7A 5P6KA 5P4GA 3VEUA 5OZ6A 3L5CA 3EC0A 2WF0A 5P16A 5P39A 3OADB 2NXLA 2PSVA 4GJCA 3FKTA 3IA9A 1M43A 3UF3A 3QROA 3GGVA 4R92A 5OZ5A 5TOLA 1D4SA 3VLAA 5P1CA 1HSIA 1IDBA 4BEKA 1KZKA 4Y48A 2G27A 1DAZC 1HVCA 4Y3WA 5KQYA 4Q5MA 2NNKA 4J1CA 5P2WA 2ZHUA 1FQ5A 2Q5KA 1B6LA 1XL2A 4YOBA 5OZDA 1BWAA 4Y3TA 1K1UA 4E43A 3UQUA 9HVPA 2AVVA 4HVPA 5P3VA 3ZKMA 3OU3A 3IGBA 5DQ4A 1AZ5A 4QJ8A 2XFJA 3INEA 5P62A 4EPJA 3B80A 2ER0E 1A8GA 1MT7A 4R95A 5P4NA 5P4FA 4Y5KA 3R0YA 4PZWA 3IVHA 2P3BB 3K1WA 5OZGA 3M9FA 4S1GA 1ER8E 3SA6A 5P3MA 2QI4A 4PEPA 4DJVA 5P73A 5IVQA 4KE0A 1MT9A 2B60A 1LF3A 5P3WA 3ZPSA 5P8AA 3QRMA 4N00A 5P11A 3BUHA 1SIVA 4J0ZA 2NNPA 5OZCA 3G72A 3D3TA 4DPFA 3ZLQA 1EBWA 3IXJA 4H3FA 3EMYA 5P4YA 5JFUA 4EWOA 3Q5HA 2PK5A 3UDMA 2V00A 5P0OA 5P0DA 5KOQA 3OUCA 2VJ6A 1QS8A 5P4SA 4DQBA 1EC2A 5P17A 3OUDA 2BPXA 4Y58A 1AM5A 3KT2A 5DR8A 4L1AA 2G1SA 4OBGA 3KDDA 4FS4A 5P33A 5CLMA 1W6IA 5P2TA 5P8UA 5B18A 5P3GA 5P6OA 4EQ0A 2OHLA 1IZEA 2R5QA 4ZPEA 5P8PA 5P87A 1T6EX 1LYBB 5KQZA 4Y4ZA 5P2OA 3BRAA 3BUGA 4Y3JA 3ZKSA 5P0TA 3EXOA 4R8YA 4LP9A 2QAKA 5P0NA 3TKWA 4OBJA 2QCIA 1GVXA 4A6BA 5P4MA 2SAMA 5OZ2A 3S2OA 4CMSA 5P0RA 4Y47A 4ER4E 3LNKA 2Z4OA 3MXDA 3SKGA 4EQJA 2QHZA 5P2IA 2QD8A 1EPQE 4JOOA 2AOHA 3EKXA 5OZ7A 5OZRA 2G26A 3NSHA 4BFDA 4RGHA 2BB9A 3KMXA 2G21A 5P7YA 3RU1A 2B7ZA 2QZXA 5P3YA 1VIKA 5P56A 3GI0A 1K6PA 2PC0A 2OHSA 3I8WA 1MESA 1BDRA 5P8TA 2A1EA 3VUCA 3JW2A 2QNQA 3BGCA 4CPSA 3ZL7A 2ZJMA 4NPTA 3LIZA 5P0LA 1DPJA 3D91A 1UPJA 3QRVA 5C9FA 3SAAA 3GGAA 2VA5A 4F73A 5P6MA 4XXSA 1G2KA 1MTBA 5P4AA 4Y43A 5P6WA 4I0FA 3RTMA 1XS7D 1AJVA 5AH9A 5P81A 3EL0A 1MIQA 3OY4A 5P5LA 5I3VA 4B00A 5P2AA 4DFGA 2B8VA 5DR4A 1BDLA 5P7JA 4I0HA 5P72A 3NLSA 3OXVA 4Y4GA 3OTYA 5P45A 5P7UA 2J9KA 4ZSRA 4D8CA 3QVIA 4OBDA 1APWE 1EC1A 1XE6A 4GJ5A 4FRSA 1HXWA 4EXGA 3OU1B 2O4LA 4I0IA 4RCFA 2ZDZA 4YBIA 4D88A 3TL9A 3ZKNA 5P6EA 1FF0C 4A4QA 3H0BA 3PVKA 1DP5A 2UY0A 3SM1A 1T3RA 4JPCA 1HVLA 3S43A 4I0DA 1KJFA 4DJPA 2OHNA 2PQZA 3DK1A 5P0SA 2P3AA 3T3CA 4GJ7A 1EAGA 1EC3A 2QU3A 1HTGA 5OYVA 5IE1A 4J1KA 2AOEA 1BXQA 1YTHA 5P2RA 4QJ6A 5P2CA 4OBFA 4GZFA 5P6TA 3ECGA 5P2BA 1B5FA 2JJIA 5SY2A 4BFBA 1BBSA 2IEOA 4JECA 3CYWA 3FIVA 2JYSA 3KYRA 5P7MA 3QBFA 2QNNA 2AVSA 3S56A 5P6BA 1FQXA 2I4DA 3URIA 2VJ9A 2ZHRA 4L7JA 5OZOA 2PK6A 5P6RA 1FIVA 5P7SA 5P7QA 4Z50A 1TQFA 3IN4A 5P7KA 5T4SA 5P7HA 1APTE 3WZ6A 1QBTA 5P7RA 5ENMA 5P25A 2WF1A 4XKXA 2MIPA 5DQ1A 2VJ7A 1BWBA 3EM3A 3N4LA 1TSUA 3KFPA 4HLAA 1Z1RA 5P29A 1HVJA 3ER5E 3EBZA 3KFNA 1B6JA 3NU9A 5P8HA 4WY6A 1MUIA 3SA8A 4YDGA 5P20A 5P02A 2G1NA 1YM2A 4X7IA 4CPWA 2WKZA 4DV9A 3LINA 1MRXA 3SFCA 4I8ZA 1LEEA 2QMGA 5P0FA 3APPA 4Y4JA 4Y5PA 4Y54A 2QU2A 4U7VA 5HE5A 3OUDB 3WSJA 3I2LA 3UDJA 5OYUA 4EJDA 5P28A 3UHLA 5UPJA 3UTLA 3HVGA 4RLDA 8HVPA 4L1AB 5P80A 5OZWA 3FX5A 2G22A 4J0YA 1APVE 5P4ZA 5SXNA 5P0VA 5P7PA 5P2JA 1LV1A 1LZQA 1BXOA 1MSNA 1AAQA 1UH8A 5OZBA 3VV8A 5HTZA 4Y4UA 3BGBA 2V16C 2AOGA 4H1EA 5KOSA 4RVJA 3PWMA 5P0KA 5P7AA 2WEBA 1Z8CA 3RSXA 5P2NA 1META 4Y3EA 5OYQA 1SGZA 4KUPA 5P89A 4YD5A 4GJBA 4ZPGA 1LYBA 3OU4A 3EM4A 4Y4XA 2Q63A 3FNUA 4Y4AA 2BPYA 4U8WA 1LYWA 4J1EA 4Y45A 5P2KA 1UH7A 5P1ZA 1GVTA 2P8HA 1HIHA 3SABA 4EJKA 3L3AA 3T11A 5P14A 3VF3A 1PPKE 2NMZA 5P1TA 5P2DA 5P30A 4Z22A 1NH0A 2AOCA 1QBRA 3EL1A 5P55A 1MTRA 1TW7A 3HW1A 5P09A 5OYYA 4ZSQA 3UDKA 5P6LA 1EBKC 5P23A 3OOZA 5P6PA 2QI0A 4RROA 5P0CA 3KFRA 5P68A 5P0PA 1IBQA 3PMYA 4AA8A 3NU5A 2PWCA 5P00A 3PCWA 4BELA 1ZPAA 4K4PA 4CP7A 1FMXA 5F01A 5P5OA 1EPLE 5OZ0A 1EC0A 4YOAA 5P1VA 2B42A 2QZKA 3L5FA 5P3FA 5P5TA 1C6XA 2HPFA 3Q70A 2UPJA 1BILA 3OAGA 5P4PA 5P7GA 3BC4A 3PWRA 5OZFA 5P5AA 2CEJA 2PSUA 4DJOA 5OZPA 5OZXA 4APRE 5P1WA 2I4WA 2FDEA 5P3AA 4B0QA 4I8WA 4GJ6A 4ACUA 1U8GA 3UPJA 1M4HA 2BQVA 5P3RA 5P3SA 3KDCA 2Q64A 3SPKA 2O4NA 4HEGA 5P2LA 3O9HA 4Y35A 4Y3HA 4Z4XA 1LS5A 2PYMA 6APRE 1XN2A 1E82E 3K5GA 1YM4A 5OZTA 1ODYA 3HAWA 4D89A 5P4XA 1HIIA 5BS4A 1HPSA 5HDZA 3KF0A 2G1OA 3QS1A 2OF0A 3S43B 4YA8A 4Y3GA 5P1AA 2AVMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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