3SAAA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af77
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3saaA00
2IS0A 1BAIA 2OHQA 3SQFA 3S8IA 3M9FA 3FNUA 5P7TA 4NKKA 2APRA 5P7SA 4Y5KA 3NWQA 1T7KA 5P4VA 5ISJA 3PCZA 4QJ9A 4NJSA 3NU4A 3BVBA 5EZXA 1SBGA 4DQHA 3SABA 2ZJLA 1CZIE 4DUSA 3BXRA 5P6AA 3HBOA 3ZKXA 3NXEA 5P29A 5SY2A 5P5YA 1RNEA 3WZ6A 5P5MA 1HVLA 1ODYA 2QZKA 3PI5A 4RCDA 5P8JA 3CKRA 3OXVA 3EKVA 2I4VA 3EL1A 5OYZA 5P0YA 1HPXA 3IN4A 2G69A 3UDPA 3CIBA 5P67A 1W5YA 4Y3MA 2BPZA 2VA7A 3PGIA 5P8EA 3O9AA 3TLHA 2O4KA 5OZ5A 2PQZA 2WEAA 5P5IA 2OHUA 1FEJC 4Y3YA 4ZE6A 1XN2A 4Y51A 3FNSA 4B0QA 5P6UA 4L6BA 3SA8A 1MTBA 2VJ9A 3VSXA 4J55A 5P83A 1C6ZA 5P0EA 4FRSA 5AH6A 1Z1HA 2VKMA 2P83A 4Y3EA 1GVUA 1T6EX 5EZZA 2WL0A 3WZ8A 1TSQA 5P3BA 5P7EA 5P7HA 2G27A 3TNEA 2J9KA 5P16A 5KR8A 2PC0A 4YCYA 4ER1E 5BRYA 1D4SA 5OZCA 4DVFA 4KE1A 5I3WA 3S56A 5P0XA 2CENA 2AOEA 5B18A 2G21A 4YD6A 5P4CA 5F00A 1A30A 5P79A 3ZKGA 3LZVA 5P3QA 2A1EA 4Y3FA 1ZSFA 2ZJKA 3FSMA 3QS1A 4OC6B 2UPJA 2FDPA 2QI1A 1FIVA 5OZYA 5OZMA 3FNTA 5P13A 3RSVA 5P85A 1MEUA 2RKFA 4HDPA 4Y58A 3OWNA 5CONA 3I6OA 5COKA 3LNKA 3KMYA 1HVHA 4OBKA 1EPPE 1G2KA 3Q3TA 5P0HA 2P3CA 5CLMA 4MC1A 2OAHA 3QBHA 4FCOA 4K8SA 5OZHA 4LXMA 2B42A 2F3EA 5P89A 1AXAA 2AZBA 4Y4UA 5P0VA 1DPJA 5P2UA 3ZOVA 5P1AA 4RROA 2FGVA 5HE4A 5P1FA 5P4YA 1OHRA 5P8OA 3VF7A 5P7IA 2NXDA 3UDRA 1LEEA 3BXSA 4RYCA 2QU3A 2QP8A 1SGUA 2R3TA 4K4PA 2PYNA 4L7JA 1AIDA 3S45A 5P3AA 3UQPA 1EAGA 5C9BA 4B77A 4XX4A 3SA3A 5P4KA 4HVPA 2G1YA 5P5AA 3NR6A 3MSLA 1D4YA 3TPPA 4IVSA 3B80A 2J9JB 4OBZB 5SZ9A 4OBDA 5P6NA 5P0BA 1RPIA 5P7XA 3IA9A 2Q63A 2R3WA 1MT8A 3APPA 5P53A 2OHRA 1B6MA 2NMYA 4OBGA 5P8CA 1B5FB 2VIEA 2QZXA 5P4GA 3PLLA 1UH8A 5P03A 5P2GA 3VCMA 5P26A 1IZIA 5P60A 1EC0A 5P0MA 5P4WA 1APTE 5KOQA 5P4OA 3L5DA 5HD0A 5P72A 1XE6A 1XL5A 5OZAA 2WJOA 3PWWA 6UPJA 1KJ4A 3GI4A 3NDUA 4M8XA 4R95A 3NU6A 3APRE 1G35A 4BEKA 2PWCA 4DJVA 1LYBB 5P62A 3FV3A 1ZPKA 5SY3A 1PSOE 1MTRA 2MIPA 4DJXA 4HDBA 3K5DA 4WTUA 4KUPA 3UPJA 4I10A 4FSLA 4F76A 1MSMA 5P5JA 4OBFA 5OZKA 5OZOA 4J0PA 2RKGA 3L58A 5P5QA 2XFJA 3BUFA 4R92A 3F9QA 5P7BA 5P6SA 5P63A 4J0ZA 5P43A 5P4XA 1SDVA 1BDLA 2NXLA 4Y39A 3OGPA 2V0ZC 5DR4A 2PK5A 5P5NA 3PSGA 3QI1A 2BBBA 2AZ9A 5P0WA 2IENA 5P27A 3OTYA 1FGCC 3OY4A 1B6KA 1FQ4A 1AJXA 3GGVA 3LIYA 3KDDA 5P4JA 4JPCA 5P2KA 1FQXA 3BRAA 4PHVA 3LIZA 4S1GA 1HIVA 3HVGA 1Q9PA 4YBIA 4PYVA 3OU1A 4YCKA 5IE1A 2AVMA 3PVKA 2QD8A 1HXWA 2Q55A 2AVSA 5P0SA 5DGUA 3U6AA 5IVRA 1BVEA 5SXNA 3BUGA 2ZE1A 3D1ZA 3TTPA 4AA9A 1HTEA 1LV1A 4XXSA 1SDTA 5P2JA 4YBFA 5P4FA 5OZ0A 4Y56A 4LXKA 5P1EA 2WEBA 2NXMA 5P1SA 5P1BA 4DPFA 1ZBGA 2ZYEA 5P5OA 2IKUA 1HVIA 1WBKA 4QJ7A 4J1IA 3RSXA 3JVWA 1RL8A 3KFRA 4Y5GA 5P1GA 5P6PA 4I0DA 3VG1A 5OYSA 4DJUA 1F34A 4GJDA 5P71A 3D3TA 1HVJA 5DQ1A 2HS2A 2QK5A 3PHVA 4I0HA 5KAOA 3EM3A 2Q3KA 4Y5BA 1META 2PSGA 3RTNA 1ER8E 3IAWA 5P59A 5P82A 4Y53A 5OZQA 3ZKIA 2VA6A 1MT7A 4GJAA 1IZHA 1PSNA 5P5VA 4K4QA 3QN8A 1FMBA 1AJVA 3EKPA 1EC3A 4NJTA 4J1HA 1HHPA 4Y38A 1FQ5A 5P8MA 3S53A 3NSHA 4Y36A 1FQ8A 5P4BA 4Q1WA 5P48A 3EKYA 4RGHA 2WF2A 3O9BA 3UFLA 1FMUA 5COOA 5P1DA 5P1WA 3SKGA 3CICA 5P0FA 5P6RA 1JLDA 5C9DA 4FS4A 4YHQA 2R8NA 3INEA 4D89A 3IXOA 3LPKA 2BKSA 5P22A 5P47A 5UPJA 5P5ZA 4TRWA 3K5FA 5P5WA 4Y3ZA 5APRE 2ER6E 5P38A 4FIVA 1SIPA 3EL0A 5P2QA 1J71A 5P7YA 4E43A 5P17A 5P2DA 3Q5HA 4EHCA 1YTHA 5P8SA 4Y43A 3U71A 5P6ZA 4DJYA 1FF0C 1YM4A 1W5VA 4ZSMA 3LPIA 4ACXA 4Y5CA 2IKOA 5AH7A 1DW6C 2F80A 3SO9A 2HIZA 2BJUA 3UFNA 3KN0A 1UH7A 5P74A 2QMDA 4B72A 5KQYA 3BVAA 1BILA 3I2LA 2RENA 3SFCA 3L5CA 3JW2A 5P0IA 3Q6YA 5P3MA 4EQJA 5DR0A 3DV1A 2P8HA 3O99A 2OHNA 5P1PA 2NNKA 4QJAA 3IGBA 2V16C 5P81A 1W6IA 5P35A 1YTGA 2F8GA 4I0IA 5P3LA 3LIXA 2O4PA 2F3FA 1Z8CA 3IXJA 3PSUA 5OYYA 3ST5A 2V00A 4U8WA 3T11A 3VV6A 3QBFA 1BXOA 3UDYA 5IVQA 2B7FA 5P6CA 3IVHA 1HRNA 2XFKA 4FM6A 3LINA 5P0KA 2ZGAA 4I11A 5HDVA 5P42A 3VYEA 3EKXA 1IVPA 5P8GA 3O9GA 2PH6A 2VA5A 4YDFA 4GJ9A 5JG1A 2WF1A 4RLDA 3T7XA 4D85A 5P6VA 5AHAA 2XFIA 3EKWA 2AVVA 5OZZA 4RVXA 2RMPA 5P8NA 5P24A 5P3RA 5P46A 6APRE 4X2LA 1BV9A 4LC7A 4B1EA 1AVFA 1QDMA 5P0RA 3GW5A 1XS7D 5HDUA 3TPJA 4YD4A 1EEDP 3EL4A 1MVPA 2I1AA 2QNQA 4DV9A 2PH8A 3DUYA 2QHCA 5P5GA 1LYAB 1E82E 4TRYA 3L59A 1ZSRA 5P1IA 5P04A 1YT9A 4D8CA 1BBSA 3CMSA 1FFIC 4EJ8A 4DI2A 2OF0A 1HEGE 2V13A 5DQCA 5P1TA 4D83A 5P5HA 5P5SA 1W50A 5HCOA 4EJKA 3MSJA 5KR0A 2AOJA 4PEPA 5DQ2A 3ZLQA 3QVCA 2WF4A 3I8WA 2AOHA 4A6CA 5P5FA 5DPZA 5OZ7A 2O4NA 5DR3A 5P2YA 5P7ZA 2I4WA 5KR1A 2FGUA 2FLEA 4OBJA 1XN3A 5P8KA 3KT5A 2H6TA 5P8DA 3CKPA 3QVIA 5P44A 2V10C 4COEA 5P61A 5ER1E 5P75A 1LYWA 4CPSA 4F73A 5P6HA 1XE5A 2QNNA 3S43A 5OZLA 3KM4A 5P2IA 5P7OA 2QZLA 5P3ZA 4CMSA 4B1CA 2BPXA 5P6YA 2QNPA 4RVJA 2FXEA 5OYXA 4FAEA 4YD7A 1NPAA 5P18A 4I0FA 5P3EA 2I0DA 5P8PA 2B8VA 5P0LA 5P12A 1IZDA 4PZWA 1MT9A 5P0PA 2G22A 4EP2A 2ZHUA 5OZ1A 5HVPA 5JFUA 2B7ZA 1W6HA 4Y4DA 5P1UA 2WF3A 9HVPA 3SA9A 6FIVA 4Y3TA 3DJKA 5HDXA 5P4HA 1KJGA 3TKGA 4DJRA 2H6SA 5P7VA 3OAGA 4R5NA 3N3IA 3OQKA 1FFFC 5P52A 1KJFA 2PK6A 3KDCA 4Y5AA 1NSOA 5P0ZA 1BXQA 3T7PA 5KQZA 5P69A 3BUHA 2IQGA 1D4HA 2G94A 3IXKA 3UDQA 2ER0E 3NU3A 3PSYA 3GGUA 5P11A 1GKTA 2IGXA 2RSPA 1D4LA 3DCRA 3O9IA 3CKTA 4YA8A 1HTRB 1K6VA 3SM1A 1LZQA 3PM4A 4RVIA 3SA7A 5P2BA 4QJ2A 4FGXA 5OZSA 4CPQA 3VV7A 1FKNA 5DQ4A 4L1AB 4Y35A 3FKTA 5P14A 4H3IA 5P7NA 3HLOA 4Y45A 3KMXA 4R91A 4Y3HA 1G0VA 3LZSA 5OZJA 4XKXA 4Y4XA 5P30A 2PWRA 3IVIA 4ER2E 2QAKA 3DOXA 3CIDA 4DPIA 1YTJA 2FMBA 5P8VA 4L7GA 3ZPTA 4U7VA 3I25A 5P64A 2QU2A 2ZJHA 3O9FA 3URLA 4RRSA 5P08A 2HB2A 4Y3AA 5P8BA 5I3VA 2ZHSA 3L5FA 4I0GA 5P49A 1UH9A 3H5BA 3T3CA 3GGAA 1HVSA 5HE7A 1K2CA 5AHCA 3Q70A 3R4BA 3O9EA 3EM4A 4EWOA 1WBMA 4R8YA 4ZPEA 3L5EA 5OZIA 2O4LA 1W5XA 4PZXA 2ZHRA 1K2BA 1XL2A 5P41A 3QP0A 1IZEA 5P8TA 2BPVA 4FRKA 2G1OA 1QBSA 4J5JA 2WEZA 1HPOA 2PYMA 3VFBA 4QLHA 2BQVA 5P51A 4RCFA 5OZ2A 1APWE 5P7GA 2IGYA 3TOFA 1IVQA 3VF3A 1HVCA 5P88A 4HA5A 1ODWA 4Y54A 1T7JA 3OUBA 3GI0A 5OZ3A 2VJ7A 3CYXA 1EBYA 2QI5A 5OZBA 4Z22A 3UQWA 1SH9A 2JE4A 2WKZA 4Y5NA 1RQ9A 5OZUA 5JFPA 3PWMA 5P5CA 4CPRA 5F01A 4Q5MA 3R2FA 1ZLFA 5P3CA 2V12C 3LIQA 4CPUA 3OADA 3ZL7A 4J0YA 2Q54A 5P00A 3OK9A 5ENMA 4Y3RA 4GB2A 3O9DA 5P6WA 3UHLA 2R38A 3TPRA 5P3FA 4AUCA 5P7LA 3KDBA 3S2OA 5T4SA 3EL9A 5KQXA 3GI6A 3OU4A 4OD9A 3SACA 2BB9A 2PSUA 3HAUA 3GI5A 3ER5E 3RU1A 1D4IA 4Q1YA 1ZJ7A 4B00A 4I0JA 2I0AA 4H1EA 5P2LA 2BKTA 2QI4A 5P3UA 5P6OA 5P3NA 5P1RA 3T7QA 2WF0A 3FIVA 2VIZA 3D91A 3HVPA 1GVWA 4FM8A 4Y4EA 5OZ6A 4GIDA 1FG6C 1MIQA 4GJBA 2VJ6A 3LHGA 3EM6A 5P1HA 4FM7A 3PB5A 4Y3WA 1TCXA 5P78A 3T6IA 2P4JA 5P3YA 1BVGA 1FB7A 5P8LA 4Y50A 1KJHA 5P34A 5P68A 5P23A 5P1LA 1A94A 5P5XA 3VF5A 1HIHA 3VEUA 4LHHA 4J1KA 1IIQA 2G24A 3OXXA 4Z2ZA 1HSGA 2OHMA 3RTHA 3ZPSA 3U7SA 2NR6A 3OU1B 4FE6A 1YTIA 2AODA 5P7MA 5OZDA 4KB9A 3S7LA 3QIHA 3KT2A 2FDEA 4DJOA 3R0YA 2NMZA 3OTSA 3PWRA 3TH9A 5P1QA 5P2NA 5P6BA 4EXGA 4TVGA 1LS5A 4JPEA 3DK1A 1ODXA 4R93A 1FG8C 5P4TA 1NH0A 5P6DA 5P7WA 3PBDA 5P0DA 5P6XA 5P40A 2NPHA 4DJQA 2AZ8A 5P4LA 2SAMA 5BS4A 1IDBA 5P73A 2Z54A 3NU9A 2QD7A 1MPPA 5HU0A 5TOLA 4GJ6A 5P36A 1FLHA 5DR7A 2QI7A 3URIA 3WB5A 1TCWA 3UQUA 5P0GA 3EC0A 3HD8A 4CP7A 5DR8A 5DGWA 5P0AA 1APVE 1BDQA 1K1TA 3OOTA 5P10A 2G1SA 3VLAA 4NPTA 4Y9WA 5P4MA 4WY6A 2AQUA 4L7HA 3OUDA 5P2AA 7HVPA 2PMAA 5COPA 1AZ5A 1FQ6A 4GMIA 3KF0A 1FMXA 1CMSA 4LXAA 1BDRA 5P4AA 2UXZA 5P5RA 4ZIPA 5P33A 4DQCA 1HXBA 1NPVA 1MRXA 3ECGA 4QGIA 3L3AA 4MC2A 4DFGA 4I0ZA 2P3BA 2I4DA 1TW7A 2ZHTA 4ZPFA 4FRIA 2JXRA 3NU5A 2OHKA 5P4DA 1VIKA 4EJLA 1OEXA 5P0CA 4A6BA 1K6TA 5BWYA 4ZSPA 5P2ZA 5P09A 3SKFA 3KFNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IS0 A;  1BAI A;  2OHQ A;  3SQF A;  3S8I A;  3M9F A;  3FNU A;  5P7T A;  4NKK A;  2APR A;  5P7S A;  4Y5K A;  3NWQ A;  1T7K A;  5P4V A;  5ISJ A;  3PCZ A;  4QJ9 A;  4NJS A;  3NU4 A;  3BVB A;  5EZX A;  1SBG A;  4DQH A;  3SAB A;  2ZJL A;  1CZI E;  4DUS A;  3BXR A;  5P6A A;  3HBO A;  3ZKX A;  3NXE A;  5P29 A;  5SY2 A;  5P5Y A;  1RNE A;  3WZ6 A;  5P5M A;  1HVL A;  1ODY A;  2QZK A;  3PI5 A;  4RCD A;  5P8J A;  3CKR A;  3OXV A;  3EKV A;  2I4V A;  3EL1 A;  5OYZ A;  5P0Y A;  1HPX A;  3IN4 A;  2G69 A;  3UDP A;  3CIB A;  5P67 A;  1W5Y A;  4Y3M A;  2BPZ A;  2VA7 A;  3PGI A;  5P8E A;  3O9A A;  3TLH A;  2O4K A;  5OZ5 A;  2PQZ A;  2WEA A;  5P5I A;  2OHU A;  1FEJ C;  4Y3Y A;  4ZE6 A;  1XN2 A;  4Y51 A;  3FNS A;  4B0Q A;  5P6U A;  4L6B A;  3SA8 A;  1MTB A;  2VJ9 A;  3VSX A;  4J55 A;  5P83 A;  1C6Z A;  5P0E A;  4FRS A;  5AH6 A;  1Z1H A;  2VKM A;  2P83 A;  4Y3E A;  1GVU A;  1T6E X;  5EZZ A;  2WL0 A;  3WZ8 A;  1TSQ A;  5P3B A;  5P7E A;  5P7H A;  2G27 A;  3TNE A;  2J9K A;  5P16 A;  5KR8 A;  2PC0 A;  4YCY A;  4ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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