3SA4A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af72
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa4A00
5ENMA 3PEPA 4RYGA 1W5VA 5OZPA 1HIIA 2VNMA 5P75A 2QNQA 5P1YA 2G24A 2AOEA 5P4NA 5P67A 5P7RA 2V00A 3K5CA 5OYWA 2OF0A 1D4JA 2QI0A 4EYRA 5OZSA 5P8MA 2AVVA 1AIDA 1FB7A 3SQFA 4DVFA 4RCFA 3VF7A 5P5IA 2QZKA 5P3FA 4ER2E 1T7KA 4Y56A 4M8XA 1NPAA 1MSNA 3PMUA 5P31A 5P00A 2I1AA 4OD9B 5P6UA 1LYAB 4Y3WA 1B6PA 1FF0C 3VSWA 5P8CA 2I4WA 1ODXA 1EEDP 5P8BA 3ZKNA 5P85A 3D1YA 4GYEA 5P7PA 2P3BA 5OZNA 4ZPFA 5P4AA 5P4HA 2VIJA 5DR0A 5DR3A 2G1NA 2PYMA 4D88A 4H1EA 2B8VA 2JJIA 5P5JA 5P1ZA 4B05A 5P5DA 1LEEA 1SDUA 3QS1A 1FMBA 3O9EA 4JPCA 5P1MA 1RPIA 2XFJA 3MSJA 2ZHUA 2RKFA 3EKQA 4COEA 5P60A 5P6JA 2NXMA 1K6TA 1Q9PA 5P77A 3KF0A 4QJ2A 3OQFA 1YM4A 2CEMA 4J17A 3QAAA 5P71A 5P1VA 2G26A 5P1FA 2R5PA 4Y3HA 5P7SA 5OZZA 5P4KA 4B78A 5OZAA 2BPZA 4Y53A 1KJ7A 3OUCA 2FXEA 4KB9A 1GVTA 5P0RA 4GJ9A 3K4VA 2IDWA 3O99A 4H3GA 1META 4RCDA 3VV7A 3VYFA 3FV3A 4GB2A 3MSLA 4XXSA 3BVBA 3UDPA 1T7JA 1YG9A 4FAFA 1A94A 1OD1A 5P6WA 5P4RA 4Y51A 2ZHTA 4DJUA 3LPKA 5P8PA 2XFIA 2A1EA 5P5BA 3KT2A 2PSVA 4Q1YA 4OC6B 2QMGA 5P8SA 5COPA 3OUDB 5P17A 1FG8C 5P0NA 3VG1A 4RRSA 4DPFA 2Q54A 2UY0A 5P7MA 5I3XA 2G1RA 5P5CA 1FQ8A 3LIZA 3R2FA 5P5NA 4Y9WA 5HE4A 1E80E 1HHPA 4AUCA 2OHLA 4J1KA 3AIDA 3ZLQA 3HAWA 1QBSA 4QJ9A 1F7AA 2IKUA 1A8KA 3OXCA 4I11A 5OZIA 2UPJA 5OYSA 2O40A 5P14A 5AHAA 1EPQE 5P6PA 3SM2A 3CIDA 1QBUA 1MRXA 2VNNA 5P3QA 4WY6A 5OZBA 3APPA 1HXWA 1XL5A 2P8HA 4J1EA 1D4KA 2R9BA 4HE9A 4Y4UA 3UDQA 1YTIA 1QDMA 3DOXA 5P4MA 3QRSA 3BHEA 3IGBA 5OZDA 2VJ6A 5P4XA 3HVPA 5P2OA 1XE6A 3LHGA 5P6HA 4AMTA 1RL8A 5P61A 5P4EA 3CMSA 2HAHA 5P84A 2HC0A 5EZZA 5IVTA 3PBDA 3OXXA 1FMXA 5P2KA 5P01A 5P8GA 5P2HA 3EL1A 2P83A 1HVSA 3LZSA 3GGUA 4CPWA 2APRA 4DJVA 5P7CA 5P7WA 3LZUA 5I3YA 5P2JA 1OHRA 5P24A 5DR4A 1YTGA 3GI0A 5P09A 4HDFA 1M43A 2F3KA 5P35A 1IDAA 5P7BA 2OHSA 1HIVA 3S8IA 3M9FA 4CPUA 4J1FA 5KR1A 1HSGA 4Y3GA 1SGZA 4F73A 5P5PA 3NDXA 4I0EA 3KDBA 4AA9A 1SH9A 2HPFA 5P0AA 1RNEA 4Y4TA 4EPJA 3NLSA 4YE3A 5P4WA 3C9XA 5OYQA 4ZEAA 3LINA 5TOLA 5IVRA 2ER9E 2VA7A 2FIVA 3NUJA 5BS4A 4DQBA 3S85A 4D89A 2QNNA 3R1GB 2O4SA 3OU4A 3OXVA 2QMPA 5SZ9A 1AVFA 5P47A 5P1EA 4CPTA 4OBJA 4Y3FA 5P1KA 1IZDA 5OYYA 1G0VA 1LS5A 3RTMA 2I4VA 1YTJA 5P69A 5P48A 1LF4A 1Z8CA 5P73A 3T7PA 2ER6E 1HSIA 3ZPUA 5KQFA 1MVPA 4Y5PA 2ZE1A 3JVWA 5J25A 4Y58A 1BIMA 3URIA 4GIDA 3OXWA 4EP2A 2O4KA 2AQUA 5P1OA 4Y3YA 2I4QA 2AVMA 4PZXA 4PPHA 2ZJHA 1HIHA 3TH9A 2Q63A 3EL5A 4XX4A 4YOAA 1HRNA 5P40A 1IZEA 1W50A 3Q4BA 2HS1A 3GW5A 1BDQA 3N4LA 1PPKE 5OZ2A 5P5KA 1B11A 1HBVA 2AODA 3QVCA 4MC1A 5P0VA 2RSPA 3ZKQA 3HBOA 6APRE 3JW2A 1RV7A 5HU1A 1LYBA 5DR8A 1MTRA 4RRNA 2I0AA 2G20A 3NU5A 5P0WA 4DJXA 3B80A 2WEZA 2IS0A 5P58A 5P7FA 4A6BA 3BUFA 3BRAA 3T6IA 3I7EA 1BBSA 1PPLE 3OQKA 2QI6A 3PWWA 5OZ3A 3O9FA 1BWAA 3O9AA 4J0TA 3T7QA 5P7EA 2I0DA 4DPIA 1U8GA 4K4QA 5P2NA 4FRKA 5P4UA 5P2LA 5P62A 2NMYA 4Y4BA 1A9MA 4DJQA 2ANLA 3WZ6A 2PSUA 1LYBB 5I3VA 2BPXA 3DK1A 4M8YA 1EC3A 5P4BA 1B5FA 3TL9A 5B18A 1FQ6A 4RVJA 3D3TA 2VIYA 3QP0A 5OZ4A 3O9DA 2JXRA 2VIZA 4YCKA 5P1QA 3CKTA 5P4IA 3QN8A 1T7IA 1CMSA 2AOJA 1QS8A 3IN4A 4I0JA 3UDMA 3D1ZA 3L59A 4Q1NA 3I8WA 4FAEA 5DQ2A 3KDDA 4Q1WA 4Z4XA 3SA5A 4J1CA 2HB2A 2PQZA 5P52A 5P37A 5OYTA 5P3AA 3DM6A 5P2RA 4J54A 2FXDA 2IQGA 3PJ6A 3WB4A 2BPVA 5P1WA 4R91A 3EKVA 1DAZC 4Y3ZA 1VIKA 5P6IA 4Y37A 4I1CA 3UQRA 1OEWA 3CKPA 1B6KA 5P1IA 1B6JA 3TNEA 1K1UA 4R92A 5P16A 1QRPE 2FMBA 3SA4A 1HXBA 8HVPA 1QBRA 2BKSA 1B6MA 5P2MA 1FFFC 5P49A 4D8CA 3U6AA 1HTRB 4H3IA 4RLDA 2QI1A 5P2GA 3URLA 2Q11A 4ZSPA 1SIVA 1KJ4A 5AGZA 4K4RA 4ZPEA 5FIVA 5P81A 4QJ8A 2B42A 4ZSRA 2F3EA 2R3TA 5P6KA 3CIBA 5SY3A 1E81E 5P3CA 3ZKMA 2FDDA 2ZJJA 3SACA 1N49A 3L58A 3QI1A 3S45A 3HD8A 3OWNA 4Z22A 4Y41A 5P2SA 3INHA 3WZ7A 3OTYA 1BILA 1WBKA 3QVIA 5P57A 5OZKA 1K6CA 3TOHA 5E5JA 2AZBA 3PGIA 1E82E 4RCEA 1ER8E 4DQCA 1BDRA 4I8WA 5P2TA 3TPRA 3SKFA 4HDPA 5OZGA 2J9JA 4FL8A 5P15A 2QD8A 2PH6A 4Y4AA 4GZFA 3OAGB 3SA3A 5OZJA 5P7LA 5P4CA 1C70A 4JPEA 4Y3QA 4DJWA 3ZKSA 4DQGA 4NPTA 2G94A 1HEFE 3NU3A 4CPRA 4IVSA 5BRYA 5P7TA 1YTHA 2BBBA 3TOFA 5P1TA 5P3JA 2RKGA 5P08A 3SPKA 4YBFA 1LF3A 2R43A 2ER7E 5P1RA 3PM4A 5HE7A 2VJ7A 2IENA 4OBHA 5P4LA 3BGBA 4D83A 4I0ZA 2O4NA 1GNMA 4GJBA 5DR7A 3IVIA 4X2LA 5P6YA 5P1UA 5P26A 1QBTA 5P0YA 4EJLA 5P8NA 5P0DA 5P3XA 3BC4A 5OZ0A 1FKNA 5P3HA 5P0BA 4QGIA 5P5ZA 5P6AA 5OZMA 3FSMA 5P8EA 2VA6A 1MERA 1FFIC 4UPJA 4JOOA 3DV5A 2QCIA 2Z54A 3SKGA 5OZFA 4B1CA 3RSVA 5T4SA 5C9FA 1K6PA 3NR6A 4Y6MA 3ZKXA 1K6VA 2V13A 5P6RA 1HPSA 2AOFA 3NXEA 2WEAA 4GJCA 5SY2A 1OEXA 5P6CA 5P7ZA 2B7ZA 3TPLA 3SA8A 1SDTA 5P2YA 2P3BB 1DIFA 5P0HA 3UQWA 4A4QA 3EKWA 2WEBA 5AH7A 5P80A 5P6ZA 2XYFA 2CENA 1J71A 5OZUA 4LXMA 5P0SA 3UF3A 3L5CA 3IAWA 3PWRA 4U8WA 1GNOA 4NKKA 4LP9A 4TRZA 4U7QA 5AHCA 2WHHA 5IE1A 1BV9A 2FGVA 2HS2A 4ZE6A 2V12C 1TCXA 3Q70A 3UDJA 4RYCA 1XE5A 2OHQA 4Y4JA 1HSHA 3PHVA 1T6EX 1FQ5A 4Y3SA 4Y35A 5P8AA 3EKPA 3OTSA 3K1WA 4Y48A 2QZXA 2Z4OA 4EQJA 3SM1A 3JVYA 3QBFA 2ZJNA 3NDWA 5P41A 5P8IA 3SFCA 4EHCA 1BVEA 5P4OA 1EPOE 5P78A 1APVE 2WF2A 4Y3LA 5P10A 4CPSA 5F01A 3FNUA 3ZL7A 3O9CA 3T3CA 3MSKA 5P0KA 3NWQA 3VF5A 3EL0A 4L1AA 4NJUA 5OZRA 3NU9A 1KJHA 5DQCA 4Y47A 5P0IA 3UQUA 3O9LA 5P2BA 3OUAA 1K2CA 1EPPE 4RVIA 5P5VA 2QU2A 4ZPGA 3BVAA 3OGQA 5P36A 1G2KA 2G22A 4FRJA 1W5YA 4LBTA 4OBGA 1ZSRA 2HB4A 2QNPA 5KR0A 4JECA 4PHVA 3FNTA 3NUOA 3ER5E 4L1AB 4DI2A 4YA8A 1DW6C 5P8OA 3LIVA 5P2UA 5KQXA 3G72A 4XKXA 2QHZA 2JE4A 1SBGA 4QJ7A 4HEGA 3IN3A 3Q3TA 4F75A 5HCTA 5EZXA 5P5TA 5OZLA 1FIVA 2WF1A 2Q64A 1YX9A 5P6BA 4K9HA 3QIHA 4DQHA 4BFDA 2PSGA 1BXQA 5P4SA 4B00A 4J0VA 4TVGA 4XX3A 4N00A 5P5SA 5P2XA 3HDKA 1Z1HA 3KN0A 2RMPA 5OZWA 5I70A 3VFAA 3PWMA 3HZCA 4B0QA 5KR2A 1C6YA 5P76A 4CPXA 7UPJA 4Y5AA 3S43A 1HWRA 4JP9A 2P3CA 1HVIA 5P86A 1WBMA 3CYXA 1NSOA 3O9GA 3DCKA 5OYUA 5HDUA 4FM8A 1ZPAA 2Q15A 5P42A 4HDBA 2FNTA 2WJOA 3EKTA 5KAOA 2AVSA 1C6ZA 5P0LA 2BPWA 3TKWA 3GGVA 3EM6A 5P2EA 5P1NA 5OZ7A 4L7GA 4RGHA 4Y43A 5P5YA 4F76A 5HVPA 1IZHA 7HVPA 3OY4A 1DMPA 2AOHA 5P20A 4FCOA 3KYRA 2G1SA 2AOCA 3F9QA 1D4LA 3ZPTA 2WF3A 5P0MA 3ECGA 2Q3KA 1FQ7A 2OAHA 5I3WA 4NPUA 5IS4A 1ZPKA 1A8GA 4DJRA 4LAPA 4Y50A 1UH9A 2I4XA 5P1GA 2H6TA 1BV7A 1XN2A 3LITA 3OU4B 4I0HA 5DQ5A 2J9KA 5DQ4A 4K4PA 5KOQA 1ENTE 2OHNA 2IL2A 5P13A 5OZVA 5SXNA 3OU1A 5P8QA 3CICA 5P6NA 3PLDA 4GJDA 1MT9A 2OHKA 5P0OA 4EXGA 5P05A 5P6OA 5P3PA 3EMYA 5P2CA 2HIZA 4OBZA 5P7VA 3G70A 1UH7A 3SA6A 3EM3A 1EPME 4K8SA 5P7KA 1FG6C 4RROA 4OBKA 5P8UA 4E43A 3OGPA 3I6OA 4GJAA 2FGUA 5P38A 1PROA 3QRVA 5P0UA 2ZHVA 4NJTA 2ZHRA 3U7SA 4L6BA 2RENA 2FLEA 2V11C 5IVQA 1K1TA 4Y54A 4L7HA 4GMIA 3OQ7A 2QK5A 1F34A 1FQXA 5P3BA 5P5UA 5P8VA 5P33A 2QAKA 5P7HA 3PB5A 5OYRA 2F8GA 3OHHA 4AA8A 3GGXA 3OQDA 3LPJA 3BXRA 4OBFA 5P7XA 3DV1A 5P8LA 2OHMA 2AOGA 1KJFA 3EL4A 4U7VA 4NJVA 4Q1XA 5P5WA 1EBWA 4APEA 3UQXA 4YCYA 5P6DA 2AZ9A 5C9DA 4Y4WA 2R5QA 2FDEA 1W6HA 1NPVA 5P28A 3BXSA 3VLAA 2IKOA 3NU6A 1K2BA 1BVGA 4R5NA 5P22A 5P3ZA 3T11A 3RSXA 2PMAA 3S2OA 5JG1A 5P4FA 2NPHA 4CKUA 4DJOA 4YHQA 2NNKA 5OZXA 3Q5HA 4IVTA 3OU3A 1SDVA 5HD0A 1A30A 3PLLA 5P1BA 4S1GA 5P0ZA 4Y36A 3NU4A 2BKTA 2EWYA 1EBZA 3KDCA 1HVKA 4YD7A 3UDHA 1B5FB 1JLDA 4DFGA 3K5GA 1E5OE 4Y3TA 2QMDA 1PFZA 5KQZA 4KUPA 2ZJKA 5KQYA 3UQPA 1BXOA 4GJ7A 2NTRA 4YD5A 3OOTA 3R0WA 5F00A 1XS7D 2HPEA 3INFA 2OHPA 5P1JA 2BQVA 4HA5A 2P3AA 5HCOA 5P02A 4J0ZA 2UXZA 3WB5A 2AZ8A 2QZWA 4FSEA 5P3GA 4PZWA 4LL3A 5CONA 1TSQA 2ER0E 3UFNA 1W51A 4B72A 3VV8A 3LIQA 5P7JA 4Y5BA 1GVVA 3UCBA 1HOSA 1DPJA 4Y4GA 4YD3A 4TRWA 5P06A 3L5EA 1EAGA 5P3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ENM A;  3PEP A;  4RYG A;  1W5V A;  5OZP A;  1HII A;  2VNM A;  5P75 A;  2QNQ A;  5P1Y A;  2G24 A;  2AOE A;  5P4N A;  5P67 A;  5P7R A;  2V00 A;  3K5C A;  5OYW A;  2OF0 A;  1D4J A;  2QI0 A;  4EYR A;  5OZS A;  5P8M A;  2AVV A;  1AID A;  1FB7 A;  3SQF A;  4DVF A;  4RCF A;  3VF7 A;  5P5I A;  2QZK A;  5P3F A;  4ER2 E;  1T7K A;  4Y56 A;  4M8X A;  1NPA A;  1MSN A;  3PMU A;  5P31 A;  5P00 A;  2I1A A;  4OD9 B;  5P6U A;  1LYA B;  4Y3W A;  1B6P A;  1FF0 C;  3VSW A;  5P8C A;  2I4W A;  1ODX A;  1EED P;  5P8B A;  3ZKN A;  5P85 A;  3D1Y A;  4GYE A;  5P7P A;  2P3B A;  5OZN A;  4ZPF A;  5P4A A;  5P4H A;  2VIJ A;  5DR0 A;  5DR3 A;  2G1N A;  2PYM A;  4D88 A;  4H1E A;  2B8V A;  2JJI A;  5P5J A;  5P1Z A;  4B05 A;  5P5D A;  1LEE A;  1SDU A;  3QS1 A;  1FMB A;  3O9E A;  4JPC A;  5P1M A;  1RPI A;  2XFJ A;  3MSJ A;  2ZHU A;  2RKF A;  3EKQ A;  4COE A;  5P60 A;  5P6J A;  2NXM A;  1K6T A;  1Q9P A;  5P77 A;  3KF0 A;  4QJ2 A;  3OQF A;  1YM4 A;  2CEM A;  4J17 A;  3QAA A;  5P71 A;  5P1V A;  2G26 A;  5P1F A;  2R5P A;  4Y3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HPV A;  2R38 A;  1M0B A;  5P8F A;  1SGU A;  3URJ A;  3SAB A;  1SIP A;  3NSH A;  1HEG E;  3HLO A;  3BGC A;  4R93 A;  3EC0 A;  4DV9 A;  1GNN A;  1NPW A;  5P88 A;  3K5D A;  4Y44 A;  5P4T A;  5P4D A;  3UDK A;  1BDL A;  5P53 A;  2AID A;  1BWB A;  5ISK A;  5OZQ A;  1AAQ A;  2PC0 A;  4EP3 A;  4DJY A;  1GKT A;  5DGU A;  1RQ9 A;  2WED A;  2WF0 A;  1EPN E;  5P4P A;  1IVQ A;  1D4H A;  3KMY A;  3APR E;  5P04 A;  5CLM A;  3SA9 A;  5P65 A;  1TW7 A;  2ZJM A;  1LF2 A;  5P8R A;  4WY1 A;  1ZJ7 A;  5P3I A;  2F3F A;  5ER1 E;  3EBZ A;  5P43 A;  2QD7 A;  3LPI A;  4Y3N A;  1UPJ A;  4DQF A;  1UH8 A;  1TSU A;  3UFL A;  2OHR A;  5OZ6 A;  1MPP A;  2AVO A;  3TTP A;  4EWO A;  1C6X A;  4YBI A;  2PH8 A;  5P11 A;  5P8T A;  2AVQ A;  2PWR A;  1ZTZ A;  5P3V A;  5P7O A;  3RU1 A;  5DPZ A;  5P4Q A;  2V10 C;  5P79 A;  5P5E A;  5BWY A;  3IXO A;  2Q55 A;  3VUC A;  5P1H A;  1YT9 A;  1HPO A;  2BJU A;  3LNK A;  4Y5M A;  1NH0 A;  5P3D A;  5P8J A;  5P07 A;  2WKZ A;  3OQA A;  2F80 A;  3PSU A;  1AXA A;  4CP7 A;  3PI0 A;  1TCW A;  3PCZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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