3S45A

Wild-type hiv-2 protease with antiviral drug amprenavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.47: HIV-2 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s45A00
2JYSA 5P38A 5P5JA 5P8NA 3K4VC 3LIYA 5COOA 3OGPA 3OTYA 5P4CA 5P3OA 4Y3YA 5P1MA 1NH0A 5P6YA 2AOCA 3DOXA 4Y3RA 1B6JA 5P7ZA 5P3CA 3Q5HA 4DVFA 2UXZA 2B42A 3APPA 5P6GA 4U7QA 5P3ZA 5P5OA 5P1UA 4EYRA 1MT7A 3OTSA 3UDPA 3LNKA 2NMYA 3AIDA 2OHUA 5P1OA 3OUCA 1ER8E 3O9AA 5P84A 2PMAA 5P36A 4QGIA 3ZOVA 5P8SA 2FMBA 5I3XA 3WB5A 3DJKA 4B00A 4FAEA 4R8YA 5OYWA 5P0SA 5P4EA 5P4TA 2Q54A 2AZBA 1LYBA 1Q9PA 1D4SA 5P4GA 1BBSA 1QRPE 1RV7A 1FQ4A 1ODYA 1RQ9A 3GGUA 4BFDA 4Q1WA 5P8PA 5P2BA 3OAGA 2ZJMA 3PLLA 5P3JA 5ER1E 3D20A 4Y47A 3TNEA 2QD6A 2QP8A 1HSGA 3EKYA 4Y5BA 4B0QA 3TPRA 3OADA 4RCDA 4OD9A 4RVJA 3T6IA 1AIDA 5P1NA 3DCKA 1K1UA 5P8EA 4EPJA 3L58A 3PSUA 3T7PA 1KJ7A 5P00A 3RVIA 4J1KA 2VS2A 5P5UA 4BEKA 1HPSA 2NPHA 4Y4EA 1IDAA 4GJ6A 5P8FA 3VF7A 4F73A 3DV1A 3FV3A 4KE0A 1HVLA 3FKTA 2P3BA 3SPKA 3FNSA 1B6KA 2R38A 5HDZA 3L5BA 5OZSA 4I0FA 3PM4A 3PI5A 1GNOA 2RKFA 4L7HA 3R1GB 3PWWA 3NWXA 4R5NA 5P67A 5P2LA 5P6CA 1HBVA 3INFA 5P5IA 4BFBA 5P1ZA 4PEPA 1IIQA 4ZPEA 5HD0A 2WF3A 1UH7A 4J1CA 4RZ1A 5P2JA 2PH8A 5P2XA 5P46A 5OZ9A 4Y3QA 5IVRA 1EC1A 3EM3A 4I1CA 4APRE 5KQFA 5HU1A 1HPXA 3R0YA 2V16C 4LC7A 4R95A 4Y3LA 2VKMA 3EKWA 3SO9A 5OYRA 2FNSA 4I0JA 5P70A 4TVHA 4OBJA 5P4IA 5P0HA 3VFAA 5P2OA 1WKRA 5P6UA 4HDBA 5AHBA 3LHGA 4HVPA 5P13A 1W5WA 2FGUA 2IS0A 3UDRA 1XE5A 5P83A 4EJDA 1PROA 3GI5A 3OQAA 2BPWA 5OZ1A 3JW2A 2R3WA 1W6IA 3NDWA 1XN3A 2F81A 3NUJA 5P26A 4L7JA 3VSXA 1FMXA 5J25A 4FGXA 2QCIA 4YBFA 4DJPA 5P2RA 1BILA 1EPNE 4Z2ZA 5OZCA 5P48A 1FG6C 2O40A 3L5FA 3S43A 4GJDA 1TCXA 2EWYA 2NR6A 3KDDA 1J71A 2BPZA 1C70A 5P2NA 2AVSA 3ZKNA 3IN3A 2SAMA 5P71A 2I4DA 3BRAA 3DCRA 3N3IA 3NR6A 2IGYA 3L5CA 2I4XA 4J0PA 5P3FA 2AOIA 2P3DA 5OZUA 5P0UA 2BBBA 4H3JA 5P27A 2G1OA 4RVXA 5DGWA 5P03A 5OZVA 3LZUA 4DJRA 5P68A 4FM7A 5IVQA 4Y5MA 5P6QA 3KFPA 5P66A 2PSGA 4YD3A 1A94A 4Y53A 1XS7D 3EKXA 5AHCA 4FCOA 4NJTA 1HOSA 2P3AA 3S45A 4CPWA 1ZBGA 1MTRA 1PSNA 4CPQA 4EP2A 3L5EA 1BDQA 3S2OA 4RRNA 2XFJA 3ZKXA 4GJ8A 5P85A 4CPXA 2B60A 4IVTA 5P2QA 1MESA 3NLSA 2QZWA 1ZLFA 1HPVA 5P0XA 3OQ7A 5P0DA 5P2CA 5OYYA 1LYBB 4I12A 1D4LA 4ZLSA 4GYEA 1APVE 2PC0A 1A8KA 3SM2A 3ZKMA 4Y5EA 4RYGA 4JECA 4K8SA 1CPIA 2NXDA 1FG8C 3OAGB 3FSMA 5P3PA 4M8YA 5P0CA 3SA5A 1EBKC 2ZJHA 4J1HA 5P11A 3ECGA 3PHVA 2FXEA 5P02A 3HZCA 1HSHA 4I0IA 5P42A 5ER2E 3VLBA 3OADB 1FKNA 5KAOA 4OD9B 5OZGA 2IL2A 4J1FA 5P6HA 4K4RA 1MUIA 1EPOE 5HE7A 4HZTA 4GJBA 1FMUA 4GMIA 1BIMA 5OZLA 5P1AA 3HAWA 3PEPA 5DR3A 1SMRA 2P3BB 1NPVA 5HVPA 4Y36A 4Y5KA 5P8RA 5OZKA 2WEAA 4Y5GA 5HU0A 5P28A 2NTRA 2VJ7A 1YTIA 3PI0A 4F74A 4H1EA 2PSUA 4H3IA 1LYWA 4A6CA 3UPJA 1W50A 3FIVA 1EC2A 2VA5A 2XFKA 4K4QA 4DQEA 4EJ8A 5P58A 2OAHA 1SDTA 3L59A 5OZDA 5P44A 4YA8A 4DQFA 4Y54A 5P6LA 5P8HA 5P63A 5P7GA 1DAZC 2R43A 3IXOA 5P47A 3I25A 4HLAA 1SP5A 2Z54A 3GW5A 5P4JA 5DQ2A 2Q55A 3VG1A 5P1LA 5HDUA 2PK6A 4Y3ZA 5P5DA 1MERA 5P08A 4Y3GA 5P4UA 4L7GA 5C9DA 2Q63A 3KDBA 3T7XA 5P3TA 1BAIA 3TL9A 4J0ZA 5P7BA 5OYQA 2HB2A 3Q3TA 5P6OA 2ZE1A 3PLDA 5P10A 6FIVA 4DQCA 1M43A 5P8IA 5P3SA 1LV1A 2XYFA 3UQPA 2PWCA 5BWYA 2I4WA 4YOAA 3OU4A 5P6BA 3S43B 2I4QA 1TCWA 3UFLA 5HDXA 1IVQA 4D88A 4E43A 4OBFA 4ZPFA 3PB5A 4U8WA 1EAGA 3KFRA 5P6TA 5EZZA 5P4RA 3B80A 3BVBA 3DUYA 3TPPA 4I11A 4R91A 3ZPTA 5P2DA 3UQXA 2AOHA 1GVTA 1FIVA 5P01A 2Q64A 3H5BA 2BJUA 5P2EA 2HPFA 3U7SA 5P0IA 4YOBA 2G1NA 2HPEA 4CKUA 4Y44A 4ZSQA 5OZFA 3UDHA 3OUAA 2NNPA 4RLDA 3EC0A 2AOFA 5OZBA 2NXLA 4CPSA 4FM6A 3ZKSA 3WZ7A 2JE4A 3PMYA 5F01A 4I8ZA 1XN2A 1MTBA 1HTEA 4YD4A 4J0YA 5P1JA 3VCMA 4GJ9A 3HBOA 2V00A 5P7PA 5P4ZA 1YM2A 2ZJKA 1HVHA 3D1XA 3LITA 2QK5A 2F3EA 1TSUA 2OHRA 3BVAA 2AZ9A 2WHHA 3GGXA 3KA2A 2BB9A 5P4NA 1AM5A 2A1EA 5P3XA 2G24A 5P0EA 3CMSA 1FQ5A 1NPWA 5DQCA 3NU5A 1AXAA 1EBZA 5AGZA 1IZIA 3HAUA 5P0WA 4FSLA 4LXMA 5P6NA 1KJ4A 5P12A 1G6LA 1BXOA 2JJJA 3IVIA 3UQRA 2QMPA 3BUHA 3O9DA 5P1DA 2QU3A 5P3MA 5P7NA 2B7FA 1SIVA 1MVPA 3O9EA 2H6TA 4NKKA 2BKSA 4Z4XA 4APEA 4OBGA 4H3FA 3BXSA 3GI4A 3GI6A 4FS4A 3H0BA 1ME6A 3OQKA 4JPEA 5P7RA 2QI7A 3O9GA 4DJXA 2BQVA 4Q1XA 4J0VA 4FRKA 4YCKA 4B70A 3OXVA 5OZOA 2WJOA 5P4WA 2AZCA 2IEOA 2QNPA 2ZYEA 3IAWA 2AVVA 2FGVA 3O9LA 5P5MA 5E5KA 4FSEA 7UPJA 2WEDA 4YDFA 2B8VA 5AHAA 5P74A 5BRYA 4NJVA 5P4LA 4EWOA 4PZWA 4F75A 3ST5A 3D1ZA 3GGAA 2HB3A 5OZWA 2UPJA 3BGCA 4Z22A 1T6GA 3FNUA 1CMSA 4PZXA 5P6IA 3JVYA 5P5RA 1AJVA 5P2KA 4CP7A 4ACUA 2VJ6A 1LF3A 3L5DA 5P15A 3S7LA 1LYWB 5P2MA 4Y4BA 5P4VA 4BELA 4WY6A 4Y3JA 4HDPA 2G1SA 5P3LA 4YBIA 6UPJA 2ER9E 4GZFA 5KR2A 2FIVA 5P14A 2ANLA 5ISKA 1SBGA 5AH9A 5KQYA 5P4AA 2WF2A 3S8IA 5P51A 5IE1A 4PYVA 1K1TA 1EC0A 4MC6A 3S56A 4Y5PA 1B6PA 1C6ZA 4D89A 5OZ7A 5P4PA 3I8WA 4H3GA 5P3YA 1BVGA 2OHTA 3PSGA 3RTNA 3OHHA 2MIPA 5P49A 3CYXA 5CONA 4Y3AA 4A4QA 2PYNA 3K5CA 5P1SA 5DR4A 4Y3DA 5UPJA 1HVRA 5P6PA 2QNNA 5P31A 5OZMA 4YD7A 1SIPA 4LXKA 5P80A 5P8MA 4KUPA 4QJ8A 1FQXA 3SFCA 2FS4A 1K6TA 3EKTA 2ZDZA 5DR8A 4OBKA 2OHNA 4LBTA 3SM1A 1RNEA 5FIVA 5KQXA 2HIZA 4I0ZA 3R0WA 1XL2A 5BS4A 5HCOA 3MSLA 2QNQA 5P87A 3OU4B 5P5VA 1K6VA 1B11A 1FB7A 3UQUA 5P4MA 3SACA 2VIJA 1YTHA 2QU2A 1BWBA 5P59A 5P8TA 2QI4A 3APRE 3HDKA 1FQ8A 1GVVA 5P5ZA 5P7LA 5P45A 1D4HA 3D91A 5COPA 8HVPA 1BDRA 5P79A 2VJ9A 5P53A 3PRSA 3KYRA 3KM4A 4Y4ZA 1GVUA 5P4BA 5P1BA 1RL8A 1A30A 4Y48A 4RROA 4ZIPA 1W51A 4Y57A 5P40A 5P0FA 5JFUA 3URIA 1HSIA 5OZXA 3U71A 2Q15A 5P61A 5P5NA 3EL4A 2JXRA 4XKXA 3MWSA 5OZTA 2R3TA 2FDEA 3TOHA 1T7IA 5DR7A 1PPLE 2AIDA 2P8HA 1E5OE 2QI0A 4Y4TA 5P07A 4EXGA 3QP0A 2I1AA 4Y37A 3NU6A 2ZHUA 2FNTA 1ZSRA 5KQZA 5KR0A 5DR1A 4L1AA 3TOFA 2IKUA 2F3KA 1YX9A 5OYXA 1EPPE 4DJWA 4NPTA 5P1WA 3INDA 5P2SA 2AQUA 5P7WA 5OZ4A 5OZHA 1DIFA 3ZMGA 4DQGA 1FFFC 1QDMA 1T3RA 4AMTA 1HVIA 1ZSFA 3CIBA 4D85A 3KF0A 3D3TA 4RVIA 5P3RA 5AH7A 3MSKA 3FX5A 3L3AA 1MRWA 2WL0A 2O4LA 2RENA 4Y4UA 5P5GA 1YG9A 5P3EA 5OYVA 1M4HA 4GJCA 3IA9A 4LXAA 5ISJA 1K6PA 5P3QA 3NXEA 3SAAA 4ZEAA 5C9FA 3TH9A 3C9XA 1MSMA 3QRMA 2NMZA 5P2IA 3ZKIA 4HA5A 4I10A 3PWRA 4CPUA 4D8CA 2QD8A 4CPTA 4AUCA 5P0QA 1ODWA 4Z50A 1HXWA 5P69A 4LHHA 1PSOE 1UH9A 4J5JA 2Q5KA 5P8UA 2QMGA 3O9LB 1OD1A 4B1CA 1IZHA 3RTMA 1UPJA 1U8GA 5JG1A 5P6WA 3VYDA 3OGQA 2G1RA 4CMSA 5P8BA 5OZJA 4YD5A 3OU1A 3Q4BA 5P3UA 2QZLA 5P7FA 5HTZA 4DI2A 4TRWA 4FAFA 4B1EA 2QAKA 4HEGA 2P83A 4FL8A 3HVGA 3UDNA 4Y3WA 2WEZA 1ZPKA 4CPRA 1LYAA 2WKZA 3S53A 3TOGA 1LZQA 2I0DA 5P1QA 1W5YA 5DQ4A 2R5PA 3O9HA 5KR8A 4FE6A 5P0TA 3UHLA 3NU4A 4Y43A 3CYWA 5P7AA 2WF1A 2ZHSA 5P5FA 4EHCA 3SLZA 4DV9A 1TSQA 3O99A 1APTE 1HVKA 3OUDA 1GVWA 5DGUA 5T4SA 3PBDA 5P18A 3D1YA 3S7MA 4X7IA 5OZIA 5P72A 4Y6MA 2QI1A 3CKPA 3QROA 2CEMA 5P0PA 3OHFA 5P04A 5P75A 4Y3TA 5P2AA 5P05A 3NSHA 3TKGA 5P4OA 3KT2A 2VIZA 2ZJNA 1MT9A 1M0BA 5P32A 4JPCA 5P33A 3LINA 4B05A 3VF5A 4FRSA 5I3WA 3LIXA 3KMXA 3A2OA 4EJLA 1HIVA 3TPLA 2G69A 1TQFA 3VV8A 2VNNA 3O9FA 2O4NA 1B5FB 5SY2A 1GKTA 4YHQA 3UDJA 1SGZA 4DQBA 2QHCA 1EBWA 3T7QA 5P4XA 2FDPA 5P4HA 5P54A 3SKGA 3VV6A 2NXMA 3CIDA 3M9FA 1PPME 2WF0A 2AVOA 2PWRA 2R9BA 3L38A 3EXOA 4QJAA 5P8AA 3Q6YA 5P8GA 4FIVA 3EL9A 2I4VA 4DFGA 5P2HA 3IN4A 4Y3XA 4Y4GA 3NDXA 4Y3FA 5IS4A 3DM6A 5HCTA 1E82E 3EL5A 1MIQA 3LZSA 3PJ6A 4Y4AA 1EPLE 5P35A 1KJGA 4B1DA 1YM4A 4GJAA 4FM8A 2CENA 1F34A 3EL1A 5P1YA 3OOTA 2R8NA 2HS1A 2QHZA 3OQDA 3K1WA 5P77A 1D4KA 2J9JA 3G72A 5P8VA 5EZXA 5P2TA 5P7KA 5SXNA 4L1AB 4TRYA 3U6AA 5P25A 1YTJA 5P7TA 1G35A 1KJFA 4UPJA 3K5FA 5P24A 1HRNA 4Y5AA 1K2CA 4EP3A 5P3HA 3OXWA 3IXKA 5P7JA 5DR0A 5P20A 2ZHRA 5P2GA 1HTGA 5P6XA 3HVPA 1ZJ7A 5P5PA 4DJOA 1LEEA 4ER1E 1Z1RA 5P6DA 5P1RA 5P57A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JYS A;  5P38 A;  5P5J A;  5P8N A;  3K4V C;  3LIY A;  5COO A;  3OGP A;  3OTY A;  5P4C A;  5P3O A;  4Y3Y A;  5P1M A;  1NH0 A;  5P6Y A;  2AOC A;  3DOX A;  4Y3R A;  1B6J A;  5P7Z A;  5P3C A;  3Q5H A;  4DVF A;  2UXZ A;  2B42 A;  3APP A;  5P6G A;  4U7Q A;  5P3Z A;  5P5O A;  5P1U A;  4EYR A;  1MT7 A;  3OTS A;  3UDP A;  3LNK A;  2NMY A;  3AID A;  2OHU A;  5P1O A;  3OUC A;  1ER8 E;  3O9A A;  5P84 A;  2PMA A;  5P36 A;  4QGI A;  3ZOV A;  5P8S A;  2FMB A;  5I3X A;  3WB5 A;  3DJK A;  4B00 A;  4FAE A;  4R8Y A;  5OYW A;  5P0S A;  5P4E A;  5P4T A;  2Q54 A;  2AZB A;  1LYB A;  1Q9P A;  1D4S A;  5P4G A;  1BBS A;  1QRP E;  1RV7 A;  1FQ4 A;  1ODY A;  1RQ9 A;  3GGU A;  4BFD A;  4Q1W A;  5P8P A;  5P2B A;  3OAG A;  2ZJM A;  3PLL A;  5P3J A;  5ER1 E;  3D20 A;  4Y47 A;  3TNE A;  2QD6 A;  2QP8 A;  1HSG A;  3EKY A;  4Y5B A;  4B0Q A;  3TPR A;  3OAD A;  4RCD A;  4OD9 A;  4RVJ A;  3T6I A;  1AID A;  5P1N A;  3DCK A;  1K1U A;  5P8E A;  4EPJ A;  3L58 A;  3PSU A;  3T7P A;  1KJ7 A;  5P00 A;  3RVI A;  4J1K A;  2VS2 A;  5P5U A; 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 1CPI A;  2NXD A;  1FG8 C;  3OAG B;  3FSM A;  5P3P A;  4M8Y A;  5P0C A;  3SA5 A;  1EBK C;  2ZJH A;  4J1H A;  5P11 A;  3ECG A;  3PHV A;  2FXE A;  5P02 A;  3HZC A;  1HSH A;  4I0I A;  5P42 A;  5ER2 E;  3VLB A;  3OAD B;  1FKN A;  5KAO A;  4OD9 B;  5OZG A;  2IL2 A;  4J1F A;  5P6H A;  4K4R A;  1MUI A;  1EPO E;  5HE7 A;  4HZT A;  4GJB A;  1FMU A;  4GMI A;  1BIM A;  5OZL A;  5P1A A;  3HAW A;  3PEP A;  5DR3 A;  1SMR A;  2P3B B;  1NPV A;  5HVP A;  4Y36 A;  4Y5K A;  5P8R A;  5OZK A;  2WEA A;  4Y5G A;  5HU0 A;  5P28 A;  2NTR A;  2VJ7 A;  1YTI A;  3PI0 A;  4F74 A;  4H1E A;  2PSU A;  4H3I A;  1LYW A;  4A6C A;  3UPJ A;  1W50 A;  3FIV A;  1EC2 A;  2VA5 A;  2XFK A;  4K4Q A;  4DQE A;  4EJ8 A;  5P58 A;  2OAH A;  1SDT A;  3L59 A;  5OZD A;  5P44 A;  4YA8 A;  4DQF A;  4Y54 A;  5P6L A;  5P8H A;  5P63 A;  5P7G A;  1DAZ C;  2R43 A;  3IXO A;  5P47 A;  3I25 A;  4HLA A;  1SP5 A;  2Z54 A;  3GW5 A;  5P4J A;  5DQ2 A;  2Q55 A;  3VG1 A;  5P1L A;  5HDU A;  2PK6 A;  4Y3Z A;  5P5D A;  1MER A;  5P08 A;  4Y3G A;  5P4U A;  4L7G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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