3S85A

Discovery of new hiv protease inhibitors with potential for convenient dosing and reduced side effects: a-790742 and a-792611.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease/reverse transcriptase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s85A00
5P09A 2VIYA 4ZSPA 3QIHA 4L7HA 5P0ZA 3ZKSA 2XYEA 1SGUA 3S7LA 3TOHA 3ER5E 4CPQA 2QZKA 1DIFA 1W5VA 3VV6A 3OQFA 2WF0A 4Y4EA 4J5JA 5P4EA 3S2OA 3HAWA 5P2IA 3PGIA 1HPXA 1MSMA 3LIZA 3LZVA 3TPLA 2FMBA 3EKWA 1D4LA 3KFNA 3UDMA 4Y3HA 4YD5A 4QLHA 4Y5GA 2QAKA 4J1KA 5P6DA 1TZSA 3IN3A 3SLZA 3NDWA 1HVJA 2WECA 3HVGA 4Y3MA 1HEFE 3BXSA 4ZEAA 5P1QA 3KYRA 3EC0A 5P81A 2ZJHA 2I4QA 3WZ8A 4Y41A 4Y4DA 3BGBA 5P1KA 2ASIA 5ISKA 4OD9B 3KF0A 5P6ZA 4NJUA 5P1WA 2OAHA 3HD8A 1FF0C 3OK9A 1C6XA 4B72A 2MIPA 2WJOA 1FQXA 2PSGA 1FMBA 1RQ9A 3URJA 5SXNA 2BKTA 4J54A 5JG1A 4ZSRA 5ER2E 2WF1A 1DPJA 3Q6YA 3PLDA 2NPHA 5P0NA 5P6LA 1EBYA 4B78A 4J17A 4CPRA 3K1WA 5P5DA 5OYYA 1EPRE 3MXEA 4QJ8A 5HU0A 1K6TA 1HVIA 5P1DA 4R93A 5AHBA 1META 1NSOA 4Y3SA 5DR1A 5P24A 3KMYA 5P5GA 3BUHA 3NR6A 3RTNA 1XE5A 2R8NA 5KR2A 5P4SA 5J25A 1MRXA 4Y3ZA 4Y3FA 5P55A 5KAOA 5P8PA 5BWYA 5P3NA 4AUCA 2PH6A 1PSAA 5P60A 1HSIA 4ZE6A 2QZXA 3PSYA 3EXOA 3UFLA 3C9XA 3QROA 1WBMA 3LPKA 4EJLA 2XFJA 3NU3A 2BJUA 5P3FA 1KJHA 4OBGA 5P30A 1EBWA 3Q70A 3ZKXA 2WL0A 2G27A 3VF5A 2Q11A 2B60A 1PFZA 5P0LA 5P20A 5P62A 4BFDA 5OYSA 4OBKA 5OZSA 2JJIA 2ER0E 4WY6A 5P6JA 5P0QA 1LYAB 1ZSFA 3VV7A 1LYBB 1TCWA 5P7BA 1HVLA 4J1IA 3SM2A 5P2SA 1LYWA 3EMYA 1D4YA 4I0HA 1FQ5A 1QDMA 5P6WA 4Q1XA 3RVIA 4Y3EA 2WHHA 4M8XA 5P5RA 1LZQA 1CPIA 5P3QA 1UH9A 3OOTA 2I4VA 4YDFA 3CKPA 4HZTA 3G72A 3CKRA 4Y9WA 2P4JA 2ER7E 3PI5A 5P0MA 1APWE 4Y3QA 5DR3A 1HWRA 5DQ1A 1QBTA 4Y56A 4ZPGA 1ODXA 5PEPA 3K5CA 3O99A 1KJ7A 5P82A 2I0AA 5AGZA 5DQCA 1K6VA 4HDPA 1M43A 3NU6A 5P6CA 5P79A 5P8CA 3GGAA 4YOBA 4GYEA 1HXWA 5P5LA 3OADB 4ACXA 4RCDA 1YM4A 5P44A 2NMYA 5OZEA 5HDVA 1EPPE 5P12A 3GI5A 4YD4A 2F3EA 2G94A 4U8WA 5P3YA 1D4IA 4Q1WA 3MXDA 3GI0A 3OXWA 5OYTA 5P1CA 1NPVA 1YT9A 5F01A 3NDXA 5OZFA 2AOJA 1M0BA 5OZHA 3KDBA 5P3OA 5P0WA 3PCWA 4I0GA 1HVHA 1XS7D 2VA5A 5P0OA 2ZJLA 1BXOA 4X2LA 5EZXA 5P49A 4IVSA 3QVCA 5T4SA 5DR7A 3ZKGA 5OZZA 3LNKA 5OZ8A 5EZZA 4FM7A 5P7LA 3PSUA 2ZGAA 5P2OA 3I6OA 5OYQA 5P7AA 3NDUA 4Y4JA 1ENTE 4ACUA 2R43A 3S56A 5HE7A 2ZHVA 4GJ5A 1DW6C 1FG8C 4RGHA 4OC6A 3EKYA 1B11A 2NR6A 4GB2A 3OUAA 4FSLA 1SDVA 3OU4B 2P8HA 3UPJA 4JP9A 5P4IA 5P5BA 3GW5A 5P4JA 2RKFA 4JECA 3WB4A 4J0ZA 5P6NA 4FAEA 2JJJA 3T6IA 4H1EA 2PK5A 5P6EA 3GGUA 4QJ6A 3JW2A 2FGUA 4I1CA 3JVWA 4BEKA 5P6GA 5P32A 2NXLA 5KR0A 3EKQA 5P3JA 2RMPA 5FIVA 4Y57A 2NNPA 5OZUA 4WTUA 1ZLFA 4GJ7A 2OHQA 5P4FA 4CMSA 1HVKA 3QVIA 1MSNA 2G1RA 1XL2A 4R5NA 5P2FA 5P8DA 3CYXA 2UXZA 3K5GA 5P29A 3HAUA 2B7ZA 1W50A 1CZIE 3APRE 4Y4AA 3I2LA 4Y3DA 1HOSA 2AVMA 1NH0A 5P4KA 1HPSA 5OZDA 4K4QA 2FDDA 4RYCA 5KR8A 5SY3A 2QD6A 3S43A 1EC0A 5P6RA 5P73A 2HM1A 4FCOA 5APRE 1GNNA 2IL2A 5P3XA 2ZYEA 1HIVA 1BV9A 2QU3A 3G70A 2AZBA 5P4ZA 4EXGA 5DQ5A 5TOLA 1OEWA 2FLEA 2R38A 4F74A 5P25A 4FRJA 5P7OA 1FG6C 5P7XA 2IQGA 3VUCA 2OHUA 3U6AA 3BXRA 3IXOA 5P5JA 1IZIA 2P3AA 2OHKA 3DCRA 5P36A 5P0DA 5P5SA 3L5EA 4Y6MA 3NU5A 2ER6E 1ZAPA 5P2EA 2BPZA 1BDLA 3UDKA 4J1FA 1K6PA 4X7IA 3RSVA 5P22A 5P4LA 4TVHA 4ZSQA 5AH7A 1ZPAA 5C9DA 1AAQA 3TL9A 5HD0A 1FMXA 5P1UA 3QRVA 5OZIA 3ZOVA 2FDPA 2IGYA 5OYRA 4QJ7A 3PSGA 5HVPA 3QP0A 3L5FA 1SIVA 5CLMA 4E43A 2QK5A 1LF4A 2G69A 5AHAA 5IVRA 4I0IA 3S85A 4ZSMA 3KA2A 3KN0A 2ANLA 5P2CA 2I0DA 2VIEA 1IZEA 5P5MA 3HDKA 2AVSA 3OHHA 2VKMA 3ZMGA 5HDUA 2R3TA 5IS4A 4MC2A 1MUIA 5P2BA 4HDBA 3QRMA 3S7MA 3PM4A 5SZ9A 3SABA 4Y38A 5P3IA 5P5OA 4Y4UA 1KZKA 4EYRA 1AZ5A 3EBZA 5HE5A 4Y5PA 5P6TA 1EPLE 5OZGA 4Y47A 4A6BA 1T7JA 4DPFA 4R8YA 1EBKC 3MSJA 2J9JA 4Y45A 1AJVA 5P7QA 4EHCA 1E80E 5P1LA 1C6ZA 2RSPA 2OHSA 7UPJA 4U7QA 2IENA 5P87A 3S53A 5P6MA 4CPXA 5P74A 3SO9A 4B70A 2AZCA 3ZPSA 5P2LA 1MT9A 5OZ6A 1APTE 1GVWA 5P4RA 2Q64A 4A6CA 3OAGA 4DQEA 5P8GA 5P5UA 5P2VA 1FQ6A 3PMUA 1MVPA 1XN3A 5P4VA 3PHVA 5P8OA 2F8GA 2IEOA 5P35A 7HVPA 1XN2A 4YD7A 2HIZA 2OHPA 5P7IA 3AUPA 2BKSA 4Y4BA 5P0CA 1BDQA 5P00A 5P6BA 3HBOA 5P3EA 5P2HA 4J1HA 5P8EA 4FAFA 3ER3E 4FL8A 3O9AA 5P5IA 4FRKA 1HBVA 1G6LA 1WBKA 1A8KA 1FGCC 3TTPA 4B0QA 2VNMA 2V16C 3VFAA 3OGPA 2QZLA 1TSUA 3PI0A 5P86A 1AM5A 3URLA 4J1EA 5OZMA 4Q1NA 4NPUA 4LP9A 3PJ6A 4NJSA 5P8UA 5P52A 4FGXA 4DPIA 3SA8A 5ISJA 2JE4A 4FLGA 2QI6A 5P6YA 2OHLA 2VNNA 5P3MA 3TLHA 2QMDA 1ODYA 3Q5HA 3QS1A 4I11A 4Q5MA 5OZPA 1LF3A 1SDUA 3SKGA 3DCKA 3I25A 3R0WA 3DK1A 3SAAA 2P3BB 4XX3A 2G1SA 2I4DA 4I12A 1D4HA 4ER2E 4Y4ZA 3UQUA 5HDZA 5P07A 1TSQA 4OBFA 5P7DA 5HDXA 5P2WA 1SMRA 4J0PA 4Q1YA 2H6TA 3PWWA 5P2DA 3N3IA 5P40A 4UPJA 5P5XA 5P3UA 2ZHUA 4J1CA 3TNEA 4DQCA 2QP8A 1FFFC 1T7IA 4Y3RA 3UF3A 1E81E 5P2JA 3LZSA 3PRSA 3ZLQA 4DH6A 1J71A 4NJVA 5P75A 5P6FA 5ENKA 4DJQA 2BQVA 5P7VA 2R5PA 5P7UA 5B18A 3LIYA 1A94A 5E5KA 5P4UA 4CKUA 3QRSA 5DR0A 1DAZC 2AIDA 3S43B 1SIPA 2XFIA 4PEPA 1VIJA 2O4NA 4Y3YA 3TKWA 5P39A 3PLLA 4OBDA 4F73A 3QAAA 2QHYA 3SKFA 1UPJA 5OZ1A 1ZPKA 3WB5A 3IXJA 5P5TA 4DJXA 2ZHRA 1K1TA 4YA8A 4A4QA 4K4RA 2NMZA 4ZLSA 3ZKMA 5OZ7A 5P47A 6UPJA 2ER9E 5P0FA 5P3HA 1W6IA 5P3TA 3LIXA 2ZJMA 4LXMA 5P6VA 2G1YA 3HZCA 5IE1A 2OHMA 2NXMA 1QBUA 5COPA 4I0ZA 5P4GA 4GJ9A 4Y58A 2FIVA 4JPEA 4EPJA 1Z1RA 4DQGA 4PPHA 4DJRA 4N00A 3NUOA 2FXEA 5P1XA 4ZIPA 3O9LB 1B6KA 4LAPA 2IDWA 5OYZA 3EM3A 1E5OE 1IDAA 1FQ4A 4EJDA 4Y3TA 2BB9A 3D1ZA 3ZKNA 1LF2A 5P7YA 5I3YA 1QBSA 5P69A 5P5KA 5ENMA 2PQZA 5P8JA 5P34A 4B1CA 1KJ4A 1GVVA 3CYWA 1HTRB 5P1JA 1WKRA 5SY2A 5P2YA 3PBDA 2B8VA 2Z4OA 5P6IA 2VIZA 5P8BA 1EPME 3PWMA 5P1RA 3T3CA 4FE6A 1VIKA 5OZAA 4L1AB 1NPWA 3L38A 4Z2ZA 1LEEA 4R92A 3PB5A 1AXAA 1HSGA 2F80A 1K2BA 1KJGA 2FS4A 5P5HA 3F9QA 3U71A 3UDJA 4LC7A 1MEUA 5C9BA 3K4VA 3H0BA 5P7ZA 3OQAA 3L59A 4L6BA 5P2UA 4XKXA 1FLHA 3OTYA 4QJAA 2QMPA 2ZE1A 4WY1A 4DQHA 1IVQA 2J9JB 3L3AA 4I10A 4RVXA 3LIQA 3OY4A 3IGBA 2AQUA 2QI0A 3QN8A 1PPME 5P43A 1Z8CA 2FDEA 5P4XA 3IAWA 1PSNA 3OAGB 3OHFA 4YCKA 3OUDA 1D4KA 1FQ8A 2QNQA 2IS0A 5P8FA 4LXKA 5P0SA 1GVTA 1EPQE 3MSLA 5P4QA 5P18A 4D89A 2O4KA 4YCYA 3EL9A 2AVVA 4TRWA 3R4BA 1SP5A 5P23A 3ST5A 2JXRA 1SBGA 1W5WA 4KE1A 5P8HA 5P2TA 5P7EA 3SA7A 2HPFA 4YD3A 3WZ6A 3LZYA 2AOFA 5P8NA 3QI1A 1APVE 4H3GA 1XE6A 5P0EA 5P6AA 3KDDA 3UDQA 4DVFA 5P03A 1PPLE 1C6YA 4QJ2A 1ZSRA 4RLDA 5P59A 3R0YA 3O9CA 3IN4A 1B6LA 4PZWA 3OUBA 5P7KA 3UQWA 1GKTA 1HRNA 1TW7A 3SPKA 1RNEA 2CEJA 2P83A 2Q54A 3BVAA 1HHPA 1CMSA 3SA4A 3DM6A 2O4PA 1FIVA 5IVQA 5P1ZA 5P0BA 3QPJA 5P26A 5KQZA 4FS4A 3FV3A 3QBFA 2I4WA 5P8VA 2BPXA 3ECGA 5P77A 5P10A 5COOA 3INFA 5IVTA 1AIDA 4MC6A 5P61A 5P0TA 1RV7A 5P28A 2OHTA 2G22A 4DJPA 2R9BA 5F00A 4CPUA 4FIVA 5P5CA 5AH9A 2SAMA 5OZTA 1MTBA 4J0YA 3NYGA 4Y54A 5UPJA 5P1YA 3BUFA 1HIHA 5P4HA 5P1OA 1YX9A 2ZDZA 5P14A 3S54A 3KM4A 5P5PA 1F34A 5P8LA 2I4UA 4S1GA 4EJ8A 2UPJA 5P2GA 4ZPEA 5P3GA 1UH8A 5P84A 1IIQA 3B80A 4HE9A 5OZQA 3WZ7A 5P06A 3L5CA 2VJ7A 3TH9A 4RVJA 5P1MA 5BRYA 3LINA 1UH7A 3D3TA 5P5YA 4B1EA 4K9HA 4Y39A 5P1HA 3TPRA 3OTSA 2JYSA 1IVPA 4CPWA 3NLSA 2J9KA 3UTLA 5P0HA 3OU1A 5P3LA 3OXXA 1BILA 4JPCA 2PK6A 2BPVA 4D8CA 5P3AA 2P3DA 1GNMA 3IXKA 2HB3A 3CIBA 1HPVA 1Z1HA 3ZKIA 2ZHTA 3IVIA 4KB9A 5HCTA 1FEJC 1W51A 5P3DA 4YHQA 5OYVA 2BPYA 4F75A 2NXDA 5OYXA 3EM4A 3T11A 2QI3A 5P4NA 1EC2A 1LYWB 5P0VA 2Q5KA 5P6KA 4OBHA 3VSXA 5P5VA 4Y5MA 3B7VA 3BHEA 4H3JA 1PPKE 2UY0A 5KQXA 4B05A 4I0JA 1G2KA 3I7EA 5P7GA 9HVPA 3FNUA 1YTHA 4QJ9A 5P0RA 3KT5A 1RPIA 2AOHA 5P8IA 1APUE 2PYMA 4Y37A 4Y4XA 3UDPA 5P01A 5P15A 4D85A 5KR1A 5OZLA 1LS5A 3TOGA 3BRAA 1EC1A 2G21A 1DMPA 4DJVA 3EKTA 4DFGA 5P3SA 5P4TA 5P37A 2Q15A 4Y43A 3R2FA 2ZJJA 3O9DA 5P16A 1BAIA 1LV1A 4RCEA 5P8MA 5P0KA 1K1UA 5P71A 2ZJNA 5P0PA 4PHVA 3OUDB 3NSHA 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P09 A;  2VIY A;  4ZSP A;  3QIH A;  4L7H A;  5P0Z A;  3ZKS A;  2XYE A;  1SGU A;  3S7L A;  3TOH A;  3ER5 E;  4CPQ A;  2QZK A;  1DIF A;  1W5V A;  3VV6 A;  3OQF A;  2WF0 A;  4Y4E A;  4J5J A;  5P4E A;  3S2O A;  3HAW A;  5P2I A;  3PGI A;  1HPX A;  1MSM A;  3LIZ A;  3LZV A;  3TPL A;  2FMB A;  3EKW A;  1D4L A;  3KFN A;  3UDM A;  4Y3H A;  4YD5 A;  4QLH A;  4Y5G A;  2QAK A;  4J1K A;  5P6D A;  1TZS A;  3IN3 A;  3SLZ A;  3NDW A;  1HVJ A;  2WEC A;  3HVG A;  4Y3M A;  1HEF E;  3BXS A;  4ZEA A;  5P1Q A;  3KYR A;  3EC0 A;  5P81 A;  2ZJH A;  2I4Q A;  3WZ8 A;  4Y41 A;  4Y4D A;  3BGB A;  5P1K A;  2ASI A;  5ISK A;  4OD9 B;  3KF0 A;  5P6Z A;  4NJU A;  5P1W A;  2OAH A;  3HD8 A;  1FF0 C;  3OK9 A;  1C6X A;  4B72 A;  2MIP A;  2WJO A;  1FQX A;  2PSG A;  1FMB A;  1RQ9 A;  3URJ A;  5SXN A;  2BKT A;  4J54 A;  5JG1 A;  4ZSR A;  5ER2 E;  2WF1 A;  1DPJ A;  3Q6Y A;  3PLD A;  2NPH A;  5P0N A;  5P6L A;  1EBY A;  4B78 A;  4J17 A;  4CPR A;  3K1W A;  5P5D A;  5OYY A;  1EPR E;  3MXE A;  4QJ8 A;  5HU0 A;  1K6T A;  1HVI A;  5P1D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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