3S43A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDEIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s43A00
5P3BA 5AH9A 5P2DA 3T7PA 3HAWA 4Q1XA 1LYBB 2J9JB 3NDTA 3TPPA 2F81A 4H3JA 3SKGA 2V00A 3OUDA 7HVPA 3SM2A 3GI0A 2OHMA 1IDAA 1EEDP 5C9BA 4CPSA 2PK6A 3EKQA 5P18A 4QJ8A 1T7JA 4HE9A 2I0DA 2PWCA 4I0HA 3C9XA 3CIDA 2CENA 4A6CA 1ENTE 1BBSA 5P3DA 1GVVA 1QBSA 2BPXA 5J25A 2BPVA 1TSUA 1T6EX 3EL0A 4Y4BA 2ZJNA 3DCKA 5P5MA 4ZIPA 5P32A 1NPVA 2BPZA 4NJUA 4Y3AA 1MRWA 1GNOA 5HDZA 3D20A 3UCBA 2AVMA 3OHFA 4B05A 3RSVA 2G22A 1NH0A 3S2OA 1W6HA 3EKYA 4DJVA 5P5JA 5I70A 5HDUA 1HVRA 3FNSA 1FQ4A 4YD4A 3S56A 3PI0A 3CKPA 5P7CA 3PI5A 5OZ8A 3NLSA 3UF3A 5P3SA 1YTHA 2V12C 3RSXA 2AVVA 3UDJA 5P24A 5DR3A 5P84A 3ZKGA 5P6VA 1C6ZA 3QVCA 1T6GA 5DR7A 5P0RA 4Y4TA 2ZJIA 5P0AA 3ZLQA 3UQWA 5P6IA 3ECGA 1MSMA 5P53A 3VF3A 5P52A 3KDBA 4Y3SA 5P2XA 2P83A 1ZAPA 3INEA 5P5EA 2R8NA 4Z50A 4AA8A 1K2BA 1DMPA 3T6IA 4APEA 5OZHA 1EBWA 5UPJA 5P7YA 1EBYA 3O9LB 4K4QA 5HE7A 2AZCA 1J71A 1MTRA 5P7OA 3O9EA 3NDXA 2AVQA 5P6UA 3VG1A 5P7EA 4YD3A 1SMRA 4Y9WA 2QI5A 5P6DA 5P8JA 3SM1A 5EZXA 2HB3A 3Q70A 4Q1WA 5P3JA 4CPWA 1PSNA 3I8WA 5P1BA 5C9FA 4LXKA 3D1XA 2QI7A 1BWAA 3EKPA 2RSPA 4GJAA 3NXNA 4D83A 1QRPE 4GB2A 5P6EA 3SABA 5F01A 3MXEA 4QJ6A 1EPRE 1GVUA 1NSOA 4CPXA 4R91A 5P0XA 5P1IA 3VLBA 5P13A 1ME6A 2B60A 1ZJ7A 3ZPSA 4DQHA 2NXLA 3K5GA 5OYSA 2NTRA 5I3XA 1B6KA 5P0YA 5P6XA 2IKUA 1FQ6A 3SKFA 4MC2A 4A4QA 4CKUA 5P4OA 4TRZA 3LZUA 2P3DA 4I8WA 2H6TA 5P7TA 3Q6YA 5P2JA 4QLHA 4FIVA 1BDRA 4KE1A 1XN3A 4RZ1A 4Y39A 4DFGA 5P27A 5P2IA 1D4SA 4LXMA 4YCKA 4Y5GA 5P6TA 4ZE6A 3GGXA 5AHCA 4ZSPA 2HIZA 1LV1A 4FM6A 1HIHA 4J1IA 3BGBA 3EC0A 3UDHA 2UXZA 5P3UA 4HZTA 1OEXA 5P0ZA 3JVWA 5P76A 3CICA 2FDDA 1BILA 5P8UA 3OXVA 1C6XA 4HDPA 2IDWA 5P6CA 3UDRA 2QCIA 3SAAA 3LIZA 5P5AA 1HSHA 1PSOE 2ZJMA 3WZ6A 3CKRA 5P31A 4QJ9A 4RRNA 5P2VA 3T3CA 2WHHA 5OZ0A 3K1WA 5OZPA 2MIPA 5OZ5A 2B7ZA 4RVIA 5ISKA 1FF0C 4XX4A 4I8ZA 5P1EA 1HWRA 1NPAA 1HSGA 2P3BA 4IVTA 1HXBA 5P6RA 1ZSRA 4YDGA 3NDWA 2AZ8A 4ER1E 1LYBA 4Y6MA 3S53A 4EJ8A 1XL5A 5P5UA 1HTFA 2V16C 1TQFA 2WF2A 2BQVA 1LYWA 3BUGA 4NJTA 5P08A 2OHQA 2WJOA 1MTBA 3TKWA 2R38A 3I25A 4Y3PA 1YTGA 4J1EA 4HLAA 2JJIA 3QROA 2QI0A 2FXDA 3KM4A 3OHHA 2Z4OA 4F74A 5P86A 1VIKA 1VIJA 3PLDA 4FSLA 3QBHA 2PYMA 5I3VA 1AZ5A 5P3HA 4DQEA 5P4WA 2WF4A 4CPQA 2AOGA 3RTNA 4Y5MA 5P6MA 3NSHA 1HVJA 5OZUA 3D1YA 5OYYA 3TTPA 1HVHA 2PSGA 3INFA 5P8AA 3EL4A 5HDXA 2QNQA 5P05A 4Y4GA 5OZXA 1EC1A 4HA5A 1OEWA 1AJXA 2QHZA 5P7MA 5P41A 3NU4A 5OZBA 1AAQA 3URIA 2VNMA 3GGVA 4PYVA 5IVQA 1SIPA 5HE4A 1OHRA 1FMUA 2IKOA 4J0YA 5HVPA 3EL5A 3RTMA 2XYFA 3BRAA 2RMPA 5T4SA 1FFFC 3VFAA 5P4UA 4L7HA 4Y36A 1KZKA 4H1EA 3AUPA 4GYEA 4ZLSA 3N4LA 5OYWA 5P4MA 5P6WA 3I2LA 2QZLA 5HD0A 3KT5A 5P6SA 4NKKA 5P6HA 3URLA 2XFJA 2AOEA 5P1MA 4FLGA 3SA5A 3O9CA 2QMPA 1HOSA 1QS8A 5P88A 2QMDA 3OADA 1EBZA 2I4XA 3OGQA 4Y5KA 1D4KA 1FG6C 2UY0A 5P2AA 5OZGA 5P0BA 5P2OA 4A6BA 5P6LA 5P5XA 1HPVA 4YCYA 5IVTA 3CYWA 4KE0A 3UDMA 3FV3A 4H3FA 3T7XA 5OZAA 1QBRA 4LHHA 5HU1A 4J1KA 1Z1HA 2Q54A 5P54A 4FL8A 2IRZA 5P0PA 5P33A 4DV9A 4EJKA 4Y5BA 1HRNA 5P8TA 2G1RA 3LIYA 5P7LA 2F3KA 3ZKMA 3NU9A 3LZVA 5P81A 2AOCA 1RQ9A 5P06A 3DCRA 4R92A 5P74A 2QD8A 1QBTA 4J0VA 5P28A 5P3VA 2G69A 4D8CA 5P5KA 2R5QA 4HDFA 4PEPA 3OU1B 3CIBA 2ZJJA 3BXSA 2WECA 5P6AA 1DW6C 4B72A 5P4BA 3VCMA 3SA7A 3HDKA 3KF0A 1W5XA 5P0VA 2IL2A 2AVOA 5P5PA 3RTHA 4L6BA 3NDUA 4Y43A 5P6BA 3OXXA 5P07A 5P00A 3KN0A 1K2CA 4B78A 1LYAA 5OZDA 4OBZA 3DV1A 5OZOA 3TLHA 2WF1A 1WKRA 4WY1A 1SDVA 1DAZC 2FGUA 1GKTA 1ZPKA 2VJ6A 1TZSA 2FDPA 4YOAA 5ER2E 1PPME 1FMBA 3BUHA 2QU2A 2OHLA 4DPFA 4GJ8A 4EJLA 5P43A 2QI1A 5P55A 3VV7A 2QK5A 5OZJA 1D4YA 2VKMA 3DV5A 5DR8A 5P6FA 5P0DA 3VYEA 4APRE 1HSIA 4QJAA 4Y3NA 3PCWA 5P64A 5P7FA 2Q3KA 3G6ZA 5P5OA 3AIDA 1C6YA 1FKNA 1LF2A 5P0LA 2QI3A 3D3TA 2AODA 4OBJA 5C9DA 3BUFA 3NWQA 3T11A 4GZFA 3PWWA 3VSWA 4I1CA 3OAGB 2AOHA 5P0JA 3TOGA 5P3AA 5P4EA 4EP3A 5P5WA 4Y3YA 5P14A 5OYVA 5P0WA 1IVPA 1K6VA 2Q11A 4FS4A 2VJ9A 1BDQA 2QNNA 4D85A 2Q63A 5OZ7A 3ER3E 5CONA 1B6LA 4EXGA 3D91A 1T7KA 1MT7A 2OHNA 2P3BB 3JVYA 3TPLA 3WB5A 3O9HA 1G0VA 1AM5A 1Z8CA 1IZIA 3JW2A 1A94A 1LYWB 5P0FA 3R2FA 5P8NA 2PQZA 3HVPA 5P4GA 5P4JA 1SDTA 1HPOA 1FB7A 4Y5EA 1CMSA 3OTSA 5OYUA 3ZMGA 5P7UA 2B42A 5P50A 1FQ5A 3LIXA 2PSUA 1F7AA 5APRE 4Q1NA 1EC0A 2ZGAA 2PH8A 2JYSA 3I7EA 1AVFA 1WBMA 3QN8A 4Y3EA 4KB9A 3O9FA 3PJ6A 5P39A 2WEDA 2B7FA 3UQXA 4GJ6A 4Y47A 5OZKA 4JECA 5P25A 4BELA 5P22A 2FNSA 4QJ2A 1N49A 2QP8A 4GJBA 3TOHA 2O4LA 1Z1RA 5OZ1A 2O4NA 4Y3JA 3TNEA 2B8LA 1W5YA 5ISJA 4HEGA 4R95A 1FQ8A 1K1TA 1HEFE 3PB5A 3UQRA 2WEZA 1LF3A 3PM4A 2O4SA 4AA9A 3FNUA 3CYXA 3VF7A 4Y48A 4Y4UA 4Y58A 1BXQA 3S8IA 5TOLA 3NUJA 3SPKA 2FMBA 2AOFA 4LL3A 2I0AA 5P0UA 4Y4XA 3S7LA 2ZJHA 1PPKE 2IS0A 5P44A 4I11A 5P5QA 5P4IA 4DJQA 3KFPA 1XS7D 5DPZA 4H3IA 1UH8A 3BC4A 5P7SA 4AZYA 5IE1A 4QGIA 3ZKIA 5BRYA 3EMYA 4EPJA 4F75A 3APPA 5P1NA 2F3EA 3L5CA 2BJUA 3OADB 2R3WA 5P3PA 5P49A 2V13A 5F00A 4D88A 3EM6A 5P7AA 3ZKXA 5HCOA 4NPTA 2QZKA 1EPNE 1AJVA 3OTYA 1SH9A 5P3KA 3PMUA 3OU1A 5P15A 1YM4A 3WZ8A 5IS4A 4PZWA 3FSMA 2O4KA 3QVIA 5P2ZA 1ZPAA 3Q5HA 2G27A 2Q64A 2A4FA 1TSQA 3T7QA 5P36A 5DGWA 4Y5PA 5P2MA 4DH6A 1SMEA 3S45A 3EXOA 1FEJC 5KAOA 5P8KA 2AIDA 3IXOA 3O9DA 4ZEAA 1LS5A 5P1OA 2RENA 5P3ZA 3SO9A 1SBGA 1PPLE 4EYRA 1XL2A 4GJCA 4Y4WA 1HEGE 4B70A 2OHSA 2ER7E 5OZFA 1LYAB 5DQ1A 3ZPTA 5DR4A 3B80A 3DUYA 4OBZB 1APWE 1DPJA 2AQUA 4FRSA 3OU3A 5OYZA 4HVPA 5P7GA 1T7IA 4OBDA 3K5FA 5P0SA 3Q4BA 5P8FA 4U7QA 5P1YA 4WY6A 5P5TA 3U7SA 2I4VA 2QMGA 1WBKA 3HAUA 5KQZA 4J1CA 3FIVA 3OU4A 3F9QA 4MC6A 5P1RA 2G94A 5P2EA 3VF5A 5P3EA 5P1XA 5P5VA 2ZJKA 2VA5A 5AHAA 2OHKA 2IENA 1HTEA 5DQ2A 5P2BA 4B77A 5P7QA 3IXKA 4DJPA 2Q55A 5P2SA 3OAGA 2WL0A 5P1KA 4UPJA 3MSJA 4J17A 4R93A 4Y5NA 4I10A 3H0BA 3QIHA 2VIYA 2BKTA 3PSUA 4RCEA 5KR2A 3OQKA 4DJOA 4EXHA 5ER1E 4F73A 4R8YA 2BPYA 1RL8A 2B8VA 3OWNA 5P7BA 4K8SA 2QD6A 5P7JA 3TPRA 3KFNA 1IZDA 1MSNA 5P6QA 4Q5MA 5PEPA 3L5EA 1RPIA 3EBZA 3O9AA 5OZVA 4M8YA 2IGYA 4I0EA 2J9KA 5SY3A 1PROA 4LP9A 2HB2A 1AXAA 5DGUA 2RKFA 5P3TA 4DJWA 1ODYA 5P8GA 5P4AA 5HCTA 3CMSA 1A9MA 1EPME 5P4NA 1KJ7A 3TPJA 3N3IA 1FG8C 2AOIA 3IN3A 2PYNA 4I0IA 1LZQA 1BAIA 2R3TA 5IVRA 2AOJA 4ZPFA 2QI6A 4RRSA 5P8LA 1YM2A 3NYGA 3GGAA 4Y3FA 2JE4A 4FAFA 5I3YA 5P3QA 1MEUA 2G1OA 4FRIA 3BGCA 1BV9A 4Y5AA 4H3GA 1TCXA 5P1ZA 3EM4A 3G70A 3SACA 1FGCC 4Y3GA 1IZEA 5HE5A 4L7GA 5P7XA 2HM1A 4B1DA 3VLAA 4Y4DA 5P56A 3QP0A 5P5SA 4ER4E 3OOTA 1HHPA 4Y3WA 5P01A 5P1FA 3UPJA 3VV8A 4Y45A 5ENMA 3R0WA 2QI4A 4RCFA 5P26A 5P2NA 1ER8E 2G26A 3UDYA 4Y4AA 4YD7A 5P5IA 2VNNA 1RNEA 2F8GA 5OZSA 5P0NA 4Y50A 1MESA 4YD5A 1QBUA 5P4TA 2O40A 2QU3A 3INDA 2WEAA 4OBHA 2IGXA 1APTE 2H6SA 5OZQA 5P0TA 5P67A 5P7WA 3SA9A 3O9GA 4DPIA 3OK9A 3INHA 1B11A 3PRSA 2UPJA 4L1AA 2O4PA 2NPHA 1UPJA 3B7VA 5P1VA 4EQ0A 5COPA 2ASIA 5P8VA 2R9BA 3UDNA 3BHEA 1CZIE 2QZWA 2NXMA 5P45A 4DVFA 3APRE 1NPWA 2IEOA 5KOQA 2ANLA 5P0OA 3D1ZA 5P48A 4I12A 1XN2A 5KQYA 1IZHA 3OQDA 1CPIA 1YT9A 5EZZA 2Q15A 3UDQA 4DQCA 2RKGA 5P0GA 5P0CA 4DQGA 5OZ6A 3ST5A 2IQGA 3LIVA 4LC7A 4CPTA 5P2HA 2FGVA 3O99A 4YCTA 4Y3MA 5P2CA 5JG1A 4DJUA 4RVJA 2ZHVA 2PK5A 3GI5A 5P5CA 5P8DA 3SFCA 1MT9A 1EPLE 3QRVA 3L5FA 2ZHSA 5OZTA 1MIQA 4N00A 5SZ9A 4E43A 3UHLA 4LBTA 2CEJA 5P8HA 3SLZA 2G20A 3K4VC 5P3YA 1ODWA 4I0FA 5P6JA 3ZL7A 3VYDA 1F34A 2NNPA 5P3FA 5SXNA 4Y51A 4OC6A 3WB4A 5P2UA 4Z4XA 3TOFA 4D89A 5P6OA 4Z2ZA 5JODA 1HVLA 3LZSA 4J55A 5P7RA 4DI2A 3KFRA 4X2LA 5P20A 4PPHA 1KJ4A 4PHVA 3ZPUA 5P4QA 3BXRA 5COKA 5P5BA 1C70A 5P2TA 2WF3A 5P3CA 1SGUA 5P6KA 4QJ7A 1DP5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3B A;  5AH9 A;  5P2D A;  3T7P A;  3HAW A;  4Q1X A;  1LYB B;  2J9J B;  3NDT A;  3TPP A;  2F81 A;  4H3J A;  3SKG A;  2V00 A;  3OUD A;  7HVP A;  3SM2 A;  3GI0 A;  2OHM A;  1IDA A;  1EED P;  5C9B A;  4CPS A;  2PK6 A;  3EKQ A;  5P18 A;  4QJ8 A;  1T7J A;  4HE9 A;  2I0D A;  2PWC A;  4I0H A;  3C9X A;  3CID A;  2CEN A;  4A6C A;  1ENT E;  1BBS A;  5P3D A;  1GVV A;  1QBS A;  2BPX A;  5J25 A;  2BPV A;  1TSU A;  1T6E X;  3EL0 A;  4Y4B A;  2ZJN A;  3DCK A;  5P5M A;  4ZIP A;  5P32 A;  1NPV A;  2BPZ A;  4NJU A;  4Y3A A;  1MRW A;  1GNO A;  5HDZ A;  3D20 A;  3UCB A;  2AVM A;  3OHF A;  4B05 A;  3RSV A;  2G22 A;  1NH0 A;  3S2O A;  1W6H A;  3EKY A;  4DJV A;  5P5J A;  5I70 A;  5HDU A;  1HVR A;  3FNS A;  1FQ4 A;  4YD4 A;  3S56 A;  3PI0 A;  3CKP A;  5P7C A;  3PI5 A;  5OZ8 A;  3NLS A;  3UF3 A;  5P3S A;  1YTH A;  2V12 C;  3RSX A;  2AVV A;  3UDJ A;  5P24 A;  5DR3 A;  5P84 A;  3ZKG A;  5P6V A;  1C6Z A;  3QVC A;  1T6G A;  5DR7 A;  5P0R A;  4Y4T A;  2ZJI A;  5P0A A;  3ZLQ A;  3UQW A;  5P6I A;  3ECG A;  1MSM A;  5P53 A;  3VF3 A;  5P52 A;  3KDB A;  4Y3S A;  5P2X A;  2P83 A;  1ZAP A;  3INE A;  5P5E A;  2R8N A;  4Z50 A;  4AA8 A;  1K2B A;  1DMP A;  3T6I A;  4APE A;  5OZH A;  1EBW A;  5UPJ A;  5P7Y A;  1EBY A;  3O9L B;  4K4Q A;  5HE7 A;  2AZC A;  1J71 A;  1MTR A;  5P7O A;  3O9E A;  3NDX A;  2AVQ A;  5P6U A;  3VG1 A;  5P7E A;  4YD3 A;  1SMR A;  4Y9W A;  2QI5 A;  5P6D A;  5P8J A;  3SM1 A;  5EZX A;  2HB3 A;  3Q70 A;  4Q1W A;  5P3J A;  4CPW A;  1PSN A;  3I8W A;  5P1B A;  5C9F A;  4LXK A;  3D1X A;  2QI7 A;  1BWA A;  3EKP A;  2RSP A;  4GJA A;  3NXN A;  4D83 A;  1QRP E;  4GB2 A;  5P6E A;  3SAB A;  5F01 A;  3MXE A;  4QJ6 A;  1EPR E;  1GVU A;  1NSO A;  4CPX A;  4R91 A;  5P0X A;  5P1I A;  3VLB A;  5P13 A;  1ME6 A;  2B60 A;  1ZJ7 A;  3ZPS A;  4DQH A;  2NXL A;  3K5G A;  5OYS A;  2NTR A;  5I3X A;  1B6K A;  5P0Y A;  5P6X A;  2IKU A;  1FQ6 A;  3SKF A;  4MC2 A;  4A4Q A;  4CKU A;  5P4O A;  4TRZ A;  3LZU A;  2P3D A;  4I8W A;  2H6T A;  5P7T A;  3Q6Y A;  5P2J A;  4QLH A;  4FIV A;  1BDR A;  4KE1 A;  1XN3 A;  4RZ1 A;  4Y39 A;  4DFG A;  5P27 A;  5P2I A;  1D4S A;  4LXM A;  4YCK A;  4Y5G A;  5P6T A;  4ZE6 A;  3GGX A;  5AHC A;  4ZSP A;  2HIZ A;  1LV1 A;  4FM6 A;  1HIH A;  4J1I A;  3BGB A;  3EC0 A;  3UDH A;  2UXZ A;  5P3U A;  4HZT A;  1OEX A;  5P0Z A;  3JVW A;  5P76 A;  3CIC A;  2FDD A;  1BIL A;  5P8U A;  3OXV A;  1C6X A;  4HDP A;  2IDW A;  5P6C A;  3UDR A;  2QCI A;  3SAA A;  3LIZ A;  5P5A A;  1HSH A;  1PSO E;  2ZJM A;  3WZ6 A;  3CKR A;  5P31 A;  4QJ9 A;  4RRN A;  5P2V A;  3T3C A;  2WHH A;  5OZ0 A;  3K1W A;  5OZP A;  2MIP A;  5OZ5 A;  2B7Z A;  4RVI A;  5ISK A;  1FF0 C;  4XX4 A;  4I8Z A;  5P1E A;  1HWR A;  1NPA A;  1HSG A;  2P3B A;  4IVT A;  1HXB A;  5P6R A;  1ZSR A;  4YDG A;  3NDW A;  2AZ8 A;  4ER1 E;  1LYB A;  4Y6M A;  3S53 A;  4EJ8 A;  1XL5 A;  5P5U A;  1HTF A;  2V16 C;  1TQF A;  2WF2 A;  2BQV A;  1LYW A;  3BUG A;  4NJT A;  5P08 A;  2OHQ A;  2WJO A;  1MTB A;  3TKW A;  2R38 A;  3I25 A;  4Y3P A;  1YTG A;  4J1E A;  4HLA A;  2JJI A;  3QRO A;  2QI0 A;  2FXD A;  3KM4 A;  3OHH A;  2Z4O A;  4F74 A;  5P86 A;  1VIK A;  1VIJ A;  3PLD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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