3SA6A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af71
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa6A00
5P2XA 4CPWA 3CICA 2PH8A 4Y3TA 1NPAA 1ZTZA 2G27A 4GZFA 1UH9A 3JVWA 5P06A 4FSEA 5P2UA 5P6LA 4NJVA 1EC3A 1HBVA 5P57A 4BFDA 4L7HA 5P6KA 5JODA 2IS0A 2ZJKA 3GI0A 5P3CA 1PFZA 4YCKA 5P6EA 2WKZA 2HPEA 4OC6B 4CPTA 1J71A 4GJDA 3T11A 2I4QA 4EQ0A 5P23A 5OZCA 4Y3YA 1XN2A 1FQ4A 5P0OA 1TW7A 2ZJMA 5I70A 2XFIA 3OUDB 5DGUA 1U8GA 5KOQA 1FMBA 5P4GA 1HTRB 2R9BA 4LC7A 5P85A 1BV7A 3DK1A 2A1EA 2P83A 3UDRA 1YM4A 5IVTA 4HLAA 1VIKA 5EZXA 2WF0A 4FSLA 6APRE 4L1AA 2Z4OA 4J1IA 5P2NA 5P19A 2AQUA 3R0WA 2QAKA 5P12A 3FV3A 1W5WA 5P3NA 3ZKIA 1HVLA 2FXDA 1VIJA 5P0ZA 2QU2A 3OHHA 1IVPA 4D85A 4DFGA 5ER1E 2I4XA 5P04A 5P5HA 2BPWA 3DUYA 4CPUA 2QMGA 5P66A 2G21A 3ER3E 1UH8A 5APRE 5P4UA 2I4UA 3DCRA 4CP7A 4ZSPA 1LEEA 5P5PA 4Y4ZA 5P4CA 3F9QA 5OZVA 3OU4A 3OHFA 5P3MA 2NMZA 2PC0A 3CIDA 3OUCA 3ZKXA 1XS7D 3OTSA 2QD7A 3VLAA 3DV5A 2QZLA 1FKNA 1HEGE 3D1YA 4AA8A 1LS5A 4DQCA 5P55A 1EBWA 3KFSA 2NXMA 3O9LB 4RRSA 5P2HA 5SY3A 2AIDA 4L6BA 2WHHA 3S43A 2WF3A 3S7LA 3OY4A 5HDXA 3QRVA 4DPIA 3CYWA 5ISJA 1MVPA 1EBZA 5KR0A 2V13A 3KF0A 5P15A 5P1FA 5P8AA 3CKRA 1QS8A 1B11A 1QBTA 5P28A 5P29A 3OAGA 3OGQA 5P5TA 1YTGA 5P4XA 5P6VA 4Y38A 5P8RA 1PPKE 2P4JA 1NSOA 5P3SA 4AMTA 3O9BA 4NPUA 1DP5A 2ZYEA 1IZIA 2PWCA 5P74A 4GJ7A 1UH7A 5P60A 3MSJA 1HIVA 3BUGA 4GJ5A 6UPJA 1PPLE 5B18A 3G70A 3S56A 3KDBA 3LIQA 5P3UA 1XDHA 5DR8A 2ZJHA 4EJKA 5AH6A 5P27A 2G1NA 5OYYA 3UFNA 4YHQA 1K6PA 5AGZA 4ZLSA 3GI4A 5P08A 3OXCA 3UDHA 1GVXA 5P5CA 5P7JA 1MTBA 5P6ZA 4YDGA 5P56A 3QBHA 2FMBA 1ZPAA 2VA6A 3OXXA 2G1SA 5P7LA 4CKUA 4LXMA 1FMUA 5P4VA 5P79A 4BFBA 5P77A 4EXGA 4OBJA 1FQ5A 5P6MA 4YD6A 2QD8A 1ZSFA 1OD1A 5P7NA 1BILA 5I3VA 3VYDA 1QBRA 5P37A 2R38A 1DMPA 4FM6A 3OADA 5OZWA 4ER2E 1IZEA 3WSJA 4Z22A 1IDAA 2AOHA 4CMSA 3SAAA 4K4PA 2I0AA 2XYEA 3CYXA 3L38A 3O9IA 2AOIA 4ZPFA 3L58A 4Y5LA 3OU1A 4S1GA 4Y3ZA 5DGWA 3U7SA 5ISKA 5IVQA 3UTLA 5P8PA 1MSNA 5P1SA 3D3TA 4FE6A 4L7JA 1ZJ7A 4Y5AA 3HD8A 4TRZA 1LYAA 1K6TA 5P6JA 5OZQA 4DJQA 5P5VA 2HAHA 5P2BA 5P03A 1FQXA 4U8WA 5P4PA 4Y3XA 4LAPA 3OQFA 5P3WA 2ZJJA 3EKXA 3NUOA 2FDDA 3URJA 4J17A 1XL5A 2P3BB 4Y39A 4Y47A 2OHNA 2Q64A 4YDFA 4Y50A 1AJVA 1AAQA 1HVKA 2AZ9A 5P4KA 2OF0A 1MIQA 3R2FA 1EAGA 1EPLE 1SDTA 5P7XA 4Y3SA 4HDPA 5P5GA 3I6OA 3OQDA 5P63A 1E5OE 2HS2A 3C9XA 3DCKA 5P78A 3OQAA 4DJPA 2WL0A 5P6GA 5P88A 2H6SA 2RKFA 3KDCA 2XYFA 5DQ5A 4Y5MA 3UQRA 3AUPA 3OU3A 5P6UA 1B6MA 5P6IA 3SKFA 5P7QA 1MT9A 4GYEA 7UPJA 4DJUA 5P20A 3KM4A 1K1UA 4OBHA 1LYBB 4Y3JA 5OZRA 3A2OA 5KOSA 3R0YA 4I0ZA 5BRYA 3MXDA 5P71A 4Q1XA 4OBZB 3NWQA 4Y5CA 3Q4BA 5P6YA 3URIA 1K6CA 5P7TA 5P7RA 4MC9A 5P81A 5P1ZA 3PMUA 5P1VA 3ZKNA 4K9HA 5P53A 3T3CA 1AJXA 3ZL7A 3PWMA 5P2KA 3GGXA 3I7EA 2RKGA 1K2BA 1SP5A 5P5XA 4D8CA 4Y51A 3K4VA 5P6BA 1MTRA 5P8FA 5P4DA 2O4SA 2VA5A 3OUDA 4Y6MA 3Q3TA 3OQ7A 3PMYA 3IXJA 5P8TA 2V00A 2JJJA 1HPSA 3ZPUA 1EPOE 5P2CA 4APEA 1BWAA 3IVIA 3WZ7A 2QI1A 1NPVA 2QCIA 1W6HA 4HVPA 3LZUA 4DQEA 1EC1A 3SACA 4PHVA 1BXOA 1A8KA 4Y36A 4EJDA 3O9EA 1W6IA 5P1NA 4ZEAA 1QBSA 5P64A 3VYEA 4NJSA 5P3HA 3PVKA 4B1EA 3JW2A 2ZGAA 4MC1A 3BHEA 4XX4A 3VFAA 5P44A 4Y3HA 2VIZA 1M0BA 5OZOA 4DQGA 4Y43A 1HVSA 5P7HA 5P05A 3OK9A 1MRXA 1B6JA 4YD7A 4HE9A 4JECA 1XE5A 2O4NA 2R5PA 5P34A 1T6EX 5E5JA 1RNEA 2O4PA 1PROA 5P6FA 3NUJA 1SBGA 3IXKA 4EJ8A 4Y48A 4QJ6A 4J1KA 5KAOA 5P38A 3O9LA 6FIVA 3PCZA 3U71A 2QI5A 2VIJA 4GB2A 5P0WA 3QRSA 2I0DA 1EPNE 2CEJA 5I3YA 3CMSA 3NYGA 3BGCA 4YCYA 5P0DA 5DQ1A 4A6CA 1AM5A 5P3ZA 3Q5HA 3BVBA 1SMEA 3FKTA 3R4BA 4XX3A 4J0YA 5P7MA 1ENTE 4Y4TA 4I8ZA 2G20A 3SM2A 2WEZA 5P3KA 5P2QA 1ZSRA 2OHUA 4R93A 5P45A 5P1OA 5P0VA 3HVGA 3SPKA 4F75A 2SAMA 4WY6A 5P2AA 5P6DA 3TOGA 3PHVA 4PZXA 3ZKGA 5P1YA 3OUBA 3KMXA 3VCMA 3ZKMA 5P4QA 4M8XA 2HPFA 5P8MA 5SZ9A 3RSXA 4DJVA 3SA5A 2UXZA 1W5VA 2NMYA 1PSNA 4NJTA 7HVPA 9HVPA 3EBZA 3ZKSA 3TPJA 4CPXA 3I25A 4Y54A 3VSXA 3VV6A 3K5CA 3O9AA 4FRJA 5P5UA 2NXDA 3OWNA 4ZPEA 1E82E 4KB9A 4R91A 4H1EA 5P59A 3UDPA 2QU3A 1HPVA 2ER0E 1MRWA 4AUCA 3LIVA 5P1LA 4RROA 5P5IA 1WKRA 4ACUA 2AVOA 5P67A 3KDDA 5P4OA 1HIIA 2IGXA 2V16C 1G6LA 2FS4A 4Y3NA 4R5NA 5OYQA 3QN8A 5F00A 1EPME 1MSMA 3PB5A 3O99A 1D4IA 2R5QA 3NU6A 1MUIA 3BGBA 2PSVA 5P8LA 5P0PA 1HWRA 2AZBA 4D89A 5P4JA 4GJ9A 2QI4A 5P0IA 5COPA 2PYNA 5P8QA 2R3TA 3GI5A 3M9FA 3KYRA 5P4FA 3VF3A 1A94A 4GJ6A 5OZ6A 3ZMGA 4Z4XA 2AOGA 2B7ZA 3S7MA 2Z54A 1EBKC 4ZSMA 3LZSA 5DR1A 5P4WA 4Y4DA 2ZHRA 4RYGA 4EWOA 4MC6A 5P6CA 4OBKA 1YM2A 1OHRA 1KJ4A 1MT7A 1T7JA 2FIVA 1APWE 1K1TA 2NNPA 1TSQA 1WBMA 2A4FA 2P3BA 1G0VA 2Q3KA 4WY1A 5P49A 5P68A 5P8UA 4FS4A 3S45A 3ZPSA 1HVRA 3LPIA 1HHPA 3AIDA 4DUSA 4OBGA 3UPJA 3UDYA 3EMYA 2B8LA 3D20A 3BUHA 3SA3A 4Y5PA 5P42A 2ASIA 4QGIA 5P0GA 1FG6C 5P0XA 4Y3RA 5DR7A 1HIHA 5P75A 2VJ6A 1EPRE 4RLDA 5KR2A 1EBYA 4QLHA 4DJRA 1LV1A 1RV7A 2IKUA 1LZQA 3SQFA 4OD9B 2AOEA 5P1BA 1G35A 5HDUA 3LHGA 5COOA 4OBZA 3SABA 2BKTA 5P4RA 4TVHA 1C6ZA 1GNOA 2JYSA 1TQFA 4RVJA 2PH6A 5JG1A 1MESA 2IEOA 3EM6A 2QI6A 4I11A 3EKTA 1YT9A 4Y53A 1G2KA 1MT8A 4IVSA 5DR4A 4JOOA 3KN0A 2OHKA 2V11C 4CPQA 3KFPA 1T3RA 5OYTA 4OBFA 4RVIA 5HDVA 1D4KA 1FEJC 2P3DA 3PEPA 5OZPA 4D88A 5OZGA 4YD3A 3LPJA 5P4TA 3BVAA 3HW1A 1PSAA 2Q11A 5P8BA 4DQHA 5P1QA 5P7DA 2XFJA 5P0HA 5CONA 1AVFA 2PSUA 3INFA 2BPYA 4QJAA 3PWRA 1HTEA 1D4LA 3TL9A 4Y4WA 1SIPA 2V0ZC 5P3FA 3NSHA 5OYZA 1SIVA 5AHAA 4LHHA 2QNQA 2G1OA 3S8IA 1FB7A 4Y5KA 1GNMA 5P5QA 3QROA 5HE7A 2V10C 4FAEA 5P07A 4Y3QA 4NPTA 3UQUA 2HC0A 3NDTA 5P3EA 3I8WA 4Y44A 5P3RA 5DQ2A 1BDQA 1A9MA 1CZIE 4HA5A 1HRNA 2QK5A 4FAFA 2AOCA 4LXAA 1M43A 3NDUA 5P7CA 3H0BA 1GKTA 1B5FB 1YTHA 1T7IA 1D4YA 5P0UA 5P0SA 3INDA 2RMPA 2WF1A 5CLMA 2O4KA 4E43A 2VIYA 5P8DA 4X2LA 1TCWA 1Z1HA 2NTRA 3LIYA 3MSLA 2VS2A 2WF2A 5P52A 4QJ7A 4PEPA 3SM1A 4Y37A 5P76A 3BXSA 2I1AA 4J1HA 5AH9A 3U6AA 1HPXA 3CKPA 4BEKA 1LF2A 2G22A 3IXOA 5EZZA 3DJKA 5P0JA 2ER6E 4H3GA 2BBBA 3NU5A 3PCWA 3SA4A 5P3IA 3WZ6A 4LBTA 3TPRA 4RRNA 4ZE6A 3T6IA 5P33A 4J0ZA 1LYWA 2P8HA 3VF7A 2AVSA 2OHLA 2Q63A 3OOZA 3MWSA 2BJUA 4HDFA 4EYRA 5P7OA 1K2CA 3L5CA 5F01A 4CPSA 5P1CA 3NXEA 5P5AA 5P22A 2OAHA 3PBDA 4DQBA 4J1CA 4B05A 2F3EA 5P1XA 1C70A 5OZUA 4HEGA 1MEUA 5HCTA 4XXSA 5P5ZA 3PJ6A 3ZLQA 5P02A 5KQZA 5AH8A 1SH9A 1HTGA 4I0EA 3FNSA 5P3AA 4GJAA 5P4BA 2PK6A 1KJ7A 5OZAA 1TZSA 5P8JA 5AHBA 1E81E 3L59A 1GVVA 3KT5A 5P86A 3CIBA 3UFLA 3WZ8A 4FL8A 3PGIA 4I8WA 1C6YA 5P14A 2IL2A 3NU4A 4YD5A 4Z50A 3I2LA 5HE5A 5OYUA 2HIZA 4Y41A 3K5GA 4Y35A 2JJIA 4J54A 3O9HA 1BDRA 2AOJA 1SDUA 4OC6A 2QI7A 5P11A 5P5FA 4DI2A 1BDLA 2G69A 4F73A 5P0YA 3D1XA 2JXRA 5P6XA 1HVJA 3DOXA 4RCDA 4EP3A 2QZKA 4K4RA 4Y58A 1D4SA 1IDBA 5P4ZA 5P62A 3TKWA 5OYSA 4I10A 1IZHA 4RZ1A 5P6PA 4K8SA 2AVMA 5P17A 1HPOA 1EEDP 3Q6YA 5P6WA 4FGXA 4J1FA 4M8YA 5P8EA 1KJGA 1NPWA 1IIQA 2ZHTA 3QAAA 5P2LA 3NDXA 4OBDA 2VA7A 5P0QA 3ECGA 1YG9A 3OAGB 3APRE 2IQGA 5P73A 1JLDA 5P0AA 3TH9A 2QP8A 3QIHA 1KZKA 4J5JA 1ZAPA 2PSGA 5P43A 1LF4A 2NNKA 4I0IA 4Y4EA 3HVPA 5P4HA 5P09A 1BAIA 2PYMA 5I3WA 5P2EA 3UDNA 5P5LA 2MIPA 4FCOA 1RL8A 5P8KA 3SA6A 3TLHA 3IA9A 1W5XA 5P4YA 5P65A 2QZXA 5KR8A 5P2ZA 4B1DA 3T7PA 1FQ6A 2IGYA 4I12A 3O9DA 3RTMA 3UDKA 2QHYA 2Q15A 4R95A 2FGUA 1RQ9A 4U7QA 2AVVA 5P1HA 4DQFA 4B00A 5SY2A 2H6TA 1HSIA 1FF0C 4OD9A 4YOBA 5P70A 3PSUA 3QPJA 2P3CA 1EPQE 2VNNA 5P2RA 3UQXA 5HTZA 2WF4A 5DPZA 5P1TA 4RVXA 5HVPA 2QD6A 3K1WA 5KQXA 1FLHA 3LZVA 4J0TA 5P1RA 5P6RA 2G1RA 2ER9E 5P7YA 2IRZA 4F76A 5P1DA 3SO9A 4JPCA 4Q1NA 5P7IA 3HAWA 2OHPA 3VG1A 5P3PA 3UQWA 3T7XA 3EM4A 4Q5MA 1A30A 3UF3A 2OHTA 3SA9A 2UY0A 5P8SA 2NPHA 5HE4A 4B72A 1E80E 3SKGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2X A;  4CPW A;  3CIC A;  2PH8 A;  4Y3T A;  1NPA A;  1ZTZ A;  2G27 A;  4GZF A;  1UH9 A;  3JVW A;  5P06 A;  4FSE A;  5P2U A;  5P6L A;  4NJV A;  1EC3 A;  1HBV A;  5P57 A;  4BFD A;  4L7H A;  5P6K A;  5JOD A;  2IS0 A;  2ZJK A;  3GI0 A;  5P3C A;  1PFZ A;  4YCK A;  5P6E A;  2WKZ A;  2HPE A;  4OC6 B;  4CPT A;  1J71 A;  4GJD A;  3T11 A;  2I4Q A;  4EQ0 A;  5P23 A;  5OZC A;  4Y3Y A;  1XN2 A;  1FQ4 A;  5P0O A;  1TW7 A;  2ZJM A;  5I70 A;  2XFI A;  3OUD B;  5DGU A;  1U8G A;  5KOQ A;  1FMB A;  5P4G A;  1HTR B;  2R9B A;  4LC7 A;  5P85 A;  1BV7 A;  3DK1 A;  2A1E A;  2P83 A;  3UDR A;  1YM4 A;  5IVT A;  4HLA A;  1VIK A;  5EZX A;  2WF0 A;  4FSL A;  6APR E;  4L1A A;  2Z4O A;  4J1I A;  5P2N A;  5P19 A;  2AQU A;  3R0W A;  2QAK A;  5P12 A;  3FV3 A;  1W5W A;  5P3N A;  3ZKI A;  1HVL A;  2FXD A;  1VIJ A;  5P0Z A;  2QU2 A;  3OHH A;  1IVP A;  4D85 A;  4DFG A;  5ER1 E;  2I4X A;  5P04 A;  5P5H A;  2BPW A;  3DUY A;  4CPU A;  2QMG A;  5P66 A;  2G21 A;  3ER3 E;  1UH8 A;  5APR E;  5P4U A;  2I4U A;  3DCR A;  4CP7 A;  4ZSP A;  1LEE A;  5P5P A;  4Y4Z A;  5P4C A;  3F9Q A;  5OZV A;  3OU4 A;  3OHF A;  5P3M A;  2NMZ A;  2PC0 A;  3CID A;  3OUC A;  3ZKX A;  1XS7 D;  3OTS A;  2QD7 A;  3VLA A;  3DV5 A;  2QZL A;  1FKN A;  1HEG E;  3D1Y A;  4AA8 A;  1LS5 A;  4DQC A;  5P55 A;  1EBW A;  3KFS A;  2NXM A;  3O9L B;  4RRS A;  5P2H A;  5SY3 A;  2AID A;  4L6B A;  2WHH A;  3S43 A;  2WF3 A;  3S7L A;  3OY4 A;  5HDX A;  3QRV A;  4DPI A;  3CYW A;  5ISJ A;  1MVP A;  1EBZ A;  5KR0 A;  2V13 A;  3KF0 A;  5P15 A;  5P1F A;  5P8A A;  3CKR A;  1QS8 A;  1B11 A;  1QBT A;  5P28 A;  5P29 A;  3OAG A;  3OGQ A;  5P5T A;  1YTG A;  5P4X A;  5P6V A;  4Y38 A;  5P8R A;  1PPK E;  2P4J A;  1NSO A;  5P3S A;  4AMT A;  3O9B A;  4NPU A;  1DP5 A;  2ZYE A;  1IZI A;  2PWC A;  5P74 A;  4GJ7 A;  1UH7 A;  5P60 A;  3MSJ A;  1HIV A;  3BUG A;  4GJ5 A;  6UPJ A;  1PPL E;  5B18 A;  3G70 A;  3S56 A;  3KDB A;  3LIQ A;  5P3U A;  1XDH A;  5DR8 A;  2ZJH A;  4EJK A;  5AH6 A;  5P27 A;  2G1N A;  5OYY A;  3UFN A;  4YHQ A;  1K6P A;  5AGZ A;  4ZLS A;  3GI4 A;  5P08 A;  3OXC A;  3UDH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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