3S43A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 19

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDEIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s43A00
5P0TA 3SA7A 5P8LA 3LIVA 5P58A 5P4LA 2AZBA 3D20A 4ACXA 3EL0A 4APRE 2AVQA 1PPLE 2PK6A 5P26A 4Y3PA 3CYXA 3ZKXA 3UFNA 3T7QA 3K1WA 3L3AA 4Y4JA 1NSOA 3I6OA 2PC0A 1GKTA 4Y4UA 5AH7A 3ZPTA 4Y47A 5P55A 2BJUA 4CPXA 4H1EA 5UPJA 2HPEA 1MVPA 4CPUA 2BKSA 1JLDA 2B7ZA 1UH8A 3IN3A 3NU3A 3KT2A 1IBQA 4EPJA 1APVE 4TRWA 3EKQA 2G26A 4Y57A 5OZ7A 5P2VA 5OZ9A 1UH7A 2AZCA 3HLOA 5P8MA 3HZCA 4U7VA 4PPHA 1AVFA 3GGAA 2IEOA 5COKA 5P4KA 5E5KA 2I1AA 1B6PA 5P7QA 5I3WA 1META 5P2KA 4PEPA 2FGUA 4M8YA 4Q5MA 4DJXA 3NUJA 3VV6A 8HVPA 3SABA 5DR8A 1HVCA 2F81A 5P3QA 5P0IA 1TSQA 5P7YA 4ACUA 5ER1E 5P8QA 4XX4A 3FNTA 1BAIA 2AIDA 1E5OE 5OZCA 5P6WA 3IA9A 5HE7A 5P2OA 2OAHA 2WEDA 3DK1A 5OZ5A 4FRJA 5P8NA 3NSHA 4DI2A 3OADA 3NU5A 3T7PA 4LHHA 3NLSA 5P6SA 2AVSA 3OTSA 4B00A 1HVIA 5P65A 1K6TA 4Y5KA 3Q5HA 5P70A 5P8TA 5P5SA 1EPQE 2OHMA 1BV7A 2QD6A 5P07A 1LEEA 3UDQA 4DJVA 5HCOA 4ZSMA 1GNMA 2OHTA 5P05A 1TW7A 2XFIA 2FXDA 5OYTA 4H3IA 5B18A 4YCKA 3NXEA 1C6ZA 2FMBA 1ODXA 4HZTA 5P4IA 5P7SA 2F8GA 1YM4A 5P7IA 3IVIA 1W6HA 2BKTA 3UDKA 5P4DA 3SFCA 1T7IA 3WSJA 4CMSA 5COOA 1ZSRA 5P5BA 5P3LA 1MRXA 5OZNA 3OHHA 5P2LA 3KDDA 4KUPA 4LL3A 1G35A 1M43A 4Y3SA 4DVFA 2F3KA 5P5UA 4J0YA 5OZ3A 4D8CA 4UPJA 3QAAA 5P45A 3O9IA 3SA4A 3EL5A 1CZIE 1ZP8A 1YM2A 5P72A 5P6EA 3KF0A 4Y5AA 2IQGA 4L7GA 5OZXA 4PZWA 2Q64A 3Q70A 2ZHRA 2A4FA 4RVIA 2I4WA 4HDPA 1GVXA 1HHPA 2VIJA 4F75A 1W50A 5I70A 1W51A 2AOGA 5P35A 5OZ0A 5OZOA 5KR1A 3UDJA 3QI1A 1BWAA 5HU1A 1NH0A 5ENMA 5P4VA 5P47A 1EBWA 5P86A 3KM4A 5P6VA 4Y5BA 3NU9A 3OUDB 1ZPAA 2IRZA 5P1NA 3OQ7A 4D88A 3L38A 5P8DA 2FDPA 5P4JA 3S53A 4HEGA 4GJ8A 3ER5E 3INEA 4XXSA 1GVVA 5HDZA 2NTRA 4I8WA 5P6PA 3OGPA 4HDBA 3SKGA 1WKRA 2OHKA 1OD1A 3D3TA 3M9FA 4DPFA 1MSMA 5P2XA 4EJDA 3N4LA 5P2GA 4K4PA 1EC2A 5APRE 3EM4A 4Q1YA 5OZTA 1HVJA 2IGXA 3VYDA 4MC9A 4OBGA 4Y9WA 1EPRE 4D85A 4B78A 1NPAA 4E43A 5P2FA 5P0SA 2I4QA 2O4LA 2UY0A 2VS2A 2G1NA 5P7BA 4Y56A 5P4TA 5P0FA 5P2JA 2G94A 3LIYA 3F9QA 4KE0A 4AZYA 3TNEA 4Y5GA 2RMPA 1OEXA 4Y43A 3LPJA 2VJ9A 3SA6A 5P6RA 5SY2A 1ENTE 1YTHA 4DJYA 5BWYA 5HE4A 5P5GA 3LZUA 3TL9A 5P2DA 3S7LA 3D1YA 1HIIA 2ZJKA 4XKXA 3PMUA 4Q1XA 1KJGA 3PBZA 5P03A 1HVLA 5P04A 5P4ZA 2H6TA 3ZOVA 2VIEA 2WF4A 3OTYA 5P4YA 5P8OA 5P1WA 4COEA 2V12C 5ISKA 4ZSQA 3NUOA 5SY3A 1MERA 3OU1A 3K4VC 5P0KA 3I2LA 5P3NA 5P7CA 4FRIA 1PPKE 4EJLA 4MC1A 4HE9A 5P24A 4H3JA 5P87A 5P0XA 5P38A 3HAWA 4EJKA 5DGWA 4Y35A 5P12A 4D89A 1XN3A 1BDRA 4GJ5A 3O9AA 2P3BA 1GVUA 4I0FA 2P3CA 1HRNA 5P2NA 3ST5A 4Y39A 4Y50A 4QJAA 3WZ7A 5P50A 4FM7A 3PM4A 5P6TA 3ZKNA 1MESA 4B72A 5KR8A 4H3FA 2AOIA 2R43A 5P3KA 2WEAA 2IKOA 3VEUA 5HTZA 5DPZA 3URLA 3PGIA 1IIQA 4AA8A 5P5YA 2ZJIA 1RNEA 2AOFA 1T6GA 1LZQA 2NXMA 5P3EA 5P4WA 3OOZA 1UPJA 4NJUA 1MTRA 2ASIA 4I0GA 4ZEAA 5P68A 2VA6A 3OU4B 5OZ1A 3KFSA 2JE4A 2B60A 2VKMA 1B6LA 2QCIA 4Y3ZA 1GNNA 3BUHA 4DQEA 2CEMA 1HSHA 2B8VA 6APRE 1SP5A 3OK9A 4OC6B 4HA5A 2ZHTA 2PK5A 4IVTA 3ER3E 1LYBA 2QNPA 4QJ7A 3SLZA 2QU2A 1PFZA 1B5FA 5DGUA 3H0BA 5P08A 5P42A 5P6OA 4Y3RA 2G1RA 2B42A 1B6KA 3PB5A 5IVRA 2VIZA 1K1UA 3PLDA 4B1EA 2OHPA 5DR1A 5E5JA 1F34A 4OBFA 2Q54A 4Y36A 1B6MA 1ODWA 4B05A 4Y58A 5P1DA 4Y5PA 4DQGA 1Z1RA 3WZ6A 3SM1A 5DQ4A 1AAQA 5P59A 1FQ7A 3G70A 5P79A 5P7KA 5P1RA 1XE5A 3FX5A 4GJ9A 5P46A 3PJ6A 5P6BA 1HIVA 3PSUA 5P32A 2P8HA 5P63A 5P1MA 5KR0A 2Q55A 4Y3JA 2QI3A 1AJXA 4GJDA 3KFPA 4EYRA 2WEBA 5P3YA 4LXAA 3SA9A 3LNKA 4Y4WA 9HVPA 4B1DA 2AZ8A 3B7VA 6FIVA 1MUIA 1A8KA 1NPVA 4K4RA 4YDGA 3L59A 3ZPUA 5F01A 2PYNA 2G27A 2HM1A 1BXQA 2QI0A 1PSOE 5P4BA 3G72A 1LF2A 4D83A 3LZYA 5CONA 3PWMA 7UPJA 4I10A 5P36A 5P8GA 2QI4A 3IVHA 5P4QA 4J54A 3VF5A 5P11A 1K2CA 3U71A 3MXEA 3SKFA 5P4SA 4YE3A 3RTHA 1M4HA 3AIDA 5P3MA 4DUSA 5P5AA 5P6HA 4L7HA 4Y53A 4DQCA 5P3ZA 1D4JA 3G6ZA 5AH8A 1XL2A 2NR6A 4L7JA 3EL4A 1PPME 3KMYA 3LITA 4QJ6A 3TPPA 5P4FA 3NWXA 5AH9A 5P41A 5OYRA 5P4NA 1OHRA 3BGBA 5OZBA 2VJ6A 5P1IA 3CICA 3ECGA 3LPKA 5P78A 1FF0C 2V13A 2ZJMA 1LYAB 3WB5A 2FXEA 1DMPA 4YOBA 4OBHA 1FMBA 5P6MA 2WF0A 4RRSA 2QZWA 5P6FA 1D4YA 1HBVA 4ZE6A 2XYEA 4EQJA 1HPVA 5P01A 2J9JA 2HAHA 5DR0A 4FIVA 3MSKA 1IZDA 2I4VA 5HD0A 5OZDA 3K5GA 4HDFA 4Y3MA 5COPA 3TPLA 3NDXA 5P5KA 5P4XA 1D4SA 3UFLA 3OADB 1E81E 1F7AA 4I0IA 4K9HA 2OF0A 4FE6A 1ER8E 1FKNA 1W5VA 2J9KA 3U7SA 2FDEA 2QHZA 4DQHA 3EKYA 5P0HA 2WEZA 3VLAA 2QD8A 5P0OA 4Y37A 5P5EA 3PHVA 5P5TA 4FSLA 2EWYA 4TVGA 4Q1NA 3INDA 1LYWA 5OZQA 4M8XA 3RTMA 5P4HA 3S43B 5P1PA 3TTPA 2FNTA 4J1FA 3U6AA 2AODA 1NPWA 2PWRA 2I0DA 5P53A 5P1GA 2WECA 3S54A 3TOGA 4B70A 3GI6A 1C6YA 4GJ6A 3TPJA 2PSVA 5IVQA 2PSGA 3I7EA 4FRKA 3SA3A 1WBKA 4OD9A 4AA9A 3GGVA 4ZLSA 3EMYA 1HPSA 2HS2A 1FQ8A 1BILA 4CPTA 4OBKA 2H6SA 4DJRA 4WY6A 3T3CA 2F80A 1HSIA 3VFBA 3R0WA 4K4QA 3TKGA 5P1HA 4FLGA 5KQYA 3S7MA 2P3DA 1EEDP 3TOHA 3QRVA 2G1OA 4ZIPA 1D4IA 1MT8A 1AZ5A 1DPJA 5P0AA 5P0UA 3O99A 5P71A 4EJ8A 5P5QA 2AVOA 2AVVA 2BB9A 1FIVA 2BQVA 4HLAA 5BRYA 4RYGA 4Q1WA 4F73A 2Z54A 1BVEA 5OZKA 5P4RA 5P3GA 2NMYA 2QMGA 2AOCA 5C9BA 5JG1A 1HXWA 2ANLA 1AIDA 5P0EA 5P3IA 3H5BA 3K5CA 1RV7A 3FKTA 4Z2ZA 5OZZA 5P48A 2JJJA 5P5VA 1IZEA 3GW5A 5OZVA 5OZFA 5P7JA 4FS4A 5P81A 2OHSA 5P73A 1D4HA 2RENA 2XFKA 1D4KA 5P1OA 4B77A 4PHVA 2R38A 5P34A 5P5ZA 4EXGA 4FAFA 1HWRA 2FS4A 4K8SA 3RTNA 2Q5KA 1E82E 1EBYA 3L58A 2BPYA 4GYEA 3AUPA 5OZRA 5P64A 5P7PA 3KA2A 3IN4A 2BPVA 5P7DA 3BVBA 5P57A 3KDBA 3S85A 3APPA 4Y3NA 1EC3A 3O9DA 5P8SA 4DQFA 5P8CA 3EKPA 3UTLA 5P8IA 1YG9A 5P5MA 3HVPA 5P2BA 5P5HA 1HSGA 5ER2E 3ZPSA 5P3AA 4Y5MA 1SMRA 3MSJA 5P18A 1DAZC 4A4QA 3KT5A 5OYVA 2IDWA 5P5XA 1CMSA 2AOEA 1GNOA 5P6XA 3Q3TA 5KQXA 1FLHA 3SACA 1HTFA 5PEPA 5P33A 5P0GA 4J1IA 5P0CA 4B1CA 2AOHA 2VA5A 3OU1B 5P85A 5P8VA 4GJCA 5P16A 4YCYA 4EWOA 4Y3XA 3PEPA 2PQZA 3FV3A 4Y4AA 1YTGA 5P7HA 4KE1A 2QI6A 3QP0A 3BRAA 5P28A 5P4UA 3L5FA 5P1AA 2ZJLA 5P20A 2BPWA 4Y4TA 3K5FA 2R5QA 4CPRA 1M0BA 3SA5A 3NU4A 5P52A 4Y38A 3OUDA 4J0TA 5P69A 5I3VA 4YD5A 5P88A 3FNUA 3LHGA 1FMUA 4NJVA 4FCOA 3IXJA 5P5IA 4R91A 5P8FA 3QROA 5P3RA 5HDXA 4KB9A 2HB3A 2V00A 4U8WA 4X7IA 5KQFA 5P2UA 3PWWA 3UDPA 2R9BA 2ER6E 5P6QA 5P2IA 2HB2A 2OHRA 4WTUA 1ZLFA 4GB2A 4FGXA 2HIZA 5HCTA 3VV8A 4NKKA 4I0DA 4Y3HA 5P75A 4RZ1A 5P7NA 3EXOA 3PRSA 3L5CA 5P00A 4FM6A 3UDYA 5P3VA 4Y3TA 5P37A 1XN2A 4X2LA 5DR3A 1FFIC 4AUCA 5IS4A 3GI4A 2QZXA 5P3OA 2ZYEA 2NMZA 3OGQA 3OOTA 5P7RA 4I0EA 3OUAA 5P89A 3L5EA 5P7OA 1FGCC 4YD7A 5P1VA 1U8GA 5P6DA 3INFA 1IVQA 4I8ZA 3R0YA 2G1SA 5P30A 5OZAA 4EQ0A 5HDUA 3PMYA 3QPJA 2V10C 1DIFA 2VJ7A 2AQUA 3INHA 1Q9PA 1SDVA 3O9LA 4DH6A 4TVHA 2HS1A 4RCDA 1HIHA 5KQZA 5P1UA 1DW6C 4Y3YA 5OYXA 1MPPA 5P7FA 3OY4A 2QAKA 2O4SA 1DP5A 2P4JA 2CEJA 2PYMA 2AVMA 4DPIA 4ZPEA 3EBZA 1APTE 4YBIA 1HTGA 3FIVA 4Y5EA 5P5JA 1A94A 5P8RA 4Y3FA 1BDQA 5OZIA 3UDHA 3QRMA 1XL5A 1BV9A 2Q15A 3IXKA 5P1CA 5P1KA 4Y3LA 3BXRA 7HVPA 2PMAA 4RROA 4J1EA 3DOXA 4JPCA 2HB4A 3OXCA 5P31A 3RVIA 3EKWA 3NDUA 5J25A 4L1AA 3VCMA 3URIA 2WKZA 3OHFA 1ZPKA 3ZKMA 1XE6A 4B0QA 1ZAPA 1YX9A 2QHYA 4APEA 2QMPA 1FQ4A 5P2QA 1EPME 4LC7A 4ZSPA 1SDTA 2WL0A 4CPSA 4RRNA 5OZLA 2RKFA 5OZWA 2ZHUA 3CMSA 4H3GA 4ER2E 5P8UA 4Y4XA 3OXVA 1G2KA 3TH9A 1APUE 4EP3A 3L5DA 4TRZA 1ODYA 4YD6A 2G20A 3DJKA 1FEJC 1QRPE 5P6NA 5P76A 4J1KA 4YD3A 1T3RA 5P0YA 3K5DA 1PSNA 1QDMA 4DQBA 1QBUA 3DM6A 5P0ZA 2BPZA 5P7XA 2OHUA 1N49A 1HVKA 3BHEA 1IDBA 1SDUA 2Q11A 5JFPA 2G1YA 5OZUA 3OU4A 3S45A 3VF7A 5AHCA 3LINA 2HC0A 3OAGA 4Y3AA 1FB7A 3EM3A 4TRYA 5OZMA 2UXZA 1KJFA 3OXWA 5P7MA 4Y6MA 2QI7A 5P0WA 3OQAA 5P6AA 5OZYA 4I12A 1T7JA 2QNNA 2ZJHA 4EHCA 3JW2A 4A6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0T A;  3SA7 A;  5P8L A;  3LIV A;  5P58 A;  5P4L A;  2AZB A;  3D20 A;  4ACX A;  3EL0 A;  4APR E;  2AVQ A;  1PPL E;  2PK6 A;  5P26 A;  4Y3P A;  3CYX A;  3ZKX A;  3UFN A;  3T7Q A;  3K1W A;  3L3A A;  4Y4J A;  1NSO A;  3I6O A;  2PC0 A;  1GKT A;  4Y4U A;  5AH7 A;  3ZPT A;  4Y47 A;  5P55 A;  2BJU A;  4CPX A;  4H1E A;  5UPJ A;  2HPE A;  1MVP A;  4CPU A;  2BKS A;  1JLD A;  2B7Z A;  1UH8 A;  3IN3 A;  3NU3 A;  3KT2 A;  1IBQ A;  4EPJ A;  1APV E;  4TRW A;  3EKQ A;  2G26 A;  4Y57 A;  5OZ7 A;  5P2V A;  5OZ9 A;  1UH7 A;  2AZC A;  3HLO A;  5P8M A;  3HZC A;  4U7V A;  4PPH A;  1AVF A;  3GGA A;  2IEO A;  5COK A;  5P4K A;  5E5K A;  2I1A A;  1B6P A;  5P7Q A;  5I3W A;  1MET A;  5P2K A;  4PEP A;  2FGU A;  4M8Y A;  4Q5M A;  4DJX A;  3NUJ A;  3VV6 A;  8HVP A;  3SAB A;  5DR8 A;  1HVC A;  2F81 A;  5P3Q A;  5P0I A;  1TSQ A;  5P7Y A;  4ACU A;  5ER1 E;  5P8Q A;  4XX4 A;  3FNT A;  1BAI A;  2AID A;  1E5O E;  5OZC A;  5P6W A;  3IA9 A;  5HE7 A;  5P2O A;  2OAH A;  2WED A;  3DK1 A;  5OZ5 A;  4FRJ A;  5P8N A;  3NSH A;  4DI2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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