3S8IA

The retroviral-like protease (rvp) domain of human ddi1
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
127
structure length
124
Chain Sequence
VTMLYINCKVNGHPLKAFVDSGAQMTIMSQACAERCNIMRLVDRRWAGVAKGQRIIGRVHLAQIQIEGDFLQCSFSILEDQPMDMLLGLDMLRRHQCSIDLKKNVLVIGTTGTQTYFLPEGELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Retropepsin-Like Domain of Human DDI1
rcsb
molecule keywords Protein DDI1 homolog 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 32
structure length 124
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s8iA00
5P88A 5P4AA 5OYUA 3VYDA 5KQYA 5P08A 2QD6A 2QMGA 5ER2E 5P1TA 2QZKA 2Q15A 5KR0A 3S2OA 1T3RA 1LF4A 5P6DA 5P6HA 3SFCA 2XYEA 5P8DA 3PI0A 2WEZA 3JVWA 3LZVA 3RVIA 4JPCA 3I25A 3UQUA 5P3VA 5P1ZA 4NJUA 5P6IA 4H3JA 4DJUA 2V0ZC 2WEBA 1MTBA 4J0ZA 4K4QA 3SACA 3LZUA 3CMSA 2RSPA 5P51A 4R8YA 4NJTA 3L5BA 3LINA 5P59A 3T7XA 4Y4GA 1B5FA 3PLDA 2APRA 2H6SA 2I4UA 5P5CA 4QJ8A 4DJQA 2NXLA 3URLA 3PEPA 4GJ9A 1CPIA 5P4LA 3ZKMA 1HXBA 1RQ9A 3U7SA 1GVUA 5P4YA 5HDUA 5P1HA 2QHCA 3KT2A 2QI6A 2NMZA 4L1AB 5P5MA 4DQBA 2AVOA 1K6PA 5P6VA 3TPJA 3ZKGA 1QDMA 3IXOA 2G1SA 2AVVA 1TSQA 2BBBA 3B7VA 3IN3A 3WZ7A 3CIDA 5OZQA 3TPPA 4I1CA 3Q70A 5P8QA 3WZ6A 5P5PA 5P1DA 5I3WA 2QHYA 3O9LB 3OK9A 4GJCA 1HHPA 3L5CA 3BGCA 3FIVA 5P4CA 1EBKC 4OD9A 4R95A 2NMYA 5CLMA 2UXZA 1SBGA 3AIDA 4TRWA 4Y5EA 1OEWA 2OHUA 3TH9A 1FMUA 3UTLA 2QD8A 4YBFA 2VA6A 1GNNA 1BBSA 4FIVA 4Y3NA 5P8GA 4HEGA 5P2KA 4YDGA 2G1OA 5OYRA 5OZGA 1M0BA 5P3NA 5P64A 5P8JA 4B1EA 5DQ5A 1PPME 5P1LA 2QI3A 3L5FA 1HPOA 2B42A 1BXQA 3UDJA 3KFNA 3EBZA 3SPKA 4OC6B 2QMPA 4I12A 3SO9A 5KR2A 1FFIC 5P0MA 5P4IA 1Z8CA 5EZZA 4FGXA 5P0JA 5P5BA 3UQXA 1IDAA 3TOFA 1U8GA 4L6BA 4B70A 1VIJA 4J0VA 4B0QA 1SMRA 3QRMA 4YOBA 5P4XA 5OZHA 2FS4A 4GJ7A 4Y3LA 5P0AA 4GIDA 1YT9A 1LYWA 1FGCC 1SP5A 5P39A 4BFDA 5P4HA 2V11C 1EPRE 4J1IA 5P17A 5TOLA 5P0VA 4QJ7A 5P6YA 4PPHA 5P3AA 4LBTA 3SM2A 2OHMA 5F00A 5P2CA 2PYMA 2ZHVA 1DAZC 1RNEA 2QZWA 3NU9A 1BDQA 2O4KA 5P85A 2CEJA 5P05A 3HVPA 1META 5P8NA 3R4BA 3U6AA 2FIVA 4HDBA 2F3FA 5P8CA 3SA7A 2AOFA 5COKA 5P6FA 2OHKA 5P3KA 5I3YA 1EAGA 4QJ2A 1ODWA 5P8RA 1APTE 3K5FA 4B05A 5P15A 1LYAA 2V16C 5P11A 2IDWA 1PSNA 5OZ6A 1C6YA 1E80E 4Y4DA 4J1KA 1BVGA 3PMUA 2HB2A 3LPKA 3INFA 2QNQA 3LPIA 5P8AA 2Z4OA 1C70A 3S8IA 4B72A 1NSOA 3ZMGA 4FRKA 1GNOA 5P37A 1TCWA 5P8BA 5P4JA 3R0WA 1BDLA 2G1NA 3VLAA 4Y51A 5P2JA 4ER1E 2B7ZA 4Y3MA 5OZ3A 1A8GA 4DQHA 1HTFA 2WEDA 2I4VA 3OAGA 4FM8A 5IS4A 2G1RA 2WECA 5P12A 1D4KA 1HPVA 3KFSA 5P6XA 2G94A 5P30A 4Z4XA 3KYRA 5SZ9A 1ZSRA 4B78A 5P71A 2G1YA 5P8MA 2WHHA 3IVIA 1T7JA 2PQZA 3APPA 3TOHA 5JFUA 3KMXA 5OYXA 2VS2A 5P41A 4U7VA 5P75A 2HAHA 1HEGE 3PLLA 5P2UA 3ZPUA 3ST5A 5P4RA 5P0DA 4Y3YA 3HDKA 3KFPA 5P77A 2R5QA 1VIKA 3L3AA 5P0NA 5P68A 5P6GA 2QI4A 5KOQA 1MRXA 3INEA 3FSMA 4Y5PA 3S7LA 3KDBA 5P7LA 1W50A 1SDVA 2AOIA 4Y3JA 4K4PA 5P0LA 2VJ7A 2ZJJA 5P0PA 5P2HA 1EEDP 3RTNA 5P5QA 1SGZA 5P28A 3OQDA 3OGQA 5P0QA 1HSGA 3NXNA 5P44A 2PSUA 4AMTA 5E5KA 2ER0E 3JW2A 3OU1B 4DJOA 2FXDA 4Q1NA 3MSLA 1D4IA 2G24A 3TKGA 1EPLE 1FKNA 3DM6A 1PSAA 2HS1A 2P8HA 5P02A 4EPJA 5OZDA 2F3EA 3TPLA 4F74A 4ZSMA 4ZPGA 5P2YA 3OOZA 2JXRA 1ODXA 4I0HA 5P48A 5DQ2A 1FQ8A 5P58A 5P79A 5HU1A 5P7SA 5OZJA 4I8ZA 6UPJA 5JG1A 5P47A 5P4VA 2IKUA 3IN4A 2HPFA 2FNTA 2PYNA 5P0SA 4AA9A 5P8LA 5OZTA 4EWOA 1MT8A 5I3XA 4RCDA 5P7CA 3NWQA 5P6JA 2FMBA 2I4QA 5P33A 2B60A 3VCMA 1XDHA 3PSUA 2QP8A 1XS7D 5P87A 5P4DA 5P1QA 4R5NA 2BPZA 2NPHA 1PPLE 1BV7A 2OAHA 5P0OA 5P6WA 1YX9A 5DQCA 3R2FA 5P1EA 5KQZA 1BIMA 1TW7A 3QN8A 5DR3A 1MERA 3VG1A 2QNPA 5P2TA 5P5NA 5P0YA 5P7KA 1MVPA 2BPYA 3IAWA 4J5JA 4Y4WA 4ZEAA 4DJVA 4J1EA 3EL1A 4FL8A 4DJXA 1AM5A 2ZGAA 3EKXA 4F76A 5OZVA 3QAAA 2NNPA 4PZXA 4EXGA 4OBJA 1B6LA 1HIVA 4AZYA 2G21A 4HA5A 4Y5AA 4EJLA 1ZPAA 4ZE6A 4RVIA 2OHSA 1FMXA 3OQFA 2AZ9A 1LF3A 4J0TA 3OQ7A 4GJAA 2VJ6A 4YD5A 3OTSA 2IL2A 2AOCA 3MXEA 5P2MA 4YDFA 5P6KA 4YD4A 5P5SA 3ECGA 5DGWA 5P8SA 4I10A 5P25A 2AZ8A 1PPKE 3UQWA 3D20A 2UPJA 4RRSA 2QI1A 1OHRA 3T7PA 1G2KA 5P4NA 3K5GA 4NPUA 1QBRA 4HLAA 1APUE 3QBFA 4EXHA 3HBOA 2AOHA 5P8UA 3TTPA 3PJ6A 4Y5GA 1IZEA 1YTIA 3KFRA 3DOXA 4Y3TA 3RSXA 4RYGA 4L1AA 3UHLA 2VIEA 4FRJA 1K6CA 3NDXA 2MIPA 1IVQA 5P7MA 5OZXA 4B77A 3SABA 1NPVA 3BUFA 3OUAA 1NPAA 4J0PA 1NH0A 1ENTE 4Y3QA 1MPPA 5P80A 2QK5A 5P13A 4Y54A 2Q54A 3VUCA 4APEA 5P8KA 3O9LA 5P27A 3MXDA 4Y4EA 4OBGA 1M4HA 2VNNA 5ENKA 5AGZA 3NU6A 3GGVA 5P7GA 2FDEA 5P6MA 5HU0A 1HTEA 3BHEA 4JECA 5OZSA 3VF3A 3IVHA 4FAFA 4Y3PA 4U8WA 3SQFA 5P5KA 4DI2A 2XFKA 1HTGA 1EBWA 4Y36A 3Q3TA 3G70A 2PWRA 3BXSA 5OZYA 3O9HA 1BWAA 2I0AA 2R3WA 1ME6A 1K6VA 3BXRA 1FEJC 4Y3SA 5C9DA 4CPXA 4ZSRA 3VF5A 3BUHA 4GJ5A 5P0EA 3WZ8A 5P6UA 4OC6A 1HSHA 1XN3A 5P5ZA 5P2RA 2HC0A 4TRYA 4FSLA 5P8IA 5P2WA 5P82A 1DP5A 1HWRA 1ZJ7A 2QHZA 3KMYA 5P3YA 1FFFC 5P4ZA 5F01A 4ZIPA 2AOEA 2XYFA 4CPUA 2R8NA 3N3IA 1E82E 5P3QA 2IRZA 4EYRA 1ZBGA 1BDRA 2PMAA 1W5XA 4Q5MA 5P0XA 4I0ZA 1YM2A 5P3LA 2BB9A 3TPRA 5P7QA 3D1YA 4L7JA 3VYFA 4E43A 2ZJKA 2ER9E 3H5BA 5P5VA 3TOGA 4LAPA 4NPTA 2IGYA 3PB5A 4CPWA 3LHGA 1RPIA 5P0RA 4LXKA 2BPWA 3PWMA 4J54A 3DCKA 5P29A 2WF0A 5PEPA 5P2FA 1LS5A 3EKQA 3PCWA 1MRWA 2ZHRA 3LIQA 1EPPE 4DJPA 4XX3A 5HD0A 3VFBA 2ZHTA 1XE5A 5T4SA 3LZYA 1E81E 1HSIA 4Y41A 4DVFA 3EKVA 5OZFA 2P3BB 5P4MA 1LV1A 4I0EA 3A2OA 5P42A 5KQXA 4KE0A 4Y3AA 5P6PA 4Y3GA 5P5XA 3PVKA 2WF2A 5P3ZA 2FNSA 5P3PA 5P3WA 3KDDA 5P83A 4CPQA 3PGIA 1SMEA 4D85A 1Z1HA 1TZSA 2XFJA 1F34A 2AQUA 2VA7A 4PZWA 5OZCA 5P76A 4COEA 3ZL7A 3GI4A 2CEMA 2QZXA 1DMPA 3TLHA 5DQ4A 5HDVA 1ZAPA 5P5WA 1E5OE 5OZIA 3OHFA 1SH9A 2IQGA 5P19A 4JOOA 1AVFA 5OYYA 3LZSA 5P5OA 4FS4A 2PWCA 3D1ZA 1FB7A 2PC0A 5P3JA 3S85A 4KE1A 5P0ZA 1ZTZA 4WTUA 5P2LA 3LNKA 3OU4B 4TVGA 5P54A 3HD8A 5DGUA 3PCZA 1YTJA 2NNKA 4YE3A 3SA3A 5P1VA 3RTHA 9HVPA 5OZ2A 5P7VA 3LIXA 4A6CA 1HOSA 1NPWA 5OZ7A 2JJIA 4KUPA 1A30A 5P6LA 4Y5CA 5P4PA 4Q1XA 2J9JB 3BC4A 1FMBA 5P2QA 5P38A 5P86A 4GJDA 1ODYA 1RL8A 4Y43A 5P10A 1BXOA 2JE4A 3H0BA 4K9HA 3UDHA 2PH8A 4Y6MA 5HE5A 5IVRA 4OBZB 5HTZA 2BKSA 1XL5A 2B8LA 5OZ4A 3GI6A 3O9AA 4PHVA 5P1WA 4R92A 3PMYA 4EP3A 2QU2A 5HCTA 1HRNA 1QBTA 5P5UA 3O9EA 3QVCA 5P04A 4ER4E 3L5EA 3T6IA 3FNUA 4MC6A 1UPJA 4HDPA 1HVHA 5AHBA 3O9CA 2HB4A 3KT5A 2HIZA 4Z2ZA 4GZFA 1QS8A 5BWYA 5DR4A 4R91A 1MSNA 1D4JA 3HAUA 1T7IA 5P89A 1WBKA 5P0GA 2AODA 2P3AA 3LITA 5DR1A 2IGXA 4ZSQA 2WF3A 5HE4A 1TCXA 4BELA 4WY1A 1EC0A 4CPTA 5P70A 5P1SA 4CMSA 4AUCA 4HVPA 1W6IA 4Y38A 2NTRA 3OU1A 1QBSA 4Y57A 2FDDA 2BPXA 5COOA 3OQAA 5P3TA 4EJKA 2O4SA 5OZAA 4EJDA 5P1FA 3SLZA 5AH8A 2G69A 3QPJA 4FCOA 1GKTA 3PWWA 3K4VA 1Z1RA 4K4RA 5P00A 4ZLSA 3D91A 4Y3EA 2RENA 1D4HA 5IE1A 5P18A 1YM4A 1UH9A 4DQFA 5P4SA 4YCYA 4H3FA 1ZLFA 4ZPEA 2ZJHA 5DR7A 1IIQA 3SA4A 5P2NA 1RV7A 5P22A 5P32A 5P7JA 1W5YA 1BVEA 3EM3A 2P4JA 4GMIA 5SY3A 2RKFA 1HEFE 1APVE 1SIVA 5ISKA 2NR6A 5OZ9A 2VIJA 5P4KA 4Y5LA 4Y5NA 5I3VA 1HBVA 5P3BA 3ZKXA 2OHTA 5P1IA 1JLDA 2V13A 3INHA 2RMPA 4YCKA 4D88A 3N4LA 1T7KA 5P40A 4GJ6A 3R0YA 1LYBA 1IZHA 4K8SA 1SDUA 5P06A 4Z50A 3VSXA 3KDCA 5UPJA 3O99A 3VYEA 5FIVA 5P35A 3F9QA 2QMDA 5AHCA 5P36A 3OADB 4Y4UA 3URIA 4I8WA 5P3XA 3FNTA 1AXAA 5P3OA 4BFBA 5P01A 5OZPA 3Q4BA 2QCIA 3OUBA 1GVTA 4J55A 5KOSA 2WKZA 4DJWA 5P3UA 3AUPA 4F73A 3DJKA 5C9FA 2I4WA 3NUJA 3IGBA 2V12C 7HVPA 1KJHA 4DV9A 1B6KA 1AAQA 2O4NA 3I6OA 1HVJA 3CICA 4FSEA 4LC7A 5P5RA 5P5AA 1LEEA 2F3KA 2ASIA 5E5JA 2G22A 1FIVA 5P0BA 2OHQA 2R9BA 1T6EX 5CONA 2ZHSA 5P6RA 4LXMA 4Z22A 3LIZA 3NDTA 2BKTA 5OZKA 1HPSA 3SKGA 5P24A 5COPA 4X7IA 5P7YA 4YA8A 4JPEA 3OXWA 1KJFA 4EQ0A 4I11A 4D8CA 3OXVA 4EP2A 5P3DA 4L7GA 1SIPA 5P2DA 4RLDA 4Y5MA 5P7OA 5P6QA 4F75A 5P46A 1HVLA 1ER8E 3LPJA 1YTHA 4EJ8A 4ZSPA 2F80A 1HVSA 3QS1A 5DR0A 5HDZA 5KR8A 1MTRA 3WB5A 4UPJA 3EXOA 1KJ7A 3L58A 5P1CA 3ZLQA 5P14A 3G6ZA 4LXAA 4CP7A 2OHPA 5HCOA 3SM1A 5P4BA 4DQEA 3ER5E 1CZIE 4DPIA 1OD1A 3BUGA 5J25A 5OZ1A 2AZBA 4RVJA 2NXMA 3SA5A 4Y45A 5P2AA 3S43B 1DPJA 2H6TA 3K4VC 2AOJA 5P5DA 1GNMA 2R38A 1EC1A 1BWBA 1FQ5A 4EHCA 3OQKA 5BRYA 3OY4A 4NJVA 2VJ9A 3EL5A 2WEAA 3UQPA 1PROA 1BAIA 3QROA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P88 A;  5P4A A;  5OYU A;  3VYD A;  5KQY A;  5P08 A;  2QD6 A;  2QMG A;  5ER2 E;  5P1T A;  2QZK A;  2Q15 A;  5KR0 A;  3S2O A;  1T3R A;  1LF4 A;  5P6D A;  5P6H A;  3SFC A;  2XYE A;  5P8D A;  3PI0 A;  2WEZ A;  3JVW A;  3LZV A;  3RVI A;  4JPC A;  3I25 A;  3UQU A;  5P3V A;  5P1Z A;  4NJU A;  5P6I A;  4H3J A;  4DJU A;  2V0Z C;  2WEB A;  1MTB A;  4J0Z A;  4K4Q A;  3SAC A;  3LZU A;  3CMS A;  2RSP A;  5P51 A;  4R8Y A;  4NJT A;  3L5B A;  3LIN A;  5P59 A;  3T7X A;  4Y4G A;  1B5F A;  3PLD A;  2APR A;  2H6S A;  2I4U A;  5P5C A;  4QJ8 A;  4DJQ A;  2NXL A;  3URL A;  3PEP A;  4GJ9 A;  1CPI A;  5P4L A;  3ZKM A;  1HXB A;  1RQ9 A;  3U7S A;  1GVU A;  5P4Y A;  5HDU A;  5P1H A;  2QHC A;  3KT2 A;  2QI6 A;  2NMZ A;  4L1A B;  5P5M A;  4DQB A;  2AVO A;  1K6P A;  5P6V A;  3TPJ A;  3ZKG A;  1QDM A;  3IXO A;  2G1S A;  2AVV A;  1TSQ A;  2BBB A;  3B7V A;  3IN3 A;  3WZ7 A;  3CID A;  5OZQ A;  3TPP A;  4I1C A;  3Q70 A;  5P8Q A;  3WZ6 A;  5P5P A;  5P1D A;  5I3W A;  2QHY A;  3O9L B;  3OK9 A;  4GJC A;  1HHP A;  3L5C A;  3BGC A;  3FIV A;  5P4C A;  1EBK C;  4OD9 A;  4R95 A;  2NMY A;  5CLM A;  2UXZ A;  1SBG A;  3AID A;  4TRW A;  4Y5E A;  1OEW A;  2OHU A;  3TH9 A;  1FMU A;  3UTL A;  2QD8 A;  4YBF A;  2VA6 A;  1GNN A;  1BBS A;  4FIV A;  4Y3N A;  5P8G A;  4HEG A;  5P2K A;  4YDG A;  2G1O A;  5OYR A;  5OZG A;  1M0B A;  5P3N A;  5P64 A;  5P8J A;  4B1E A;  5DQ5 A;  1PPM E;  5P1L A;  2QI3 A;  3L5F A;  1HPO A;  2B42 A;  1BXQ A;  3UDJ A;  3KFN A;  3EBZ A;  3SPK A;  4OC6 B;  2QMP A;  4I12 A;  3SO9 A;  5KR2 A;  1FFI C;  5P0M A;  5P4I A;  1Z8C A;  5EZZ A;  4FGX A;  5P0J A;  5P5B A;  3UQX A;  1IDA A;  3TOF A;  1U8G A;  4L6B A;  4B70 A;  1VIJ A;  4J0V A;  4B0Q A;  1SMR A;  3QRM A;  4YOB A;  5P4X A;  5OZH A;  2FS4 A;  4GJ7 A;  4Y3L A;  5P0A A;  4GID A;  1YT9 A;  1LYW A;  1FGC C;  1SP5 A;  5P39 A;  4BFD A;  5P4H A;  2V11 C;  1EPR E;  4J1I A;  5P17 A;  5TOL A;  5P0V A;  4QJ7 A;  5P6Y A;  4PPH A;  5P3A A;  4LBT A;  3SM2 A;  2OHM A;  5F00 A;  5P2C A;  2PYM A;  2ZHV A;  1DAZ C;  1RNE A;  2QZW A;  3NU9 A;  1BDQ A;  2O4K A;  5P85 A;  2CEJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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