3S53A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug darunavir in space group p212121
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s53A00
1FQ5A 2HPFA 5IVRA 2R38A 3NXNA 2Q63A 3ER5E 3F9QA 1BXQA 3PI0A 2NPHA 3S53A 1HEGE 1FMUA 5P2LA 3AIDA 4H3IA 4OBGA 1HPXA 2JJJA 3EKVA 4Y3YA 2RKGA 2QMDA 5COKA 1T7JA 4RZ1A 1K6CA 3OQDA 3LNKA 4EJ8A 4FM6A 3K5GA 5P2AA 4YCTA 3S45A 3O9IA 2QI6A 1QBRA 3Q70A 1BVGA 4D88A 1RL8A 2ZJIA 2NNPA 2VJ7A 3QRVA 2V0ZC 5P35A 4RGHA 2OHSA 1WBMA 3S56A 5P4IA 4H3FA 4OBKA 2WEDA 5P70A 1XDHA 5P17A 2IRZA 2BKSA 4AUCA 2F80A 3PEPA 2FDEA 3GGVA 4K8SA 1SIVA 3UDQA 4KUPA 5HDXA 3H0BA 3M9FA 3DCKA 4Q1WA 5P0JA 4DFGA 5HU1A 5KQZA 3HW1A 1IVPA 3ZPSA 1KJ7A 3EKTA 2B42A 7UPJA 1HBVA 2XFKA 2F3EA 4ZPFA 5HDZA 5P6KA 1PFZA 5P4JA 3O9BA 1YM2A 4Y5AA 3OGQA 3BRAA 2WEZA 2HM1A 3EC0A 1A8GA 4YHQA 1QBSA 2RMPA 5UPJA 2VA6A 5P3EA 3OHHA 5P6GA 1HHPA 2G27A 3DV5A 4GJ6A 5P3HA 1K2CA 2F8GA 3IVHA 2IS0A 3NU3A 4NPUA 3PVKA 1MTBA 1VIJA 2WF2A 1WBKA 4FAEA 5P8GA 1APTE 4U8WA 5TOLA 3WB4A 5P1TA 5DR1A 3SA6A 2VIJA 3UFNA 5P4WA 3KA2A 5CLMA 5P68A 5P38A 3QBHA 4Q5MA 2BQVA 4DPIA 1FIVA 2G1SA 2AZ8A 5OZMA 1LYBA 5P5UA 1KJHA 2AVSA 5P0NA 2FGUA 1IZDA 5COOA 1META 3GGUA 4Y3MA 5OZEA 1HIIA 1NPWA 5P71A 4NPTA 3OXWA 2ZHRA 3KDDA 1ZPKA 4Q1XA 5CONA 1G2KA 3U71A 1XL2A 5P1ZA 5P5GA 2XFJA 9HVPA 2ZJLA 2NMZA 3R2FA 1SIPA 5P4MA 1BAIA 1DW6C 3CKTA 5P2DA 3TPRA 1MTRA 2WEBA 3L59A 3EL4A 3SKGA 2ZJKA 4ACUA 5P09A 2AOCA 3UQXA 3GI6A 5EZXA 4CPWA 4Y48A 3KFRA 5P7PA 4XKXA 3Q6YA 2O40A 3HD8A 2Q64A 5P6LA 2QD6A 3OK9A 4RRSA 5E5JA 1D4KA 4HDFA 5OZJA 2ER0E 5OZHA 3Q5HA 5P78A 4QJ9A 3VF5A 2AOIA 3EKPA 5P46A 2ER6E 4NJVA 1T7IA 1SH9A 5P2VA 2ZJJA 5P1EA 5P0ZA 4MC6A 5P0FA 1W50A 3DUYA 5EZZA 5P48A 5P6JA 2P3BA 3SFCA 3ZKQA 1KJ4A 1JLDA 4OBHA 3T7QA 5P15A 3IXKA 4Y44A 3CICA 1MRXA 5P76A 3ZL7A 2QI0A 4JECA 4Y5EA 5PEPA 5P0GA 4RYGA 5P04A 2HC0A 1HRNA 3IAWA 4FSLA 3QN8A 3L38A 1HTFA 5P74A 4I12A 5OZ5A 3DM6A 5OZXA 1EPRE 4KE0A 5OZ3A 3HBOA 3RSXA 4D83A 2ZJNA 4XX3A 4RCFA 1GVUA 4CKUA 2IGXA 1ZP8A 4FL8A 5P32A 1F7AA 1APVE 3D3TA 5I3XA 5KOSA 1ODWA 2I1AA 4Y4WA 5P5CA 1MT7A 5OZPA 2AZ9A 2OHMA 1IDAA 5P0XA 2G22A 3KT2A 5P87A 3OU1A 3SA5A 1FMBA 4B1DA 2P3CA 5P7IA 2QD8A 5P65A 3MSLA 4BEKA 3EL9A 4DQCA 4EHCA 3D1ZA 2PWRA 5P4PA 5JFUA 4CPTA 2EWYA 2FDDA 1HTGA 4M8XA 2AOGA 4Y35A 4Y3RA 5P4TA 5OZ4A 1PPME 5P08A 5P8FA 3NR6A 5P56A 5FIVA 2IGYA 5HE5A 2NXMA 3O9GA 2G1NA 4CP7A 2I4XA 3T7XA 2ZGAA 5P00A 2IENA 2FLEA 2ER7E 1FG8C 3LZVA 4R93A 3N4LA 3TPLA 1FFIC 2HB3A 1DP5A 2B8LA 5ENMA 2QCIA 3IXOA 1EPOE 3R0YA 5P47A 1RNEA 5P1DA 3OAGB 5P7YA 3IN3A 5P7FA 1PSAA 3OU3A 2HS1A 4X7IA 3ZKXA 1HSHA 1DPJA 4HEGA 5P8IA 5P52A 1XS7D 5KR8A 4AMTA 2ZHSA 5P5BA 2VIEA 2QZKA 4Y4BA 2QHCA 2OHUA 1GVTA 1AAQA 5P5ZA 1LYAB 3T7PA 2IDWA 4K4RA 2OHLA 1XE6A 5P8AA 5BS4A 2Q5KA 5OZAA 2AOJA 5P0VA 1C6XA 4I0JA 5P1IA 2RKFA 1XL5A 4NJSA 4YD7A 3CKRA 1MPPA 1ZBGA 3TNEA 5P10A 5SY3A 5P4RA 3FKTA 1SDVA 3S8IA 3TLHA 3BGBA 3LIVA 1PSNA 1MRWA 3SA4A 4Y3NA 1W6IA 1BILA 4LAPA 1ZAPA 4TRYA 4I0GA 4Z2ZA 4WTUA 1HSGA 2FS4A 3S2OA 4APRE 3B80A 1ZSFA 2G21A 3R4BA 2QI3A 6UPJA 4I8WA 5P7RA 4Y3WA 5P7CA 4J0TA 3VSWA 5P7QA 3PSGA 4GJ8A 2ZHUA 2BB9A 1Z8CA 3A2OA 5P13A 5P63A 4ZE6A 2OHRA 5P5NA 3U7SA 4LXAA 4GMIA 4Y36A 4F75A 5P53A 4Y4EA 5P7VA 3ZLQA 3OQ7A 5DR8A 1IIQA 2ZE1A 3INHA 1HVIA 5P05A 3VF7A 3TKGA 2VNNA 1EPQE 3JW2A 3DCRA 1GVXA 5P33A 2P3DA 5HCOA 3OUBA 3NUJA 3N3IA 3ZKIA 4QJ8A 1SDTA 4J0PA 5P5FA 2VS2A 2J9KA 3TL9A 3PLDA 4YBFA 3OUDB 4EWOA 5P4OA 2P8HA 5AH7A 3L5CA 4BFDA 1LF3A 3S85A 3QRMA 5P0PA 5OZFA 5DQ1A 1B5FB 3SABA 1GNMA 3NU4A 3PHVA 2NXDA 5P75A 3D20A 4MC9A 1EPME 4CPSA 1B6KA 3VFAA 4TRWA 3L5FA 2QI4A 1J71A 1M4HA 3QS1A 2AQUA 1YTGA 5P7TA 4J1CA 5P2TA 5OZ0A 3ZKNA 3QVCA 4HDBA 5OZWA 2VJ9A 3OU4B 2ZYEA 3UDPA 4QJAA 5P5DA 1FQ8A 5P89A 2HB2A 4PYVA 2B7FA 3PRSA 3NXEA 4DI2A 1SMRA 2R43A 5P2MA 1TSUA 4LC7A 4NJUA 5P6OA 4EXHA 3SACA 4RCDA 1YTJA 5P3DA 5P3JA 3VF3A 2ZHVA 2Z4OA 1WKRA 5P0EA 5AH9A 5ISJA 3UDYA 5P41A 2G1OA 1RQ9A 5P7NA 1EPNE 2XYEA 3KM4A 5P22A 2I4QA 4I1CA 4QLHA 2HS2A 5ISKA 4Y3GA 3VYDA 2QU2A 3PI5A 3MSJA 1MUIA 2B60A 5OYVA 3K4VA 3BXRA 2RENA 5P8UA 5P1PA 2I0AA 5P1RA 4Y41A 4Z4XA 2WL0A 1RPIA 3BUGA 4U7QA 3PCWA 5P49A 3VFBA 5P5AA 1KJGA 3UF3A 5P5PA 5J25A 1TW7A 5P03A 3I6OA 4R91A 4FGXA 5P7SA 2ANLA 5IVSA 5OZOA 1TZSA 3PM4A 5P2ZA 1FQXA 2BJUA 1BWBA 1APUE 5KQXA 4B70A 4TRZA 2MIPA 4U7VA 5P80A 3T11A 5P6DA 3UDHA 4DJRA 2AZCA 1E81E 3HLOA 2B8VA 5P0WA 5OYUA 3EKXA 1ODXA 1CPIA 1PPLE 3LITA 5P8HA 4Y4UA 2IKOA 3R0WA 7HVPA 5C9BA 3TTPA 1W5YA 5P2GA 4I10A 3I2LA 1E82E 2G69A 3QVIA 5P7KA 5P8LA 1PSOE 5P3XA 3OADA 5P8BA 3UFLA 2P3AA 4J55A 5P2WA 2V10C 3QRSA 3R1GB 4GJAA 4X2LA 5SY2A 4Y43A 3OUCA 4L1AB 3PWWA 3HVPA 3RTHA 5P4DA 1FFFC 1K1UA 3OXCA 1FMXA 2ER9E 3INDA 4Y4TA 1MT9A 3LIQA 2JE4A 3Q4BA 2PYMA 5P6PA 1AJXA 1ZLFA 2QMPA 5P42A 1HOSA 5P67A 5P1AA 5JG1A 1A30A 4BELA 3O9LA 5P2RA 3D1YA 5P3WA 4RROA 4F73A 3ZOVA 1QBUA 3TPJA 4DJYA 4EJDA 1K6PA 1B6PA 3AUPA 3RVIA 4N00A 3RU1A 5P0UA 1M0BA 4RCEA 1BVEA 1QRPE 3VCMA 3O9HA 4FSEA 4COEA 3VYEA 4J1IA 3FV3A 5P6BA 1KJFA 3BVBA 1BBSA 2BPWA 3PWMA 4QJ6A 5P8CA 5OZTA 5OYWA 5P2IA 4GZFA 3GGXA 2I4VA 1BDLA 4Y57A 4YOAA 3I7EA 4F76A 3I8WA 4DQFA 2HB4A 3KFSA 2G26A 2OF0A 5P6CA 3ZKGA 2VA5A 2PH6A 4DJPA 4LXKA 1SGUA 1EEDP 3SA7A 5P1FA 5P0HA 5P8NA 3BVAA 3QBFA 5P8TA 3EKQA 5P6HA 1FQ4A 4Y9WA 5P28A 4B00A 5P82A 2G1YA 5P5LA 1YX9A 4TVHA 4YD6A 5P3GA 4XX4A 5P6AA 3PLLA 4DJVA 4Y3PA 5P43A 5P2BA 1W5WA 5HE7A 5OZIA 5P5HA 5P3VA 5OZLA 4LHHA 5IVQA 5P51A 1LYWA 3LHGA 2XYFA 1YTIA 4LBTA 1HEFE 1HTEA 5SXNA 1T7KA 1EC2A 4Y38A 1NH0A 3IA9A 4DUSA 3EL5A 3TPPA 4AZYA 1AVFA 2QMFA 2AIDA 2R3WA 3G6ZA 3GGAA 1ER8E 2ZDZA 1FEJC 4RVJA 4EXGA 1K2BA 4YCKA 5I3VA 4DJWA 6APRE 4DV9A 5AH6A 4TVGA 2BPYA 1ZTZA 2UPJA 5P1CA 4OD9A 2JYSA 4Y4DA 5P1GA 5P3CA 2J9JB 4OC6A 4Y5NA 4GJDA 4DVFA 5P12A 2A1EA 3PJ6A 1EPLE 4FM7A 3S43B 5P3NA 5P8SA 2AZBA 4MC1A 5P18A 4UPJA 5OZBA 5P4UA 3OXVA 1SGZA 4IVTA 5P5XA 3VV8A 1E5OE 3RSVA 5P1SA 1FG6C 4L7JA 5P3MA 2V13A 3EMYA 4I0IA 4J1HA 3KN0A 5P2YA 2QD7A 1FKNA 4I0HA 5P58A 1M43A 4Y3FA 5P2NA 4MC2A 2OAHA 5P3YA 4OBJA 3EL0A 5ER2E 3EM4A 2FDPA 5P2OA 4Y56A 5P3LA 4M8YA 1MERA 4ZSMA 5P5WA 5KOQA 5BWYA 4B05A 1BV9A 3APPA 3OTYA 4K4QA 5OZ8A 5P4YA 1Z1HA 3EBZA 2PH8A 3QI1A 2I0DA 5P7GA 5P3RA 4JPCA 2IEOA 5P5KA 5P4LA 2Q55A 1ODYA 2PK6A 2OHKA 1A9MA 4EJLA 4YD4A 3KFPA 3KMYA 3NDTA 4Y3DA 2IKUA 5P64A 4OBDA 5P8OA 5P0IA 5AHAA 3ZKSA 4Y4GA 5P16A 3IXJA 1LZQA 1BXOA 5P81A 5AHCA 1PROA 3BGCA 5P3IA 1HPOA 5E5KA 3L58A 5P5VA 5P4ZA 3QAAA 3SQFA 5P1LA 5JFPA 1D4YA 2HAHA 4R95A 1IDBA 4Y3HA 1HVCA 3ER3E 1D4SA 3G70A 5OZKA 4FRIA 4E43A 3GI4A 3NDUA 5P4NA 2QZXA 5P1BA 3NSHA 2PMAA 5P8VA 3KT5A 1MESA 5OZNA 2V16C 2R3TA 4Q1NA 3ZPTA 3QROA 3EKWA 4L1AA 5P6YA 4FRSA 1ZSRA 3UQRA 3NLSA 3UDJA 5BRYA 5C9DA 2H6TA 1AM5A 3BXSA 3VYFA 3OXXA 1XN3A 1UH7A 5P0YA 2NNKA 4YOBA 2JXRA 1GNOA 3PCZA 1LYBB 3G72A 4DQEA 5P7AA 4HE9A 5KR2A 5P66A 4NJTA 3RTMA 5P6UA 5P1KA 3ZKMA 1AZ5A 5COPA 3SM2A 3IVIA 4FRKA 5P73A 1FQ7A 4DH6A 3BHEA 1BV7A 4A6BA 3FX5A 2F3FA 5P1XA 2RSPA 1DIFA 5OYYA 5P1VA 3URJA 1IVQA 2VKMA 5P3AA 1B6LA 3S7LA 4JOOA 2WHHA 6FIVA 5OZQA 3EM6A 3PBDA 3SA9A 2B7ZA 4LXMA 5P20A 3HVGA 4RVXA 5P1OA 1IZEA 4GB2A 5P4CA 1FF0C 3U6AA 4APEA 3ZMGA 4I0FA 5P6ZA 4I0EA 2QI1A 2QU3A 4GJ5A 3SA8A 4B1EA 3CYWA 5IE1A 2NR6A 5HU0A 1MT8A 3K5DA 4ZSPA 1OEXA 5P8PA 3O9AA 2ZJHA 3DJKA 5P40A 3HAUA 4YBIA 2VA7A 3GI5A 1E80E 4D8CA 3BUHA 3QP0A 5OZ9A 1XE5A 2P3BB 4LP9A 1B6MA 1SBGA 5P07A 2ZJMA 4QJ7A 5P84A 5P0BA 3SA3A 3KMXA 5P0TA 3WZ7A 3EL1A 3FSMA 4R8YA 4J54A 1AJVA 5OYRA 5P19A 2Q15A 3LINA 5P5EA 5P2HA 3EM3A 1G6LA 3QPJA 5P4HA 4HZTA 4EJKA 1YT9A 2O4SA 4PZXA 4I0DA 2WJOA 1TQFA 3LZSA 4J0ZA 2Q54A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ5 A;  2HPF A;  5IVR A;  2R38 A;  3NXN A;  2Q63 A;  3ER5 E;  3F9Q A;  1BXQ A;  3PI0 A;  2NPH A;  3S53 A;  1HEG E;  1FMU A;  5P2L A;  3AID A;  4H3I A;  4OBG A;  1HPX A;  2JJJ A;  3EKV A;  4Y3Y A;  2RKG A;  2QMD A;  5COK A;  1T7J A;  4RZ1 A;  1K6C A;  3OQD A;  3LNK A;  4EJ8 A;  4FM6 A;  3K5G A;  5P2A A;  4YCT A;  3S45 A;  3O9I A;  2QI6 A;  1QBR A;  3Q70 A;  1BVG A;  4D88 A;  1RL8 A;  2ZJI A;  2NNP A;  2VJ7 A;  3QRV A;  2V0Z C;  5P35 A;  4RGH A;  2OHS A;  1WBM A;  3S56 A;  5P4I A;  4H3F A;  4OBK A;  2WED A;  5P70 A;  1XDH A;  5P17 A;  2IRZ A;  2BKS A;  4AUC A;  2F80 A;  3PEP A;  2FDE A;  3GGV A;  4K8S A;  1SIV A;  3UDQ A;  4KUP A;  5HDX A;  3H0B A;  3M9F A;  3DCK A;  4Q1W A;  5P0J A;  4DFG A;  5HU1 A;  5KQZ A;  3HW1 A;  1IVP A;  3ZPS A;  1KJ7 A;  3EKT A;  2B42 A;  7UPJ A;  1HBV A;  2XFK A;  2F3E A;  4ZPF A;  5HDZ A;  5P6K A;  1PFZ A;  5P4J A;  3O9B A;  1YM2 A;  4Y5A A;  3OGQ A;  3BRA A;  2WEZ A;  2HM1 A;  3EC0 A;  1A8G A;  4YHQ A;  1QBS A;  2RMP A;  5UPJ A;  2VA6 A;  5P3E A;  3OHH A;  5P6G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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